Abstract
Molecular avføling i den linguale slimhinner og i mage-tarm-kanalen spiller en rolle i deteksjon av inge skadelige stoffer og toksiner. Derfor kan genetiske polymorfismer som påvirker evnen til å initiere disse responsene være kritisk for den etterfølgende effektiviteten av å unngå og /eller eliminere mulige trusler mot organismen. Ved å bruke en merking tilnærming i regionen Taste Receptor 2R38 (
TAS2R38
) genet, undersøkte vi alle felles genetisk variant av dette genet regionen i forhold til tykktarmskreftrisiko med en case-control studie i en tysk befolkning (709 kontroller og 602 tilfeller) og i en tsjekkisk befolkning (623 kontroller og 601 tilfeller). Vi fant ut at det var ingen signifikant sammenheng mellom individuelle SNPs av
TAS2R38
genet og tykktarmskreft i den tsjekkiske eller i den tyske befolkningen, og heller ikke i felles analyse. Men når vi analyserte diplotypes og fenotyper fant vi at den ikke-forsmak gruppen hadde en økt risiko for tykktarmskreft i forhold til forsmak gruppen. Denne foreningen var border betydelig i den tsjekkiske befolkningen, (OR = 1,28, 95% KI 0,99 til 1,67; P
verdi = 0,058) og statistisk signifikant i den tyske befolkningen (OR = 1,36, 95% KI 1,06 til 1,75; P
verdi = 0,016) og i felles analyse (OR = 1,34, 95% KI 1,12 til 1,61; P
verdi = 0,001). I konklusjonen, fant vi en tankevekkende sammenheng mellom menneske bitre smaker fenotype og risiko for CRC i to forskjellige populasjoner av kaukasisk opprinnelse
Citation. Carrai M, Steinke V, Vodicka P, Pardini B, Rahner N, Holinski-Feder E, et al. (2011) sammenheng mellom TAS2R38 Gene Polymorfisme og tykktarmskreft risiko: En case-control studie i to uavhengige Bestander av kaukasisk opprinnelse. PLoS ONE seks (6): e20464. doi: 10,1371 /journal.pone.0020464
Redaktør: Yiqing Song, Brigham Women Hospital, og Harvard Medical School, USA
mottatt: 28 februar 2011; Godkjent: 25 april 2011; Publisert: 02.06.2011
Copyright: © 2011 Carrai et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette prosjektet ble delvis støttet av Grant Agency i Tsjekkia: CZ: GACR: GA310 /07/1430, av EØS /EØS-midlene og Tsjekkia statsbudsjettet gjennom Forsknings Support Fund: A /CZ0046 /2 /0012. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet. Ingen ekstra ekstern finansiering mottatt for denne studien
Konkurrerende interesser. EHF og MM er ansatt ved Medical Genetics Center /Medizinisch Genetisches Zentrum, München. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Tykktarmskreft (CRC) er den tredje vanligste kreftformen i verden, og den andre i Europa [1], [2]. Genetisk bakgrunn antas å spille en rolle i moduler individuell risiko [3]. Hoved interesse av forskning på genetisk mottakelighet for CRC har vært fokusert på gener involvert i xenobiotisk transport og metabolisme [4], [5], [6], [7], DNA-reparasjon og cellesyklus [8], [9 ], insulinresistens, overvekt og glukosenivåer [10], og inflammasjon [11], [12]. Imidlertid har det mulig forbindelse mellom smaksreseptorer, bitter avføling og CRC risiko nylig blitt testet i [13], [14], [15], [16]. Den smaks system, utviklet underveis i evolusjonen, er et ernæringsmessig gatekeeper av kroppen for å finne ut hvilken mat bør inntas og som bør bli avvist som potensielt skadelig. Spesielt har evnen til å diskriminere bitter smak utviklet seg som en sentral varselsignal mot inntak av mulige giftige stoffer.
