Abstract
EURTAC test viste at tyrosinkinaseinhibitoren (TKI) erlotinib var overlegen på kjemoterapi som førstelinjebehandling for avanserte ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) som havn
EGFR
aktive mutasjoner i et overveiende kaukasiske befolkningen. Basert på EURTAC og flere asiatiske studier, anti-
EGFR
TKI er standard vare for
EGFR
mutasjonspositive NSCLC. Vi søkte å validere en rask multiplex
EGFR
mutasjonsanalyse som en følges diagnostisk analyse for å velge pasienter for denne behandlingen. Prøver fra EURTAC rettssaken ble prospektivt undersøkt for
EGFR
mutasjoner ved hjelp av en kombinasjon av laboratorie utviklet tester (LDTs), og testet retrospektivt med Cobas
EGFR
mutasjonstest (
EGFR
PCR-test).
EGFR
PCR-testresultatene ble sammenlignet med den opprinnelige LDT resultater og til Sanger-sekvensering ved å bruke et delsett av prøver fra pasienter screenet for forsøket. Residual vev var tilgjengelig fra 487 (47%) av de 1044 pasientene screenes for rettssaken.
EGFR
PCR test viste høy samsvar med LDT resultater med en 96,3% totalt avtalen. Det kliniske resultatet av pasienter som var
EGFR
-mutation oppdaget av
EGFR
PCR testen var svært lik hele EURTAC kohort. Den samsvar mellom
EGFR
PCR test og Sanger-sekvensering var 90,6%. I 78,9% av de uharmoniske prøvene,
EGFR
PCR testresultatet ble bekreftet av en følsom dyp sekvense analysen. Denne retrospektive studien viser den kliniske nytten av
EGFR
PCR test i nøyaktig utvelgelse av pasienter for anti-
EGFR
TKI terapi.
EGFR
PCR test viste forbedret ytelse i forhold til Sanger-sekvense
Citation. Benlloch S, Botero ML, Beltran-Alamillo J, Mayo C, Gimenez-Capitán A, de Aguirre jeg, et al. (2014) Klinisk Validering av en PCR-analyse for påvisning av
EGFR
Mutasjoner i Non-småcellet lungekreft: Retrospektiv Testing av prøver fra EURTAC Trial. PLoS ONE 9 (2): e89518. doi: 10,1371 /journal.pone.0089518
Redaktør: John D. Minna, Univesity of Texas Southwestern Medical Center i Dallas, USA
mottatt: 23 juli 2013; Godkjent: 21 januar 2014; Publisert: 25 februar 2014
Copyright: © 2014 Benlloch et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble finansiert av Roche. Finansiører bidratt til studiedesign, datainnsamling, analyse, beslutning om å publisere og utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:. BK, MS, WB, DC, GZ, JFP, LW er alle aktuelle ansatte i Roche . BK, DC, JFP og LW har aksjeandeler i Roche. BK og HJL er tidligere Roche ansatte og HJL har lager i Roche og har fungert som en betalt konsulent. FS var en betalt konsulent for Roche. SB, JBA, CM, AGC er nåværende ansatte i Pangaea Biotech. MLB er en tidligere Pangaea ansatt. MT og SRyC har aksjeandeler i Pangaea Biotech. Ida, CQ, JLR er nåværende ansatte i Medical Oncology service ICO, Hospital tyskerne Trias Pujol. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Effekten av mange romanen målrettet kreftbehandling kan forutsies ved påvisning av spesifikke biomarkører i tumoren. FDA har indikert at dersom identifiseringen av en spesifikk biomarkør er nødvendig for sikker og effektiv administrasjon av et legemiddel, er en godt validert FDA godkjent ledsager diagnostisk analyse er nødvendig for at stoffet. Den optimale godkjenning banen for en ny målrettet terapi og dens følges diagnostiseringen er en parallell klinisk utviklingsprosess som involverer kliniske studier for utprøvings agenten hvor utprøvings diagnostisk test brukes til å enten velge pasienter for prøvelser eller å forutsi respons på behandling, og ender ideelt med samtidige helsemyndighet godkjenning av stoffet, og følges diagnostisk. Vellykkede eksempler på dette er co-utvikling (og co-godkjenning) av BRAF-hemmer vemurafenib og dens følges diagnostisk BRAF V600E mutasjonsanalyse for BRAF-mutant metastatisk melanom [1], og ALK inhibitor crizotinib og dens følges diagnostisk ALK fusjonsgenet test i avansert ALK-fusion positive ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter. [2], [3], [4]
Men i noen tilfeller, prediktive biomarkører for en målrettet behandling blir ikke gjenkjent før etter at stoffet er første godkjent. Som et eksempel, anti-
EGFR
antistoff cetuximab ble først godkjent i USA for behandling av metastatisk kolorektalcancer i 2004. Mange retrospektive og prospektive studier senere avslørt at svulster huse
KRAS
mutasjoner var svært lite sannsynlig å svare på cetuximab. I juli 2009, kreves FDA merking endringer for cetuximab og annen anti-
EGFR
antistoff panitumumab krever at indikasjoner og bruk state var det ingen fordel av behandling med legemidler for pasienter med tumorer hadde
KRAS
mutasjoner i kodon 12 eller 13, på et tidspunkt da det var ingen FDA-godkjente diagnostiske analyser for
KRAS
mutasjoner. [5] Først senere, i juli 2012, gjorde en
KRAS
mutasjonsanalyse motta FDA-godkjenning, basert på resultatene av en prospektiv randomisert studie, fremhever utfordringene i ettertid å validere en følges diagnostisk analyse etter de pivotale utprøving av legemidler har blitt gjennomført. [6]
Den anti-
EGFR
TKI erlotinib ble først godkjent for alle pasienter med avansert NSCLC som hadde progrediert på førstelinje kjemoterapi. En rekke senere studier fastslått at pasienter med
EGFR
-mutant NSCLC hadde en høy sannsynlighet for å svare på disse TKI, som fører til forsøk i førstelinjen innstillingen for
EGFR
-mutant kreft. [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13] Fire prospektive randomiserte kliniske studier undersøkte i asiatiske populasjoner viste at erlotinib og gefitinib resultert i økt progresjonsfri overlevelse sammenlignet med kjemoterapi som førstelinjebehandling hos NSCLC pasienter med
EGFR
mutasjoner. [7], [8], [9], [13] Andre kliniske studier i blandet etnisitet kohorter har konkludert med lignende resultater. [10], [12]
EURTAC rettssaken var en randomisert fase 3 studie for å vurdere sikkerhet og effekt av erlotinib sammenlignet med standard platina-basert kjemoterapi for førstelinjebehandling av en pasientpopulasjon med avansert
EGFR
-mutation oppdaget NSCLC i en stor grad kaukasiske befolkningen europeiske pasienter. Erlotinib-behandlede pasientene opplevde betydelige forbedringer i median PFS (9,7 måneder versus 5,2 måneder) sammenlignet med kjemoterapi. Pasientene i erlotinib arm hadde også en betydelig høyere andel av svar (58% vs. 15%) i den hensikt å behandle befolkningen. [11] Denne rettssaken har blitt sendt for første linje indikasjon på erlotinib i
EGFR
muterte NSCLC.
