Abstract
microRNAs (mirnas) spiller en viktig rolle i kreftutvikling gjennom regulering av sine mål gener. miRNA-relaterte enkeltnukleotidpolymorfi (MIR-SNPs) kan påvirke miRNA BIOGENESIS og målse og kan endre mikroRNA uttrykk og funksjoner. Vi undersøkte 11 MIR-SNPs, inkludert fem i mikroRNA gener, tre i mikroRNA bindingsseter og 3 i mikroRNA-behandlingen maskinkomponenter, og evaluert tid til tilbakefall (TTR) i henhold til Mir-SNP genotyper i 175 kirurgisk reseksjon ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter. Signifikante forskjeller i TTR ble funnet i henhold til
KRT81
rs3660 (median TTR: 20,3 måneder for CC genotypen versus 86,8 måneder for CG eller GG genotype; P = 0.003) og
XPO5
rs11077 ( median TTR: 24,7 måneder for AA genotype versus 73,1 måneder for AC eller CC genotyper; P = 0,029). Dessuten, når pasientene ble delt i henhold til scenen, ble disse forskjellene opprettholdes for stadium I pasienter (p = 0,002 for
KRT81
rs3660; P 0,001 for
XPO5
rs11077). Når pasienter ble delt inn i undergrupper etter histologi, effekten av
KRT81
rs3660 genotype på TTR var signifikant hos pasienter med plateepitelkarsinom (P = 0,004), men ikke i de med adenokarsinom. I multivariate analyser,
KRT81
rs3660 CC genotype (OR = 1,8; p = 0,023) og
XPO5
rs11077 AA genotype (OR = 1,77; P = 0,026) dukket opp som uavhengige variabler påvirke TTR. Immunhistokjemisk analyser i 80 lunge prøvene viste at 95% av plateepitelkarsinom var positive for KRT81, sammenlignet med bare 19% av adenokarsinomer (P 0,0001). I konklusjonen, MIR-SNPs er en ny klasse av SNPs som kan legge til nyttig prognostisk informasjon om det kliniske utfallet av resected NSCLC pasienter og kan være et potensielt viktig verktøy for å velge høy risiko stadium I pasienter. Dessuten har KRT81 dukket opp som en lovende immunhistokjemisk markør for identifisering av plateepitel lungekreft
Citation. Campayo M, Navarro A, Viñolas N, Tejero R, Muñoz C, Diaz T, et al. (2011) en dobbel rolle for KRT81: En MIR-SNP Associated med Regelmessighet i Non-småcellet lungekreft og en Novel Marker av plateepitelkarsinom lungekarsinom. PLoS ONE 6 (7): e22509. doi: 10,1371 /journal.pone.0022509
Redaktør: Sumitra Deb, Virginia Commonwealth University, USA
mottatt: 19 april 2011; Godkjent: 22 juni 2011; Publisert: 25.07.2011
Copyright: © 2011 Campayo et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet med tilskudd fra Hospital Clinic de Barcelona (Premi Fi de Residència Emili Letang) og Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social FIS-PI09 /00547. Tania Diaz er en FI stipendiat støttes av AGAUR, Generalitat de Catalunya og Fondo Social Europeo. Rut Tejero er en APIF stipendiat ved Universitetet i Barcelona. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Lungekreft er den første årsaken til kreftdød på verdensbasis [1]. Omtrent 85% av pasientene som har ikke-små-celle lungekreft (NSCLC) og mindre enn 30% er diagnostisert med tidlig stadium sykdommen. Den viktigste behandling for tidlig stadium sykdommen er kirurgi, men også når en fullstendig kirurgisk reseksjon er mulig, vil 20-75% av NSCLC tilbakefall [2]. Gitt denne høye frekvensen av tilbakefall, til biomarkører forutsi risikoen for sykdomsutvikling er nødvendig, spesielt i stadium I, der adjuvant kjemoterapi er ikke rutinemessig gis, men hvor det kan være effektive i visse undergrupper av pasienter [3].
