Abstract
Bakgrunn
Passende pasientvalg er nødvendig for målrettet terapi som er virksomme bare i pasienter med spesifikke genetiske forandringer. Vi forsøkte å definere undergrupper av pasienter med kandidat driver gener hos pasienter med ikke-småcellet lungekreft.
Metoder
Pasienter med primær lungekreft som gjennomgikk kliniske genetiske tester på Guangdong General Hospital ble inkludert . Driver gener ble påvist ved sekvensering, smelte analyse høy oppløsning, qPCR eller flere PCR og rase metoder.
Resultater
524 pasienter ble inkludert i studien, og forskjellene i driveren genet endringer blant undergrupper ble analysert basert på histologi og røykestatus. I en undergruppe av ikke-røykere med adenokarsinom, EGFR var den hyppigst endret genet, med en mutasjon sats på 49,8%, etterfulgt av EML4-ALK (9,3%), PTEN (9,1%), PIK3CA (5,2%), c- Met (4,8%), KRAS (4,5%), STK11 (2,7%), og BRAF (1,9%). De tre mest vanlige endrede gener i en undergruppe av røykere med adenokarsinom var EGFR (22,0%), STK11 (19,0%), og KRAS (12,0%). Vi fant bare EGFR (8,0%), c-Met (2,8%), og PIK3CA (2,6%) endringer i den ikke-røyker med plateepitelkarsinom (SCC) undergruppe. PTEN (16,1%), STK11 (8,3%), og PIK3CA (7,2%) var de tre mest vanlige anriket gener hos røykere med SCC. DDR2 og FGFR2 bare presentert i røykere med SCC (4,4% og 2,2%, henholdsvis). Blant disse fire undergrupper, forskjellene i EGFR, KRAS, og PTEN mutasjoner var statistisk signifikant.
Konklusjon
De forskjellige funksjonene i driver genet endringer i ulike undergrupper basert på histologi og røykestatus var nyttig i å definere pasienter for fremtidige kliniske studier som er rettet mot disse genene. Denne studien tyder også på at vi kan vurdere pasienter med sjeldne endringer av driver gener som har sjeldne eller foreldreløse sykdommer som bør forvaltes med spesielle molekylært målrettet terapi
Citation:. En SJ, Chen ZH, Su J, Zhang XC Zhong WZ, Yang JJ et al. (2012) Identifisering av Beriket Driver Gene Endringer i subgrupper av ikke-småcellet lungekreft Pasienter Basert på Histologi og røykestatus. PLoS ONE 7 (6): e40109. doi: 10,1371 /journal.pone.0040109
Redaktør: Ming Du, Medical College of Wisconsin, USA
mottatt: 11 desember 2011; Godkjent: 01.06.2012; Publisert: 29 juni 2012
Copyright: © 2012 An et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet med tilskudd fra Natural Science Foundation National of China (nr. 30772531, 81071699, 30871126, 81172090, 81001031, og 81101549), Stiftelsen Guangdong vitenskap og teknologi Institutt (2006B60101010 og 2007A032000002), og den kinesiske Lung Cancer Research Foundation. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Lungekreft er en ledende årsak til kreft dødsfall i både menn og kvinner i USA og over hele verden. Selv om ulike cytostatika ble utviklet på slutten av 1980-tallet og 1990-tallet, behandlinger som platina dublett terapi synes å ha nådd en terapeutisk platå, med en objektiv responsrate på 30-40% og en median overlevelse på ca 1 år for pasienter med stadium IIIB eller stadium IV sykdom [1]. For ytterligere å forbedre behandlingsresultatene, nye strategier rettet mot molekylære genomiske avvik er under intensiv etterforskning.
Flere molekylære endringer er kjent for å oppstå i gener som koder for signalanlegg proteiner kritiske for cellulær proliferasjon og overlevelse. Disse genene har blitt definert som «driver gener». I lunge adenokarsinom, slike driver gener inkluderer epidermal vekstfaktor reseptor (EGFR), KRAS, BRAF, PIK3CA, og EML4-ALK. Mutasjoner i disse genene er ansvarlig for både initiering og opprettholdelse av malignitet [2], [3]. Andre driver gener har mer nylig blitt definert, inkludert STL11 (også kjent som LKB1), PTEN, DDR2, og FGFR2 [4] – [8]. Ved å forstå funksjonene til disse sjåfør gener, kan det være mulig å utvikle spesifikke behandlinger for malignitet med kjente driver genmutasjoner.
