Abstract
Innledning
kimcellelinje varianter i
TP63
har vært konsekvent assosiert med flere svulster, inkludert blærekreft, som indikerer viktigheten av
TP53
sti i kreft genetisk disposisjon. Men varianter i andre beslektede gener, inkludert
TP53
rs1042522 (Arg72Pro), fortsatt til stede kontroversielle resultater. Vi har gjennomført en grundig vurdering av sammenhenger mellom vanlige germline varianter i
TP53
sti og blærekreft risiko.
Materiale og metode
Vi har undersøkt 184 tagSNPs fra 18 gener i 1,058 saker og 1,138 kontroller fra den spanske blærekreft /Epicuro Study. Tilfeller ble nylig diagnostisert blærekreftpasienter under 1998-2001. Sykehus kontroller var alders kjønn, og området tilpasset tilfeller. SNPs ble genotypet i blodet DNA ved hjelp av Illumina Golden Gate og TaqMan analyser. Tilfeller ble subphenotyped henhold til scene /klasse og tumor p53 uttrykk. Vi søkte klassiske tester for å vurdere individuelle SNP foreninger og minst Absolute Svinn og utvelgelse Operator (LASSO) -penalized logistisk regresjonsanalyse for å vurdere flere SNPs samtidig.
Resultater
Basert på klassiske analyser, SNPs i
BAK1 product: (1),
IGF1R product: (5),
P53AIP1 product: (1),
PMAIP1 plakater (2),
SERINPB5
(3),
TP63 product: (3), og
TP73 product: (1) viste signifikante sammenhenger på p-value≤0.05. Det ble imidlertid ikke bevis for foreningen, enten med samlede risikoen eller med spesifikke sykdoms subtyper, observert etter korreksjon for multippel testing (p-value≥0.8). LASSO valgt SNP rs6567355 i
SERPINB5
med 83% av reproduserbarhet. Denne SNP ga en OR = 1,21, 95% KI 1,05 til 1,38, p-verdi = 0,006, og en korrigert p-verdi = 0,5 ved kontroll for overestimering.
Diskusjoner
fant ingen sterke bevis for at vanlige variantene i
TP53
pathway er forbundet med blærekreft mottakelighet. Vår studie tyder på at det er usannsynlig at
TP53
Arg72Pro er innblandet i UCB i hvite europeere.
SERPINB5 Hotell og
TP63
variasjon fortjener videre leting i lengre studier
Citation. Pineda S, Milne RL, Calle ML, Rothman N, López de Maturana E, Herranz J , et al. (2014) genetisk variasjon i
TP53
Pathway og blærekreft Risk. En omfattende analyse. PLoS ONE 9 (5): e89952. doi: 10,1371 /journal.pone.0089952
Redaktør: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan
mottatt: 29 oktober 2013; Godkjent: 24 januar 2014; Publisert: 12. mai 2014
Copyright: © 2014 Pineda et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Fondo de INVESTIGACION Sanitaria, Spania (tilskudds tall 00/0745, PI051436, PI061614, G03 /174); Red Tematica de INVESTIGACION Cooperativa en kreft (tilskudd nummer RD06 /0020-RTICC), Spania; Marató TV3 (tilskudd nummer 050 830); European Commission (tilskudds tall EU-FP7-HEALTH-F2-2008-201663-UROMOL, amerikanske National Institutes of Health (stipend nummer USA-NIH-RO1-CA089715), og egenutført Research Program av divisjon for Cancer Epidemiology og genetikk, National Cancer Institute ved National Institutes of Health, USA;. Consolíder ONCOBIO (Ministerio de Economía y Competitividad, Madrid, Spania) de organer hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet.