microRNAs (mirnas) er korte ikke-kodende RNA som regulerer post-transcriptional genuttrykk ved å binde seg først og fremst til 3’untranslated regionen (UTR) av sine mål mRNA og undertrykke sin oversettelse. Flere proteiner er aktive i biogenesis av miRNAs. I korthet, blir mirnas oversatt av en RNA-polymerase II til lange primær transkripter (pri-miRNA) og behandlet i kjernen av RNase III drosha i pre-mirnas (70-100 nukleotider); pre-miRNA transporteres til cytoplasma av XPO5, hvor den RNase III dicer genererer en dupleks molekyl av 21-25 nukleotider i lengde. Gjennom samarbeid med den komplekse RNA-induced Slå kompleks (RISC), vil en av disse 2 kjeder (den modne miRNA) veilede RISC til målet mRNA [4], [5]. mirnas spiller viktige roller i regulering av slike viktige prosesser som utvikling, celleproliferasjon, differensiering og apoptose. Økende bevis viser at mirnas blir avvikende uttrykt i humane kreftformer, inkludert NSCLC [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], og de har vært forbundet med etiologien og prognose av mange tumorer [14]. Avhengig av deres mål gener, kan mirnas fungere enten som onkogener eller tumorsuppressorgener [15].
Ulike mekanismer kan forklare dereguleringen av miRNAs observert i kreft, inkludert genomisk endringer (slettinger, presiseringer, trans), epigenetisk endringer, mutasjoner /polymorfismer, transkripsjonen deregulering, og endringer i den miRNA biogenese maskineri [14], [16]. Enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) som kan påvirke miRNA funksjoner, kjent som MIR-SNP’er, finnes i miRNA gener, i miRNA bindingsseter (i 3 «UTR av målgenet) eller i komponentene av miRNA biogenese maskineri [17] . MIR-SNP’er kan påvirke miRNA ekspresjonsnivåer på forskjellige måter, noe som resulterer i tap eller vinning av miRNA funksjon [18]. SNPs i miRNA gener kan påvirke pri-miRNA, pre-miRNA eller modne miRNA sekvensen og kan potensielt modulere miRNA behandling, endre modne miRNA nivåer eller endre miRNA-mRNA interaksjoner [19], [20]; SNP’er som påvirker ekspresjonen av proteiner involvert i miRNA biogenese kan endre miRNAome i cellen [21]; og til slutt, SNPs i miRNA målwebområder, som er hyppigere og mer spesifikt i det menneskelige genom, kan forstyrre eller endre miRNA-mediert undertrykkelse av en target gen [22].
Denne ny klasse av SNPs åpner opp et nytt forskningsområde i kreft biologi og klinisk onkologi, spesielt i studiet av progresjon av sykdommen, pasientens prognose og behandling effekt. Nylig har flere studier vist at SNPs i miRNA nettverk kan påvirke både risikoen for å utvikle ulike kreft [20] og også prognosen for mange svulster [23], [24], [25], [26].
i denne studien har vi undersøkt 11 SNPs (fem i miRNA gener, tre i miRNA bindingsseter, og tre i miRNA-behandlingen gener) i 175 kirurgisk resected NSCLC pasienter og korrelert våre funn med tid til tilbakefall (TTR) og total overlevelse (OS). I tillegg, for å undersøke mulige forskjeller i uttrykket i henhold til histologi, undersøkte vi farging mønster av KRT81 i 77 lungekreft prøver og tre normale lunge kontroller.
