Som omtalt tidligere, er irritabel tarm-syndrom antas å være forårsaket av den unaturlige atferd (dysfunksjon) av organ muskler i mage- og tarmkanalen eller nervene som kontrollerer organene. Nerver som styrer mage-tarmkanalen, men er i virkeligheten svært kompleks. Det er et system av nerver som kjører thefull lengde av mage-tarmkanalen rett fra spiserøret til anus i muskel veggene i organer. Disse nervene er knyttet til de andre nervene som reiser til og fra ryggmargen. Nervene i ryggmargen, i sin tur, reiser til og fra hjernen. (Mage-tarmkanalen gått i mengden av nerver den har bare av ryggmarg og hjerne.) Således kan unaturlig fremgangsmåten i nervesystemet i IBS oppstår i et hjerne, mage-muskel-organ, eller ryggmargen. Systemet av nerver som kontrollerer de gastrointestinale organer, som med de fleste andre organer, inneholder både motoriske og sensoriske nerver. Sensoriske nerver kontinuerlig sensing hva som skjer inne i orgelet, og sender denne informasjonen til nerver i veggen av orgelet. Derfra kan informasjon sendes til hjernen via ryggmargen. All denne informasjonen er mottatt og behandlet i ryggmargen, hjernen eller orgelet veggen. Deretter, basert på denne sanseinntrykk og måten inngangen er behandlet, er svarene sendt til orgelet i løpet av de motoriske nervene. To av de mest karakteristiske motorresponser i tarmen er sammentrekning eller avslapning av muskelen av organet og sekresjon av slim og /eller væske inn i organet. Unormal funksjon av nerver i de gastrointestinale organer, som nevnt ovenfor, i det minste teoretisk, kan godt forekomme i hjerne, ryggmarg eller organet. Dessuten kan det hende at unormalt skjer i hjernen, motoriske nervene, eller ved behandling sentre i tarmen, eller sensoriske nerver. Noen forskere hevder at årsaken til noen funksjonell sykdom er uregelmessigheter i funksjon av de motoriske nervene. Som et eksempel kan unormale kommandoer gjennom motoriske nervene produsere en smertefull krampe i musklene. Atter andre vil hevde at unaturlig fungerende behandling sentre er ansvarlig for funksjonelle sykdommer fordi de feiltolke normale følelser eller relé uvanlige signaler til orgelet. Faktisk kan noen funksjonelle sykdommer som skyldes motor og /eller sensorisk dysfunksjon. Noen andre kan være forårsaket av unormalt innenfor foredling centres.Other folk studerer vil hevde at årsaken til funksjonelle sykdommer er abnormiteter i funksjonen til sensoriske nerver. Normale aktiviteter, for eksempel ekspansjons av tynntarmen av mat, kan gi opphav til unaturlige sensoriske signaler som er videreformidlet til hjernen via ryggmargen, hvor de er identifisert som smerte. Et område som nå får mye vitenskapelig oppmerksomhet er den potensielle rolle gass produseres av tarmbakterier hos mennesker med IBS. Studier har vist at personer med irritabel tarm-syndrom fremstille større mengder gass enn individer som ikke lider av IBS, og gassen eventuelt beholdes i lengre tid i tynntarmen. Hos pasienter med irritabel tarm syndrom, magestørrelse øker over dagen, og nådde et maksimum i kveld og tilbake til en baseline ved neste morgen. Hos personer som ikke har IBS, er det ingen økning i deres fordøyelses størrelse i løpet av dagen. Det har vært mye kontrovers over rollen som dårlig fordøyelse og /eller absorpsjon av kosttilskudd sukker kan spille i en forverring av symptomene på IBS. Dårlig fordøyelse av laktose, er svært vanlig som er dårlig absorpsjon av fruktose, et søtningsmiddel som finnes i mange bearbeidet mat. Dårlig fordøyelse av disse sukker kan godt forverre symptomene på IBS siden unabsorbed sukker ofte føre til økt dannelse av gass. Selv om disse abnormiteter i de produserende av og transport av gass kan gi opphav til noen av symptomene på IBS, vil mye mer arbeid må gjøres før det blir klart at intestinal gass spiller en rolle i IBS.Dietary fett hos friske individer forårsaker mat så vel som gass for å bevege seg saktere gjennom fordøyelsessystemet. Noen lider av irritabel tarm-syndrom kan selv svare på fett i en ekstrem måte med større demping. Dermed fett kunne, og muligens ikke forverre symptomer på irritabel tarm syndrom.
