Abstract
Bakgrunn
Kallikrein 15 (KLK15) /Prostinogen
er en plausibel kandidat for prostatakreft mottakelighet. Forhøyet
KLK15
uttrykk har blitt rapportert i prostata kreft og det har blitt beskrevet som en ugunstig prognostisk markør for sykdommen.
Mål
Vi utførte en omfattende analyse av foreningen av varianter i
KLK15
gen med prostatakreft risiko og aggressivitet av genotyping tagSNPs, samt antatte funksjonelle SNPs identifisert av omfattende bioinformatikk analyse.
Metoder og datakilder
Twelve av 22 SNPs, valgt på grunnlag av koblingsulikevekt mønster, ble analysert i en australsk prøve av 1,011 histologisk verifisert prostatakreft tilfeller og 1,405 etnisk matchede kontroller. Replication ble søkt fra to eksisterende genom bredt assosiasjonsstudier (GWAS):. Kreft genetiske markører av følsomhet (CGEMS) prosjekt og et britisk GWAS studie
Resultater
To
KLK15
SNPs, rs2659053 og rs3745522, viste tegn på sammenheng (p 0,05), men var ikke til stede på GWAS plattformer.
KLK15
SNP rs2659056 ble funnet å være assosiert med prostatakreft aggressivitet og beviste at foreningen i en replikering kohort av 5,051 pasienter fra Storbritannia, Australia, og CGEMS datasett av amerikanske prøver. Det ble observert en svært signifikant sammenheng med Gleason score når dataene ble samlet fra disse tre studiene med en odds ratio (OR) 0,85 (95% CI = 0,77 til 0,93; p = 2,7 × 10
-4). Den rs2659056 SNP er forutsagt til å endre bindingen av RORalpha transkripsjonsfaktor, som har en rolle ved kontroll av cellevekst og differensiering og er blitt foreslått for å kontrollere metastatisk oppførselen til prostatakreftceller.
Konklusjoner
Våre funn tyder på en rolle for
KLK15
genetisk variasjon i etiologien av prostatakreft blant menn av europeisk herkomst, selv om det er nødvendig for å bekrefte effektstørrelser videre studier i svært store prøvesett.
Citation: Batra J, mister F, O’Mara T, Marquart L, Stephens C, Alexander K, et al. (2011) Sammenheng mellom
Prostinogen (KLK15)
genetiske varianter og prostatakreft Risiko og Aggressivitet i Australia og en meta-analyse av GWAS data. PLoS ONE 6 (11): e26527. doi: 10,1371 /journal.pone.0026527
Redaktør: Ronaldo Araujo, Federal University of São Paulo, Brasil
mottatt: Mai 10, 2011; Godkjent: 28 september 2011; Publisert: 23.11.2011
Copyright: © 2011 Batra et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Studien ble finansiert av følgende: National Health and Medical Research Council (NHMRC, https://www.nhmrc.gov.au/) gir 390130, 290456, 614296, 1009458; Prostate Cancer Foundation of Australia (PCFA, https://www.prostate.org.au/articleLive/) gir PG7 (A.B. Spurdle); NHMRC Senior Stipendiat (A.B. Spurdle); NHMRC Principal Stipendiat (J.A. Clements); NHMRC Early Career Fellowship og Institutt for helse og biomedisinsk innovasjon (IHBI) Post doktorgrad Fellowship (J. Batra); Australian Graduate Award, IHBI Award og QLD Regjeringen Smart State awards (T. O’Mara), NHMRC Career Development Award (S.K. Chambers); Cancer Council Queensland, Prostate Cancer Research Program (S.K. Chambers). UK støtte kom fra følgende: Cancer Research UK gi C5047 /A3354; Cancer Research UK Principal Stipendiat (D.F. Easton); The Institute of Cancer Research and The Everyman kampanjen; The Prostate Cancer Research Foundation, UK; Prostata Forskning Campaign UK; The National Cancer Research Network UK; The National Cancer Research Institute (NCRI) UK; Health Technology Assessment Programme prosjekter 96/20/06 96/20/99; Department of Health, England; Cancer Research UK stipend C522 /A8649; Medical Research Council of England stipend G0500966, ID 75466; NCRI, UK; Southwest National Health Service Forskning og utvikling; National Institute for Health Research. De synspunkter og meninger uttrykt deri er de av forfatterne, og reflekterer ikke nødvendigvis de av Department of Health i England. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
