Abstract
Bakgrunn
enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i matriksmetalloproteinase 1 (MMP-1) spiller viktige roller i visse typer kreft. Denne studien undersøkte sammenhengen mellom individuelle SNPs eller haplotyper i MMP-1 og mottakelighet, clinicopathological parametre og prognose av magekreft i et stort utvalg av Han befolkningen i det nordlige Kina.
Metoder
I dette tilfellet kontrollert studie var det 404 pasienter med magekreft og 404 friske kontroller. Syv SNPs ble genotypet ved hjelp av MALDI-TOF MS system. Deretter ble SPSS programvare, Haploview 4.2 software, Haplo.states programvare og THEsias programvare som brukes til å estimere sammenhengen mellom individuelle SNPs eller haplotyper av MMP-1 og magekreft mottakelighet, progresjon og prognose.
Resultater
Blant sju SNPs, var det ingen individuelle SNPs korrelert til magekreft risiko. Videre bare rs470206 genotype hadde en sammenheng med histologiske karakterer, og pasienter med GA /AA hadde vel celledifferensiering i forhold til pasienter med genotype GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353 til 0,929; p = 0,023). Deretter konstruerte vi en fire-markør haplotype blokk som inneholdt 4 vanlige haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA. Men alle fire vanlige haplotyper hadde ingen sammenheng med magekreft risiko, og vi fant ikke noen sammenheng mellom disse haplotyper og clinicopathological parametere i magekreft. Videre verken individuelle SNPs eller haplotyper hadde en tilknytning til overlevelse av pasienter med magekreft.
Konklusjoner
Denne studien evaluerte polymorfismer av MMP-1 genet i magekreft med en MALDI-TOF MS metode i et stort nord kinesisk case-kontrollerte kohort. Våre resultater indikerer at disse syv SNPs av MMP-en ikke kan være nyttig som viktige markører for å forutsi magekreft mottakelighet, progresjon eller prognose, i hvert fall i Han befolkningen i Nord-Kina
Citation. Song YX, Zhou X, Wang ZN, Gao P, Li AL, Liang JW, et al. (2012) Foreningen mellom Individuell SNPs eller haplotyper av matriksmetalloproteinase 1 og magekreft Følsomhet, progresjon og prognose. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10,1371 /journal.pone.0038002
Redaktør: Yury E. Khudyakov, Centers for Disease Control and Prevention, USA
mottatt: 30 januar 2012; Godkjent: 29 april 2012; Publisert: May 24, 2012 |
Copyright: © 2012 Song et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Science Foundation National of China (nr 30972879 og nr 81172370), Program for vitenskapelig og teknologisk Institutt for Liaoning-provinsen (nr 2010225032) og Science Foundation i Liaoning-provinsen Natural (nr 20092129). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP er en av de vanligste ledende årsakene til kreft relatert dødelighet på verdensbasis [1]. Til tross for noen fremskritt i diagnostikk og behandling av magekreft i løpet av de siste tiårene, er prognosen for pasienter med avansert magekreft er fortsatt dårlig [2]. Som andre kreftformer, utvikling av magekreft er en flertrinnsprosess med akkumulering av genetiske og epigenetiske endringer. Oppdagelsen og anvendelse av biomarkører som kan innarbeides med tradisjonell kreftdiagnose, iscenesettelse og prognose kan i stor grad bidra til å forbedre tidlig diagnose og pasientbehandling [3]. Med ferdigstillelsen av det menneskelige genom-prosjektet, har millioner av enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) blitt identifisert som attraktive biomarkører i kreft risikovurdering, screening, stillas, eller gradering av [4].
Matrix metalloproteinaser (MMP) er en viktig familie av metall-avhengige enzymer som er ansvarlig for nedbrytning av ekstracellulære matrikskomponenter [5]. Molekylære epidemiologiske studier har vist assosiasjoner mellom genetisk polymorfisme av MMP’er og kreft mottakelighet, progresjon og prognose [6] – [10]. Nylig har noen SNP’er av MMP-1 blitt vist å være signifikant assosiert med øket risiko for utvikling av lungekreft [6], [7], [11]. I brystkreft, Karolina Przybylowska et al. funnet at 2G allel av 1G /2G MMP-1-genet polymorfisme kan være ansvarlig for lymfeknute (LN) metastase [8]. På den annen side, begge studier av Hinoda Y et al. og Ghilardi G et al. fant at SNPs av MMP-1 ble knyttet til økt risiko for tykktarmskreft [12], [13]. Videre ble en SNP i MMP-1-promoteren vist å være korrelert med histologisk differensiering av magekreft [14]. Men andre studier viste en negativ sammenheng mellom MMP-1 polymorfismer og cancer susceptibility [15], [16], [17]. Videre ble de fleste av disse studiene er begrenset til små prøver, noen SNPs eller konstruert haplotyper fra to eller tre polymorfe nettsteder. Dermed et stort utvalg og mer polymorfe nettsteder er avgjørende for å forstå rollen av MMP-1 SNPs i magekreftutvikling.
