Abstract
Esophageal kreft er den åttende vanligste kreftformen og sjette største årsaken til kreft assosiert død på verdensbasis. Foruten miljørisikofaktorer, kan genetiske faktorer spiller en viktig rolle i kreftfaren kreftutvikling. Vi gjennomførte en sykehusbasert case-control studie for å evaluere genetisk mottakelighet av funksjonelle enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i microRNAs om utvikling av spiserørskreft. Til sammen 629 esophageal tilfeller plateepitelkarsinom (ESCC) og 686 kontroller ble rekruttert til studien.
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-MIR-423
rs6505162 C A genotypene ble bestemt med hemorroider Detection Reaction (LDR) -metoden. Våre resultater viser at
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 CC genotype hadde en redusert risiko for ESCC. Sammenhengen var tydelig blant pasienter som aldri drikker.
Hsa-MIR-423
rs6505162 C En makt forbundet med en betydelig økt risiko for ESCC hos pasienter som røyker. Disse funnene indikerer at funksjonelle polymorfismer
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En kan endre individuelle responsen på ESCC. Imidlertid våre resultater ble oppnådd med et begrenset prøvestørrelse. Fremtidige større studier med andre etniske befolkningsgrupper er nødvendig for å bekrefte dagens funn
Citation. Yin J, Wang X, Zheng L, Shi Y, Wang L, Shao A, et al. (2013)
Hsa-MIR-34b /c
rs4938723 T C og
HSA-MIR-423
rs6505162 C A Polymorfisme er forbundet med kreftfaren i en kinesisk befolkning. PLoS ONE 8 (11): e80570. doi: 10,1371 /journal.pone.0080570
Redaktør: Xin Yuan Guan, The University of Hong Kong, Kina
mottatt: 28 august 2013; Godkjent: 04.10.2013; Publisert: 18.11.2013
Copyright: © 2013 Yin et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble støttet delvis av National Natural Science Foundation of China (81101889, 81000028), Jiangsu-provinsen Natural Science Foundation (BK2010333, BK2011481), Stiftelsen Sosial Utvikling av Zhenjiang (SH2010017) og Chang Unge Talenter og teknologi Science-Foundation of Health Bureau (QN201102 ). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
microRNAs (mirnas) er små ikke-kodende RNA som fungerer som posttranskripsjonelt genet regulatoriske elementer [1]. Nærmere bestemt, mirnas virker ved å binde seg til det 3′-utranslaterte område av målgener for å avgi ned-regulere deres uttrykk [2]. Mirnas er viktige aktører i kreftutvikling [3].
Genetiske faktorer, som enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs), kan bidra til kreftutvikling [4]. Den SNPs i genomiske miRNA sekvenser kunne påvirke miRNA avhengig regulering, påvirke den endelige nivå og funksjon av miRNAs og endre følgelig svulst mottakelighet [5].
Medlemmer av MIR-34-familien er direkte p53 mål, og deres ekspresjon er direkte indusert av p53 som respons på DNA-skade eller onkogene belastning [6]. I tidligere studier i tykk- og endetarmskreft [7], munnhulekreft [8] og føflekkreft [9], nedregulering av mir-34b /c ved metylering ble funnet.
Hsa-MIR-34b /c
rs4938723 polymorfisme ligger innenfor CpG øya pri-MIR-34b /c, og kan være det spådd bindingssetet for GATA-X transkripsjonsfaktorer [10].
Hsa-MIR-34b /c
rs4938723 T C polymorfisme var assosiert med risiko for nasopharyngeal carcinoma [11], leverkreft [12], tykktarmskreft [13] og brystkreft overlevelse [14]
I tillegg til
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-MIR-423
rs6505162 C A var også forbundet med risiko for ulike typer kreft. Den rs531564 C G SNP i
pri-MIR-124-1
var forbundet med en økt risiko for blærekreft [15] og spiserørskreft hos menn [16].
pre-MIR-125a
rs12975333 G T polymorfisme var en av grunnleggerne mutasjon spesifikk for Antwerpen området og forbundet med høy risiko for brystkreft [17].
Hsa-MIR-423
rs6505162 C En polymorfisme var assosiert med redusert risiko for brystkreft [18].
Hsa-MIR-423
rs6505162 C . En polymorfisme ble også signifikant assosiert med både total overlevelse og gjentakelse overlevelse av tykktarmskreft [19]
Vi har tidligere undersøkt
MIR-196a2
rs11614913 T C,
MIR-146a
rs2910164 C G,
MIR-499
rs3746444 T C,
MIR-26a-1
rs7372209 C T og
MIR-27a
rs895819 T C SNPs og esophageal plateepitelkarsinom (ESCC) risiko i 380 krefttilfeller og 380 kontroller [20]. Vi fant
MIR-196a2
rs11614913 T C kan bidra til redusert ESCC risiko blant kvinnelige pasienter og pasienter som aldri røyke eller drikke [20]. Nå er målet med denne undersøkelsen var å vurdere sammenhengen mellom
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En genotyper og ESCC risiko. Vi utførte genotyping analyser for de fire
miRNA
SNPs med 629 ESCC tilfeller og 686 kontroller i en kinesisk befolkning.
Materialer og metoder
Etisk godkjenning av studieprotokollen
Dette sykehusbasert case-control studie ble godkjent av Review Board of Jiangsu University (Zhenjiang, Kina). Vi har overholdt World Medical Association Helsinkideklarasjonen om etisk opptreden av forskning som omfatter mennesker og /eller dyr. Alle fag som tilbys skriftlig informert samtykke til å bli inkludert i studien.
Pasienter og kontroller
629 pasienter med spiserørskreft ble fortløpende rekruttert fra Affiliated Folkets sykehus i Jiangsu-universitetet og Affiliated Hospital of Jiangsu universitetet (Zhenjiang, Kina) mellom oktober 2008 og desember 2010. Diagnose ble gjort av biopsi og alle tilfeller av spiserørskreft var ESCC. Eksklusjonskriteriene var pasienter som tidligere har hatt: kreft; noe metastasert kreft; strålebehandling eller cellegift. De 686 kontrollene var pasienter uten kreft frekvens-tilpasset sakene med hensyn til alder (± 5 år) og kjønn rekrutteres fra de to sykehusene som er nevnt ovenfor i løpet av samme periode. De fleste av kontrollene ble innlagt på sykehus for behandling av traumer.
Hver gjenstand ble personlig avhørt av trente intervjuere ved hjelp av en forhåndstestet spørreskjema for å innhente informasjon om demografiske data (for eksempel alder, kjønn) og tilhørende risikofaktorer (herunder tobakksrøyking og alkoholforbruk). Etter intervjuet ble 2 ml prøver av veneblod fra hvert fag. Personer som røykte en sigarett per dag for 1 år ble definert som «røykere». Emner som forbrukes ≥3 alkoholholdige drikker i uken i . 6 måneder ble ansett for å være «alkohol drinkers»
Isolering av DNA og genotyping av hemorroider Detection Reaction
Blodprøver ble tatt fra pasienter ved hjelp av vacutainers og overført til rør foret med etylendiamin tetraeddiksyre (EDTA). Genomisk DNA ble isolert fra fullblod med QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Berlin, Tyskland) [21]. Prøve-DNA ble forsterket av PCR i henhold til produsentens anbefalinger. Prøvene ble genotypet ved hjelp av hemorroider Detection Reaction (LDR) metode med teknisk støtte fra Shanghai Biowing Applied Biotechnology Selskapet som tidligere beskrevet [22]. For kvalitetskontroll, ble gjentatt analyser gjort for 160 (12,17%) tilfeldig valgte prøver med høy DNA kvalitet.
Statistiske analyser
Forskjeller i fordelingen av demografiske karakteristika, utvalgte variabler, og genotyper av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En varianter mellom sakene og kontroller ble evaluert ved hjelp av student t-test og
χ
2 test. Assosiasjoner mellom de fire SNPs og risiko for ESCC ble estimert ved å beregne ORS og deres 95% CI’er bruker logistiske regresjonsanalyser for råolje ORS og justert ORS justert for alder, kjønn, røyking og drikking status. Hardy-Weinberg likevekt (HWE) ble testet av en godhet-of-fit
χ
2 test for å sammenligne de observerte genotypefrekvensene til de forventede seg blant kontrollpersoner. Alle statistiske analyser ble utført med SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, USA).