prostatakreft er den vanligste kreftformen (etter hudkreft) i den vestlige verden med en i ni menn forventes å utvikle prostatakreft i en alder av 75 og 20.000 nye tilfeller blir diagnostisert hvert år i Australia (prostate Cancer Foundation av Australia, https://www.prostate.org.au, 2010). Alder, rase og familie historie av prostatakreft er veletablerte risikofaktorer for prostatakreft [1]. I tillegg er det betydelig bevis for en genetisk basis liggende risiko for prostatakreft [2], [3]. Det kromosomale region 19q12-13 er av betydelig interesse, som tidligere genet og protein expression studier har vist at denne regionen for å huse både prostata cancer susceptibility og aggressivitet loci [4], [5], [6], [7]. Den menneskelige
Kallikrein product: (
KLK
) genet familie består av 15 gener og er gruppert sammen i et lite område på ca 320 kb på kromosom 19q13.4 [7], [8], [9 ].
KLK15 plakater (også kalt Prostinogen) er den mest nylig klonet medlem av den menneskelige
Kallikrein
genet familie og er ved siden av
KLK3 /prostataspesifikt antigen (PSA)
i genetisk plasseringen [10], [11].
KLK15
er blitt rapportert å være oppregulert på mRNA-nivået i prostata kreft [11], [12], [13], og har blitt beskrevet som en ugunstig prognostisk markør for prostatakreft progresjon følgende radikal prostatektomi [14] .
KLK15
har også blitt rapportert å være en signifikant prediktor for redusert progresjonsfri overlevelse og total overlevelse i eggstokkreft [15] og en gunstig prognostisk markør for brystkreft [16].
Studier av
KLK
genetiske varianter og deres tilknytning til kreft har økt i de siste årene med sikte på å bedre forstå biologien til kreft og for å utvikle potensielle nye mål for genetisk testing med hensyn til kreftrisiko og prognostisk verdi [ ,,,0],6], [10], [17], [18], [19], [20], [21], [22]. Nylig har genome-wide assosiasjonsstudier (GWAS) identifisert en rekke enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) som er forbundet med risiko for å utvikle prostatakreft. En av disse hits, rs2735839, i nærheten av den
KLK3 plakater (PSA) genet [23], [24]. Det er noen debatt om hvorvidt SNP er assosiert med prostatakreft eller bare korrelerer med PSA uttrykk nivåer, som kontroller som brukes for trinn 1 av denne GWAS var begrenset til de med lav PSA nivåer ( 0,5 ng /ml) [19] [23]. Men disse resultatene ble kopiert i studier med PSA uselekterte kontroller, inkludert vår studie gruppe [23], som betegner viktigheten av denne regionen i prostatakreft. Spesielt siden
KLK15
ligger ved siden av
KLK3
, og viser endret uttrykk i prostata kreft, er det en veldig plausibel kandidat prostatakreft genet.
Selv om noen
KLK15
SNPs har blitt genotypet i GWAS, det store flertallet av variasjon i
KLK15
genet forblir uutforsket for en forening med prostatakreft. Undersøkelse av en rekke offentlige databaser, inkludert NCBI Entrez-dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/db=snp), avslører de ovennevnte GWAS plattformer dekker fra ca 6-55% av validert variasjon i
KLK
gener (Lose, Batra
et al
, upubliserte data, 2010). Disse observasjonene bedt oss om å gjennomføre en sammenslutning studie mellom tjueto
KLK15
SNPs, identifisert gjennom
i silico Kjøpe og sekvensering tilnærminger, med risiko for prostatakreft hos en stor gruppe av australske menn med prostatakreft og mannlige kontroller ikke skjermet for PSA nivåer. SNPs funnet å være assosiert med prostatakreft risiko og /eller aggressivitet ble også vurdert ved hjelp GWAS data fra flere replikering datasett i Storbritannia, Australia [24] og USA [25].
