Abstract
Bakgrunn
BRAF
mutasjoner har blitt godt beskrevet i ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) i flere år, men de kliniske funksjonene til pasienter husing
BRAF
mutasjoner er fortsatt ikke godt beskrevet. Vi utførte en meta-analyse for å identifisere felles kliniske funksjoner i NSCLC pasienter bærende
BRAF
mutasjoner.
Metoder
Vi identifiserte kliniske studier som undersøkte sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og funksjoner av NSCLC i PubMed, Embase og ISI Science Citation Index database frem til oktober 2013. effekten størrelsen av kliniske funksjoner ble estimert ved odds ratio (ORS) med 95% konfidensintervall (KI) for hver studie, ved hjelp en fast-effekter eller tilfeldig effekt modell.
Resultater
ti studier med totalt 5599 NSCLC pasienter ble inkludert. Det var en 3% (170/5599)
BRAF
mutasjonsraten.
BRAF
mutasjoner i NSCLC var signifikant assosiert med adenokarsinomer (ADC) (sammenlignet med ikke-ADCs, OR = 4,96, 95% CI = 2,29 til 10,75). Det var ingen signifikante forskjeller i kjønn, røyking og scene hos pasienter med og uten
BRAF
mutasjoner.
BRAF
V600E mutasjon var hyppigere hos kvinner enn ikke-
BRAF
V600E mutasjoner (OR = 0,27, 95% CI = 0,12 til 0,59), og var tett relatert til aldri-røykere (OR = 0,14, 95% CI = 0,05 til 0,42).
Konklusjoner
Disse funnene har viktige implikasjoner for prediksjon av NSCLC sub-typer mer nøyaktig kombinert med andre genetiske endringer
Citation:. Chen D, Zhang LQ, Huang JF, Liu K, Chuai ZR, Yang Z, et al. (2014)
BRAF
Mutasjoner hos pasienter med ikke-småcellet lungekreft: en systematisk oversikt og meta-analyse. PLoS ONE 9 (6): e101354. doi: 10,1371 /journal.pone.0101354
Redaktør: John Souglakos, Universitetet General Hospital i Heraklion og Laboratorium for Tumor Cell Biology, School of Medicine, University of Crete, Hellas
mottatt: Desember 9, 2013; Godkjent: 06.06.2014; Publisert: 30 juni 2014
Copyright: © 2014 Chen et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet delvis med tilskudd fra National High Technology Research and Development Program of China (National 863 Program, nr 2011AA02A121 og 2013AA020204) Fortrinns Foundation of Science and Technology aktiviteter for studenter som studerer i utlandet av Chongqing (No. YuLiuZhu201201), prosjekt Sponset av Scientific Research Foundation for Returnerte Overseas Chinese Scholars i staten Education departementet. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Lungekreft er den ledende årsak til kreft dødsfall årlig resulterer i mer enn én million dødsfall på verdensbasis [1]. Omtrent 85% av lungekreftpasienter har en histologisk diagnose av ikke-småcellet lungekreft (NSCLC), og den samlede fem års overlevelse er ca 17% [2], [3]. Behandlings beslutninger for pasienter med lungekreft har historisk sett vært basert på tumorhistologi. En lovende behandlingsstrategi har fokusert på videre oppdeling av NSCLC i klinisk relevante molekylære undergrupper. Klassifiseringen skjema var basert på bestemte såkalte driver mutasjoner inkludert aktiverende mutasjoner i epidermal vekstfaktor reseptor (EGFR),
KRAS
,
BRAF
,
HER2
,
PIK3CA
, og andre i frekvenser som overstiger 1% [4], [5]. Dessuten Seidel et al. har blitt spådd hver av NSCLC sub-typer ved hjelp av en kombinasjon av immunhistokjemi og genomiske markører [6]
BRAF
, en av tre medlemmer av RAF kinase familien.
