Av Jennifer Bails
TRIBUNE-GJENNOMGANG
torsdag 29 september, 2005
Helse tjenestemenn svarte raskere til hepatitt A utbrudd i Beaver County to år siden fordi genetiske tester som brukes under utbruddet gitt resultater innen få dager, ifølge en ny stat og føderale rapporten.
en teknikk som kalles viral sekvense aktivert US Food and Drug Administration for å lansere en umiddelbar etterforskning for å se om vårløk importert fra Mexico forårsaket utbruddet som syk 660 mennesker og drepte fire, ifølge en analyse for å bli publisert i den 15 oktober utgaven av The Journal of Infectious Diseases, men nå tilgjengelig på nettet.
Uten denne molekylære bevis, FDA Kunne « t har begynt å spore kilden til medisinske detektiver ferdig intervjue hepatitt A-pasienter om sine symptomer og hva slags mat de spiste og hvor, sier Dr. Anthony Fiore, en medisinsk epidemiolog ved US Centers for Disease Control and Prevention i Atlanta.
«i dette tilfellet, vi var i stand til å gjøre en antatt sammenheng mellom de grønne løk fra dyrkere i det nordlige Mexico i løpet av få dager etter starten av utbruddet bare basert på viral sekvense alene», sier Fiore. «Som et resultat, kan FDA få sin traceback etterforskningen startet tidligere, noe som førte dem til å sette en shipping forbud mot råvarer vokst med fire gårder.»
Det suksess kan føre til mer utbredt bruk av viral sekvense å spore sykdomsutbrudd , sier Fiore. Lignende metoder som allerede brukes rutinemessig for genetisk sammenligning av bakterier knyttet til E. coli og salmonella forgiftning.
Viral sekvense bestemmer rekkefølgen av de kjemiske enheter som utgjør den genetiske koden til et virus. Med hepatitt A, består den genetiske koden av enheter kalt RNA, som er strukturert i likhet med DNA. Noen deler av RNA-sekvens variere litt fra stamme til stamme. Forskere sammenligne variasjoner å fortelle hvor nært en viral belastning er relatert til en annen.
Technology har dukket opp bare i løpet av det siste tiåret til å sekvensere RNA raskt nok til å brukes under en hepatitt A utbrudd snarere enn etterpå, sier Fiore.
i de siste fem årene, forskere også lært hvordan du kan hente virusprøvene som er egnet for sekvensering fra blodserum, sa han. Tidligere ble avføringsprøver som kreves, som var tregere.
«Teknologien har avansert nok til at vi nå kan få resultater fra viral sekvense på mindre enn to dager,» Fiore sa.
I september 2003, Tennessee, North Carolina og Georgia rapportert 422 tilfeller av matbåren hepatitt A virus infeksjon Centers for Disease Control and Prevention. Gjennom pasientintervjuer og viral sekvensering, CDC tjenestemenn bestemmes disse tilfellene ble knyttet til inntak av forurenset vårløk, muligens importert fra Mexico.
De var pakke opp etterforskningen i begynnelsen av oktober som beskyttere av Chi-Chi restaurant i Beaver County kjøpesenter uvitende spiste forurenset vårløk.
Mens epidemiologer begynte å intervjue pasienter i Beaver County området, begynte CDC forskere sekvensevirusstammer isolert fra blodet.
Mens intervjuene pågikk, oppdaget forskerne RNA sekvens av hepatitt En stamme i Pennsylvania pasienter varierte med bare en kjemisk enhet fra viruset i Georgia og North Carolina utbrudd. Og det skilte med en enkelt enhet fra Tennessee virus.
«Det alene ikke bevise det måtte være relatert til samme kilde, men det var godt foreløpige bevis for at jump-startet hele prosessen raskere,» Fiore sa Jennifer Bails.
kan nås på [email protected] eller (412) 320-7991.
