Abstract
O
6-metylguanin-DNA metyltransferase (MGMT) er en av de store DNA-reparasjon protein motvirker alkalyting middel-indusert DNA skade ved å erstatte O
6-metylguanin (mutagene lesjon) tilbake til guanin, slutt å undertrykke mismatch feil og dobbel tråd tverrbindinger. Exonic endringer i form av nukleotid polymorfisme kan resultere i endrede proteinstruktur som i sin tur kan føre til tap av funksjon. I denne studien har vi fokusert på befolkningen fryktet for høy eksponering for alkylerende midler på grunn av sine typiske og spesialiserte kostvaner. For dette formål, mage kreftpasienter samlet ut fra populasjonen ble valgt for screening av mutasjons en bestemt feilutsatte delen av MGMT-genet. Vi fant at nesten 40% av de studerte neoplastiske prøvene næret missense mutasjon ved kodon
151 resulterer i Serine til Isoleucin variasjon. Denne variasjon resulterte i å bringe den strukturelle uorden, deretter påfølgende til et stort støkiometrisk varians i erkjennelse domene, substratbindende og selektivitet løkke av det aktive området av MGMT-proteinet, som observert i henhold til virtuell mikroskop av molekylær dynamikk simulering (MDS). Atom innsikt i MGMT-proteinet ved beregnings tilnærming viste en signifikant endring i den intramolekylær hydrogenbinding mønster, og dermed fører til de observerte strukturelle avvik. For ytterligere å undersøke mutasjons implikasjoner på regulatoriske plugger av MGMT som holder proteinet i en DNA-innbindingsplassering, ble en MDS basert analyse utført på, alle kjente fysisk samspill aminosyrer i hovedsak gruppert i grupper basert på deres posisjon og funksjon. Resultatene som genereres av fysisk-funksjonell gruppering av protein indikerte at det identifiserte mutasjon i nærhet av det aktive sete av MGMT-protein fører til det lokale og globale destabilisering av et protein ved enten å eliminere de stabiliserende salt broene i klynge C3, C4, og C5 eller av lokalt destabilisere «protein stabiliserende Hing» kartlagt på C3-C4 klyngen, før det aktive nettstedet
Citation. Chikan NA, Bukhari S, Shabir N, Amin A, Shafi S, Qadri RA, et al. (2015) Atomic Innsikt i Altered O
6-metylguanin-DNA metyltransferase Protein Arkitektur i magekreft. PLoS ONE 10 (5): e0127741. doi: 10,1371 /journal.pone.0127741
Academic Redaktør: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, FRANCE
mottatt: 16 desember 2014; Godkjent: 19 april 2015; Publisert: May 26, 2015
Copyright: © 2015 Chikan et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
finansiering:. forskningen ble finansiert av VIT universitet forskning knytte tilskudd og finansiering byrået hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
konkurrerende interesser:. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Selv om fallende, den sykdom av magekreft, ifølge GOLOBOCON 2012 er. fortsatt den tredje største årsaken til kreft dødsfall på verdensbasis [1, 2]. I patogenese av denne sykdom, forskjellige genetiske og molekylære forandringer finne sted som fører til malign transformasjon av mageslimhinnen [3]. Denne transformasjonen er en flertrinnsprosess som innebærer at uregelmessigheter i viktige cellulære funksjoner som DNA-reparasjon, adhesjon, signal transduksjon, celledifferensiering og andre [4,5]. Alkylering av karsinogener som N-Nitrosodimethylamine, metyl nitrosourinstoff (NMU), N-metyl-N»-nitro-N-nitroguanidin etc. føre til dannelse av O
6-metylguanin, en DNA-addukt hvis nærvær fører til induksjon av mutasjoner ( G: C-A: T overgang) og resulterer i utvikling av kreft [6-10].
MGMT
er enzymet ansvarlig for reparasjon O
6-metylguanin addukter [11-13]. MGMT er en suicidal enzym som fjerner en metylgruppe fra O
6-posisjon i guanin og overfører den til sin egen cystin rest ved kodon 145 i protein, og dermed inaktivere seg selv under reparasjonen guanin [14]. Under eksponering av NMU har MGMT-defekte mus blitt sett å utvikle kreft [15], mens som transgene mus som bærer ekstra kopier av utenlandske MGMT genet var mindre utsatt for sykdommen [16] sikret, har genetisk polymorfisme av dette enzymet vist seg å være en potensiell risiko for kreft [17-22]. Denne studien fokuserer således på mutasjons profilering av feilutsatte delen av Exon 5 av MGMT som koder for det aktive setet av proteinet, dvs. aktive område omgitt av domenene er ansvarlige for å holde på DNA [13]. Representanten befolkning av magekreftpasienter som er valgt for denne studien presenterer en unik kohort hovedsak blir svært utsatt for kosttilskudd alkyleringsmidler [6, 23-28].