Materialer og metoder
Study befolkningen og etikk Statement
Mellom mars 1996 og desember 2009, 175 NSCLC pasienter gjennomgikk komplett kirurgisk reseksjon i vår institusjon. Alle pasientene hadde patologisk bekreftet stadium I-III sykdom. Godkjenning for studien ble innhentet fra Institutional Review Board av Hospital Clinic, Barcelona, Spania. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra hver deltaker i samsvar med Helsinkideklarasjonen
Valg av MIR-SNPs
Vi valgte 11 SNPs i gener involvert i miRNA regulatoriske pathways:. SNPs i miRNA gener ; SNPs i miRNA bindingssteder; og SNPs i miRNA-behandling gener. Ti av SNPs ble valgt i henhold til følgende krav: For det første, en bestemt allel frekvens for den europeiske befolkningen og tilgjengelighet i Nasjonalt Senter for Bioteknologi Information (NCBI) SNP database; for det andre, en mindre genotype frekvens for den europeiske befolkningen ≥ 0,05; og til slutt, enten en kjent forbindelse med en differensial mottakelighet for utvikling av kreft eller en differensiell ekspresjon i faste tumorer. For de SNPs i miRNA bindingsseter, valgte vi tre SNPs med en avvikende allel frekvens i humane tumorer. I tillegg er en SNP – i
MIR194-2 Anmeldelser – ble spesielt valgt fordi det hadde vist seg å være forskjellig uttrykt i lungekreft [11]. Tabell 1 oppsummerer begrunnelsen for SNP utvalget.
DNA, primere, prober og SNP-analyse
DNA ble hentet fra parafin-embedded tumor vev ved hjelp av den kommersielle DNeasy vev kit ( Qiagen, Valencia, CA) etter produsentens protokoll. For å måle DNA mengde, ble en Nanodrop ND-1000 spektrofotometer (Thermo Fisher Scientific Inc., Waltham, MA) brukes. Primere og prober ble kommersielt tilgjengelig (TaqMan SNP genotyping Analyser, Applied Biosystems, Foster City, California). SNP-analyse ble utført av allel diskriminering i en ABI PRISM 7500 Sequence deteksjonssystem (Applied Biosystems).
Immunohistochemistry
Immunohistokjemi ble utført på formalinfiksert, parafininnstøpte vevssnitt av 77 lungekarsinom og 3 normale lunge kontroller fra patologi service av Hospital Clinic i Barcelona etter gjennomgang av en thorax patolog. Fem-mikrometer tykke tverrgående delene av formalinfiksert, parafininnebygd vev ble serielt kuttet og montert på Dako HSTTanBeTiandlet Slides (S · 3003; Dako, Glostrup, Danmark). For antigen gjenfinning, ble seksjonene manuelt neddykket i Target Retrieval oppløsning, høy pH (Dako) og oppvarmet i et vannbad ved 95-99 ° C i 20 min. Endogen peroksidaseaktivitet ble stanset ved nedsenkning i Dako fast Peroxidase-blokkeringsløsning i 10 minutter. Vevssnittene ble inkubert med primært antistoff mot KRT81 (fortynning 1:50; klon sc-100 929, Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA) i 30 minutter ved romtemperatur. Immunoperoksidasefarging ble utført ved hjelp av Advance system /HRP (Dako) og Liquid DAB + (Dako). Endelig seksjonene ble farget med hematoksylin. Alle lysbildene ble blindt scoret av de samme to patologer ved hjelp av en 3-punkts system. Poengsystemet var som følger: 0, og mindre enn 5% av tumorcellene flekker; 1, 5% til 50% av tumorcellene flekker; 2, 50% av tumorcellene farging. Uninterpretable resultater ble eliminert fra videre vurdering. Tilfeller scoret ett eller to ble betraktet som positive, og saker scoret 0 ble vurdert negativt. Bare cytoplasma positivitet ble evaluert. Vevssnitt fra normal lunge ble brukt som positive kontroller, mens negative kontroller ble oppnådd ved å inkubere seksjonene uten primære antistoff.
Statistisk analyse
Det primære målet med studien var TTR. Sekundært mål var OS. Alle statistiske analyser ble utført ved hjelp av PAS W Statistikk 18 (SPSS Inc., Chicago, IL). TTR ble beregnet fra tidspunktet for kirurgisk behandling til dato for tilbakefall eller siste oppfølging. OS ble beregnet fra tidspunktet for kirurgisk behandling til dødsdato eller siste oppfølging. Etter operasjonen ble pasientene uten tumorprogresjon fulgt hver 3. måned i 2 år, deretter hver 6. måned inntil 5 år etter operasjonen, og deretter årlig. Den log-rank test og Kaplan-Meier plott ble brukt til å vurdere sammenslutning av TTR og OS med hver av SNPs og kliniske variabler. En Cox multivariat analyse (angi metode) ble brukt til å beregne de uavhengige odds ratio for TTR og OS. I immunhistokjemiske analyser, ble frekvenser sammenlignet med Fishers eksakte test. Signifikansnivået ble satt til ≤0.05.