TAS2R38, etter den mest studerte genet som tilhører denne familien, er sterkt involvert i evnen til å smake på glukosinolater, en stor familie av bitre smaker forbindelser som er utbredt i planter og spesielt i
Brassica
sp. [17], [18]. Diskrimineringen av bitter smak kan påvirke forbruket av grønnsaker som inneholder disse ligander og siden en redusert grønnsaksinntak kan øke tykktarmskreft risiko, kan enkelte respons til bitre forbindelser modulere sykdomsrisiko på [19], [20], [21], [22 ]. Videre er bitre smaksreseptorer som kodes av TAS2R genfamilien uttrykkes ikke bare i tungen, men også i cellene i den gastrointestinale (GI) [23], [24]. Smaksreseptorer kan gi, på denne måten, organismen med to linjer med forsvar mot eventuelle giftstoffer. Den første kan være på nivået av smak i tungen, ved å unngå inntak. Den andre linjen i forsvaret, den molekylære sensing i mage-tarmkanalen, kan være ansvarlig for påvisning av inge skadelige stoffer og giftstoffer, og dermed initiere tiltak avgjørende for å overleve. Nemlig, blir deteksjonsprosessen initiert ved å sende meldinger til nervesystemet for å gi opphav til den passende responsen av deres nøytralisering og utdriving [23]. Videre er smaken føler et viktig system for å starte hormonelle og /eller nervebaner som fører til regulering av kaloriinntaket, pankreatisk insulin sekresjon, og metabolismen [23]. Selv om disse grunnleggende kontrollsystemene har vært kjent siden mange år, til de cellulære og nervebaner som formidler biologiske responser luminal stimuli generelt, og bitre stimuli spesielt, fortsatt dårlig beskrevet, er imidlertid siste rapportene raskt legge ny informasjon til denne svært viktige tema [25], [26], [27], [28]
TAS2R38
gen er preget av tre ikke synonymt koding SNPs (rs713598 – G145C, Ala49Pro;. rs1726866 – T785C, Val262Ala, rs10246939 – A886G, Ile296Val). Disse tre polymorfismer, som også tagging SNPs og dekker alle de vanlige genetiske variasjonen av genet locus, gi opphav til flere haplotyper. To av disse haplotyper, Pro-Ala-Val (PAV) og Ala-Val-Ile (AVI) er den klart mest vanlig å finne i menneskelige befolkninger [29], [30], [31]. Temaer som har minst en kopi av PAV allel er betydelig mer lydhør overfor bitre tastants, som PROP eller PTC (forsmak fenotype), enn de som er homozygot for AVI allel (ikke-forsmak fenotype). Siden forskjellige fenotyper (forsmak
vs
ikke-forsmak) gjenspeiler en differensial reseptor funksjonalitet, manglende evne til å smake bitre forbindelser kan også være en markør for en svekket funksjon av reseptorer i GI: ikke-forsmak individer kan reagere tregere i å eliminere xenobiotics i tarmen og dermed blir høyere risiko for CRC.
Hensikten med denne studien var å bruke en tagging tilnærming, for å vurdere mulig sammenheng mellom alle de vanlige genetiske variasjonen i
TAS2R38 Hotell og den resulterende «smake evne» og CRC risiko i totalt 1203 tilfeller av tykktarmskreft og 1332 kontroller fra de tyske og tsjekkiske populasjoner, som er kjent for å stille ut en av de høyere forekomst av CRC [32].
Resultater
i denne case-control studie vi evaluert variasjonen i
TAS2R38
genet i en gruppe av emner av tyske og tsjekkiske kaukasisk opprinnelse. Detaljer om de viktigste egenskapene til de to studiepopulasjoner er presentert i tabell 1.
Genotyping suksess priser og kvalitetskontroll
genotypen distribusjoner på alle loci var i Hardy-Weinberg likevekt i kontroller, med ikke-signifikante chi kvadratverdier (p 0,05, data ikke vist). Tilfeldig duplikatprøver (8%) ble også inkludert og overensstemmelse mellom deres genotyper var større enn 99%. Gjennomsnittlig takst for de tre SNPs var 97,9%.
viktigste effektene av genotypet SNPs
Fordelingen av genotyper og deres odds ratio (ORS) for tilknytning CRC risiko er vist i tabell 2. Vi evaluerte ORS separat og felles for de to populasjonene. Vi fant ut at det var ingen signifikant sammenheng mellom SNPs av
TAS2R38
genet og CRC verken i tsjekkerne, i tyskerne, og heller ikke i felles analyse.