Resultater
i silico
analyse,
KLK15
promoter sekvensering og koblingsulikevekt kartlegging
Vi har brukt
i silico
prediksjon av funksjon av hvete og variant promotersekvenser gjennom vurderingen av hormon reseptor elementer og transkripsjonsfaktor bindingssteder; samt prediksjon av sannsynlighet spleise varianter gjennom genomisk, skjøting og EST databaser og nettsider, og multiple sequence alignment pakker, som beskrevet tidligere [26]. Vi sekvensert germline DNA fra 20 aggressive prostatakreftpasienter (Gleason score 7) innenfor den antatte
KLK15
promoter og oppdaget 20 SNPs (6 av disse ble klassifisert som ikke validert av NCBI databasen på tidspunktet for datagenerering ). Sju ikke-validert SNPs fra NCBI databasen ble funnet å være ikke-polymorfe i vår sekvense kohort. Videre identifiserte vi to nye SNPs, men verken ble spådd
i silico
å ha en funksjonell rolle og dermed ble ikke ansett for videre genotyping.
SNPs valgt for genotyping i denne studien var (i ) identifisert som tagging SNPs hjelp HapMap versjon 22 (april 07), ved hjelp av en mindre allel frekvens 0,05 og parvis koblingsulikevekt terskelen for r
2 0,8 (rs2659058, rs3212810, rs3745522, rs2659056, rs266851, rs2163861, rs266856) eller (ii) valgt på grunn av
i silico
prediksjon av en funksjonell effekt på
KLK15
uttrykk (rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs2659055, rs266853, rs266854, rs190552, rs266855, rs2739442, rs2033496, rs12978902, rs2659053, rs2569746, rs35711205, rs2569747) (tabell S1). Som frekvensdata for mange av disse SNPs ikke var tilgjengelig, genotypet vi alle 22 SNPs i 1000 mannlige kontroller og genererte et kart koblingsulikevekt (LD) med Haploview 4,2 (Figur S1). Alle SNPs unntatt rs3745522 ble funnet å følge Hardy-Weinberg likevekt (p 0,01) (Tabell S1). SNP rs12978902 var ikke-polymorfe, mens rs3212853, rs3212852, rs16987576, rs266853 og rs266854 ble funnet å ha mindre allelfrekvenser og 0,05 (tabell S1), så ble ikke forfulgt videre for foreningen analyse. SNPs i høy LD med andre SNPs (r
2 0,9; rs2163861, rs266856, rs2033496, rs2569747) var heller ikke analysert videre. Prioritet ble gitt til antatte funksjonelle SNPs, med totalt 12 SNPs nominert for videre genotyping i australske prostatakreftpasienter og kontroller (tabell S1).
Association med prostatakreft og sykdom aggressivitet
I første omgang DNA fra 1,011 mennesker nylig diagnostisert med prostatakreft og 1,405 mannlige kontroller fra Queensland (QLD), Australia, ble analysert i denne studien. Tabell 1 viser en rekke av de sosiodemografiske og kliniske kjennetegn ved QLD prøvesett studert. For spesifikke SNPs hvor replikering ble søkt, ble maksimalt 10,685 prostatakreft tilfeller og 12,515 matchede kontroller fra Storbritannia, Australia og USA inkludert i studien.
