Abstract
Bakgrunn
Low-penetrans genetiske varianter har blitt stadig mer anerkjent å påvirke risikoen for tumorutvikling. Risiko varianter for tykk- og endetarmskreft (CRC) er kartlagt til kromosom stillinger 8q23.3, 8q24, 9p24.1, 10p14, 11q23, 14q22.2, 15q13, 16q22.1, 18q21, 19q13.1 og 20p12.3. Spesielt er 8q24 enkeltnukleotidpolymorfi (SNP), rs6983267 har reproduserbart blitt forbundet med risiko for utvikling av CRC. Som risiko SNPs CRC kan også påvirke sykdomsforløp, og dermed i denne studien, vurderte vi om de påvirker pasientens overlevelse.
metodikk /hovedfunnene
DNA-prøver fra 583 CRC pasienter inkludert i den potensielle , North Carolina Cancer Care Outcomes Research and Surveillance Consortium Study (NC CanCORS) ble genotypet for 11 CRC følsomhets SNPs på 6 CRC risiko loci. Relasjoner mellom genotyper og pasient overlevelse ble undersøkt ved hjelp av Cox regresjonsanalyse. I multivariat analyse, pasienter homozygote for CRC risiko allel av rs7013278 eller rs7014346 (begge 8 Q24) var bare nominelt betydning for dårligere total overlevelse sammenlignet med pasienter homozygote for den beskyttende allelet (hasardratio = 2,20 og 1,96, henholdsvis;
P
0,05). Ingen av disse forbindelser er imidlertid fremdeles statistisk signifikant etter korrigering for multippel testing. De andre ni følsomhets SNPs testet var ikke signifikant assosiert med overlevelse.
Konklusjon /Betydning
Vi fant ikke bevis for foreningen av CRC risiko varianter med pasientens overlevelse.
Citation : Hoskins JM, Ong PS, Keku TIL, Galanko JA, Martin CF, Coleman CA, et al. (2012) Association of Eleven Common, Low-penetykktarmskreft Følsomhets genetiske varianter på seks Risk Loci med klinisk utfall. PLoS ONE syv (7): e41954. doi: 10,1371 /journal.pone.0041954
Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA
mottatt: 31 januar 2012; Godkjent: 29 juni 2012; Publisert: 27.07.2012
Copyright: © Hoskins et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av theNational Institutes of Health (NIH) Farmakogenetikk Research Network (U01 GM63340). NC CanCORS og GI SPORE ble støttet av NIH U01 CA 093 326 og P50 CA 106 991 kroner. Studien har også fått støtte fra Senter for Gastrointestinal biologi og sykdom (P30 DK034987). PO ble støttet av Institutt for farmasi, National University of Singapore. Ingen ekstra ekstern finansiering ble mottatt for denne studien. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
tykktarms~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP (CRC) er den nest vanligste årsaken til kreftrelaterte dødsfall i USA. Til tross for forbedringer i behandlingsmetoder, 5-års overlevelse for CRC pasienter varierer fra 10-90% [1]. Denne enorme variasjon i klinisk resultat skyldes delvis det faktum at CRC er en heterogen sykdom som omfatter adskilte delmengder som utvikler seg gjennom flere forskjellige årsaker. Både kimcellelinje og somatiske genetiske endringer kan være involvert i malign transformasjon av normale kolon celler. Omfattende undersøkelser har identifisert somatiske mutasjoner i
TP53
eller
KRAS Hotell som er involvert i utviklingen av adenom til CRC [2] – [5]. For kimlinje-mutasjoner, høy-penetrans forandringer i adenomatosis polyposis coli, mismatch reparasjon, mødre mot dekapentaplegisk homolog 4, benmorfogent protein-reseptor-typen IA og serin treonin kinase 11 gener er blitt rapportert å være assosiert med økt CRC mottakelighet hos 5% av befolkningen [6], mens effekten av kombinasjoner av lav penetrans varianter fortsatt i stor grad unnvikende.
