Abstract
Innledning
Forsterkning av fibroblast vekstfaktor reseptor 1 (FGFR1) -genet er blitt beskrevet i tumorer av ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter. Tidligere rapporter viste motstridende priser av forsterkning frekvens og klinisk relevans.
Materialer og metoder
Vi har utviklet en pålitelig sanntid kvantitativ PCR-analyse for å vurdere hyppigheten av FGFR1 forsterkning og vurdert optimalt nivå cutoff forsterkning for klinisk anvendelse.
Resultater
i en trenings kohort av 203 NSCLCs, etablerte vi at en 3,5-fold forsterkning optimalt deles pasienter inn i grupper med ulike overlevelsesraten med en klar terskelnivå. De med FGFR1 forsterkning nivåer over 3,5 ganger hatt en dårligere overlevelse. Disse dataene ble bekreftet i en validerings kohort av 142 NSCLC. Etter å ha justert for alder, kjønn, funksjonsnivå, scene, og histologi, pasienter med FGFR1 forsterkning nivåer over 3,5 ganger hadde en hasardratio på 2,91 (95% CI- 1,14, 7,41, p-verdi-0,025) for døden i valideringen kohort. Satsene for FGFR1 forsterkning ved hjelp av nivået på 3,5 cutoff var 5,1% i plateepitelkarsinom og 4,1% i adenokarsinomer. Det var en ikke-signifikant tendens til høyere presiseringer priser i storrøykere ( 15 stk-års sigarettforbruk). I forhold til lys røykere
Diskusjoner
Våre data tyder på at en 3,5 fold forsterkning av FGFR1 er av klinisk betydning i NSCLC. Vår skjæringspunkt-analyse viste en klar terskeleffekt for virkningen av FGFR1 forsterkning på pasientens overlevelse, som kan brukes som en første guide for pasient seleksjon i forsøkene vurdere effekten av nye FGFR-inhibitorer
relasjon:. Gadgeel SM, Chen W, Cote ML, Bollig-Fischer A, Land S, Schwartz AG, et al. (2013) fibroblast vekstfaktor reseptor en forsterkning i ikke-småcellet lungekreft etter kvantitativ real-time PCR. PLoS ONE 8 (11): e79820. doi: 10,1371 /journal.pone.0079820
Redaktør: A R M Ruhul Amin, Winship Cancer Institute of Emory University, USA
mottatt: 30 juni 2013; Godkjent: 03.10.2013; Publisert: 08.11.2013
Copyright: © 2013 Gadgeel et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Støttet av Department of Defense gi W81XWH-11-1-0050. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere eller utarbeidelse av manuskriptet.
Konkurrerende interesser: Forfatterne har erklært noen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
et paradigmeskifte i forvaltningen av ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter har. vært identifisering av terapeutisk praktisk «driver» genetiske endringer [1]. Antallet av disse genetiske endringer er stadig økende [2]. Men de fleste endringer er identifisert i adenokarsinomer i lungene. Derfor har den terapeutiske virkningen av dette paradigmet skifte vært minimal for pasienter med squamous cell carcinoma i lungene.
Nylig har forsterkning av fibroblast-vekstfaktor-reseptor 1 (FGFR1) genet er blitt beskrevet som et oncogent endring i en undergruppe av plateepitelkarsinom [3,4]. FGFR1 tilhører FGFR familie av reseptorer og er involvert i betennelser, sårheling og embryoutvikling. Siden FGFR familien av reseptorer synes å ha en rolle i mange kreftformer, flere inhibitorer av FGFR utvikles [5]. En enkelt sak rapport har vist at FGFR inhibitor BGJ398 gjorde demonstrere delvis respons hos en pasient med plateepitelkarsinom lungekreft hvis svulsten ble forsterket for FGFR1 [6].