Når tolv av
KLK15
SNPs ble vurdert individuelt (tabell S2) i den australske prøvesett, ble to funnet å være marginalt forbundet med risiko for prostatakreft (tabell 2), verken som har data tilgjengelig fra eksisterende UK GWAS og CGEMS prøvesettene. Alderen justeres eller for rs2659053 var 1,25 (95% CI = 1,04 til 1,50; p = 0,050) for det GA genotype sammenlignet med villtype-GG genotype. CG genotypen til rs35711205 vises en OR på 1,27 (95% CI = 1,06 til 1,52; p = 0,027) sammenlignet med den vanlige CC genotype (tabell 2). For å få mer sammenlignbare aldersfordeling, reanalysert vi våre data med unntak av alle kontroller yngre enn den yngste saken (dvs. alle kontroller mindre enn 43 år, N = 70) og lignende resultater ble oppnådd for begge disse SNPs (rs2659053: OR = 1,25, 95 % CI = 1,05 til 1,51, rs35711205: OR = 1,28, 95% CI = 1,07 til 1,53). Vi har også observert et lignende resultat når case-control analysen ble begrenset til kaukasiske pasienter (data ikke vist) eller når analysene inngår aggressive pasienter bare (Gleason score≥7) (tilleggs Tabell S2). Disse SNPs ble ikke funnet å være signifikant assosiert med prostatakreft risiko i en nylig publisert studie, hvor resultatene ble tilregnet fra nextgen sekvense data og PLCO studiegruppe fra CGEMS datasett, Tabell 2 [27].
KLK15
SNP rs2659056 ble funnet å være assosiert med risiko for prostatakreft i UK scenen en GWAS bare, med OR = 2,01 (95% CI = 1,50 til 2,68; p = 5,45 × 10
-7) , men ble ikke funnet å være signifikant assosiert med prostatakreft risiko i QLD datasettet (OR = 1,16, 95% CI = 0,83 til 1,62; p = 0,41) eller PLCO studiegruppen fra CGEMS datasett (OR = 0,95, 95% KI = 0,68 til 1,33; p = 0,94) (Tabell S2)
analyse av foreningen av rs2659056 med Gleason score ved hjelp av case-case analyse av QLD datasettet viste en signifikant sammenheng (tabell 3).. C-allelet var betydelig mer vanlig hos pasienter med mindre aggressiv sykdom sammenlignet med pasienter med mer aggressiv sykdom med per allel OR = 0,70, 95% CI = 0,56 til 0,89; p = 0,003) (tabell 4). Analyse av denne SNP i de tilgjengelige replikering settene viste bevis for foreningen i Storbritannia scenen tre datasett (OR = 0,87, 95% CI = 0,78 til 0,98; p = 0,020), og resultatene var i samme retning for CGEMS datasett (OR = 0,93, 95% CI = 0,77 til 1,12; p = 0,43), men ikke de andre 2 studier (tabell 4, figur S2). De samlede anslag for alle 5 studiene var OR = 0,92 (95% CI = 0,86 til 0,98), men med betydelige bevis for heterogenitet (p = 0,023). Den heterogenitet av ORS ble minimert når vi begrenset vår kombinerte analysen til QLD, UK GWAS stadium 3 og CGEMS datasett (heterogenitet p = 0,86). Utnytte disse tre datasettene, en kombinert OR på 0,85. (95% CI = 0,77 til 0,93; p = 2,7 × 10
-4) ble observert for rs2659056
Diskusjoner
i denne studien ble 12 SNPs genotypede i 1,011 australske prostatakreft tilfeller og 1,405 mannlige kontroller fra en opprinnelig valgt sett av 22 SNPs (7 tag SNPs fra HapMap og 15 SNPs valgt på grunnlag av
i silikon plantev
analyse). To SNPs, rs2659053 og rs35711205, til stede i den antatte promoter-regionen i
KLK15
genet (både oppstrøms ekson «A») [26], viste en sammenheng med risikoen for prostatakreft. Men i en fersk undersøkelse, fra 1,179 saker og 1,124 kontrollpersoner, utgitt av parikh
et al
, disse to SNPs ble ikke funnet å være signifikant assosiert med risiko for prostatakreft fra beregnede data fra PLCO kohort [ ,,,0],27]. Selv om dette kan tyde på at våre funn reflektere falske positive assosiasjoner, til vår beste kunnskap disse SNPs har ikke vært direkte genotypet i forrige GWAS [28] [25] eller kandidat genet assosiasjonsstudier fokusert på
Kallikrein
locus [19] og dermed trenger replikasjon i en større prøvesett.