gjennomføringen av human Genome Project og utvikling av bedre high-throughput genotyping teknikker tillate stor skala avhør av genomet, som resulterer i en bedre forståelse av felles polygenic sykdom. Denne utviklingen har ført til den felles sykdom, vanlig variant hypotese, noe som antyder at et antall alleliske varianter som finnes i mer enn 1-5% av befolkningen genetisk påvirker mottakelighet for vanlige arvelige sykdommer [7]. I tråd med denne modellen, kandidat genet analyse og flertrinns genom brede assosiasjonsstudier (GWAS) har identifisert en rekke enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) over flere kromosomer som er forbundet med en økt risiko for CRC utvikling [8] – [18]. I en case-control studie med 1807 pasienter og 5511 kontroller, Haiman og kolleger bemerket at rs6983267 på kromosom 8q24, en genomisk region som inneholder noen gener, ble betydelig knyttet til en høyere predisposisjon for CRC i individer av ulik etnisitet [10]. Flere senere rapporter bekreftet rs6983267 som en lav-penerisikomarkør for CRC [9], [12], [13], [16], [17]. Gitt dette forenlig observasjon og den hyppige forsterkning av denne regionen i CRC [10], videre analyse av SNP innenfor dette genet fattig område viste et andre tett knyttet variant, rs10505477, samt tre andre SNP’er på 8q24, rs10808556, rs7014346 og rs7013278 , som lav-penetrans varianter som også påvirker carcinoma formasjon [10], [13], [14], [15], [17].
i tillegg til SNPs på 8q24, Tomlinson et al identifisert rs16892766 på 8q23 0,3 som en ekstra risiko variant [15]. Likeledes Zanke og kolleger fant en sammenheng mellom rs719725 på 9p24 og CRC [17]. Påfølgende etterforskningen av dette nettstedet ved Poynter et al viste at personer med A /A genotype hadde en moderat økt risiko for CRC i forhold til C /C enkeltpersoner i populasjonsbaserte, men ikke klinikkbaserte familier [13]. På 10p14 og 11q23 loci, ble rs10795668 og rs3802842 henholdsvis vist seg å være relatert til sykdom forekomst [14], [15]. I tillegg har en rekke andre risiko loci blitt videre identifisert og kartlagt til 14q22.2 (rs4444235, BMP4) [18], 15q13 (rs4779584, rs10318, CRAC1) [11], 16q22.1 (rs9929218, CDH1) [18], 18q21 (rs4939827, rs12953717, rs4464148, SMAD7) [8], 19q13.1 (rs10411210, RPHN2) [18] og 20p112.3 (rs961253) [18].
til tross for det økende antall loci blir identifisert å påvirke risikoen for CRC utvikling, til dags dato er det kun noen få studier undersøkte effekten av disse variantene på sykdom utfall [19] – [22]. Resultatene av disse studiene forble imidlertid inkonsekvent på forholdet mellom disse risiko varianter og CRC overlevelse. Derfor, i denne studien, undersøkte vi den prognostiske betydningen av 11 CRC mottakelighet SNPs på 6 CRC risiko loci (rs6983267, rs10505477, rs7013278, rs7014346, rs719725, rs10795668, rs3802842, rs4779584, rs10318, rs4464148 og rs4939827, Tabell S1), ved hjelp av 583 pasienter med CRC fra den potensielle North Carolina (NC) Cancer Care Outcomes Forskning og overvåkning Consortium Study (CanCORS).
Metoder
Studiepopulasjon og oppfølging Informasjon
studie~~POS=TRUNC av CanCORS er blitt beskrevet tidligere [23]. NC CanCORS montert en prospektiv populasjonsbasert kohort på 33 fylkes områder av NC, USA. I denne studien ble DNA-prøver fra 583 kvalifiserte pasienter diagnostisert med CRC mellom april 2003 og januar 2005 med tilbakevirkende kraft genotypet. Pasient demografi ble innhentet fra baseline pasientundersøkelse. Detaljert klinisk informasjon om primære stedet for tumor, ble amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) stadium og type behandling gitt hentet fra gjennomgang av journaler og patologiske rapporter om CRC diagnose fra North Carolina Central Kreftregisteret av opplært abstractors innen 6 måneder etter diagnose. Pasientene ble fulgt opp i en median på 3,5 år. Overlevelses og dødelighetsdata ble bestemt fra en tre-årig telefon undersøkelse av deltakere eller neste pårørende og ytterligere bekreftet gjennom konstatering av død poster gjennom trygde Death Index (SSDI) ved hjelp av pasientenes personnummer. Dødelighet informasjon eller overlevelse status var tilgjengelig for alle pasienter genotypet i denne studien gjennom SSDI. Sykdomsfri overlevelse informasjonen var ikke tilgjengelig. Denne studien ble godkjent av Institutional Review Board ved University of North Carolina (IRB-nummer: 04-08-60). Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra hver deltaker.