Bruk av
Insilico
teknikker for å forstå effekten av polymorfisme på proteinstruktur og dynamikk har vært i praksis og en mengde arbeid har blitt gjort i denne forbindelse [29-32]. Datamaskinen hjulpet prediksjon metoder ved hjelp av evolusjonære og struktur basert prediksjon gir et innblikk i den ødeleggende evnen til polymorphism [33]. De molekylære dynamikk kan anvendes til å observere konformasjonsendringer polymorfismen kan påføre i proteinet. Disse konformasjonsendringer i den tredimensjonale strukturen til proteinet kan påvirke de fysiologiske affinitetene og diverse biokjemiske veien interaksjoner. For å undersøke effekten av mutasjon ved evolusjonære samt atomnivå, Insilico spådommer ved hjelp av ulike servere samt MDS av villtype (wt) og Mutant (Mu) MGMT protein ble utført. For MDS protein baner og atominteraksjonsanalyse, gromacs innebygde verktøy ble brukt. Prinsippet komponentanalyse (PCA) ble utført for å anslå fleksibiliteten av begge strukturer. Gratis energi landskaper (FEL) av innfødte og Mu MGMT ble også studert for å forstå effekten av mutasjonen.
Diskusjon
Resultater og
Exon fem segment av MGMT genet, ble vellykket amplifisert fra alle prøvene . Amplikonene etter sekvensering viste en transversjon mutasjon i kodon 151AGC, sekvensene som har blitt sendt til genbanken bærende deponeringsnummer KM000795 og KM000796. Den i silikoaluminofosfater verktøy for å studere mulige skadelige effekten av mutasjonen ble valgt omhyggelig, slik at hver faktor er så inn og dobbel sjekket med andre verktøy som bruker annen algoritme. Detaljene for serverne som brukes i vår studie er beskrevet i S1 tabell, der det algoritme, arbeider og kriterier for prediksjon er gitt. Valgt serveren spår mutasjonen å være skadelig. MDS simuleringsbaner for 30ns kjøre for vekt og mutant protein ble analysert utstrakt bruk gromacs innebygde verktøy. S1 Fig viser et nsSNP ved kodon 151 som fører til en missense mutasjon fra Ser Ile, også i dens villtype-formen bidrar i protein-DNA-interaksjoner [34-36]. Som vist i figur 1, wtMGMT. (PDBID: 1T39) SER 151, dessuten gjør normal elektro samspill med tymin også dannet to hydrogenbindinger med det via amid nitrogen
2 viser øyeblikksbilder av både wt og Mu strukturer på ulike tidsintervaller, fastsettelse av sammendrag av effekten av mutasjon på strukturelle dynamikk MGMT. Fra snap skudd, Mu struktur annet enn avslørende utvidet konformasjon, også dannet skruelinjeformet konformasjon ved aminosyre nummer 87 til 90, noe som gir en idé om at mutasjonen ikke favoriserer den strukturelle kompakthet av proteinet, som inturn fører til sin kompromittert og aberrert konformasjon har en betydelig strukturell skift som er sentral i å forårsake nedlagte protein funksjon [37]. Etter visuell analyse, ble g_rms verktøy som brukes til å beregne den RMSD for proteinatomer, ved hjelp av utgangsstrukturen som en referanse. Mutant struktur viste brå økning i RMSD på rundt 17 ns. Ved å observere den uregelmessighet i strukturen nivå, har vi funnet at skrueformet og sløyfe innhold av den mutante konstruksjonen varieres (figur 3A). Den RMSD fra gjennomsnittet over tid betegnes som RMSF, g_rmsf ble brukt for å beregne standardavviket atom og videre observasjon viste at Mu struktur høyere fleksibilitet. Den RMSF av begge strukturene viste en liten endring i rest 151, men varierer betydelig i et protein løkke område av 27-53 (figur 3B), som kan være resultanten av en intermolekylær lang tertiært interaksjon variasjon. I r_rmsf verktøy opsjons oq ble brukt til å konvertere RMSF verdi i B Factor verdier og implisitt dem på den gjennomsnittlige struktur (blå representerer den mest stabile og rødt mest varierende). Den komparative B faktor projeksjon (S2A figur) på vekt og Mu MGMT indikerer primært svingninger variasjoner innenfor den gjennomsnittlige struktur, noe som gir oss et innblikk i endringen i varierende mønster mellom de to strukturene. Den fargemønsteret er standard varierer mellom blått til rødt. En vesentlig endring i svingninger observert i Mu struktur i tillegg som den gjennomsnittlige sekundærstruktur layout (S2B figur) skilte seg betraktelig som igjen innebærer at Mu kan være uheldig å DNA-reparasjon.