Et viktig aspekt for terapeutisk målretting av genetiske forandringer i lunge kreft er den raske, spesifikk og nøyaktig identifikasjon av endringer i pasientprøver. Mange forskere har benyttet fluorescerende in situ hybridisering (FISH) for å oppdage FGFR1 forsterkning [7-11]. Definisjonen av FGFR1 forsterkning har variert mellom de ulike rapportene. I tillegg er FISH-analyse arbeidskrevende, teknisk komplisert, og leser avhengig. Disse egenskapene begrenser sin kliniske anvendelighet. Vi utviklet en kvantitativ, real-time PCR test, som er lettere å utføre og robust i sin tolkning, for å evaluere NSCLCs for FGFR1 forsterkning og vurdert de kliniske egenskaper og prognostisk betydning av denne genetiske endringer. Vårt endelige mål er å være i stand til å identifisere NSCLC pasienter som kan utlede klinisk nytte FGFR1 hemmere utnytte dette PCR baserte test.
Pasienter og metoder
Prøvetaking og utfall data
Innsamling av biospecimens og resultatdata holdt Helsinki-deklarasjonen og ble godkjent av Wayne State University School of Medicine Institutional Review Board. Tumor materialer som brukes i denne forskningen var fra pasienter som gitt skriftlig informert samtykke. Fresh-frosne vevsprøver ble samlet prospektivt fra pasienter som gjennomgikk en kirurgisk reseksjon for diagnostisert eller mistenkt lungekreft. Alle pasienter som var kandidater for kirurgisk fjerning av deres lungekreft, enten biopsi påvist eller mistenkt, ble gitt samtykke for prøvetaking. Kun pasienter med tumorer ble bekreftet å være NSCLC ble inkludert i denne analysen. Prøver fra pasienter med en endelig diagnose av småcellet karsinom (N = 16) eller en liten cellekomponent av NSCLC (N = 2), karsinoide tumorer (n = 6) eller mesoteliom (N = 3) ble ekskludert. Prøvene ble holdt frosset ved -80 ° C i alikvoter på omtrent 0,1 g. Prøveinnkjøpsfremgangsmåter ble utviklet for å redusere reseksjon til frysing tidsintervall til mindre enn 30 min. Kvaliteten utklippede analytter ble forsikret ved å utføre integritet analyse. Den samlede innkjøp perioden varierte fra 1985 til 2001. Formalin-fiksert og parafininnstøpte prøvene ble anmeldt for å bekrefte diagnose og bestemme tumor celleinnhold. Prøvene ble entydig identifisert ved laboratorie tall som tillot kryssreferanser med kliniske data fra svulsten registeret og diagram anmeldelse uten avsløring av pasientens identitet. Demografiske og kliniske utfall data samlet omfattet fødselsdato, diagnose (definert som datoen for første patologisk verifisering av malignitet), kirurgisk reseksjon (samme som datoen for prøven anskaffelser), og dato for siste oppfølging eller død; kjønn, rase, tumorhistologi, patologisk og klinisk tumorstadium (versjon 6), funksjonsnivå, vekttap (definert som 5% i løpet av de 3 månedene som utgår kirurgi), og selvrapportert røykehistorie (definert som levetid aldri røyker for de som hadde røykt 100 sigaretter, tidligere røyker for de som hadde sluttet sigarettrøyking i mer enn ett år, og røyker for alle andre). En av pasientene som er inkludert i denne analysen hadde preoperativ kjemoterapi og strålebehandling, og en hadde preoperativ stråling. Ingen av pasientene hadde adjuvant behandling. En standardisert protokoll for pasienter oppfølging Evalueringen ble ikke spesifisert.
Prøvene ble delt inn i en trening og ikke-overlappende validering kohort. Detaljene i valideringen kohorten har tidligere blitt rapportert [12].
