Abstract
Interferon (IFN) signalering har blitt foreslått å spille en viktig rolle i kolorektal kreftutvikling. Vår studie forsøkte å undersøke potensielt funksjonelle genetiske varianter i interferon regulerende faktor 3 (
IRF3
),
IRF5
,
IRF7
, type I og type II
IFN
og deres reseptorgenene med hensyn til tykktarmskreft (CRC) risiko og klinisk utfall. Til sammen 74 enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) ble dekket av de 34 SNPs genotypet i en sykehusbasert case-control studie av 1327 CRC tilfeller og 758 friske kontroller fra Tsjekkia. Vi har også analysert disse SNPs i forhold til total overlevelse og overlevelse i en undergruppe av 483 pasienter. Syv SNPs i
IFNA1
,
IFNA13
,
IFNA21
,
IFNK
,
IFNAR1 Hotell og
IFNGR1
var assosiert med CRC risiko. Etter flere tester korreksjon, de assosiasjoner med SNPs rs2856968 (
IFNAR1
) og rs2234711 (
IFNGR1
) forble formelt signifikant (
P
= 0,0015 og
P
0,0001, henholdsvis). Multivariable overlevelse analyser viste at SNP rs6475526 (
IFNA7 /IFNA14
) var assosiert med total overlevelse av pasientene (
P
= 0,041 og overlevelse hos pasienter uten fjernmetastaser på tiden diagnose,
P
= 0,034). Fareforhold (HRS) for rs6475526 fortsatt statistisk signifikante, selv etter justering for alder, kjønn, klasse og scene (
P
= 0,029 og
P
= 0,036, henholdsvis), noe som tyder på at rs6475526 er en uavhengig prognostisk markør for CRC. Våre data tyder på at genetisk variasjon i IFN signalveien gener kan spille en rolle i etiologien og overlevelse av CRC og videre studier er garantert
Citation. Lu S, Pardini B, Cheng B, Naccarati A, Huhn S, Vymetalkova V, et al. (2014) enkeltnukleotidpolymorfi innenfor Interferon signalveien Gener er forbundet med tykktarmskreft Følsomhet og overlevelse. PLoS ONE 9 (10): e111061. doi: 10,1371 /journal.pone.0111061
Redaktør: Christophe Lamaze, Institut Curie, Frankrike
mottatt: 03.06.2014; Godkjent: 18 september 2014; Publisert: 28 oktober 2014
Copyright: © 2014 Lu et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet:. Den forfatterne bekrefter at alle data som underbygger funnene er fullt tilgjengelig uten restriksjoner. Alle relevante data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering:. Denne studien ble støttet av Grant byrå i Tsjekkia (GACR) [CZ: GACR: GA P304 /10/1286 og P304 /12/1585] og COST Handling BM1206. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
tykktarms~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP (CRC) er en viktig bidragsyter til kreftforekomst og død, med mer enn 1,3 millioner nye tilfeller resulterer i rundt 694 000 dødsfall i 2012 på verdensbasis (https://globocan.iarc.fr/Default.aspx ). Ernæring, livsstilsfaktorer og miljø [1], samt genetiske hendelser har vært innblandet både i årsaks av CRC og overlevelse av pasienter etter diagnose av CRC [2], [3]. Så langt har 50 enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) ligger i 40 loci vært forbundet med risiko for CRC av genom-wide assosiasjonsstudier (GWASs, https://www.genome.gov/gwastudies/, [4] – [6 ]). Selv om molekylære markører har blitt foreslått for oppfølging av behandlede CRC pasienter, er deres fullstendig klinisk anvendelse under evaluering. Clinicopathologic scenen er fortsatt den viktigste prognostiske markør som brukes i klinisk praksis.