A-RAF
,
BRAF
,
C-RAF
, tilhører gruppen av serin-treonin kinaser og spiller viktig rolle i mitogen-aktivert protein kinase (MAPK) veier [7 ], [8]. Mutasjoner i
BRAF
er funnet i ulike typer kreft, hovedsakelig melanom, metastatisk kolorektalcancer og papillær skjoldbruskkjertelkreft. Frekvensen av mutasjonen har vært omtrent 50%, 9% og 45%, henholdsvis [9] – [11].
BRAF
mutasjoner ble funnet i 1-3% av NSCLCs [4].
De mutasjoner i de ovennevnte genene er nært knyttet til bestemte demografiske eller clinicopathologic egenskaper, herunder kjønn røykevaner, klinisk trinn, og tumorhistologi [12], [13]. Denne informasjonen kan være nyttig for utvelgelse av pasienter for behandling med spesifikke gen-inhibitorer. Mens
BRAF
mutasjoner i NSCLC er beskrevet i flere år, den faktiske forekomsten og kliniske funksjoner av pasienter med NSCLC som havna
BRAF
mutasjoner er ikke godt definert på grunn av det relativt lave antallet pasienter tilfeller undersøkt [14] – [16]
Vi utførte en meta-analyse av et stort antall lungesvulster med
BRAF
mutasjoner fra publiserte studier for å kvantitativt vurdere sammenhengen mellom
BRAF
mutasjon og de demografiske eller clinicopathologic egenskaper.
Materialer og metoder
Publikasjonssøk
Vi utførte en systematisk litteratursøk i PubMed, EMBASE, og Science Citation Index databaser. Følgende søkeord ble brukt for å identifisere relevante publikasjoner: «
BRAF
«, «
B-RAF
«, «ikke-småcellet lungekreft», «ikke-småcellet lungekreft» , «non-small cell carcinoma», «NSCLC», «squamous celle lungekreft», «squamous celle lunge carcinoma», «stor-celle lungekreft», «stor-celle lungekarsinom», «lunge adenokarsinom». Litteratursøket ble begrenset til studier på mennesker. Ingen begrensninger ble plassert på språket i publikasjonen eller type studie. Alle kvalifiserte studier ble hentet frem, og deres bibliografier ble sjekket for andre relevante publikasjoner. Artikler og bibliografier andre relevante studier identifisert var hånden søkte å finne flere kvalifiserte studier.
Inklusjonskriterier
Studier kvalifisert for oppføring i denne meta-analyse (1) ble publisert som en fulltekst på engelsk. (2) antall pasienter med
BRAF
mutasjoner var mer enn 1; (3) artiklene var involvert med sammenhengen mellom
BRAF Hotell og demografiske eller clinicopathologic funksjoner i NSCLC. Når samme forfatter eller gruppe rapporterte resultater fra samme pasientpopulasjon i mer enn én artikkel, ble den siste rapporten eller den mest informative en inkludert.
Data utvinning
Informasjon ble nøye hentet fra alle kvalifiserte studier. Følgende data ble samlet inn fra hver studie: Første forfatterens navn, årstall, antall pasienter inkludert, antall pasienter med
BRAF
mutasjoner, antall pasienter med
BRAF
V600E mutasjoner, screening metoder, demografiske og clinicopathologic kjennetegn pasienter. Datauttrekk ble gjort uavhengig av to av forfatterne og uoverensstemmelser ble løst ved konsensus blant annet en tredje forfatter. Alle prosedyrer dannet retningslinjene for meta-analyse av observasjonsstudier i epidemiologi [17].
Statistiske metoder
Vi brukte RevMan (versjon 5) for å beregne sammendrags odds ratio ( ORS) med 95% konfidensintervall (cIS), ved hjelp av en tilfeldig eller faste effekter modell for alle analysene. Vi vurderte heterogenitet av studiene ved hjelp av chi-kvadrat test av heterogenitet og jeg
2 mål på inkonsekvens. Betydelig heterogenitet ble definert som en chi-kvadrat test P verdi 0,10 eller som jeg
2 mål 50% [18]. Hvis ORS ble funnet å ha god homogenitet (I
2≤50%), en fast effekt-modell ble anvendt for sekundæranalyse. Hvis ikke (I
2 50%), en tilfeldig effekt-modell ble anvendt. Sensitivitetsanalyse ble utført for å undersøke påvirkning av hver studie på den samlede ELLER ved serielt å utelate et selvstudium og pooling de resterende studiene. Mulig publikasjonsskjevhet ble evaluert ved visuell vurdering av en trakt plot. Subgruppeanalyser ble utført av etnisitet og antall
BRAF
mutasjoner.
