Abstract
TP53
mutasjoner har vist seg å være dominerende i eggstokkreft i en studie fra Kreft Genome Atlas (TCGA). Men de molekylære egenskapene til tilbakevendende eggstokkreft følgende innledende behandling har vært dårlig estimert. Denne studien var å undersøke mønster av somatiske punktmutasjoner i matchet parede prøver av primære og tilbakevend epiteliale eggstokkreft, bruker OncoMap mutasjonsdeteksjon protokollen. Vi har tilpasset en high-throughput genotyping plattform for å bestemme status mutasjon av et stort panel av kjente kreftgener. OncoMap v.4.4 ble brukt til å evaluere genomisk DNA isolert fra et sett av 92 formalinfikserte, parafininnstøpte (FFPE) tumorer, bestående av matchet parede prøver av opprinnelig diagnostisert og tilbakevendende tumorer fra 46 ovarialcancer (EOC) pasienter. Mutasjoner ble observert hos 33,7% av prøvene, med 29,3% av disse prøver med en enkelt mutasjon og de resterende 4,3% som har to eller flere mutasjoner. Blant de 41 genene analysert, ble 35 mutasjoner funnet i fire gener, nemlig
CDKN2A plakater (2,2%),
KRAS plakater (6,5%),
MLH1 plakater (8,2% ) og
TP53 plakater (20,7%).
TP53
var den hyppigst muterte genet, men det var ingen sammenheng mellom tilstedeværelsen av mutasjon i noen gen og klinisk prognose. Videre gjorde somatiske mutasjoner ikke skiller mellom primære og tilbakevend eggstokkene karsinomer. Hver mutasjon er tilstede i tilbakevendende prøver ble detektert i den tilsvarende primære prøven. I konklusjonen, disse OncoMap data av koreanske EOC prøver fastsette at somatiske mutasjoner ble funnet i
CDKN2A
,
KRAS
,
MLH1
, og
TP53
. Ingen forskjeller i mutasjonsstatus mellom primære og tilbakevendende prøvene ble oppdaget. For å forstå biologien til tumorresidiv i epitelial eggstokkreft, flere studier er nødvendig, inkludert epigenetiske modifikasjoner eller flere mutasjoner i andre gener
Citation. Kim YM, Lee SW, Chun SM, Kim DY, Kim JH, Kim KR, et al. (2014) analyse og sammenligning av somatiske mutasjoner i parvise primære og tilbakevend epitelial eggstokkreft Prøver. PLoS ONE 9 (6): e99451. doi: 10,1371 /journal.pone.0099451
Redaktør: Anthony W.I. Lo, det kinesiske universitetet i Hong Kong, Hong Kong
mottatt: 08.02.2014; Godkjent: 14 mai 2014; Publisert: 17 juni 2014
Copyright: © 2014 Kim et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble støttet av en bevilgning av de ledende Foreign Research Institute rekrutteringsprogram gjennom National Research Foundation of Korea (NRF) finansiert av departementet for utdanning, vitenskap og teknologi (MEST) (2011-0030105). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Eggstokkreft er den vanligste dødsårsaken blant de gynekologiske kreftformer [1]. Standard behandling er kirurgisk cytoreduksjon fulgt av platina-basert kjemoterapi. Men de fleste pasientene til slutt tilbakefall og dø av chemo-resistent sykdom. Dessverre har tilgjengelige berging regimer for platina-ildfast eggstokkreft gitt skuffende resultater, fordi responsraten er lav (20-50%) og svarene er korte i varighet. Det er derfor nødvendig å undersøke nye behandlingsstrategier for både nydiagnostiserte pasienter samt pasienter med tilbakevendende kreft [2]. Spesielt nye former for molekylært og genetisk karakter eggstokkreft er nødvendig for å tilpasse og forbedre behandlingen [3].