I denne studien, i en stor prøve av Han befolkningen i Nord-Kina, brukte vi formalinfikserte, parafininnstøpte vev (FFPETs)-avledede DNA-prøver fra pasienter og blod-avledet DNA fra kontroller i en matriks-assistert laserdesorpsjon /ionisering time-of-flight massespektrometri (MALDI-TOF MS) -metoden for å studere potensielle assosiasjoner mellom syv SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 og rs1144396) eller haplotyper i MMP-1 og tumor mottakelighet, clinicopathological parametere og overlevelse av magekreft.
Materialer og metoder
Subject utvalg
Denne studien besto av 404 primær mage kreftpasienter og 404 kontroller og alle fag var fra Han-befolkningen i det nordlige Kina. Faget egenskaper har blitt beskrevet tidligere [18]. Kort, kvalifiserte pasienter hadde fått radikal kirurgi ved det første sykehuset i Kina Medical University mellom januar 1998 og desember 2004 og ble diagnostisert med magekreft basert på histopatologiske evaluering. Svulsten histologisk grad ble vurdert i henhold til Verdens helseorganisasjon kriterier og svulster ble iscenesatt ved hjelp av syvende utgaven av TNM staging av International Union Against Cancer (UICC) /amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) system (2010) basert på postoperativ patologisk undersøkelse av prøvene. Komplett patologiske data ble oppnådd blant annet alder, kjønn, dato for operasjonen, plassering av primærtumor, histologisk grad, venøs invasjon, lymphovascular invasjon, dybden av invasjonen, antall LNS hentet, antall metastatiske LNS, og antall kreftforekomster hentet. De (i) med synkron eller metachronous ondartede svulster, (ii) med fjernmetastaser funnet preoperativt, (iii) som gjennomgikk preoperativ strålebehandling eller kjemoterapi, eller (iv) med ufullstendige patologiske data oppføringer ble ekskludert fra denne studien. Oppfølging ble gjennomført for hele studiepopulasjonen til januar 2010. To pasienter døde i den postoperative perioden (innen 30 dager) og 21 pasienter ble ikke fulgt opp; Derfor, 381 pasienter ble inkludert i overlevelsesanalyse. Median og gjennomsnittlig oppfølgings perioder var 90,0 måneder og 93.3 ± 20,24 måneder (variasjon: 61-136 måneder), henholdsvis. Følgende data ble innhentet for alle pasienter: dødsdato (hvis aktuelt), dødsårsak (hvis aktuelt), og dato for oppfølging. Det primære endepunktet var kreftspesifikk overlevelse varighet fra dato for magekreft diagnose til dødsdato. Den 5-års overlevelse av de 404 pasientene var 54,2%.
404 blodprøver av kontrollgruppen ble hentet fra kreftfrie individer som ble tilfeldig valgt basert på fysiske undersøkelser i løpet av desember 2009 til august 2011, og denne gruppen ble antatt å være en god representasjon av befolkningen i denne regionen. Utvalgskriteriene inkluderte ingen individuelle historie av kreft, frekvens matchende saker om kjønn og alder, og personene var urelaterte etniske Han-kinesere. Prøvene (etylendiamintetraeddiksyre [EDTA] antikoagulere) ble lagret ved -20 ° C i løpet av 30-40 minutter, og deretter flyttet til en fryser ved -80 ° C i løpet av 2 eller 3 dager etter samling.
etikk uttalelse
studiet ble godkjent av forskningsetiske komité for Kina Medical University, Kina. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle mennesker før du deltar i studien.
DNA-ekstraksjon
Genomisk DNA ble ekstrahert fra FFPET prøver i saken gruppen. Seksjoner med en tykkelse på 8 um og et overflateareal på opp til 250 mm
2 ble fremstilt med en mikrotom og DNA ble isolert fra 6 deler til 12 deler, avhengig av vev størrelse og celletellinger den. Mikrotomen ble rengjort og bladene ble endret for å unngå intersample forurensning. DNA-ekstraksjon fra FFPETs ble utført med en QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden) [19], fremgangsmåtene beskrevet av produsenten og vår tidligere arbeid [18]. Omtrent 2-10 ug DNA ble utvunnet i 50 ul sluttløsning og ble lagret ved -80 ° C.