DNA Extraction og SNP genotyping
Buffy coat ble fremstilt av en blodprøve fra hver studie deltaker. DNA ble ekstrahert fra buffy coat bruker Puregene kit (Qiagen, Valencia, CA, USA). I tillegg DNA-prøver som består av 94 europeiske-amerikanere, 93 Han-kinesere (Han-folk i Los Angeles) og 94 meksikansk-amerikanere (meksikansk-amerikanske samfunnet av Los Angeles) fra Coriell (Coriell Institute for Medical Research, Camden, NJ, USA ) så vel som 86 afroamerikanere som tidligere beskrevet [24], ble også brukt til å bekrefte påliteligheten og reproduserbarheten til genotyping utført. Alle DNA-prøver ble genotypet for 11 CRC følsomhets SNPs på 6 CRC risiko loci bruker TaqMan allel diskriminerings analyser (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) (tabell S1). I et totalvolum på 20 ul, reaksjoner besto av 2 pl av 10 ng /pl DNA, 0,5 ul av 20X TaqMan® SNP genotyping assays (Applied Biosystems), 10 ul av 2X TaqMan® Universal Master Mix PCR, No AmpErase UNG (Applied Biosystems) og 7,5 pl vann. PCR ble utført med en innledende denatureringstrinn ved 95 ° C i 10 minutter, fulgt av 50 sykluser med denaturering ved 92 ° C i 15 s og gløding med forlengelse ved 60 ° C i 1 min. Alle PCR-reaksjoner ble utført på en Bio-Rad Tetrad to Thermal Cycler (Bio-Rad, Hercules, CA, USA). Fluorescensstyrkene til prøvene ble målt før og etter PCR ved anvendelse av en Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System (Applied Biosystems). Data innhentet ble analysert og genotyper tilordnes med 7300 System SDS Software, versjon 1.4 (Applied Biosystems). Genotype tildeling ble utført blindet for pasientens kliniske data. Genotyping var vellykket i 96% av prøvene. For prøvene fra de fire andre populasjoner, alle genotyper var i samsvar med det som er rapportert i Hapmap (www.hapmap.org). Det ble ikke observert disharmoni i genotype eller allelfrekvenser mellom europeisk-amerikansk eller afrikansk-amerikanske pasientprøver med de respektive europeiske-amerikanere eller afrikansk-amerikanere i flere populasjoner genotypet.
Statistical Analysis
alle polymorfismer ble undersøkt for avvik fra Hardy-Weinberg likevekt (HWE) med χ
2 test. Kliniske og biologiske variabler ble undersøkt for foreninger med individuelle SNPs bruker Fishers Exact Test. Univariate og multivariate overlevelsesanalyser ble utført ved hjelp av Cox regresjonsanalyse for å vurdere sammenhengen mellom genetiske varianter og total overlevelse. Multivariate modeller ble justert for alder, etnisitet, kjønn, sykdom stadium, stedet for svulst og behandling administreres. For hver SNP, ble risikoen allelet er definert som allelet tidligere etablert i litteraturen for å gi en risiko for CRC mens den andre allel ble ansett som den beskyttende allelet. Homozygosity for den beskyttende allel fungert som en referanse genotype for regresjonsanalyse og ble tildelt en hazard ratio (HR) på 1,0. En
P
0,05 ble betraktet som signifikant. Multiple korreksjon ble utført ved hjelp av den konservative Bonferroni metoden. Alle data ble analysert ved hjelp av SAS statistisk analyse programvare versjon 9 (SAS Institute Inc, Cary, NC, USA).
