Abstract
The Hippo pathway begrenser aktiviteten til transkripsjons coactivators TAZ (
WWTR1
) og YAP. TAZ og YAP er rapportert å være overuttrykt i ulike kreftformer, men er fortsatt deres prognostisk betydning i kolorektal kreft unstudied. Uttrykket nivåer av TAZ og YAP, og deres nedstrøms transkripsjons mål,
AXL Hotell og
CTGF
, ble hentet fra to uavhengige tykktarmskreftpasient datasett som er tilgjengelige i Gene Expression Omnibus database, til sammen 522 pasienter . Vi fant at mRNA uttrykk for både TAZ og YAP var positivt korrelert med de av
AXL Hotell og
CTGF product: (
p
0,05). Høyt nivå mRNA uttrykk for TAZ,
AXL
eller
CTGF
signifikant korrelert med kortere overlevelse. Viktigere, pasienter som samtidig overekspresjon alle 3 genene hadde en betydelig kortere overlevelse, og kombinatorisk uttrykk for disse 3 gener var en uavhengig prediktor for overlevelse. Nedstrøms målgener for TAZ-AXL-CTGF overekspresjon ble identifisert ved Java-applikasjons MyStats. Interessant, gener som er assosiert med tykktarmskreft progresjon (
ANTXR1
,
EFEMP2
,
SULF1
,
TAGLN
,
VCAN
ZEB1 Hotell og
ZEB2
) ble oppregulert hos pasienter som samtidig overekspresjon TAZ-AXL-CTGF. Dette TAZ-AXL-CTGF genuttrykk signatur (GES) ble deretter brukt til tilkobling Kart for å identifisere små molekyler som potensielt kan brukes til å reversere denne GES. Av de 20 små molekyler identifisert ved tilkobling kartet, amilorid (en kalium sparsom vanndrivende,) og tretinoin (all-trans retinsyre) har vist terapeutisk løftet i hemming av tykktarmskreft cellevekst. Ved hjelp MyStats, fant vi at lavt nivå uttrykk for enten
ANO1
eller
SQLE
var assosiert med bedre prognose hos pasienter som samtidig er overexpressed TAZ-AXL-CTGF, og at
ANO1
var en uavhengig prediktor for overlevelse sammen med TAZ-AXL-CTGF. Til slutt fikk vi bekreftet at TAZ regulerer Axl, og spiller en viktig rolle i clonogenicity og ikke-klebende vekst
in vitro Hotell og tumordannelse
in vivo
. Disse dataene tyder på at TAZ kan være et terapeutisk mål for behandlingen av kreft i tykktarmen
relasjon:. Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Y-H, Tham JM, Zhang X, Q Zeng et al. (2013) TAZ Expression som en prognostisk indikator i tykktarmskreft. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10,1371 /journal.pone.0054211
Redaktør: Gabriele Saretzki, University of Newcastle, Storbritannia
mottatt: 29 juni 2012; Godkjent: 10 desember 2012; Publisert: 23 januar 2013
Copyright: © 2013 Yuen et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien er finansiert av Direktoratet for vitenskap, teknologi og forskning (A * STAR), Singapore. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
The Hippo pathway spiller en viktig rolle i celleproliferasjon, orgel størrelse kontroll, og kreftutvikling og progresjon [1], [2], [3], [4]. YAP og TAZ er begge transkripsjonelle ko-aktivatorer som er hemmet av flodhesten sti [1], [2], [3], [4]. Avvikende inaktivering av Hippo sti og /eller overekspresjon av TAZ og YAP resulterer i transcriptional aktivering av sine nedstrøms mål [1], [2], [3], [4].