haplotype, diplotype og fenotype analyse
fordelingen av de store haplotyper (PAV og AVI) var ikke signifikant forskjellig (p = 0,99) i de to populasjonene. Selv om sjeldne haplotyper (AAV, PVV, AAI, PVI og PAI) sto for den samme kumulative frekvensen (4%) for både det tyske og tsjekkiske grupper, dukket de ulikt fordelt som rapportert i utfyllende Figurer S1 og S2. Utføre logistisk regresjonsanalyse i fellesskap på det tyske og tsjekkiske bestander vi observert en statistisk signifikant sammenheng mellom
TAS2R38
diplotypes og CRC risiko: bærere av AVI /AVI diplotype presentere en økt risiko for CRC i forhold til PAV /PAV bærere med en OR på 1,33 (95% KI 1,03 til 1,72; p = 0,027). Opprinnelsesland og kjønn ikke signifikant endre den observerte assosiasjon (p = 0,85 og p = 0,36 henholdsvis) som rapportert i tabell 3.
I den tsjekkiske befolkningen bærere av AVI /AVI diplotype present en statistisk ikke signifikant tendens til økt CRC risiko, med en OR på 1,15. (95% KI 0,80 til 1,66; p = 0,44)
i den tyske befolkningen vi fant en signifikant sammenheng mellom AVI /AVI diplotype bærere og økt risiko for CRC med en OR på 1,52 (95% CI 1.5 til 2.21; p = 0,027) sammenlignet med de PAV /PAV bærere
til slutt delte vi alle diplotypes i to grupper som er definert av deres fenotype. , forsmak (PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *)) gruppe og ikke-forsmak ((AVI /AVI, AAV /AVI) gruppe ikke-smakere var assosiert med økt risiko for CRC i. tyske befolkningen (OR = 1,36; 95% KI 1,06 til 1,75; p = 0,016). Non-tasters var også forbundet med en økt risiko i den tsjekkiske befolkningen, men ikke på et statistisk signifikant nivå (OR = 1,28; 95% KI 0,99 -1,67; p = 0,0580. Analysere de to populasjonene sammen foreningen var sterkere (OR = 1,34; 95% KI 1,12 til 1,61, p = 0,001 (tabell 4)
Effekter av genotypet SNPs i ulike befolknings strata
for den tsjekkiske befolkningen har vi utført analyser stratifiseringsinnretnings for kjønn og røykestatus, og vi utførte også en analyse ved hjelp av BMI som justeringsfaktor. for den tyske befolkningen har vi ikke data om røyking og BMI. i vår studie var det ingen forskjell i genotypen utdelinger i de forskjellige lagene, og heller ikke BMI hadde noen effekt på foreningen.
Diskusjoner
i denne studien felles genetisk variasjon i
TAS2R38
ble fullstendig tatt. den anvendt intensiv SNP tagging tilnærmingen gir en nær uttømmende analyse av sammenslutninger av CRC risiko med vanlige polymorfe varianter kjent for locus av interesse. Videre analyser av haplotyper, diplotype og fenotype gi et helhetlig bilde av den felles genetiske variasjonen i
TAS2R38
genet i forhold til CRC risiko.
i denne studien hadde vi nok strøm (over 80% for en codominant modell) for å oppdage OR = 1,30 på alfa = 0,05 for en SNP med MAF på 0,33 (som er den mest sjeldne allelet herved undersøkt) hvis vurderer bare den tyske befolkningen. For den tsjekkiske befolkningen hadde vi den samme kraften for å avdekke sammenslutninger av OR = 1,27 eller høyere, og forene de to populasjonene vi innhentet tilstrekkelig kraft til å oppdage mer beskjedne foreninger (OR≥1.21).
Denne studien gir interessant bevis på den mulige rollen TAS2R38 i CRC risiko. Analysere de tre SNPs separat vi ikke finne noen tilknytning til CRC risiko. Men når vi analysert fordelingen av store diplotypes mellom sakene og kontrollene fant vi at AVI /AVI kombinasjonen er assosiert med økt CRC risiko. Denne foreningen var sterkere når de vurderer de to befolkningen samlet (p for trend test = 0,007). Individer som bærer denne diplotype omtales som bitre forbindelser «ikke-smakere», i motsetning til «smakebit». Vi endelig regnet som ikke-forsmak fenotype mot alle de andre, og fant ut at det var forbundet med økt CRC risiko i begge populasjoner, selv om foreningen var sterkere i den tyske befolkningen enn i den tsjekkiske. Denne foreningen antyder at de forskjellige fenotyper, som gjenspeiler en differensial reseptor funksjonalitet i manglende evne til å smake bitter forbindelser, kan også være en markør for en svekket funksjon av reseptorer i GI: ikke-forsmak individer kan reagere saktere i eliminere xenobiotics i tarmen og følgelig å være høyere risiko for CRC.
