Abstract
Bakgrunn
Foreningen mellom NAD (P) H: kinonoksidoreduktase 1 (
NQO1
) genet C609T polymorfisme (rs1800566) og lungekreft har blitt mye evaluert, og et endelig svar så langt mangler. Vi først gjennomført en case-control studie for å vurdere denne foreningen i nordøstlige Han-kinesere, og deretter utført en meta-analyse for å ytterligere løse dette problemet.
Metodikk /hovedfunnene
Dette case-control studien involverte 684 pasienter klinisk diagnostisert som lungekreft og 602 alderstilpassede kreftfrie kontroller fra Harbin i Heilongjiang-provinsen, Kina. Genotyping ble utført ved å bruke PCR-LDR (ligase påvisningsreaksjoner) -metoden. Meta-analyse ble administrert av STATA programvare. Data- og studiekvalitet ble vurdert i to eksemplarer. Vår case-control forening studien viste ingen signifikant forskjell i genotype og allel distribusjoner av C609T polymorfisme mellom lungekreft pasienter og kontroller, i samsvar med resultatene av den videre meta-analyse som involverer 7286 pasienter og 9167 kontroller under både allel (odds ratio (OR ) = 0,99; 95% konfidensintervall (CI): 0,92 til 1,06; P = 0,692) og dominant (OR = 0,98; 95% KI: 0,89 til 1,08; P = 0,637) modeller. Men det var moderat bevis for mellom-studie heterogenitet og lav sannsynlighet for publikasjonsskjevhet. Videre subgruppeanalyser av etnisitet, kilden til kontroller og utvalgsstørrelse oppdaget ingen positive assosiasjoner i denne meta-analysen.
Konklusjoner
Vår studie i nordøstlige Han-kinesere, sammen med meta-analyse, mislyktes å bekrefte sammenslutning av
NQO1
genet C609T polymorfisme med lungekreft, også på tvers av ulike etniske populasjoner
Citation. Guo S, Gao M, Li X, Li Y, Chu S, Zhu D, et al. (2012) Mangel på foreningen mellom NADPH kinonoksidoreduktase 1 (NQO1) Gene C609T Polymorphism og Lung Cancer: En case-control studie og en meta-analyse. PLoS ONE 7 (10): e47939. doi: 10,1371 /journal.pone.0047939
Redaktør: Michihiko Kuwano, Kyushu University, Japan
mottatt: 24 juli 2012; Godkjent: 25 september 2012; Publisert: 24 oktober 2012
Copyright: © 2012 Guo et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Shanghai Rising Star-programmet (11QA1405500), Natural Science Foundation National of China (30900808) og Science Fund of Shanghai Jiao Tong University School of Medicine (11XJ21034). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Lungekreft er en av de vanligste kreftformer, og nesten 1,3 millioner nye tilfeller diagnostisert årlig over hele verden [1], [2]. Bevis er montering som tyder på at årsaken til lungekreft er multifaktoriell, og en del skyldes genetiske defekter. I det siste tiåret har uttømmende innsats vært viet til å rakne de genetiske grunnlaget for lungekreft; imidlertid sine kjøre gener og genetiske determinants som attributt til utvikling av lungekreft så langt forblir unnvikende
Genet som koder for NAD (P) H:. kinonoksidoreduktase 1 (
NQO1
) er en lovende kandidat i patogenesen av lungekreft [3], [4]. NQO1 er et cytosolisk enzym, og katalyserer reduksjonen av to elektroner av quinoid forbindelser for å frembringe de mindre giftige hydrokinoner, noe som kan lindre kreft karsinogenese [5], [6]. I vev av human lungekreft,
NQO1
genet ble observert å være overuttrykt [5], [7] – [9]. Det er derfor av ekstra interesse til identitets genetiske defekter av
NQO1
genet er ansvarlig for sin enzymaktivitet, videre ansvarlig for lunge kreftutvikling. Overgangen fra C til T i posisjon 609 (rs1800566) på
NQO1
genet kan føre til redusert aktivitet av kinon-reduktase [10] – [12]. Den C609T polymorfisme har blitt mye evaluert i forbindelse med lungekreft på tvers av ulike ethinicities, men med motstridende resultater, muligens på grunn av utilstrekkelige utvalgsstørrelser, genetiske bakgrunn, og valg av studiepopulasjoner.
