Abstract
ovarialcancer (EOC) er den vanligste gynekologisk kreft. For å identifisere mikro ribonucleic syrer (mirnas) uttrykk profil i EOC vev som kan tjene som en roman diagnostisk biomarkør for EOC deteksjon, ble uttrykket av 1722 mirnas fra 15 normale ovarian vevsprøver og 48 eggstokkreft prøver profilert ved hjelp av en kvantitativ real -time polymerasekjedereaksjon (QRT-PCR) -analyse. En ti-mikroRNA signatur (HSA-MIR-1271-5p, HSA-MIR-574-3p, HSA-MIR-182-5p, HSA-MIR-183-5p, HSA-MIR-96-5p, HSA-speil 15b-5p, HSA-MIR-182-3p, HSA-MIR-141-5p, HSA-MIR-130b-5p, og HSA-MIR-135b-3p) ble identifisert til å være i stand til å skille menneske eggstokkreft vev fra normal vev med 97% sensitivitet og 92% spesifisitet. To miRNA klynger av miR183-96-183 (MIR-96-5p, og MIR-182, miR183) og miR200 (MIR-141-5p, miR200a, b, c og miR429) er betydelig oppregulert i eggstokkreft vevsprøver sammenlignet med de normale vevsprøver, noe som tyder teser mirnas kan være involvert i eggstokkreft utvikling
Citation. Wang L, Zhu MJ, Ren AM, Wu HF, Han WM, Tan RY, et al. (2014) En ti-mikroRNA Signatur Identifiserte fra en Genome-Wide mikroRNA Expression Profilering i Human ovarialcancer. PLoS ONE 9 (5): e96472. doi: 10,1371 /journal.pone.0096472
Redaktør: Liang-Hu Sandsvær, Sun Yat-sen-universitetet, Kina
mottatt: 02.11.2013; Godkjent: 08.04.2014; Publisert: 09.05.2014
Copyright: © 2014 Wang et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering for å rapportere
Konkurrerende interesser:. Miao-Jun Zhu, Hong-Fei Wu, Wu-Mei Han, og Ruo-Ying Tan er nåværende ansatte i Biovue. Ingen av forfatterne har noen økonomiske interesser. Alle data og materialer av denne undersøkelse er åpne for å få tilgang. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Eggstokkreft (OC), en av de tre gynekologiske kreftformer, er den syvende vanligste kreft blant kvinner over hele verden [1]. Arv av høy penetrans kreft mottakelighet gener som mutert BRCA1 eller BRCA2 og /eller Lynch syndrom mutasjoner utgjøre en økt risiko for å utvikle OC [2]. Ovarialcancer (EOC) står for ca 80-90% av p-piller [3]. EOC er den mest dødelige gynekologisk kreft i vestlige land [4]. I USA (USA), EOC forårsaket nesten 15 500 dødsfall i 2012 [5]. Det er bare noen effektive biomarkører og terapier for EOC [6] – [8], og EOC tidlig oppdagelse er fremdeles en utfordring for onkologer. Den 5-års overlevelse på mer enn 70% av pasienter med avansert stadium EOC er bare 35% [5]. Ingen effektiv screening metode for å oppdage tidlig stadium OC med høy spesifisitet og sensitivitet er for tiden tilgjengelig, og kreft antigen-125 sammen med transvaginal ultralyd kan påvise bare 30-45% av pasienter med tidlig stadium sykdommen [9]. Riktignok deoksyribonukleinsyre (DNA) metylering biomarkører spille en lovende rolle i å detektere EOC, er det fortsatt et stort behov for å identifisere potensielle biomarkører med høy spesifisitet og sensitivitet. De analytiske teknikker må også være standardisert for å bedre diagnostisering, optimalisere behandling, og oppnå ønskede resultatet for pasienten [10].
Rollen til mikro-ribonucleic syrer (mirnas) i OC har fått ny oppmerksomhet, siden de tilbyr nye strategier for forebygging, tidlig oppdagelse, diagnose og behandling. De spiller viktige roller i viktige prosesser som celle-differensiering, vekst og apoptose [11], [12]. Avvikende ekspresjon eller mutasjon av mirnas i kreft indikert deres potensiale til å virke som en ny klasse av onkogener eller tumorsuppressorgener basert på deres mål [13]. Siden mirnas kunne isoleres og detekteres fra vev og blodprøver, ble perifere blod-avledet mirnas anvendes som nye sirkulerende biomarkører for OC [14]. I de fleste publiserte studier, ble miRNA uttrykket profilert av miRNA microarray og bekreftet av kvantitativ polymerase chain reaction (qPCR).