Resultater
Pasient Kjennetegn
Analysen inkluderte 175 pasienter, 154 (88%) av disse var menn. Median alder var 65 år (fra 35-85). Tjuefire (13,7%) av pasientene hadde Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) performance status (PS) 0 og 149 (85,2%) av pasientene hadde PS 1. Ninety-åtte (56%) av pasientene hadde stadium I sykdom. Åtti (45,7%) av pasientene hadde adenokarsinom og 84 (48%) hadde plateepitelkarsinom. Ett hundre og femti-åtte (90,3%) av pasientene var aktive eller tidligere røykere. Ett hundre og trettito (75,4%) av pasientene gjennomgikk en lobektomi eller bilobectomy. Ni (5,1%) pasienter hadde fått preoperativ kjemoterapi eller kjemoradioterapi for resectable stadium IIIA sykdom. Seksten pasienter (9,1%) fikk adjuvant kjemoterapi (13 for stadium II eller III sykdom og tre for stadium I sykdom med T 4 cm). Gjennomsnittlig oppfølgings ble 35 måneder (variasjon, 2-160). Etter en oppfølging på 160 måneder, hadde tilbakefall av sykdommen skjedde i 75 (42,9%) av pasientene (tabell 2).
TTR, OS og MIR-SNPs
Totalt median TTR var 39.03 måneder (95% KI, 3,9 til 74,1), og median OS var 90,6 måneder (95% KI, 47,4 til 133,7). I univariate analyser inkludert bare kliniske kjennetegn, ble scenen forbundet med TTR (P = 0,008) og alder var assosiert med OS (P = 0,014). En ikke-signifikant trend mot en sammenheng mellom sex og TTR ble også observert (P = 0,081). Tabell 3 viser genotypiske frekvensene for alle 11 MIR-SNPs analysert, både i denne studien og som rapportert i NCBI SNP database (dbSNP) for den europeiske befolkningen. Signifikante forskjeller i TTR ble funnet i henhold til
KRT81
rs3660 genotype (P = 0,008; figur S1). Gitt lik fordeling i TTR for pasienter med CG og GG genotyper, ble disse to gruppene kombineres for videre analyser. Median TTR for 45 pasienter (25,9%) med CC genotypen var 20,3 måneder versus 86,8 måneder for pasienter med CG eller GG genotype (P = 0,003; figur 1A). Blant 98 pasienter med stadium I sykdom, median TTR var 23,9 måneder for 25 pasienter (25,5%) med CC genotypen versus 100.2 måneder for pasienter med CG eller GG genotype (P = 0,002; figur 1B). Vi har også observert en ikke-signifikant trend mot en differensial TTR henhold til
XPO5
rs11077 genotype (P = 0,077; figur S2). Gitt lik fordeling i TTR for pasienter med AC og CC genotyper, ble disse to gruppene kombineres for videre analyser. En vesentlig kortere TTR ble observert hos pasienter med
XPO5
rs11077 AA genotype; median TTR var 24,7 måneder for pasienter med AA genotype, versus 73,1 måneder for de med AC eller CC genotype (P = 0,029; figur 2A). Blant 97 pasienter med stadium I sykdom, median TTR var 24.13 måneder for 33 pasienter (34%) med AA genotype, men ble ikke nådd for de med AC eller CC genotype (P 0,001; figur 2B). Ingen andre forskjeller i TTR ble observert i henhold til hvilket som helst av de andre genotyper analysert. Ingen signifikante forskjeller i TTR ble observert i fase II-III pasienter i henhold til hvilket som helst av de analyserte SNP
1A:. I alle pasienter analysert. IB:. Pasienter med stadium I sykdom
1A: hos alle pasienter som ble analysert. IB: hos pasienter med stadium I sykdom
Median OS ble ikke nådd for 49 pasienter med
MIR423
rs6505162 AA genotype, sammenlignet med 61,6 måneder for 42 pasienter med. CC genotype og 90,5 måneder for de med AC genotype (P = 0,043; figur S3). Ingen andre forskjeller i OS ble observert i henhold til noen av de andre genotyper analysert.