I denne studien, må vi først besluttet å vurdere ASSOCATION av C609T polymorfisme av
NQO1
gen med lungekreft i et stort nordøstre Han kinesiske befolkningen. Så, gitt de samler data og til å kaste lys over dagens usikre påstander, forsøkte vi å gjennomføre en omfattende meta-analyse av denne foreningen fra både engelsk og kinesisk litteratur.
Metoder
studie~~POS=TRUNC
utformingen av denne studien har blitt beskrevet tidligere [13]. Kort fortalt var dette en sykehusbasert case-control studie med totalt 1286 fag fortløpende å rekruttere fra tre sykehus i byen Harbin, Heilongjiang-provinsen, Kina. Studiepopulasjonen inkluderte 684 pasienter klinisk diagnostisert som lungekreft og 602 alderstilpassede kreftfrie kontroller, og alle fag var lokale innbyggere av Han nedstigningen. Denne studien ble godkjent av etikkomiteen av Harbin Medical University, og ble gjennomført i henhold til Helsinkideklarasjonen prinsipper. Alle fag signert skriftlig informert samtykke.
diagnostiske kriterier og demografiske kjennetegn
Lungekreft ble diagnostisert med røntgen thorax og enten høy oppløsning computertomografi (CT) eller forbedret CT eller positron emisjon computertomografi (PET) -CT scan, som ble bekreftet av kliniske leger av åndedrettsmedisin. De som var utsatt for lungekreft ble ytterligere patologisk bekreftet ved biopsi, og de med normal CT eller forbedret CT eller PET-CT-resultater ble behandlet som kreftfrie kontroller i denne studien. Kliniske undertyper av lungekreft inkludert plateepitelkreft, adenokarsinom, småcellet kreft og uspesifisert lungekreft. Alder og kjønn ble registrert ved påmelding. Statusen for sigarettrøyking og drikking av alkohol ble definert ved tidspunktet for undersøkelsen. Røyking ble uttrykt av prosent av stadig eller røkte. Drikking ble kategorisert som aldri, aldri eller nåværende drikking. Her dagens drikking henvist til inntak av minst én alkoholholdige drikker i løpet av de siste 30 dagene.
Genotyping
Blodprøver (1 ml) ble samlet inn, og genomisk DNA ble hentet fra hvite blodlegemer ved hjelp av TIANamp Blood DNA Kit (Tiangen Biotect [Beijing] Co, LTD). Genotyping ble utført ved å bruke PCR-LDR (ligase påvisningsreaksjoner) Fremgangsmåte ved ABI 9600-system (Applied Biosystems, USA) [14]. Syklusparametrene var som følgende: 94 ° C i 2 minutter; 35 sykluser ved 94 ° C i 15 s; 60 ° C i 15 s; 72 ° C i 30 s; og en avsluttende forlengelsestrinn ved 72 ° C i 5 minutter. To spesifikke prober til å diskriminere de spesifikke baser og en felles probe ble syntetisert (tilgjengelig på forespørsel). Den felles probe ble merket i 3′-enden med 6-karboksy-fluorescein og fosforylert ved 5′-enden. De reagerende betingelser LDR var: 94 ° C i 2 minutter, 20 sykluser ved 94 ° C i 30 s og 60 ° C i 3 minutter. Etter reaksjonen ble 1 ml LDR reaksjonsprodukter blandet med 1 ml ROX passiv referanse og 1 ml lastebuffer, og deretter denaturert ved 95 ° C i 3 minutter, og avkjølt raskt i is-vann. De fluoriserende produkter av LDR ble differensiert ved hjelp av ABI sequencer 377 (Applied Biosystems, USA).