Konkurrerende interesser: FX real er et PLoS ONE Redaksjons styremedlem Dette ikke endrer forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer
Innledning
i mer utviklede land, urothelial carcinoma av blæren (UCB) er den fjerde vanligste kreftformen hos menn og den syttende hos kvinner, den generelle male:female forholdet er 3:01. Dette forholdet er større (06:01) i Spania, hvor sykdommen presenterer en av de høyeste forekomsten blant menn (51 per 100 000 årsverk) [1]. Tobakksrøyking og yrkesmessig eksponering for aromatiske aminer har blitt etablert som de sterkeste risikofaktorer, blant annet [2]. Selv om ingen høy pene allel /genet har blitt identifisert til nå som i forbindelse med UCB, det er godt etablert som tyder på at UCB risiko er påvirket av vanlige genetiske varianter [3], [4].
Tidligere studier karakter UCB er i overensstemmelse med eksistensen av, i det minste, to sykdoms subtyper basert på deres morfologiske og genetiske egenskaper. Den første subtype inkluderer lav risiko, papillær, ikke-muskel invasive svulster (NMIT, 60-65% av alle UCB) og den andre typen omfatter både høy risiko NMIT (15-20% av alle UCB) og muskel invasive svulster ( MIT, 20% -30% av alle UCB). Støtte disse morfologiske subtyper, differensial genetiske trasé ble beskrevet og var assosiert med tydelig UCB evolusjon. Somatiske mutasjoner i
FGFR3
er hyppigere i lav-risiko NMIT, mens mutasjoner i
TP53 Hotell og
RB
er hovedsakelig involvert i høy-risiko NMIT og MIT [5] , [6]; mutasjoner i
PIK3CA Hotell og
HRAS
skje på samme måte i de to kreft subtyper. Interessant nok har en utforskende analyse vist at noen germline genetiske varianter kan være forskjellig forbundet med risiko for å utvikle distinkte UCB subphenotypes definert i henhold til tumorstadium (T) og klasse (G) [7].
TP53
er den viktigste menneskelige tumor suppressor genet og dets implikasjoner i UCB har blitt grundig studert [8].
TP53
ligger in17p13, en region som er hyppig slettet i kreft hos mennesker, og det koder p53 protein. p53 er en transkripsjonsfaktor som kontrollerer cellevekst, cellesyklus, celleoverlevelse, og genomisk integritet og – derfor – det regulerer et stort antall gener. Under normale cellulære betingelser, er p53 hurtig degradert på grunn av aktiviteten av
MDM2
, en negativ p53 regulator som også er en p53 målgenet. Ved DNA-skade eller andre belastninger, er p53 stabilisert, og regulerer ekspresjonen av mange gener som er involvert i cellesyklus-stans, apoptose, og DNA-reparasjon blant andre. Somatiske endringer i
TP53 Twitter /p53 er en av de hyppigste endringer i forbindelse med UCB, spesielt med de mer aggressive svulster [9].
kimcellelinje
TP53
mutasjoner disponere til et bredt spekter av tidlig debut av kreft og føre til Li-Fraumeni og relaterte syndromer [10], [11]. Disse mutasjonene er vanligvis enkelt-base erstatninger. Over 200 germline enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i
TP53
har blitt identifisert i dag [12]. SNP rs1042522 (Arg72Pro) er vurdert i forbindelse med flere kreftformer, blant dem UCB. Men resultatene av disse studiene er inkonsistente [13], [14], [15], [16], [17], [18]. I motsetning til en sammenheng mellom SNP rs710521 i
TP63
, en
TP53
familiemedlem, og risikoen for UCB har vært overbevisende kopiert, og peker på involvering av
TP53
pathway medlemmer i UCB mottakelighet [4].
Formålet med denne studien var å grundig undersøke om germline SNPs i gener som er involvert i
TP53
pathway er forbundet med risiko for UCB. For å oppnå dette, ble totalt 184 tagSNPs i 18 viktige gener vurderes ved hjelp av data fra den spanske blærekreft /Epicuro studien.
