Abstract
Bakgrunn
kreft~~POS=TRUNC biomarkører er søkt å støtte kreftdiagnose, forutsi kreft pasientens respons på behandling og overlevelse. Identifisere pålitelige biomarkører for å forutsi kreft behandlingsrespons trenger forståelse av alle aspekter ved kreft celledød og overlevelse. Galectin-3 og Beclin1 er involvert i to koordinerte veier av programmert celledød, apoptose og autofagi og er knyttet til necroptosis /nekrose. Målet med studien var å kvantifisere galectin-3 og Beclin1 mRNA i human kreft vev cDNA paneler og bestemme deres nytte som biomarkører for kreft celle overlevelse.
Metoder og resultater
Et panel av 96 cDNA fra åtte (8) forskjellige normale og kreft vevstyper ble anvendt for kvantitativ sanntids-polymerase kjedereaksjon (QRT-PCR) ved anvendelse av ABI7900HT. Miner2.0, en web-basert 4- og 3-parameter logistisk regresjon programmet ble brukt til å utlede individuelle vel Polymerase Chain Reaction effektivitet (E) og sykle terskel (CT) verdier. Miner programvare utledet formelen ble brukt til å beregne mRNA nivåer og deretter kaste endringer. Forholdene av kreft med normalt vev nivåer av galectin-3 og Beclin1 ble beregnet (ved bruk av gjennomsnittet for hver vevstype). Relative mRNA-uttrykkene for galectin-3 var høyere enn for Beclin1 i alle vev (normal og kreft) typer. I kreftvev, bryst, nyre, skjoldbruskkjertel og prostata hadde høyest galectin-3 mRNA-nivåer sammenlignet med normale vev. Høye nivåer av Beclin1 mRNA-nivåer var i leveren og prostata cancer når sammenlignet med normale vev. Bryst, nyre og skjoldbrusk kreft hadde høy galectin-3 nivåer og lave Beclin1 nivåer.
Konklusjon
Galectin-3 uttrykk mønstre i normale og kreft vev støtte sine rapportert roller i kreft hos mennesker. Beclin1 uttrykk mønster støtter sine roller i kreft celle overlevelse og i behandlingsrespons. QRT-PCR-analyse metode som brukes kan muliggjøre høy gjennomstrømning studier for å generere molekylære biomarkører sett for diagnostisering og forutsi kreft behandlingsrespons
Citation. Idikio HA (2011) Galectin-3 og Beclin1 /Atg6 gener i menneske Kreft: Bruke cDNA Tissue Panel, QRT-PCR, og logistisk regresjonsmodell for å identifisere kreftcelle biomarkers. PLoS ONE 6 (10): e26150. doi: 10,1371 /journal.pone.0026150
Editor: William C. S. Cho, Queen Elizabeth Hospital, Hong Kong
mottatt: 29 oktober 2010; Godkjent: 20 september 2011; Publisert: 19 oktober 2011
Copyright: © 2011 Halliday A. Idikio. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Forfatteren har ingen midler eller støtte til å erklære
konkurrerende interesser:.. forfatteren har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Kreft biomarkører er søkt å bidra i definitiv diagnose, behandlingstiltak, og forutsi overlevelse av kreftpasienter [1], [2]. For å forutsi kreft behandlingsrespons, er pålitelige markører for kreft celledød og overlevelse stier og hvordan de påvirkes av kreft behandlingsmetoder nødvendig. Tilgjengelige metoder for å identifisere slike markører genomikk, proteomikk og vev basert immunhistokjemisk farging [3]. Kvantifisering av kreft biomarkør transkripsjoner ved hjelp av real-time kvantitativ polymerase chain reaction (QRT-PCR) av store prøver kan hjelpe i søket etter klinisk anvendelige kreft biomarkører som kan integreres i klinisk utprøving utforming [4].
