Abstract
Epidemiologiske studier viser at ca 20-30% av kroniske røykere utvikler kronisk obstruktiv lungesykdom ( KOLS), mens 10-15% utvikler lungekreft. KOLS har eksistert, lungekreft i 50-90% av tilfellene, og har en arvelighet på 40-77%, mye større enn for lungekreft med arvelighet på 15-25%. Disse dataene antyder at røykere utsatt for KOLS kan også være utsatt for lungekreft. Denne studien undersøker sammenslutning av flere overlappende kromosom loci, nylig involvert ved GWA studier i KOLS, lungefunksjon og lungekreft hos (n = 1400) utsetter under fenotypiseres for tilstedeværelse av KOLS og matchet for røyking eksponering. Ved hjelp av denne tilnærmingen vi vise; den 15q25 locus overfører mottakelighet for lungekreft og kols, den 4q31 og 4q22 loci både gi en redusert risiko for både kols og lungekreft, kreerer 6p21 locus mottakelighet for lungekreft hos røykere med pre-eksisterende KOLS, den 5p15 og 1q23 loci både konferere mottakelighet for lungekreft hos de med ingen pre-eksisterende KOLS. Vi viser også til 5q33 locus, som tidligere var knyttet til redusert FEV
1, ser ut til å gi følsomhet for både KOLS og lungekreft. Den 6p21 locus tidligere knyttet til redusert FEV
1 er assosiert med KOLS bare. Større studier vil være nødvendig for å skille om disse KOLS-relaterte effekter kan reflektere, delvis, foreninger spesifikke for forskjellige lungekreft histologi. Vi viser at når de «risiko genotyper» stammer fra den univariate analysen er innarbeidet i en algoritme med kliniske variabler, uavhengig assosiert med lungekreft i multivariat analyse, er tilgjengelig på mottaker operatør kurve analyse (AUC = 0,70) beskjeden diskriminering. Vi foreslår at genetisk disposisjon for lungekreft inkluderer gener som gir mottakelighet for kols og at sub-fenotyping med spirometri er avgjørende for å identifisere gener som ligger bak utvikling av lungekreft
Citation. Young RP, Hopkins RJ, Whittington CF, Hay BA, Epton MJ, Gamble GD (2011) Individuell og kumulative effekten av GWAS Følsomhet Loci i Lung Cancer: foreninger etter Sub-fenotyping for KOLS. PLoS ONE 6 (2): e16476. doi: 10,1371 /journal.pone.0016476
Redaktør: Amanda Toland, Ohio State University Medical Center, USA
mottatt: 31 juli 2010; Godkjent: 30 desember 2010; Publisert: 03.02.2011
Copyright: © 2011 Young et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette prosjektet ble finansiert av en HRC stipend og Synergenz BioScience Ltd. finansiører hadde noen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:. Dr. Robert Young er en Scientific Advisor for å Synergenz BioScience Ltd som bistått med finansiering dette prosjektet. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Lungekreft og kronisk obstruktiv lungesykdom (KOLS) er begge lungesykdommer som følge av den kombinerte effekten av røyking eksponering og genetisk mottakelighet [1], [2]. Epidemiologiske studier viser at selv om passiv røyking står for nesten 90% av tilfellene, bare 10-15% av røykere utvikle lungekreft, mens 20% -30% utvikler KOLS [3] – [5]. Genetiske faktorer kan forklare disse observasjonene som arvbarheten for lungekreft og redusert FEV
1 (forsert ekspiratorisk volum i ett sekund som definerer KOLS) er beregnet til henholdsvis 15-25% og 40-77% [6], [7] . Tilstedeværelsen av KOLS, en sykdom karakterisert ved luftveisobstruksjon sekundært til lunge ombygging (emfysem og små luftveiene fibrose), overfører en 4-6 ganger økt risiko for lungekreft enn røykere (a) med normal lungefunksjon [8] eller (b ) tilfeldig rekruttert fra samfunnet [9]. Studier viser også at fordelingen av FEV
1 er bi-modal i tunge røykere og uni-modal i lyse røykere, støtter en genetisk basis til KOLS og lunge ombygging (FEV
1) respons på kronisk røyking eksponering [ ,,,0],10] – [12]. Viktigere, har mellom 50-90% av de med lungekreft pre-eksisterende KOLS, sammenlignet med 15% i tilfeldig utvalgte nærmiljøbaserte røyking kontroller [8], [13] – [15]. Dette betyr at lungekreft er ikke bare en «kompleks sykdom» fra et genetisk perspektiv, men at det også er en blandet fenotype som omfatter KOLS som en sub-fenotype. Spørsmålet som da oppstår er «Er de genetiske effekter underliggende KOLS også viktig i mottakelighet for lungekreft?»