Resultater
pasientkarakteristika
Tabell 1 oppsummerer grunnlinjen kjennetegn ved pasientene i denne studien. Median alder for pasientene var 65,0 år gammel og 47,9% var kvinner. Blant de 583 pasientene var 81,0% i Europa-amerikanere og 19,0% var afro-amerikanere. På diagnosetidspunktet var andelen av deltagerne som er klassifisert til AJCC trinn 1, 2, 3 og 4 var 27,6%, 27,4%, henholdsvis 28,3% og 11,7%. I dette kullet er andelen pasienter med tykktarmskreft eller endetarmskreft var sammenlignbare. Flertallet av pasientene (98,3%) fikk kirurgisk behandling mens kjemoterapi ble gitt til 50,9% av studiepopulasjonen.
Low-pene CRC Følsomhet genotyper
Fordelingen av genotyper i denne pasient kohorten er presentert i Tabell S2. For denne gruppen av pasienter, ble ingen avvik fra HWE oppdaget blant EM eller afrikansk-amerikanske pasienter for noen av SNPs. Allelfrekvensene for alle SNPs var lik frekvenser av EM (CEU) og afrikansk-amerikanske befolkninger (ASW) rapporterte i HapMap (www.hapmap.org). Genotype distribusjoner varierte mellom EM og afrikansk-amerikanske pasienter for alle SNPs (
P
0,05). Unntatt rs7014346 og rs3802842 (tabell S2)
Relasjoner mellom lav-pene CRC Følsomhet SNPs og Clinicopathological funksjoner av CRC Pasienter
det ble ikke observert signifikante forskjeller mellom SNPs med kjønn, tumorlokalisering, kirurgisk inngrep eller kjemoterapi (tabell S2). For alder av CRC diagnose, ble tilsynelatende forskjell i genotypefordeling bare funnet for rs10795668 (
P =
0.005, Tabell S2). Det ble observert at utbredelsen av A /A genotype for SNP avtar hos pasienter over 50 år. I tillegg ble det stadium av sykdommen signifikant relatert til rs4464148 og rs4939827 genotyper (
P
0,05, Tabell S2). C og T-alleler, risikoen allelet for rs4464148 og rs4939827 henholdsvis, ble tidligere vist å være assosiert med økt risiko for CRC [8], [21]. Overraskende i denne studien, flere pasienter homozygote for risiko allel for både SNPs presentert med tidligere stadium kreft (trinn 1-2) ved diagnosetidspunktet, noe som tyder på at disse allelene er beskyttende (tabell S2).
relasjoner mellom lav-pene CRC Følsomhet SNPs og total overlevelse
For å teste om de germline variantene til grunn forskjeller i total overlevelse i CRC pasienter, utførte vi både univariate og multivariate overlevelsesanalyser. I univariat analyse, ble en signifikant forskjell i overlevelse bare observert hos pasienter med A /C genotype i forhold til A /A genotype for rs3802842 (
P
0,05, tabell 2). Denne forskjellen var ikke signifikant i en multivariat modell (
P
0,05; tabell 2). I multivariat analyse, hadde pasienter som bærer to risiko alleler (T /T) for rs7013278 redusert overlevelse sammenlignet med pasienter homozygot for beskyttende allel (C /C) (HR = 2,20, 95% CI = 1,24 til 3,91;
P
= 0,01; tabell 2). Likeledes pasientene homozygote for CRC risiko allel av rs7014346, A /A, viste dårligere total overlevelse til G /G pasienter (HR = 1,96, 95% CI = 1,08 til 3,52;
P
= 0,03; Tabell 2 ). Den moderate nivå av betydning for disse to SNPs ble ikke opprettholdt på korreksjon for multippel testing. Ingen ekstra signifikant sammenheng ble observert mellom resten av SNPs studert og overlevelse (tabell 2).