Resultater
Study Utvalg
I alt 1480 abstracts og titler ble innhentet gjennom elektronisk søk. 349 poster ble ekskludert på grunn av duplikater. De resterende 1131 poster ble vist av titler og sammendrag og 1088 studier ble ekskludert. 43 fulltekst papirer ble ansett relevant og ble undersøkt i detalj. 33 av disse fulltekstartikler ble ekskludert (figur 1). Ti studier oppfylte inklusjonskriteriene og ble inkludert i meta-analysen
Studie Kjennetegn
Det var 5599 pasienter i de identifiserte 10 studier [5], [14] -. [ ,,,0],16], [19] – [24]. Kun 170 (3,0%) av disse pasientene hadde
BRAF
mutasjoner i NSCLC tumorer (tabell 1). Den tidligste studien var i november 2008 av Pratilas et al. [19], mens den siste studien var i august 2013 etter Cardarella et al. [5]. Utvalgsstørrelsen varierte 96-1046, med bare én studie over 1000 pasienter [16]. Forekomsten av
BRAF
mutasjoner i enkeltstudier varierte fra 0,9% til 8,9%. Pasienter i fire studier var asiatisk, fem studiene var ikke-asiatiske, og en studie besto av en blandet befolkning fra 4 land. Fem studier screenet for
BRAF mutasjoner
ved hjelp av polymerase kjedereaksjon (PCR) og direkte sekvensering. Tre studier oppdaget
BRAF
mutasjoner ved hjelp av de ovennevnte metoder pluss matrise assistert laser desorpsjon /ionisering tidspunktet for flight massespektrometri (MALDI-TOF MS), enkelt strand konformasjon polymorphism (SSCP) analyse, eller smelte analyse høy oppløsning (HRMA). De resterende to studiene brukte enkle metoder MALDI-TOF MS eller HRMA.
BRAF
mutasjoner og demografiske og clinicopathologic kjennetegn ved NSCLC
De samlede resultatene av sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og demografiske og clinicopathologic kjennetegn ved NSCLC er rapportert i tabell 2 og figur 2. Ni studier presenteres data om sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og kjønn.
BRAF
mutasjoner ble oppdaget i (3.73%) 79 av 1972 kvinnelige pasienter (4,01%) 83 av 2224 mannlige pasienter og. Det var ingen signifikant forskjell i frekvens av mutasjonen ved kjønn (OR = 0,79, 95% CI = 0,57 til 1,10). Data om sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og røyking ble presentert i åtte studier.
BRAF
mutasjoner ble oppdaget i 120 av 2557 tidligere eller nåværende røykere (4.69%) og 38 av 1248 aldri-røykere (3.04%). Det var ingen signifikant forskjell i
BRAF
mutasjonsraten i tidligere eller nåværende røykere og aldri-røykere (OR = 0,95, 95% CI = 0.45-2.02). Seks studier rapporterte sammenhengen mellom
BRAF
mutasjon og tumorhistologi.
BRAF
mutasjoner ble oppdaget i 98 (4,04%) av 2224 ADC og 6 (0,58%) av 1037 ikke-ADCs. Det var signifikante forskjeller mellom adjutanter og ikke-adjutanter i
BRAF
mutasjonsraten (OR = 4,96, 95% CI = 2,29 til 10,75). Bare fire studiene inneholdt informasjon om klinisk stadium av NSCLC med
BRAF
mutasjoner.
BRAF
mutasjoner ble oppdaget i 46 av 1132 pasienter med stadium I eller II (4,06%) og 71 av 931 pasienter med stadium III eller IV (7,63%). Det var ingen signifikant forskjell i
BRAF
mutasjonsraten i stadium I og II, og stadium III og IV (OR = 1,05, 95% CI = 0,55 til 2,01).