Nylig genome-wide forening (GWA) studier i lungekreft, kols og lungefunksjon (FEV
1) har rapportert signifikante sammenhenger på flere kromosom loci [16] – [23]. Interessant, flere av disse loci (og implisert kandidatgener) er felles for begge KOLS og lungekreft, noe som tyder på muligheten for at delte patogenetiske veier kan ligge til grunn for følsomhet for disse sykdommene (Tabell 1). Ovennevnte epidemiologiske og genetiske funn tyder på at lungekreft og kols er ikke atskilte sykdommer relatert kun gjennom røyking eksponering, men at mange av røykere som er utsatt for KOLS kan også være utsatt for lungekreft [8], [12], [24 ] – [28]. Et slikt forslag ble gjort av Dr. Tom Petty 5 år siden [24] og nylig gjennomgått av Punturieri et al. [29]. Gitt den åpenbare overlappingen i følsomhet loci, synes det sannsynlig at noen av de genetiske faktorer er implisert i COPD kan også være aktuelt i lungekreft [24] – [29]. Dette er analogt med de innbyrdes relaterte trasé liggende fedme og type 2-diabetes, hvor det FTO (Fat masse og fedme tilknyttede) genet har blitt implisert i begge sykdommene [30]. I denne sammenheng BMI er den fysiologiske biomarkør brukes til å definere den sub-fenotypen av fedme like FEV
1 definerer COPD. Spørsmålet som da oppstår er «på grunn av mulige overlapping i genetisk mottakelighet mellom KOLS og lungekreft, er det et alternativ studiedesign til dagens tilnærminger som kan bedre identifisere resistensgener i lungekreft?»
ovennevnte observasjoner tyder på at en alternativ genetisk modell til dagens case-kontrollstudier kan brukes for sykdomsgenet funn i lungekreft [31]. Denne modellen vil være forskjellig fra den som brukes i de siste GWA case-control studier [17] – [19], der genetiske effekter er utforsket i lungekrefttilfeller og røyke kontroller med ukjent, men trolig annerledes, KOLS utbredelsen [26], [ ,,,0],27], [32], [33]. Med hensyn til sistnevnte, har muligheten for at co-eksisterende KOLS i lunge krefttilfeller kan introdusere en interaktiv eller konfunderende effekt i lunge kreft assosiasjonsstudier er hevet [26], [34]. For bedre å forstå det komplekse forholdet mellom KOLS og lungekreft, ville røykere i begge tilfeller og kontroller ideelt sett være tilpasset for røyking eksponering og sub-fenotypiseres for KOLS ved hjelp av spirometri. Lungefunksjon testing er nødvendig å definere dette fenotype som KOLS er snikende, og på grunn av en utbredt redusert effekt av spirometri, underdiagnostisert i 50-80% av tilfellene [9], [33]. Under fenotyping for kols vil da definere tre røyk kohorter, de med normal lungefunksjon ( «motstandsdyktig» kontroller), de med KOLS og de med lungekreft sub-fenotypiseres for co-eksisterende KOLS. Ved hjelp av en slik fremgangsmåte, har forfatterne vist at kromosom 15q25 locus, som opprinnelig var assosiert med lungecancer i GWA studier [17] – [19], er også assosiert med COPD [26]. Denne observasjonen er senere kopiert i både GWA [20] og kandidat genet studier [35]. Ved hjelp av denne samme tilnærmingen, har forfatterne også vist at kromosom 4q31 locus, assosiert med en redusert risiko for KOLS [21] -. [23], er også uavhengig assosiert med en redusert risiko for lungekreft [28]
lungekreft, lungefunksjon og KOLS GWA studier har identifisert hittil minst ni kromosomale regioner og elleve kandidatgener (tabell 1) som ser ut til å være forbundet med KOLS, lungefunksjon og /eller lungekreft (1q23 [16], 4q22 [23], 4q24 [22], [23], 4q31 [17], [20] – [23], 5p15 [17], [18], 5q33 [22], [23], 6p21 [17] – [19], [22], [23] og 15q25 [17] – [21]). Spørsmålet melder seg: «Hvordan disse loci påvirke mottakelighet for lungekreft etter sub-fenotyping for kols og de kan kombineres for å definere en høy risiko røyker?» Med dette spørsmålet i tankene, brukte vi under fenotyping tilnærming beskrevet ovenfor for å undersøke den enkelte og kumulative effekten av nylig identifiserte GWA loci innblandet i begge KOLS (lungefunksjon) [20] – [23] og lungekreft [1], [17] – [19] studier. Ved hjelp av en algoritme fra en tidligere utgitt modell, som inkluderer alder, familiehistorie med lungekreft og den tidligere diagnostisering av KOLS [27], [32], kombinert vi både mottakelige og beskyttende genotyper fra denne analysen til å utlede og validere en risiko score for mottakelighet for lungekreft.