Denne studien gjennomført et genom-wide vev miRNA uttrykket profilering av kvantitativ real-time PCR reaksjon. En profil av 10 dels miRNAs ble funnet, som kan tjene som en biomarkør for EOC og bidra til bedre forståelse av mekanismen for eggstokkreft tumor tilblivelse og utvikling.
Materialer og metoder
Innsamling av OC vevsprøver
Normal epitelovarialcancer vevsprøver (n sampler) (n = 15) og maligne epiteliale eggstokkene vevsprøver (C prøver) (n = 48) var samlet på Zhongshan Hospital of Fudan University, Shanghai, Kina. De 48 ondartede epitelovarialcancer vevsprøver (C prøver) inkludert 41 epitelial ovarialcancer prøver (CE prøver) og 7 eggstokkreft kreftprøver epitelceller border vev (CB prøver). De 48 ondartede epitelovarialcancer vevsprøver var av forskjellige celletyper: 29 serøs, 6 blandet epitel, 6 endometrioid, en adenokarsinom (ikke annet er spesifisert), 4 gjennomsiktige celler, og 2 mucinkjertler karsinomer. Alle vevsprøver ble umiddelbart frosset i flytende nitrogen etter å ha blitt fjernet fra kroppen og lagret ved -80 ° C for langtidslagring. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle fag, og studieprotokollen ble godkjent av etikkomiteen av Zhongshan Hospital. Demografi og kliniske funksjoner av pasienter og normale kontroller er oppført i Tabell 1.
miRNA isolasjon
Total RNA ble isolert fra 50 mg av frossen vev med miRNeasy Mini Kit (
Qiagen, USA
) per produsentens instruksjoner. Kvaliteten av den isolerte RNA ble detektert ved agarosegel-elektroforese, og mengden ble analysert med en ultrafiolett spektrofotometrisk metode under anvendelse av Biomate3 (
Thermo Scientific, USA
). De totale RNA med skarpe band av 18S rRNA og 28S rRNA anses ikke-degradert og brukes til miRNA profilering.
Tilsetting av Poly (A) haler og revers transkripsjon
Den rensede total RNA ( inkludert små RNA) ble fortynnet til 125 ng /mL 0.1x med RNA-lagringsbuffer (Ambion, USA) inneholdende 0,1% Tween-20 (
Sigma
). mirnas ble lagt til en poly (A) halen og omvendt transcripted til cDNA ved hjelp Sharpvue miRNA First Strand Kit (
Biovue, Shanghai, Kina
) per instruksjonene i kit. Konsentrasjonen av total RNA i reaksjonen for tilsetning av poly (A) haler og revers transkripsjon blir 50 ng /mL.
real-time PCR
syntetisert miRNA cDNA ble blandet med Sharpvue 2x Universal qPCR Master Mix (
Biovue, Shanghai, Kina
) og nukleasefritt vann. Den Sharpvue menneskelige miRNA Primer Array-A-E v1.0 384-brønnen (
Biovue, Shanghai, Kina
) ble brukt, og real-time PCR ble utført i henhold til instruksjonene i Sharpvue miRNA qPCR Kit. Hver prøve ble detektert ved 1757 miRNA primere inkludert 35 kontroller i fem 384-brønners plater. Hver plate inneholder tre endogene kontroller (HSA-7SL-scRNA, HSA-RNU6B, og HSA-RNU48) i to eksemplarer og en ingen mal kontroll. mirnas uttrykk nivåer ble kvantifisert ved hjelp av ABI 7900HT Fast Real-Time PCR System (
Applied Biosystems, USA
). Den sanntids-PCR-reaksjonen ble inkubert ved 95 ° C i 2 minutter, etterfulgt av 3 sykluser med 96 ° C i 5 sekunder og 60 ° C i 1 minutt, 37 sykluser av 96 ° C i 5 sekunder og 60 ° C i 30 sekund, og kjører smelter kurve på slutten. EVA-grønt fargestoff og Rox fargestoff ble brukt som reporter og referanse, respektivt. Detaljer om miRNA gjenkjenning er vist i figur S1 i filen S1.