Somatiske mutasjoner i onkogener har blitt observert i mange humane kreftformer og er kjent for å være forutsigbare for narkotika sensitivitet eller resistens [4]. Somatiske mutasjoner mer enn 30 onkogener og tumorsuppressorgener som har blitt implisert i eggstokk onkogenese ble påvist i ovarialcancer (EOC) prøver. Genetiske endringer kjøre endret signal som induserer spredning; hemmer apoptose; blokker anoikis; øker motilitet, heft, og invasjonen; og tiltrekker stromale komponenter, inkludert stamceller og blodkar endotelceller [5]. Denne onkogen avhengighet gir grunnlag for behandling rettet mot onkogener, for eksempel vellykket bruk av imatinib og erlotinib i kreft som havn
BCL-ABL
og henholdsvis
EGFR
endringer,. Imidlertid er det mutasjons spektrum i ovariekreft overraskende enkelt, som vist i en undersøkelse fra The Cancer Genome Atlas (TCGA). Mutasjoner i
TP53
dominerte, forekommer hos minst 96% av høyverdig serøs eggstokkreft prøver; Videre
BRCA1 Hotell og
BRCA2
ble mutert i 22% av svulstene, på grunn av en kombinasjon av germline og somatiske mutasjoner. Syv andre betydelig muterte gener ble identifisert, men bare i 2-6% av høy grad av serøs eggstokkreft prøver [6].
Vi har tilpasset en høy gjennomstrømming genotyping plattform for å bestemme mutasjonsstatus for en stor panel kjente kreft onkogener for å identifisere undergrupper av ovarialcancer pasienter som kan dra nytte av målrettet terapi relatert til deres sykdomsstatus [7] – [10]. Dette genotyping plattform, kalt OncoMap, syssels massespektrometrisk-basert genotyping teknologi (Sequenom) for å identifisere 471 onkogene mutasjoner i 41 ofte muterte gener (Tabell S1). Denne studien rapporterer type og hyppighet av somatiske punktmutasjoner i sammenkoblede primære og tilbakevend EOC prøver å bruke OncoMap.
Metoder
Pasienter
Asan Senter for Cancer Genome Discovery (CCGD ), i samarbeid med Dana-Farber Cancer Institute (DFCI), har utviklet OncoMap genotyping plattformen [8]. OncoMap v.4.4 ble brukt til å analysere et sett av 92 formalinfikserte, parafininnstøpte (FFPE) EOC prøvene består av matchede parvise prøver av opprinnelig diagnostisert og tilbakevendende svulster fra 46 pasienter behandlet i Asan Medical Center, Korea, januar 2002 til desember 2011. Alle pasientene hadde blitt behandlet med innledende cytoreduserende kirurgi etterfulgt av platina-basert kjemoterapi og fikk en andre cytoreduserende kirurgi på grunn av residiverende eller metastatisk sykdom. Alle tumorprøver ble oppnådd fra FFPE-tumorprøver basert på en 80% cutoff for tumorprøve renhet. Denne studien ble godkjent av Asan Medical Center Institutional Review Board (AMC IRB), og vi valgte pasienter som hadde skrevet informert samtykke for å bruke sine arkiv vev for genetisk testing. Alle data ble avidentifisert
DNA Extraction
Gjennomgang av alle H . E lysbilder ble utført av en patolog for å bekrefte tumor type, og for å sikre at prøven var representant for svulst og at det normale omgivende vev ikke ble inkludert. Genomisk DNA ble ekstrahert fra 10-20 6-um tykke lysbilder per FFPE blokk, avhengig av tumorstørrelsen. Rensing av genomisk DNA ble utført ved hjelp av vev kit QIAamp DNA FFPE (# 56404; Qiagen, Hilden, Tyskland) i henhold til produsentens instruksjoner. De-paraffinization med xylen og etanol ble utført som følger. Etter inkubering i 5 minutter med 1 ml xylen, ble prøvene sentrifugert i 1 minutt ved 12.000 rpm, og supernatanten ble fjernet uten å forstyrre pelleten. Prøvene ble deretter vasket med 1 ml absolutt etanol for å fjerne de gjenværende xylen, og pelleten ble lufttørket i 10 min for å tillate den gjenværende etanol til å fordampe. Pelleten ble lysert ved inkubasjon med 0,2 mg proteinase K over natten ved 60 ° C og deretter underkastet kolonnekromatografi rensing. Hvert genomisk DNA-prøve ble eluert i 50 ul DNase- og RNase-fritt vann, kvantifisert ved anvendelse av den Quant-iTTM PicoGreen dsDNA Assay Kit (Invitrogen /Life Technologies, Grand Island, NY), og normalisert til en 5 ng /mL konsentrasjon.