BRAF
V600E mutasjon og demografiske og clinicopathologic egenskaper
foreningen for
BRAF
V600E mutasjon og demografiske og clinicopathologic karakteristikker ble evaluert (Figur 3). Tre studier som evaluerte
BRAF
V600E mutasjon i NSCLC ble systematisk analysert ved hjelp av en fast effekt modell.
BRAF
V600E mutasjoner utgjorde 53,6% (60/112) av alle de
BRAF
mutasjoner.
BRAF
V600E mutasjoner ble oppdaget i (38,3%) 37 av 52 kvinnelige pasienter (71,2%) 23 av 60 mannlige pasienter og. Det var en betydelig forskjeller i mannlige og kvinnelige uttrykk for denne mutasjonen (OR = 0,27, 95% CI = 0,12 til 0,59). Av 84 tidligere eller nåværende røykerne, 36 (42,9%) hadde
BRAF
V600E mutasjoner. 24 av 28 aldri røykere (85,7%) hadde denne mutasjonen. Forskjellen var signifikant mellom tidligere eller nåværende røykere og aldri-røykere (OR = 0,14, 95% CI = 0.05-0.42).
BRAF
mutasjoner ble oppdaget i 20 av 42 pasienter med stadium I eller II (47,6%) sykdom og 40 av 70 pasienter med stadium III eller IV (57,1%) sykdom. Det var ingen signifikant forskjell i uttrykk av denne mutasjonen i de to scenegrupper (OR = 0,54, 95% CI = 0,23 til 1,28).
Subgruppeanalyser av
BRAF
mutasjoner og demografiske og clinicopathologic egenskaper
Når de sammenslåtte studiene ble stratifisert etter etnisitet, var det ingen statistisk signifikant sammenheng mellom
BRAF
mutasjon og kjønn, røyking historie eller scenen, etter avtale med den samlede effekten (tabell S1). Men den OR av histologi var 3,49 (95% KI: 0,79 til 15,45) for asiater, 5,75 (95% KI: 0,94 til 35,25) for ikke-asiater, og 3,59 (95% KI: 0,82 til 15,80) for blandet etnisitet. Det var ingen statistisk signifikant sammenheng mellom
BRAF
mutasjon og ADC, som var forskjellig fra den samlede effekten (OR = 4,96, 95% CI = 2,29 til 10,75). Tilsvarende når studiene ble gruppert med antall
BRAF
mutasjoner, kombinert OR for histologi var 3,49 (95% KI: 0,79 til 15,45) for færre mutasjoner ( 10). I denne undergruppen
BRAF
mutasjoner ble oftere assosiert med ADCs. (Tabell S1).
Følsomhetsanalyse og publikasjonsskjevhet
Følsomhetsanalyse ble gjennomført for å fastslå om endring av inklusjonskriteriene i denne meta-analysen påvirket de endelige resultatene. Sensitivitetsanalysen viste at ingen av studiene betydelig påvirket samlede ORS og SUS (data ikke vist). For å undersøke tilstedeværelsen av publikasjonsskjevhet, en trakt tomt på effekter beregnet ut fra individuelle studier som undersøker sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og demografiske eller clinicopathologic funksjoner ble utført. Det var ingen sterk indikasjon på publikasjonsskjevhet blant de studiene som inngår i denne meta-analysen.
Diskusjoner
Studier av mutasjoner av
BRAF
genet har generert betydelig interesse fordi disse mutasjoner kan være forbundet med økt følsomhet for midler direkte rettet mot
BRAF
eller
BRAF
medierte nedstrøms signalveier [25].
BRAF
mutasjoner er blitt analysert ved hjelp av meta-analyse studier ved melanom, tykktarmskreft og papillær skjoldbruskkjertelkreft [26] – [29]. Mutasjoner i
BRAF
genet ble nært knyttet til bestemte demografiske eller clinicopathologic egenskaper, herunder røykevaner, kjønn, klinisk stadium, differensial og tumorhistologi. Effekten av
BRAF
mutasjoner på de kliniske funksjonene i NSCLC er rapportert i flere år. En enighet ikke er nådd på grunn av lite antall pasienter evaluert. Vi utførte denne meta-analyse for å kartlegge forekomsten og kjennetegn ved NSCLC pasienter med
BRAF
mutasjoner i en stor samleprøve av pasientene.