Resultater
Kjennetegn av studiepopulasjonen
Kjennetegn på saker og kontroller inkludert i studien er oppsummert i Tabell 1. sakene og kontroller syntes å være tilstrekkelig matchet på alder og kjønn som foreslått av
χ
2 tester (
p
= 0,541 og
p
= 0,185, henholdsvis). Som vist i tabell 1, ble signifikant forskjell oppdaget på røykestatus mellom sakene og kontrollene (
p
0,001), og drikker frekvensen var høyere i ESCC pasienter enn hos kontrollpersonene (
p
0,001). Den primære informasjonen for fire genotypet SNP’er var i tabell 2. genotyping suksessraten er i området fra 95,13% til 96,81% i alle 1315 prøver. Konkordansen forekomst av gjentatte analyser var 100% for alle fire SNPs. Minor allel frekvens (MAF) i våre kontroller var lik MAF for kinesisk i databasen for alle fire SNP’er (tabell 2). De observerte genotypefrekvensene for
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En polymorfismer i kontrollene var i HWE (
p
= 0,675,
p
= 0,400 og
p
= 0,299) med unntak av
pre- MIR-125a
rs12975333 G T (ikke tilgjengelig) (tabell 2)
Sammenhenger mellom HSA-MIR-34b /c rs4938723 T . C, pri-MIR-124 -1 rs531564 C G, pre-MIR-125a rs12975333 G T og HSA-MIR-423 rs6505162 C En polymorfisme og risiko for ESCC
genotypen distribusjoner av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-speil 423
rs6505162 C A i de tilfeller og kontrollene er vist i tabell 3. i singel locus analyser, genotypefrekvensene av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C var 46,2% (TT), 46,3% (TC) og 7,5% (CC) i saks pasienter og 46,1% (TT), 43,1% (TC), og 10,8% (CC) i kontrollpersonene, og forskjellen var ikke statistisk signifikant (
p
= 0,101). I recessive modellen, når
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 TT /TC genotyper ble brukt som referansegruppen, CC homozygot genotype ble forbundet med en statistisk signifikant redusert risiko for ESCC (CC vs. TT /TC: justert OR = 0,65, 95% CI = 0,44 til 0,97,
p
= 0,036). Når
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 TT homozygot genotype ble brukt som referansegruppen, ble TC genotype ikke forbundet med risiko for ESCC (TC vs TT: justert OR = 1,11, 95% CI = 0,88 til 1,40,
p
= 0,397); CC genotype var ikke forbundet med risiko for ESCC (CC vs TT: justert OR = 0,69, 95% CI = 0,45 til 1,04,
p
= 0,076). I den dominerende modellen,
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 TC /CC varianter ble ikke forbundet med risiko for ESCC, sammenlignet med
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 TT genotype (justert OR = 1,02, 95% CI = 0,82 til 1,28,
p
= 0,853) (tabell 3).
Det ble ikke observert mellom
pri- MIR-124-1
rs531564 C G og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En polymorfisme og risikoen for ESCC (tabell 3). For
pre-MIR-125a
rs12975333 G T, alle genotyper er GG homozygote (Tabell 3)
Stratifisering analyser av HSA-MIR-34b /c rs4938723 T . C, først og MIR-124-1 rs531564 C G og HSA-MIR-423 rs6505162 C A og risiko for ESCC
for å evaluere effekten av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G og
HSA-MIR-423
rs6505162 C A genotyper på ESCC risiko i henhold til ulik alder, kjønn, røyking og alkohol drikking status; vi utførte stratifiseringsfaktorer analyser (Tabell 4). En betydelig redusert risiko for ESCC forbundet med
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C polymorfisme var tydelig blant pasienter som aldri drikker (CC vs TT /TC: justert OR = 0,57, 95% KI = 0,34 til 0,94,
p
= 0,029) (tabell 4). Hos pasienter som røyker,
HSA-MIR-423
rs6505162 C En makt forbundet med en betydelig økt risiko for ESCC (AA vs. CC /CA: justert OR = 4,94, 95% CI = 1,42 til 17,21,
p
= 0,012) (tabell 4).
Diskusjoner
i denne sykehusbasert case-control studie av ESCC, vi undersøkt sammenslutninger av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C,
pri-MIR-124-1
rs531564 C G,
pre-MIR-125a
rs12975333 G T og
HSA-MIR-423
rs6505162 C A med risiko for ESCC i en høy risiko kinesiske befolkningen. Vår multivariabel logis analyse viste at
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 CC genotype hadde en redusert risiko for ESCC. Sammenhengen var tydelig blant pasienter som aldri drikker.