Genotyping Bruke OncoMap_V4.4 kjerners Panel
Profilering av somatiske mutasjoner for 41 kritiske gener relatert til svulstutvikling ble utført ved hjelp OncoMap versjon 4.4-kjerne (OncoMap_v4.4C) under Sequenom MassARRAY teknologi plattform (Sequenom, San Diego, California). OncoMap_v4.4C er en multiplex panel av 32 bassenger av gener som til sammen dekker 471 unike mutasjoner sider i 41 onkogener og tumorsuppressorgener (Tabell S1) som er kjent for å være druggable mål. Dette OncoMap panelet er en oppgradert versjon av OncoMap_v1, som er beskrevet i den publiserte litteraturen [7], [8]. En total av 320 ng av renset genomisk DNA ble anvendt som et templat for 32 forskjellige forekomster av multipleks-amplifikasjon ved bruk av iPLEX kjemi (# 10134-2; Sequenom, San Diego, CA), med 10 ng pr reaksjon. En ytterligere 50-80 ng DNA ble deretter anvendt for å homogent Mass utvidelse (HME) validering av mutasjons kandidater som ble identifisert ved den iPLEX reaksjonen. Multipleks PCR-amplifikasjon ble utført på 10 ng genomisk DNA i et endelig volum på 5 pl i en 384-brønners plate med 0,5 U av HotStarTaq DNA-polymerase (Qiagen), 0,12 uM av hver PCR-primer, 500 uM dNTP blanding, og 3,5 mM MgCl
2, ved hjelp av en DNA-motor Dyad Cycler (Bio-Rad, USA). Multipleks PCR ble kjørt med følgende program: 95 ° C i 15 min; 45 sykluser med 95 ° C i 20 sekunder, 56 ° C i 30 sek, og 72 ° C i 60 sekunder; og deretter 72 ° C i 3 minutter. Gjenværende deoksynukleotider i PCR-produktene ble inaktivert ved inkubering i 40 minutter ved 37 ° C med 2 ul av reke alkalisk fosfatase (SAP) fra den iPLEX-Pro kit (# 10142-2; Sequenom, San Diego, CA), etterfulgt av en ytterligere inkubering i 10 minutter ved 85 ° C for å inaktivere SAP. Deretter ble single-basen forlengelse (SBE) utført med en ekstra 2 ul av iPLEX Gold kjemi blanding (0,1 mL av iPLEX oppsigelse mix, 1,2 mL av forlengelse sonde blanding, og 0.0205 ul iPLEX enzym) som følger: 94 ° C for 30 sekunder; 40 sykluser ved 94 ° C i 5 sekunder og fem indre sykluser av (52 ° C i 5 sek og 80 ° C i 5 sekunder); og 72 ° C i 3 minutter. Etter SBE, ble 16 ul av DNase-fri destillert vann tilsatt, og avsalting ble utført ved inkubering i 25 minutter med 6 mg av kationbytteharpiks (Sequenom). Til slutt ble 10 nl av avsaltet produktet prikket inn en 384-format SpectroCHIP II med MassARRAY Nanodispenser (Sequenom). Mass bestemmelse ble gjort med MassARRAY Analyzer Compact MALDI-TOF massespektrometer. Genotypene ble kalt ved hjelp av en klyngeanalyse algoritme utviklet av CCGD av DFCI, deretter anmeldt manuelt av to uavhengige forskere for å eliminere eventuelle usikre samtaler på grunn clustering gjenstander. Eksempel kvalitet ble ansett tilstrekkelig for analyse dersom mer enn 80% av forsøkt genotyper resulterte i identifiserbare produkter. For validering av kandidat mutasjoner ble bestemt HME genotyping utført for hele prøver. Validerings bassenger for HME ble utformet ved hjelp AssayDesigner programvare i MassARRAY Typer pakken (v4.0). Proksimale SNP ble filtrert, og det spesielle ved PCR-amplifisering og den etterfølgende primerforlengelsesreaksjon ble bekreftet med maksimalt seks analyser pr bassenget. Multipleks PCR-amplifisering og SAP-behandling ble utført på samme måte som for den iPLEX reaksjonen, bortsett fra at 5 ng DNA ble anvendt for multipleks PCR-templat. HME Reaksjonen ble utført med ytterligere 2 ul av HME-konsentrat-blanding (0,2 ul av passende HME EXTEND blanding, 1 ul av MassEXTEND tennblandingen, og 0,025 mL av ThermoSequenase enzym) som følger: 94 ° C i 2 minutter; 75 sykluser ved 94 ° C i 5 sekunder, 52 ° C i 5 sekunder, og 72 ° C i 5 sekunder; og 72 ° C i 5 minutter. De gjenværende trinnene, inkludert tilsetning av vann, avsalting, spotting, og analysen ble utført som for den iPLEX reaksjonen. Bare samstemmige samtaler fra både iPLEX og HME analyse ble ansett for å være validerte mutasjoner. Alle oppdaget mutasjoner ble bekreftet av standard, toveis Sanger-sekvense
Statistical Analysis
overlevelsesanalyse ble utført ved hjelp av Kaplan-Meier metoden og log rank test, og statistisk signifikans ble definert som p 0,05. SPSS v21.0 ble brukt for alle statistiske analyser.