Diskusjoner
Denne studien ble utført for å undersøke den prognostiske betydningen av 11 felles, lav penetrans genetiske varianter på 6 CRC loci som tidligere har blitt rapportert å disponere individer å CRC [8] – [17]. Selv om vi fant marginal betydning mellom to SNPs, rs7013278 og rs7014346 (HR = 2,20,
P
= 0,01 og HR = 1,96,
P
= 0,03 henholdsvis), med dårligere CRC overlevelse ved multivariat regresjon analyse, ingen av disse variantene viste undersøkelsen omfattende forening med overlevelse etter korreksjon for multippel testing. Det fremhevet derfor at disse kjente CRC risiko varianter, ikke spille en rolle i å påvirke CRC dødelighet, noe som er i overensstemmelse med funn fra tre tidligere studier [19] – [21]
Så langt flere før. studier har undersøkt sammenhengen mellom CRC resistens varianter med sykdomsutvikling og overlevelse. Gruber og kolleger var den første til å rapportere ingen sammenheng mellom rs10505477 med CRC overlevelse i et overveiende jødisk befolkning [19]. I denne studien ble en HR på 1,09 (CI = 0,89 til 1,32) funnet mellom bærere av risiko allelet versus ikke-bærere [19] Deretter Cicek og kolleger evaluert påvirkning av 5 andre lav- penetrans CRC risikomarkører (rs6983267, rs13254738, rs16901979, rs1447295, DG8S737) på overlevelse av 460 tilfeller av etapper II og III, kaukasiske, CRC pasienter som var deltakerne i en adjuvant behandling studie fase III [20]. Mens de observerte en trend med redusert overlevelse med tilstedeværelse av de sjeldne risikovariantene (HR for rs6983267 = 1.00, CI = 0,79 til 1,27; HR for rs13254738 = 1.14, CI = 0,91 til 1,43; HR for rs16901979 = 1,34, CI = 0,86 til 2,09; HR for rs1447295 = 1.11, CI = 0,79 til 1,55; HR for DG8S737 = 1,57, CI = 0,85 til 2,90) med en log additiv modell, ingen av foreningene var statistisk signifikant [20]. I en senere studie av Tenesa et al, ble ingen sammenheng finnes mellom 10 risiko varianter og alle årsaker eller CRC spesifikk dødelighet etter justering for AJCC scenen, alder og kjønn i 2838 AJCC etapper I-IV CRC pasienter fra Scottish Slekts [21] . Likeledes, observerte vi en lignende manglet av korrelasjon mellom rs10505477 (HR bruker multivariat analyse = 1,38, CI = 0,74 til 2,55) med overlevelse som er i overensstemmelse med funn av Gruber et al (HR = 1,09, CI = 0,89 til 1,32) [ ,,,0],19]. For rs6983267, var det igjen ingen sammenheng med CRC overlevelse i vår studie (HR bruker multivariat analyse = 1,35, CI = 0,73 til 2,51). HR for SNP er i samme retning, og igjen i overensstemmelse med tidligere rapporter fra Cicek et al (HR = 1,00, CI = 0,79 til 1,27) og Tenesa et al (HR = 1,03, CI = 0,94 til 1,13) [20], [21]. Videre, for fire andre SNPs (rs10795668, rs3802842, rs4779584 og rs4939827), HRS innhentet av Tenesa og kolleger var 0,98 (CI = 0,90 til 1,08), 0,93 (CI = 0,85 til 1,02), 0,95 (CI = 0,85 til 1,06) og 1,05 (CI = 0,96 til 1,15) henholdsvis [21]. Dette resultatet er i sammenfallende med vår studie med timer for rs10795668, rs3802842, rs4779584 og rs4939827 å være 0,82 (CI = 0,37 til 1,83), 1,03 (CI = 0,52 til 2,03), 1,01 (CI = 0,46 til 2,22) og 0,81 (CI = 0,45 til 1,48) henholdsvis med utvalget av CI verdier for disse SNPs overlappende mellom de to undersøkelsene. Disse dataene således forsterke mangel på bevis for involvering av disse variantene med CRC resultat. I en fersk undersøkelse utført av Xing et al, påvirkning av 8 GWAS forbundet SNPs med CRC tilbakefall og overlevelse ble undersøkt i 465 Han kinesisk CRC pasienter [22]. To SNP’er, rs4779584 (HR = 0,33, Cl = 0,15 til 0,72 for homozygote bærere av villtype-allelet (T), som også er risiko allel i GWAS, i motsetning til de som er homozygote eller heterozygote bærere av varianten allelet (C) den beskyttende allel i foregående GWAS) og rs10795668 (HR = 0,55, Cl = 0,30 til 1,00 for homozygote bærere av villtype-allelet (G), som er den beskyttende allel i foregående GWAS, i motsetning til de som er homozygote eller heterozygote bærere av varianten allelet (A), er risikoen allel i foregående GWAS), var signifikant assosiert med redusert risiko for død og tumorresidiv henholdsvis ved hjelp av en dominant genetisk modell [22]. For rs4779584, et resultat av denne undersøkelsen (HR = 1,01, Cl = 0,46 til 2,22), og at av Tenesa et al (HR = 0,95, Cl = 0,85 til 1,06) [21] viste ingen signifikant påvirkning av risikoen allel av dette SNP med CRC overlevelse. Dette avviker fra resultatene av Xing et al [22]. En plausibel forklaring på dette avviket er en mye høyere frekvens av risikoen allelet blant Han-kinesere i forhold til befolkningen i denne studien og som av Tenesa og kolleger [21], som var hovedsakelig av europeisk herkomst. Mens allelfrekvenser av rs4779584 i Han-kinesere CRC pasienter ikke var direkte rapportert i papiret ved Xing et al [22], en beregning av allelfrekvenser i denne populasjonen basert på genotype av pasientene viste at de beregnede allelfrekvensene ( C = 0,19 og T = 0,81) var sammenfallende med at fra den kinesiske bestander i Hapmap (CHB: C = 0,18 og T = 0,82; CHD: C = 0,16 og T = 0,84) og Han-kinesiske befolkningen som vi tidligere har genotypede (C = 0,17 og T = 0,83) som en del av de fire ekstra populasjonene som brukes for genotyping kontroll. Basert på data fra Hapmap og våre data for de fire ekstra populasjoner genotypet (data ikke vist), allelet frekvens for risikoen allelet (T) av rs4779584 var høyest i Han-kinesere, etterfulgt av afrikansk-amerikanske og til slutt europeisk-amerikansk . For rs10795668, HR for total overlevelse i vår studie, og at ved Tenesa et al [21] var 0,82 (CI = 0,37 til 1,83) og 0,98 (CI = 0,90 til 1,08) hhv. Denne divergens i studieresultatene til at av Xing et al er sannsynlig skyldes metodiske forskjeller mellom studiene snarere enn på grunn av forskjeller i allelfrekvenser som studiet av Xing et al [22] evaluert CRC tilbakefall mens vår studie og at ved Tenesa et al [ ,,,0],21] evaluert total overlevelse og total dødelighet hhv.
Denne inkonsekvensen i funn mellom rapportert studier er ikke overraskende som de mekanismer som disse variantene endre risikoen for CRC er ikke fullt ut forstått, og det er fortsatt uklart hvordan de kan innflytelse tumorprogresjon og pasient overlevelse. Foreløpig potensielle funksjonelle effekter av disse SNPs har blitt mest undersøkt for variantene på 8 Q24 genet locus. Siden dette locus ikke er kjent for å kode for hvilken som helst gen, ble det altså unnfanget at variantene som finnes her kan enten ligge innenfor arrangører eller forsterkerelementer som kan påvirke transkripsjon av gener utenfor dette locus [10]. Men i en undersøkelse ved hjelp av UCSC Browser og VISTA Enhancer database, rs7013278 og rs7014346, som viste marginal betydning i vår studie før Bonferroni korreksjon, ikke ble funnet i segmenter som inneholder antatte forsterkere eller i spådd regioner av regulatoriske potensiell [25]. På den annen side ble rs6983267 funnet å ligge innenfor et antatt enhancer element som binder TCF4, en transkripsjonsfaktor som samhandler med ß-catenin å aktivere transkripsjon av wnt målgener, som aktiveres i de fleste CRC [26], [27] . I tillegg har noen rapporter vist at rs6983267 har en lang fysisk interaksjon med en promoter regionen MYC i kolorektal kreft cellelinjer [26], [28]. Til tross for dette har ingen sammenheng mellom risiko allel av rs6983267 og MYC uttrykk nivåer funnet i normale og kreft kolon vev [17], [26], [27]. Derfor forblir den funksjonelle konsekvensen av rs6983267 usikker.
For rs10795668 på 10 P14, rs3802842 på 11 Q23 og rs 4779584 15 q13, et systematisk søk etter Niittymäki og kolleger klarte ikke å vise noen sammenslutning av disse SNPs med spådd forsterker eller regulatoriske elementer [29]. Videre undersøkelser ved hjelp av tumorprøver igjen viste en mangel på alleliske ubalanse mellom risikoen allelet av disse SNPs med CRC, spørre forfatterne å konkludere med at disse risikovariantene var usannsynlig somatisk valgt for neoplastisk progresjon [29]. Mens de funksjonelle virkningene av disse følsomhets SNPs gjenstår å bli ytterligere validert, resultatene av disse funksjonelle studier hittil støtte vår finne at flertallet av lav-penetrans CRC-variantene er involvert i initiering i stedet for progresjon av CRC.
styrken ved denne studien er at pasientene ble trukket tilfeldig fra 33 fylkes områder i sentrale og østlige NC. Disse områdene omfatter urbane og rurale områder og som sådan fagene er forskjellige med hensyn til rase og sosioøkonomisk status. De er derfor mer representativ for en sann CRC befolkning prøven sammenlignet med andre studier som kun omfatter pasienter fra noen få institusjoner og dermed har svært valgt populasjoner.
Det er imidlertid noen begrensninger i vår studie. For det første, de begrensede utvalgsstørrelser av visse stadier hindret en mer detaljert subgruppeanalyse. Ved en slik, er det mulig at assosiasjoner begrenset til pasienter fra visse stadier kan ha vært savnet. For det andre kan det hende at median oppfølgingsperiode på 3,5 år være for kort, spesielt for pasienter med trinn I og II sykdom. Dette kan ha i sin tur ført til en lavere frekvens av hendelser når data fra alle fire stadier av pasienter ble analysert sammen og dermed ført til marginale foreningen observert. For det tredje, informasjon om sykdomsfri overlevelse data som kan være en bedre prognostisk tiltak i forhold til total overlevelse er ikke tilgjengelig i vår studie. For det fjerde, mens vi har gjort et grundig arbeid for å ta hensyn til viktige kliniske variabler som alder, kjønn, etnisitet, stadium av sykdommen, stedet for svulst og type behandling som kan påvirke CRC overlevelse i vår dataanalyse, vi imidlertid ikke har informasjon på pasientenes mismatch reparasjon status. Dette kan ha ført til en kombinasjon av ulike typer av CRC i samme gruppe for analyse, og dermed forspenner fare estimater. Til slutt, utvalgsstørrelsen for denne studien er moderat. Dette kan gjøre det underpowered å oppdage foreningen av de genetiske varianter med overlevelses utfall for to SNPs (rs719725 og rs10318) på grunn av lave allelfrekvenser i vår befolkning eller for SNPs med små effekter på overlevelse. Derfor, for rs719725 og rs10318, resultatene for disse SNPs bør tolkes med forsiktighet. Likevel vil resultatene av denne studien utfylle funnene i tidligere studier, noe som åpner for fremtidig meta-analyse som kan ytterligere forbedre vår forståelse av effektene av disse sjeldne varianter på CRC progresjon.
I konklusjonen, vi observerte ingen Sammenhengen mellom 11 CRC mottakelighet varianter på 6 CRC risiko loci med sykdom utfall i vår studiepopulasjonen, noe som tyder på liten innflytelse av disse SNPs på CRC progresjon.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
kromosom loci av lav penetrans CRC følsomhets SNPs testet, deres mottakelighet risiko allel og TaqMan® SNP genotyping analyse identifikatorer.
doi: 10,1371 /journal.pone.0041954.s001 plakater (docx)
Tabell S2.
Fordeling av pasientenes clinicopathological egenskaper i henhold til genotyper for individuell SNP.
doi: 10,1371 /journal.pone.0041954.s002 plakater (docx)
Takk
Forfatterne ønsker å takke Mr Kevin Long for sin teknisk hjelp angående dette manuskriptet.