KLK15
tagSNP rs2659056 ble funnet å være signifikant assosiert med risiko for prostatakreft bare i Storbritannia GWAS trinn 1 datasett, men ikke i andre datasett. Dette kan muligens skyldes forskjellige pasient- og kontrollutvalgskriterier. Spesielt de britiske GWAS stadium 1 styrer [24] ble valgt av design for lav PSA ( 0,5 ng /ml) og ingen begrensninger ble plassert på sak-gruppe PSA-verdier, mens trinn 2 og stadium 3 UK GWAS datasett, viser svekket risikoestimater, hadde mindre strenge utvalg av kontroller (PSA nivåer av 10 og krever en negativ prostatabiopsi hvis Ptil var 4). I tillegg QLD og CGEMS prøvene viser ingen sammenheng med risiko hadde ingen valg av kontroller av Ptil. Til støtte for denne forklaringen, er forskjellig kontroll allel frekvens i Storbritannia trinn 1 datasett i forhold til de andre datasett (p = 0,0001). Interessant, fant vi en signifikant sammenheng med samme SNP med prostatakreft aggressivitet i vår QLD studiekohorten. Det var ingen genotypisk sammenheng mellom rs2659056 SNP og diverse andre kliniske markører hos friske menn, inkludert serum vasectomy (p = 0,89), og alkoholforbruk (p = 0,30), og dermed disse kliniske variabler ikke er confounding våre resultater. Det var bevis for replikering i Storbritannia GWAS scenen tre datasett fra mer enn 3000 pasienter fra Storbritannia og Australia og CGEMS studie av ~1,000 amerikanske pasienter for foreningen av rs2659056 SNP og prostatakreft aggressivitet, men ikke i Storbritannia GWAS trinn 1 og trinn 2 datasett, med betydelig heterogenitet observert over datasett drevet av den britiske GWAS trinn 1 og trinn 2 datasett. Denne heterogeniteten kan delvis forklares med forskjeller i tumor karaktersystemer av urologer i ulike land, samt av ulike pasientrekrutteringskriterier for de ulike prøvesett – for eksempel den australske pasientprøvene var patologi-bekreftet pasienter som hadde hatt symptomatisk sykdom , mens den britiske GWAS stadium 1 prøvene ble oppdaget av PSA screening og ble også beriket for tidlig debut sykdom eller pasienter med familiær historie av prostatakreft. Denne interessante funn vil dra nytte av videre replikering i svært store konsortiet prøvesett, slik som de av PRAKTISK (
Pr
ostate
c
ancer
en
ssociation gruppe
t
o
i
nvestigate
c
ancer
en
ssociated en
l
terations i genomet konsortiet).
SNP rs2659056 ble valgt som en HapMap tagSNP, men ligger i et gen regulatoriske region ~400 bps nedstrøms for et nylig identifiserte
KLK15
exon [26]. Det ble derfor vurdert for en mulig årsaks effekt på transkripsjonsfaktor bindende affinitet for å undersøke om det kan endre
KLK15
genekspresjon via denne mekanismen. Databasen TFSEARCH (https://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html) indikerte at en A til G forandring i rs2659056 øker score for binding av orphan nukleær reseptor RORalpha, som har vist seg å være involvert ved kontroll av cellevekst og differensiering, sammen med kontroll av metastaserende oppførsel av androgen-uavhengig prostatacancerceller [29]. Dermed foreningen av rs2659056 SNP med prostatakreft aggressivitet, hvis bekreftet i større studier, ville prioritere rs2659056 SNP seg som mulig utløsende SNP.