Resultater
I denne studien, 46 par av primær-tilbakevendende EOC prøver (dvs. 92 EOC prøver hvorav 46 var fra primærkreftformer og 46 var fra matchet sammenkoblede tilbakevendende nettsteder) ble analysert. Alle pasientene hadde histologisk bekreftet EOC, hvorav papillær serøs adenokarsinom var mest vanlig (67,4%). Alle pasienter unntatt én fikk adjuvant platina-basert kjemoterapi mellom januar 2002 og desember 2011. baseline karakteristikker av pasientpopulasjonen er oppsummert i tabell 1.
Av de 92 FFPE- prøvene testet, ble 35 mutasjoner identifisert og validert i 31 prøver (33,7%). En enkelt mutasjon ble detektert i 29,3% av prøvene, og de resterende 4,3% hadde to eller flere mutasjoner. De 35 mutasjoner som ble validert skjedde i fire gener, og 19 av disse mutasjonene ble plassert i
TP53 plakater (tabell 2). Mutasjoner ble validert i genene
TP53 plakater (20,7%),
MLH1 plakater (8,7%),
KRAS plakater (6,5%), og
CDKN2A product: ( 2,2%), med tumorsuppressorgenet
TP53
den hyppigst muterte genet i EOC (20,7% av prøvene). Dette funnet er i samsvar med to nye rapporter som viste at
TP53
mutasjoner er de vanligste somatiske genmutasjoner i høyverdig serøs eggstokkreft [6], [10]. Det var imidlertid ingen sammenheng mellom tilstedeværelsen av en mutasjon i
TP53
genet og klinisk prognose til sammen 46 pasienter. Median sykdomsfri overlevelse (DFS) var 20.1 (rekkevidde, 4,7 til 55,4) måneder i
TP53
mutasjon-negative gruppen og 27,9 (rekkevidde, 5,1 til 40,6) måneder i
TP53
mutasjonspositive gruppen (P = 0,958). Median total overlevelse (OS) var 47.9 (15.8-177.4) måneder i det tidligere og 55,0 (37.7-97.1) måneder i den sistnevnte gruppen (P = 0,433) (fig. 1). Den overlevelsesanalyse mellom
TP53
villtype og
TP53
mutant typen oppnådd samme resultat når de bare har 31 serøs prøver (Fig. 1).
TP53
mutasjoner og
MLH1
mutasjoner dukket opp i papillær serøs adenokarsinom, og ellers
KRAS
mutasjoner og
CDKN2A
mutasjoner dukket opp hovedsakelig i mucinous adenokarsinom (tabell 3).
Sykdomsfri overlevelse og total overlevelse er ikke forskjellig mellom
TP53
mutasjon-negative gruppe og
TP53
mutasjonspositive gruppe. A og B, Sykdomsfri overlevelse og total overlevelse i totalt EOC pasienter (n = 46, 36
TP53
mutasjon (-) vs. 10
TP53
mutasjon (+)). C og D, Sykdomsfri overlevelse og total overlevelse i serøs adenokarsinom (n = 35, 27
TP53
mutasjon (-) serøs vs. 8
TP53
mutasjon (+) serøs).