DNA-ekstraksjon og kvantitativ PCR-analyse
Prøver (~ 100 mg) ble pulverisert med separat, sterilisert, og frossen morter og pistil . DNA ble ekstrahert ved hjelp av plastbasert eller fenol-baserte utvinning teknikker, og prøver ble porsjonert og lagret nedkjølt. DNA kvantitet og kvalitet ble vurdert ved hjelp av Quantifiler
® menneskelig DNA kvantifisering kit (Life Technologies, Carlsbad, California), en tilnærming til å kvantifisere forsterkende DNA til stede i en prøve ved hjelp av en real-time PCR TaqMan
® analyse som mål en 62 basepar sekvens i det humane telomerase-genet. En standardkurve av kjente DNA-konsentrasjoner ble også analysert for sammenligning og kvantifisering av hver DNA-prøve. Sanntids fluorescerende TaqMan
® reaksjon beskrevet av Hied, et al, er avhengig av en hybridiseringsprobe er merket med to forskjellige fargestoffer, en reporter fargestoff (FAM) og en ikke-fluorescerende fargestoff quencher [13]. Når sonden er intakt og ikke utvidet, er den fluorescerende emisjon av reporter fargestoff absorberes av quenching fargestoff. Når sonden er spesifikt bindes til den tilsvarende DNA-targetsekvensen, under forlengelse av PCR-proben spaltes ved den 5′-3 «nukleolytiske aktiviteten til DNA-polymerase. Ved spaltning av sonden, er slukke fargestoff frigjøres fra komplekset resulterer i en økning av reporter fargestoff fluorescerende emisjonsspektra.
Kopier nummeranalyse for det humane FGFR1-genet ble utført ved sanntids-PCR ved anvendelse av to uavhengige TaqMan
® analyser (Life Technologies, Carlsbad, CA) spesifikke for ekson 15 (katalognummer Hs02702320, målretting Chr.8: 38274932 på NCBI bygge 37, overlappende intron 14 – ekson 15 grense innenfor kinase domene region) og exon 19 (katalognummer Hs00237051, målretting Chr.8: 38271828 på NCBI bygge 37, overlappende intron 18 – ekson 19 grense innenfor kinase domene region). Relativ kvantifisering av genkopitallet i kreftprøver ble gjort av Livak (2
-ΔΔCT) metode med CEPH 1347-1302 kontroll DNA og RPLPO som referanse genet (katalognummer 4326314E), begge fra Life Technologies [14]. Den gjennomsnittlige verdien av 3 replikater ble beregnet og brukt som genamplifikasjon nivå.
DNA kvantifisering og kopi nummer TaqMan
® analyser ble kjørt og emisjonsspekter data samlet inn ved hjelp av en Applied Biosystems
® 7900 Real- Time PCR System (Life Technologies).
Statistisk analyse
Den optimale FGFR1 forsterkning terskel for å skille pasienter med lang og kort total overlevelse (OS) ble først bestemt i en trenings kohort og deretter bekreftes en uavhengig og ekstern validering kohort. Det primære endepunktet var OS, definert som tidsintervallet fra dato for diagnose til død uansett årsak. Pasienter som var i live eller tapt for oppfølging ble sensurert på datoen sist sett i live. Pasientenes beskrivende egenskaper ved baseline ble rapportert for trening og validerings kohorter. På grunn av over montering problemet med å identifisere utfallet messig verdi markør cutoff, ble en ti-fold kryssvalidering innenfor trening kohort brukt. I korthet, treningen kullet ble tilfeldig delt inn i 10 deler. Hver gang en porsjon ble satt til side, og de gjenværende ni porsjonene ble brukt til å identifisere den beste cutoff, definert som en som nådde den mest signifikante log-rank test på sammenhengen mellom OS og gruppetilhørighet (forsterket eller ikke-forsterket) blant alle mulige tidsavgrensninger. Den identifiserte beste cutoff ble deretter benyttet for å oppnå en gruppe oppgave for hver av pasientene i brakkparti, som ikke ble anvendt for å bestemme cutoff. Denne prosessen ble gjentatt for hver av de 10 deler, inntil alle pasientene i trening kullet hadde en gruppe oppgave. En log-rank test ble deretter utført på hele opplæringen kohort. Vi gjentok denne prosessen 1000 ganger for å få en fordeling av beste tidsavgrensninger. Den cutoff med høyest frekvens var den siste cutoff som ble testet i valideringen kohort.