Statistisk analyse
Dataanalyse ble utført ved hjelp av R og Bioconductor pakker. Av de 1722 miRNA analyser og 2 endogene kontrollanalyser (HSA-RNU6B og HSA-RNU48), 1696 mirnas hadde Ct-verdi under Ct = 32 (deteksjonsgrensen) blant minst 10% av de oppdagede 63 prøver. De resterende 28 Analysene ble fjernet fra videre analyse. For å fjerne forskjellene i utvalget RNA-inngang, ble quantile-Median metode som brukes til å behandle rå Ct målinger [15]. Prøvene som viste signifikant forskjell i profilene (midlere absolutte forskjell, Bioconductor pakke «arrayQualityMetrics») ble vurdert som uteliggere og ble tatt fra nedstrøms analyse. Denne fremgangsmåten fjernet tre OC vev (to prøver epitel-karsinom vev og en ovarialcancer prøvegrense vev) og en normal epitel prøve ovarievev.
Differensial ekspresjon analyse ble utført på de resterende 59 prøvene under anvendelse av t-test ( R pakke «limma»). mirnas produserer falske funnrate (FDR) -adjusted p-verdier under 0,1 og brett endring over to ble kalt forskjellig uttrykt.
For å kunne utvikle en prediksjon algoritme for OC diagnose fra en populasjon av prøvene inneholdt 39 epitelovarialcancer karsinom vev sammen med 6 ovarialcancer border vev og 14 normale epitelovarialcancer vev, tre klassifiseringsmetoder ble testet: støtte vektor maskin (SVM, Bioconductor pakke «E1071»), K-nærmeste naboer (Bioconductor pakke «klasse»), og diagonal lineær diskriminant analyse (Bioconductor pakken «sfsmisc»). Utførelsen av algoritmer ble opprinnelig evaluert med leave-one-out kryssvalidering prosedyre for forskjellige antall Predictor markører. For hvert sett av opplæringsprøver, ble mirnas rangeres basert på deres t-test p-verdi genereres når man sammenligner kreft vev mot normalt vev. Den øverste n mirnas (hvor n er lov til å ligge mellom 2 og 50) ble brukt til å bygge en forutsigelse modell basert på informasjon om opplæring prøver og brukes på de resterende prøven. Tippe klasse og sannsynlighet ble registrert for hver prøve og klassifisering algoritme. Stabiliteten av miRNA prediktor lister brukt med opplæring prøver ble evaluert ved den prosentvise overlappingen av den øverste n mirnas av disse lister. På grunn av begrenset antall prøver for denne studien ble det felles miRNA av disse listene valgt som den endelige listen over prediktorer (utvalgte markører). Signifikante forskjeller ble bestemt ved hjelp av t-test og anses som vesentlig dersom P-verdi 0,05. I analysen blir følsomhet defineres som prosentandelen av cancervev som for tiden er identifisert til å ha denne tilstand, mens spesifisiteten er definert som den prosentandel av normale vev som blir korrekt identifisert som normalt.
Resultatene
kliniske og patologiske funn
de kliniske funksjoner av 45 pasienter med OC og 14 normale kontroller som brukes i vår studie er oppsummert i Tabell 1. alder av pasienter med OC varierte fra 20 til 81 år (median, 57 år), mens normale kontroller varierte mellom 21 og 75 år (median, 56). Alle disse prøvene ble diagnostisert med patologi og hadde makroskopiske beskrivelse. Per 2012 Soft Tissue OC Guideline av National Comprehensive Cancer Network, de ulike tumor differensiering graderinger av pasientene i denne studien omfattet følgende: 8 tilfeller med klasse I (16,7%), 11 tilfeller med klasse II (23%), 18 tilfeller med klasse III (37,5%), og 11 tilfeller med ubestemt (23%); og tumor trinn var 14 tilfeller med trinn I (29,2%), 5 tilfeller med trinn II (10,4%), 27 tilfeller med stadium III (56,3%), og 2 tilfeller med stadiet IV (4,2%) kreft.
miRNA uttrykket sammenligning
for å fjerne forskjeller i RNA-innganger som brukes til å profilere de 63 eggstokkene vevsprøver i denne studien, ble quantile-Median metoden [16] brukes til å behandle rå Ct målinger. Totalt sett er data fra 59 eggstokkvev prøvene ble analysert for miRNA uttrykket.