Deretter de 46 parene av primære og tilbakevendtumorprøver ble sammenlignet for å evaluere samstemmighet av somatiske mutasjoner. De fleste pasientene viste de multiple metastaser og de testede vendende tumorprøver ble oppnådd fra den lokale tilbakefall og fjernmetastaser (tabell 3). Interessant, forekom ingen somatiske mutasjoner i den eneste tilbakevendende tumor hadde ikke påvises i denne OncoMap analyse av EOC (tabell 4). En nesten 100% samstemmighet ble observert ved sammenligning av mutasjoner mellom primære og tilbakevendende svulst par. Den eneste pasient (sak 12) viste en
TP53
mutasjon i primærprøve, men som ikke ble oppdaget i den tilbakevendende prøven. Videre er hyppigheten av mutasjonen påvisning var lik mellom primær og tilbakevendende tumor. Med andre ord, var somatiske mutasjoner ikke påvirket av lokalt tilbakefall eller metastaser i EOC.
Diskusjoner
OncoMap er en optimalisert mutasjon profileringsplattform utviklet for å effektivt analysere mutasjoner i kjente onkogener og tumor suppressor-gener, hvorav mange er kjent for å forutsi reaksjon eller resistens mot målrettet terapi [8]. Vår nåværende versjonen av OncoMap (v.4.4) interrogates 471 mutasjoner i 41 gener som er relevante for kreft. Den OncoMap plattformen kan brukes til å analysere DNA avledet fra både ferskt frosset vev og FFPE-prøver. Sensitiviteten og spesifisiteten av OncoMap var 93,8% og 100%, henholdsvis, i DNA avledet fra ferskt frosset vev, og 89,3% og 99,4%, henholdsvis, i FFPE-avledet DNA [8]. Når FFPE vev blir brukt, sensitiviteten og spesifisiteten til OncoMap er sammenlignbare med resultatene ved bruk av ferskt frosset vev. OncoMap har ikke blitt utviklet for en bestemt type kreft, så det har begrensning som inneholder mange gener ikke å være relevant for en bestemt biologi av hver kreft. Ikke desto mindre er den mest bemerkelsesverdige fordelen med OncoMap at det muliggjør screening av hundrevis av hotspot mutasjoner fra FFPE vev til en rimelig kostnad [8]; Derfor kan denne teknologien gjøre det lettere for klinikere å screene for druggable mutasjoner i ulike kreftformer. OncoMap har allerede blitt rapportert som en pålitelig metode for screening for somatiske mutasjoner i flere solide tumortyper [7], [9] -. [12]
En OncoMap studie ble utført i EOC å identifisere mutasjoner som er druggable med nye biologiske legemidler. Selv om det ikke EOC er kjennetegnet ved spesifikke mutasjoner (bortsett
TP53
, i henhold til TCGA data) [6], er det nødvendig å undersøke de somatiske mutasjoner assosiert med forskjeller i sykdomstilstander. Overall, 31 (33,7%) av 92 FFPE vev vist ved hjelp OncoMap hadde somatiske mutasjoner. Av de EOC prøvene, 20,7% hadde
TP53
mutasjoner, og færre prøver næret
MLH1 plakater (8,7%),
KRAS plakater (6,5%), eller
CDKN2A product: (2,2%) mutasjoner.
TP53
er en tumor suppressor gen som koder for et protein som medierer celle apoptose, og tap-av-funksjon mutasjon av
TP53
er en av de vanligste funksjonene i menneskelige kreft [13]. Fra den første omfattende kartleggingen av
TP53
mutasjonsraten i en homogen gruppe med høy grad av serøs kreftpasienter på eggstokkene, den samlede
TP53
dysfunksjon hastighet nærmet 100% av 123 pasienter. Patogene
TP53
mutasjoner ble identifisert i 96,7% av disse prøvene ved å sekvensere eksoner 2-11 og intron-exon grenser i tumor-DNA [14]. I samsvar med disse publiserte resultater,
TP53
ble mutert i 303 av 316 prøver (95,9%) i TCGA studien [6]. Hyppigheten av
TP53
mutasjon var lavere i vår studie (20,7%) sammenlignet med det som er rapportert i tidligere studier. Siden OncoMap bare undersøker
TP53
mutasjoner ved sju loci og ikke gjenkjenner sletting hendelser, er den lavere prisen av
TP53
mutasjoner observert i denne studien i samsvar med nyere arbeider fra TCGA, som nevnt i en annen studie utført ved hjelp av OncoMap (fig. 2) [10]. Denne tidligere OncoMap studien ble utført på et sett av 203 FFPE avansert iscenesatt høy klasse serøs kreft i eggstokk prøvene i Dana-Farber Cancer Institute, bruker OncoMap v.3.0. Vi brukte en oppgradert plattform av OncoMap (v.4.4) inkludert mer genet og analyser og undersøkt mutasjonen profil fra bare koreanske kvinner; imidlertid hyppig somatisk mutasjon av EOC var ikke særegen å sammenligne tidligere OncoMap studien (Fig. 2). Tallrike studier har evaluert sammenhengen mellom
TP53
mutasjoner i eggstokkreft og prognose. Våre data viste ikke forskjeller i DFS eller OS med hensyn til
TP53
mutasjonsstatus. Selv om det har vært mange rapporter om at tilstedeværelsen av
TP53
mutasjoner er assosiert med prognosen i eggstokkreft, ingen sammenheng mellom
TP53
mutasjon og progresjonsfri eller OS ble funnet i den omfattende kartlegging av
TP53
mutasjon i den aktuelle studien [14]. Det er mulig at det lave antall pasienter med
TP53
mutasjoner kan være tilstrekkelig til å oppdage forskjeller i prognose.