mulige begrensninger av denne studien omfatter den relativt lille prøvestørrelsen og de mulige forskjeller mellom de to utvalgte populasjoner, særlig i forbindelse med mulige faktorer som jakt dietten. Men vi kan trygt utelukke en viktig rolle etniske forskjeller mellom de to populasjonene. I en fersk undersøkelse Nelis og kolleger undersøkte den underliggende befolkningen lagdelingen i Europa viser at det var svært lite, om noen, forskjeller i den genetiske make-up av tyskere og tsjekkere [32]. Videre det tsjekkiske og tyske befolkninger har også en tilsvarende CRC forekomst ifølge Globocan [1]. Kostvaner og inntak av mat er ikke dramatisk forskjellig i de to landene (https://faostat.fao.org/site/609/DesktopDefault.aspx?PageID = 609). Men vi fant en svakere sammenheng mellom den genetiske variasjonen i
locus Hotell og CRC risiko i den tsjekkiske befolkningen. En forklaring kan være relatert til miljøfaktorer (f.eks kosthold, røyking). En annen forklaring kan være forskjellig innmelding strategi for forsøkspersonene siden tyskerne hadde en familiehistorie med CRC eller CRC diagnostisert under 50. Mean og median alder er lavere i den tyske befolkningen, og dette kan gjenspeile det faktum kausaliteten av svulsten kan ha en sterkere genetisk komponent fordi miljø hatt mindre tid til å modifisere den kreftrisiko for disse individer. Det er også mulig at samspillet mellom gener og miljø kan være årsaken til det svake foreningen i den tsjekkiske befolkningen på en måte som vi ikke kunne oppdage i denne studien. Endelig foreningen kan være en mulighet å finne, men vi ville ha en tendens til å utelukke dette for det faktum at i de to populasjonene foreningen synes å indikere samme gruppe som den økte risiko individer.
Kjønnsforskjeller for bitter smak har blitt utforsket [33] og for disse grunn vi gjennomført stratifisert analysene i begge populasjoner. Vi fant ut at sex ikke var en modifisering faktor i enten befolkningen.
Flere genom-wide assosiasjonsstudier (GWAS) på CRC risiko har blitt publisert [34], og i noen
TAS2R38
dukket opp som en mulig mottakelighet locus. Det er imidlertid interessant å merke seg at den genomiske regionen der
TAS2R38
ligger er dårlig dekket av SNP arrays brukt i publiserte CRC GWAS. Spesielt rs1726866 og rs10246939 ikke er til stede på disse plattformene (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Vi fant en sammenheng ved å bruke kombinasjoner av de tre genotypene til diplotypes, derfor er det ikke overraskende at GWAS, der to av de tre SNPs manglet, og som ikke rutinemessig studere haplotyper /diplotypes /fenotyper, oppdaget ikke noe signal på dette locus.
i konklusjonen, fant vi en tankevekkende sammenheng mellom menneske bitre smaker fenotype og risiko for CRC i to forskjellige populasjoner av kaukasisk opprinnelse. En større, uavhengige studier er nødvendig for å videre undersøke dette funnet.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
Alle deltakere signert en informert skriftlig samtykke. Studien ble godkjent av de etiske gjennomgang styrene i institusjonene som er ansvarlige for faget rekruttering i hver av rekrutteringssentre.
Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle deltagerne. De etiske komiteer var følgende:
Ethik Kommision der medizinischen Fakultät der Ruhr Universität Bochum [Reg.-Nr.:1514]; Ethik Kommision – Medizinische Fakultät Bonn [LFD. Nr. 115/09]; Ethik Kommision der Medizinische Fakultät der Technischen Universität; Dresden [Bearbeitungs- Nr. EK170102000]; Ethikkommission der Medizinische Fakultät der Heinrich Heine Universität Düsseldorf [Studiennummer: 1172]; Ethikkommission jeg der Universität – Medizinische Fakultät Heidelberg [Antrags- Nr .: 220/2002]; Ethikkommission II an der Fakultät für Klinische Medizin der Ruprechts-Karl-Universität Heidelberg (om prøver fra Mannheim) [Antrags- Nr .: 87/04] Ethikkommission der Medizinische Fakultät Universität München [Projekt Nr. 255/98]; Etická Komise Ústravu experimentální Medici AV ČR etikkomiteen ved Institutt for klinisk og eksperimentell medisin og Fakultet Thomayer Hospital [C.J. 786/09 (09-04-09)]
Studie populasjoner
For den nåværende tilfeller-kontroll studie har vi betraktet som en gruppe av emner fra to populasjoner:. En fra Tsjekkia (601 tilfeller, 623 kontroller) og den andre fra Tyskland (602 tilfeller, 709 kontroller).