Materialer og Metoder
forsøkspersonene
spansk blærekreft /Epicuro Study er en case-control studie utført i 18 sykehus fra fem områder i Spania og beskrevet andre steder [2], [4], [7]. Kort fortalt tilfellene var pasienter diagnostisert med primær UCB i en alder av 21-80 år mellom 1998 og 2001. Alle deltakere var av selvrapportert hvit europeisk opphav. Diagnostiske lysbilder fra hver pasient ble vurdert av et panel av ekspert patologer for å bekrefte diagnosen, og for å sikre at ensartede klassifiseringskriteriene ble brukt basert på 1999 World Health Organization og International Society of Urologiske Patologi systemer [19].
kontrollene var pasienter innlagt på deltakende sykehus for forhold som antas å være relatert til UCB risikofaktorer. De viktigste årsakene til sykehusinnleggelse var: brokk (37%), andre abdominal kirurgi (11%), brudd (23%), annet ortopedisk problem (7%), hydrocoele (12%), sirkulasjonsforstyrrelser (4%), dermatologisk lidelse (2%), oftalmologisk forstyrrelse (1%), og andre sykdommer (3%). Kontrollene ble individuelt tilpasset de tilfeller på alder innenfor 5-års kategorier, kjønn, etnisk opprinnelse og bostedsregion.
Informasjon om sociodemographics, røykevaner yrkesmessige og miljømessige eksponeringer, og tidligere medisinsk og familiær historie av kreft ble samlet av utdannet studie skjermer som gjennomførte et omfattende datamaskin-assistert personlig intervju med deltagerne i løpet av sykehusoppholdet. Av 1.457 kvalifiserte tilfeller og 1,465 kontroller, 1219 (84%) og 1271 (87%), ble intervjuet, henholdsvis.
Alle fag ga skriftlig informert samtykke til å delta i studien, som ble godkjent av etikkomiteer av de deltakende sentre.
Genotyping
i alt 184 tagSNPs fra 18 gener som deltar i
TP53
vei ble valgt med Select Your SNPs (SYSNPs) program [20 ]. SYSNP brukt informasjon fra dbSNP b25, hg17 og HapMap Release # 21. Haploview sin Tagger algoritme (v3.32) ble påført med standard parameterverdier. Verktøyet vurderer all tilgjengelig informasjon for hver SNP og implementerer algoritmer som gir status for hver SNP som tagSNP, en fanget SNP eller et ikke-fanget SNP. Ifølge denne informasjons tagSNPs ble valgt. Følgende grupper av gener ble vurdert: 1)
familiemedlemmer TP53
(
TP53
,
TP63 Hotell og
TP73
) og 2) gener kjent for å være mål av p53 eller regulatorer av p53-funksjon [
BAK1, BAX, BBC3, BIRC5, CDKN1A, FAS, GADD45A, IGF1R, MDM2, PCNA, PMAIP1, SERPINB5, SFN plakater (Stratifin, 14-3-3sigma)
TP53AIP1
), og 3) c-
MYC
, en stor onkogen involvert i et bredt spekter av kreft hos mennesker som regulerer p53 pro-apoptotiske aktivitet (se tabell S1 i File S1). SNPs ble genotypet ved hjelp av Illumina Golden Gate og TaqMan (Applied Biosystems) analyser på den spanske Kjerne Genotyping Facility på CNIO (CEGEN- CNIO). Genotyping var vellykket for 1,058 tilfeller og 1,138 kontroller. Vi beregnet dekning for hvert gen ved hjelp Haploview 4.2 ved å velge SNPs innen et gen med en MAF≥0.05 fra 1000 genomer prosjektet, som referanse, og fått flere SNPs tatt med SNPs genotypet ved r2≥0.8 innenfor hvert gen.