Statistical Analysis
Sammenligninger mellom lungekreftpasienter og kontroller ble utført av uparet t -test for kontinuerlige variabler og av χ
2 test for kategoriske variabler. For å unngå grov genotyping feil, ble C609T polymorfisme sjekket for konsistens med Hardy-Weinberg likevekt av χ
2 test. I lys av alders-tilpassede pasienter og kontroller ble genotyper sammenlignet ved kondisjon logistikkregresjonsanalyse under forutsetning av additiv, dominante og recessive modeller av arv, respektivt. Statistisk signifikans ble akseptert som P . 0,05
metaanalyse
rapporteres Denne meta-analyse i henhold til Preferred Reporting Varer til systematiske oversikter og metaanalyser (PRISMA) retningslinje (se PRISMA sjekkliste. Tabell S1) [15]
Huge Navigator og PubMed, samt Wanfang database (https://www.wanfangdata.com.cn) ble søkt opp til juli 2012 for artikler som undersøker sammenhengen mellom C609T polymorfisme og risikoen for lungekreft. De foreliggende betingelser som ble benyttet var «lunge cancer» eller «lunge neoplasme» og «NAD (P) H: quinon oksidoreduktase» eller «NQO1», vedheftet med «gen» eller «allel» eller «genotype» eller «variant» eller «polymorfi «eller» mutasjon «. Artikler skrevet på engelsk eller kinesisk språk og studier utført i mennesker ble identifisert. Søkeresultatet ble supplert med vurderinger av referanselister for alle relevante studier og oversiktsartikler. I tillegg, hvis det ble delt eller duplisert prøver mellom studiene rekrutterte vi de med stor utvalgsstørrelsen
Studier var kvalifisert hvis de oppfylte følgende kriterier:. (I) på en retrospektiv eller nestet case-kontroll design ; (Ii) vedta validert genotyping metoden; (Iii) gi genotype tellinger av
NQO1
genet C609T polymorfisme mellom pasienter med lungekreft og kontroller.
Study kvalitet ble evaluert ved hjelp av en kvalitetsvurdering skår utforsket for genetiske assosiasjonsstudier ved Thakkinstian m.fl. [16]. Totalt score varierte fra 0 (dårligst) til 12 (best). Kriteriene for kvalitetsvurdering av genetisk sammenheng mellom
NQO1
genet C609T polymorfisme undersøkt med lungekreft er beskrevet i Tabell S2.
I meta-analysen, tilfeldig effekt-modell med DerSimonian og Laird metoden ble benyttet for å kombinere de enkelte effektstørrelse estimater å beregne samlede vektede ORS, og estimatet av heterogenitet ble bestemt ved bruk av Mantel-Haenszel modell. Mellom-studie heterogenitet ble utforsket av χ
2 test, og heterogenitet ble vurdert av inkonsekvens hovedside
Jeg
2 statistikken (som varierer fra 0 til 100%) som er definert som prosentandelen av den observerte mellom-studie variasjon som skyldes heterogenitet i stedet for til tilfeldige feil [17].
Publisering skjevhet ble vurdert av Begg trakten plot, Egger test og trim og fylle metoden [18]. For
Jeg
2 og Egger statistikk, statistisk signifikans ble satt til 0,1. Alle statistiske analyser ble administrert av Stata (versjon 11.0).
Resultater
baseline
demografi og risikofaktorer for studiepopulasjonen er oppsummert i Tabell 1. Tilfeller og kontroller ble godt matchet etter alder. Mann kjønn, røyking og drikking var assosiert med økt risiko for lungekreft. Blant alle lungekreftpasienter, subtype av adenokarsinom, plateepitelkreft, småcellet kreft, og uspesifisert kreft stod for 37,54%, 32,26%, 20,83% og 9,38%, henholdsvis.
Enkelt locus analyse
De suksessraten ved genotyping for C609T polymorfisme var 99,71% og 99,17% hos pasienter og kontroller, henholdsvis. Genotype distribusjoner av undersøkte polymorfisme respektert Hardy-Weinberg likevekt i kontroller (P 0,05). Det var ingen signifikant forskjell i genotype og allel distribusjoner av C609T polymorfisme mellom lungekreftpasienter og kontroller, og denne ikke-signifikans ble også speilet under forutsetning av tilsetningsstoffet (OR = 0,99; 95% KI: 0,85 til 1,17; P = 0,634 ), dominant (OR = 1,01; 95% KI: 0,81 til 1,33; P = 0,607) og recessiv (OR = 1,04; 95% KI: 0,80 til 1,34; P = 0,791) modeller (tabell 2)
Kvalifiserte artikler for Meta-analyse
Den første søket ga 83 potensielt relevante artikler. Etter bruk inklusjons /eksklusjonskriteriene, 22 artiklene var kvalifisert for inkludering. Et flytskjema skjematisk fremstilling av prosessen med å velge og uten artikler med spesifikke årsaker er vist i figur 1. De hentet artiklene ble publisert mellom 1997 og 2011, med 20 artikler skrevet på engelsk og to på kinesisk.