For å undersøke evnen til å identifisere en miRNA uttrykk signatur av OC fra vevsprøver, miRNA uttrykket profiler av 59 eggstokkvev RNA prøver samlet inn fra 39 epitelial kreft vevsprøver, 6 ovarialcancer prøver grense vev, og 14 normale epitelceller prøver ovarievev, ble analysert ved bruk av 1696 miRNA analysene detekterte (Ct 32) på minst 10% av prøvene i denne studien. De 45 OC vev ble sammenlignet med 14 normale eggstokk-vev ved hjelp av t-testen. 305 mirnas ble funnet å ha FDR-justerte p-verdi under 0,1 og brett endring over 2. En oppsummering av disse funnene er presentert i Figur 1. Forskjellig-uttrykt mirnas strakte et stort utvalg av Ct-verdier og brett endringer.
A) tomten av miRNA analyser som brukes til å profilere sammenlignet prøver: fold endring (y-aksen) mot normalis Ct målinger. B) vulkan plott av de resulterende p-verdier av t-testen (y-aksen) mellom C og N-grupper. 305 mirnas vise FDR-justerte p-verdier under 0,1 og brett endring over 2 (vist i rødt). C) Hierarkisk clustering (R pakke pvclust) av de 45 eggstokkreft vev og 14 på eggstokkene normalt vev basert på topp 50 mest variable miRNA analyser. For hver klynge i hierarkisk clustering, mengder kalles
p
-verdier (ca. objektiv
p
-verdi (rød) og Bootstrap sannsynlighet p-verdi (grønn)) beregnes via multi-skala bootstrap resampling.
P
-verdi av en klynge er en verdi mellom 0 og 1, som indikerer hvor sterk klyngen er støttet av data. D) 17% av variansen observert i Ct målinger av topp 50 mest variable miRNA analyser på tvers av alle prøvene kan forklares med prøve patologi status (C eller N). De øvrige kovariater vurderes her (kilde = sykehuskilde, overlevelse, tumorhistologi, FIGO stadium, svulst klasse, tilbakefall, og scenen) forklarer 24% av variansen.
Sammenligning av miRNA uttrykk mellom ulike typer av EOC vevsprøver
miRNA uttrykket av de 59 vevsprøver som ble sammenlignet tatt 45 prøver som inngår i C-gruppen [inkludert 39 ovarialcancer vevsprøver (CE-gruppen) og prøver 6 ovarialcancer border vev (CB gruppe)] og 14 normale epitelovarialcancer vevsprøver (N gruppe).
Den hierarkiske clustering av miRNAs ble vist av FDR-justerte p-verdier under 0,1 og fold-endring over to (rød punkt). Sammenligningene for 335 differensielt-uttrykt mirnas i EU og N-gruppene er vist i Figur S2 i filen S1. I motsetning til dette ble ingen kandidat mirnas observert når CB gruppe ble sammenlignet med N-gruppen (fig S3 i fil S1), og når den CE-gruppen ble sammenlignet med CB-gruppen (fig S4 i fil S1). Den reduserte antallet kreftborder vev tilgjengelig for denne studien kan begrense makten i å oppdage vesentlige endringer og forklare mangelen på endringene som er observert i disse sammenligningene.
Biomarker utvalg
Nøyaktighet av de tre testede metoder for forskjellige antall av prediktor markører som varierer mellom 2 og 50 er vist i figur 2. Tippe nøyaktighet var relativt like mellom de metoder som brukes, og en bedre ytelse for klassifiseringssystemer var basert på redusert antall miRNA markører (figur 2A). Stabilitet (y-aksen) målt som prosent overlapping mellom de lister av miRNA Markørene anvendt for klassifisering (59 i denne analysen, en for hver prøve som brukes for testing) er presentert i figur 2B som en funksjon av antall markører som brukes (x-aksen ). Som forventet, overlappingen mellom de valgte lister over miRNA prediktorer økt til ca 90% når forutsigelse var basert på 11 eller flere markører, noe som tyder på en redusert effekt i markør utvalg skritt fra individuelle prøver.
