Komparative studier viste at flere proteiner som allerede er funnet å bli pakket inn i HIV-1 partikler via spesifikke interaksjoner med virale proteiner eller nukleinsyrer blir også detektert i HIV-2 og i simian immunsviktviruspartikler. For noen proteiner, ble deres bevaring utvidet til mer fjerntretrovirus, slik som HTLV-1. Betydningen av disse likheter er tvilsom. Det kan være enten argumenteres for bevaring av en felles mekanisme for replikasjon i hele viral utvikling, eller den kan betraktes som et bevis for den ikke-spesifikke assosiasjon av proteiner med fjernere beslektede virus. Bay 11-7082 Bay 11-782
I en rekke tilfeller, blant annet for noen kinaser, bevis for bevaring av interaksjons motiver i virale proteiner sammen med funksjonelle studier av virus klarer å pakke disse cellulære faktorer bevist at disse komponenter beholde en evolusjonært konservert funksjon. I tillegg til vanskelighetene forbundet med å skille mellom vertsfaktorer som er selektivt eller passivt pakket inn i virus, identifisering av cellulære proteiner innebygd i virale partikler er teknisk complicated.The mest kritiske aspektet er det strengt nødvendig å diskriminere mellom virus innlemmet komponenter og cellulær faktorer forurensende viral preparations.The sistnevnte gruppen inkluderer proteiner fortøyd på utsiden av cellefritt viruspartikler. Denne gruppen omfatter også cellulære proteiner som inneholdes i mikrovesikler og exosomes med størrelser og densiteter kan sammenlignes med virus, som ko-bunnfall med virale preparater og representerer en forurensningskilde, selv etter at densitetsgradient separering av virale partikler.
Følgelig bør prøveopparbeidelse utføres nøye. To referanse protokoller er blitt utviklet for å fremstille preparater av høyt renset HIV-1. En tilnærming involverer nedbrytning av virusprøver ved bruk av ikke-spesifikk serinprotease subtilisin. Subtilisin fordøyelse av HIV-1-preparat seliminates mer enn 95% av mikrovesikkelassosiert proteiner og fjerner forurensninger forankret til utsiden av virus. Effektiviteten av denne protocolis bestemmes av størrelsen reduksjon av gp41 transmembran kappe-glykoproteinet. Denne fremgangsmåten er spesielt tilpasset studier av proteiner inne i virioner. Alternativt kan CD45 immuno affinitet uttømming av HIV-1 anvendes for å isolere virus fra celle exosomes.
Denne teknikk, som ble utviklet basert på den observasjon at CD45 membranmolekylene blir forkastet fra HIV-1-virus produsert fra hematopoetisk celler, tidligere er blitt kombinert med masss pectrometry analyse for å frembringe en imponerende rekke celle faktorer pakket inn i HIV-1 partikler fremstilt fra primære makrofager. CD45 uttømming er mest nyttig for studier som krever det ytre av virioner til å være intakte. I alle fall gir elektronmikroskopi avbildning en pålitelig metode for å diskriminere mellom sammensatte virus og exosomes fra et morfologisk synspunkt og for å bekrefte tilstedeværelsen av vertsproteiner i virioner, som tidligere rapportert. Et annet teknisk funksjon for å vurdere når man studerer HIV-1-assosierte cellulære faktorer er den celletype og den virale isolatet eller stamme anvendes for å fremstille den biologiske samples.The rekke pakkede cellulære proteiner kan variere i stor grad i henhold til den vertscelle som anvendes for å forplante viruset .
Dette aspektet er godt dokumentert for membranmolekyler innebygd i konvolutten av viruspartikler produsert fra forskjellige T-cellelinjer. Oppkjøpet av CD55 og CD59 komplement forfall faktorer, LFA-1 og MHC klasse I og II molekyler er verts dependent.Distinct innlemmelse profiler har også blitt rapportert når virus produsert fra permanente cellelinjer eller primære perifere mononukleære blodceller ble analysert. Når det gjelder cytosoliske proteiner, dette punkt er ikke blitt grundig studert. Imidlertid LC-MS /MS-analyse av virus dyrket på makrofager ikke klarte å påvise tilstedeværelse av noen komponenter som ble identifisert fra virus dyrket på T-lymfocytter. VX-661 1152311-62-0
Spesielt, ERK-2, akinase oppdaget fra HIV-1HZ321 isolat dyrket i HUT78 T-lymfocytter og fra HIV-1ELI virus fremstilt fra MT4-celler, ble ikke oppdaget av HIV- 1NLAD8 dyrket i primærmakrofager. Den funksjonelle betydningen for en slik forskjell er ikke kjent, og dens korrelasjon med biologien til HIV-1-replikasjon i forskjellige celletyper, gjenstår å bli analysert.