snapshots ble hentet på hvert 5 ns intervall langs 30 ns simulering.
(innfellinger A og B) viser de relative strukturer på det punktet av RMSD hopp. (B) MGMT rest RMSF langs MDS og pilen peker ut til regionen viser maksimale svingninger. (C) RMSD vs. Atomic enheter. Plott som viser svært ustabil Mu kurve i rødt.
For å analysere formen av proteinet ved hvert gitt tidspunkt, G_ gyrere verktøy ble brukt, som beregner rotasjonsradien av en gruppe av atomer langs x -, y- og z-aksen, som en funksjon av tid. Våre resultater viser store avvik i treghetsradius i Mu struktur, gikk etter 17 ns kjøre (S3 fig). Selv da det er kjent at MGMT strukturen ikke varierer i stor grad i forhold til MGMT-bundet-DNA-strukturen, som indikerer stabil bundet struktur via nært samarbeid med anerkjennelse rester (Ala126, Ala127, Ala129, Gly131 og Gly132), og Ser93, Thr95, Gln115, Asn123, og Ser151, i samspill med fosfat ryggraden i DNA [36] men siden str treghets ble registrert økes på grunn av mutasjon og derfor foreslå den utvidede veltet proteinstruktur antagelig klønete skifter Arginine finger (intrahelical plassert Arg128) fra sin posisjon, som er ansvarlig for å fremme bla av nukleotid inn i MGMT aktive området, og dermed kunne svekke diligence som trengs for å fjerne O
6-metylguanin addukt fra DNA
Videre så vi vet at hver aminosyre har sin egen hydrofobisitet-verdi, den opprinnelige villtype-rest og nylig introduserte mutant residuum skiller seg i denne egenskapen. For å evaluere denne, brukte vi g_sas verktøy som beregner hydrofob, hydrofil og total SASA av protein over tid. Mutanten strukturen har større SASA som korrelerer med våre tidligere funn av økt Rg i mutant struktur (S4 Fig). For å sjekke effekten av Mu på MGMT struktur dokket med DNA PDB ID: 1T39 [38], brukte vi Discovery studio til farge og beregne hydrofobi ifølge Kyte-Dolittle skala (S5 fig). Den vekt- hydrofobisitet og fem rester løpende gjennomsnitt hydrofobisitet var -0,8 og 0,94 henholdsvis, mens de tilsvarende verdier for Mu rest var betydelig høyere ved 4,5 og 2, og viser dermed at Mu rest er mer hydrofob enn wt rest. Den indekserte avvik i verdiene av mutante proteinet hydrofobisitet i forhold til den vekt proteinet betydelig kan innvirke på den stiochiochemistry av hydrogenbindingsdannelse mellom enzym og DNA, slik det fremgår av fig S5. Deretter kan den ugunstige Enzyme-DNA docking føre til ikke-respons av enzymet med hensyn til sin samarbeidende funksjonalitet.
For å fremme forståelsen av mutasjon på protein dynamikk, fordelt vi viktige aminosyrer som er involvert i fysisk interaksjon med DNA og Mg
+ ion i klynger (fig 4) avhengig av deres posisjon og bidrag i DNA docking, basen sprellet og DNA-reparasjon [36]. Cluster1 inneholdt fem aminosyrer som involverer i DNA docking nemlig. SER93, PHE94, THR95, ASN123 og LYS125. Cluster 2 inneholdt én aminosyre ARG 135 også involvert i DNA docking. Cluster 3 inneholdt tre aminosyrer TYR114, GLN115 og SER151 hvor TYR 114 er involvert i basen bla nødvendig for DNA-reparasjon og de to andre har roller i DNA docking. Klynge 4, dessuten inneholdende klynge 3 aminosyrer, inneholdt CYS145 som er et aktivt sete av MGMT, ansvarlig for DNA-reparasjon. Klynge 5 bestå tre aminosyrer (CYS24, HIS29 og HIS85) som alle interagerer med Mg
+ ion. g_rama verktøy ble brukt til å generere phi /psi dieder kombinasjoner av utvalgte grupper og ble brukt til å beregne vinkler som en funksjon av tiden. Deres konturen plottet ble generert ved hjelp av energi minima for å forstå deres respektive mobilitet (S6 fig). Alle de utvalgte klyngene ble påvirket av mutasjon fra SER151 til ILE151. For å forstå virkningen, spesielt i klynge 3 og 4 ble de psi /phi fordelinger knyttet til det merkede energi minima plottet (figur 5). kan observeres forskjellen i toppen regionen energi minima i tilsvarende wt og Mu klynger, noe som gir særpreget inntrykk av mulig imparity i DNA reparasjon.