Den log-rank test ble benyttet for å bekrefte cutoff i valideringen kohort. En multivariat Cox modellen ble brukt for å vurdere uavhengig prognostisk rolle FGFR1 forsterkning justert for alder, kjønn, funksjonsnivå (PS), scene, og histologisk subtype. PS manglet 10% i valideringsdata, noe som vil redusere størrelsen på utvalget og makt hvis eneste fullførte observasjonene ble analysert. Siden vi mener at PS er fullstendig mangler tilfeldig i denne kliniske sett, endret vi multippel imputering metoden foreslått opprinnelig av Rubin og implementert den i Cox modell for validering av data (15,16). Kort fortalt, vi bare tilregnet de manglende verdiene to ganger (M = 2). En med all den manglende PS tilregnet med 0, og den andre med all den manglende PS tilregnet med 0, den eneste andre valg for dikotomisert PS. Denne modellen gratis multippel imputering tilnærming passer våre behov for å anslå effekten av vår variabel av interesse, den forsterkede eller ikke-forsterket FGFR1, under ekstreme omstendigheter av kovariater. Den estimerte standardavviket er gitt av Rubin formel [15,16]. Alle
p
-verdier var to-sidig med et signifikansnivå på 0,05. Alle beregninger ble utført med R versjon 2.14.0 [17]
Resultater
Kliniske kjennetegn ved trening og validerings kohorter
DNA av tilstrekkelig mengde og kvalitet ble innhentet fra 347 tumor prøver fra pasienter med NSCLC. OS-data var tilgjengelig på 345 pasienter, som har baseline karakteristikker er oppført i Tabell 1. Median alder var 66 år, 66% var menn, og median sigarettforbruket var 50 stk-årene (PY). De fleste (66%) av pasientene hadde stadium I sykdom, og adenokarsinomer (49%) og plateepitelkarsinom (39%) var de store histologiske kategorier. De baseline karakteristikker av trening og validerings kohorter var lik, selv om validering kohorten hadde mer ikke-hvite (p 0,001), verre PS (p 0,001) og litt større median paknings år med røyking (p = 0,033) sammenlignet med . treningen kohorten
Variabel
Training Cohort
Validation Cohort
P-verdi
* product: (n = 203) (n = 142) Alder Median (område) 66,2 (35,0 til 83,8 ) 65,2 (25,8 til 81,9) 0.144Sex Mann 133 (66%) 93 (65%) 1,000 Female70 (34%) 49 (35%) Løps White197 (97%) 125 (88%) 0,001 afrikanske American3 (1% ) 15 (11%) Andre3 (1%) 2 (1%) Histologi Adenocarcinoma98 (48%) 71 (50%) 0,108 Squamous79 (39%) 57 (40%) stor cell15 (7%) 13 (9%) Other11 (5%) 1 (1%) Trinn IA56 (28%) 42 (30%) 0,857 IB83 (41%) 48 (34%) IIA7 (3%) 6 (4%) IIB32 (16%) 27 (19% ) IIIA16 (8%) 12 (8%) IIIB2 (1%) 3 (2%) IV6 (3%) 4 (3%) Performance Status 0147 (72%) 29 (20%) 0,001 144 (22% ) 79 (56%) 21 (mindre enn 1%) 20 (14%) Manglende Data11 (5%) 14 (10%) Vekttap Absent162 (80%) 117 (82%) 0,049 Present28 (14%) 9 (6 %) Manglende Data13 (6%) 16 (11%) Røyking History0.247
** aldri smoker10 (5%) 11 (8%) Lys røyker ( 15 PY) 13 (6%) 3 (2% ) Heavy røyker ( . 15 PY) 163 (80%) 106 (75%) Manglende Data16 (8%) 22 (15%) Tabell 1. Pasient egenskaper product: * Fishers eksakte test for kategoriske variabler og Wilcoxon rang sum test for kontinuerlige variabler alder og pack-årene. ** Fishers eksakte test mellom aldri og stadig røykere. CSV Last ned CSV
samsvar mellom kopiantallet variasjoner (CNV) av ekson 15 og ekson 19 av FGFR1 genet
Vi først vurderes samsvar mellom ekson 15 og ekson 19 CNV for FGFR1 genet ved hjelp av vår nyutviklede real-time PCR-analyse i opplæringen kohort av 203 NSCLC pasienter. Exon 15 CNVs varierte 0,58 til 14,32, ekson 19 CNVs varierte 0,44 til 12,89, og de ble sterkt korrelert (Spearman rank r = 0,918, p 0,001) (figur 1)
Optimal. cut-punktbestemmelse i trenings kullet
Vi deretter bestemmes nivået av exon 15 CNV som produserte den optimale separering av pasienter i opplæringen kullet i grupper med kort og lang OS. Ved hjelp av en CNV terskel på 3,50 resulterte i beste separasjon, med 191 pasienter som har nivåer mindre enn 3,50 og 12 (5,9%) av pasientene som er større enn 3,50. Pasienter med høy CNV hadde signifikant større sannsynlighet for å dø sammenlignet med dem med CNVs under terskelen (HR = 2,19, 95% KI: 1,02, 4,75;
p
= 0,045; figur 2). Justering for kovariatene alder, kjønn, funksjonsnivå, scene, og histologi ga samme skjæringspunkt på 3,50 (figur 2).