Studie Kjennetegn
Siden mer enn en studiegruppe ble inkludert i noen artikler, behandlet vi dem separat. I alt 30 separate studier pluss denne studien omfatter totalt 7286 pasienter med lungekreft og 9167 kontroller var endelig meta-analyse, med 12 studier utført i asiater [19] – [29], 12 i kaukasiere [19], [ ,,,0],30] – [39], fire i afrikansk-amerikanere [33], [35], [38], [40] og 3 i blandede etniske grupper [19], [31], [40]. 18 studier rapporterte matchende informasjon om alder mellom pasienter og kontroller. Kvaliteten score på enkeltstudier varierte fra 2 til 10 (gjennomsnitt: 7,6) ut av en maksimal poengsum på 12. Frekvensen av 609T allelet variert mye, noe som var overmåte høyere i asiater enn i kaukasiere for både pasienter (28,44 til 54,21% versus 14,23 til 21,96%) og kontroller (30,88 til 46,60% mot 12,41 til 20,47%). Baseline karakteristikker av kvalifiserte studier er vist i Tabell 3 og Tabell 4.
Meta-analyse resultater
Etter å kombinere alle kvalifiserte studier, fant vi null sammenslutning av
NQO1
genet C609T polymorfisme med lungekreft under både allel (OR = 0,99; 95% KI: 0,92 til 1,06; P = 0,692) og dominant (OR = 0,98; 95% KI: 0,89 til 1,08; P = 0,637) modeller, og dette foreningen led av betydelige bevis for heterogenitet mellom studiene (allel og dominerende modeller:
jeg
2 = 32,1% og 43,7%) (figur 2). Men det var liten sannsynlighet for publikasjonsskjevhet for begge modellene (P
Egger = 0,608 og 0,81) (figur 3).
For å ta hensyn til potensielle kilder til heterogenitet, gjennomførte vi et sett med subgruppeanalyser henhold etnisitet, kilden til kontroller og utvalgsstørrelse (tabell 5). Til tross for store avvik fra 609T allelet, estimater risiko var sammenlignbare i størrelse mellom asiatere og kaukasiere. Spesielt ble 609T allelet assosiert med en 13% redusert, om enn betydnigsløst, risiko for lungekreft i afrikansk-amerikanere (95% KI: 0,66 til 1,16; P = 0,341), uten heterogenitet (
Jeg
2 = 0,0%) eller publikasjonsskjevhet (P
Egger = 0,192). Etter stratifisering etter kilde av kontroller, risikostyring omfang var relativt sterkere i sykehusbaserte studier enn i befolkningsbaserte studier, mens heterogenitet og publikasjonsskjevhet floket det tidligere. Begrense analyse med studier med ≥ 500 pasienter fortsatt oppdaget ingen vesentlige endringer i risikoestimatene i både allel og dominerende modellene, noe som indikerer hvor robust våre resultater.
Diskusjoner
Selv om mange studier har sett på
NQO1
genet C609T polymorfisme som en lovende kandidat for lungekreft, vår case-control studie i nordøstlige Han-kinesere, sammen med meta-analyse, klarte ikke å bekrefte dette forhold, også på tvers av ulike etniske populasjoner. Denne ikke-signifikans ble også reflektert i større sample size-studier, som er mindre utsatt for tilfeldige resultater, noe som indikerer robustheten våre funn. Til forfatternes kunnskap, er dette den mest omfattende meta-analyse undersøke genetisk mottakelighet for
NQO1
genet C609T polymorfisme til lungekreft.