tyrosinkinasehemmere (TKI) rettet mot EGFR, inkludert gefitinib og erlotinib, har blitt standard først behandling for pasienter med avansert ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) som havna aktive EGFR mutasjoner [9], [10]. Men nesten alle pasienter etter hvert utvikler resistens mot EGFR TKI. En rekke mekanismer for motstand blant KRAS mutasjon, EGFR ekson 20 T790M mutasjon, og MET genamplifisering, har blitt rapportert. Dermed er en omfattende molekylær profil for å forstå både følsomhet og resistens mot molekylær målrettet terapi for lungekreft [11].
Gitt betydningen av biomarkør utvalg til målrettede kreft terapier, vår gruppe initiert Guangdong General Hospital Lung Cancer Mutation Project (GGHLCMP). Målet med dette prosjektet er å undersøke effekten av tobakk og histologi type på forekomsten av driver genmutasjoner og å definere undergrupper av pasienter som kandidat driver gen endringer er beriket. Her rapporterer vi på et spekter av driver gener, inkludert EGFR, KRAS, c-Met, PIK3CA, BRAF, STK11, PTEN, EML4-ALK fusjonsgenet, DDR2, og FGFR2 i en populasjon av kinesiske pasienter med primær lungekreft.
Metoder
Etikk Erklæring og pasient~~POS=TRUNC
totalt 1800 pasienter ble henvist til Guangdong General Hospital (GGH) for genomisk studier mellom januar 2007 og desember 2009 (figur 1). Kriteriene inkludert følgende: histologisk diagnose av primær lungekreft; tilgjengeligheten av demografiske data, inkludert alder, kjønn, røykestatus, histologi og stadium av sykdommen; tilgjengeligheten av overlevelse data; tilgjengeligheten av tumorprøver for genomiske analyser; og formidling av informert samtykke. Lungekreft Diagnosen ble bekreftet av en uavhengig patolog. Kliniske data ble samlet inn fra de konkrete historien av pasientene på sykehuset. Ikke-røykerne ble definert som pasienter som hadde røykt 100 sigaretter i livet; røykere inkludert tidligere og nåværende røykere. Pasienter med andre kreftformer eller godartet lungesvulster ble ekskludert. Studien ble godkjent av etisk komité i Guangdong General Hospital. Alle pasienter gitt skriftlig informert samtykke.
Gene Endringer Detection
tumorvev biopsier ble hurtigfrosset i flytende nitrogen og lagret ved -70 ° C inntil analyse. Vi evaluerte vev før genetisk testing ved hjelp av HE farging. Prøver med ≥50% tumorceller ble inkludert i denne studien. 357 Prøver ble erholdt fra tumorprøver resekterte og 167 prøver var fra basis biopsier. DNA og RNA ble hentet av Aqua-SPIN Tissue /Mobil gDNA Isolation Mini Kit (Biowatson, Shanghai, Kina) og RNeasy Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA), henholdsvis. Integriteten og mengden av RNA og DNA ble undersøkt ved gelelektroforese og Thermo Manodrap 1000 (Thermo, MA, USA) analyse. cDNA ble syntetisert ved hjelp av en ABI High-Capacity cDNA Reverse Transcription Kit med RNase Inhibitor (ABI, CA, USA). Mutasjoner i EGFR og KRAS ble detektert ved PCR-basert sekvensering [12]. PIK3CA og BRAF mutasjoner ble oppdaget av høyoppløselig DNA smelte analyse [13]. EML4-ALK mutasjoner ble analysert ved multippel PCR og RACE på cDNA [14]. c-Met amplifisering ble bestemt ved qPCR på DNA [15]. PTEN (cDNA), STK11 (cDNA), DDR2, og FGFR2 (DNA) mutasjoner ble detektert ved PCR-basert sekvensering (Tabell S1). Alle testprosedyrer ble tidligere beskrevet i referansene.