ønskede sluttpunkt ved behandlingen av kreft hos mennesker er å frembringe total cancercelledød [5], [6]. Kreft celledød kan fortsette via apotosis (type I), nekrose eller autofagi (type II) [7], [8]. Necroptosis (nekrose) er en programmert celledød bane som krever dannelsen av necrosome, har en naturlig inhibitor (necrostatin1), og krever fungerende kompleks av RIP1 og RIP3 (serin /treonin-kinase-reseptor-interaksjon proteiner 1/3) [9], [10], [11], [12]; necroptosis kan induseres av andre veier som toll-like reseptorer (TLR), Jun kinaser, CD40, SPP1 og glutation metabolisme [13]. Necroptosis og apoptose har noen felles regulatorer. RIP3 kan flytte celler fra apoptose til necroptosis [14]. Induksjon av autofagi kan utfylle narkotika-indusert kreft celledød [15]. Det er økende enighet om at alle tre programmerte celledødsveier er koblet sammen [16], [17]. Videre en rektor trekk ved de fleste kreftformer er å motstå celledød [18]. Mange faktorer og signalveier føre til kreft celledød [8]. Hemme autofagi kan fremme nekrotisk celledød [19], apoptose [20], og apoptose kan bytte til autofagi [21] og vice-versa [22].
Galectin-3, et medlem av galectin familien ( galectins 1-15), har både anti- og pro-apoptotiske virkninger, uttrykt i kjernen og cytoplasmaet [23], [24], påvirker Ras-signalisering i kreft [25] og kjernelokaliserings kan indusere resistens til behandling [26] , [27]. Galectin-3 er tilstede i mange normale vev og celletyper [28], inkludert endotelceller, [29]. Galectin-3-ekspresjon har vært knyttet til progresjon, metastase og overlevelse av pasienter med mange humane cancertyper slik som bryst og skjoldbruskkjertel-kreft [24], [30], [31]. Galectin-3 regulerer andre signalveier [32]. Galectin-3 signalering har ikke vært knyttet til autofagi, men har BH1 domene av Bcl-2 og samhandler med BCL-2 [33], [34] og dermed kunne samhandle med autofagi veien.
Beclin1 (også kjent som Atg6) er en autofagi relatert protein og haploinsufficient tumorsuppressorgenet og onkogen [35] og er sterkt uttrykt i mange humane kreftformer. Beclin1 over-uttrykk kan fremme kreft celle overlevelse [5]. Beclin1 slettes i noen kreftformer [36]. Beclin1 er en klasse III fosfatidylinositol 3-kinase [37], [38]. Autofagi genene er regulert av cellesyklusgener (E2-F1) [39], onkogener [40], [41], [42] og inositol trifosfat reseptor [43].
apoptose og autofagi aktiveres av lignende signaler som stress, medikamenter, stråling og er regulert av tilsvarende trasé som BCL-2, Bax, fosfatase og tensin homolog slettet i kromosom 10 (PTEN), mammalian target of rapamycin (mTOR), Akt, og p53 [5] , [8], [16], [20], [44], [45], [46], [47], [48]. Dette tyder på at uttrykk for galectin-3 kan regulere eller være knyttet til autofagi i kreft og fungere som ekstra modus for å påvirke kreft progresjon.
Formålet med studien var å fastslå uttrykk nivåer av galectin-3 og Beclin1 i både normal og kreft vev og relatere uttrykk mønstre i krefttyper.
i denne studien brukes QRT-PCR for å bestemme mRNA nivåer av galectin-3 og Beclin1 i humane kreftformer. Galectin-3 mRNA-nivåene var høyere enn Beclin1 i alle vevstyper og over og under-ekspresjon av både galectin-3 og Beclin1 ble sett hos normale og kreftvev. Funnene støtter de kjente effektene av galectin-3 på atferd og progresjon av visse menneskelige krefttyper. Beclin1 uttrykk nivåer foreslo bidrag til kreft atferd og foreslått rolle i kreftbehandling respons. Metoden for QRT-PCR analyse av data vil være til hjelp i store studier for å fastslå nyttige kreft celledød biomarkører.