A) Feil hastighet produsert ved forskjellige klassifiserings algoritmer som en funksjon av antallet av prediksjon markører anvendt. La-ett-out kryssvalidering prosedyren ble brukt til å beregne resulterende feilrater. B) Prosent overlapping av prediktor miRNA valgt fra de ulike trenings sett av prøver som brukes. C) Leave-one-out kryssvalideringsresultater: hver prøve klasse sannsynlighet (y-aksen) er estimert basert på SVM modell lært fra alle andre prøver. Vev (kreft svart, normal rød) er representert ved klassifisering sannsynlighet for å være kreft. D) ROC kurve basert på permisjon-en-out kryssvaliderings resultater ved hjelp av SVM metode.
miRNA screening og testing mellom eggstokkreft og normale grupper
De 10 vanligste mirnas over lister over brukte markører for forutsigelser basert på 11 mirnas ble valgt som endelige listen av biomarkører for OC diagnose. Noen kjennetegn ved disse mirnas, inkludert ganger endring mellom kreft og normalt vev sammen med t-test p-verdier og FDR-justerte p-verdier, er presentert i Tabell 2. De 10 mirnas inkludert MIR-1271-5p og MIR-574 -3p, som hadde betydelig lavere ekspresjon (P-verdier er presentert i tabell 2) nivå i kreft i eggstokkene gruppen (C-gruppe) enn i normalgruppen. I motsetning til andre mirnas som MIR-182-5p, MIR-183-5p, MIR-96-5p, MIR-15b-5 p, MIR-182-3p, MIR-141-5p, MIR-130b-5p, og MIR-135b-3p hadde en signifikant høyere ekspresjonsnivå i eggstokkreft vevsprøve gruppe (C-gruppe) enn i normalgruppen (p-verdier er presentert i tabell 2).
klassifiseringen utførelsen av valgte 10 mirnas for SVM algoritmen etter bruk av leave-one-out kryssvalidering prosedyren er presentert i figur 3. Siden listen over valgte miRNA brukes alle prøvene, kan ytelsen presenteres her være en overvurdering av den sanne. Dette ble reflektert i forbedret presisjon av prediksjon ytelse når markeringen seleksjonstrinnet var uavhengig om test sett av prøver (figur 3). Den observerte nøyaktighet var 86%, mens den observerte nøyaktighet for utvalgte markører var 96%. Følsomheten ved påvisning av OC basert på utvalgte markører var 97%, mens spesifisiteten var 92% med et område under kurven (AUC) av den resulterende mottakeren opererer karakteristikk (ROC) kurve av 0,978. Det ble ikke observert noen signifikante forskjeller på tvers av de viktigste kliniske faktorer som er samlet for prøver som ble testet i denne undersøkelsen (figur 3D)
A) Prediksjon sannsynligheter (ovarial cancer) for hver prøve som brukes i denne undersøkelsen (C = Cancer;. N = Normal). B) ROC kurve. C) Tippe feil på tvers av ulike vev grupper: normalt vev (N), epitelceller karsinomer vev (CE) og border vev (CB). D) Tippe feil innen svulst karakteren grupper [Økt feil i lavere grad av vareprøver (men ikke signifikant)].
Diskusjoner
For å finne spesifikke profiler av vev-avledet mirnas av EOC, en komparativ studie ble utført ved hjelp av en QRT-PCR array plattform mellom 45 epitelceller vevsprøver fra pasienter med EOC og 14 epitelceller normale vevsprøver fra friske kontroller. Studien viste at 10 feilregulert miRNA signatur blant HSA-MIR-1271-5p og HSA-MIR-574-3p var nedregulert; og HSA-MIR-182-5p, HSA-MIR-183-5p, HSA-MIR-96-5p, HSA-MIR-182-3p, HSA-MIR-141-5p, HSA-MIR-15b-5p, HSA -miR-130b-5p, og HSA-MIR-135b-3p ble overexpressed i eggstokkreft vev. Disse funnene kan effektivt skille OC vev fra eggstokkene normalt vev, noe som tyder på tilstedeværelsen av spesifikke miRNAs i EOC. Den 10-miRNA signatur identifisert i studien kan bidra til bedre forståelse av mekanismen for EOC tumorigenesis og utvikling og også hjelpe i diagnostisering av EOC
miRNA uttrykk som brukes i studien besatt følgende vesentlige fordeler.: (1) den største samlingen av validerte analyser (1722 menneskelige mirnas i miRBase v 20,0), (2) en av de største deteksjonsområde (opp til 6 størrelsesordener), (3) den mest sensitive deteksjons (ned til ett eksemplar nummer), (4) den høyeste spesifisitet ( 3% kryssreaktivitet mellom 8 medlemmer av la-7 familie). Tre ulike klassifiseringsmetoder ble brukt med en leave-one-out kryssvalidering prosedyre for å minimere feil. Så langt vi kjenner til, er dette den største omfanget av miRNAs (1722) uttrykk profilering studie utført ved hjelp QRT-PCR så langt.