den tsjekkiske befolkningen har blitt grundig beskrevet andre steder [7]. Kort fortalt tilfellene var CRC pasienter besøker ni onkologiske avdelinger (to i Praha, ett hver i Benesov, Brno, Liberec, Ples, Pribram, Usti nad Labem, og Zlin) fordelt i alle geografiske regioner i Tsjekkia og er representativ for befolkningen i hele landet. Denne studien inkluderer pasienter som kan bli intervjuet og gitt biologiske prøver av tilstrekkelig kvalitet for genetisk analyse. Alle tilfellene hadde histologisk bekreftelse av deres svulst diagnose. I gruppen av tilfellene ble genetisk testing for arvelig nonpolyposis CRC (HNPCC) anbefales til fire pasienter, som tilhørte familier i samsvar med Amsterdam kriterier II, og disse sakene ble ekskludert.
Kontroller ble valgt blant pasienter innlagt fem store gastroenterologisk avdelinger (Praha, Brno, Jihlava, Liberec, og Pribram) over hele Tsjekkia, i samme periode som rekruttering av tilfellene. Bare fagene som colonoscopic resultatene var negative for malignitet, ble colorectal adenomer eller IBD valgt som kontroller. Blant 739 inviterte kontroller, totalt 623 (84,3%) ble analysert i denne studien (tapte kontroller var lik de som følger med hensyn til kjønnsfordeling).
Cases inkludert i denne studien hadde en gjennomsnittsalder på 59,2 år (range 27-74), mens kontrollene hadde en gjennomsnittsalder på 55,3 år (28-91).
de genetiske analysene ikke forstyrrer diagnostiske eller terapeutiske prosedyrer for fagene. Alle deltakerne signert en informert skriftlig samtykke og utformingen av studien ble godkjent av etisk komité for Institute of Experimental Medicine, Praha, Tsjekkia.
For den tyske befolkningen, slik det er beskrevet i [35], [ ,,,0],36] CRC tilfeller omfattet 602 indeks pasienter (i alderen 13-82 år, mener 43,2 år) rekruttert av seks tyske universitetssykehusene (Bochum, Bonn, Dresden, Düsseldorf, Heidelberg og München /Regensburg). Tilfeller ble samlet inn som en del av en stor studie på følsomheten for HNPCC. Inklusjonskriterier for sakene var (i) en familiehistorie med CRC eller (ii) CRC diagnostisert under 50. Analyse for mikro ustabilitet ble brukt som en pre-screening test før mutasjon analyse i
MSH2
og
MLH1
gener. Alle saker ble testet for å være mikro stabil.
Kontrollen serien bestod av 709 friske, ubeslektede og ethnicity-, sex-og alderstilpassede blodgivere (26-64 år, mener 44,5 år) som ble rekruttert mellom 2004 og 2006 ved institutt for transfusjonsmedisin og immunologi, fakultet for Mannheim, Tyskland. De samsvarende intervaller for alder var «yngre enn 30 års, femårig grupper (30-34, 35-39, …, 60-64) og «eldre enn 65 år». Blodprøvetaking ble utført under vanlig blodgivning i henhold til tyske retningslinjer. Studien ble godkjent av vedkommende lokale etiske komiteer, og skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle personer.
Detaljer om de viktigste egenskapene til de to studiepopulasjoner er presentert i tabell 1.