betennelsesreaksjoner spiller en avgjørende rolle i kolorektal kreftutvikling. Flere studier, selv om det ikke er noen GWAS, har rapportert SNP’er i immunrelaterte gener for å være forbundet med risiko CRC eller prognose [7] – [10]. Interferoner (IFN) er immun-relaterte proteiner produsert og utgitt av vertsceller som respons på nærværet av patogener. IFN-mediert signalering har en rekke funksjoner, blant annet antiviral og antimikrobiell respons, antiproliferation, immunmodulering og apoptose [11], [12]. Det er to hovedklasser av IFN, type I og type II. De to type I IFN, IFNa og IFNb, har blitt rapportert å ha en effekt på tumor undertrykkelse og antiviral immunforsvaret gjennom induksjon av p53 svar [13]. IFNg, den eneste type II IFN, har blitt foreslått å spille en viktig rolle i forstyrrelse av tarm epitel barrierefunksjon [14], [15]. Det har også blitt identifisert som et viktig modulator av immunrelaterte gener, slik som toll-lignende reseptor (3
TLR3
), genet som viste sammenheng med CRC overlevelse i vårt tidligere studium [8]. Interferon regulatoriske faktorer (IRFs) regulerer IFN og noen IFN-induserbar onkogener ved å fungere som transkripsjons formidlere av patogener og IFN-induserte signalveier. Interferon-reseptorer er viktige for IFN å utøve sine biologiske virkninger [11], [12]. Alt type I IFN bindes til en reseptor sammensatt av to subenheter, IFNAR1 og IFNAR2, mens type II-interferon IFNg binder seg til en annen dimer reseptor sammensatt av IFNGR1 og IFNGR2.
Hittil få studier har undersøkt sammenhengen mellom genetiske varianter i IFN signalveien og CRC. En tidligere studie undersøkte genetiske variasjonen i
IFNg, IFNGR1, IFNGR2 Hotell og IRF1-9 med risiko og overlevelse av tykktarm og endetarmskreft [16]. I denne studien ble tagSNP tilnærming anvendt; flere SNPs i
IRFs, IFNg Hotell og dets reseptorer ble funnet å være assosiert med CRC risiko eller overlevelse [16]. For ytterligere å undersøke hvilken rolle genetiske varianter i IFN signalveien gener i CRC, genotypet vi et sett av potensielt funksjonelle SNPs i
IRF3, IRF5, IRF7, IFNa, IFNb, IFNE, IFNK, IFNW, IFNg, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1 Hotell og
IFNGR2
gener i en case-control studie av 1327 CRC pasienter og 758 friske kontroller fra Tsjekkia og evaluert deres tilknytning til CRC mottakelighet, progresjon, og prognose.
Materialer og metoder
Etikk uttalelse
Alle deltakerne ga skriftlig informert samtykke til bruk av sine prøver for forskningsformål. Studien ble godkjent av de etiske komiteer av de deltakende instituttene, Institutt for eksperimentell medisin, Academy of Sciences i Tsjekkia, Praha, Tsjekkia og Institutt for klinisk og eksperimentell medisin og Fakultet Thomayer Hospital, Praha, Tsjekkia.
Study befolkningen
saken gruppen inneholdt 1327 CRC pasienter rekruttert mellom årene 2004 og 2010 av flere onkologiske avdelinger i Tsjekkia [17]. Deres gjennomsnittsalder (± standardavvik) var 62,1 (± 10,7) år, og 61,7% av dem var menn. Pasientene viste positive colonoscopic resultater for malignitet, histologisk bekreftet som kolon eller endetarms karsinomer. Pasienter som oppfylte Amsterdam kriteriene I eller II for arvelig nonpolyposis tykktarmskreft ble ikke inkludert i studien [18]. Generell informasjon om kjønn og alder ved diagnose var tilgjengelig for alle pasienter. For 483 fortløpende rekruttert, hendelses tilfeller diagnostisert mellom 2003 og 2010, kliniske data på diagnosetidspunktet, herunder plassering av svulsten (tykktarm /endetarm), International Union mot Kreft (UICC) TNM stadium klassifisering [størrelse eller direkte omfanget av primær tumor (T), grad av spredning til regionale lymfeknuter (N), tilstedeværelse av metastaser (M)] og klasse var tilgjengelige (tabell 1). Informasjon om fjernmetastaser, tilbakefall og dødsdato ble også samlet inn, med en oppfølging til 31. august 2011.
Kontrollgruppen inneholdt 758 friske personer rekruttert av en blod-donor senter i ett sykehus i Praha [19]. Disse sykdomsfrie individer representerer den generelle befolkningen i Tsjekkia, som har en genetisk ganske ensartet befolkning [20] – [22]. Deres gjennomsnittsalder (± standardavvik) var 45,6 (± 8,3) år, og 56,2% av dem var menn.