Hsa-MIR-423
rs6505162 C En makt forbundet med en betydelig økt risiko for ESCC hos pasienter som røyker
Det er vel kjent at medlemmer av MIR-34 familien uttrykk er direkte. indusert av p53 som respons på DNA-skade eller onkogene belastning [6]. En rottemodell forsøk indikerte at den endring av MIR-34b /C under en inflammatorisk mikromiljø kan påvirkes av p53 [23]. Ved DNA-metylering av sin egen promoter, er MIR-34 familien er dempet i en rekke kreftformer [24]. Ved å utløse Wnt signaleringskaskader, tap av MIR-34 hemmer p53-mediert celledød. Overekspresjon av MIR-34 kan indusere apoptose [25] – [27]. Rollen til MIR-34a i undertrykkelse av tumorvekst er også blitt påvist in vivo [28]. I en tidligere studie, nedregulering av mir-34b /c ved metylering ble funnet i tykk- og endetarmskreft [7], munnhulekreft [8] og føflekkreft [9].
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C SNP ligger innenfor CpG øya pri-MIR-34b /c og kan påvirke en spådd GATA-X transkripsjonsfaktor bindende [10].
Hsa-MIR-34b /c
rs4938723 T C polymorfisme var assosiert med risiko for nasopharyngeal carcinoma [11], leverkreft [12], tykktarmskreft [13] og brystkreft overlevelse [14].
Hsa-MIR-423
rs6505162 C En polymorfisme var assosiert med redusert risiko for brystkreft [18] og både total overlevelse og gjentakelse overlevelse av tykktarmskreft [19]. I vår studie fant vi
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 CC genotype hadde en redusert risiko for ESCC blant pasienter som aldri drikker,
HSA-MIR-423
rs6505162 C En makt assosiert med en betydelig økt risiko for ESCC hos pasienter som røyker, indikerer gen-miljø interaksjon.
Frekvensen av genetisk polymorfisme ofte varierer mellom etniske grupper. I den foreliggende kinesisk studien, allelet frekvensen av
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 C var 0,324 blant kontrollpersonene 686, som er noe høyere enn den japanske populasjon (0,261) og sammenlignes med europeisk befolkning (0.310) og for Sahara afrikanske befolkningen (0,305). Allelet hyppigheten av
HSA-MIR-423
rs6505162 A var 0,188 blant 686 kontrollpersoner, som er i samsvar med den kinesiske befolkningen (0,200) og japanske befolkningen (0,178). Men allel frekvensen er betydelig lavere enn for europeiske befolkningen (0,575) og for Sahara afrikanske befolkningen (0,783) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP, http: //hapmap.ncbi.nlm .nih.gov /).
Bruke Power og utvalgsstørrelse Beregning (PS, versjon 3.0, 2009, https://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize), vurderer
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C mutante alleler i kontrollgruppen, OR, ESCC prøver og kontrollprøver, kraften i vår analyse (α = 0,05) var 0,929 i 600 ESCC tilfeller og 673 kontroller med justert OR 0,65. Kraften i vår analyse (α = 0,05) var 0,962 i 404 ESCC tilfeller og 519 kontroller med justert OR 0,57 i ikke-drikking undergruppe. For
HSA-MIR-423
rs6505162 C A, kraften i vår analyse (α = 0,05) var 1,000 i 263 ESCC tilfeller og 179 kontroller med justert OR 4,94 i røyking undergruppe
. i dette case-control studie, flere begrensninger må tas opp. For det første ble de pasienter og kontroller registrert fra sykehus og kan ikke representere den generelle befolkningen. For det andre ble statistisk kraften i vårt studium begrenset spesielt i lagdeling analyser, det er bedre at kontrollgruppen er større enn tilfellet gruppe; Derfor er det mulig å ha en mer statistisk kraft. For det tredje, detaljert informasjon om kreft metastase og overlevelse ble ikke rekruttert til nå, noe som begrenset ytterligere analyser på rollen til de fire polymorfismer i ESCC progresjon og prognose. Endelig informasjon om virusinfeksjoner og immunparametre var ikke tilgjengelig, som innskrenket makten av våre analyser.
I konklusjonen, gir vår studie tyder på at funksjonelle polymorfismer
HSA-MIR-34b /c
rs4938723 T C og
HSA-MIR-423
rs6505162 C En kan endre individuelle responsen på ESCC. Fremtidige større studier med andre etniske befolkninger og funksjonell analyse er nødvendig for å bekrefte dagens funn.