Materialer og metoder
forsøkspersonene
fagene i denne studien er tidligere beskrevet [26]. I korte trekk, fag var av kaukasisk herkomst basert på deres besteforeldre nedstigning (alle fire besteforeldre av kaukasisk avstamming). Lungekreft og KOLS-tilfellene ble rekruttert fra en tertiær sykehus klinikk mellom 2000 og 2007 i Auckland mens friske røykere kontrollene ble rekruttert fra samme samfunnet etter frivillig for screening spirometri. Inklusjonskriteriene var kaukasisk herkomst (se ovenfor), i alderen 40 år eller mer og forbi røyking historie (se nedenfor), mens de som ikke kan tilstrekkelig utføre spirometri ble ekskludert (omtrentlig 5% strykprosent i hver gruppe). Alle deltakerne ga skriftlig informert samtykke, og gjennomgikk blodprøvetaking for DNA-ekstraksjon, pre-bronkodilatator spirometri og en etterforsker administrert spørreskjema. Spirometri ble utført ved hjelp av en bærbar spirometer (Easy-One ™, NDD Medizintechnik AG, Zürich, Sveits). Lungefunksjon dannet American Thoracic Society (ATS) standarder for reproduserbarhet (https://www.thoracic.org/statements/), med den høyeste verdien av de beste tre akseptable slag som brukes til klassifisering av KOLS status. KOLS ble definert i henhold til Global Initiative for kronisk obstruktiv lungesykdom (GOLD) stage 2 eller flere kriterier (FEV1 /FVC 70% og FEV1% ≤80%) ved hjelp av pre-bronkodilaterende spirometriske målinger [www.goldcopd.com]. En modifisert ATS Respiratory Questionnaire (https://www.thoracic.org/statements/ble brukt som samlet inn demografiske data som alder, kjønn, medisinsk historie, familiehistorie med lungesykdom, historie av aktiv og passiv tobakk eksponering, luftveissymptomer og yrkes aero-forurensende eksponeringer
lungekreft kohort
Pasienter med lungekreft ble rekruttert fra en tertiær sykehus klinikk [26], i alderen .. 40 år og diagnosen bekreftet gjennom histologiske eller cytologiske prøver . i 95% av tilfellene ikke-røykere med lungekreft ble ekskludert fra studien og bare primær lungekreft tilfellene med følgende patologisk diagnose ble inkludert: adenokarsinom, plateepitelkreft, småcellet lungekreft og ikke-småcellet lungekreft (generelt stor celle eller bronchoalveolar subtyper). lunge~~POS=TRUNC funksjonen~~POS=HEADCOMP måling (pre-bronkodilatator) ble utført innen 3 måneder etter kreftdiagnose lunge, før operasjonen og i fravær av plevravæske eller lungekollaps på vanlig brystet røntgen [8]. For lungekreft tilfellene som allerede hadde gjennomgått kirurgi, pre-operative lungefunksjon utført ved sykehuset lungefunksjon laboratoriet ble hentet fra pasientjournaler.
KOLS kohort.