Resultater i valideringen kohort
Å bekrefte OS virkningen av CNV terskelen til 3,50, analyserte vi validering kohort av 142 pasienter (ekson 15 CNV utvalg 0,69 til 46,54). Fem pasienter (3,5%) hadde høye nivåer, og 137 hadde lave nivåer. Vi utførte en multivariat Cox regresjonsanalyse justering for de samme kovariatene og var i stand til å bekrefte at pasienter med høye CNVs og en hasardratio for død av 2,91 (95% KI: 1,14, 7,41;
p
= 0,025; Tabell 2). Kaplan-Meier overlevelses estimater demonstrert lenger OS for pasienter med lave CNVs forhold til de med høy CNVs. (
p
= 0,0398, figur 3)
Variabel
Hazard Ratio (95% CI)
p
-verdi
FGFR1 CNV verdi 3,50 (n = 137) Reference0.025 3,50 (n = 5) 2,91 (1,14 til 7,41) Trinn I (n = 90) Reference0. 005 I (n = 52) 1,90 (1,22 til 2,96) Age (som kontinuerlig variabel) 1,01 (0,99 til 1,03) 0.35Sex Mann (n = 93) Reference0.11 Kvinne (n = 49) 0,68 (0,42 til 1,09) Performance Status 0 (n = 29) Reference0.15 0 (n = 113) 1,57 (0,86 til 2,88) Histologi adenokarsinom (n = 71) Annonse Squamous (n = 57) 1,08 (0,69 til 1,68) 0,75 stor celle (n = 13) 1,16 (0,51 -. 2,62) 0,73 Andre (n = 1) NANATable 2. Multivariate Cox modell i valideringen kohort (N = 142)
CSV ned CSV
Frekvens og karakteristikker av pasienter med FGFR1 forsterkning
Vi deretter kombinert trening og validerings kohorter og analysert frekvensen av pasienter med FGFR1 forsterkning (definert som en CNV 3,50) ved baseline (Tabell 3). Den generelle hyppigheten av FGFR1 presiseringer var 4,9% (17/345). FGFR1 forsterkning var hyppigere hos menn (7%) sammenlignet med kvinner (2%),
p
= 0.064. Det var ingen signifikant forskjell i forekomsten av FGFR1 forsterkning mellom adenokarsinomer (4,1%) og plateepitelkarsinom (5,1%). Vi fant ikke statistisk signifikant forskjell for FGFR1 forsterkning mellom svulster hos pasienter med «lys» ( 15 PY) og «tunge» (≥ 15 PY) røyking historier (3% versus 6%), selv om det var en trend mot en høyere rate blant «tunge» røykere. Antallet pasienter som var livstids aldri røykere sammenlignet med stadig røykere med og uten FGFR1 forsterkning var for lavt for et statistisk meningsfylt sammenligning
Variabel
FGFR1 CNV . 3,50
FGFR1 CNV 3,50
p
-verdi
*
Sex Male15 (7%) 211 (93%) 0,06 Female2 (2%) 117 (98%) Løps White17 (5%) 305 (95% ) en afrikansk American0 (0%) 18 (100%) Other0 (0%) 5 (100%) Røyking Historie 15 PY1 (3%) 36 (97%) 0,74 15 PY15 (6%) 255 (94 %) Manglende Data1 (3%) 37 (97%) Histologi Adenocarcinoma7 (4%) 162 (96%) 0,04 Squamous7 (5%) 129 (95%) stor cell0 (0%) 28 (100%) Andre3 (25% ) 9 (75%) Stage I 9 (4%) 220 (96%) 0,29 I8 (7%) 108 (93%) Performance Status 09 (5%) 167 (95%) 0,59 06 (4% ) 138 (96%) mangler data 2 (8%) 23 (92%) Tabell 3. Fordeling av FGFR1 forsterkning hos alle pasienter (N = 345). product: * Fishers eksakte test CSV Last ned CSV
Diskusjoner
evnen til å identifisere og målrette onkogene endringer i NSCLCs har vært et stort fremskritt i behandling av pasienter. Et viktig aspekt ved sette disse molekylære forandringer i klinisk praksis er å utvikle analyser som raskt og pålitelig kan identifisere bestemte avvik i kliniske prøver. Våre resultater tyder på at kvantitativ real-time PCR analyse utviklet kan identifisere svulster med klinisk signifikant FGFR1 forsterkning.