Statistical Analysis
Endringer mellom ulike undergrupper stratifisert med histologi og røykestatus ble analysert ved Chi-kvadrat og Fishers eksakte tester når det passer. Survival analyse ble utført av Kaplan-Meier analyse med en log-rank test. Multivariate analyser ble utført ved bruk av Cox proporsjonal farer modell (Forward: Wald; P = 0,05, oppføring; P = 0,10, fjerning). Alle p-verdiene var tosidig, og P . 0,05 ble antatt å være betydelig
Resultater
Pasient Kjennetegn
Totalt 524 kvalifiserte pasienter ble inkludert; de pasientkarakteristika er oppsummert i tabell 1. mann til kvinne ratio var 2.2:1. Den midlere pasientens alder var 59,3 år gammel, som strekker seg fra 23 til 88 år gammel. Totalt 292 pasienter ble aldri-røykere (55,7%) Det var flere pasienter med adenokarsinom (67,6%) enn plateepitelkarsinom (27,5%). Tidlig stadium resectable lungekreft sto for 41% av studiepopulasjonen. Overlevelsesresultatdata ble kuttet på 1 august 2011, og totalt 138 dødsfall inntruffet.
Forekomst av Driver Gener
Mutasjoner i eksoner 18-21 for EGFR, eksoner 9 og 20 for PIK3CA, eksoner 11 og 15 for BRAF, exoner 1-9 for av PTEN, kodon 12, 13, 59, og 60 for KRAS, exon 6, 9,14, 16 og 18 for DDR2, eksoner 6, 7 og 14 for FGFR2, eksoner 1-5 for STK11, og varianter av EML4-ALK fusjon ble oppdaget (representative grafer vises i figurer S1, S2, S3, S4, og S5). Cut-off for c-Met høyt nivå amplifikasjoner ble definert som middelverdien + 5SD for kontrollgruppen som tidligere beskrevet [15].
Fordi mer enn 23 Testene ble utført for genene i denne studien noen prøver var ikke tilgjengelig i tilstrekkelige mengder for alle tester som skal utføres. Detaljene i hvert gen i hver undergruppe kan finnes i tabellen over hyppigheten av sjåføren genet endringer. Endringen priser av genene i undergruppene ble beregnet som positive /oppdaget prøver. Mutasjonsraten av EGFR i NSCLC var 28,4% (147/517), PTEN var 9,5% (21/220), STK11 var 7,9% (8/101), EML4-ALK var 6,3% (15/239), KRAS var 5,4% (27/498), c-Met var 4,5% (20/448), PIK3CA var 4,4% (20/452), BRAF var 1,5% (7/452), DDR2 var 1,2% (2/166), og FGFR2 var 0,6% (1/165), henholdsvis. Mutasjons egenskapene til disse genene ble vist i tabell 2. Vi fant 5 pasienter med samtidig EGFR ekson 21 L858R og ekson 20 mutasjon, og 3 pasienter med samtidig EGFR ekson 21 L858R og ekson 19 sletting (figur 2).
exon 20 + 21, mutasjoner av ekson 20 og ekson 21 samtidig presentert i de samme pasientene; Exon19 + 21, mutasjoner av ekson 19 og ekson 21 samtidig presentert i de samme pasientene.
En rekke pasienter ble funnet å ha flere driver genet endringer (tabell 3). Totalt 23 pasienter med EGFR mutasjoner hadde c-MET presiseringer eller mutasjoner av STK11, PIK3CA, BRAF eller PTEN. Av spesiell interesse, en pasient med EML4-ALK fusjon hadde et aktiverende EGFR mutasjon, og en annen pasient hadde en PTEN mutasjon. Andre vanlige to mutasjoner oppsto hos pasienter med BRAF og KRAS, eller BRAF og PIK3CA mutasjoner. Bare én pasient hadde en trippel mutasjon av EGFR, PIK3CA, og BRAF. EGFR og KRAS, PTEN og KRAS, PIK3CA og PTEN er gjensidig utelukkende i denne studien.
Røyking Status er assosiert med driver Gene Endringer
Vi analyserte sammenhenger mellom driver gener og røykestatus (tabell 4). EGFR mutasjonsraten var signifikant høyere hos ikke-røykere enn røykere [40,9% (119/291) vs. 12,4% (28/226),
X
2
= 50,791,
P
0,0005, chi-squared test, to-sidig]. KRAS mutasjonsraten var signifikant lavere hos ikke-røykere enn røykere [3,6% (10/279) vs. 7,8% (17/219),
X
2
= 4,177,
P
= 0,041]. STK11 og PTEN mutasjoner i ikke-røykerne var lavere enn hos røykere, men forskjellen var av marginal betydning [2,1% (1/48) og 6,3% (7/112) vs. 13,2% (7/53) og 13,0% ( 14/108),
X
2
= 4,274 og 2,87,
P
= 0,062 og 0,09, henholdsvis]. DDR2 og FGFR2 mutasjoner ble funnet å være tilstede bare hos røykere, men ingen signifikante forskjeller ble funnet. c-Met, PIK3CA, BRAF, og ALK mutasjoner ble ikke funnet å være relatert til røykestatus.