Statistical Analysis
Avgang fra Hardy-Weinberg likevekt ble undersøkt i kontrollene ved hjelp av Pearsons kji-kvadrat test. Manglende genotypene ble lagt til grunn for den multi-SNP modellen ved hjelp av BEAGLE 3.0 metoden [21]. Assosiasjoner mellom UCB og SNPs anses ble vurdert ved hjelp av to tilnærminger: klassisk logistikk og polytomous regresjonsanalyser brukes på hvert SNP individuelt, og minst Absolute Svinn og utvelgelse Operator (LASSO) -penalized logistisk regresjon for å vurdere alle SNPs samtidig. Alle modellene ble justert for alder ved diagnose (tilfeller) eller intervju (kontroller), kjønn, region og røykestatus. Røykestatus ble kodet i fire kategorier (aldri: 100 sigaretter i løpet av livet, sporadisk: minst én per dag for ≥6 måneder, tidligere: hvis de hadde røykt regelmessig, men stoppet i minst 1 år før studien inkludering dato; og strøm: hvis de hadde røykt regelmessig i løpet av et år av inkludering dato [2]
med de «klassiske» statistiske metoder vi vurderte SNP hovedeffekter for hele sykdommen og for ulike undergrupper av UCB, så vel. som SNP * SNP og SNP * røyking interaksjoner. Sykdoms subtyper ble definert på to måter. Først, i henhold til etablerte kriterier basert på tumorstadium (T) og klasse (G) som lav-risiko NMIT (TaG1 og Tag2), høy-risiko NMIT (TAG3, T1G2, T1G3, og Tis), og MIT (T2, T3 og T4.), og andre, i henhold til tumoren ekspresjon av p53 bestemt ved å bruke DO7 antistoff Vi anvendt histoscore som der var prosentandelen av celler .. med intensitet Vi klassifiseres tilfeller som å ha lav eller høy p53 uttrykk i forhold til median histoscore
for å vurdere de samlede viktigste effektene, ble de fire moduser av arv vurderes: co- dominant, dominant, recessiv, og additiv . Den statistiske betydningen av foreninger ble bestemt ved hjelp av Likelihood Ratio Test (LRT). Vi evaluerte assosiasjoner mellom individuelle SNPs og undergrupper av UCB bruker polytomous logistisk regresjon. Heterogenitet av sykdom subtype ble testet ved en LRT sammenligne denne modellen til at med ln (OR) begrenset til å være lik over hele undertyper. Vi vurderte også alle toveis interaksjoner mellom SNPs av en LRT sammenligne logistiske regresjonsmodeller med de to SNPs (additiv modell) og kovariater som er beskrevet ovenfor, med og uten en eneste interaksjonsledd for multiplikative, per-allel effekter. Interaksjoner mellom hver SNP og sigarett bruk (aldri vs. noensinne) ble vurdert ved hjelp av en lignende metode. Multippel testing ble regnskapsføres etter en permutasjon test med 1000 gjentak. Vi søkte Quanto (https://hydra.usc.edu/gxe/) for å vurdere statistisk styrke vurderer den tilgjengelige utvalgsstørrelsen.
Vi vurderte også kombinert SNP effekter ved hjelp av LASSO. Metoden er beskrevet i detalj av [22]. Kort, log-sannsynlighetsfunksjonen brukes i klassisk logistisk regresjon (1) der
n
er antall observasjoner, er rekonstruert omfatter en straff, slik at (2) der
p
er antall av SNPs og
λ
er lassoen straff. Newton-Raphson-algoritmen blir satt inn i ligningen (2) for å estimere
β
finnes på en iterativ måte.
LASSO Fremgangsmåten er basert på ideen om å fjerne irrelevante prediktor variabler (β = 0) via straff-parameteren, for derved å velge bare de mest relevante SNP som undergruppe av markører mest forbundet med lidelsen. Anvendelsen av straffen parameter unngår også overtilpassing skyldes både høy-dimensjonalitet og kollinearitet mellom kovariatene. Vi bare anses additiv genetisk arve.