Multivariate analyser
Alle variabler med en univariat TTR log-rank P≤0.1 (kjønn, stadium, type kirurgi
KRT81
rs3660 genotype og
XPO5
rs11077 genotype) ble inkludert i Cox multivariat analyse for TTR. Mann kjønn (odds ratio [OR], 3,73; 95% CI, 01.04 til 09.09; P = 0,008), stadium I sykdom (OR 0,34; 95% CI, 0,18 til 0,65; P = 0,001),
KRT81
rs3660 CC genotype (OR 1,8; 95% CI, 1,08 til 2,99; P = 0,023) og
XPO5
rs11077 AA genotype (OR, 1.77; 95% CI, 1,07 til 2,91; P = 0,026) dukket opp som uavhengige variabler for TTR (tabell 4). Alle variabler med univariate OS log-rank P≤0.1 (kjønn, alder og
MIR423
rs6505162 genotype) og sykdom stadium ble inkludert i Cox multivariat analyse for OS. Alder ≤65 (OR 0,48; 95% CI, 0,25 til 0,95; P = 0,036) og stadium I sykdom (OR = 0,31, 95% KI 0,14 til 0,67; P = 0,003) var uavhengige variabler for OS
videre analyser av KRT81
Siden signifikante forskjeller i TTR ble funnet i henhold til
KRT81
rs3660 genotype, vi undersøkt effekten av denne genotypen på undergrupper av pasienter med videre adenokarsinom og plateepitelkarsinom. Blant de 83 pasienter med plateepitelkarsinom, TTR var 19,3 måneder for 24 pasienter med CC genotypen og 121 måneder for 59 pasienter med CG eller GG genotype (P = 0,004; figur 3A). I kontrast, ble ingen signifikant forskjell observert i henhold til
KRT81
rs3660 genotype blant de 80 pasienter med adenokarsinom (P = 0,375; figur 3B). Vi utforsket muligheten for en lignende differensial effekt for de andre ti genotypene, men fant ingen forskjeller i TTR mellom plateepitelkarsinom og adenokarsinom i henhold til genotype
A:. TTR henhold til
KRT81
rs3660 genotype i 83 av 84 plateepitelkarsinom pasienter; en pasient kunne ikke genotypede. B: TTR henhold til
KRT81
rs3660 genotype i 80 adenokarsinom pasienter. C: Plateepitelkarsinom saken viser diffus cytoplasma KRT81 farging. D: Negativ kontroll. E: Negativ farging for KRT81 i en adenokarsinom tilfelle. F: Immunohistokjemi i en normal lungevev delen. KRT81 cytoplasma positivitet i bronchiolar epitel ble brukt som positiv kontroll.
For ytterligere å utforske denne merket prognostisk verdi av
KRT81
rs3660 genotype i plateepitelkarsinom, vi analysert KRT81 uttrykk ved immunhistokjemi i 42 plateepitelkarsinom, 33 adenokarsinom og 2 adenosquamous karsinom prøver og i tre lunge vevsprøver normale. Tabell S1 viser resultatene fra hver av de 80 prøver. Kjente forskjeller ble observert i farging mønster i henhold til histologisk undertype: 38 av 40 plateepitelkarsinom (95%) var positive, sammenlignet med 6 av 32 adenokarsinomer (19%) (Fishers eksakte test P 0,0001, tabell 5). Videre tre av de 6 positive adenokarsinomer viste bare et samlings positivitet (skår 1). Følsomhet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi, negativ prediktiv verdi og nøyaktighet var 0,95, 0,81, 0,86, 0,93 og 0,89, henholdsvis. Figur 3C-F viser eksempler på immunhistokjemisk evaluering i plateepitelkarsinom, adenokarsinom og kontroller.