FGFR signalering er aktivert i mange kreftformer, inkludert muntlig plateepitelkarsinom, eggstokkreft, blære, og brystkreft [5,18 -22]. Weiss et al. var blant de første til å rapportere at kromosom 8p12 segmentet, som inkluderer FGFR1 genet, forsterkes i 9,7% av plateepitelkarsinom i lungene [3]. I tillegg til forfatterne rapporterte at pasienter med tumor FGFR1 forsterkning tendens til å ha dårligere overlevelsen, om enn ikke-signifikant. Deres analyse inkludert 77 adenokarsinomer, og de fant FGFR1 forsterkning bare hos 1% av pasientene. De har også analysert et uavhengig sett av 153 plateepitelkarsinom benytter en 8p12 spesifikke FISH sonde og oppdaget FGFR1 forsterkning (definert som 9 kopier i en uspesifisert brøkdel av celler) i 22% av pasientene. Dutt et al. vurdert de 8p11-12 segmentene i over 600 lungekrefttilfellene benytter SNP array-teknologi og fant det forsterket (definert som 3,25 kopiantall variasjon) i 6% av NSCLCs, 21% (12/57) i plateepitelkarsinom og 3,4% (20/588 ) i adenokarsinomer [4]. I tillegg viste de at spredning av NSCLC-cellelinjer med forsterkning som syntes å være avhengig av FGFR1 sti aktivering.
Flere andre forskere har analysert kliniske prøver av NSCLCs for tilstedeværelse av FGFR1 forsterkning av FISH [7-11]. Det er stor variasjon i å definere et positivt resultat i disse rapportene. Men alle rapporterte en betydelig høyere rente i plateepitelkarsinom i forhold til adenokarsinomer. Noen rapporter funnet høyere forekomst hos menn i forhold til kvinner, og noen rapporter funnet FGFR1 forsterkning prognostisk av dårligere overlevelse [8,9]. Dataene om den prognostiske betydningen av FGFR1 forsterkning varierer mellom de ulike studiene; med noen studier som viser en lavere overlevelse [3,7] og andre viser ingen forskjell i utfall [8].
variabilitet FGFR1 forsterkning priser som bestemmes av FISH er knyttet til forskjeller i definisjonen av et positivt resultat og i tolkningen av resultatene. For eksempel, i en analyse av 420 lungekrefttilfellene, en gruppe etterforskere fra Tyskland definert en svulst som svært forsterkes dersom FGFR1 /cent forholdet var ≥ 2,0, gjennomsnittlig antall FGFR1 signaler per tumor cellekjernen ble ≥6, eller hvis store klynger (≥ 15 FGFR1 signaler) ble funnet i ≥ 10% av de telles kjerner. Med disse kriteriene, rapporterte de en FGFR1 forsterkning sats på 16% [11].