Materialer og metoder
TissueScan cDNA Panel for kvantitativ real -Tid Polymerase Chain reaksjon (QRT-PCR)
Origene Oncology TissueScan cDNA panel av 96 prøver av humane normale (3) og kreft vev (9) (bryst, kolon, nyre, lever, eggstokk, prostata, lunge og skjoldbruskkjertelen) var innhentet fra Origene Inc (CSRT101; 2-96well pack). Brystvev var fra kvinner bare i alderen 42-63years. Colon prøvene var fra menn og kvinner i alderen 42-91years. Nyreprøver var fra menn og kvinner i alderen 32-57 år. Lung prøvene var fra menn og kvinner i alderen 49-79 år. Leverprøver var fra menn og kvinner i alderen 21-86 år. Thyroid prøvene var fra kvinner og menn i alderen 15-74 år. Eggstokk prøvene var fra kvinner bare i alderen 31-80years. Prostata prøvene var kun menn, i alderen 53-71years.
Grunning for QRT-PCR
De primere for Galectin-3 (LGALS3 kromosom 14q21-q22, NCBI GenBank ID NM-002306), Beclin1 (BECN1, Chromosome17q21: NCBI GenBank ID 003766) og β-Actin (ACTB; NCBI GenBank ID 001101) er i tabell 1 inkludert amplicon størrelse og lengder av primere. Primerne ble oppnådd fra PrimerBank [49]. De rensede oligonucletides ble kjøpt fra IDT (Integrated DNA Technologies Inc).
Kvantitativ RT-PCR (QRT-PCR)
kvantitativ real-time polymerase kjedereaksjoner (QRT-PCR) ble utført ved Integrert biomolecular design Laboratories (IBD) ved Avdeling for biokjemi, Institutt for medisinsk-odontologiske University of Alberta bruker Applied Biosystems 7900HT Fast real-Time PCR system (Applied Biosystems Inc CA, USA). Reaksjonsblandingen inneholdt 5 ul av prøven blandet med 15microL av PCR-cocktail (primer 2,8 uM og Jump2X (dNTP 160 ul, ROX 400 ul, SYBER GREEN 1/00 DMSO 50 ul, Jump Taq 240 ul totalt 10 ml) ved en forholdet mellom 01:02) .Hver godt ble kjørt i to eksemplarer for test primer og referanse (β-aktin) og en duplikat prøvesett ble kjørt for hver primer av interesse. Reaksjonen for hver brønn ble utført som følger: 95 ° C i 3 minutter, etterfulgt av 95 ° C i 15 sekunder, 55 ° C i 15 sekunder, 72 ° C i 1 minutt x 40 sykluser, og deretter etterfulgt av 95 ° C i 15 sekunder, deretter 60 ° C i 15 sekunder og til slutt 95 ° C i 15 sekunder. Den ABI7900HT programvare (SD 2,0) ble anvendt for å oppnå rå fluorescens-data (Rn og DRN) for analyse.
QRT-PCR-dataanalyse
Alle rå fluorescens data (Rn) for hver brønn ( in duplo) ble lastet opp til Miner nettsted (www.ewindup.info/miner/verson2) for analyse ved hjelp av 4- og 3-parameter logistisk regresjonsmodell til å beregne effektivitet (E) og sykle terskel (CT) verdier avledet fra den andre deriverte maksimum av modellen [50]; den kinetiske modellen krever ikke bruk av standardkurven, definerer S-formet kurve for hver PCR, identifiserer den eksponensielle fase (EP) av PCR-reaksjonen, anslår effektivitet (E) ved bruk av iterativ ikke-lineær regresjon, etterfulgt av vektet gjennomsnitt for å passe til den aktuelle kurve av rådata og Ct avledet fra andre deriverte maksimum. Miner programvare levert resultatene for hver brønn og gjennomsnittlig Ct og effektivitet for hver brønn. Prøvene ble i duplikat, og den midlere /gjennomsnitts ble anvendt i beregningene av effektivitet (E) og Ct. Lignende fremgangsmåter er blitt brukt av andre, for eksempel de sigmoidal kurve-tilpasningsmodellen [51], [52], [53] og lineær regresjonsmodell [54]. Mange aspekter ved MIQE retningslinjene ble tatt hensyn til metoder og analyse [55].
Statistical Analysis
Den statistiske programvarepakken R (www.r-project.org) ble brukt til å beregne relativ konsentrasjoner (endring) av mRNA nivåer av galectin-3 og Beclin1 i prøvene ved hjelp av Miner formel 1 /(1 + E) ∧CT. Gretl programvare (v1.8.0) ble benyttet for plotting og statistisk analyse.
Resultater
Galectin3 mRNA oppregulering i Human Cancer Vev
Totalt galectin-3 mRNA nivåer i alle 96 prøver er vist på fig. 1a. Minimumsverdien var 1,2E-03 og maksimumsverdien var 937e-02 (gjennomsnitt = 67.6047e-02 +/- 130.3e-02). Relative mRNA-nivåer av galectin-3 i normale vev er i fig. 1b og for kreftvev i fig. 1c. Det høyeste nivået av galectin-3 i normalt vev var i kolon mukosa. Normale og kreft vev fra lever og lunge hadde de laveste uttrykk for galectin-3. Høy galectin-3-uttrykkende kreft vev var bryst, prostata, nyre og skjoldbruskkjertel når sammenlignet med normale vev (tabell 2 og 3).
(A) Boks-plot av den samlede Galectin-3-ekspresjon i alle vev typer. (B) Boksplott av galectin-tre fordeling av relative mRNA nivåer i normalt vev (Na = normal bryst, Nb = Normal tykktarm, Nc = Normal nyre, Nd = Normal leveren, Ne = Normal lunge, Nf = Normal eggstokk, Ng = Normal prostata, Nh = normal thyroid). (C) Boksplott av relative mRNA nivåer av galectin3 i kreftformer vev. BRCA = Brystkreft, Col_Ca = tykktarmskreft, Ca_Kid = Nyre kreft, Ca_Liv = leverkreft, Ca_Lun = lungekreft, Ca_Ova = eggstokkreft, Ca_Pros = Prostatakreft, Ca_Thyr = skjoldbruskkjertelkreft (se tabell 2a og b for verdier for hver gruppe).
Beclin1 /Atg6 mRNA i human Normal og kreft vev
Relative mRNA nivåer for Beclin1, i alle 96 vevstyper ble lavere sammenlignet med galectin -3 (fig. 2a). Minimumsverdien var 1.27e-05 og maksimumsverdien var 5.15e-01 (gjennomsnitt = 3.18056e-02 +/- 6.4003e-02). Fordelingen av Beclin1 mRNA i normale vev er presentert i fig. 2b og for kreft vevstyper som er vist i fig. 2c og Tabeller 4 og 5. tykktarm, prostata og lever kreft vev hadde høye relative mRNA-verdier.
(A). Box plott av den generelle uttrykk i alle vevstyper. (B) Boksplott av Beclin1 distribusjon av mRNA nivåer i normalt vev (Na = normal bryst, Nb = Normal tykktarm, Nc = Normal nyre, Nd = Normal leveren, Ne = Normal lunge, Nf = normal eggstokk, Ng = Normal prostata, Nh = Normal skjoldbruskkjertelen). (C) Boks-whisker plott av de relative Beclin1 mRNA-nivåer i kreftvev. BRCA = Brystkreft, Col_Ca = tykktarmskreft, Ca_Kid = Nyre kreft, Ca_Liv = leverkreft, Ca_Lun = lungekreft, Ca_Ova = eggstokkreft, Ca_Pros = Prostatakreft, Ca_Thyr = skjoldbruskkjertelkreft (se tabell 3a og b for verdier).