Genomisk DNA ble ekstrahert fra blodprøver fra kontrollgruppen med den universelle Genomisk DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) i henhold til produsentens instruksjoner og vår tidligere arbeid [18]. Om 2-6 ug DNA ble gjenfunnet i TE og ble lagret ved -80 ° C.
Valg av kandidat SNPs
Studien inkluderte syv SNPs i MMP-1, som ble tatt fra NCBI-databasen SNP’er, og HapMap databasen. Vi valgte SNP’er over genloci for å sikre en høy tetthet av markører og for å gi tilstrekkelig karakterisering av haplotype mangfold [6]. Alle valgte SNPs ble pålagt å ha en mindre allel frekvens ≥5%. Vi valgte derfor syv SNPs:. Rs2071231 (intron), rs7125062 (intron), rs491152 (intron), rs470558 (ekson), rs2075847 (5’UTR), rs470206 (5 «UTR) og rs1144396 (Fig. 1A)
A, MMP-1 genet struktur. Fylte bokser representerer eksoner (5 «→ 3»). Pilene viser plasseringen av SNPs. B: Kartlegging av blokken strukturen av de syv SNP som genereres av Haploview. Verdien innenfor hver rute i trekanten tomten representerer den parvise korrelasjonen mellom SNPs (målt som D «) definert av øvre venstre og øvre høyre side av rutene. The Squares uten tall tilsvarer D «= 1. Shading representerer størrelsen og betydningen av parvis LD, med en rød til hvit gradient reflekterer høyere til lavere LD verdier. Hyppigheten av hver felles haplotype i en blokk er til høyre for haplotype
SNPs analyse og validering
SNPs ble genotypet ved hjelp av MALDI-TOF MS system (MassARRAY;. Sequenom , San Diego, CA, USA) med primere og prober (tabell S1) som tidligere beskrevet [19], [20]. For å sikre skrivekvalitet, 1% positive prøver (Yanhuang celle-stamme) ble inkorporert i hver genotyping plate for å validere påliteligheten av primere og 1% negative prøver (vann uten DNA) ble anvendt for å overvåke forurensning. 5% tilfeldige prøver ble testet i duplikat ved forskjellige personer og reproduserbarheten var 100%. Laboratoriepersonalet ble blindet til prøven arrangement under prosessen. MALDI-TOF-MS-analyse var i henhold til Justenhoven et al. [21] og den viktigste prosessen inkludert PCR forsterkning (GeneAmp® PCR System 9700 Dual 384-Well Sample Block Module, Sequenom), reker alkalisk fosfatase behandling (Sequenom), basen skjøte reaksjoner, salt fjerning med harpiks, SpectroCHIP dispensing (384-brønn SpectroCHIP microarray, Sequenom). Diskrimineringen allelisk ble oppnådd ved analyse med et MassARRAY Analyzer kompakt massespektrometer (MT9). Til slutt ble utført dataanalyse ved hjelp MassArray Typer Analyzer 4.0 (Sequenom, San Diego, California) [22].
koblingsulikevekt (LD) blokk besluttsomhet og haplotype bygging
Haploview 4.2 software var brukes til å evaluere LD og konstruere haplotyper som tidligere beskrevet [6]. LD mellom de syv SNP som brukes i haplotype-analyse ble målt ved hjelp av en parvis D «statistikk. Strukturen av LD blokken ble undersøkt ved hjelp av fremgangsmåten ifølge Gabriel et al. [23], ved hjelp av 80% tillit grenser D «for å definere områder av historisk rekombinasjon mellom SNPs. Haplotyper ble konstruert fra genotype data i full størrelse case-control panel i blokker ved hjelp av en akselerert forventning-maksimering algoritme metode med Haploview 4.2 programvare [6], [24]. Videre har vi gjort SNP genotype kombinasjoner for å finne deres tilknytning til magekreft [25].