Pasienter med KOLS ble identifisert ved sykehus spesialiserte klinikker som tidligere beskrevet [26]. Emner rekruttert inn i studien var i alderen 40-80 år, med et minimum røyking historie med 20 pakke-år og KOLS bekreftet av en spesialist på lungesykdommer basert på pre-bronkodilaterende spiro kriterier (GOLD stadium 2 eller flere).
kontrollgruppen
kontroll~~POS=TRUNC ble rekruttert basert på følgende kriterier:. alderen 40-80 år og med et minimum røyking historie med 20 pakke-år. Kontrollpersoner var frivillige som ble rekruttert fra samme pasient nedslagsfelt (boligområde) som de betjener lungekreft og KOLS sykehusklinikker gjennom enten (a) et fellesskap post reklame eller (b) mens han deltok i samfunnsbaserte pensjonerte militære /tjenestemenn klubber . Kontroller med KOLS, basert på pre-bronkodilatator spirometri (GOLD stadium 1 eller mer), som utgjorde 35% av røyking frivillige, ble ekskludert fra videre analyse.
Studiet ble godkjent av Multi Centre Ethics Committee ( New Zealand).
Studiedesign
dagens tverrsnitts case-control studie sammenlignet røykere av samme etnisitet med sammenlignbare demografiske variabler (spesielt alder, kjønn og røyking historie). Kontrollene i denne studien ble nøye utvalgt for å best representerer flertallet av røykere som har opprettholdt normal eller nær normal lungefunksjon tross flere tiår med røyking ( «motstandsdyktig røyker») som vist ved mange studier [4], [5], [ ,,,0],10] – [12]. Følgelig best reflekterer de resistente røyker gruppen de røykere minst sannsynlighet for å utvikle lungekreft eller kols, og dermed minimere fenotype feilklassifisering og forbedre muligheten til å oppdage forskjeller mellom berørte og upåvirket røykere [36]. Vi hypotese at SNP foreninger kan identifisere beskyttende eller resistens effekter til en eller en kombinasjon av KOLS bare (G1), KOLS og lungekreft (G2), bare lungekreft (G3) eller ingen sykdom (G0) (se figur 1).
genotyping
genomisk DNA ble ekstrahert fra fullblod ved å bruke standard salt-baserte metoder og renset genomisk DNA ble porsjonert (10 ng · ul
-1 konsentrasjon) til 96- brønn eller 384-brønners plater. Prøvene ble genotypet ved hjelp av enten Sequenom ™ -system (Sequenom ™ Autoflex Mass Spectrometer og Samsung 24-pin nanodispenser) av den australske Genome Research Facility (www.agrf.com.au) eller ved vårt universitet lab bruker Taqman® SNP genotyping analyser (Applied Biosystems , USA) ved anvendelse av mindre spor-bindemiddel prober. De Sequenom ™ sekvenser ble utformet i huset ved AGRF med forsterkning og separasjonsmetoder (iPLEX ™, www.sequenom.com) som tidligere beskrevet [26], [27], [32]. Taqman® SNP genotyping analyser ble kjørt i 384-brønners plater i henhold til produsentens instruksjoner. PCR sykling ble utført på både GeneAmp® PCR System 9700 og 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, USA) enheter. SNP primere ble designet av Applied Biosystems. Sanntidsforsterknings plott av utvalgte plater ble brukt til å bekrefte sluttpunkt alleliske diskriminering å etablere påliteligheten av Taqman basert genotyping.
Denne studien undersøkte genotypefrekvensene av 11 SNPs. Den rs16969968 SNP, som ligger innenfor den nikotin acetylkolin reseptor (nAChR) genet på 15q25 den rs1052486 SNP, som ligger innenfor HLA-B forbundet transkripsjon (BAT3) genet på 6p21, og rs402710 SNP, ligger innenfor cisplatin-motstand regulert gen 9 (CRR9) genet på 5p15, ble genotypet med Sequenom ™ system, mens de resterende åtte SNPs, den rs7671167 SNP, som ligger innenfor Familie med sekvenslikhet 13A (FAM13A) genet på 4q22, den rs1489759 SNP, ligger i nærheten av pinnsvin-samspill protein (HHIP) genet på 4q31, den rs2202507 SNP, ligger i nærheten av glykoforin A (GYPA) genet på 4q31, den rs2808630 SNP, ligger i nærheten av C-reaktivt protein (CRP) genet på 1q21, den rs10516526 SNP, som ligger innenfor glutation S-transferase C-terminal domene (GSTCD) genet på 4q42, den rs1422795 SNP, ligger innenfor A disintegrin og Metalloproteinase 19 (ADAM19) genet på 5q33, den rs2070600 SNP, som ligger innenfor reseptoren for avansert glycation sluttprodukter (AGER) genet på 6p21, og rs11155242 SNP, som ligger innenfor den G-protein reseptoren 126 (GPR126) genet på 6q24, ble genotypet ved Taqman® SNP genotyping analyser. Mislykkede Prøvene ble gjentatt inntil ringeprisene på ≥95% for hver SNP i hver årsklasse ble oppnådd. Genotypefrekvensene for hver SNP ble sammenlignet mellom de 3 primære grupper (kontroll røykere, KOLS og lungekreft kohorter) og med sub-fenotyping lungekreft kohorten henhold til tilstedeværelse eller fravær av KOLS basert på GOLD 2 kriterier.