Ubalanse av Galectin-3 og Beclin1 /Atg6 Expression i Normal og kreft vev
Expression nivåer av mRNA for galectin-3 og Beclin1 i alle 96 vev er vist på fig. 3. Wilcoxon Signed-Rank tester for forskjellene mellom galectin-3 og Beclin1 viste p-verdi på 2.22045e-en (to-halet). I brystkreft vev, ble galectin-3, men ikke Beclin1 sterkt uttrykt i kreft sammenlignet med normalt vev. I colonic kreftvev, Beclin1 var høyere i kreft i forhold til det normale, samtidig som galectin-3 var lavere sammenlignet med normale vev. Beclin1 nivået var høyere i kreft enn normalt levervev mens galectin-3 var lav men høyere i kreft enn normalt vev. Nyre og skjoldbrusk kreft vev hadde høy galectin-3, men senker Beclin1 i kreft i forhold til det normale. I eggstokkene, både galectin-3 og Beclin1 nivåene var lavere i kreft i forhold til normal eggstokk vev. Lunge vev hadde lavere galectin-3 og høyere Beclin1 i kreft i forhold til det normale. Prostata kreftvev hadde både galectin-3 og Beclin1 nivåer over normale nivåer vev (tabell 2, 3, 4 og 5, figur 4).
(gjennomsnittlig +/- standardavvik) Gal3 = 67.605e-02 + /-1,3030 Beclin1 = 3.1806e-02 +/- 6.4003e-02.
Sammen endringer i galectin-3 og Beclin1 uttrykk i enkelte krefttyper vises.
diskusjon
Denne studien var å kvantifisere transkripsjonsnivåer av to celledød markører i menneske normale og kreft vev, sammenligne nivåer mellom normale og kreft vev, og sammenligne og korrelere nivåer i de ulike krefttyper. Studien fant forhøyede nivåer av galectin-3 mRNA og relativt lave nivåer av Beclin1 mRNA. Fordelingen av galectin-3 mRNA-nivåer i normale og kreftvevet er høyere enn for Beclin1 (tabellene 2, 3, 4, og 5); det er ingen indikasjon på at dette innebærer at galectin-3 funksjon i apoptose forstyrrer Beclin1 er autofagi funksjoner. At samhandling, hvis det er identifisert, kan påvirke kreftbehandling respons. Både galectin-3 og Beclin1 kan transportere til kjerner [56], [57], nå Golgi organ [58] og samhandle med BCL-2 [33] og er hemmet av BCL-2 [44], [59]. Beclin1 er også et terapeutisk mål [60] som autofagi kan øke motstanden mot bestråling; hemming av Beclin1 fører til økt følsomhet for bestråling [19].
Galectin-tre rolle i Human in Cancer
Nye observasjoner i en kreft xenograft modell indikerer at hemming av galectin-3, ved hjelp av syntetisk lactulosyl-1-leucin i kombinasjon med taxol, redusert lungemetastaser og øket metastaser-frie dyr [61]; et funn som peker mot økende relevans galectin-3 aktiviteter i menneskelig kreft. En annen studie brukes lite molekyl hemming av galectin-3 i skjoldbruskkjertelen kreftcellelinjer og viste at hemming induserer apoptose av kreftceller og følsomhet for doksorubicin [62]. Kreft stroma angiogenese kan fremmes gjennom matriksmetalloproteinase spalting av galectin-3 N-terminale [63] i både in vitro-angiogenese modeller og humane kreft vev. Videre er bruk av galectin-3-inhibitorer in vitro og Gal3 (- /-) indikerer dyr som galectin-3 binder intergrin a5 β3 og induserer angiogenese via vaskulær endotelial vekstfaktor (VEGF) og b-fibroblast vekstfaktor (bFGF) [64 ]. I kreft med forhøyede galectin-3 og Beclin1 (lever og prostatakreft), rettet mot både kan være til nytte.