SNP utvalg
20 kandidat gener ble valgt ut fra IFN signalveien basert på deres foreslått funksjonell rolle i CRC årsaksforhold og overlevelse, inkludert
IFNa (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17, og 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1 , IFNAR2, IFNGR1
, og
IFNGR2 product: [8], [13] – [15], [23] – [28]. Hele 34 SNPs, som fanget 74 potensielt funksjonelle SNPs, ble valgt for genotyping i disse genene fra den internasjonale HapMap Project (https://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov) og NCBI databasen (http: //www .ncbi.nlm.nih.gov) (tabell 2), basert på følgende kriterier: minor allel frekvens (MAF) ≥10% i europeere; plassering innenfor det kodende område (ikke-synonyme SNP’er), de 5 «og 3» utranslaterte regioner (UTR) og promoteren (opp til omtrent 1 kb fra transkripsjonsstartsetet); parvise koblingsulikevekt (LD, r
2≤0.80) mellom SNPs i Utah innbyggere med Nord- og Vest-europeisk opphav fra CEPH samling (CEU). SNPnexus (https://snp-nexus.org/) ble brukt til å forutsi funksjonelle konsekvenser av de valgte SNP. For de SNPs rs2856968, rs2243711 og rs6475526 (inkludert SNPs fanget av disse SNPs), som er forbundet med CRC risiko eller overlevelse, vi også brukt flere web-baserte verktøy [HaploReg v2 (https://www.broadinstitute.org) og SNPinfo Web Server (https://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/snpfunc.cgi)] for å forutsi deres effekt på potensielle regulatoriske elementer.
Genotyping
i dette prosjektet ble hele genomet forsterket (WGA) DNA fra perifert blod leukocytter brukes [29], [30]. Den genotyping ble utført blindet av case-kontrollstatus for hver prøve. Den KASP allelisk diskriminering metode (LGCgenomics, Middelsex, UK) ble brukt til å genotype de valgte SNP. DNA-amplifikasjon ble utført i henhold til LGCgenomics «PCR-betingelser. Genotype påvisning ble utført ved hjelp av en ABI PRISM 7900HT Sequence Detection system med SDS2.4 programvare (Applied Biosystems). Prøvesettet inneholdt 138 dupliserte prøvene som kvalitetskontroller. Genotypen korrelasjon mellom duplikatprøvene var 99%. Genotype takst varierte mellom 97,0 og 99,5%.
Statistisk analyse
De observerte genotypefrekvensene i kontrollene ble testet for Hardy-Weinberg likevekt (HWE) ved hjelp av chi-kvadrat test. Odds ratio (ORS) og 95% konfidensintervall (CIS) for assosiasjoner mellom genotyper og CRC risiko ble beregnet ved logistisk regresjon (PROC LOGISTIC, SAS versjon 9.2, SAS Institute, Cary, NC), og justert for alder og kjønn. For å ta høyde for flere tester, ble SNP Spectral Nedfall (SNPSpD) metode for multilocus analyser brukt [24], [31] _ENREF_31. For en polymorfisme med en variant allel frekvens mellom 10 og 50%, studiet hadde mer enn 90% styrke til å påvise en OR på 1,50 på et signifikansnivå på 0,05 (PS-programvare for makt og utvalgsstørrelse beregning, http: //BioStat .mc.vanderbilt.edu /twiki /bin /view /Main /PowerSampleSize). I denne studien analyserte vi total overlevelse i gruppen av 483 fortløpende rekruttert, hendelses CRC tilfeller diagnostisert mellom 2003 og 2010, med dato for død eller slutten av studien (31 august 2011) som sluttpunktet for oppfølging. Median oppfølgingstid for de 483 pasientene var 58 måneder. For overlevelse hos pasienter med ikke-metastatisk sykdom ved diagnosetidspunktet (n = 325), ble datoen for fjernmetastaser, tilbakefall, død eller slutten av studien brukes som endepunktet for oppfølging. Overlevelse ble definert som tiden fra kirurgi til forekomst av fjernmetastaser, tilbakefall eller død, avhengig av hva som kom først. Median oppfølgingstid var 55 måneder. Overlevelseskurver for total og overlevelse ble avledet av Kaplan-Meier-metoden (PROC LIFETEST, SAS versjon 9.2) og sammenlignet ved bruk av log-rank test. Den relative risikoen for død ble estimert som hazard ratio (HR) ved hjelp av Cox regresjon (PROC PHREG, SAS versjon 9.2). Multivariable overlevelse analyser ble justert for alder, kjønn, T, N, M, TNM stadium og klasse for seg, og i en endelig modell for alder, kjønn, tumor beliggenhet, TNM stadium og klasse. Covariables ble stratifisert for i analysen hvis de ikke oppfyller proporsjonal farer antakelsen.
