Abstract
HPV sjelden vedvarer og utvikler seg til livmorhalskreft. Vi undersøkte verts genetiske faktorer antatt å spille en rolle i å bestemme hvilken undergruppe av personer smittet med onkogene humane papillomavirus (HPV) har vedvarende infeksjon og videreutvikle livmorhals pre-kreft /kreft i forhold til de fleste smittede personer som vil klare infeksjon.
Vi har evaluert 7140 tag enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) fra 305 kandidat gener antatt å være involvert i DNA-reparasjon, viral infeksjon og celle oppføringen i 416 cervical intraepitelial neoplasi 3 (CIN3) /krefttilfeller, 356 HPV vedvarende kvinner (median : 25 måneder), og 425 tilfeldige kontroller (RC) fra 10,049 kvinner Guanacaste Costa Rica Natural History studien. Vi brukte logistisk regresjon for å beregne odds ratio og p-trend for CIN3 /kreft og HPV utholdenhet i forhold til SNP genotyper og haplotyper (justert for alder). Vi har innhentet sti og gen-nivå oversikt over foreninger ved å beregne den adaptive kombinasjon av p-verdier. Gener /regioner statistisk signifikant assosiert med CIN3 /kreft inkludert viral infeksjon og celle oppføring gener 2 «, 5» oligoadenylat syntetase genet 3 (
OAS3
), sulfatase 1 (
SULF1
), og interferon gamma (
IFNg
); DNA reparasjonsgener deoxyuridine trifosfat (
DUT
), dosering suppressor av MCK en homolog (
DMC1
), og generell transkripsjonsfaktor IIH, polypeptid 3 (
GTF2H4
); og
EVER1 Hotell og
EVER2
gener (p 0,01). Fra hver region, den mest betydelige SNPs assosiert med CIN3 /kreft var
OAS3
rs12302655,
SULF1
rs4737999,
IFNg
rs11177074,
DUT
rs3784621 ,
DMC1
rs5757133,
GTF2H4
rs2894054,
EVER1 /EVER2
rs9893818 (p-trends≤0.001). SNPs for
OAS3
,
SULF1
,
DUT
, og
GTF2H4
var assosiert med utholdenhet HPV mens
IFNg Hotell og
EVER1 /EVER2
SNPs var assosiert med progresjon til CIN3 /kreft. Vi merker oss at foreningene observerte var mindre enn to ganger. Vi identifiserte varianter DNA-reparasjon og viral binding og celle oppføring gener assosiert med CIN3 /kreft. Våre resultater krever replikering, men foreslår at ulike gener kan være ansvarlig for å modulere risiko i de to kritiske overgangstrinn viktige for livmorhalskreftutvikling. HPV utholdenhet og sykdomsutvikling
Citation: Wang SS, Gonzalez P, Yu K, Porras C, Li Q, Safaeian M, et al. (2010) Felles genetiske varianter og risiko for HPV utholdenhet og Progresjon til livmorhalskreft. PLoS ONE 5 (1): e8667. doi: 10,1371 /journal.pone.0008667
Redaktør: Syed A. Aziz, Health Canada, Canada
mottatt: 01.12.2009; Godkjent: 18 desember 2009; Publisert: 13 januar 2010
Copyright: © 2010 Wang et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Cancer Institute utført Program og National Institutes of Health (kontrakter CO-12400, CP-21081, og CP-31061, gi CA-78527 til RDB); National Institutes of Health Office of Forskning på kvinners helse (ORWH); Costa Rica Foundation for opplæring i helsefag; Caja Costarricense de Seguro Social (Costa Rica). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
vedvarende infeksjon med en av ca 15 typer av humant papillomavirus (HPV) er nødvendig for utvikling av kreft i livmorhalsen og dens umiddelbare forløper, cervical intraepitelial neoplasi grad 3 (CIN3). Men det er ikke HPV-infeksjon en tilstrekkelig årsak til livmorhalskreft /CIN3 og HPV kofaktorer har blitt identifisert, inkludert oral contraceptive bruk og røyking [1]. Familiære aggregering studier og evaluering av nedarvede genetiske variasjoner foreslår videre at verten genetiske faktorer kan også bidra til livmorhalskreft patogenesen [2]. En rekke studier har evaluert og impliserte en rolle for human leukocytt antigener (
HLA
) [3], [4]. Vi har tidligere rapportert sammenhengen mellom vanligste variantene i gener som påvirker DNA-skader, spesielt,
FANCA
, assosiert med både HPV utholdenhet og progresjon til CIN3 /kreft. Vi rapporterte også en variant i medfødt immunitet genet
IRF3
forbundet med utholdenhet HPV [5]. Her utvider vi vår vurdering av verts genetiske variasjoner i DNA-reparasjon, viral infeksjon og celle oppføring gener og risiko for HPV utholdenhet og livmorhals forstadium /kreft.
Vi har evaluert data på 7140 kandidat enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) i 305 kandidat gener /regioner (161 viral infeksjon og celle oppføring og 144 DNA-reparasjonsgener). Alle kjente DNA-reparasjonsgener ble inkludert [6] og viral infeksjon og celle oppføring genene ble valgt på grunnlag av biologiske bevis for hypotesen tilknytning til livmorhalskreft, HPV, eller andre infeksjoner. Alle gener og deres utvalgte varianter ble evaluert for risiko for HPV utholdenhet og progresjon til CIN3 /kreft innenfor populasjonsbasert Guanacaste kohort i Costa Rica (gener og SNPs er annotert i tabell S1). Et unikt aspekt ved vår innsats er evnen til separat evaluere genetiske faktorer knyttet til de to kjente og kritiske overgangs stater i naturhistorie av livmorhalskreft -. (I) viral utholdenhet og (ii) progresjon til pre-kreft /kreft
Resultater
pathway-baserte foreninger
Vi har funnet DNA-reparasjon sti som helhet statistisk signifikant assosiert med CIN3 /kreft (p = 0,0197) og med HPV utholdenhet (p = 0,0472 ) men ikke progresjon (p = 0,7451) (tabell 1). Disse foreninger dukket drevet av gener involvert i redigering /behandling nukleaser, modulering av nucleotide bassenger, og nucleotide excision reparasjon. Familien til Fanconi anemi gener ble også signifikant assosiert med HPV utholdenhet (p = 0,0326).
Gene /region-baserte foreninger
Tabell 2 viser resultatene for 9 gener /regioner forbundet med CIN3 /kreft i forhold til tilfeldige kontroller på p 0,01, etter deres statistisk signifikans. Seks av de genene ble ansett bemerkelsesverdig med en FDR ≤0.2, inkludert DNA-reparasjonsgener –
GTF2H4
,
DUT
, og
DMC1 – Hotell og viral infeksjon og celle oppføring relaterte gener –
OAS3, SULF1
, og
IFNg
. Foreningen for
GTF2H4 Hotell og
SULF1
ble også assosiert med HPV utholdenhet (p = 0,005). Tre regioner ble statistisk signifikant assosiert med progresjon til CIN3 /kreft på p 0,05:
TMC6 (EVER1), TMC8 (EVER2)
, og
FLJ35220
. Alle gen-basert Resultatene er vist i tabell S2.
SNP-baserte foreninger
I tråd med våre gen /regionsbaserte analyser, fant vi bevis for en endret risiko (ca. 2 fold) for CIN3 /kreft for en eller flere SNPs i åtte av de ni gener /regioner med p-trender ≤0.001 (Tabell 3, SNPs ordnet alfabetisk etter genet navn). Av de fire gener assosiert med utholdenhet HPV, SNPs i
DUT plakater (rs3784621),
GTF2H4 plakater (rs2894054, rs6926723),
OAS3 plakater (rs12302655), og
SULF1 plakater (rs4737999, rs4284050, rs10108002) hadde signifikant p-trend 0,05. Av genene /regioner forbundet med progresjon til CIN3 /kreft, SNPs i
IFNg plakater (rs11177074) og mellom
EVER2 /TMC8 Hotell og
EVER1 /TMC6 plakater (rs9893818) var statistisk signifikant på p 0,05. Odds ratioer og 95% konfidensintervall for disse SNPs er vist i Tabell S3 (alle data for alle SNP er vist i tabell S4). Vi merker oss at andre SNPs assosiert med CIN3 /kreft inkludert de i
OAS1
,
OAS2
, og
POLN
gener (tabell 3). Som for
OAS3
, assosiasjoner med
OAS1 Hotell og
OAS2
var betydelig for HPV utholdenhet mens
POLN
var assosiert med sykdomsprogresjon.
haplotype foreninger
Resultatene fra haplotype baserte analyser (definert av blokker av koblingsulikevekt) var generelt konsistente med genet /region og SNP-baserte funn. Haplotyper statistisk signifikant assosiert med CIN3 /kreft inkludert SNPs innblandet i SNP basert analyse (som vist i tabell S5 for
DUT
,
GTF2H4 Hotell og
SULF1
der haplotype blokker kunne konstrueres). Ingen nye områder av interesse ble identifisert i haplotype analyse ved hjelp av skyvevinduet tilnærming av 3 SNPs (data ikke vist).
Diskusjoner
I denne populasjonsbasert studie, fant vi ni gener /regioner assosiert med CIN3 /kreft, hvorav 6 forble signifikant på et FDR≤0.2 – tre DNA-reparasjonsgener (
GTF2H4
,
DUT
, og
DMC1
) og tre viral infeksjon og celle oppføring relaterte gener (
OAS3, SULF1
, og
IFNg
). Et unikt aspekt ved vår studie er evnen til separat vurdere assosiasjoner med de to viktige overgangs steg i naturhistorie av livmorhalskreft – viral utholdenhet og progresjon til forstadium /kreft. Av de regioner /gener funnet å være viktig, foreningen var først og fremst med utholdenhet HPV for
GTF2H4 Hotell og
SULF1
.
IFNg
og epidermodysplasia verruciformis (EV) -associated gener (
TMC6-EVER1 Hotell og
TMC8-EVER2
) var først og fremst forbundet med progresjon til CIN3 /kreft. Alle topp gener som stammer fra genet /regions og SNP-baserte analyser er merket og kort beskrevet i tabell 4.
Resultatet for DNA reparasjon pathway baserte analyser var i samsvar med våre individuelle SNP-basert resultater. Spesielt fant vi ut at genene i nucleotide excision reparasjon (som inkluderer
GTF2H4
) og modulering av nukleotid bassenger (som inkluderer
DUT
) til å bli assosiert med utholdenhet HPV. DNA reparasjon familie av redigering /behandling av nukleaser var assosiert med progresjon til CIN3 /kreft og om flere gener var statistisk signifikant, ingen var bemerkelsesverdig på FDR 0,2. Foreningen mellom Fanconi Anemi familie av gener med utholdenhet HPV er også konsistent med våre tidligere analyser som rapporterte
FANCA
varianter assosiert med utholdenhet HPV (5). Det har ikke vært rapportert polymorfismer i
GTF2H4
,
DUT
eller
DMC
med HPV utholdenhet, livmorhalskreft, eller noen annen kreft til dags dato. Men
GTF2H4
ligger på kromosom 6p21.3 i
HLA
regionen og er derfor av notatet som en rekke studier har undersøkt
HLA
klasse II og I gener med livmorhalskreft og har konsekvent identifisert alleler (f.eks
HLA Anmeldelser –
DRB product: * 1301) forbundet med livmorhalskreft [4]. Enten den observerte sammenhengen mellom
GTF2H4
varianter og HPV utholdenhet er på grunn av sin biologiske funksjon og dens kapasitet som en DNA-reparasjon gen eller til potensielle koblingsulikevekt med
HLA
krever videre evaluering.
Varianter i to gener postulert å spille en rolle i viral og HPV bindende,
OAS3 Hotell og
SULF1
, var også forbundet med utholdenhet HPV i vår befolkning.
OAS3
spiller en rolle i motstanden mot virusinfeksjon via nedbrytning av viral og cellulære RNA og nedskrivning av virusreplikasjon. Spesielt OAS familie av gener (
OAS1, OAS2, OAS3
) blir indusert av interferon. Når enzymatisk aktivt OAS er bundet til viral RNA, er RNase L aktivert, noe som resulterer i nedbrytning av viralt RNA [7]. Spesielt,
OAS1 Hotell og
OAS2
SNPs var også forbundet med utholdenhet HPV i vår befolkning (tabell 3).
SULF1 plakater (sulfatase 1) er involvert i cellesignalisering og er en coreceptor for heparin-bindende vekstfaktorer og cytokiner. Sulfs potensielt kan spille en rolle i et celledelt feed-back mekanisme hvor de redigere sulfatering av flere heparinsulfat-proteoglykaner [8]. Dette er av spesiell interesse som heparinsulfat-proteoglykaner er antatt å være den primære feste faktor for HPV og behandling med heparin og heparinsulfat har hemmet infeksjon av noen HPV-typene [9].
Tre gener ble forbundet primært med progresjon til CIN3 /kreft inkludert
IFNg
, et cytokin som spiller en rolle i medfødt immunitet mot virus eller bakterieinfeksjoner. Det induserer også OAS familie av gener som fører til degradering av viralt RNA. Vi rapporterer også en sammenheng mellom gener i
EVER1 /TMC6 Hotell og
EVER2 /TMC8 Hotell og en SNP som ligger mellom de to gener med progresjon til CIN3 /kreft. Mutasjoner i enten
EVER1
eller
EVER2
gener er godt dokumentert i sjeldne hudkarsinom epidermodysplasia verruciformis (EV), som er preget av infeksjon med HPV5 [10]. At vanlige polymorfismer innen
EVER1 Hotell og
EVER2
er også assosiert med progresjon til CIN3 /kreft potensielt kan foreslå en større rolle, selv om beskjeden, for
EVER1 Hotell og
EVER2
gener i HPV mottakelighet og påfølgende risiko for sykdom.
som beskrevet tidligere [5], kan studie begrensninger omfatte potensielle overlevelse skjevhet som supplerende tilfeller identifisert i Guanacaste ble retrospektivt konstatert og DNA ble ikke innhentet for avdøde tilfeller. En annen begrensning er vår manglende evne til å vurdere invasiv livmorhalskreft separat. Fremtidige studier med større antall tilfeller vil det være behov for å ta ut av hvilke gener som er involvert i overgangen fra in situ til invasiv sykdom. Selv om vi målrettet
a priori
gener og brukte en FDR av 0,2 for å finne ut hvilke gener som var bemerkelsesverdig, kan vi ikke utelukke muligheten for falske positiver (eller falske negative). Viktigere var fordi vår befolkning består av Costa Rica og gener merket basert på kaukasiske og Yoruban populasjoner der data er tilgjengelige fra HapMap, er det sannsynlig at genet dekning i vår Costa Rica befolkningen er ufullstendig. Studer styrker inkluderer vår populasjonsbasert studie design. Dette designet er tilnærmet en case-kohort design siden andelen kvinner i kohorten med CIN3 eller kreft er liten. En annen studie styrke er vår evne til å vurdere gener relevante for HPV utholdenhet og gener som er relevante for utvikling av sykdommen. Videre vår studie hadde streng oppfølging, HPV-testing og patologi anmeldelse for sykdomsdefinisjoner. Vår tag-SNP tilnærming også tillatt for bredere dekning av hvert
a priori
gen /region etterforskning, i forhold til før kandidat SNP-basert genotyping tilnærminger. Vår evaluering av DNA-reparasjon veien var nær komplett basert på nyeste litteratur og lov for pathway baserte analyser. Men våre virus bindende og celle oppføring genene var ikke mottagelig for tilsvarende analyser. Vi erkjenner at våre
a priori
tilnærming samplet en liten undergruppe av gener i genomet, og vi derfor trolig savnet andre viktige foreninger. Økt makt og replikering av våre resultater er nødvendige og større innsats i genom-wide assosiasjonsstudier bør kaste ytterligere lys over gener og regioner som har betydning for livmorhalskreft. Vår studie er imidlertid fortsatt den eneste som er laget for å avgrense mellom assosiasjoner med HPV utholdenhet og progresjon til CIN3 /kreft.
I sammendraget, våre resultater krever replikering, men bygge videre på vår forrige rapport fra potensielle verts genetiske varianter som er relevante for HPV utholdenhet og de som er relevante for progresjon til CIN3 /kreft. Hvis replikert, til ytterligere studier fastslå årsaks SNP (e) og bestemme deres biologiske relevans bør forfølges. Fremtidig arbeid bør omfatte ytterligere disseksjon av langsiktig utholdenhet som sannsynligvis fører til progresjon i forhold til kortsiktig utholdenhet som er mindre sannsynlighet for å utvikle seg til CIN3 /kreft. Vertskapsrollen genet og HPV metylering og deres rolle på årsaks gener bør også vurderes. Disse dataene er viktig for fremtidig forskning i å vurdere samspillet mellom virus og verts genetikk i å bestemme risiko for utholdenhet HPV og for progresjon til CIN3 /kreft.
Metoder
Studiepopulasjon
Denne studien ble stablet i en populasjonsbasert kohort studie av kvinner i Guanacaste, Costa Rica. Detaljer om kohort studiemetoder [11], [12] og i sub-populasjonen valgt for genetiske analyser [5] er rapportert andre steder. Kort fortalt er det Guanacaste HPV historisk studie en populasjonsbasert kohort av 10,049 kvinner rekrutteres i løpet av en 18-måneders periode i 1993-1994 og fulgt i syv år. . For kohort deltakere, livmorhalsen var tilgjengelige for HPV DNA-testing som tidligere beskrevet [11], [12], og buffy coat prøver var tilgjengelig for verts genet polymorfisme testing
Kvinner som er valgt for den genetiske studien inkluderte: ( i) alle kvinner i kohorten histologisk bekreftet med utbredt eller hendelse CIN3 eller kreft (n = 184); (Ii) alle kvinner i kohorten med bevis på utholdenhet HPV, definert som kvinner positive for samme HPV-type ved to påfølgende besøk (n = 432) (median lengde av utholdenhet: 25 måneder); og (iii) et tilfeldig utvalg av kontroller fra kohorten (n = 492) [5]. Som beskrevet tidligere [5], vi også inkludert 331 supplerende CIN3 og krefttilfeller fra Guanacaste som ikke var deltakere i historisk studie, men ble selvstendig diagnostisert med CIN3 eller kreft i løpet av samme periode som vår naturhistorie studien ble gjennomført. Vi merker oss at disse supplerende tilfellene var litt eldre på grunn av større andel av kreft sammenlignet med våre kohort-basert tilfeller hvor det var en høyere andel av CIN3. Allelfrekvenser var sammenlignbare mellom våre kohort og supplerende tilfeller begrunner sammenslåing av de to gruppene for genetiske analyser (5).
Etikk erklæringen
Studiet ble godkjent av både USA NCI og Costa Rica Institutional Review Boards og alle fag signert informert samtykke.
Laboratoriemetoder
DNA-ekstraksjon.
DNA ble ekstrahert fra buffy strøk med PureGene rensing kits /Autopure protokollen (Gentra Systems ) ved SeraCare (Frederick, MD). For supplerende tilfeller DNA ekstraksjon ble gjort ved Universitetet i Costa Rica med samme kit /protokoll.
HPV-testing.
PCR-baserte HPV DNA-testing med L1 MY09 /MY11 konsensus primer metoder [11], [13], [14] ble gjennomført på livmorhalsen som er lagret i standard transportmedium (Qiagen, Germantown, MD) fra naturhistorie studien bare. Fordi livmorhalsen ikke ble hentet fra supplerende tilfeller HPV Resultater er ikke tilgjengelig for disse kvinnene. I forbindelse med HPV-begrenset analyser, er supplerende forstadier til kreft /krefttilfeller antas å være HPV-positive på grunn av kjennskap som onkogene HPV er en etablert og nødvendig risikofaktor for livmorhals forstadium /kreft.
Host genotyping.
Genotyping av tag SNPs fra 305 kandidat gener /regioner (Gener og SNPs kommentert i tabell S1) antatt å være involvert i livmorhalskreft progession eller HPV utholdenhet ble gjennomført ved NCI Kjerne Genotyping Facility (Advanced Technology Center, Gaithersburg , MD, https://snp500cancer.nci.nih.gov) [15] med en spesialdesignet IVelg infinium analysen (Illumina, www.illumina.com). Den infinium inkluderte totalt 27,904 tag SNPs, hvorav våre kandidat gener /regioner representert 7,765 SNPs. Tag SNPs for 305 kandidat gener ble valgt fra designable sett av felles SNPs (mindre allel frekvens (MAF) 5%) genotypede i den kaukasiske (CEU) og Yoruban (YRI) populasjonen prøve av HapMap Prosjekt (Data Slipp 20 /Phase II, NCBI Bygg 36,1 montering, dbSNPb126) ved hjelp av programvaren Tagzilla (https://tagzilla.nci.nih.gov/), som implementerer en merking algoritme basert på den parvise binning metoden for Carlson
et al
. [16]. Fordi det er ingen Costa Rica befolkningen i HapMap prosjektet som vi kunne velge SNPs, vi inkludert merking for YRI i tillegg til CEU befolkningen til å forbedre vår sannsynligheten for å oppnå genet dekning i vår befolkning. For hver original målgen, SNP’er innenfor området som strekker seg over 20 kb 5 «fra start av transkripsjon (ekson 1) til 10 kb 3» i enden av den siste exon ble gruppert ved hjelp av en binning terskel av r
2 0,8 å definere et gen /region. Når det var flere vitnemål tilgjengelig for gener, ble bare primær transkripsjon vurderes.
Kvalitetskontroll (QC).
Tag SNPs som feilet produksjon (bestilt, men ikke konvertere), mislyktes validering ( ingen forsterkning eller clustering), og analyser som hadde mindre enn 80% fullføring, eller 80% samstemmighet med de 90 Hapmap CEU prøvene som benyttes for validering ble ekskludert (n = 104). SNPs med lav gjennomføringsgrad ( 90% av prøvene) ble ytterligere ekskludert (N = 138). SNPs med QC disharmoni blant våre 100 QC duplikater og blant HapMap prøver 98% ble ekskludert (n = 383). Vi ekskluderte også prøver med en lav gjennomføringsgrad ( 90%) (N = 7). Hardy-Weinberg likevekt ble evaluert blant kontrollene. SNPs som viser tegn på avvik fra Hardy-Weinberg proporsjoner (n = 49, p 0,0001) er angitt i tabell S1. Selv om vår QC data ikke foreslå noen åpenbar genotyping feil og vi presenterer sine resultater, ser vi varsomhet i tolkningen av disse utvalgte resultater. Av de 7,765 a priori SNPs, ble 7,140 SNPs inkludert i vår nåværende analyse.
Final analytisk befolkningen.
Vi har evaluert totalt 416 kvinner diagnostisert med CIN3 eller kreft, 356 kvinner med HPV vedvarende infeksjon, og 425 tilfeldige kontroller for hvem validert genotyping resultater ble oppnådd.