I tråd med våre resultater, parikh
et al
nylig identifisert signifikante sammenhenger mellom
KLK3
SNPs i nonaggressive prostatakreft bare [27]. Våre resultater og at av parikh
et al
tyder på at risiko effekter observert i Ptil locus kan reflektere den økte identifisering av menn med klinisk ubetydelige og ikke-livstruende prostatakreft ved bruk av PSA for screening av prostata kreft. Det er imidlertid mulig at
kallikrein
locus SNPs bidra til PSA nivåer og prostatakreft uavhengig, og dermed videre studier er nødvendig for å avgrense rollen som
kallikrein
locus SNPs i prostatakreft etiologi.
i konklusjonen, dette arbeidet representerer en grundig studie av genetisk variasjon i
Prostinogen Twitter /
KLK15
genet. Vår undersøkelse har gjort maksimal utnyttelse av eksisterende databaser og bioinformatiske programmer til shortlist SNPs for inkludering i en prostatakreft genetisk tilknytning studien. Vi identifiserte rs2659056 å bli assosiert med tumor aggressivitet i en QLD prøvesett og dette resultatet ble kopiert i to store internasjonale kohorter. Tilleggs eksperimentelle bevis er nødvendig for å gjenskape våre resultater og for å forstå effekten av denne varianten om regulering av
KLK15
uttrykk, og dens forhold til PSA nivåer og mulige confounders introdusert av case og kontroll utvalgskriterier basert på PSA-nivå .
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
studien protokollen ble godkjent av Human forskningsetiske komiteer av QUT, QIMR, Mater Hospital (for Brisbane Private Hospital), Royal Brisbane Hospital, Princess Alexandra Hospital og Kreftrådet Queensland. Alle deltakerne ga skriftlig informert samtykke.
deltagerne
Queensland (QLD) prostatakreft tilfeller og kontroller.
Queens prostata krefttilfeller (N = 1011) ble konstatert fra to studier. I den første tverrsnittsstudie, ble menn med prostatakreft rekruttert innen to år etter diagnose gjennom urolog henvisninger fra tre sykehus i Brisbane, Queensland (N = 154, aldersgruppe 51-87 år) [17]. I den andre langsgående randomisert kontroll studie studie med tittelen Prostate Cancer Supportive Care og Patient Outcomes Project (ProScan): menn nylig diagnostisert med prostatakreft fra 26 private praksiser og 10 offentlige sykehus i Queensland ble henvist direkte til Proscan ved diagnosetidspunktet ved sin behandling kliniker (N = 857, aldersgruppe 43-88 år) [30]. Alle saker hadde histopathologically bekreftet prostatakreft, etter presentasjonen med en unormal serum PSA og /eller nedre urinveissymptomer. Mann kontroller (N = 1405) med ingen personlig historie av prostatakreft ble rekruttert fra to forskjellige kilder. Mann blodgivere ble rekruttert gjennom den australske Røde Kors Blod Services i Brisbane (N = 836, aldersgruppe 18-75 år) [17]. Den andre kontrollgruppen består menn tilfeldig valgt fra den australske Electoral Roll (stemmegivning er obligatorisk i Australia), alder-matchet (i 5 år grupper; aldersgruppen 54-90 år) og område-kode tilpasset ProScan tilfeller (N = 569) . Kliniske og epidemiologiske egenskapene til deltakerne er detaljert i tabell 1.
Replication sett.
Analyser var basert på prøver genotypet i første og andre del av en britisk /australsk GWAS, samlet som tidligere beskrevet [ ,,,0],24], [28], sammen med en tredje scene som involverer en ytterligere 4574 (3041 med data på Gleason score) tilfeller og 4,165 kontroller. Kort, trinn 1 prostata krefttilfeller (N = 2017) var fra Storbritannia Genetic Prostate Cancer Study (UKGPCS) og ble valgt på grunnlag av enten en diagnose i en alder ≤60 år (N = 1291) eller en første- eller andre- grad familiehistorie med prostatakreft (N = 726). Mann kontroller (N = 2001) inkluderte menn i alderen ≥50 år med en PSA av ≤0.5 ng /ml, geografisk tilpasset de prostatakreft tilfeller valgt gjennom beskytte studien.