Diskusjoner
I denne studien har vi analysert 11 MIR-SNPs i en serie av 175 resected NSCLC pasienter og korrelert våre resultater med TTR og OS. Vi fant at pasienter med
KRT81
rs3660 CC genotype hadde en kortere TTR enn de med CG eller GG genotype og at pasienter med
XPO5
rs11077 AA genotype hadde en kortere TTR enn de med AC eller CC genotype. Disse resultatene også holdt sant i undergruppen av pasienter med stadium I sykdom. Videre multivariate analysene viste at
KRT81
rs3660 CC genotype og
XPO5
rs11077 AA genotype var uavhengige prognostiske variabler for TTR. Den univariate analysen for OS viste en sammenheng mellom overlevelse og
MIR423
rs6505162 genotype; men dette var ikke en uavhengig variabel i multivariat analyse. Videre den prognostiske verdien av
KRT81
rs3660 genotype ble mer markert i plateepitelkarsinom, noe som indikerer at KRT81 kan være en roman immunhistokjemisk markør for plateepitelkarsinom i lungene.
Flere speil SNP’er er kjent for å påvirke kreft mottakelighet og overlevelse lunge. En SNP i pre-MIR-196a2 rs11614913 ble først assosiert med overlevelse hos NSCLC pasienter [23] og ble senere knyttet til en høyere risiko for å utvikle lungekreft i kinesisk [27] og koreanske [28] populasjoner. En SNP i pre-miRNA flankerende område
MIR-30c-en
rs928508 har vært knyttet til overlevelse i NSCLC, med større effekt i fase I og II sykdom [29]. En miRNA målområde SNP i
KRAS
genet ble assosiert med en høyere risiko for å utvikle NSCLC blant moderate røykere [22]. Nylig, en SNP haplotype i miRNA biogenesis genet
RNASEN
var assosiert med kortere overlevelse i lungekreft [30], og en SNP i en annen biogenesis relaterte sammensatte,
AGO1
rs636832, var knyttet til en redusert risiko for lungekreft [31]. Hittil har imidlertid ingen sammenheng mellom MIR-SNP’er og lungekreft tilbakefall etter kirurgi er blitt rapportert.
XPO5 er RAN-GTP-avhengig protein som transporterer den forhånds miRNA fra kjernen til cytoplasma. Nylig ble ingen relasjon funnet mellom
XPO5
rs11077 og lungekreft i en koreansk befolkning [31]. I motsetning til i denne studien, har vi observert en positiv sammenheng mellom denne SNP og TTR i en europeisk befolkning. Vi spekulerer i at en SNP i
XPO5
kan endre normal funksjon av proteinet å ekstrudere pre-mirnas fra kjernen, og dermed endre reguleringen av flere miRNAs i cellen.
Stage II og III NSCLC pasienter blir rutinemessig behandlet med adjuvant kjemoterapi etter kirurgisk reseksjon, som har forbedret overlevelse i en rekke randomiserte kliniske studier [3], [32], [33], [34]. Det er imidlertid mange høyrisiko Trinn I pasienter som kunne også dra nytte av denne behandling, og det har vært antydet at pasienter med tumorer ≥4 cm kan utlede overlevelsesfordel fra hjelpekjemoterapi [35]. Biomarkører for å nøyaktig identifisere scenen I pasienter med høy risiko for tilbakefall vil være et nyttig verktøy i forvaltningen av disse pasientene. Siden effekten på tilbakefall observert med genetiske varianter i
KRT81 Hotell og
XPO5
ble opprettholdt i undergruppen av pasienter med stadium I sykdom, foreslår vi at disse SNPs er ideelle kandidater for videre undersøkelser med sikte på å tilby individualisert behandling hos disse pasientene
Viktigere tumorresidiv ble påvirket av SNP ligger i 3’UTR av
KRT81
, bindingsstedet av flere mirnas:. MIR-17, MIR-93, MIR-20b, MIR-519d, MIR-520g, MIR-520H, MIR-519c-3p, MIR-519b-3p, MIR-519a og MIR-765. Noen av disse mirnas har tidligere blitt vist å bli forandret i NSCLC [11], og tilstedeværelsen av SNP påvirker frø-sekvensen bindingssete av disse mirnas, som vist i figur S4.The allelisk frekvensen av denne SNP er forskjellig i human kreft enn i normalbefolkningen [36].