Denne teknikken gir partisk estimatorer for å redusere varians deres. På grunn av dette, vil ikke implementert pakken i R ikke gi anslag p-verdier for regresjon beta-koeffisienter, siden vanlige feilene er meningsfylt under en partisk estimator. Vi vurderte derfor resultatene ved først å påføre LASSO ved hjelp av en 5-fold kryssvalidering (CV) metoden [23] for å velge den optimale λ som at det å gi minimum Akaike informasjon kriterium (AIC); vi da valgt undergruppe av SNPs som var mest informative med at λ. Vi vurderte robustheten hver SNP valgt i den optimale modellen ved beregning av reproduserbarhet som andelen ganger hver SNP ble valgt til å være i den multivariate modellen fra 1000 bootstrap delprøver [24].
For å evaluere tilknytning UCB risiko for at delsett av SNP, testet vi dem ved LRT i en multivariabel regresjonsmodell med alle de SNP’er i forhold til null-modellen. For å korrigere for overestimering på grunn av pre-utvalg av de beste SNPs, utførte vi en permutasjon test med 10.000 replikater.
Stata 10 ble brukt til å kjøre den klassiske logistikk og multinomisk regresjonsanalyse. Alle andre statistiske analyser ble kjørt i R (https://www.R-project.org), bruker straffet bibliotek [25] for LASSO straffet logistisk regresjon.
Resultater
Tabell 1 viser fordelingen av forsøkspersonene som inngår i analysen: 1,058 tilfeller og 1,138 kontroller. De fleste individer (87%) var menn, og sakene var mer sannsynlig å være nåværende røykere enn kontroller (43% vs. 25%, henholdsvis p-verdi 0,001).
Ingen bevis for avgang fra Hardy-Weinberg likevekt ble observert for noen SNPs etter vurdering av multippel testing (ujustert p-verdi 10
-4). Polymorfismer i
TP53
ikke individuelt forbundet med UCB risiko, selv på en nominell, ukorrigert 5% signifikansnivå (ukorrigert p-verdi 0,4). Prosentandelen av reproduserbarhet fra LASSO modellen ved hjelp av bootstrap 1000 delprøver var mindre enn 50%, noe som indikerer en dårlig robusthet av modellene. Resultater for additive og co-dominant modeller er oppsummert i tabell 2.
Ved hjelp av klassisk logistisk regresjon, SNPs i
BAK1 product: (1),
IGF1R product: ( 5),
P53AIP1 product: (1),
PMAIP1 plakater (2),
SERPINB5 product: (3),
TP63 product: (3), og
TP73 product: (1) viste betydelige resultater, ved en ikke-korrigert p-value≤0.05, med generell UCB risiko (tabell 3). Det ble imidlertid ikke bevis for assosiasjon med risiko observert for eventuelle individuelle SNPs etter korrigering for multippel testing (permutasjon test p-verdi 0,8). Dette var også tilfelle for de assosiasjoner med de etablerte sykdoms undergrupper definert i henhold til scene /klasse eller av p53 uttrykk (figur 1). Av notatet, SNPs rs3758483 og rs983751 i
FAS
ble forskjellig og omvendt assosiert med MIT og høy p53 uttrykke svulster i korrigerte analyser (Tabell S2 og S3 i File S1). Vi har også observert noen bevis for SNP * SNP interaksjoner eller interaksjoner mellom SNPs og røykestatus (data ikke vist).
En SNP
p-verdi
over den røde linjen regnes som tilknyttet fenotype etter gjen testing korreksjon etter Bonferroni (4,2 for hovedeffekter og 3,6 for undergrupper). Alle modeller er justert for alder, kjønn, region og sigarettrøyking status.
Når alle 184 SNPs ble samtidig vurdert ved hjelp LASSO, metoden valgt rs6567355 i
SERPINB5
med en reproduserbarhet = 83%. Denne SNP ga en OR = 1,21, 95% KI 1,05 til 1,38, p-verdi = 0,006 i den viktigste effekten logistisk regresjonsmodell og en korrigert p-verdi = 0,5 ved kontroll for over-estimering (Tabell 3). Selv om ikke valgt av LASSO i den siste modellen under de strenge kriteriene som anvendes,
IGF1R
-rs1058696 (OR = 0,63, 95% KI 0,44 til 0,90, p-verdi = 0,010) og
TP63
-rs13321831 (OR = 1,36, 95% KI 1,06 til 1,73, p-verdi = 0,014) viste en prosentandel av reproduserbarhet . 80%
Diskusjoner
Vi genotypede vanligste variantene i gener i
TP53
sti i 1,058 tilfeller og 1,138 kontroller av hvit europeisk opphav og fant ingen sterke bevis for assosiasjon med risiko for UCB samlet, eller med undergrupper av sykdommen definert av scenen og karakteren eller p53 uttrykk.