I denne studien, galectin-3 mRNA nivåene var høyest i bryst, lunge, nyre, og thyroid kreft sammenlignet med normale vev. Høye uttrykk for galectin-3 i noen humane kreftformer indikerer progresjon og metastatisk aktivitet av kreft, dvs. bryst [65], [66], nyre [67], og skjoldbruskkjertel [68]. Galectin-3 er en kjemoattraktant for monocytter og makrofager [69] og uttrykt i tumor vaskulære endotelceller, og kunne fungere i den feed-back av stromaceller og kreftceller [70]. Galectin-3 har effekt på K-ras signalanlegg i brystkreftceller [25] og sitt atomtrans øker motstanden mot kjemoterapi [71]. Galectin-tre fremmer metastaser i eksperimentelle brystkreft metastasemodeller [72]. Galectin-3 er forhøyet i skjoldbrusk kreft med mutert p53 spesielt dårlig differensierte og anaplastiske subtyper [73]. Høye nivåer av galectin-3 i disse subtyper har ansporet bruk av galectin-3 i avbildning av disse kreftformene [68], og som terapeutisk mål [31]. Som ble funnet i denne studie, er galectin-3 uttrykt i normal thyroid [74] og de høyere nivåer i thyroid kreft, som vist i denne studien, kan anvendes for å separere godartede og ondartede skjoldbruskvevet tilgjengelig hensiktsmessige kunnskapsbaserte data er tatt hensyn til [75]. Ved å kombinere lite molekyl hemming av galectin-3 og doxorubicin behandling av skjoldbrusk papillær cancercellelinjer og øket medikamentrespons og apoptose [62]. I colonic kreftformer, blir nukleære lokaliserings av galectin-3 forbundet med resistens overfor 5-fluorouracil (5-FU) behandling [76]. I denne studien, tykktarm kreft som gruppe hadde lave galectin-3 nivåer, selv om dens bidrag til progresjon er ukjent. I hepatocellulært karsinom, forhøyet serum eller kjernefysisk galectin-tre indikerte histologisk grad og vaskulær invasjon [77]; i denne studien både galectin-3 og Beclin1 er forhøyet i leverkreft når sammenlignet med normale vev, og eventuelt støtter den relative resistens mot kjemoterapi eller strålebehandling. Som vist i andre studier ble galectin-3 høyt uttrykt i renale kreft [67]. Høye nivåer av galectin-3 i nyrecellekarsinomer ble funnet i primære og metastatiske nyrecellekarsinomer; metastatisk karsinom hadde høyere nivåer enn primær karsinom tyder en rolle i progresjon [78]. Høy galectin-3 nivåer i prostatakreft i denne studien kan støtte funnene i modellen dyrestudier. I prostatakreft cellelinje LNCaP som mangler galectin-3 (på grunn av arrangøren hypermethylation), indusert uttrykk for galectin-3 fører til redusert legemiddelindusert apoptose [71]. På samme måte over-ekspresjon av galectin-3 i prostatacancer LNCaP-cellelinjen som mangler galectin-3 ekspresjon førte til inhibering av tumorvekst [79]. Galectin-3 kan spaltes ved proteaser i løpet av prostatakreft progresjon, og PC3 prostatakreft-cellelinje med redusert galectin-3 viste redusert tumorvekst i xenotransplantater [80]. Høye nivåer av galectin-3 i prostata kreft prøvene kan tyde, lav scene og mindre progressiv sykdom [81], [82].
Beclin1 Input i Cancer Opptreden
I motsetning til galectin -3 funn, Beclin1 var generelt nedregulert i alle typer vev, og i mange kreftundertyper. I hepatocellulær karsinom, ble Beclin1 økt sammenlignet med normal og redusert Beclin1 ble rapportert som prediktor for sykdomsfri overlevelse og aggressive kreftformer hadde lave nivåer av Beclin1 [83]; funnene i leverkreft kunne foreslå mindre aggressiv kreft. Beclin1 ble funnet å regulere estradiol aktivitet i brystkreft [84] og relativt normale nivåer funnet kan indikere østrogen aktivitet. Beclin1 nivåer i prostata kreft kan støtte funnene i modellen dyrestudier. Flere studier har vist at behandling av prostata kreft celler med Sulforafane [85] og hemming av mTOR (target of rapamycin) induserer autofagi og økt respons på bestråling [86]. Prostatakreft hadde Beclin1 høyere enn normalt tyder mulig stråling respons. Det er ingen direkte studier av endringer i Beclin1 i nyrekreft, men lite molekyl hemming av VHL (von Hippel Landau) i kreftceller indusert autofagi og redusert vekst [87]. I denne studien, nyrekreft uttrykt Beclin1 under normale vev og kan tyde manglende aktivering av autophagic celledød. I eggstokkreft, induksjon av autofagi fører til tumor dvalen [88]. I denne studien eggstokkreft hadde Beclin1 nivåer under dette i normalt vev som indikerer fravær av dvalen, og muligens aggressiv atferd. Expression nivåer av Beclin1 i eggstokkene, prostata og brystkreft kan være påvirket av kjente slettinger som skjer i disse kreftformene [36].