Utvalg av tagging SNPs
Vi tar sikte på å kartlegge hele settet av felles genetiske varianter i
TAS2R38
. For å oppnå dette, har vi fulgt en hybrid tagging-funksjonell tilnærming. Vi brukte algoritmen beskrevet av Carlson og medarbeidere [37] som ble utviklet for å velge maksimalt informativ sett tag SNPs i en kandidat-gen forening studien. Alle polymorfismer i regionen
TAS2R38
locus med mindre allel frekvens (MAF) ≥5% i kaukasiere fra den internasjonale HapMap Project (versjon 21a; https://www.hapmap.org) ble inkludert. Tagging SNPs ble valgt med bruk av Tagger programmet innen Haploview (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/; https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [38 ], [39], ved bruk av parvise merking med et minimum r
2 på 0,8. Tatt i betraktning at den genomiske regionen
TAS2R38
er preget av høye nivåer av sammenhengen disquilibrium (LD), postulerer vi at slike SNPs er også sannsynlig å merke eventuelle hittil uidentifiserte vanlige SNPs i genet. Vi valgte rs713598, rs1726866 og rs10246939 som tagging SNPs siden de er alle ikke-synonyme funksjonelle [29], [30], [40], [41], [42], [43], [44], [45] SNPs .
DNA ekstraksjon og genotyping
DNA ble ekstrahert fra blodprøver med standard proteinase K-fordøyelse etterfulgt av fenol /kloroform-ekstraksjon og etanolutfelling. Rekkefølgen av DNA saker og kontroller ble randomisert på PCR-plater for å sikre at et like stort antall tilfeller og kontroller kan analyseres samtidig. All genotyping ble utført ved bruk av Taqman assay. De MGB TaqMan prober og primere ble kjøpt fra Applied Biosystems (Foster City, CA) som pre-designet analyser. Reaksjonsblandingen inkluderte 10 ng genomisk DNA, 10 pmol hver primer, 2 pmol hver sonde og 2,5 ml av 2x Master Mix (Applied Biosystems) i et endelig volum på 5 ul. Den termocykling inkluderte 40 sykluser med 30 sek ved 95 ° C, etterfulgt av 60 s ved 60 ° C. PCR-plater ble lest på en ABI PRISM 7900HT instrument (Applied Biosystems).
Alle prøver som ikke gir et pålitelig resultat i første runde av genotyping ble sendt inn til opptil to ekstra runder med genotyping. Datapunkter som fortsatt ikke var fylt etter denne prosedyren ble tomt.
haplotype og diplotype gjenoppbygging
haplotyper og diplotypes ble rekonstruert ved hjelp FASE programvare [46].
Statistisk analyse
frekvensfordeling av genotyper ble undersøkt for sakene og kontrollene. Hardy-Weinberg likevekt ble testet i de tilfeller og i kontrollene, og i de to populasjonene separat av khikvadrattest. Vi brukte logistisk regresjon for multivariate analyser for å vurdere de viktigste effektene av genetisk polymorfisme på CRC risikoen ved hjelp av en co-dominant og en dominant arv modell. Den vanligste genotype i kontrollene ble gitt som referanse kategori. Alle analyser ble justert for alder og kjønn. I den tsjekkiske befolkningen vi også justert for Body Max Index (BMI) som en kontinuerlig variabel. Vi analyserte de to populasjonene separat og sammen (vi justert også for sentrum av rekruttering i sistnevnte tilfelle).
Logistisk regresjon vurderer den rekonstruerte haplotype justert for alder (kontinuerlig), kjønn og studiesenteret ble utført for å beregne risiko estimater. Den «smakebit» (PAV) haplotype ble satt som referansegruppen. Vi endelig opprettet diplotypes for hver enkelt og gruppert og delt dem inn i to fenotypiske grupper, forsmak gruppen ((PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *) og den ikke-forsmak gruppe (AVI /AVI, AAV /AVI ). for diplotype analysen «smakebit» gruppe ble satt som referanse.
Vi har også utført stratifisert analyse for kjønn og røykevaner. røykere ble klassifisert som omløps røykere, tidligere røykere (sluttet å røyke for mer enn 5 år ) eller som aldri har røykt. røykere ble senere delt i storrøykere (mer enn 20 sigaretter per dag) og ikke-røyker mye (mindre enn 20 sigaretter per dag). Det ble utført Alle analyser ved hjelp STATGRAPHICS
®
Centurion XVI programvare (© 2009 av StatPoint Technologies, Inc.www.STATGRAPHICS.com) og STATA programvare (StataCorp, College Station, TX).
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Fordeling av haplotyper i tsjekkiske befolkningen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0020464.s001 plakater (DOC)
Figur S2
Fordeling av haplotyper i den tyske befolkningen..
doi: 10,1371 /journal.pone.0020464.s002 plakater (DOC)