YAP overekspresjon induserer celleproliferasjon og epitelial mesenchymale overgang (EMT), og inhiberer apoptose og kontakt-inhibering [5], [6], [7]. Transkripsjonen aktivering av epidermal vekstfaktor-reseptor-ligand amfiregulin kan utgjøre YAP-mediert induksjon av celle-proliferasjon, spesielt under serum-uttømming [7], mens YAP samarbeider også med Myc for å fremme celleproliferasjon [8]. Nylig, YAP har vist seg å spille en avgjørende rolle i stamcellebiologi. Det blir indusert under pluripotent stamcelle omprogrammering, mens tie av YAP reduserer pluripotency av embryonale stamceller [9]. YAP fremmer eggstokkreft progresjon, og høye nivåer av atom uttrykk er omvendt assosiert med pasientens overlevelse [10]. Spesielt er YAP forbundet med klare celle ovarietumorer, en ovarian malignitet subtype med dårlig prognose [11]. YAP har også vist seg å spille en rolle i onkogent esophageal karsinomer [12]. I leverkreft, mikroRNA-mediert hemming av YAP hemmer tumor egenskaper inkludert celleproliferasjon og invasjonen [13]. Motsatt finnes det rapporter som viser en motsatt, tumor undertrykkende, rollen YAP fremme p73-mediert apoptose [14], [15]. I bryst og hode- og nakkekreft, og YAP blitt vist å virke som en tumor suppressor i visse tilfeller [14], [16].
TAZ er strukturelt homologe med YAP, er likeledes inhiberes ved flodhesten vei, og også fremmer EMT-mediert kreft progresjon [17], [18], [19]. TAZ regulerer mesenchymale stamceller differensiering ved å modulere Runx2- og PPARy-avhengig genekspresjon [20], samt stamcelleselvfornyelse gjennom å kontrollere lokaliseringen av Smad [21]. TAZ spiller en viktig rolle i progresjon av brystkreft [22], [23] og ikke-småcellet lungekreft [24], [25]. Viktigere, overfører TAZ kreft stamcellerelaterte egenskaper på brystkreftceller, noe som ytterligere fremhever dens betydning i startfasen og progresjon [26]. TAZ er også overuttrykt i papillær thyroideakarsinom [27].
TAZ og YAP er blitt vist å interagere med flere transkripsjonelle faktorer [2], [3], [4], med TEAD familien av transkripsjonsfaktorer ( TEAD1-4) er den mest relevante i celleproliferasjon og kreft progresjon [19], [28], [29]. De X-ray krystallstrukturer av YAP-TEAD komplekser har blitt løst, og den foreslåtte samhandling er støttet av og i samsvar med funksjonsanalyse [30], [31], [32], som viser at YAP-TEAD komplekser aktiverer gentranskripsjon.
YAP ekspresjon ble observert i colon adenokarsinom [33], [34], [35]. Det er overuttrykt i menneskelige tykktarmskreftprøver og overekspresjon av YAP fremmer celle spredning og overlevelse i tykktarm kreft celler [36]. Nyere funn viser at knockdown av TAZ resulterer i en reduksjon i celleproliferasjon i kultur og tumorvekst
in vivo product: [26].
Til tross for bevis som tyder på potensialet implikasjon av YAP og TAZ i tykktarmskreft progresjon, er deres prognostisk betydning ved kolorektalkreft ukjent. I denne studien analyserte vi mRNA uttrykk for YAP og TAZ, og to av sine nedstrøms målgener,
AXL Hotell og
CTGF
, i to uavhengige tykktarm kreft pasient kohorter som omfatter 522 pasienter. Vi fant ut at TAZ, men ikke YAP, er en prognostisk markør i tykktarm kreft progresjon. Videre TAZ-
AXL-CTGF
ko-overekspresjon, som definerer både ekspresjonen av TAZ og dens transkripsjonelle aktivitet på målet genekspresjon, er en ny prognostisk indikator, som er uavhengig av tumor karakter og stadium, for colon kreftpasienter. Rollen til TAZ i tykktarmskreft cellevekst og onkogenese ble validert av funksjonell studie.
Materialer og metoder
Utvinning av kliniske og microarray gene expression data fra tykktarmskreft pasient datasett
To tykktarmskreft pasient datasett, GSE14333 [37] og GSE17538 [38], som er tilgjengelig i Gene Expression Omnibus (GEO) Database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) ble inkludert i denne studien. GEO nettstedet har standardisert webadresser for de enkelte datasett, f.eks den generelle oppsummering av microarray datasettet GSE14333 kan nås på https://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. For hver GEO dataseriene, er linkene nederst på siden for å Series Matrix File (s), som inneholder uttrykket verdier for hvert gen (probeset) og hver microarray. Nettadressene til serien Matrix File (e) er også standardisert. For GSE14333, nettadressen var ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Filene i gzip format ble deretter pakket ut til tabulatordelt tekstformat, som inneholder detaljert informasjon for statistisk analyse. De GSE14333 og GSE17538 datasett er de to største tykktarmskreft pasient datasett på databasen, og omfatter 522 pasienter, 458 av hvis overlevelse data er tilgjengelig i databasen. Den GSE17538 data Serien består av fire delserie: GSE17536, GSE17537, GSE19072 og GSE19073. GSE19072 og GSE19073 ble ekskludert fra denne studien som de mangler kliniske data. Microarray genuttrykk data ble hentet fra data matriser avsatt til GEO databasen ved den originale forfatterne. De genuttrykk nivåer i GSE14333 og GSE17538 er representert med base-2 logaritme MAS5 verdi og RMA verdier, henholdsvis, som ble vedtatt av den originale forfatterne. R skripting ble brukt til å trekke ut uttrykket verdiene av et lite antall gener (probesets) av interesse og kliniske data fra data matriser lastet ned fra GEO.
Demografiske og kliniske data for de to pasientkullene
Både alder og kjønn av pasientene var tilgjengelige demografiske data i de to datasettene som ble analysert i denne studien. Pasientene hadde en median alder på 67 år (område: 26-92 år gamle) og 65,5 år (spredning: 23-94 år gamle) i henholdsvis GSE14333 og GSE17538,. Det var 43% og 46% kvinner, henholdsvis, i kohort GSE14333 og GSE17538. Den GSE14333 kohorten består av 290 pasienter, for hvem 226 overlevelsesdata var tilgjengelige. Femten, 32, 31 og 21% av pasientene hadde fase A, B, C og D tumorer, respektivt. Overlevelses data var ikke tilgjengelig for alle pasienter med stadium D. Overlevelsesdata ble tilgjengelig for alle 232 pasienter i GSE17538 kohort. Tolv, 31, 33 og 24% av pasientene hadde svulster AJCC stadium I, II, III og IV, henholdsvis, og 8, 78 og 14% av pasientene hadde Grade A, B og C svulster hhv.
Korrelasjoner av genuttrykk nivåer og kliniske data
Alle statistiske analyser ble utført ved hjelp av SPSS19.0. Assosiasjonene mellom uttrykk nivåer av gener ble analysert ved Spearmans rank test. Expression nivåer ble videre delt inn i høye og lave nivåer med median uttrykk nivå som cut-off point for Kaplan-Meier overlevelsesanalyse. Resultatene ble sammenlignet med log-rank test. Univeriate Cox regresjonsanalyse ble brukt til å korrelere genuttrykk nivåer og pasient overlevelse og multivariat Cox regresjonsanalyse ble brukt for å identifisere uavhengige prediktorer for pasienten å overleve ved hjelp av en bakover stegvis tilnærming med innreise grense på p 0,1 og en fjerning grense på p 0,05 . Pasientene ble delt videre inn i 4 grupper basert på uttrykket nivåer av TAZ, AXL og CTGF; den TAZ-AXL-CTGF-lav gruppe besto av pasienter som uttrykte alle disse 3 genene til lave nivåer; Taz-AXL-CTGF-mellomprodukt-lav gruppe besto av pasienter som uttrykte en av disse tre genene på et høyt nivå; Taz-AXL-CTGF-middels høy gruppe besto av pasienter som uttrykte to av disse tre gener ved høye nivåer; den TAZ-AXL-CTGF-høy gruppe besto av pasienter som uttrykte alle tre gener på høye nivåer. Overlevelsestiden for pasientene stratifisert etter denne grupperingen metoden ble analysert ved Kaplan-Meier analyse og Cox regresjon som beskrevet ovenfor.
Identifikasjon av TAZ-AXL-CTGF co-uttrykke gener
Pasientene var stratifisert inn i fire grupper basert på uttrykket nivåer av TAZ, AXL og CTGF som beskrevet ovenfor. De genuttrykksmønster av pasienter i TAZ-AXL-CTGF lav undergruppe og de i TAZ-AXL-CTGF høy undergruppe (hvis overlevelse signifikant dårligere) ble sammenlignet. Probesets som ble differensielt uttrykte mellom disse to undergrupper ble identifisert ved to-prøve Welch T-test. Denne test ble anvendt for å unngå den type I-feil på grunn av ulike variasjoner av verdiene av probesets mellom undergruppene. I korthet ble et Welch t test anvendt på hver probeset svarende til en viss gen i datamatrise ved hjelp av egne Java-applikasjons MyStats. P-verdier og differensial uttrykk i fold endringer for alle probesets ble generert som tabulatorseparerte regneark i Excel for videre analyse. Genene ble prioritert av stigende p-verdier. De 100 probesets ble prioritert i begge pasient datasett, og genene felles for begge datasettene ble analysert videre.
Identifisering av potensielle hemmende forbindelser rettet mot TAZ-AXL-CTGF overekspresjon tykktarmskreft (Connectivity Map)
Gene uttrykk tilkobling kartlegging ble utført ved hjelp av statistisk signifikant Connection Map (sscMap) for å identifisere kandidat lite molekyl forbindelser som kan hemme uttrykket av gener som er co-regulert i TAZ-AXL-CTGF samtidig uttrykte aggressiv tykktarmskreft [39], [40], [41]. Av de probesets identifisert til å være co-uttrykt med TAZ-AXL-CTGF, 33 var tilstede på Affymetrix HG-U133A microarray plattform, som ble brukt til å generere den microarray database for tilkoblings Map [39]. Den kompilerte genet signaturen ble deretter matet til den Java-applikasjon sscMap [41] som en spørring signatur, og dens tilknytning til 6000 genekspresjonsprofiler genereres ved å behandle kreftceller med over 1000 små molekyler ble sammenlignet. Genet signatur perturbasjon prosedyre, noe som øker spesifisiteten av utgangsresultatene, ble påført som tidligere beskrevet [42]. Alle de små molekylære forbindelser, som ble negativt forbundet med TAZ-AXL-CTGF-GES, ble sortert og rangert etter deres
p
-verdi, forstyrrelse stabilitet og standardisert tilkobling poengsum.
p
-verdi som ble ansett som vesentlig ble satt på en streng terskel (p = 1/1309), noe som sikrer at resultatene som genereres av sccMap gi bare maksimalt en forventet falsk positiv lite molekyl over 1309 små molekyler testet i sccMap [42]. De 20 beste små molekyler ble deretter inngått Pubmed (www.pubmed.com) søkemotor sammen med tykktarmskreft å identifisere forskningsartikler som har beskrevet sine effekter av bestemte molekyler på behandling av tykktarmskreft.
Identifikasjon terapeutiske mål for tykktarmskreftpasienter overekspresjon TAZ-AXL-CTGF
pasienter som samtidig er overuttrykt TAZ-AXL-CTGF ble delt i to grupper basert på deres overlevelse statuser. Differensial uttrykk for ulike probesets mellom pasienter i TAZ-AXL-CTGF-live undergruppe og de i TAZ-AXL-CTGF avdøde gruppen ble identifisert som beskrevet ovenfor.
Cell kultur og retroviral transduksjon
HCT116 og SW620-celler ble oppnådd fra American Type Culture Collection og opprettholdt i F12K /DME medium supplert med 10% føtalt bovint serum (FBS), 10 pg /ml Penicillin /Streptomycin (P /S) (Life Technologies, Carlsbad, CA ). Den amfotropisk Phoenix pakkende cellelinje ble oppnådd fra Nolan Laboratory (Stanford University), og opprettholdt i DMEM-medium supplert med 10% FBS og 10 ug /ml P /S. Retroviral infeksjon ble utført som tidligere beskrevet [18]. Den korte hårnål (shRNA) mot humant TAZ konstruere (5′-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 «) bæres av pSuperRetro-puro vektor (shTAZ) ble brukt for TAZ knockdown (Oligoengine, Seattle, Washington) mens rykke shRNA konstruksjon (5» CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 «, shScr) ble brukt for kontroll. Stabile cellelinjer ble etablert ved å velge traduced cellene i 2 ug /ml puromycin (Sigma Aldrich, St. Louis, MO).
Western blot-analyse
Immunoblotting ble utført som tidligere beskrevet [18 ] med SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). Den kommersielle TAZ antistoff ble oppnådd fra IMGENEX (San Diego, CA).
forankrings-uavhengig myk agar og klonogene analyser
For det myke agar assay, 5000 cellene resuspendert i 0,35% (w /v) agarose i dyrkningsmedium ble lagt oppå en størknet 0,5% (w /v) agarose i dyrkningsmedium. Det øvre lag ble tillatt å størkne. Medium med puromycin ble tilsatt den neste dag, og cellene ble deretter inkubert ved 37 °
C med 5% CO
2. Friskt medium med puromycin ble supplert, og koloniene som ble dannet ble farget med 1 mg /ml Thiazolyl blå tetrazoliumbromid (Sigma Aldrich) i 4 timer i en inkubator ved 37 ° C med 5% CO
2. Overskudd av fargestoff ble fjernet ved avfarging flere ganger med vann, og antallet kolonier ble bestemt.
For klonogene analysen 500 celler ble sådd per brønn i triplikat i 6-brønns plate. Dyrkningsmediet ble fornyet hver uke, og cellene ble fiksert med 4% paraformaldehyd i PBS etter 2 ukers inkubering ved 37 ° C med 5% CO
2. De fikserte celler ble farget med 0,5% krystallfiolett (Sigma Aldrich) i 20% etanol over natten. Cellene ble skyllet med vann, tørket og koloninummer ble analysert.
tumorgenese i nakne mus
hundre ul av en cellesuspensjon på 1,5 x 10
7 /ml ble inokulert subkutant i venstre og høyre bakben flankene av fire- til seks uker gamle kvinnelige nakne mus. Tumorutviklingen ble overvåket sfter 2 uker. Musene ble deretter avlivet og svulstene ble fjernet for analyse.
Resultater
TAZ og YAP mRNA uttrykk positivt korrelert med mRNA uttrykk for sine nedstrøms målgener, AXL og CTGF
tidligere har vi og andre vist at
AXL Hotell og
CTGF
er to viktige nedstrøms målgener av TAZ og YAP [23], [43], [44]. I denne studien undersøkte vi om mRNA uttrykk nivåer av de to transkripsjons co-aktivatorer i Hippo vei, TAZ og YAP, korrelerer med mRNA uttrykk for
AXL Hotell og
CTGF
. I de 290 tykktarmskreftpasienter fra GSE14333 datasettet, ble TAZ uttrykk signifikant korrelert med både AXL (Spearmans rank test,
r
= 0,547,
p
0,001; figur 1A) og CTGF (
r
= 0,543,
p
0,001; figur 1B) uttrykk. YAP mRNA uttrykk ble også positivt korrelert med AXL (
r
= 0,154,
p
= 0,009; figur 1C) og CTGF (
r
= 0,141,
p
= 0,016; figur 1D) mRNA-ekspresjon i det samme datasettet, men i mindre grad. I 232 tykktarmskreftpasienter fra GSE17538, ble TAZ mRNA uttrykk signifikant positivt korrelert med både AXL (
r
= 0,752,
p
0,001; figur 1E) og CTGF (
r
= 0,686,
p
0,001; figur 1F) mRNA-uttrykk, mens YAP mRNA ble også signifikant positivt korrelert med mRNA-ekspresjon av begge gener, igjen til en mindre grad (AXL:
r
= 0,343,
p
0,001; figur 1G og CTGF.
r
= 0,387,
p
0,001; figur 1 H)
Scatter tomter for (A) TAZ mRNA uttrykk versus
AXL
mRNA uttrykk, (B) TAZ mRNA uttrykk versus
CTGF
mRNA uttrykk, (C) YAP mRNA uttrykk versus
AXL
mRNA uttrykk, og (D) YAP mRNA uttrykk versus
CTGF
mRNA uttrykk i GSE14333 tykktarm kreft datasett, og (E) TAZ mRNA uttrykk versus
AXL
mRNA uttrykk, ( F) TAZ mRNA uttrykk versus
CTGF
mRNA uttrykk, (G) YAP mRNA uttrykk versus
AXL
mRNA uttrykk, og (H) YAP mRNA uttrykk versus
CTGF
mRNA uttrykk i GSE17538 tykktarmskreft datasett.
TAZ, men ikke YAP, er mRNA uttrykk en prediktor for pasient overlevelse
i de 226 pasientene som overlevelsesdata var tilgjengelig fra GSE14333 tykktarmskreft pasient kohort, et høyt nivå av TAZ mRNA uttrykk var signifikant korrelert med kortere overlevelse (høyt nivå: bety overlevelse = 72,3 måneder, 95% konfidensintervall (KI) = 63-81 måneder; lavt nivå: bety overlevelse = 129 måneder, 95% KI = 121-136 måneder,
p
0,001; Figur 2A). Ved Cox-regresjonsanalyse, ble TAZ mRNA uttrykk signifikant korrelert med overlevelse (fareforhold (HR) = 2,251, 95% KI = 1,626 til 3,116,
p
0,001; figur 2C) i GSE14333 tykktarmskreft pasient kohort. Ved multivariat analyse (figur 2C), TAZ mRNA uttrykk (HR = 2,062, 95% KI = 1,472 til 3,116,
p
0,001) og svulst staging (
p
0,001) er begge uavhengige prediktorer for overlevelse i samme årsklasse. Tilsvarende er en høy grad av TAZ mRNA-ekspresjon ble signifikant korrelert med kortere pasientoverlevelse i GSE17538 tykktarmskreftpasient kohort (høyt nivå: gjennomsnittlig overlevelse = 84 måneder, 95% CI = 72-96 måneder, lavt nivå: gjennomsnittlig overlevelse = 109 måneder , 95% CI = 97-120 måneder,
p
= 0,011; figur 2B). Ved Cox-regresjon, er TAZ mRNA uttrykk en prediktor for overlevelse i denne kohorten (HR = 1,743, 95% KI = 1,177 til 2,582,
p
= 0,006; figur 2D). Mulivariate Cox-regresjonsanalyse viste også at TAZ mRNA uttrykket (HR = 1,998, 95% KI = 1,245 til 3,205,
p
= 0,004; figur 2D) var en uavhengig prediktor for overlevelse sammen med stadium (
p
0,001) og klasse (
p
= 0,03) av kreft i denne tykktarm kreft pasient kohort. På den annen side, gjorde YAP mRNA uttrykk ikke signifikant korrelert med pasientens overlevelse av Kaplan-Meier analyse (GSE14333:
p
= 0,519; figur 2E og GSE17538:
p
= 0,634; figur 2F ) eller ved Cox-regresjonsanalyse (GSE14333:
p
= 0,673; figur 2G og GSE17538:
p
= 0,979; figur 3H) i begge datasett. Disse resultatene tyder på at TAZ mRNA uttrykk er en roman prognostisk markør for tykktarmskreftpasienter, men YAP er det ikke.
Kaplan-Meier analyser for TAZ mRNA uttrykk i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett . Univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse for TAZ mRNA uttrykk, alder, tumorstadium og svulst karakter i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Kaplan-Meier analyser for YAP mRNA uttrykk i (E) GSE14333 og (F) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse for TAZ mRNA uttrykk, alder, tumorstadium og svulst karakter i (G) GSE14333 og (H) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett.
Kaplan-Meier analyser for
AXL
mRNA uttrykk i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse for
AXL
mRNA uttrykk, alder, tumorstadium og svulst karakter i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Kaplan-Meier analyser for
CTGF
mRNA uttrykk i (E) GSE14333 og (F) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse for
CTGF
mRNA uttrykk, alder, tumorstadium og svulst karakter i (G) GSE14333 og (H) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett.
Både AXL og CTGF, nedstrøms målgener av TAZ og YAP, er prediktorer for pasientens overlevelse
for å undersøke om det funksjonelle utfallet av transkripsjonsprogrammet formidlet av TAZ og YAP overfører prognostisk verdi i kolon kreftpasienter, vi analysert hvorvidt mRNA uttrykk for AXL og CTGF, to av de mest definerte målgener av TAZ /YAP-TEAD komplekser, korrelerer med overlevelse av pasienter i de to tykktarm kreft pasient kohorter.
Høy mRNA uttrykk for AXL korrelert med en kortere tykktarmskreftpasient overlevelsestid i GSE14333 kohorten, selv om denne sammenhengen var ikke signifikant (høyt nivå: bety overlevelse = 80 måneder, 95% KI = 71-88 måneder, lavt nivå: bety overlevelse = 114 måneder, 95% KI = 101 -129 måneder,
p
= 0,064; figur 3A). I GSE17538 årsklasse, ble høyt nivå mRNA uttrykk for AXL signifikant korrelert med kortere overlevelse (høyt nivå: bety overlevelse = 84 måneder, 95% KI = 72-96 måneder, lavt nivå: bety overlevelse = 104 måneder, 95% KI = 94 -114 måneder,
p
= 0,004; figur 3B). Ved Cox-regresjonsanalyse, AXL mRNA uttrykk var en prediktor for pasient overlevelse i både GSE14333 (HR = 1,839, 95% KI = 1,230 til 2,748,
p
= 0,003; figur 3C) og GSE17538 (HR = 2,158, 95% KI = 1,141 til 4,081,
p
= 0,018; figur 3D) kohorter. I GSE14333 årsklasse, AXL mRNA uttrykk (HR = 1,631, 95% KI = 1,076 til 2,471,
p
= 0,021; figur 3C) var en uavhengig prediktor for pasientens overlevelse med svulst staging (
p
0,001), mens i GSE17538 kohorten, AXL mRNA uttrykk (HR = 3,700, 95% KI = 1,665 til 8,220,
p
= 0,001; figur 3D) var en uavhengig prediktor for pasientens overlevelse sammen med scene (
p
0,001). og Karakter (
p
= 0.055) av kreft
Lignende resultater ble oppnådd for CTGF. Et høyt nivå av CTGF mRNA uttrykk var signifikant korrelert med kortere pasient overlevelse i både GSE14333 (høyt nivå: bety overlevelse = 87 måneder, 95% KI = 74-102 måneder, lavt nivå: bety overlevelse = 98 måneder, 95% KI = 88 -108 måneder,
p
= 0,012; figur 3E) og GSE17538 (høyt nivå: bety overlevelse = 85 måneder, 95% KI = 73-97 måneder, lavt nivå: bety overlevelse = 105 måneder, 95% KI = 95-114 måneder,
p
= 0,004; figur 3F) kohorter. Univariate Cox-regresjonsanalyse viste også at CTGF mRNA uttrykk var en prediktor for pasient overlevelse i begge kohorter (GSE14333: HR = 1,667, 95% KI = 1,260 til 2,232,
p
0,001; figur 3G og GSE17538 : HR = 1,433, 95% KI = 1,126 til 1,825,
p
= 0,004; figur 3H). Videre er CTGF mRNA uttrykk en uavhengig prediktor for overlevelse i begge kohorter (GSE14333: HR = 1,543, 95% KI = 1,155 til 2,061,
p
0,001; figur 3G og GSE17538: HR = 1,902, 95 % CI = 1,385 til 2,612,
p
0,001; figur 3H) sammen med scene (GSE14333:
p
0,001 og GSE17538:
p
0,001 ) og klasse (GSE17538.
p
= 0,053) av kreft
TAZ, AXL og CTGF kan brukes i kombinasjon for å forutsi tykktarmskreft pasient overlevelse
Som beskrevet ovenfor, uttrykk for TAZ,
AXL Hotell og
CTGF
alle korrelert med tykktarmskreft pasient overlevelse. Vi har videre undersøkt om deres ekspresjon kan bli anvendt i kombinasjon som en prognostisk markør for tykktarmskreftpasienter. I GSE14333 årsklasse, pasienter med tumorer hadde lavt uttrykk av de tre genene hadde en bety overlevelse på 117 måneder (95% KI = 110-123 måneder), mens de som svulster overexpressed bare en av de tre genene også hadde en gjennomsnittlig overlevelse av 117 måneder (95% KI = 101-132 måneder). Pasienter hvis tumorer hadde et høyt ekspresjonsnivå av to av de tre genene hadde en gjennomsnittlig overlevelsestid på 65 måneder (95% CI = 57-74 måneder), mens de med tumorer som hadde et høyt nivå ekspresjon av alle tre gener hadde en midlere overlevelse gang på 72 måneder (95% KI = 60-84 måneder). Overlevelsestiden for pasientene mellom disse fire undergruppene var signifikant forskjellig (
p
= 0,001, figur 4A). I Cox-regresjonsanalyse ved hjelp av undergruppen som inneholder pasienter med tumorer hadde et lavt uttrykk av alle tre gener som en referansegruppe, fant vi at pasienter med tumorer overexpressed en (HR = 3,953, 95% KI = 1,070 til 14,607,
p
= 0,039), to (HR = 6,503, 95% KI = 1,894 til 22,330,
p
= 0,003) eller alle tre gener (HR = 7,656, 95% KI = 2,287 til 25,628,
p
= 0,001) hadde en økt risiko for sykdomsprogresjon (Figur 4C).