Statistisk analyse
En tosidig kji-kvadrat (χ2) test ble brukt for å estimere bestandsfordeling egenskaper, sammenligne forskjeller i allel og genotypiske frekvenser mellom saker og kontroller og estimat assosiasjoner mellom individuelle SNPs og clinicopathological parametere. For å vurdere betydningen, ble en permutasjon prosedyre (1000 tester) brukt til å korrigere den P-verdi av enkelt-locus forening resultater [6]. En permutasjon test er en form for statistisk signifikans test hvor fordelingen av teststatistikken under nullhypotesen blir oppnådd ved å beregne alle mulige verdier av teststatistikken etter rearrangementer av etikettene på de observerte datapunkter. Videre ble Bonferronikorreksjon brukt for multippel testing korreksjon [26]. Logistisk regresjon ble brukt for å analysere sammenhengen mellom genotypefrekvensene og magekreft risiko, justert for kjønn og alder. Overlevelsesanalyser ble gjort med log-rank test og Cox modell. Den Haploview 4,2 programvarepakken ble brukt til: estimat parvis LD, oppdage avvik fra Hardy-Weinberg likevekt, konstruere haplotyper, beregne haplotype frekvenser og estimat assosiasjoner mellom haplotyper og magekreft risiko. Vi har også brukt Haplo.states programvare for å vurdere sammenhengen mellom haplotyper og clinicopathologic funksjoner [6], [27]. Den THEsias programvare basert på Cox overlevelse regresjon i haplotype-baserte krets analyse ved hjelp av stokastisk-EM-algoritme ble anvendt for å fremstille overlevelse analyse av haplotypene [28]. På grunn av flere hypotesetesting, ble P-verdi for betydningen justert konservativt ved Bonferronikorreksjon til 0,007 (0,05 /7)
Resultater
emne egenskaper
Som vist i Tabell 1 og tidligere arbeid, gjennomsnittsalderen var 56,67 ± 11,92 y og andelen menn var 70,54% i tilfelle gruppen. Gjennomsnittsalderen for kontrollgruppen var 56,91 ± 11,48 y og andelen menn var 70,54%. Det var ingen statistisk signifikant forskjell i fordelingen av kjønn og alder mellom pasienter og kontroller (alle P = 1,00). Dessuten, av de 404 pasientene, 85 (21,04%) hadde stadium I magekreft, 107 (26,49%) hadde stadium II magekreft, og 212 (52,48%) hadde stadium III mage kreft (Tabell 1). De andre clinicopathological parametere av mage kreftpasienter er vist i tabell 1.
Genotyping suksess priser, LD og haplotype struktur
Alle SNPs var polymorfe med mindre allelfrekvensene 10% og genotypen distribusjoner var alle i avtalen med Hardy-Weinberg likevekt (data ikke vist). Den suksessraten høy i tilfelle gruppen (98,27 til 100%) og kontrollgruppen (99,50 til 100%, Tabell S2). Deretter brukte vi Haploview 4.2 programvare for å evaluere LD og konstruere haplotyper. LD ble observert i rs2071231, rs7125062, rs491152 og rs470558 (alle D ≥0.99), og disse fire SNPs konstruert blokk 1. Blokk 1 dekket 5,0 kb og inneholdt 4 vanlige haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA (frekvensområde: 0.127- 0,500), som utgjorde ca. 99,9% av pasientene (Fig.1B).
foreninger mellom individuelle SNPs og magekreft risiko, clinicopathological parametere og overlevelse
som vist i tabell 2, var det ingen statistisk forskjell i allelet fordeling mellom pasienter og kontroller (P 0,007 og P 0,007 etter en permutasjon test for allele frekvenser og Bonferroni korreksjon). Dessuten var det ingen sammenheng mellom genotype fordelinger av de syv SNPs i MMP-1 og risikoen for magekreft (P 0,007 og P 0,007 etter å ha blitt justert for kjønn og alder for genotypiske frekvenser, tabell 3)
de genotyper av individuelle SNPs ble evaluert for assosiasjoner med clinicopathological parametere. Tabell 4 viser at rs470206 genotyper hadde en sammenheng med histologiske karakterer, og pasienter med GA /AA hadde vel celledifferensiering i forhold til pasienter med genotype GG (OR = 0,573; 95% CI: 0,353 til 0,929; p = 0,023). Det var imidlertid ikke signifikant etter Bonferroni korreksjon. De andre genotyper av SNPs hadde ingen signifikante sammenhenger med clinicopathological parametere i magekreft.
I univariat analyse, Borrmann typen, PT kategori, lymfeknutemetastaser, lymphovascular invasjon og TNM stadium ble vist å være signifikant prognostisk forhold (Tabell 5). Men de statistiske resultatene viste at alle genotyper av de syv SNPs hadde ingen assosiasjoner med overlevelse av pasienter med magekreft (alle P 0,007, tabell 5).