Med økningen av genetiske assosiasjonsstudier, er det svært oppfordres til å syntetisere tilgjengelige data for å løse vedvarende problemer med å få robuste kopier resultater. Tatt i betraktning det faktum at de vanligste genetiske defekter vanligvis gjøre en liten til moderat bidrag til framtidig sykdomsrisiko, denne studien oppfordrer nødvendigheten av svært store utvalgsstørrelser for å utløse tilstrekkelig presise estimater mellom genetisk variasjon og sykdom. Flere individuelle studier har rapportert positive signaler av
NQO1
genet C609T polymorfisme med lungekreft [19], [20], [22], [23], [26], [29], [39], [ ,,,0],40]; contrastingly, som illustrert i vårt samlede funn blant 16453 fag, var det ingen påviselig risiko, selv i bestandene av forskjellige utforkjøringer. Det er imidlertid verdt å merke seg at den beskyttende effekten gitt av 609T allelet var merkbart opplagt i afrikansk-amerikanere. Tatt i betraktning de relativt få studier ble utført hos afrikansk-amerikanere og de fleste av disse studiene var små, er det en indikasjon på mulige fordeler, forsterkende flere store studier for å bekrefte eller avkrefte dette funnet. Selv om vi ikke kan utelukke en mulig signifikant effekt av 609T allelet i lunge kreftutvikling, og det er også mulig at potensialet rolle undersøkt polymorfisme er fortynnet eller maskert av andre gen-gen eller gen-miljø interaksjoner.
Flere styrker skille denne undersøkelsen fortjeneste tilstrekkelig hensyn. Først, dette er til dags dato den største syntese utforske sammenslutning av
NQO1
genet C609T polymorfisme med lungekreft. For det andre, resultatene av dagens case-control studie var på linje med det tilsvarende meta-analyse, og begrenser analyser til større studier genererte lignende funn. Tredje, våre resultater er mindre utsatt for seleksjonsskjevhet i lys av lav sannsynlighet for publikasjonsskjevhet.
I tillegg bør noen begrensninger vurderes når man tolker våre funn. For det første kan det hende at tverrsnitts utforming av inkluderte studier på dette meta-analyse utelukke kommentarer på kausalitet, og en overlevelses forspenning kan ikke utelukkes. Andre, som med alle metaanalyser, publikasjonsskjevhet kan ha skjedd fordi våre analyser ble fullstendig basert på publiserte studier fra engelsk og kinesisk-språklige tidsskrifter. For det tredje, selv om den vedtatte tilfeldig effekt modellen tar både mellom-studie varians og innen-studien avvik i betraktning, denne modellen kan ikke anses som et universalmiddel for heterogenitet [41]. Videre, som det fremgår av Higgins et al [42], forutsetningen om sanne mengder fra de enkelte studiene etter en viss sannsynlighetsfordeling i et tilfeldig effekt modellen er noe vilkårlig og gjør tolkningen av sine spådommer vanskelig. Fjerde, data om sirkulerende nivåer av NQO1 protein eller dets katalysert produktene var utilgjengelig, utelukker en mer robust vurdering av kilder til heterogenitet, og gjør oss i stand til å sammenligne sine nivåer på tvers av genotyper. Femte, vi fokusert på bare en polymorfisme i
NQO1
genet, og ikke dekke andre mottakelighet gener eller polymorfismer. Gitt disse begrensningene, kan vi ikke hoppe til en konklusjon inntil videre verifisering av våre funn in vitro, in vivo og i store prospektive studier.
For å oppsummere, dette case-control studie i nordøstlige Han-kinesere, sammen med omfattende meta-analyse, klarte ikke å bekrefte sammenslutning av
NQO1
genet C609T polymorfisme med lungekreft, også på tvers av ulike etniske populasjoner. Likevel, av praktiske årsaker, og vi håper at denne studien ikke vil forbli bare en annen endepunkt av forskning i stedet for en begynnelse å etablere bakgrunnsdata for å ytterligere undersøke de molekylære mekanismene for
NQO1
genet og lungekreft.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Sjekkliste for elementer som skal inkluderes ved rapportering av systematisk eller meta-analyse (diagnostisk vurdering som består av kohortstudier).
doi: 10,1371 /journal.pone.0047939.s001 plakater (DOC)
Tabell S2.
Kriterier for kvalitetsvurdering av genetiske sammenslutning av NQO1 genet C609T polymorfisme med lungekreft.
doi: 10,1371 /journal.pone.0047939.s002 plakater (DOC)