Algoritmen og mottakelighet poengsum
den kumulative effekten av disse SNP genotyper identifisert som mottakelige (Odds ratio, OR 1) eller beskyttende (OR 1), basert på betydelige skjevheter i frekvens (P 0,05) mellom saker eller sub-fenotyper og kontroll røykere, ble undersøkt ved bruk av en tidligere publisert algoritme [27], [32]. Bare den lungekreft og kontroll røyker kullene ble anvendt for denne analysen. I denne algoritmen, for hvert individ, er en numerisk verdi på -1 tildelt for hver av de beskyttende genotyper er tilstede blant de beskyttende SNP’er og en for hver av de følsomme genotyper tilstede. Hvor en person ikke har et beskyttelses eller mottakelighet genotype for at SNP, den stillingen 0 (dvs. ikke bidra til den genetiske score). Denne fremgangsmåten er i samsvar med en nylig publisert studie i prostata kreft [37]. Som tidligere beskrevet [27], [32], vekting tilstedeværelse av spesifikke mottakelige eller beskyttende genotyper i henhold til sine individuelle odds ratio (ORS, fra univariate regresjon) hadde ingen signifikant bedre diskriminerende resultatene av den kumulative SNP poengsum (upubliserte data).
algoritmisk tilnærming brukes her involvert utlede en samlet «mottakelighet poengsum» for hvert fag (fra kontroll- og lungekreft kohorter) ved å kombinere genetiske data (kumulative SNP score) og kliniske variabler, identifisert i en multivariat analyse som tidligere beskrevet [27], [32]. De kliniske variabler (og resultatet) var alders 60 år (4), familiehistorie med lungekreft (3) og tidligere diagnostisering av KOLS (4) [32]. Ved å bruke multivariate logis og trinnvis regresjonsanalyse, ble 9-SNP panel undersøkt i kombinasjon med pre-fastsatt kliniske variabler over. Som røyking eksponering (pakke-år) var en rekrutteringskriterium for denne studien, og sammenlignbar mellom saker og kontroller, det var ikke inkludert i scoring system som beskrives her. Den lungekreft mottakelighet score (for kontroll- og lungekreft kohorter) ble plottet med (
en
) hyppigheten av lungekreft og (
b
) den flytende absolutt risiko (FAR, tilsvarende OR) over den kombinerte røyker /ex-røyker kohort [38], [39]. FAR tilnærming ble vedtatt siden den bruker en «fløt» variansen på tvers av alle polychotomous risikokategorier i stedet for å velge på referent nivå og gjør konfidensintervall å bli presentert for alle risikokategorier.