For dypere forståelse av strukturvariasjon observert til nå, har vi sett inn intra hydrogenbindingsdannelse av de utvalgte klyngene hjelp g_hband verktøy, resultatene som har blitt vist i figur 6. Alle de klyngene som er valgt for denne analysen viser nedgang i gjennomsnittlig antall hydrogenbindinger per ramme i mutant struktur forvente Cluster 1. økningen i antallet av gjennomsnittlig hydrogenbindinger per ramme i klynge 1 er tynn i forhold til variasjonene vi observerer. Den totale nedgangen i gjennomsnittlig hydrogenbindingsdannelse per rammen er i co-forhold med økt RMSF og Rg i mutant struktur. Resultatet genereres av denne analysen er endelig innebærer avviket observert til nå med endring i intra hydrogenbindingsmønster.
For å forstå effekten av denne mutasjonen på globale korrelerte bevegelser i atom simuleringer, PCA, en matematisk teknikk som er effektiv for å karakterisere den generelle folding og ikke-folding funksjonene til proteinet, ble anvendt. Teknikken identifiserer dominerende bevegelser i proteinet ved å ekstrahere hovedmodi som er involvert i bevegelsen som er involvert i molekylet. Hovedkomponentene i protein bevegelse ble beregnet som egenvektorene (EV) av massen vektede kovarians-matrise av protein atomer. Beregningen av disse verdiene ble utført ved anvendelse av essensielle dynamikk (ED) Fremgangsmåte i henhold til standard protokoll [39] tilgjengelige i GROMACS programvarepakken. To av de første åtte Ev er som står til mer enn 85% av den totale bevegelsessystem ble valgt for analyse, fremspringet over tid og RMSF svingning av hvilke er vist i figur 7. Både Ev s ble slått sammen til en enkelt bane; kombinasjonen produsert et felles sett av Principal Component (PC) egenvektorene for vekt og Mu MGMT, noe som gjør direkte sammenligning mulig mellom ulike systemer. De baner ble oppnådd ved hjelp av g-KOVARIANS og g-anaeig av gromacs verktøy. I figur 8 (A) anslagene, PC 1 vs PC 2, av begge strukturene er anslått (svart vekt /rød Mu), oppnådd fra wt struktur klyngen er stabil, hvor som projeksjon av første to PC av mutant dekker en stort område. For ytterligere å analysere PC anslag, ble deres frie energi overflater plottet (figur 8B) som viste at stabiliteten i vekt i løpet av kjøringen er ensartet over tid i forhold til Mu basert på energi minima bassenger dannet av begge. Strukturene med minimum energi ble hentet fra den frie energien land scape på ulike tidspunkter. Strukturene på den høyre side av hvert fremspring i figur 8 (C) av PC er fra begynnelsen av simuleringen til venstre en fra nær enden av simulering. Denne analysen var avgjørende i å belyse den kompromitterte fri energi landskapet Mu struktur, en observasjon som foruten bekreftende med våre tidligere resultater, har endelig innebar en drastisk konformasjonsendring i Mu struktur.
Svart og grønn farge representerer vekt og Mu henholdsvis (b) RMSF av alle atomer av begge vektorer.
(b) FEL av både bevegelser generert separat. (C) Separate todimensjonale representasjoner av PCA av både vekt og Mu MGMT med innfelt tre mest stabile strukturer på ulike tidspunkt.