Stage 2 består prostatakreft tilfeller og kontroller fra Storbritannia og Australia. Den tidligere ble konstatert gjennom UKGPCS som ovenfor (N = 332) og gjennom en systematisk innsamlet serie fra prostatakreft klinikker i Urologi enheten ved Royal Marsden NHS Foundation Trust (N = 1680) over en 14-års periode. UK kontroller ble identifisert gjennom UKGPCS studien (N = 449) og Protect studien (begrenset til de menn med PSA av 10 ng /ml, N = 1712). Selvrapportert «ikke-hvite» menn ble ekskludert. De australske scene 2 saker ble konstatert fra tre studier: (i) en populasjonsbasert serie med prostata kreft tilfeller identifisert fra den viktorianske Kreftregisteret siden 1999, diagnostisert på 56 år (tidlig debut Prostate Cancer Study (EOPCFS), N = 526 ); (Ii) en populasjonsbasert case-control studie basert på tilfeller diagnostisert i Melbourne og Perth (risikofaktorer for prostatakreft Study (RFPCS), N = 594); og (iii) en prospektiv studie av 17,154 menn i alderen 40-69 år på rekruttering i 1990-1994 (Melbourne Collaborative Cohort Study (MCC), N = 190). For RFPCS, ble sakene identifisert fra befolkningen kreftregistre, hadde histopathologically bekreftet prostatakreft (unntatt svulster med Gleason score på mindre enn 5), og ble diagnostisert på 70 år med prøvetaking stratifisert etter alder ved diagnose. Australian stadium 2 kontroller ble rekrutterte enten som en del av RFPCS studien, der de ble identifisert gjennom den australske manntallet og frekvens tilpasset aldersfordelingen av de RFPCS tilfellene (N = 509), eller var et tilfeldig utvalg fra MCC-ene kullet (N = 760)
Stage 3 prøver ble valgt ut fra UKGPCS som for trinn 1 og 2.; fra studier av epidemiologi og risikofaktorer i Cancer arvelighet (SØK), en case-control studie basert på region dekket av den østlige britiske Kreftregisteret og Information Centre (ECRIC); og fra de australske epidemiologiske studier som i trinn 2.
Vi har også tatt med data fra Kreft genetiske markører av følsomhet (CGEMS) studie, en GWAS av 1117 prostatakreft tilfeller oversamples for aggressiv sykdom og 1105 kontroller, hentet fra Europa PLCO studie (https://cgems.cancer.gov/).
KLK15
Sekvensering og genotyping
Metoder brukt for DNA forberedelse og genotyping har blitt beskrevet tidligere [18]. I korthet ble kimlinje DNA ekstrahert fra perifert blod ved hjelp av Qiagen DNA isolasjonskit for alle mennesker rekruttert i studien. Fire primersett ble designet for å forsterke utvalgte regioner valgt fra
i silico
analyse av antatte
KLK15
promoter-regionen. For arrangøren sekvensering, ble primersett utformet ved hjelp NETprimer (https://www.premierbiosoft.com/netprimer/netprlaunch/etprlaunch.html) og kjøpt fra Sigma Proligo (Sigma Proligo, NSW, Australia). Ti ng av kimlinje DNA fra 20 aggressive prostata kreftpasienter ble amplifisert i en 20 pl polymerase kjedereaksjon (PCR) blanding optimalisert for hver primer som tidligere beskrevet [26].
SNP’er i Queensland (QLD) datasett var genotypet ved hjelp iPLEX Gold analyser på Sequenom MassARRAY plattform (Sequenom, San Diego, USA), som beskrevet tidligere [18]. Kvalitetskontroll parametere inkludert en kombinasjon av saker og kontroller på hver plate, genotype ringe priser 95%, ≥98% samstemmighet mellom duplikater ( 5% duplikater på hver plate), fire negative (H
2o) kontroller per 384-brønners plate og Hardy-Weinberg likevekt p-verdiene . 0,05
genotyping av de replikasjonsprøvesettene ble utført som en del av en publisert genom-wide krets studie (GWAS) [25], [28]. The Stage 3 genotyping ble gjort ved hjelp av en Illumina Golden Gate-analyse (https://www.illumina.com).