FISH analyse er arbeidskrevende, teknisk komplisert, og leseren avhengige. Alt er egenskaper som begrenser den kliniske anvendelighet. Vi laget derfor en analyse som vurderer FGFR1 genamplifikasjon av sanntids kvantitativ PCR, som er teknisk mindre komplisert, automatisert, kvantitativ, og uavhengig av leserens tolkning. Vår undersøkelse viser at en 3,5-fold forsterkning av FGFR1 genet var prognostisk av dårligere overlevelse. I tillegg foreslår vår optimale skjæringspunkt analyse at det er en klar terskel (fig. 2) for interaksjonen mellom genamplifisering og overlevelse; dvs. forblir hazard ratio ca 1.0 for forsterkning nivåer under 3,0 ganger og holder seg på omtrent 2,5 ganger for nivåer over 3,5 ganger. Ved hjelp av dette skjæringspunkt, frekvensen av FGFR1 forsterkede svulster var 5,1% i plateepitelkarsinom. Denne prisen er lavere enn det som er rapportert i andre manuskripter på grunn av en høyere skjæringspunkt nivå. For eksempel, hadde vi satt skjæringspunkt til en 2,0-fold forsterkning, ville 19% (26/136) av plateepitelkarsinom har vært positive. Selv om dette forsterkning rate er mer i samsvar med tidligere rapporter, hadde vi ikke velger å bruke dette nivået fordi den mangler prognostisk klinisk nytte. Interessant, The Cancer Genome Atlas forskning (TCGA) nettverk rapporterte nylig en omfattende analyse av genomisk og epigenomic endringer i 178 plateepitelkarsinom i lungene, og fant at frekvensen av FGFR1 forsterkning var 7% [23]. Dermed våre resultater er lik de TCGA funnene.
Vi fant ikke signifikant forskjell i forekomsten av FGFR1 forsterkning mellom plateepitelkarsinom og adenokarsinomer som tidligere rapportert [3,4]. Dette kan forklares med seleksjonsskjevhet, forskjeller i teknologi og skjæringspunkt definisjoner, variasjon i histologisk tolkning, eller effekten av røyking historie. Noen rapporter har antydet at frekvensen av FGFR1 forsterkning er høyere hos røykere, og presiseringer kan ikke observert hos ikke-røykere [7]. Vi observerte en trend mot en høyere rate av FGFR1 forsterkning i «tunge» røykere sammenlignet med «lys» røykere. Det er mulig at frekvensen av FGFR1 forsterkning er relatert til røyking historie, spesielt langvarig røyking, noe som kan forklare det som oppfattes tilknytning til plateepitelkarsinom, siden det er dette undertype som er tettest forbundet med sigarettforbruk. Vår rente på 4,1% FGFR1 forsterkning i adenokarsinomer er lik frekvensen av forsterkning påvist i andre publikasjoner [3,11].
Identifiseringen av FGFR som en potensiell «driver» av kreft har ansporet interesse for utvikling av hovedbane hemmere. Pågående studier vurderer rollen som FGFr hemmere i svulster med FGFR1 aktivering, inkludert plateepitelkarsinom i lungene. Nylig, Wolf et al. rapporterte en bekreftet respons på BGJ398, en FGFR-inhibitor, i en squamous cell carcinoma pasient med tumor hadde en FGFR1 /CEP8-forhold på 2,6 ved FISH [6]. Enten vår kvantitativ PCR analysen kan brukes til å forutsi responser til FGFR-inhibitorer gjenstår å fastslå, som gjør den optimale skjæringspunkt for å forutsi responsen. Men våre data tyder på at en 3,5-fold forsterkning er en rimelig foreløpig utgangspunkt.
I konklusjonen, har vi utviklet en kvantitativ real-time-PCR-analyse for rask og pålitelig bestemmelse av FGFR1 forsterkning i vevsprøver. Våre data tyder på at en 3,5-fold forsterkning er av klinisk betydning i NSCLC siden pasienter med høyere nivåer har kortere overlevelse enn de med lavere nivåer. Hyppigheten av presiseringer over dette nivået er 5,1% i plateepitelkarsinom og 4,1% i adenokarsinomer. Vår skjæringspunkt analyse antyder at det er en klar terskel effekt for virkningen av FGFR1 forsterkning på pasientenes overlevelse.
Takk
Forfatterne ønsker å takke de pasientene som samtykket til å gi svulst materiale som ble brukt i denne studien.
