Abstract
En roman integrerende rørledning presenteres for oppdagelsen av potensielle kreftfrem mottakelighet regioner (PCSRs) ved å beregne antall av endrede gener på hvert kromosom region, ved hjelp av uttrykk microarray datasett av ulike kreft hos mennesker (HCS). Vår ny tilnærming består primært forutsi PCSRs fulgt av identifikasjon av viktige gener i disse regionene for å få potensielle områder huser nye kreftassosierte varianter. I tillegg til å finne nye kreft kausale varianter, en annen fordel i forutsigelse av slike risiko regioner er samtidig studium av forskjellige typer av genomiske varianter i samsvar med fokus på bestemte kromosomale regioner. Ved hjelp av denne rørledningen vi hentet antall regioner med svært endrede uttrykk nivåer i kreft tilstand. Regulatoriske nettverk ble også konstruert for ulike typer kreft etter identifisering av endret mRNA og microRNAs. Interessant, viste resultatene at GAPDH, LIFR, ZEB2, mir-21, mir-30a, mir-141 og mir-200c, som alle ligger på PCSRs, er vanlige endrede forhold i bygget nettverk. Vi fant en rekke klynger av endrede mRNA og mirnas på predikerte PCSRs (
f.eks
.12p13.31) og deres felles regulatorer inkludert KLF4 og SOX10. Storskala prediksjon av risiko regioner basert på transkriptom data kan åpne et vindu i omfattende studie av kreft risikofaktorer og andre menneskelige sykdommer
Citation. Alisoltani A, Fallahi H, Ebrahimi M, Ebrahimi M, Ebrahimie E ( 2014) Prediksjon av Potensielle Cancer-R Regions Basert på transkriptomet data: Mot et helhetlig syn. PLoS ONE 9 (5): e96320. doi: 10,1371 /journal.pone.0096320
Editor: William B. Coleman, University of North Carolina School of Medicine, USA
mottatt:
