Abstract
Bakgrunn
Det er kjent at mitokondriene spiller en viktig rolle i visse kreftformer (prostata , nyre-, bryst, eller tykktarms) og koronar sykdom. Disse organ spille en viktig rolle i apoptose og produksjon av reaktive oksygenforbindelser; i tillegg mtDNA avslører også historien om populasjoner og gamle menneskelig migrasjon. Alle disse hendelsene og variasjoner i den mitokondrielle genomet antas å forårsake noen kreftformer, inkludert prostata kreft, og også hjelpe oss til å gruppere individer i felles opprinnelse grupper. Målet med denne studien er å analysere de ulike haplogrupper og variasjoner i sekvensen i mitokondrielle genomet til en sørlig europeiske befolkningen består av fagene berørt (n = 239) og ikke-berørt (n = 150) av sporadiske prostatakreft.
metodikk og hovedfunnene
Bruk av primer extension analyse og DNA-sekvensering, vi identifisert de ni store europeiske haplogrupper og CR polymorfismer. Frekvensen av haplogruppene ikke skiller mellom pasienter og kontroll kohorter, mens CR polymorfisme T16356C var signifikant høyere hos pasienter med PC sammenlignet med kontrollene (p = 0,029). PSA, iscenesettelse, og Gleason score var assosiert med ingen av de ni store europeiske haplogrupper. CR polymorfismer G16129A (p = 0,007) og T16224C (p = 0,022) var signifikant assosiert med Gleason score, mens T16311C (p = 0,046) ble koblet med T-stadium.
Konklusjoner og Betydning
Våre resultater tyder ikke på at mtDNA haplogruppene kunne være involvert i sporadisk prostatakreft etiologi og patogenese som tidligere studier utført i midten Europa befolkningen. Selv om noen signifikante sammenhenger har blitt oppnådd i å studere CR polymorfismer, bør videre studier utføres for å validere disse resultatene
Citation. Álvarez-Cubero MJ, Saiz Guinaldo M, Martínez-González LJ, Álvarez Merino JC, Cózar Olmo JM, Acosta JAL (2012) MITOKONDRIELLE Haplogroups og Polymorfisme Avslør Ingen Association med Sporadisk prostatakreft i en søreuropeisk Befolknings. PLoS ONE syv (7): e41201. doi: 10,1371 /journal.pone.0041201
Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, United States.of Amerika
mottatt: 27 februar 2012; Godkjent: 18 juni 2012; Publisert: 17 juli 2012
Copyright: © 2012 Álvarez-Cubero et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering for å rapportere
konkurrerende interesser:. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Prostatakreft er en av de mest utbredte kreftformer diagnostisert. hos menn. Forekomsten av prostatakreft er preget av et stort geografisk variasjon, alt fra noen få tilfeller (ca. 4-7 per 100.000) i asiatiske land til 70-100 tilfeller per 100 000 i de nordiske land i Europa og Nord-Amerika. I Italia og Spania, prisene er ganske lav sammenlignet med de som ble observert i andre vestlige land, og er den laveste blant de europeiske union (EU) land [1], [2]. Imidlertid har noen konkluderende studier er utført med hensyn til genetikk av denne kreftformen. Noen linkage studier [3] tilskrive en viktig rolle å gener som ELAC2 (Elac homolog 2 (E. coli)) ved VED BETJENING 17Q, RNAseL på 1q24-25 (arvelig prostatakreft gen 1 (HPC1)) [4], og MSR1 ( makrofag-scavenger reseptor 1) ved 8p22, som inneholder inaktiverende mutasjoner i berørte medlemmer i det minste i en familie prostatakreft. Likevel har andre studier ikke bekreftet assosiasjoner sett med noen av disse genene. Dette er tilfellet med mangel på sammenheng mellom prostatakreft og RNAseL (2 «, 5»-oligoadenylat-avhengige RNase L) genet i en svensk populasjon [5]. Situasjonen blir enda mer komplisert i sporadisk prostatakreft hvor, på grunn av dens genetiske heterogenitet, er det blitt foreslått at mange genloci, heller enn et enkelt spesifikt gen, er involvert i predisposisjon for denne kreft [6]. To forskjellige typer mutasjoner kan bli funnet i kreft. Somatiske mutasjoner som forekommer i en enkelt celle i utviklingen av somatiske vev. Generering av reaktive oksygenarter (ROS) forårsaker mutasjoner i mitokondrie av somatiske celler. I kontrast, germinal mutasjoner forekommer i kjønnsceller og kan sendes videre til neste generasjon, som i denne studien [7]. Mutasjoner i mtDNA (mitokondrie-DNA) har vist seg å oppfylle alle kriteriene for sykdomsfremkallende mutasjoner forårsaker prostatakreft [8]. Noen av mutasjoner er i COI (cytokrom c oksidase) [8] eller COX7A2 (cytokrom c oxidase subenheten Vlla polypeptid 2) [9]-genet, og noen mutasjoner er direkte relatert til kjente haplogroups som er involvert i forbindelsen mellom mtDNA varianter og komplekse sykdommer slik som renal og prostatakreft [10]. Det har blitt foreslått at mtDNA mutasjoner kan deles inn i to typer: tilpasnings og tumorigene (non-adaptative). Tilpasnings mtDNA mutasjoner er mildere mutasjoner observert i ulike populasjoner [11]. Svulstfremkallende mutanter inkluderer mutasjoner som heteroplasmic innsettinger og slettinger [11]. Mutasjoner i ulike typer av kreft har blitt observert i både de ikke-kodende og kodende regioner i mtDNA, men de fleste av de identifiserte mutasjoner er blitt beskrevet i den D-løkke region (ikke-kodende område). Slettinger, innsettinger i D-loop region og overganger har blitt observert i bryst, hepatocellulær og tykktarmskreft mtDNA slettinger som mtDNA4977 har blitt identifisert i prostata kreft [12] – [14] og enda noen mtDNA mutasjoner er knyttet med økt serum PSA [15], [16].
de spesifikke vanskeligheter med å forstå årsakene til prostatakreft er på grunn av den heterogene art av sykdommen, dens ukjent etiologi, og det faktum at mange av de involverte gener har flere variasjoner blant befolkninger, er sterkt påvirket av miljøfaktorer blant befolkninger, og en stor rolle for miljøeffekter [17] -. [19]
Formålet med denne studien var å sammenligne frekvenser av mtDNA haplogruppene og CR ( kontroll region) polymorfismer i 239 pasienter med sporadisk prostatakreft med de i 150 friske kontroller i Sørvest-Europa, som tidligere har gjort i Korea [20] og Midt europeiske kaukasiere [21].
Resultater
de ni store europeiske mtDNA haplogruppene og CR polymorfismer ble analysert i fullblodsprøver av 239 pasienter med sporadisk prostatakreft og ble sammenlignet med 150 kontrollpersoner uten familiær anamnese av patologi. Videre kontroller ble bekreftet av normal PSA-verdier med blod nivåer under 4 ng /ml, samt normal rektal touch. De kliniske kjennetegn ved pasientene og kontrollene er vist i tabell 1.
mtDNA haplogruppe Distribusjon hos pasienter med sporadisk prostatakreft
Frekvensen av mitokondrielle haplogrupper ikke signifikant forskjellig mellom pasientene med prostatakreft og kontrollpersoner (tabell 2).
Disse ni hoved haplogrupper ble også sammenlignet med den spanske mitokondrie haplogruppe distribusjon, som kan sees i figur 1.
CR Polymorfisme hos pasienter med sporadiske prostatakreft
mitokondrie CR ble sekvensert og analysert mellom nucleotide posisjoner 16024 og 16365 (Tabell S1 og S2). Ett hundre tjuefire homoplasmic polymorfismer og en heteroplasmic polymorfisme (16169Y) ble funnet blant 389 personer sammenlignet med revidert Cambridge referansen sekvens [22]. Av de 125 polymorfismer oppdaget, var 13 ikke er oppført i Human Mitokondrie Genome Database [23], og en ble verken oppført i MITOMAP [24] eller Human Mitokondrie Genome Database [23].
Atten av 125 CR polymorfismer ble detektert ved en frekvens ≥4% i enten den sporadisk prostatakreft eller kontrollgruppen (tabell 3). Disse ble utsatt for ytterligere statistisk analyse. En av dem, 16356C (p = 0,029) ble funnet å ha en betydelig høyere frekvens hos pasienter med sporadisk prostatakreft sammenlignet med kontroller. En annen polymorfisme, har 16278T en p-verdi på 0,051 (Tabell 3). Men betydningen ble tapt etter korreksjon for multiple sammenligninger med Bonferroni analyse, et signifikansnivå på. 0,0004 kreves
koblingsulikevekt analyseresultatene viser at noen CR polymorfismer var ute av balanse (p = 0,05); de standardiserte ulikevekt verdier er vist i Tabell S3. Den T16356C substitusjon forbundet med pasienter (p = 0,029) er knyttet til A16183C og T16189C (p 0,05). Mutasjonen C16278T (p = 0,051) er assosiert med C16069T, T16126C, T16172C, T16189C, og C16223T (p 0,05).
Analyse av kliniske parametre
Vi har også analysert forholdet mellom kliniske parametre assosiert med tumor invasivitet og progresjon (PSA nivåer, Gleason score, og T-stadium) og haplogroup hyppighet, så langt som CR polymorfisme.
Når de fem mest utbredte haplogroup hyppighet ble sammenlignet med de viktigste kliniske parametrene som brukes til å diagnostisere prostatakreft (PSA nivåer, Gleason score, og T-stadium), ble ingen betydning forskjeller observert blant prostatakreftpasienter (data ikke vist). Videre, når de kliniske parametre ble delt inn i kategorier: PSA nivåer (≤4.0, 4.1-10, 10.1-20, 20, 1000), Gleason score (2-6, 7, 8-10), og T -trinns (A, B, C, D), ingen av haplogruppene nådde statistisk signifikans (tabell 4).
Når analysere CR polymorfismer og kliniske parametre blant pasienter, kun signifikante forskjeller ble observert i Gleason score og T-stadium. Varianten G16129A ble funnet i 8,79% av pasientene med et Gleason score mellom 2-6, i 0,42% av pasientene med et Gleason score på 7, og i 0,42% av pasientene med et Gleason poengsum på 8-10 (p = 0,007). Dessuten ble mutasjonen T16224C funnet i 3,76% av pasientene med en Gleason score mellom 2-6, i 2,09% av pasientene med en Gleason score på syv, og i 0,41% av pasientene med en Gleason score på 8-10 (p = 0,022). Den T16311C substitusjon nådd betydning i forhold til de fire T-trinns kategorier: 1,67% av pasientene i kategori A, 9,21% i B, 1,67% i C, og 1,67% i D (p = 0,046)
. diskusjon
Menneske mitokondrie-DNA er mye brukt som et verktøy i mange felt, blant annet evolusjonær antropologi og befolkningshistorie, medisinsk genetikk, genetisk slektsforskning, og rettsmedisin [25]. Hovedrollen mitokondrier relatert til kreft og kreft biologi er sannsynlig på grunn av deres vesentlig funksjon i genereringen av ATP og reguleringen av apoptose [8]. På grunn av den høye mutasjonsraten i 1,1 kb ikke-kodende kontrollområdet (16024-576), som er omtrent ti ganger høyere enn mutasjonsraten i 15,5 kb kodende region (baser 577-16023) [26], ikke- kodende regionen er relativt anriket på sekvensvariasjon, og haplogroup informasjon kan fås fra denne regionen. Disse haplogruppene har vært knyttet til enkelte onkologiske sykdommer, som brystkreft, tykktarms, og skjoldbrusk [27] kreft, så vel som andre sykdommer, for eksempel AIDS [28].
Den mest utbredte haplogruppe i denne populasjonen er H (45,6% hos pasienter og 42,7% i kontroller), som også er den mest utbredt i Europa Occidental. Vi har også preget de andre åtte hoved haplogroups finnes i den europeiske befolkningen (I, U, K, J, T, W, X og V) [29], og i et mindretall prosentandel, de haplogruppene D, F, L, M, N, O, P og R. Som det kan ses fra dataene, er haplogroups H, U, W og var mer utbredt i pasienter enn i kontrollene, mens haplogroups i, J og K ble observert i kontrollgruppen ( tabell 2). Likevel kan ingen signifikante forskjeller i haplogroup hyppighet mellom pasienter med sporadiske prostatakreft og kontrollpersoner bli funnet, som også rapportert av Mueller et al. [21], som utførte en case-control studie av 304 pasienter med prostata kreft i Mellom-Europa. Men en studie i en nordamerikansk befolkning av europeisk etterkommer rapportert en forhøyet nærvær av haplogruppe U i prostata karsinom pasienter [10]. En av begrensningene i vår studie er den begrensede utvalgsstørrelsen (239 pasienter og 150 kontroller).
Sammenligning av haplogruppene i denne studien med at i den spanske befolkningen [30], prosenter av mitokondrielle haplogrupper i Spania var funnet å være svært lik data innhentet i vår analyse (46,53% H, 19,10% U, 9,03% T, 7,29% J, 5,56% K, og 1,74% i) (figur 1).
Med hensyn til klinisk karakteristiske analyse, ble det observert noen sammenheng mellom mitokondrie haplogruppe og alder, PSA serumnivåer, Gleason score, eller T-stadium. Men når alle kliniske karakteristika ble kategorisert, ble det ikke funnet assosiasjon med eventuelle HAPLOGRUPPER på grunn av det faktum at det begrensede antall pasienter var ikke nok for statistisk analyse i små undergrupper. Men de høyeste PSA nivåer (10.1-20, 20, og 1000) var og Gleason score (7 og 8-10), og økte andeler av T-stadium C funnet hos pasienter med haplogruppene H og U ( Tabell 4)
SNPs i D-loop regionen er kontrollert i andre tumortyper (bukspyttkjertel, bryst, eller melanom, blant annet) [31] -. [33] som Predictor faktorer for kreftrisiko. Av denne grunn har vi også sammenlignet CR germinal polymorfismer av mtDNA i sporadiske prostatakreftpasienter.
T16356C varianten har tidligere blitt knyttet til glioblastom [34] og brystkreft. Brystkreft, har det blitt inkludert som en bakterie-linje sekvensvariasjon [35]. Innenfor vår prostatakreft kohort, viste T16356C mutasjon betydelig forhøyede frekvenser i prostatakreftpasienter sammenlignet med kontroller (p = 0,029). Den C16278T polymorfisme har også vært tidligere i forbindelse med kreft, spesielt brystkreft hos Tan et al. [35], og til nevrofibromatose type-1 [36], så vel som til andre lidelser, så som Parkinsons sykdom [37]. Blant våre prostata kreft fag, har vi også funnet nesten signifikant økte frekvenser i prostatakreftpasienter sammenlignet med kontroller (p = 0,051). Det er imidlertid uklart om disse polymorfismer kan være involvert i tumordannelse eller progresjon, eller utvikling av de andre tidligere nevnte sykdommer.
A16183C polymorfisme er etablert av MITOMAP [24] eller Human mitokondrie Genome Database [23] for å være relatert til prostatakreft sykdom [11], [38]. Men i vår årsklasse, vi fant ikke signifikant sammenheng mellom denne polymorfisme og sykdommen (p = 0,428). . I analysen utført av Jeronimo et al, har den stilling 16 183 blitt beskrevet som en mtDNA mutasjon i prostata kreft ved endringen A → G [38]; studier utført av Makiko et al. har knyttet dette polymorfisme til lungekreftpasienter [39].
Vi videre analysert kliniske parametre for å fastslå om de CR polymorfismer i pasientens kohort korrelerer med sykdoms aggressivitet. De G16129A og T16224C polymorfismer ble funnet å være assosiert med mindre aggressive Gleason score (2-6) [40], med resultatet nærmest 2 som den minst aggressive og de ved siden av 10 som den mest aggressive [41]. Den G16129A substitusjon er blitt beskrevet i skjoldbruskkjertelkreft, og i kombinasjon med T16362C, kan ha en effekt på mtDNA replikasjon og /eller transkripsjon, samt på å øke risikoen for kreft i skjoldbruskkjertelen [27]. På den annen side har den T16224C mutasjonen blitt beskrevet hos pasienter med nonmelanoma hudkreft, men ingen sammenheng med sykdommen har blitt etablert [42]. På å analysere resultatene våre, kunne ingen sterk sammenheng etableres fordi Gleason score prosenter av denne varianten var alle under 5%. Den T16311C varianten ble funnet ved høyere frekvens hos pasienter med T-trinn B (også kjent som trinn II), som inkluderer kreft som ikke har spredt utenfor prostata (lokal kreft) [43], [44]. Denne polymorfisme er tidligere beskrevet av Chen et al. [45] som mtDNA mutasjon påvises i D-loop-regionen i neoplastiske lesjoner dissekert fra 16 prostatektomi prøver, men ingen informasjon om kliniske funksjoner ble oppgitt; Det har også blitt funnet å være signifikant assosiert med humant kolorektal kreft [46].
Som eneste CR og mitokondrielle haplogrupper ble analysert, mitokondrielle kodende region polymorfismer kan ikke utelukkes som mulige mutasjoner assosiert med prostatakreft [8], [47]. Somatiske mutasjoner i mitokondrie DNA (mtDNA) er blitt identifisert i forskjellige tumorer, inkludert brystkreft [48], karsinomer [49], og prostatakreft [15], [50]. I plateepitelkarsinom, de ble assosiert med bedre overlevelse. Men i brystkreft somatiske mutasjoner er foreslått å spille en viktig rolle i progresjon av kreft. Somatiske mutasjoner er hyppige arrangementer i prostatakreft. Mutasjoner kartlegging til mitokondrie tRNAs, ribosomale RNA og protein gener kan svekke prosesser som skjer i mitokondrie rommet (f.eks transkripsjon, RNA prosessering og oversettings) og kan til slutt påvirke oksidativ fosforylering [15]. Kimlinje og somatiske mutasjoner er også blitt beskrevet hos pasienter med uterine fibroider [51] og prostatakreft [50], men det er ikke så mye informasjon om disse som for somatiske mutasjoner i kreft. I denne studien bare blod genomiske DNA-prøver var tilgjengelig, og ingen assosiasjoner mellom somatiske mutasjoner kan fastsettes.
I konklusjonen, vår studie bekrefter mangelen på sammenheng mellom noen mitokondrie haplogruppe og sporadisk prostatakreft.
Metoder
Etikk erklæringen
Denne studien holdt Helsinkideklarasjonen. Informert samtykke ble innhentet fra alle fag før de ble inngått i studien. Studien og bruk av arkiv prøver for dette prosjektet ble godkjent av etikkomiteen ved Universitetet «Hospital Virgen de las Nieves,» Granada, Spania.
Pasienter og kontroller
Pasienter med sporadisk prostata kreft ble valgt av en urolog, som også har gjort notater om viktige parametre for prostatakreft, som PSA-nivå, T-score, Gleason score, og annen informasjon, inkludert alder, fødested, og familiens historie av prostatakreft. I korte trekk, de kvalifiserte pasientene var voksne menn som nylig diagnosen prostatakreft (n = 239). De kliniske funksjoner av pasienter som er valgt for studien ble histopathologically bekreftet primære adenokarsinom etter unormale serum PSA funn og /eller nedre urinveissymptomer. Våre pasienter var urelaterte europeiske menn med en gjennomsnittsalder på 67,4 år og en gjennomsnittlig Gleason score på 7,0, noe som indikerer en dominerende vekstmønster av svulsten [52] – [54]. Sunn urelaterte europeiske menn (n = 150) fra samme geografiske område med ingen historie av prostatakreft ble registrert som kontroller (ingen PSA nivåer ble oppdaget og klinisk utvikling i løpet av noen år ble fulgt for å unngå å inkludere berørte menn med prostatakreft som kontroller). Controls tilhørte samme aldersgruppe som pasienter; de alle var menn med helseproblemer som nyrestendannelse eller andrological problemer, så PSA-analyse ble utført for å avvise en mulig prostatakreft. De har alle normale PSA-verdiene med blodnivåer under 4 ng /ml, samt en normal rektal berøring. Informert samtykke ble innhentet fra alle fag i denne studien, som ble godkjent av etikkomiteen av sykehuset. Perifere blodprøver ble tatt fra alle deltakerne (n = 389) inn i rør inneholdende K3-EDTA.
DNA ekstraksjon og genotyping
Genomisk DNA fra pasienter og kontroller ble ekstrahert fra perifert blod ved hjelp av standard organisk utvinning prosedyre ved fenol /kloroform /isoamylalkohol og proteinase K, og rensing med Microcon® 100 filtre (Millipore). Mitokondrie DNA-sekvensering og haplotyping ble utført ved hjelp av AmpliTaq Gold® PCR Master Mix (Applied Biosystems), som inneholder alle de kjemiske komponentene, unntatt primere og mal, er nødvendig for PCR i en GeneAmp System 2400 termosykler. Hver PCR-reaksjon ble utført i et totalt volum på 25 ul inneholdende 1-2 ng /mL av DNA, 0,5 ul av hver primer som dekker HVI (nukleotidposisjoner 16024-16365) region, og 12,5 ul AmpliTaq Gold ® PCR Master Mix ( Applied Biosystems). Forsterkerbetingelsene var 95 ° C i 11 minutter etterfulgt av 32 sykluser ved 95 ° C i 10 sek, ved 60 ° C i 30 sekunder, og ved 72 ° C i 30 sek. De amplikonene ble renset ved hjelp Microcon® 100 filtre (Millipore). Sekvenseringsreaksjoner ble utført ved hjelp av ABI PRISM® BigDye Terminator v.1.1 Cycle sekvense Klar Reaction Kits. Hver sekvenseringsreaksjon ble utført i et totalt volum på 10 ul inneholdende 3 ul DNA, 3 pl av hver spesifikk primer, 2 ul av kit, og 2 ul av buffer fra ABI PRISM® BigDye Terminator v.3.1 kit. De termiske sykluser Betingelsene var 95 ° C i 1 minutt etterfulgt av 25 sykluser ved 95 ° C i 15 sek, ved 50 ° C i ett sekund, og ved 60 ° C i 2 min. Overflødig farge terminator ble fjernet ved gelfiltrering med Performa ® DTR-kassetter (EdgeBio) og analysert ved hjelp av automatiserte DNA-sekvens ABI PRISM® 3130 (Applied Biosystems). Resultatene av analysen ble redigert hjelp av ABI PRISM® SeqScape® v.2.6 programvare.