Foreninger mellom haplotyper eller SNP genotype kombinasjoner og magekreft risiko, clinicopathological parametre og overlevelse
Ved hjelp Haploview 4.2 software, bygget vi en fire-markør haplotype blokken, som inneholdt fire vanlige haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA. Alle fire vanlige haplotyper hadde ingen sammenheng med magekreftrisiko (P 0,007 og P 0,007 etter en permutasjon test; Tabell S3). Videre fant vi ikke noen sammenheng mellom disse fire vanlige haplotyper og clinicopathological parametere i magekreft (alle P 0,007, Tabell S4). Videre er resultatet av univariate analyser viste ingen sammenheng mellom alle haplotyper og overlevelse av pasienter med magekreft. (Alle P 0,007, Tabell S5)
Så gjorde vi SNP genotype kombinasjoner for å finne deres tilknytning til mage kreftrisiko. Blant alle kombinasjoner, genotype kombinasjoner av to SNPs (rs2071231 og rs470206) hadde fire undergrupper: TA, TG, GG og AA. Selv om LD mellom de to SNPs ikke eksisterte og de fire undergruppene hadde ingen sammenheng med magekreftrisiko (P = 0,523), pasienter med TA hadde vel celledifferensiering i forhold til pasienter med genotype TG (OR = 0,561; 95% CI : 0,357 til 0,881; p = 0,022). Det var imidlertid ikke signifikant etter Bonferroni korreksjon. Videre alle undergrupper hadde ingen assosiasjoner med overlevelse av pasienter med magekreft (alle P 0,007). Den andre genotypen kombinasjoner hadde ingen signifikante resultater.
diskusjon
degradering av ekstracellulær matriks og basalmembran av MMP’er er en av de viktigste regulatoriske elementer i en rekke fysiologiske og patologiske prosesser av tumorinvasjon og metastase [5]. De fleste av tidligere studier har fokusert på forholdet mellom SNP’er og MMP-2 og MMP-9. Videre har enkelte SNP’er av MMP-1 blitt vist å være signifikant assosiert med øket risiko for utvikling av lungekreft, brystkreft og tykktarmskreft [6] – [8], [11] – [13]. Men andre studier viste en negativ sammenheng mellom MMP-1 polymorfismer og cancer susceptibility [15] – [17]. Videre, i magekreft, de fleste av studiene på MMP-1 har kun fokusert på viktigheten av SNP (-1607 1G /2G) i promotor i relativt små prøver. Jin X et al. rapportert at det var noen sammenheng av MMP-en promoter polymorfisme (-1607 1G /2G) med mottakelighet for mage hjerte adenokarsinom i Nord-Kina (183 pasienter) [15]. Men en studie på en japansk populasjon (215 pasienter) viste at, selv om nærværet av 2G-allelet (-1607) i MMP-1-promoteren ikke øke risikoen for magekreft, kan det være involvert i differensiering av magekreft [14]. Derfor et stort utvalg og mer polymorfe nettsteder er avgjørende for å forstå den rollen MMP-1 SNPs i magekreftutvikling.
Med tanke på ovenfor, vi valgte syv polymorfe nettsteder over MMP-1 for å sikre en høy tetthet av markører og å gi tilstrekkelig karakterisering av haplotype mangfold. Videre valgte vi 404 pasienter og 404 kontroller som hadde samme fordelingene for kjønn og alder. På den annen side, inntil nå har de fleste av de SNP ble undersøkt ved restriksjonsfragmentlengde-polymorfisme (RFLP) -analyse [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] og pyrosekvensering analyse [31]. Foreløpig MALDI-TOF MS-metoden, som tilbyr omtrent 100% nøyaktighet for SNP genotyping, regnes som en gullstandard [19], [32]. Videre har tidligere rapporter viste at det ikke var noen allelisk frekvensforskjeller mellom FFPET-avledet DNA og blod-avledet DNA fra det samme individ gjennom flere metoder, inkludert MALDI-TOF MS [33] – [35]. Derfor er genotyping av FFPET-avledet DNA ved MALDI-TOF MS pålitelig og reproduserbar. Våre resultater viste også høy suksessrate varierer mellom 98,27% og 100% (gjennomsnitt: 99,43%), noe som var i samsvar med tidligere rapporterte data [19], [32], [33]
Blant sju SNPs. Sun et al. viste at risikoen allele frekvenser av rs7125062, rs2075847 og rs470206 var høyere hos pasienter med lungekreft enn i kontrollgruppen [6]. Men i denne studien, var det ingen individuelle SNPs korrelert til magekreft risiko. Videre rs470206 genotyper hadde en corelation med histologiske karakterer, og pasienter med GA /AA hadde vel celledifferensiering i forhold til pasienter med genotype GG. Dette resultatet var lik de polymorfe områdene (-1607 1G /2G), som kan være involvert i differensiering av magekreft [14]. Videre noen studier viste at MMP-en promoter polymorfisme (-1607 1G /2G) har en tilknytning til prognose i tungen kreft [36], brystkreft [37] og endetarmskreft [38]. Men vi fant ikke noen enkelt SNPs korrelerte med prognosen i magekreft i vår studie.