Resultater
Til sammen 74 SNPs med MAF ≥10% i CEU befolkningen ble plassert innenfor regioner av interesse (promoter, 5 «og 3’UTR, ikke-synonyme SNP’er) av de 20 gener
IFNa (1, 2, 4, 5, 7, 8, 13, 16, 17, og 21), IFNB1, IFNK, IFNW1, IRF3, IRF5, IRF7, IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1 Hotell og
IFNGR2
. Fra disse ble 34 SNP’er valgt for genotyping basert på LD (R «> 2≤0.80) (tabell 2). Alt
IFNa
gener samt
IFNB1
,
IFNK Hotell og
IFNW1
gener er plassert på samme locus på 9p21.3. Således, selv om SNP ble valgt på grunnlag av deres potensial funksjonell virkning på et bestemt gen, kan de fange opp, og således gi informasjon om andre SNP’er og andre gener på samme locus, som vist i tabell 2 og figur S1. Genotypen fordelingen av alle 34 genotypet polymorfismer var i overensstemmelse med HWE i kontrollgruppen (
P
0,05). De MAFs i kontrollgruppen befolkningen var lik de som er rapportert av HapMap prosjekt for CEU befolkningen (tabell 2).
Syv SNPs ble assosiert med CRC mottakelighet
Mindre allel bærere av
IFNA13
promoter SNP rs641734, og
IFNA21
3’UTR SNP rs2939, hadde en redusert risiko for CRC, mens de mindre allel bærere av
IFNA1
missense SNP rs33965070,
IFNK
3’UTR SNP rs700782,
IFNAR1
3’UTR SNP rs2834202,
IFNAR1
SNP rs2856968, som ble genotypet i stedet for arrangøren SNPs i det samme genet, og
IFNGR1
5’UTR SNP rs2234711 hadde en økt risiko for CRC (tabell 3). Disse foreningene ikke avviker med svulst beliggenhet ved kolorektalcancer (data ikke vist). For å korrigere for flere tester, brukte vi SNPSpD tilnærming. Studien messig effektiv antall uavhengige markører M
eff ble beregnet til å være 27, som ga betydningen terskelen til 0,0019. Dermed assosiasjoner med SNPs rs2856968 (
IFNAR1
) og rs2234711 (
IFNGR1
) forble formelt signifikant (
P
= 0,0015 og
P
0,0001, henholdsvis). De andre genotypet SNPs var ikke forbundet med CRC risiko (tabell S1).