Analyse
Pasient egenskaper i de tilfeller og kontroller ble sammenlignet med ANOVA for kontinuerlige variabler og Chi-kvadrat test for diskrete variabler (Mantel-Haenszel, odds ratio (OR)). Genotype og allelfrekvenser ble sjekket for hver SNP av Hardy-Weinberg likevekt (HWE). Befolknings blanding over kohorter ble utført ved hjelp av struktur analyse på genotyping data fra 40 ubeslektede SNPs [40]. Skjevheter i genotypen og allelfrekvenser ble identifisert ved å sammenligne lungekreft (sub-fenotypiseres av KOLS) og /eller KOLS-tilfeller med «motstandsdyktig» røyking kontroller ved hjelp av to-for-to krysstabeller. Både additivet (alleliske) og genotypen basert genetiske modeller ble testet selv om sistnevnte er foretrukket [41]. Korreksjon for multiple sammenligninger ble ikke gjort som de SNPs ble valgt «a priori» fra GWA studiene. Individuelle SNP’er ble ikke inkludert i den kombinerte risikomodellen på grunnlag av statistiske signifikans er vist her, men ble tatt med fordi de ble identifisert ved GWA studier for å være svært signifikant assosiert med lungekreft. I denne sammenheng ble dette studiet tilstrekkelig styrke til å muliggjøre en liten grad av diskriminering mellom saker og kontroller for å bli vist for den resulterende samlede modellen i stedet for individuelle SNP’er. Med minst 450 tilfeller og 450 styrer denne studien oppnår 80% sannsynlighet for å detektere et område under ROC-kurven for 0,55 ved bruk av en to-sidig z-test ved 5% signifikansnivå, dvs. at vi kan konkludere med at det ROC-kurven for den SNP modellen gir bedre enn sjansen forening når området under mottakeren operasjonelle egenskaper kurven er minst 0,55 (Hintze, J (2006) PASS 2002 WWW.NCSS.COM)
genotype data (9-SNP panel) og de kliniske variabler ble kombinert i en trinnvis logistisk regresjon for å vurdere deres relative effekter på diskriminerende lav og høy risiko (ved punktestimat og mottaker drift karakteristikk (ROC) kurve) ved poengsum kvintil. Frekvensfordelingen av lungekreft følsomhet resultatet ble sammenlignet på tvers av tilfellene og kontroller. Dens klinisk nytte ble vurdert ved hjelp av ROC-analyse, som vurderer hvor godt modellen predikerer risiko på tvers av partituret (dvs. kliniske ytelsen til stillingen med hensyn til sensitivitet og spesifisitet).
Resultater
Demografisk variabler
Kjennetegn ved de lungekreft tilfellene, KOLS-tilfeller og friske kontroll røykere er oppsummert i tabell 2. de demografiske variable og histologiske subtyper av lungekreft tilfellene er sammenlignbare med tidligere publiserte data [42]. Iscenesettelsen ved diagnose var også sammenlignes med denne publiserte serier (data ikke vist) tyder lungekreft kohorten er representativ. De KOLS tilfeller har høyere pakke-års eksponering enn lungekreft tilfellene og friske kontroll røykere (P 0,05). Dette gjenspeiler uteliggere med høye røyking historier i kols kohort at etter log transformasjon av pack-årene viste alle gruppene var sammenlignbare (data ikke vist). Alle gruppene er sammenlignbare med hensyn til alder begynte å røyke, år røykte, år siden slutte og sigaretter /dag (tabell 2). Samlet sett mener vi de tre gruppene er godt avstemt for røyking eksponering. Vi merker en lavere frekvens av nåværende røykere i lungekreft og KOLS-kohortene, sammenlignet med friske røykere (35% vs 40% vs 48% henholdsvis) som kan gjenspeile en effekt fra deres røykerelatert diagnose. Nåværende røkere ikke hadde noen virkning på lungefunksjonen i lungen krefttilfeller gruppe. De lunge krefttilfeller, KOLS-tilfeller og røyking kontrollene var også sammenlignbare med hensyn til andre aero-forurensende eksponeringer (tabell 2). De med lungekreft hadde en høyere prevalens for en positiv familiehistorie med lungekreft i forhold til KOLS-tilfeller og sunne røykere (19% vs 11% vs 9%). Som forventet, lungefunksjon var verre i lungekreft og KOLS kohorter sammenlignet med friske røyker kontroller. Testing lungefunksjon i lunge krefttilfeller (som beskrevet ovenfor) aktivert lagdeling av resultatene for å teste for en interaktiv eller confounding effekten av KOLS.
genotyping
genotyping resultater for 12 SNPs er vist i tabell 3. allel og genotypefrekvensene var sammenlignbare med de som er rapportert i litteraturen og fra den internasjonale Hapmap Project (www.hapmap.org). De observerte genotypene for de to Chr 4q31 SNP’er (HHIP og GYPA) i denne studien var 65% overensstemmende, i samsvar med den rapporterte graden av LD mellom disse SNPs. Den konkordans for andre SNPs i «close» nærhet (BAT3 og AGER på 6p21) viste svært dårlig samsvar som forventet. Som alle SNPs var i Hardy-Weinberg likevekt og forsterknings tomter ble brukt for å sikre korrekte genotype samtaler, er neppe betydelig genotyping feil. Vi fant ingen bevis for befolkningen lagdeling mellom kohortene som bruker 40 ukoblet SNPs fra urelaterte gener (gjennomsnittlig χ
2 = 3,3, p = 0,58) [40]. Basert på skjevheter i genotype frekvens mellom de 3 gruppene, ble risiko genotyper tildelt som vanligvis overdragelse beskyttelse eller mottakelighet for KOLS og /eller lungekreft i henhold til figur 1.