Vi systematisk gjennomgått litteratur som beskriver forholdet mellom
BRAF
mutasjoner og demografiske eller clinicopathologic funksjoner fra 10 studier med over 5500 pasienter med NSCLC. Satsen for
BRAF
mutasjoner var i gjennomsnitt rundt 3% (170/5599), i samsvar med tidligere publiserte data [4], [7], [21]. Mutasjonsfrekvens fra publiserte studier varierte fra 0,9% til 8,9% [20], [24]. Ilie et al. forklarte variasjonen kan skyldes den eksklusive evaluering av
BRAF
mutasjon i kaukasiske pasienter med
EGFR
,
KRAS
,
PI3KCA
,
HER2
eller
ALK
endringer [24]. Mutasjon priser på 2% og 3,5% ble rapportert av Pratilas et al og Marchetti et al. i serie består av 916 og 1046 pasienter, henholdsvis [16], [19]. Disse var nær frekvensen funnet i vår studie.
Et av målene med vår studie var å identifisere egenskaper som vil hjelpe berike pasienter for svulst mutasjon analyse. Meta-analyse ble gjennomført for å finne en sammenheng mellom
BRAF
mutasjon og fire clinicopathologic funksjoner. Det var ingen signifikant sammenheng med kjønn og forekomsten av
BRAF
mutasjon (OR = 0,79 95% CI = 0,57 til 1,10). En sammenheng mellom
BRAF
mutasjoner og kvinnelige har blitt rapportert hos pasienter med tykktarmskreft [29] – [31]. Imidlertid har en slik sammenheng ikke blitt gjort for NSCLCs [5], [24], som bekrefter med våre resultater. Subgruppeanalyser av etnisitet finner en svak sammenheng med asiater har en noe høyere tilbøyelighet for å ha
BRAF
mutasjon, men dette var ikke statistisk signifikant. De fleste av studiene viste heller ingen sammenheng med
BRAF
mutasjon og røykestatus. Men Paik et al rapporterte at alle pasienter med en
BRAF
mutasjon var nåværende eller tidligere røykere [21]. Men vi ser ingen slik sammenheng i denne analysen.
I de senere år har forskere gjort store fremskritt mot forståelse spesifikke mutasjoner av kreft og målretting dem med passende legemidler [6]. Seidel et al. utført et stort arbeid med to kohorter studier inkludert mer enn 6000 lungekreftpasienter, og viste sammenhengen mellom lunge svulst subtype og dets dominerende mutasjoner, og fordelen av genetisk testing og målrettet behandling hos disse pasientene [6]. De fant ut at de fleste mutasjoner viste histologisk subtype spesifisitet og ga en blåkopi for genomisk diagnostikk av lungesvulster [6]. Derfor har vi også utført meta-analyse for å funnet sammenhengen mellom BRAF mutasjon og histologisk subtype og klinisk stadium av NSCLC.
NSCLC består av tre ulike histologiske typer, plateepitelkreft, stor-cell carcinoma, og ADC. ADC står for mer enn 50% av alle tilfeller. Vi fant ut at
BRAF
mutasjoner som helhet var mer vanlig i ADCs enn i andre histologier (OR = 4,96 95% KI = 2.29-10.75), ligner på en tidligere studie [16]. Det var ingen signifikant heterogenitet mellom studiene (jeg
2 = 0,0%, p = 0,70). Et interessant funn i vår studie var at de samlede resultatene i undergruppen stratifisert etter etnisitet og antall mutasjoner var signifikant forskjellig fra den samlede effekten av histologi (tabell S1). Det var ingen signifikant forskjell i forekomsten av
BRAF
mutasjoner og ADCs i undergruppen, mens forskjellene var signifikante i den generelle pasientpopulasjonen. Dette kan forklares ved det antall tilfeller inkludert. Når antall pasienter var liten i undergruppen, foreningen var ikke signifikant. Da vi undersøkte denne foreningen i et stort antall pasienter, var det større makt til å påvise sammenhengen mellom
BRAF
mutasjon og ADC. Dette er den mest verdifulle funn av denne studien. Klinisk stadium er en viktig faktor i å bestemme prognose av NSCLC. Vi fant ingen signifikant sammenheng mellom lav eller høy scene og
BRAF
mutasjon. Større studier er nødvendig for å bedre undersøke dette forholdet.