Statistical Analysis
kovariater, inkludert alder ved diagnose, screening historie og første- grad familiehistorie med prostatakreft, ble undersøkt for å se om slike faktorer endret risikoestimater med ≥10%. Etter disse testene, ble bare alder ved diagnose (kontinuerlig variabel) og studiegruppen (som en kategorisk variabel) inkludert i de endelige modellene. Predictive Analytics programvare (PASW) Statistikk versjon 17.0.2 (SPSS Inc, Chicago, Illinois) ble brukt for alle analyser, med mindre annet er spesifisert. Sammenligninger av genotype distribusjon og deres tilknytning til prostatakreft mottakelighet og kliniske data ble utført under co-dominante og lineære modeller, ved hjelp av chi-kvadrat og logistisk regresjonsanalyse, og odds ratio og p ble beregnet verdier. Prostatakreft tilfeller med svulst Gleason score ≥ 7 ble klassifisert som aggressiv. For den kombinerte analysen, genotype og fenotype data (sykdomsstatus, Gleason score, alder, familiehistorie etc) ble oppnådd for ulike studier og ble analysert i henhold til ovennevnte etter justering for studiegrupper og alder (som en kategorisk variabel). Graden av heterogenitet på tvers av studier ble målt ved sannsynligheten forholdet test. Etter påføring Bonferronikorreksjon, en p-verdi på 0,004 ble betraktet som signifikant å redegjøre for de 12 SNPs studert
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1..
koblingsulikevekt map generert av Haploview 4.2. Frekvensdata ble generert for kontroll mannlige individer og kart LD ble plottet. SNPs i fet skrift ble funnet å ha frekvenser 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s001 product: (PDF)
Figur S2..
Forest plott som viser sammenhengen mellom rs2659056 og prostata svulst aggressivitet i fem ulike studiegrupper, ved hjelp av en case-case analyse
doi:. 10,1371 /journal.pone.0026527.s002 plakater (PPTX)
Tabell S1.
SNP utvalg for
KLK15
genetisk tilknytning analyse med risiko for prostatakreft. SNPs i
KLK15
genet stammer fra HapMap databasen og de av
i silikoaluminofosfater
prediksjon metoder ble genotypet i mannlig kontroll, og den mindreårige allel frekvens (MAF) og HWE ble beregnet ved hjelp av Haploview 4.2 hos friske menn. SNPs i fet skrift ble nominert til genotyping og forening analyse på grunnlag LD beregninger
doi:. 10,1371 /journal.pone.0026527.s003 plakater (DOC)
Tabell S2.
Association mellom
KLK15
HapMap Tag og antatte funksjonelle SNPs og prostatakreft risiko i QLD, UK Stage 1 GWAS og PLCO studiegrupper.
doi: 10,1371 /journal.pone.0026527.s004 plakater (DOC)
Takk
Forfatterne ønsker å takke de mange pasienter og kontrollpersoner som deltok så villig i denne studien, og de mange institusjonene og deres ansatte som har støttet rekruttering. For de australske prøvesett, forfatterne er svært takknemlig for ansatte på australske Røde Kors Blod Services for deres hjelp med innsamling av risikofaktoren informasjon og blodprøver av friske donor kontroller; Urologisk Society of Australia og New Zealand, og medlemmer av Cancer Council Queensland for ProScan deltaker informasjon, inkludert Megan Ferguson og Andrea Kittilä, og Dr. David Nicol for rekruttering av pasienter til Retrospective Queensland Study. Takk til medlemmer av QUT prostatakreft Program, spesielt Patricia Vanden Bergh, Soulmaz Rostami, Naomi Richardson, og Robert Smith; den QIMR Molecular Cancer Epidemiology Laboratorium for deres hjelp med rekruttering og biospecimen behandling og Xiaoqing Chen og Jonathan Beesley for teknisk rådgivning. For de britiske prøvesett, vil vi gjerne takke Storbritannia Genetisk Prostate Cancer Study Samarbeidspartnere og British Association of Urologiske Surgeons «Seksjon for onkologi for deres samarbeid på studiet. Forfatterne ønsker også å erkjenne den enorme bidrag fra alle medlemmene av Protect studien forskergruppen.