Ulike Histologi typer er knyttet til ulike driver Gener
Vi analyserte forskjeller i driveren genmutasjoner mellom ulike histologiske undergrupper (tabell 4). De mutasjon priser av EGFR i adenokarsinom (AC), plateepitelkarsinom (SCC), og stor celle karsinom (LCC) var 40,3% (140/347), 4,4% (6/144), og 3,8% (1/26) henholdsvis (
X
2
= 73,595,
P
0,0005, Chi-kvadrat test, to-sidig). KRAS mutasjon priser i AC, SCC, og LCC var 7,1% (24/340), 1,5% (2/132), og 3,8% (1/26), henholdsvis (
X
2
= 6,124,
P
= 0,039, Fishers eksakte test,). PTEN mutasjon priser i AC, SCC, og LCC var 7,0% (8/115), 10,6% (10/94), og 27,3% (3/11), henholdsvis (
X
2
= 4,642,
P
= 0,084, Fishers eksakte test). BRAF mutasjoner ble funnet bare i AC; DDR2 og FGFR2 mutasjoner bare presentert i SCC, men ingen signifikante forskjeller ble funnet. Forskjellene i c-Met høyt nivå presiseringer, PIK3CA og STK11 mutasjoner, og EML4-ALK fusjoner hos pasienter med ulike histologiske typer nådde ikke statistisk signifikans. Lapper av disse endringene hovedsakelig presentert i pasienter med AC, og bare to pasienter med SCC og 2 pasienter med LCC.
Tydelig sykdommer klassifisert etter driver gener basert på histologi kombinert med røykestatus.
utføres ytterligere stratifisering analyser basert på histologiske typer (AC og SCC) og røykestatus sammen. Pasientene ble inndelt i fire undergrupper (figur 3, tabell 4). I AC ikke-røyker undergruppe, EGFR var den hyppigst endret genet (49,8%, 114/229), etterfulgt av EML4-ALK fusjons (9,3%, 8/86), deretter PTEN mutasjon (9,1%, 7/77) , PIK3CA mutasjon (5,2%, 11/210), c-Met forsterkning (4,8%, 10/207), KRAS mutasjon (4,5%, 10/223), STK11 mutasjon (2,7%, 1/37), BRAF mutasjon ( 1,9%, 4/210), DDR2 mutasjon (0%, 0/71), og FGFR2 mutasjon (0%, 0/70). I AC røyker gruppen, den mest anrikede-genet ble også EGFR-mutasjon (22,0%, 26/118), fulgt av STK11 mutasjon (19,0%, 4/21), deretter KRAS mutasjon (12,0%, 14/117), EML4- ALK-fusjons (4,5%, 2/44), c-Met forsterkning (4,0%, 4/101), BRAF mutasjoner (3,1%, 3/97), PTEN mutasjon (2,6%, 1/38), og PIK3CA (2,1 %, 2/97). Vi fant bare EGFR (8,0%, 4/50), c-Met (2,8%, 1/36), og PIK3CA (2,6%, 1/38) endringer i den ikke-røyker med SCC undergruppe. I røyker med SCC gruppe, er de hyppigst anriket PTEN-genene var mutasjoner (16,1%, 10/62), etterfulgt av STK11 mutasjon (8,3%, 2/24), deretter PIK3CA mutasjon (7,2%, 6/83), EML4 -Alk fusjon (6,5%, 4/62), c-Met forsterkning (6,3%, 5/80), DDR2 mutasjon (4,4%, 2/45), KRAS mutasjon (2,3%, 2/88), FRFR2 mutasjon ( 2,2%, 1/45), EGFR mutasjon (2,1%, 2/94), og BRAF (0%, 0/94). Blant disse fire undergrupper, forskjellene i EGFR, KRAS, og PTEN mutasjoner var statistisk signifikant (X
2 = 92,991, 11,951, 8,628. P = 0,0005, 0,005, og 0,023, henholdsvis chi-squared test eller Fishers eksakte test når det er hensiktsmessig). DDR2 og FGFR2 mutasjoner bare presentert i SCC røyker gruppen. Den ukjente variasjon frekvensen av pasientene i ikke-røyker SCC gruppen var ca 86,6, som var den høyeste av disse fire undergrupper. Survival analyse basert på de fire undergruppene viste ingen forskjeller mellom undergrupper (figur 3).
