Talsmenn for Mesoterapi legge vekt på at risikoen for behandling blir minimalisert fordi lavere doser av forbindelsene injiseres i et forholdsvis lite område. Men det er visse kjente og potensielt ukjente risikoer forbundet med Mesoterapi.
De fleste kjente Mesoterapi Risiko er i og rundt injeksjonsstedet. Huden kan bli pigmentert eller arrete, og disse endringene kan ikke falme med tiden. Andre endringer, som hevelse, smerter og blåmerker, vanligvis avta etter behandling. I noen mennesker, kan en alvorlig lokal reaksjon på stoffer som injiseres føre til sårdannelse og påfølgende arrdannelse. Det kan også være en systemisk og potensielt livstruende allergisk reaksjon på injisert narkotika. Infeksjoner på grunn av dårlig injeksjonspraksis rapporteres ofte blant pasienter med ulisensierte Mesoterapi utøvere. Disse infeksjonene kan kreve behandling med dyre antibiotika.
Det er noe bekymring i det medisinske miljøet at flere forbindelser som vanligvis brukes i mesotherapy har ubevist fordeler og ukjente risikoer. Det er mange nettsteder som selger slike forbindelser. Men de fleste av dem ligger i utlandet, og er derfor utenfor jurisdiksjonen til US Food and Drug Administration (FDA). Renheten av forbindelser som selges av slike nettsteder kan ikke bekreftes. Til dags dato har FDA godkjent ikke noen forbindelse for anvendelse i Mesoterapi, selv om en slik forbindelse er godkjent for andre anvendelser. I tillegg gjør American Society of Plastic Surgeons ikke bifaller Mesoterapi fordi det ikke er en vitenskapelig bevist metode.
Mange Mesoterapi behandlinger krever løpende vedlikehold, og kostnadene som er involvert i slike vedlikeholdsbehandling kan være undervurdert i utgangspunktet. Dette kan være en økonomisk risiko fordi Mesoterapi ikke er dekket av helseforsikring planer. Det kan også være emosjonelle risiko, spesielt med behandlinger som krever tilslutning til en diett og mosjon plan. Dersom en slik plan ikke blir fulgt, kan kroppen gå tilbake til sin pre-Mesoterapi utseende, forårsaker stress.