KRT81
koder for KRT81 protein, også kjent som Hb-en, en type hår keratin som er fysiologisk uttrykt i håret sjakter. Keratin er proteiner uttrykt i alle typer epitelceller [37], med ulike uttrykk mønstre mellom ulike karsinom [38], og de er mye brukt som diagnostiske markører. De utgjør de mellomliggende filamenter av epitelceller, som er involvert i opprettholdelse av celle integritet og motstand mot mekanisk og ikke-mekaniske belastninger [39]. Keratin er ikke bare knyttet til regulering av cellulære funksjoner som motilitet og vekst, men også til proteinsyntese, apico-basal polarisering og intracellulær signalering, og de har blitt beskrevet som prognostiske markører i epiteltumorer [40]. Brystcarsinomer ectopically uttrykke KRT81 [41], og i denne studien har vi sett KRT81 uttrykk i lunge svulstvev ved immunhistokjemi. Til dags dato,
KRT81
er ikke validert som en prognostisk markør, og denne studien er den første til å koble en
KRT81
varianten til tumorresidiv.
I tillegg vi har funnet at KRT81 kan godt være en ny immunohistokjemisk markør for squamous cell carcinoma. KRT81 viste en klar positiv farging i plateepitelkarsinom (95% positive), mens 81% av adenokarsinomer var negative. Interessant, i undergruppen analyser av TTR henhold til histologisk undertype, effekten av
KRT81
rs3660 genotype på tilbakefall var mer uttalt hos pasienter med plateepitelkarsinom. Det faktum at flere nye og mer målrettede agenter er activespecifically i adenokarsinom og andre bør ikke brukes i plateepitelkarsinom grunn av mulige komplikasjoner understreker behovet for å videre klassifisere NSCLC som plateepitel eller ikke-plateepitel karsinom. I denne innstillingen, kan KRT81 være et nyttig roman markør for differensialdiagnose av NSCLC; som sådan, kan det legges til panel av immunhistokjemiske markører i dag brukes, for eksempel TTF1 og P63 [42], [43].
Den økende bevis for koblinger mellom miRNAs og kreft gjør analysen av SNPs i miRNA relaterte gener en potensiell nøkkel teknikk for valg av pasienter for risikovurderingen. Til tross for visse begrensninger – inkludert mangel på uavhengige eller funksjonelle validering og relativt begrenset antall SNPs – denne studien er den første til å observere MIR-SNP-relaterte differensial mønstre av svulst tilbakefall i kirurgisk behandlede NSCLC pasienter. Våre funn tyder på at SNPs i
KRT81 Hotell og
XPO5
kan vise seg å være nyttige biomarkører for individualisering terapi hos NSCLC pasienter og at KRT81 kan være en roman immunhistokjemiske markør for plateepitelkarsinom, som gir en ny diagnostisk verktøy som skal brukes i terapeutiske beslutninger.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
TTR henhold til
KRT81
rs3660 genotype
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022509.s001 plakater (TIF)
Figur S2.
TTR henhold til
XPO5
rs11077 genotype
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022509.s002 plakater (TIF)
Figur S3.
OS henhold til
MIR423
rs6505162 genotype
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022509.s003 plakater (TIF)
Figur S4.
Forut bevart mirnas målretting KRT81. SNP rs3660, som ligger i 3’UTR regionen
KRT81
påvirker bindingen av disse miRNAs
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022509.s004 plakater (PPTX)
Table S1.
Farging av KRT81 i 80 tilfeller analysert
doi:. 10,1371 /journal.pone.0022509.s005 plakater (DOC)
Takk
Vi takker Dolors Fuster ( university of Barcelona) for teknisk hjelp og til Renee O’Brate for hennes assistanse skriftlig papiret.