To SNPs ble assosiert med CRC overlevelse
I univariable analyse, følgende parametre ble assosiert med total overlevelse rate: kjønn, størrelse eller direkte omfanget av primærtumor (T), grad av spredning til regionale lymfeknuter (N), tilstedeværelse av metastaser (M), TNM stadium og svulst klasse (tabell S2). Interessant, SNP rs6475526, ligger ca 2,2 kb 5 «av
IFNA14 Hotell og genotypet i stedet for
IFNA7
promoter SNPs, og
IFNA21
promoter SNP rs7047687, viste en assosiasjon med total overlevelse blant 483 pasienter med oppfølgingsdata (HR 1,33, 95% KI 1,01 til 1,74 og HR 0,77, 95% KI 0,59 til 0,99, henholdsvis) (Tabell 4, Tabell S3) og SNP rs6475526 også med event- overlevelse blant pasienter uten fjernmetastaser ved diagnosetidspunktet (HR 1,51, 95% CI 1.3 til 2.21) (tabell 4). Videre, i forhold til GG genotype bærer, bærer AA av
IRF5
SNP rs11770859 hadde en bedre total overlevelse (HR 0,67, 95% KI 0,47 til 0,96). Kaplan-Meier overlevelseskurver som representerer den samlede og overlevelse priser av pasientene i henhold til deres rs6475526 genotyper og den generelle overlevelse for pasientene i henhold til deres rs7047687 genotyper er presentert i Figur 1. Overlevelses forskjeller mellom bærere av ulike genotypene var statistisk signifikant med log-rank p-verdier på 0,04, 0,03 og 0,04, henholdsvis. Foreningene var sterkest blant stadium 1 pasienter: HR for total overlevelse var 4,04 (95% KI 1,13 til 14,53) for SNP rs6475526 og 0,29 (95% KI 0,10 til 0,83) for
IFNA21
SNP rs7047687; HR for overlevelse var 3,78 (95% KI 1,27 til 11,67) for SNP rs6475526 (tabell S4). Imidlertid bør disse resultatene tas med forsiktighet på grunn av lite antall pasienter som døde (11/29 og 6/34 variant allel bærere av scenen 1 pasienter, henholdsvis), og fordi HRS blant trinn 2, 3 og 4 pasienter var ligner på de som for alle 483 pasienter (tabell S4). Dessuten ble det ikke observert forskjeller i total overlevelse mellom pasienter med grad 1 + 2 og klasse 3 + 4 svulster eller mellom pasienter uten (M0) og med fjernmetastaser (M1). Stratifisert analyse ifølge svulst plassering viste at verre total overlevelse av SNP rs6475526 var begrenset til pasienter med endetarmskreft (HR 2,10, 95% KI 1,31 til 3,36, tykktarmskreft HR 1,01, 95% KI 0,72 til 1,42), den samme tendensen var observerte også for overlevelse (endetarmskreft HR 1,90, 95% KI 1,06 til 3,40, tykktarmskreft HR 1,27, 95% KI 0,77 til 2,10). (tabell S4)
(A) Total overlevelse blant alle pasienter med kolorektal kreft (rs6475526, n = 465). (B) overlevelse blant pasienter uten fjernmetastaser ved diagnose (rs6477526, n = 310). (C) Total overlevelse blant alle pasienter med kolorektal kreft (rs7047687, n = 464).
I multivariat analyse, HRS for rs6475526 forble statistisk signifikant etter justering for alder, kjønn, tumor beliggenhet og TNM stadium (total overlevelse HR 1,38, 95% KI 1,04 til 1,84, overlevelse HR 1,55, 95% KI 1,03 til 2,32). (tabell 4)
Diskusjoner
IFN -signaling system kan spille en kritisk rolle i karsinogenese av CRC ved å regulere immunresponser i løpet av betennelse og det kan i tillegg påvirke overlevelsen av CRC-pasienter [8], [13] – [16], [20], [25]. I denne genetiske tilknytningen studien undersøkte vi assosiasjoner mellom 34 SNPs fange 74 potensielt funksjonelle SNPs i IFN-signalanlegget gener og CRC risiko og klinisk utfall. To SNPs ligger i
IFNAR1 Hotell og
IFNGR1
gener viste en sammenheng med CRC risiko. I multivariat overlevelsesanalyse, SNP rs6475526, ligger ca 2,2 kb
IFNA14 Hotell og fange to promoter SNPs i
IFNA7
, var assosiert med total overlevelse og også med overlevelse av ikke -metastatic CRC pasienter. Disse SNPs sammen med andre vanlige variantene identifisert av GWASs og kandidat genet studier kan påvirke CRC risiko og klinisk utfall.
IFNAR1
har nylig blitt foreslått som en roman kandidat CRC tumorsuppressorgenet [ ,,,0],21]. IFNAR1 har også blitt rapportert å spille en viktig rolle i utviklingen av tidlig debut CRC, hvilket antyder en rolle i genetisk predisposisjon [23]. Polymorfismer i
IFNAR1
har også blitt rapportert å være assosiert med mottakelighet av multippel sklerose, leverkreft og utfallet av hepatitt B-virus infeksjon [32], [33]. I vår studie ble mindre allel av rs2856968 i intron av
IFNAR1
forbundet med økt risiko for CRC. Denne polymorfisme fanget tre promoter SNPs rs2843710, rs17875753 og rs17875752 med høy LD (D «= 1, r
2 = 1). Rs2843710 ligger i bindingssetet av protein-polymerase (DNA-rettet), epsilon, katalytisk subenhet (pol), som har blitt rapportert å være assosiert med kolorektal kreft [26], [34]. Kombinert med de tidligere rapporterte sammenslutninger av
IFNAR1
med tidlig debut CRC og effekter av
IFNAR1
på apoptose og p53 signalveien i CRC celler [13], [21], [23], våre data støtter rollen som
IFNAR1
i CRC årsakssammenheng.