genotype foreninger i henhold til sub-fenotyping for KOLS (Tabell 3)
resultatene nedenfor beskriver individuelle SNP assosiasjoner mellom resistente røykere og de med KOLS eller lungekreft (totalt og oppdelt av co-eksisterende KOLS). Vi fant ingen effekter av kjønn, høyde eller røykestatus (nåværende vs tidligere) på noen av disse foreningene. Et forhold mellom SNP varianter og lungefunksjon ble bare funnet for rs 16969968 i lungekreft tilfellene som tidligere publisert (26), men ikke for de andre SNP varianter (upubliserte data). Tallene ble ansett for liten til å se på lungekreft sub-gruppert etter histologi. Genotypen Resultatene nedenfor er oppsummert i tabell 3.
Rs16969968, 15q25 (CHRNA 3/5).
Som tidligere rapportert [26], sammenlignet med kontroller AA genotype ble oftere funnet i lungekreft tilfellene (N = 454, 16% vs 9%, OR = 1,76, P = 0.005) KOLS-tilfellene (N = 458, 14% vs 9%, OR = 1,47, P = 0,06) og for alle KOLS-tilfellene (GOLD 2+) med eller uten lungekreft (N = 706, 16% vs 9%, OR = 1,76, p = 0,002). Enda viktigere, når lungekreft tilfellene var sub-fenotypiseres inn i de med og uten COPD (GOLD 2 + kriterier, n = 429), frekvensen av AA-genotype var helt annerledes: 19% (vs 9% i kontrollene, OR = 2,26, p = 0,002) og 11% (vs henholdsvis 9% i kontrollene, OR = 1,15, P = 0,64) (tabell 3). Basert på data til dato, AA genotype av CHRNA 3/5 SNP overfører mest sannsynlig mottakelighet for både lungekreft og KOLS (G2 i figur 1 og tabell 4).
Rs7671167, 4q22 ( FAM13A).
i samsvar med tidligere studier, CC genotype ble funnet hyppigere hos kontrollpersonene i forhold til de som har KOLS (N = 458, 30% vs. 23%, OR = 0,71, P = 0,024) ( 63), lungekreft (N = 454, OR = 0,64, P = 0,003) (tabell 3) lungekreft med KOLS tilfeller ekskludert (N = 207, OR = 0,58, P = 0,006) og lungekreft med KOLS (N = 215 ELLER = 0,66, P = 0,03). Det ble ikke funnet med lungefunksjon blant lungekrefttilfeller. CC genotype av FAM13A SNP ser ut til å gi beskyttelse mot både kols og lungekreft (G0 i figur 1 og tabell 4).
Rs1052486, 6p21 (BAT3).
GG genotype ble 23% i kontrollene gruppen sammenlignet med 26% i lungekreft gruppen (N = 454, OR = 1,19, P = 0,25) og 21% i KOLS gruppen (N = 458, OR = 0,88, P = 0,44) (tabell 4). Sammenlignet med kontroller, GG genotype var signifikant høyere hos pasienter med lungekreft og KOLS (N = 215) (23% vs 31%, OR = 1,50, P = 0,03), men ikke noe annerledes i den lungekreft eneste undergruppe (N = 207 ) (23% vs 21%, OR = 0,89, P = 0,57). GG genotype var signifikant større i lungekreft med KOLS gruppe enn lungekreft eneste gruppen (31% vs 21%, OR = 1,68, P = 0,02). GG genotype av BAT3 SNP ser ut til å gi mottakelighet for lungekreft hos personer med KOLS (G2 i tabell 4).
Rs402710, 5p15 (CRR9 /TERT).