haplotype Tagging og statistisk analyse
haplogrupper er definert av CR polymorfismer og noen gi spekter av mitokondrie genome kan brukes til haplogroup klassifisering, som er basert på den fylogenetiske stabiliteten av mtDNA polymorfismer. Tildelingen av haplogruppene til prøvene ble gjort ved hjelp av online programvare for mitokondrie-DNA, som Haplogroup Prediction Tool av «The Genographic Project» [55], Aplo haplogruppe søk [56], og mtDNA sjef [57]. Videre ble alle haplogruppene i denne studien bekreftet av Web-programmer, for eksempel HaploGrep [58] og Phylotree [25]. Resultatene ble analysert og revidert av kompetanse personlig i området ved tilstedeværelse eller mangel på enkelte stillinger sammenlignet med referansesekvens og sjekket ved bruk av siste versjon tilgjengelig på Phylotree [25].
Ved hjelp av programvarepakken SPSS v.15.0 [59], utførte vi statistiske analyser, herunder χ
2 test, Fishers eksakte test, Monte Carlo testing, og genererte krysstabeller. Hyppigheten av alle mitokondrielle haplogrupper og CR polymorfismer i prostatakreftpasienter og kontroller ble testet for uavhengighet ved hjelp av Pearson chi-kvadrat statistikk og Fishers eksakte test som passer. Disse analysene ble utført for å teste for uavhengighet mellom haplogroup data og kliniske data som alder (≤55, 56-60, 61-65, 65), Gleason score (2-6, 7, 8-10) T-scene (A, B, C, D), og PSA nivåer (≤4.0, 4.1-10, 10,1 til 20, 20, 1000). Alle testene vurderes den nominelle statistisk signifikans (p-verdi) for å være 0,05. Bare CR-varianter med en frekvens ≥4% i enten prostatakreft eller kontrollgruppen ble underkastet ytterligere statistisk analyse. Forening av T16356C med sykdommen ble korrigert for alder ved logistikkregresjonsanalyse. For ble korrigert analyse av T16356C polymorfisme betydelig p-verdi for multiple sammenligninger med Bonferroni analyse som fører til en ny obligatorisk signifikansnivå på 0,0004 (antall sammenligninger = 125). Koblingsulikevekt analyse ble utført mellom alle par av CR polymorfismer som bruker 10.000 skritt i Markov Chain og 1000 dememorization trinn. D, D «og R2 koeffisienter ble beregnet med et signifikansnivå på 0,05 med Arlequin v3.5 programvare [60].
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
kontrollregionen polymorfismer og haplogruppe klassifisering for 239 pasienter med sporadisk prostatakreft
doi:. 10,1371 /journal.pone.0041201.s001 product: (PDF)
Tabell S2.
kontrollregionen polymorfismer og haplogruppe klassifisering for 150 kontroller med sporadisk prostatakreft
doi:. 10,1371 /journal.pone.0041201.s002 product: (PDF)
tabell S3.
Betydelig koblingsulikevekt for CR polymorfismer
Doi:. 10.1371 /journal.pone.0041201.s003 product: (PDF)
Takk
Vi takker alle givere og service of Urology ved Universitetet «Hospital Virgen de las Nieves» (Granada, Spania) for å gjøre denne studien mulig. Vi takker også Universitetet i Granada for å gjøre tilgjengelig hele programvarepakken som brukes i analysen.