En viktig genet i veien er
TP53
, og den mest studerte variant i dette spesielle genet er Arg72Pro (rs1042522). Dens implikasjon i mottakelighet for ulike kreftformer har blitt rapportert i asiatiske populasjoner, men ikke i hvite europeere. En metaanalyse av 49 livmorhalskreft studier bidrar totalt 7,946 tilfeller og 7,888 kontroller fant at Arg allelet var forbundet med en økt risiko for livmorhalskreft [14]. Men en annen meta-analyse av 39 studier (26,041 tilfeller og 29,679 kontroller) funnet svake bevis for en sammenslutning av samme variant med redusert risiko for brystkreft [18]. Angående magekreft, en kombinert analyse av 6,859 tilfeller og 9,277 kontroller fra 28 studier fant en sterkere invers assosiasjon bare blant asiater [26]. For lungekreft, en marginalt signifikant økt risiko var i en kombinert analyse av data med 15,647 tilfeller og 14,391 kontroller fra 36 studier, selv om foreningen syntes å være også begrenset til den asiatiske befolkningen [27].
Foreningen mellom
TP53
Arg72Pro og UCB risiko er vurdert av to meta-analyser. Totalt sett ingen sammenheng ble observert av Jiang et al. når man sammenligner 1,601 saker og 1,948 kontroller fra 10 studier, men et marginalt signifikant sammenheng ble sett blant asiater (OR = 0,77, 95% KI 0,59 til 1,00, for ArgArg /ArgPro vs. ProPro) [13]. Uharmoniske resultater har nylig blitt rapportert som kombinerer data fra 14 studier bidrar med 2176 tilfeller og 2,798 kontroller (OR = 1,268, 95% KI 1,003 til 1,602, for ArgArg /ArgPro vs. ProPro blant den asiatiske befolkningen) [17]. Et stort antall studier overlapping mellom de to meta-analyser. Mangelen på informasjon om gen-gen og gen-miljø interaksjoner, samt for samtidig effekten av
TP53
somatiske mutasjoner kan forklare uharmoniske resultater [28].
Resultatene fra vår studien bekrefter mangelen på sammenslutning av Arg72Pro i
TP53
med risiko for UCB i hvite europeere (OR = 0,98, 95% KI 0,77 til 1,26, for ArgPro vs. ArgArg og OR = 0,91, 95% KI 0.75- 1.09, for ProPro vs. ArgArg, p-verdi = 0,5 for samlede effekter) [13], [17]. Men vi kan ikke utelukke at manglende statistisk styrke kan hemme identifikasjon av en liten effekt foreningen: selv med sin store utvalgsstørrelsen, kan denne studien utvalgsstørrelsen oppdage en OR≥1.3 per-allelet for SNP med 90% statistisk styrke og på et signifikansnivå på 5%.
Når det gjelder andre SNPs i
TP53
, Lin et al rapporterte en sammenheng med rs9895829 og rs1788227 (p-verdi = 0,003 og 0,027, henholdsvis) i et mindre studere med 201 tilfeller og 311 kontroller i en asiatisk befolkning [29]. Vi gjorde ikke genotype disse SNPs, selv om de er i høy LD med to SNPs vurderes her: rs8079544 (LD = 1,0) og rs12951053 (LD = 0,7), henholdsvis. Likevel, ingen av de vurderte flere SNPs i
TP53
syntes å være assosiert med UCB risiko. Den delvis dekning av genet med de anslåtte SNPs (38%) ikke tillater oss å avfeie rollen som
TP53
i UCB mottakelighet.