Vi fant ingen forskjell i GG genotype frekvens i kontroller og KOLS-tilfeller (44% vs 44%, OR = 0,97, P = 0,83) eller lungekreft tilfellene (44% vs 47%, OR = 1.10, P = 0,45) (Tabell 4). Sammenlignet med kontroller, GG genotype var betydelig høyere i lungekreft bare tilfeller (N = 207, 44% vs 53%, OR = 1,40, P = 0,05), men ikke i lungekreft tilfeller med kols (44% vs. 42%, OR = 0,90, P = 0,54) (tabell 4). GG genotype er signifikant større i lungekreft bare pasienter sammenlignet med lungekreft med kols gruppe (53% vs 42%, OR = 1,54, P = 0,03). GG genotype av CRR9 (TERT) SNP ser ut til å gi mottakelighet for lungekreft bare (G3 i figur 1 og tabell 4).
Rs1489759 og rs2202507, 4q31 (henholdsvis HHIP og GYPA).
GG genotype av de HHIP (rs 1489759) SNP ble funnet å være mer utbredt i kontrollgruppen sammenlignet med KOLS (17% vs 11%, OR = 0,59, p = 0,006) og lungekreft (17% vs 13% , OR = 0,70, P = 0,05) grupper (tabell 4). Tilsvarende den tilsvarende (mindre) CC genotypen av GYPA (rs 2202507) SNP var mer utbredt i resistente røykere gruppen sammenlignet med de med KOLS (27% vs. 19%, OR = 0,65, P = 0,06) og lungekreft (27 % vs 21%, OR = 0,70, P = 0,02) grupper (tabell 4). Når lunge krefttilfeller ble fordelt etter tilgjengelige spiro data (n = 419 og n = 416 for henholdsvis HHIP og GYPA genotyping,), til de med og uten KOLS (GOLD 2 + kriterier), fordelingen av den mindreårige allelet homozygot for begge SNP’er endrer seg ikke vesentlig. Effekt størrelser av homozygot mindre allelet i disse sub-analysene forbli den samme, selv om p-verdiene blir degradert på grunn av at utvalgsstørrelsen. Når gruppere alle fag med KOLS (kombinere KOLS og lungekreft med KOLS-grupper, N = 670), den beskyttende effekten var nesten identisk med den fra å bruke KOLS kohort alene (OR = 0,60, P = 0,003 og OR 0,66, P = 0,004 for HHIP og GYPA, henholdsvis). De mindre allel homozygote for HHIP og GYPA SNPs (GG og CC, henholdsvis) ser ut til å gi beskyttelse mot både lungekreft og KOLS (G0 i figur 1 og tabell 4).
Rs1422795, 5q33, (ADAM19).
sammenlignet med kontroller, ble frekvensen av det CC genotype marginalt øket lungekreft tilfellene (9% vs 13%, OR = 1,44, P = 0,08) og KOLS tilfeller (9% vs 13%, eller 1,47, P = 0,07) grupper (Tabell 3). Når lungekreft tilfellene ble delt i henhold til KOLS effekten størrelse forble det samme selv om p-verdier ble degradert på grunn av mindre tall (lungekreft med KOLS 13%, OR = 1,51, P = 0,10 og lungekreft uten KOLS 13%, OR = 1,40, P = 0,20). Når CC genotype hyppigheten av kontrollene er sammenlignet med de med KOLS og lungekreft med KOLS (9% vs 13%, OR = 1,45, P = 0,05) større kohort identifiserer en betydelig økning i CC genotype i de med COPD fenotype. CC genotype er sannsynlig å bli assosiert med beskjedne mottakelighet for både kols og lungekreft (G2 i figur 1 og tabell 4).
Rs2070600, 6q21 (AGER).
I forhold til kontroller, TT /TC genotype frekvens ble betydelig redusert hos KOLS-pasienter (10% vs 15%, OR = 0,60, P = 0,01), men ikke i lungekreft (13% vs. 15% hos kontrollene, OR = 0,87, P = 0,87). Sub-gruppering lunge krefttilfeller i henhold til KOLS fenotype avdekket ingen andre foreninger. De TT /TC genotyper av AGER SNP syntes å gi en beskyttende effekt for KOLS (G1 i figur 1 og tabell 4).
Rs2808630, 1q23 (CRP).
ompared til kontroller, CC genotypen var litt mindre hyppig i lungekreft (11% i 8%, OR = 0,68, P = 0,09) og KOLS-grupper (11% vs 8%, OR = 0,69, P = 0,10), men betydelig lavere i lungekreft