Blant de forskjellige mutasjoner forekommer i
BRAF
genet,
BRAF
V600E er den vanligste [32] . Så langt tre studier har undersøkt sammenhengen mellom
BRAF
V600E mutasjon og demografiske eller clinicopathologic funksjoner [5], [16], [24]. Antallet V600E og ikke-V600E mutasjoner oppdaget var lav, ikke tillater oss å utføre en egen analyse i andre studier. De tre studier funnet signifikante forskjeller i kliniske kjennetegn pasienter med NSCLC med og uten
BRAF
V600E [5], [16], [24]. To rapporter funnet
BRAF
V600E mutasjoner hyppigere hos kvinner og aldri har røykt, og ikke med andre clinicopathologic funksjoner [16], [24]. Vi har også funnet
BRAF
V600E mutasjon var signifikant hyppigere hos kvinner.
BRAF
V600E mutasjon var også signifikant hyppigere hos ikke-røykere i forhold til nåværende eller tidligere røykere (OR = 0,14 95% KI = 0.05-0.42). Ilie et al rapporterte at ikke-
BRAF
V600E mutasjoner var signifikant assosiert med tidlig stadium svulster [24]. Vi fikk se en trend for tidligere stadium sykdommen, men det var ikke statistisk signifikant.
Heterogenitet er et potensielt problem som kan påvirke tolkningen av alle metaanalyser. For å undersøke mulige kilder til heterogenitet som kan endre effekten av
BRAF
mutasjoner på røyking og scene, vi utført subgruppeanalyser henhold til etnisitet og antall
BRAF
mutasjoner. Resultatene i røyking og fasen ble ikke vesentlig endret, som vist ved subgruppe og sensitivitetsanalyse. Subgruppeanalyse etnisitet viste ingen klinisk heterogenitet når det gjelder sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og kjønn, røyking eller scenen. Dette indikerer at den samlede vurdering av sammenhengen mellom
BRAF
mutasjoner og kliniske kjennetegn NSCLC er legitim.
Vår studie hadde flere begrensninger som må tas i betraktning når man tolker resultatene. For det første antallet inkluderte studiene var liten. Flere studier er nødvendig for å bygge ut og bekrefte våre resultater. Dernest vi ikke samle inn data om behandling og kliniske utfall av pasienter med
BRAF
mutasjoner som vil bli gjort i en fremtidig studie. Til slutt, vi fikk ikke beskrive sammenhengen mellom BRAF mutasjon og røyking vane som gruppert etter tidligere og nåværende røykere separat grunn av manglende data.
Konklusjoner
Til tross for begrensningene, vår meta-analyse hadde noen betydelige funn. Vi fant ut at
BRAF
mutasjoner var hyppigere i ADCs, og var ikke forbundet med andre histologiske typer. BRAF
V600E mutasjon var signifikant korrelert med kvinnelige og ikke-røyker NSCLC pasienter. De oppnådde her konklusjonene bekreftet rapportert sammenslutning av BRAF mutasjoner med spesifikke demografiske eller clinicopathologic egenskaper, noe som kan være nyttig for prediksjon av NSCLC sub-typer mer nøyaktig kombinert med andre genetiske endringer.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1. .
Undergruppe analyse av forholdet mellom BRAF mutasjon og tumor egenskaper i henhold til etnisitet og antall mutasjoner
doi: 10,1371 /journal.pone.0101354.s001 plakater (docx)
Sjekkliste S1.
PRISMA 2009 Sjekkliste
doi:. 10,1371 /journal.pone.0101354.s002 plakater (DOC)