Statistical Analysis
pathway- og gen /region-baserte analyser.
Vi har innhentet pathway- og gen /region-basert oversikt over foreninger bruker adaptive kombinasjon av p-verdier [17], [18], som kombinerer gen-nivå foreningen bevis gjennom adaptiv rang avkortet produkt metode. For å ta høyde for multiple sammenligninger, søkte vi den falske funnraten (FDR) metode for Benjamini og Hochberg [19]. Pathway-baserte analyser ble gjennomført for DNA-reparasjonsgener; de ikke ble gjennomført for viral infeksjon og celle oppføring gener som bare velge gener var målrettet for evaluering og sammen ikke fullt ut representerer en vei.
SNP-baserte foreninger.
beregnet odds ratio ( OR) og 95% konfidensintervall (95% KI) for hver genotype med hver sykdom utfall, ved hjelp av homozygot villtype (WT) genotype som referent gruppen. Vi først sammenlignet CIN3 /krefttilfeller til tilfeldige kontroller. Vi vurderte videre om statistisk signifikante assosiasjoner til CIN3 /kreft var konsistente for HPV utholdenhet og /eller sykdomsprogresjon med følgende respektive sammenligninger: (i) HPV persisters i forhold til tilfeldige kontroller og (ii) CIN3 /krefttilfeller i forhold til HPV persisters.
Vi har utført både råolje og analyser justert for alder ( 30, 30-49, 50 + år). For hvert utfall, beregnet vi
P
trend basert på tre-nivå ordens variabel (0, 1 og 2) i homozygot WT, heterozygot og homozygot variant i en logistisk regresjonsmodell. For å vurdere forbindelser med utholdenhet HPV, gjennomførte vi også analyser hvor HPV persistens og kontroller ble begrenset til noen onkogene-HPV-infeksjon (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 68 ). Alle logistiske regresjonsmodeller var ubetinget og utført ved bruk av SAS versjon 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
haplotype analyser.
Vi har utført haplotype analyser ved hjelp av to metoder. Først vurderte vi risikoen for kreft, progresjon og HPV utholdenhet forbundet med haplotyper definert av SNPs i en glidende vindu av tre loci på tvers av et gen (haplogruppene Stats, versjon 1.2.1, haplo.score.slide, http: //mayoresearch.mayo Edu /mayo /forskning /schaid_lab /software.cfm) på alle gener. En global poengsum statistikk ble brukt til å oppsummere bevis for foreningen av sykdom med haplotyper for hvert vindu. For det andre, visualisert vi haplotype strukturer for gener der p 0,01 for gen /region-basert analyse ved hjelp Haploview, versjon 3.11 [20] basert på målinger av parvise koblingsulikevekt mellom SNPs. For blokker av koblingsulikevekt, fikk vi ORS og 95% CI’er for de underliggende haplotyper under forutsetning om en additiv modell (haplo.glm, minimum haplotype frekvens 1%). Alle haplotype analysene ble justert for alder.
Takk
Vi takker legene. Chris Buck og Patricia Day for sine vitenskapelige bidrag i å foreslå kandidat gener for evaluering med hensyn til deres relevans i HPV bindende. Vi er takknemlige for Sabrina Chen fra Information Management Services, Inc. (IMS) for dataadministrasjon og programmering støtte. Vi er takknemlige for Amy Hutchinson og Belynda Hicks for sin håndtering av denne genotyping innsats på NCI kjerne Genotyping Facility og for sine vitenskapelige bidrag til vår forskningsinnsats. Resultatene ble presentert i en del på 25
th International Papillomavirus Conference, Malmö, Sverige, mai 2009.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s001 plakater (0,83 MB XLS)
Tabell S2.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s002 plakater (0,61 MB DOC)
tabell S3.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s003 plakater (0,11 MB DOC)
Tabell S4.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s004 plakater (5,99 MB XLS)
Tabell S5.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008667.s005 plakater (0,09 MB DOC)