TP63
er en annen viktig medlem av den studerte reaksjonsveien. En SNP (rs710521) som befinner seg i dette genet er blitt rapportert å være forbundet med risiko for UCB ved en GWAS (pr-allelet OR = 1,19, 95% CI 1,12-1,27, p-verdi = 1,15 x 10
-7) [30]. Denne foreningen ble overbevisende gjenskapt i en kombinert analyse av data fra ulike studier (allel-spesifikk OR = 1,18, 95% KI 1.12 til 1.24, p-verdi = 1,8 × 10
-10), inkludert vårt, som det var genotypet som en del av et eget initiativ [4]. Av notatet, gjorde denne SNP ikke viser signifikante resultater i vår studie (OR = 0,95, 95% KI 0,83 til 1,10, p-verdi = 0,5), noe som kan forklares ved de ulike geografiske plassering relaterte eksponeringer av de deltakende studier , blir UCB en miljødrevet sykdom [31]. Denne studien vurderte 32 SNPs i
TP63
, som gir 24% av genet dekning. Tre av dem viste korrigerte signifikante resultater i den samlede UCB krets analyse med en prosentandel av reproduserbarhet 70% fra LASSO. Disse resultatene tilsier en utvidet UCB studie på dette området.
Når det gjelder andre SNPs i de utvalgte gener, fant vi ikke noen sterke bevis for foreningen etter korrigering for multippel testing (permutasjon test p-value≥0.8 for generelle hoved effekter og p-value≥0.3 for subtype effekter). Den øverste (korrigert) betydelige SNPs ble plassert i
BAK1
,
IGF1R
,
P53AIP1
,
PMAIP1
,
SERPINB5
, og
TP73
. Vanlige varianter i disse genene har ikke tidligere blitt rapportert som tilknyttet UCB risiko, men en endret uttrykk for
BAK1 Hotell og
IGF1R
har blitt beskrevet i blæren svulster.
Mange komplekse sykdommer, slik som UCB, sannsynligvis på grunn av den kombinerte effekten av multiple loci [32] og de fleste tradisjonelle assosiasjons studier som vurderer hovedeffekter for en SNP om gangen er relativt svak til å detektere små effekter [33]. Derfor kan implikasjon av vanlige genetiske varianter bli bedre vurdert av en metode som både velger en langt mindre sett av potensielt assosiert SNPs og tester for foreningen globalt. Dette har vært en utfordring på grunn av høy-dimensjonalitet og kollinearitet mellom SNPs. Likevel kan straffes teknikker håndtere disse problemene, og de er begynt å dukke opp i genetiske assosiasjonsstudier. Wu et al brukte straffet logistisk regresjon i et genom-wide forening studie brukt på cøliaki data og Zhou et al utvidet dette arbeidet til vurderingen av foreningen for vanlige og sjeldne varianter som brukes på register familie kreft data [34] [35]. I denne studien, søkte vi lasso algoritmen for å redegjøre for kombinasjonseffekter av SNPs i TP53 sti og UCB risiko. Under kriteriene anvendt denne metoden valgt en SNP (rs6567355) som viste et ikke-korrigert p-verdi = 0,006 for tilsetningsstoff arve med en prosentandel av reproduserbarhet = 83%. Dette er en hyppig G En SNP (MAF = 0,29) ligger i intron regionen
SERPINB5
. Som nevnt før, har ingen beviser på forrige sammenheng mellom denne SNP og sykdom er rapportert i dag.
SERPINB5
er en tumor suppressor (tabell S1 i File S1). Uttrykket nivåer av dette genet har blitt korrelert med de av
DBC1 plakater (Slettet i blærekreft 1) i UCB eksemplarer, noe som tyder på sitt engasjement i urokinase-plasminogen vei [36].
SERPINB5
ville fortjener av ytterligere utforskning i lengre studier, så vel.