Vi hadde analysert variansen nedbrytning av kreft og normal vevsprøver og viste resultatet i figur 1D. Vi har erkjent at det ikke er noen sammenheng med sykehuset kilde, overlevelse, tumorhistologi, sykdomstrinnet, tumor grad og til og med tilbakefall, bortsett fra prøvene (prøve normalt vev sammenlignet med prøvene ondartet vev). Enda viktigere, de 10 mirnas diskriminert EOC gruppe fra normal gruppe med høy sensitivitet og spesifisitet, noe som tyder på deres potensielle verdi for tidlig deteksjon av OC. De indikerte at klassifiseringen av C-gruppen fra N gruppe kunne forventes å ha 97% sensitivitet og 92% spesifisitet.
10-miRNA signatur identifisert i studien viste fremtredende differensiering mellom EOC fra normale kontroller. Blant disse mirnas, MIR-96, MIR-182 og MIR-183 er samlet på ett locus av kromosom 7 [17] og MIR-141-5p tilhører MIR-200 familien, som er gruppert på kromosomene 12. Ikke bare MIR-141, vi fant videre at andre medlemmer (200a /b /c) av miR200 familie er også overexpressed i EOC sammenligne med normal (tabell 3). Begge to miRNA klynger er velkjente onkogene miRNA klynger som har blitt omfattende rapportert å involvere i tumor genesis i mange typer svulster [18] – [20]. Familiemedlemmene MIR-200 ble rapportert å målrette ZEB1 og ZEB2, ZEB transkripsjonsfaktorer er avgjørende repressors av BMP signalering, og Peart et al rapporterte at BMP signale styrer malignitetspotensiale av ascites-avledet menneskelige epitelial eggstokkreft kuler via AKT kinaseaktivering [ ,,,0],21]. Medlemmene (miR200b og miR429) av miR200 familie ble rapportert å være signifikant assosiert med eggstokkreft tilbakefall og total overlevelse [18]. For miR183-96-182 klynge, Xu rapportert at uttrykt MIR-182 og MIR-96 rettet mot gaffelhodet boks O3 spiller en betydelig rolle i den pro-spredningseffekten av leptin på eggstokkreft celler [22]. MIR-182 ble rapportert til direkte og negativt regulerer en viktig tumor suppressor, programmert celledød 4 (PDCD4) i OC [23]. MIR-183 er bekreftet å ha negative regulatoriske effekter på Tiam1 ekspresjon, noe som bidrar til den invasive, vandrende, og levedyktighet egenskaper av OC-celler [24]. En fersk undersøkelse utført av sekvense små RNA fra isogen p21 + /+ og p21 – /- celler viste at flere miRNA klynger, MIR-200b-200a-429, MIR-200c-141 og MIR-183-96-182 ble nedregulert i p21-mangel celler, hvis du legger motvirke MIR-200 og MIR-183-96-182 klase mirnas i p21 + /+ celler, det økt invasjon og forhøyede nivåer av
VIM
,
ZEB1
og
SLUG
mRNA, som er vanlige mål for Mir-183 og MIR-96. Studien videre funnet at p21 danner et kompleks med ZEB1 på MIR-183-96-182 klynge arrangøren å hemme transkripsjonen undertrykkelse av denne klyngen av ZEB1 foreslå en gjensidig feedback loop [25]. Noen studier har funnet at MIR-200 familiemedlemmer ble oppregulert i serøs ovarialcancer cellelinje, så vel som i serum fra pasienter med serøs ovarialcancer [26], [27].
disse resultater antyder at druene av MIR-183-96-182 og miR200 spille en meget viktig rolle i EOC, og kan anvendes som potensielle diagnostiske biomarkører for EOC deteksjon så vel som har terapeutisk potensial for undertrykkelse av eggstokkreft spredning og invasjon .