IFNGR1 protein er en forutsetning for oppstart av IFNg signale [35]. Redusert ekspresjon av IFNGR1 har blitt rapportert å være assosiert med clinicopathologic egenskapene av spiserørskreft [36] og prognose av kreft i eggstokkene [37]. Publiserte studier har rapportert at polymorfismer i
IFNGR1
er signifikant assosiert med mottakelighet av kronisk hepatitt B-virus infeksjon, tidlig magekarsinom og endetarmskreft [16], [38], [39]. I denne studien har vi funnet mindre allel av rs2234711 i formidler av
IFNGR1
å være forbundet med en økt risiko for CRC. Rs2234711 har også blitt rapportert å være assosiert med den følsomhet av tidlig magekreft, kronisk hepatitt B-virusinfeksjon og cerebral malaria [38] – [40]. En tidligere studie indikerte at rs2234711 kan ha funksjonelle effekter på stimulering av B-cellelinjer, og C-allelet ble assosiert med redusert
IFNGR1
genaktivitet, men i en kontekst-avhengig måte [41]. Rs2234711 ligger i nærheten av et aktiverende protein (AP) -2 /AP-4 konsensus-bindingssete [42] og overekspresjon av AP-2α har vist seg å redusere ekspresjonen av
IFNGR1
og for å inhibere IFNg signale [35 ]. Videre er rs2234711 ligger i bindingssetet av POLB, som har vært forbundet med CRC [43], [44]. Sammen med bevis ovenfor våre funn foreslo at de funksjonelle varianten rs2234711 kan ha en effekt på CRC kausalitet gjennom regulering av uttrykk eller funksjon av
IFNGR1
.
Vår studie foreslått en sammenslutning av
IFNa
SNPs med klinisk utfall av CRC. Basert på våre data, kan SNP rs6475526 være forbundet med generelle og overlevelse av CRC pasienter. Foreningene forble statistisk signifikant etter justering for kjente prognostiske markører, noe som tyder på at rs6475526 er en uavhengig prognostisk markør. Rs6475526 (ca 2,2 kb 5 «av IFNA14) er å fange to
IFNA7
promoter SNPs rs7045980 og rs7046208 med høy LD (D’≥0.97, r
2≥0.85). Ifølge SNPinfo webserver, er alle disse SNPs ligger i nærheten flere transkripsjonsfaktor bindingsseter og kan dermed påvirke transkripsjonen aktivitet. Tidligere studier har rapportert at IFNa-uttrykkende tumorceller forbedre genereringen og fremme overlevelse av tumorspesifikke cytotoksiske T-lymfocytter [45], og at IFNa forbedrer den anti-proliferative effekt av EGFR-inhibitorer i CRC-cellelinjer [27], [28]. Våre funn gir romanen bevis for rollen som IFNa i CRC progresjon og overlevelse.