Konklusjon
incongruities av DNA-reparasjon og kreft etiologi er synonymer på en slik måte at det er forekomsten av mutasjonen som er blitt bredt akseptert som grunnlag av kreft. En mutasjon i en DNA-reparasjon protein som kan svekke dens funksjon (S7 figur) kan skape pretumorigenic miljø og kan bistå i kreft progresjon på noe tidspunkt. MGMT å være en av de viktige DNA-reparasjon protein har en viktig rolle i å opprettholde genomisk stabilitet ved å fjerne O
6Methyleguanine addukter. Således vil en betydelig genetisk polymorfisme i dette protein har en virkning på kreftutvikling og dens progresjon. Ettersom ingen av studiene til dato har rapportert mutasjonsanalyse av MGMT bruke MDS, har det først og fremst bedt oss om å se på muligheten for MGMT blir mutert i en klassifisert befolkning der forbruket av mat som inneholder høyere nivåer av N-nitrosoforbindelser er vanlig og mage kreft er utbredt.
bruk av molekylær dynamikk for å studere effekten av romanen mutasjon ved kodon
151 har gitt oss et innblikk i arkitektur fra begge strukturene på et atomært nivå over et løp på 30 ns periode . Effekten av mutasjonen var ikke bare begrenset til dens nærhet, men også stråler ut den overordnede strukturen inkludert sekundære elementer på forskjellige steder i proteinet. De strukturelle overganger observert i sekundære elementer, fremmer sammenbruddet av strukturelle arkitektur of Mu MGMT protein. Det oppnådde ved quasiharmonic analyse (PCA) FEL konkluderte også med at mutasjonen påvirker i betydelig grad stabiliteten av MGMT over tid, en faktor som kan hemme den normale støkiometriske måte av DNA-reparasjon av MGMT.
utforsket mutasjon i exon 5 synes å være forbundet med driveren mutasjon, som synes å påvirke DNA /protein-interaksjon, en viktig faktor som kan påvirke DNA dokking, basen flipping og til slutt reparere mekanisme, som hvis svekket, kan også resultere i genomet bred økning i O
6 methyl guanin addukter som fører til økt genomisk ustabilitet.
Materialer og metoder
Etisk uttalelse
protokoller /forsøk med bruk av humane prøver ble behørig undersøkt og godkjent av universitetet menneskelig Ethics Committee (UHEC), VIT University, Vellore (UHEC-VIT /2011).
pasienter og vev samling
i alt 30 pasienter med diagnosen magekreft innlagt på Sheri-Kashmir Institute of Medical Sciences (skummer), ble Srinagar vurdert for studien. Pasienter som gjennomgår kirurgi som den primære behandling på ulike stadier av sykdommen ble rekruttert til studien med deres samtykke. Karakteristikken av de studerte pasientene er oppført i Tabell S2.
tumorprøver 5 mm
3 ble skåret ut fra kirurgisk resekterte prøver innenfor tumormassen, unntatt margin. Tilstøtende ikke-neoplastiske prøver av samme dimensjon ble tatt fra reseksjon margin, ca 10mm fra makroskopisk tumor kanten og senere bekreftet som godartet av rutine histopatologi på skummer. Totalt 30 tumor og 30 prøver normalt vev ble samlet og lagret ved -80
° C inntil analyse.
DNA ekstraksjon og Polymerase Chain Reaction
DNA ble ekstrahert fra 2mm
3 vevsprøver ved hjelp av DNA-ekstraksjon kit (Hi Pura pattedyr Genomisk DNA Isolation Kit-HiMedia). Konsentrasjon og kvalitet av DNA ble målt ved rutine spectrophotometeric analyse. Forsterkning av Exon 5 regioner av MGMT ekson, ble utført i gradient minicycler (Eppendorf) i en 25 ul reaksjonsblanding inneholdende 1 pl (400ng /mL) genomisk DNA, DNA-polymerase {1X PCR-buffer (200 mM Tris-HCl, 200 mM KCl, 50 mM (NH4) 2 SO 4) forsynes med 25 mM MgCl2, Fermentas}, Nuclease fritt vann og 1 mL av forover (5′-GCCCGTGCAGGTACGGTCTT-3 «) og bakover (5′-AGCTCCCGCTCCCTTGAGCC-3») primere hver. Glødetemperaturen ble optimalisert ved 65,5 ° C. For å lette Polymerase Chain Reaction (PCR) produkt analyse for mutasjon, ble PCR-produktet sekvensering utført.
SNP Skade Tippe.