(a), overlevelse analyse av undergrupper, (b) Priser fra sjåføren genet varianter av undergrupper. NS med AC: pasienter med adenokarsinom i ikke-røykere, S med AC: pasienter med adenokarsinom i røykere, NS med SCC: pasienter med plateepitelkarsinom hos ikke-røykere, S med SCC. Pasienter med plateepitelkarsinom i røykere
Survival analyse av pasienter med ulike Driver Gene funksjoner
Basert på EGFR mutasjoner, klassifisert vi pasientene inn i to undergrupper for overlevelse analyse; EGFR mutasjon positiv og negativ gruppe. Ingen forskjell i overlevelse ble funnet mellom de to undergrupper for den totale EGFR mutasjon påvises pasientpopulasjonen (
X
2
= 0,957,
P
= 0,328. Figur 4). Multivariabel analyse av Cox regresjon inkludert EGFR mutasjon, scene, histologi, kjønn, røykestatus og alder indikerte at bare scenen var uavhengig prognostisk faktor av pasientene (
X
2
= 16,607,
P
0,0005, Forward: Wald;
P
= 0,05, oppføring;
P
= 0,10, fjerning). Vi utførte videre lagdeling analyse basert på de kliniske stadier av pasientene. For stadium 1 pasienter, pasienter med EGFR mutasjon positiv hatt lengre overlevelsestid enn pasienter med EGFR negativ (
X
2
= 3,947,
P
= 0,047, figur 4).
(a), overlevelse analyse av alle de EGFR detektert pasienter; (B), overlevelse analyse av scenen I pasienter. NR.: Ikke nådd
Diskusjoner
Så vidt vi vet, er dette den første studien for å undersøke en hel profil både de mest kjente så vel som nye driver gener som PTEN , DDR2, og FGFR2, i NSCLC pasienter, samtidig som det tas hensyn til ulike histologiske typer og røykestatus hos kinesiske lungekreftpasienter. Ulike studier på driver gener kan få ulike resultater på grunn av etnisitet eller klinisk informasjon om pasientene [16] – [22]. Den store utvalgsstørrelsen og den komplekse sammensetningen av vår pasientpopulasjon mulig for oss å sammenligne forskjeller mellom undergrupper av pasienter. Flertallet av tidligere publiserte studier som undersøker driver gener har bare fokusert på en bestemt undergruppe av pasienter med AC eller ikke-røykerne [3], [15], [21]. Den Lung Cancer Mutation Consortium sponset av NCI er også interessert i pasienter med adenokarsinom [23]. Ledelsen i NSCLC er for tiden beveger seg fra en standard vare basert på scenen og performance status til mer individualisert behandling basert på klinisk, histologisk, og molekylære faktorer [24]. Følgelig gir vår studie første klart bilde av hvordan driver gener i en NSCLC befolkningen kan variere med tumorhistologi og røykestatus og finner undergrupper av pasienter der endringer i disse kandidatgener er mest beriket; disse genene kan derfor være målrettet for individuell behandling. Videre, analyserte vi virkningen av driveren gen forandringer på den totale overlevelse for pasientene.