Pasientene ble delt inn i 4 grupper etter hvor mange gener som de overexpressed (uttrykt ved over mediannivået ) blant TAZ,
AXL Hotell og
CTGF
. Kaplan-Meier analyser for TAZ-AXL-CTGF mRNA uttrykk i (A) GSE14333 og (B) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett. Univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse for TAZ-AXL-CTGF mRNA uttrykk, alder, tumorstadium og svulst karakter i (C) GSE14333 og (D) GSE17538 tykktarmskreft pasient datasett.
Lignende resultater ble oppnådd i GSE17538 pasient kohort. Pasienter hvis tumorer uttrykte de tre genene på lavt nivå hadde en gjennomsnittlig overlevelsestid på 108 måneder (95% CI = 97-119 måneder), de som har tumorer hadde et høyt nivå av ekspresjon av en av de tre genene hadde en midlere overlevelsestid på 88 måneder (95% KI = 72-104 måneder), de som har svulster overexpressed to av de tre genene hadde en bety overlevelse tid på 99 måneder (95% KI = 78-121 måneder), mens de som har svulster overexpressed alle tre gener hadde en bety overlevelse tid på 77 måneder (95% KI = 63-91 måneder). Økende forekomst av overekspresjon av disse tre genene resulterte i betydelig kortere overlevelse hos disse pasientene (Kaplan-Meier analyse,
p
= 0,01, figur 4B). Cox-regresjonsanalyse ved hjelp av svulster som overuttrykt ingen av de tre gener som referanse viste at pasienter med tumorer overexpressed en (HR = 1,675, 95% CI = 0,75 til 3,741,
p
= 0,203), to (HR = 1.770, 95% KI = 0,790 = 3,966,
p
= 0,166) og alle de tre gener (HR = 2,807, 95% KI = 1,482 til 5,317,
p
= 0,002) hadde en økt risiko for sykdomsprogresjon (figur 4D)
Ja, pasienter med tumorer uttrykt TAZ,
AXL Hotell og
CTGF
mRNA ved lave nivåer (GSE14333. bety overlevelse = 117 måneder, 95% KI = 110-123; GSE17538: bety overlevelse = 108 måneder, 95% KI = 95-121 måneder) hadde overlegen overlevelse sammenlignet med dem som svulster overexpressed alle tre gener (GSE14333: bety overlevelse = 96, 95 % CI = 84-108,
p
0,001; GSE17538. bety overlevelse = 91 måneder, 95% KI = 81-101 måneder,
p
= 0,037; figur S1)
Verken alder eller kjønn av pasientene var faktor som bestemmes antall TAZ, AXL og CTGF at overexpressed enten tykktarm kreft pasient kohort. TAZ-AXL-CTGF uttrykk var bare signifikant lavere i svulster iscenesette et forhold til svulster i andre stadier (
p
= 0,022), men var ikke signifikant forskjellig mellom andre stadier i GSE14333. I GSE17538, TAZ-AXL-CTGF uttrykk var ikke signifikant forskjellig mellom AJCC trinn eller svulst karakterer. Når pasientene ble fordelt etter sin etappe, fant vi at TAZ-AXL-CTGF uttrykk fortsatt var signifikant korrelert med dårlig overlevelse hos pasienter med høyere stadium svulster. I GSE14333, ble stadig flere gener overuttrykt blant TAZ, AXL og CTGF signifikant korrelert med kortere overlevelse (HR = 1,414, 95% KI = 1,031 til 1,938,
p
= 0,032) hos pasienter med stadium C svulster . Lignende resultater ble oppnådd i GSE17538, der, ble TAZ-AXL-CTGF uttrykk forbundet med dårligere overlevelsen hos pasienter med tumorer av høyere kvalitet og høyere stadium.