SVM modellen ble videre brukt med profilering data generert fra epiteliale celleprøver som treningsdata å teste ovarialcancer border vevsprøver. Seks av de 7 OC prøvene ble forutsagt som OC, noe som indikerte at det identifiserte signatur kan også være nyttig for å oppdage OC fra grense vevsprøver (data ikke vist). Dette kan imidlertid trenge en større utvalg for bekreftelse. Imidlertid kan ingen signifikante mirnas skille CB fra N gruppe, eller CB fra CE-gruppen. Dette kan tilskrives den reduserte kraft i å oppdage forskjeller 39 av ovarialcancer prøver (CE) og 6 ovarialcancer prøver (CB) epiteliale grense vev. Videre studier med større utvalg er nødvendig for å bekrefte denne forklaringen.
Noen viktige forskjeller i mirnas ble også observert for en separasjon av epitelial eggstokkreft prøver (uten ovarialcancer border vevsprøver) fra normale prøver. De syv feilregulert mirnas inkludert HSA-MIR-182-5p, HSA-MIR-183-5p, HSA-MIR-96-5p, HSA-MIR-1271-5p, HSA-MIR-182-3p, HSA-MIR-1468 -5p, og HSA-MIR-135b-3p (tabell S1 i filen S1) ble bekreftet av AUC for ROC kurven (AUC = 0,965) med 97% sensitivitet og 85% spesifisitet (figur S5 i filen S1). 6 av disse 7 mirnas (HSA-MIR-182-5p, HSA-MIR-183-5p, HSA-MIR-96-5p, HSA-MIR-1271-5p, HSA-MIR-182-3p, og hsa- MIR-135b-3p) er i 10-mirnas signatur. De 10 unike miRNA profiler preget epitelovarialcancer svulst vevsprøver inkludert ovarialcancer vevsprøver og epitelceller prøver eggstokkreft bundet tråd vev fra normale epitelovarialcancer vevsprøver med 97% sensitivitet og 92% spesifisitet. Uttrykket profilen til 7 miRNA signatur var også i stand til å klassifisere ovarialcancer vevsprøver og normale epitelovarialcancer vev. Disse funnene kan gi grunnlag for fremtidige studier av klinisk verdi av tumor miRNAs i å forutsi terapeutisk effekt, opprettholde overvåking og prognoser prognose og hjelpe bedre forståelse av mekanismen av epitelial eggstokkreft tumor tilblivelse og utvikling.
Hjelpemiddel Informasjon
File S1.
Støtte informasjons tall. Figur S1, Oversikt over den eksperimentelle design. Figur S2, Sammenligning mellom eggstokkreft epithelial karsinom vev (CE-gruppen) og normalt vev (N-gruppen). A) MA tomt på analyser brukes til å profilere sammenlignet prøver. B) vulkan plott av de resulterende p-verdier av t-test mellom CE og de N-grupper. 335 mirnas viser justerte p-verdier (FDR) under 0,1 og fold-endringer over 2 (vist i rødt). C) Hierarkisk clustering av CE og N grupper basert på topp 50 mest variable miRNA analyser. Figur S3, Sammenligning mellom eggstokkreft border vev (CB-gruppen) og normalt vev (N-gruppen). A) MA tomt på analyser brukes til å profilere sammenlignet prøver. B) vulkan plott av de resulterende p-verdier av t-test mellom CB og de N-grupper. Ingen miRNA viser justerte p-verdier (FDR) under 0,1 og fold-endringer over 2 (vist i rødt). C) Hierarkisk clustering av CB og N gruppe basert på topp 50 mest variable miRNA analyser. Figur S4, Sammenligning mellom eggstokkreft epithelial karsinom vev (CE-gruppen) og eggstokkreft border vev (CB-gruppen). A) MA tomt på analyser brukes til å profilere sammenlignet prøver. B) vulkan plott av de resulterende p-verdier av t-test mellom CE og CB-grupper. Ingen mirnas viser justerte p-verdier (FDR) under 0,1 og fold-endringer over 2 (vist i rødt). C) Hierarkisk clustering av CE og CB grupper basert på topp 50 mest variable miRNA analyser. Figur S5, syv utvalgte mirnas sammenligne CE gruppen med normal gruppe. A) Tippe sannsynligheten for SVM, 53 prøver med en feil = 3 (0,06 0,05). B) Areal under kurven (AUC = 0,965) estimering for mikroRNA panel i CE gruppe fra normalgruppen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0096472.s001 plakater (DOC)