En begrensning av vår studie er ufullstendig merking av de utvalgte gener på grunn av bruk av en tidligere HapMap frigivelse for å velge tag SNPs, før tilgjengeligheten av data fra 1000 genomer prosjektet. Median dekning av de 18 gener muligens i reaksjonsveien er, i henhold til de oppdaterte HapMap meldingene, 44%, fra 21% til 86%. Derfor kan vi ikke utelukke helt innblanding av vanlig variasjon i disse genene i UCB mottakelighet
For vanlige SNPs (MAF 0,05)., Er vår studie drevet (90%) for å oppdage ORs≥1.4 på en betydning nivå på 0,05, forutsatt at et additiv arve. Derfor er studiet ikke avgjørende med OR 1,4. Selv om denne studien representerer en av de største målinger gjennomført til stede, vil mye større studier være nødvendig for å utelukke mindre hovedeffekter assosiert med vanlige varianter i genene i denne reaksjonsvei. Dette er enda viktigere når subphenotype analyser blir vurdert. Vi fant heller ingen bevis for SNP-SNP interaksjoner (permutasjon test p-value≥0.3) og SNP-røykere interaksjoner (permutasjon test p-value≥0.07), selv om strømmen var enda mer begrenset til å oppdage disse. Ifølge kandidaten vei, ble studert SNPs valgt som koder; Derfor, de var ikke korrelert viser en lav LD. Dette faktum, la oss å overvinne en mulig begrensning påvirker prosentandelen av reproduserbarhet når SNP er høyt korrelert.
Credit bør også tas hensyn til denne studien, ikke bare når det gjelder dens store prøvestørrelse, men også for sin potensielle natur og sykdom representativitet, for de homogene metoder brukes for å samle inn informasjon og biosamples av de deltakende sentre for integrering av annen type informasjon (sociodemographics, epidemiologiske, genetiske, kliniske og patologiske, og molekylære), og for de omfattende og innovative statistiske metoder anvendt å vurdere UCB mottakelighet forbundet med et høyt kandidat sti.
i konklusjonen, ved hjelp av en omfattende analyse regnskap forskjellige modeller og ulike tilnærminger, fant vi ingen sterke bevis for at vanlige variantene i
TP53
veien er assosiert med UCB risiko. Men spesifikke medlemmer av veien,
TP63 Hotell og
SERPINB5
fortjener videre leting i lengre studier. På den annen side, antyder studien at det er usannsynlig at
TP53
Arg72Pro er innblandet i UCB i hvite europeere.
Mens biologisk lyd, kandidat pathway analyse har kaste begrenset erkjenner i den genetiske mottakelighet felt av mange sykdommer. Årsakene til dette relativ dårlig effektivitet kan være, blant annet, de fremdeles manglende kunnskap om alle viktige komponenter i en gitt bane, innføring av støy ved å betrakte mange gener /varianter uten å vise assosiasjon, og den manglende dekning av sjeldne varianter ikke tagget gjennom denne tilnærmingen, i tillegg til metodologiske forklaringer for eksempel et svekket statistisk styrke. Forskere bør vurdere om det er på tide å avvise denne tilnærmingen mot en mer helhetlig strategi slik hele genomet /exome sekvensering i dissekere den genetiske arkitektur av komplekse sykdommer.
Hjelpemiddel Informasjon
Fil S1.
Kombinert Hjelpemiddel Informasjon fil som inneholder: Tabell S1, plassering og funksjon av utvalgte gener. Tabell S2, heterogenitet i enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) risikoestimater blant blærekreft subphenotypes definert i henhold til scenen og karakter i den spanske blærekreft Study. Tabell S3, heterogenitet i enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) risikoestimater blant blærekreft subphenotypes definert av p53 uttrykk i den spanske blærekreft Study
doi:. 10,1371 /journal.pone.0089952.s001 plakater (docx)
Takk
Vi erkjenner koordinatorer, felt- og administrasjonsarbeidere, teknikere og pasienter i den spanske blærekreft /Epicuro Study.