I forhold til forrige undersøkelse, som undersøkte foreningen av tagSNPs i
IFNg
,
IFNGR1
IFNGR2 Hotell og
IRF1-9
med risiko og overlevelse av tykktarm og endetarmskreft [16], vår studie fokusert på potensielt funksjonelle SNPs og dekket i tillegg til
IRFs
,
IFNg Hotell og dets reseptorer også andre
IFN
og deres reseptorer. Seks gener,
IFNg, IFNGR1, IFNGR2, IRF3, IRF5 Hotell og
IRF7
, var vanlig i disse to studiene. I motsetning til forrige undersøkelse, som rapporterte mange assosiasjoner både med tykktarms- og endetarmskreft risiko og overlevelse, observerte vi bare to foreninger med CRC risiko og en tilknytning til overordnet og overlevelse. Den eneste genet viser foreningen i begge studiene var
IFNGR1
, men de SNP rs2234711 som ble assosiert med CRC risiko i vår studie, ble ikke dekket av noen tagSNP i forrige undersøkelse. For risikoanalysen, begge studiene var stort [Slattery et. al. sak /kontroll, 1555/1956 (tykktarmskreft), 754/959 (endetarmskreft); vi 1327/758 (CRC)]. Det kan være små forskjeller i opprinnelsen av deltagerne, med vår studie kommer fra en genetisk ganske ensartet tsjekkiske befolkningen [22], mens rekrutteringen område av studien med Slattery et. al. var Nord-California og Utah, herunder også noen 10-20% av spanske, Black og asiatiske deltakere. For overlevelse analyse, studiene hadde sammenlignbare oppfølgingstiden, men samtidig Slattery et. al. hadde oppfølging for alle pasienter, hadde vi det bare for 483 pasienter, som redusert vår makt for å oppdage små foreninger. Men sikres det at bare nylig diagnostisert CRC tilfeller (innen ett år etter diagnose før påmelding for denne studien) ble inkludert i vår studie, med unntak av en overlevelse bias. For denne undergruppen, nesten komplett kliniske data var tilgjengelige, slik at evalueringen av SNPs som uavhengige prognostiske markører.
GWASs hovedsakelig beskrive bare de mest robuste foreninger, noe som kan være grunnen til at de ikke har rapportert noen assosiasjoner mellom CRC og interferon sti gener. Den tagSNP tilnærming, som brukes i GWAS, er tenkt som en metode med maksimal SNP prediksjon nøyaktighet, men det dekker ikke alle SNPs i de regulatoriske regioner. Totalt 74 SNPs i regulerings- og kodende områder av genene ble dekket av vår studie. Men på grunn av utvalgsstørrelsen restriksjoner, konsentrerte vi på SNPs med MAF ≥10% i europeere og på SNPs ligger i de grunnleggende regulatoriske regioner. Det er mulig at SNPs med lavere MAF eller SNPs i fortsatt ukjent regulatoriske regioner av de studerte gener, slik som forsterker og lyddemper regioner, kanskje også modulere CRC følsomhet eller overlevelse.
I sammendraget, våre resultater, sammen med forrige undersøkelse av Slattery et. al. tyder på at genetisk variasjon i signalveien IFN-gener spiller en rolle i etiologien og overlevelse av CRC. De sterkeste funnene i vår studie inkluderte sammenslutninger av SNPs i
IFNAR1 Hotell og
IFNGR1
med mottakelighet for CRC, og av SNPs i
IFNA7 /IFNA14
med overlevelsen av CRC pasienter. Validering av våre funn og undersøkelser av nye genetiske varianter i store, uavhengige populasjoner oppfordres.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Haploview koblingsulikevekt (LD) mønster av interferon alfa-regionen på kromosom 9p21.3 viser parvise LD verdier r
2 mellom SNPs. Bare SNPs med den mindreårige allelfrekvens 10% i Utah beboere med Nord- og Vest-europeisk opphav (CEU) fra CEPH samlingen i 1000 genomer prosjektet vises. Intensiteten av grå farge fra hvit (r
2 = 0) til svart (r
2 = 1) indikerer omfanget av LD. De to
IFNA7
promoter SNPs rs7045980 og rs7046208 fanget av rs6475526 (2,2 kb
IFNA14
) er omgitt av en rød linje
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111061.s001 product: (PNG)
Tabell S1.
Association of alle evaluerte SNPs med kolorektal kreft følsomhet i hele studiepopulasjonen av 1327 tilfeller og 758 kontroller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111061.s002 plakater (DOC)
Tabell S2.
Univariable analyse av tykktarmskreft overlevelse og kjente prognostiske faktorer
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111061.s003 plakater (DOC)
tabell S3.
Association of alle evaluerte SNPs med kolorektal kreft total overlevelse for alle pasienter og overlevelse hos pasienter uten fjernmetastaser ved diagnosetidspunktet
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111061.s004 product: ( DOC)
Tabell S4.
Stratifisert analyse av rs6475526, rs7047687 og rs11770589 for total overlevelse og rs6475526 for overlevelse blant pasienter uten fjernmetastaser ved diagnosetidspunktet
doi:. 10,1371 /journal.pone.0111061.s005 product: ( DOC)