De spesifikke trekk ved driver gener assosiert med hver undergruppe tyder på at disse undergruppene kan faktisk være forskjellige sykdommer som vil i fremtiden, krever forskjellige målrettet terapi. Epidemiologiske, molekylære og kliniske-patologiske trekk har vist at NSCLC hos ikke-røykere er en selvstendig enhet [25]. Vår subgruppe analyse av NSCLC basert på histologi og røykestatus viste at histologi og røykestatus kunne gi en betydelig innvirkning endringer av driver gener, spesielt for EGFR, KRAS, STK11 og PTEN. EGFR mutasjoner ble beriket i ikke-røyker pasienter med AC, KRAS hos røykere med AC, og STK11 og PTEN hos røykere. Selv om en undertype av ikke-røyker pasienter med AC er blitt intenst undersøkt på grunn av deres følsomhet for EGFR-TKI, blir undertyper av røyker pasienter med AC sjelden studert. Vår studie viste at mutasjoner av KRAS og BRAF i røyker AC pasientene var høyest blant disse subtypene. Denne studien viser også at ikke-røyker pasienter med SCC hadde høyest ukjente endringer blant de fire undergrupper. Ingen endringer av KRAS, BRAF, PTEN, ALK, DDR2, og FGFR2 ble funnet i ikke-røyker pasienter med SCC gruppen. Endringen priser av EGFR, c-Met, og PIK3CA var noe lavere blant disse subtypene. Dette viser at ikke-røyker pasienter med SCC kan ha sykdomsfremkallende mekanismer som er forskjellige fra kjente sjåføren genet endringer. Denne studien viser også at en undertype av røykere med SCC hadde spesielle egenskaper som DDR2 og FGFR2 bare presentert i denne undergruppen. Med unntak av BRAF, hvor kun presentert i AC, kan alle de andre gener som befinner seg i en undertype av røykere med SCC. PIK3CA mutasjoner og c-Met forsterknings priser i røykere med SCC subtype var høyest blant denne subtype. Selv om vår LCC utvalgsstørrelsen var liten, fant vi at PTEN mutasjonsraten (27,3%) i LCC var den høyeste blant alle undergrupper. Emerging data avslører at tumorhistologi kan forholde seg til fordelene av spesifikke chemotherapies eller målrettede terapiregimer [24]. Slike forhold kan også være delvis forbundet med driveren genet forskjeller. Make-up av disse genene i ulike undergrupper kan derfor være nyttig å definere spesifikke variasjoner av driver gener som kan betydelig avgrense behandling av NSCLC [26].
Våre resultater tyder på at alle andre gener er sjelden endres ( 10%) i kinesisk NSCLC, bortsett fra EGFR mutasjoner (28,4%). Driver mutasjoner forekommer i gener som koder signal proteiner som er avgjørende for cellulær proliferasjon og overlevelse [1]. Sammen med våre funn, innebærer dette at en ny klassifisering metode for NSCLC pasienter kan bli foreslått basert på de molekylære biomarkører. Pasienter med sjeldne endringer av driver gener kan anses å ha sjeldne eller foreldreløse sykdommer og bør vurderes forskjellig, fra et forsknings- og individualisert behandling synspunkt og i fremtiden. En undergruppe analyse av disse driver gener i vår studie var svært nyttig for å definere pasienter med ulike driver genet endringer for videre kliniske studier.
Endringen av noen driver gener har en liten forskjell fra publiserte studier, som kan skyldes de forskjellige populasjoner som er undersøkt [20], [21]. Studien rapportert at mutasjoner i EGFR og KRAS ble observert i syv (7%) og 36 (38%) pasienter, henholdsvis [22]. Andre rapporterte at KRAS mutasjoner ble påvist i 75 av 395 (19%) og 40 233 (17%) av pasientene med henholdsvis NSCLC, [16], [17]. Interessant, selv om KRAS mutasjonsraten er annerledes, men preferanse for pasientene er det samme, er at mutasjon synes å være hyppigere hos røykere og AC, nåværende eller tidligere røykere hadde en høyere frekvens av KRAS-mutasjoner enn aldri røykerne [18], [19].
Overlapping mutasjoner av driver gener avslørte kompleksiteten av individuell terapi i lungekreft i fremtiden. EGFR og KRAS var de to viktigste gener studert av mange forskere. Vår studie fant EGFR mutasjon kan overlappe med de andre oppdaget gener unntatt KRAS, DDR2 og FGFR2. RAS og flere av sine nedstrøms effektorer, inkludert BRAF, har siden vist seg å være vanlige mutert i bredt spekter av kreft hos mennesker og biologiske studier har bekreftet at RAS pathway aktivering fremmer startfasen, progresjon og metastatisk spredning i mange sammenhenger [28]. Selv i vår studie BRAF mutasjonsraten i NSCLC er sjeldne 1,5% (7/452), to av de 7 pasientene næret samtidig EGFR og BRAF mutasjoner. Dette er forskjellig fra den rapporterte at BRAF mutasjoner er gjensidig utelukkende til EGFR og KRAS-mutasjoner [29], [30]. ALK ble funnet i en pasient med AC å være sammenfallende presenteres med EGFR mutasjon. Det er annerledes med den tidligere rapporterte resultater som de EML4-ALK fusjoner var gjensidig utelukkende med mutasjoner i EGFR-genet [31], [32]. Vi tror at flere og flere overlappinger av driver gener vil bli rapportert i fremtiden, slik at klinisk praksis vil ikke bare må vurdere sensitive mutasjon, men må også vurdere motstanden mutasjon i de samme pasientene for det samme målet terapi eller kombinert terapi.