SNPs er stabilt arvet, svært rikt og vise mangfoldet innen og mellom populasjoner, som antas å være attraktive biomarkører. Imidlertid har anvendelsen av de enkelte SNP vært begrenset fordi de har lav pene og deres virkninger er relativt vanskelig å identifisere. Derfor har betydningen av haplotype informasjon vært økende for å koble DNA-sekvensvariasjon med sykdom [6], [18], [39]. I vår studie, bygget vi en fire-markør haplotype blokk som inneholdt 4 vanlige haplotyper: TCCG, GCCG, TTCG og TTTA, som var i samsvar med studiet av Sun et al. [6]. Deres studie viste haplotype TTCG hadde en frekvens som var signifikant forskjellig mellom pasienter og kontroller. Videre haplotype TTCG hadde en økt risiko for fjernmetastaser av lungekreft og, i motsetning til haplotype TTCG viste haplotype TTTA en beskyttende effekt mot lungecancer progresjon [6]. Men i vår studie, alle fire vanlige haplotyper hadde ingen sammenheng med magekreft risiko, og vi fant ikke noen sammenheng mellom disse haplotyper og clinicopathological parametere i magekreft. Videre er resultatet av univariate analyser viste ingen sammenheng mellom alle haplotyper og overlevelse av pasienter med magekreft. Inntil nå har et økende antall studier fokusert på sammenhengen mellom SNPs og sykdom, men selv med det samme SNP, resultatene var som regel annerledes. Flere og flere studier viser at ulike resultater kan være hovedsakelig knyttet til ulike kombinasjoner av faktorer, som for eksempel sykdom heterogenitet, befolkning, miljø, allele frekvenser og /eller LD forskjeller, vev kilde brukes, utvalgsstørrelser, deteksjon teknikk og så videre.
Interessant, selv om LD mellom rs2071231 og rs470206 ikke eksisterte, vi likevel gjort SNP genotype kombinasjoner ifølge studien av Ostrovsky O et al. [25]. Vi har funnet at, sammenlignet med pasienter med genotype TG, pasienter med TA hadde godt celledifferensiering. Men hyppigheten av denne typen SNP genotype kombinasjonen var svært lav i befolkningen.
I konklusjonen, denne studien vurderes polymorfismer av MMP-1 genet i magekreft med en MALDI-TOF MS metode og arkivert FFPETs i et stort nord kinesisk case-kontrollerte kohort. Selv om våre resultater var negative, denne studien først antydet at SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 og rs1144396) av MMP-en ikke kan være nyttig som viktige markører for å forutsi magekreft mottakelighet, progresjon eller prognose, på minst i Han befolkningen i det nordlige Kina. Videre kan disse resultatene gi vesentlig informasjon til andre forskere gjør kreftforskning å eliminere disse syv SNPs som diagnostiske markører for magekreft.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Primer sekvenser brukes for genotyping de syv SNPs i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s001 plakater (DOC)
Tabell S2.
genotyping suksessrate av de syv SNPs i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s002 plakater (DOC)
tabell S3.
Sammenhenger mellom haplotype frekvensene av fire SNPs i MMP-1 og risikoen for magekreft
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s003 plakater (DOC)
Tabell S4.
Sammenhenger mellom haplotype frekvensene av fire SNPs i MMP-1 og clinicopathological parametere
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s004 plakater (DOC)
Tabell S5.
Survival analyse av haplotyper av fire SNPs i MMP-1
doi:. 10,1371 /journal.pone.0038002.s005 plakater (DOC)
Takk
Vi takker institutt for kirurgisk onkologi i First Hospital i Kina Medical University for å gi humane prøver. Vi takker også College of China Medical University for teknisk assistanse i eksperimenter.