Galectin-3 og Beclin1 Sammen i Human Kreft
tyde relevant celledødsveier i kreft hos mennesker kan gi en måte å velge bestemte behandlinger for å unngå uønskede reaksjoner. Forskrift av apoptose og necroptosis overlapper, men er også unike for hver celledød modell [9], [10]. Derfor vil undertrykkelse av galectin-3 og dets pro-apoptose funksjoner fremme necroptosis via RIP1 og RIP3 [11], [14]. Forslag modeller antyder at når autofagi er intakt og fungerer, vil cellene gjennomgår apoptose når apoptose veien er bevart og gå til å overleve hvis apoptose er forstyrret; på den annen side, hvis autophagy er defekt apoptose, men er intakt, vil celler som gjennomgår apoptose, men overleve hvis apoptose er mangelfull [89]. I kreft hos mennesker med høy galectin-3 (antatt pro-apoptose) og Beclin1, bruk av lite molekyl hemming av galectin-3 for å forbedre behandlingsrespons kan være fordelaktig. En nylig studie beskriver anvendelse av siRNA og GSC-100 /MCP (modifisert pektin sitrat) for å hemme galectin-3 i prostatakreft celle av PC3 og forbedre cisplatinbehandling reaksjon [90]. Denne studien og andre foreslår relevansen av predetermining tilstedeværelsen av celledød pathway markører i kreft for å optimalisere bruk av kombinert narkotika og små molekyl hemmere.
Studie Begrensninger
Denne studien utforsket bruk av QRT-PCR i å bestemme uttrykk nivåer av to kreftcelledøds markører. Trene seg proteomikk vil dra nytte av slike studier for å definere samkjøre proteininnhold og eller lokalisering og gi ekstra støtte for transkripsjonsnivåer. I prostata kreft og cellelinjen LNCaP, arrangøren metylering status påvirket vev uttrykk for galectin-3; dermed proteomikk må kanskje sammenheng med metylering status [91]. Overlevelse og behandlingstiltak er ikke en del av denne studien som etter behandling oppfølging og overlevelsesdata ikke var tilgjengelig. Korrelere med overlevelse og behandlingsrespons vil være viktige komponenter i større prøver og undersøkelser (normale og kreft større enn 9 prøver) med sikte på å definere fordelene av forhåndsdefinerte kreft celledød biomarkører for klinisk bruk. Emerging metoder for neste generasjons sekvensering kan trenge validering med forbedrede metoder for QRT-PCR.
Utility av Kinetic /regresjonsmodeller for QRT-PCR
Denne studien utforsker også bruk av Miner programvare ( 2.0) for analyse av alle kvantitative polymerase-kjedereaksjon data [50]. Denne og andre metoder som er rapportert av andre forskere ikke krever bruk av standardkurven og bruke lineær eller ikke-lineær regresjon modellering [51], [52], [53], [54], [92] og kan forbedre evnen til å gjennomføre høy gjennomstrømming kvantitativ real-time PCR (QRT-PCR) studier for bekreftende, og validere andre microarray eksperimenter.
Konklusjoner
rollene galectin-3 og Beclin1 i apoptose og autofagi er godt beskrevet. Galectin-3 og Beclin1 roller i kreft progresjon og behandlingsrespons støttes av uttrykk mønstre i denne studien. Studien brukte rå fluorescens QRT-PCR data og Miner programvare (Miner 2.0) som bruker logistisk regresjonsmodell til å beregne individuelle vel effektivitet og Ct-verdiene. Metoden for QRT-PCR-analyse gir seg til å bruke store mengder vev sett og kan være nyttig i å skape biomarkør sett basert på genet nettverk som kan brukes til diagnostisering og forutsi kreft behandlingsrespons.
Takk
jeg ønsker å takke for hjelp av S. Bolch (Integrated biomolekylære Design Laboratories).