Overlapping mutasjoner av driver gener avslørte kompleksiteten av individuell terapi i lungekreft i fremtiden. EGFR og KRAS var de to viktigste gener studert av mange forskere. Vår studie fant EGFR mutasjon kan overlappe med de andre oppdaget gener unntatt KRAS, DDR2 og FGFR2. RAS og flere av sine nedstrøms effektorer, inkludert BRAF, har siden vist seg å være vanlige mutert i bredt spekter av kreft hos mennesker og biologiske studier har bekreftet at RAS pathway aktivering fremmer startfasen, progresjon og metastatisk spredning i mange sammenhenger [27]. Selv i vår studie BRAF mutasjonsraten i NSCLC er sjeldne 1,5% (7/452), to av de 7 pasientene næret samtidig EGFR og BRAF mutasjoner. Dette er forskjellig fra den rapporterte at BRAF mutasjoner er gjensidig utelukkende til EGFR og KRAS-mutasjoner [28], [29]. ALK ble funnet i en pasient med AC å være sammenfallende presenteres med EGFR mutasjon. Det er annerledes med den tidligere rapporterte resultater som de EML4-ALK fusjoner var gjensidig utelukkende med mutasjoner i EGFR-genet [30], [31]. Vi tror at flere og flere overlappinger av driver gener vil bli rapportert i fremtiden, slik at klinisk praksis vil ikke bare må vurdere sensitive mutasjon, men må også vurdere motstanden mutasjon i de samme pasientene for det samme målet terapi eller kombinert terapi.
Vi analyserte den prognostiske betydningen av disse undergruppene og driver gen endringer. Vi fant ingen forskjeller i total overlevelse mellom disse undergruppene basert på histologi og røykestatus. Vår studie og andre studier indikerte at EGFR mutasjon i fase I-pasienter kan være en gunstig prognostisk biomarkør [32]. Disse driver gener kan derfor brukes som prediktive biomarkører om spesielle forbindelser målrette disse genene er funnet.
Våre resultater kan være litt skjevt på grunn av svært lav variasjon sats på de fleste genene undersøkt, den lille utvalgsstørrelse på noen undergrupper, de forskjellige deteksjonsmetoder, de forskjellige prøve størrelser av forskjellige gener, og den gjentatte analyser av de samme prøver for forskjellige gener. Som alle pasientprøver er virkelig dyrebar, trenger en high-throughput-metode for påvisning driver genet endringer skal etableres så snart som mulig.
I sammendraget, vår studie viser at undergrupper av NSCLC definert av histologi og røykestatus vises for å være forskjellige patologiske enheter med spesifikke driveren genet endringer og kan anses som ulike sykdommer. Pasienter med sjeldne endringer av driver gener underforstått at disse er sjeldne eller foreldreløse sykdommer som skal behandles fra en annen synsvinkel i fremtiden. Funksjoner av karakteriserte undergruppene kan bidra til å velge pasienter med spesifikke driveren genet endringer for fremtidige kliniske studier og individualisert behandlingsstudier.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Representative mutasjon grafer av BRAF og PIK3CA.
doi: 10,1371 /journal.pone.0040109.s001 plakater (TIF)
Figur S2.
Representative mutasjon grafer av EGFR.
doi: 10,1371 /journal.pone.0040109.s002 plakater (TIF)
Figur S3.
Representative mutasjon grafer av KRAS og FGFR2.
doi: 10,1371 /journal.pone.0040109.s003 plakater (TIF)
Figur S4.
Representative mutasjon grafer av DDR2.
doi: 10,1371 /journal.pone.0040109.s004 plakater (TIF)
Figur S5.
Representative mutasjon grafer av STK11 og PTEN.
doi: 10,1371 /journal.pone.0040109.s005 plakater (TIF)
Tabell S1.
Primer sekvens brukt i studien
doi:. 10,1371 /journal.pone.0040109.s006 plakater (DOC)
Takk
Vi ønsker å takke legene. Hong-Yan Tang, Hong-Sui Wu, Wei-Bang Guo og Shi-Liang Chen for deres hjelp med prøvetaking og DNA og RNA ekstraksjon.