Dette OncoMap v.4.4 studie fra koreanske kvinner avslørte lignende hyppigheten av
TP53
somatisk mutasjon (20,7% vs. 22,7%) og den karakteristiske resultat av
MLH1
mutasjon (8,7% vs. 0%) sammenligner forrige OncoMap v.3.0 studie utført i Dana-Farber Cancer Institute.
i denne studien er det nest vanligste muterte genet i EOC ble
MLH1 plakater (8,7%), som ble ikke funnet å være mutert i de publiserte OncoMap data i høy grad serøs eggstokkreft. Germline mutasjoner i mismatch-reparasjonsgener, inkludert
MLH1
,
MSH2
, og
MSH6
, har blitt identifisert i eggstokkreft pasienter med arvelig non-polypose tykktarmskreft (HNPCC) [15]. En studie som inkluderte 1,893 kvinner med EOC antydet at mindre enn 1% av kvinner med eggstokkreft havn en germline mutasjon i HNPCC gener, og patogene mutasjonsbærere hadde en tidligere gjennomsnittsalder ved diagnose av eggstokkreft, med en større sannsynlighet for en ikke -serous histologi, og et større antall slektninger med HNPCC-relatert kreft [15]. I en meta-analyse, somatiske mutasjoner i
MLH1 Hotell og
MSH2
gener ble funnet å være utbredt i tykk- og endetarmskreft i tillegg en høyere forekomst av somatiske mutasjoner i
MLH1
genet i forhold til
MSH2
genet ble observert i den europeiske gruppen [16]. Men det er ingen rapporter om
MLH1
somatiske mutasjoner i EOC. Dette er den første rapporten detektere somatiske mutasjoner i
MLH1
i sporadisk EOC; Derfor er det ingen uavhengige validerings data tilgjengelig. Det vil være nødvendig å avhøre om
MLH1
somatiske mutasjoner er forbundet med spesifikke eggstokkreft typer.
KRAS
mutasjoner (6,5%) og
CDKN2A
mutasjoner (2,2%) ble også påvist i denne studien. Mutasjoner i
KRAS
genet er en av de hyppigste genetiske avvik i eggstokkreft, og er oftere til stede i carcinoma av en lavere grad og International Federation of gynekologi og fødselshjelp (FIGO) scenen, og i lesjoner av en mucinous histotype [17].
KRAS
mutasjon er assosiert med mucinous differensiering, fordi disse mutasjonene også akkumuleres i mucinkjertler karsinom av andre organer [18], [19]. Tre pasienter hadde
KRAS
mutasjoner, og at to av dem hadde mucinkjertler maligniteter. Videre har det nylig vært vist at pre-invasive tumorer ovarian mucinkjertler er karakterisert av cyklin-avhengig kinase inhibitor 2A (CDKN2A) og Ras pathway avvik [20]. Spesielt, en pasient med en
CDKN2A
mutasjon i vår studie hadde også et
KRAS
mutasjon. Denne studien er den største og høyeste oppløsning analyse av mucinkjertler godartede og borderline tumorer gjort så langt, og gir sterk støtte for hypotesen om at disse lesjonene er forløpere for primær eggstokk mucinous adenokarsinom.