Den skader prediksjon av polymorphisim ble utført ved hjelp av SIFT [40] , Polyphen-2 [41], PhD-SNP [42], MutPred [43], SNAP [44], SNPs Gå [45] og popmusikk [46].
molekylær dynamikk simulering
MDS studier ble utført av Gromacs 4.5.3 pakke [47]. For vekt MGMT ble PDB struktur 1QNT [48] brukes som et utgangspunkt struktur for MDS. Accelrys Discovery Studio [49] ble brukt til å lage enkelt punkt mutasjon på den ville type struktur. Både vekt og Mu MGMT ble påført med GROMOS96 43a1 kraftfeltet og deretter plassert i en modell av en pre-ekvilibrert vannbad og mot-ioner ble tilsatt for å oppnå en nøytral boks ved hjelp av «Genion» -verktøyet som kommer sammen med gromacs pakke. Løsningsmiddel-molekyler ble behersket til utgangsstilling med en kraft constrain av 100 kcal /mol for 5000 trinn før den blir utsatt for energi minimalisering for 5000 iterasjon. For å regulere temperaturen inne i boksen, ble Berendsen temperatur koblingsmetoden [50] anvendes. Elektrostatiske interaksjoner ble beregnet ved hjelp av partikkel Mesh Ewald metoden [51]. Ioniserende tilstand av rester, trykk og andre parametere ble satt i standardsortimentet. Non-limt par listen ble oppdatert etter hver 10. trinn og conformations ble lagret hver 2 pico sekunder (ps). Posisjon beherskelse simulering for 500 ps ble iverksatt for å tillate løsemiddel molekyler å gå inn i hulrom region av struktur. Til slutt, systemet ble underkastet MDS i 30 nano sekunder (ns). Root mean Square Avvik (RMSD), Root Mean Square Svingninger (RMSF), Solvent Accessible Surface Area (SASA), ble treghetsradier (RG) og PCA utført ved hjelp av innebygde gromacs verktøy. g_hbond ble anvendt for å beregne antall distinkte hydrogenbindinger som dannes ved spesifikke rester til andre aminosyrer i proteinet under simuleringene (NH binding). g_sham ble brukt mye til å få gratis energi landskapet. Grafer ble plottet ved hjelp av Grace GUI toolkit 5.1.22-versjonen, mens kostnadsfrie energilandskap ble plottet ved hjelp av gnuplot 4.6.0 versjon. Alle visualiseringer ble utført ved hjelp av Pymol, Ligplus, VMD [52] og grafer ble plottet ved hjelp av Grace Program [53] og Gnuplot. Baner ble analysert ved hjelp av den innebygde verktøy i GROMACS distribusjon.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Fig. a) Et representativt kromatogram av MGMT ekson 5 og viser ett basepar, G . T ved posisjon 151 som indikert ved en pil i den neoplastiske kromatogrammet
b) Justering av exon 5 sekvens som ble amplifisert fra neoplastiske og ikke-neoplastiske vev (tilstøtende normal) med at av villtype (Annonse-sekvens ervervet fra NCBI) ble oversatt og SNP kartlagt ble vist til skifte av Serine inn isoleucin
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s001
(TIF)
S2 fig. (A) Gjennomsnittlig tertiære strukturer farget i henhold til Bfactor verdier (b) Gjennomsnittlig Sekundær struktur representasjon av begge strukturene
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s002 plakater (TIF)
S3 Fig. (A) Radii treghets av vekt og Mu MGMT vist separat.
(b) Rg av alle atomer av vekt og Mu MGMT versus tid på 300K.
Vekt er represted av Black and Mu av Green.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s003 plakater (TIF)
S4 fig. Solvent tilgjengelige overflateområdet vekt (svart) og Mu (grønn) MGMT over tid på 300K
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s004 plakater (TIF)
S5 Fig. Variasjon i farge (Surface protein ifølge Kyte-Doolittle skala) på muterte regionen og grafisk representasjon av variasjonen i Kyte-Doolittle skala i én aminosyre og fem gjennomsnitt kjører hydrofobisiteten både vekt og Mu MGMT
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s005 product: (TIF)
S6 fig. Tidsavhengig Ramachandran Contour tomt på alle de utvalgte klynger over tid, hver linje som viser overgangen fra 1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0127741.s006 plakater (TIF)
S7 Fig. Billedlig fremstilling av GC: AT Transition med nedsatt MGMT
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s007 plakater (TIF)
S1 Table. Polymorfisme Tippe bruker forskjellige servere
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s008 plakater (docx)
S2 Table. Kjennetegn på forsøkspersonene
doi:. 10,1371 /journal.pone.0127741.s009 plakater (docx)
Takk
Forfatterne ønsker å takke Dr. Daniele Granata for hans kind innganger på frie energi landskap.