Vi undersøkte genmutasjoner i paret prøver av opprinnelig diagnostisert og tilbakevendende svulster fra 46 kreftpasienter på eggstokkene. Mange onkologer har vært interessert i intratumoral heterogenitet samt intertumoral heterogenitet mellom primære og tilbakevendtumorprøver fra samme pasient. En stor prospektiv studie i brystkreft identifisert en bryter i reseptor status for ER i 10,2% av pasientene, for PR på 24,8%, og for HER2 i 2,9%; Når bryteren står i reseptoren status ført til en endring i den etterfølgende behandlingsplan for 17,5% av pasientene [21]. Forfatterne derfor foreslått at forvaltningen av residiverende brystkreft bør blant annet vevsprøver for å identifisere brytere i ER, PR, eller HER2 status på lokalt residiverende eller metastatisk brystkreft, noe som kan påvirke den planlagte behandlingen. Faktisk har noen rapporter i lungekreft demonstrert uharmoniske mutasjonsmønstre mellom primære og metastatiske svulster og en heterogen fordeling av epidermal vekstfaktor reseptor (
EGFR
) mutasjoner i enkeltsvulster [22] – [25]. Men heterogene mutasjoner i
KRAS Hotell og
TP53
er knappe fordi disse mutasjonene er forbundet med tidlig patogenesen av kreft [26]. I en rapport som ser tumorprøver fra Katalog av somatiske mutasjoner i Cancer (COSMIC) database og Aichi Cancer Center Cohort ble ingen uharmoniske mutasjonsmønstre oppdaget blant 77 parvise primære og metastatiske nettstedet prøver, eller blant 54 primære og tilbakevendende svulst parene [27 ]. Forfatterne konkluderte med at heterogen fordeling av
EGFR
mutasjoner er sjeldne, men fordi mutant
EGFR
alleler selektivt forsterket innen svulster, kan prøvene analyseres av mindre følsomme metoder for påvisning feilaktig synes å være heterogene for
EGFR
mutasjoner
i eggstokkreft, har noen studier vist uharmoniske uttrykket av gener eller protein biomarkører i sammenkoblede primære og residiverende ovarialcancer vevsprøver, målt ved immunhistokjemiske analyser [28] -. [30 ]. Nylig har imidlertid den motsatte data er blitt rapportert at ingen nye mutasjoner oppsto fra diagnose til tilbakefall etter kjemoterapi ved exome sekvensering av matchede prøver fra en pasient, noe som tyder på at mutasjoner som allerede er tilstede i den primære svulsten bidratt til metastase og kjemoterapi motstand [31]. I vår studie, ble en nesten 100% samstemmighet observert i sammenkoblede primære og tilbakevendende prøver. Selv om en pasient viste disharmoni,
TP53
mutasjonen ble oppdaget i den primære prøven, men ikke i den tilbakevendende prøven. Våre funn tyder på at disse genene (
TP53
,
MLH1
,
KRAS, etter og
CDKN2A
) er involvert i tidlig svulst utvikling, som nevnt ovenfor .
Dette OncoMap analyse viste at somatiske mutasjoner var sjeldne i EOC.
TP53
mutasjoner var mest vanlig, i samsvar med publiserte OncoMap og TCGA data, og somatiske mutasjoner i
CDKN2A
,
KRAS
, og
MLH1
var også oppdaget, men på mye lavere priser. Siden det ikke var noen uoverensstemmelse mellom primære og tilbakevendende prøver, vi kunne ikke finne den spesifikke somatisk mutasjon assosiert til svulsten tilbakefall og fjernmetastaser i EOC, blant kjente onkogener og tumorsuppressorgener. For å forstå biologien til tumorresidiv i EOC, flere studier inkludert epigenetiske modifikasjoner eller flere mutasjoner i andre gener er nødvendige. Videre vil fremtidige studier være nødvendig å korrelere tilstedeværelse av
TP53
mutasjoner med den biologiske aktivitet og klinisk prognose av kreft. I tillegg bør ikke-serøse typer EOC analyseres, fordi molekylære hendelser i disse kreftformer kan gi en mulighet for behandling målrettet mot spesifikke mutasjoner og veier. Bedre funksjonell genetikk og sykdom lagdeling i eggstokkreft vil gjøre romanen, målrettet terapeutiske mål og individualiserte behandlinger mulig.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
OncoMap_4.4C består av 439 analyser i 32 separate reaksjoner utviklet for å screene 471 mutasjoner i 41critical gener
doi:. 10,1371 /journal.pone.0099451.s001 plakater (DOC)