flertallet av aktiverende
EGFR
mutasjoner er lokalisert i exon 19 (45%) og 21 (40-45%). [14], [15], [16], [17], [18], [19], [20] Retningslinjer fra organisasjoner som ASCO, CAP /AMP, og NCCN anbefaler bruk av anti-
EGFR
TKI som førstelinje behandling hos pasienter med
EGFR
-mutant avansert NSCLC basert på resultatene av disse store kliniske studier. [21], [22], [23] Nye anbefalinger av CAP /IASLC /AMP råde identifisering av EGFR mutasjoner stede på 1% av de som Exon 19 slettinger og en ekson 21 mutasjon (L858R) står for mer enn 90% av alle mutasjoner. [24] Ingen av de retningslinjer som angir testmetoden som skal brukes, men Cobas
EGFR
Mutasjon testen er CE-IVD godkjent og er nylig godkjent av FDA. [25]
Her presenterer vi retrospektiv analyse av et klinisk valideringsstudie av
EGFR
PCR test på en undergruppe av lungekreft prøver fra pasienter screenes for EURTAC rettssaken.
EGFR
PCR test viste forbedret prøve arbeidsflyt i forhold til LDTs brukes i EURTAC rettssaken, slik at
EGFR
mutasjon screening i en enkelt analyse med en dag turn-around tid.
EGFR
PCR test viste overlegen sensitivitet og spesifisitet sammenlignet med konvensjonelle Sanger-sekvensering.
Metoder
De store studie målene var 1) å korrelere de kliniske utfall (PFS, BORR ) fra undergruppen av tilgjengelige prøvene testet av
EGFR
PCR test til resultatene fra hele EURTAC befolkningen, og 2) å sammenligne den analytiske ytelsen til
EGFR
PCR test som i den opprinnelige LDT og Sanger-sekvensering, ved hjelp av massivt parallell pyrosekvensering (MPP) for å løse uoverensstemmelser observert mellom de andre 3 testmetoder.
i EURTAC rettssaken, 1,044 pasienter fra sykehus i Frankrike, Italia og Spania ble screenet ved hjelp LDT. For denne studien ble alle prøvene retrospektivt analysert under IRB godkjennelse fra Copernicus IRB (00001313). Stedsspesifikke IRB godkjennelse fra hver klinisk område og skriftlig samtykke fra alle pasienter ble innhentet før studiet gjennomføre fase av NCT00446225. [11], [26] I 487 tilfeller gjenværende eksemplarer var tilgjengelige for retesting med
EGFR
PCR-test (figur 1). En enkelt 5 um seksjon med minst 10% tumor-innhold fra hver av de 487 prøvene ble anvendt for
EGFR
PCR-test. Genomisk DNA fra eksisterende eluat eller ekstraheres fra flere deler ble testet på Sanger-sekvensering og MPP. Tabell 1 viser den demografiske av pasientene screenes for EURTAC prøve av LDT, sub-kategorisert etter pasienter testet eller ikke testet av
EGFR
PCR-test. Pasientene som deltok i EURTAC rettssaken ble valgt ved hjelp av en laboratorieutviklet test, validert ved Laboratory of Oncology (ICO-Hospital tyskerne Trias Pujol, Badalona, Spania) som består av tre metoder. [26] I denne studien et enkelt PCR basert assay for å detektere
EGFR
mutasjoner ble anvendt. Detaljer om den analytiske ytelsen til denne analysen er blitt beskrevet tidligere [27]
E1 prøver:. Tumor blokk ikke tilgjengelig for analyse. E2 prøver: tumor materiale utilstrekkelig for analyse. LDT = laboratorieutviklet test.
statistiske betraktninger
Mutation Detected (MD) ble definert som tilstedeværelse av enten en ekson 19 sletting eller L858R mutasjon. Mutation ikke oppdaget (MND) ble definert som fravær av både ekson 19 slettinger og L858R mutasjon. SAS /STAT® programmet ble brukt for alt dataanalyse.
klinisk utfall studiestatistikker
Kaplan-Meier overlevelseskurver ble brukt til å vurdere PFS ved behandling metode (kjemoterapi eller erlotinib) blant pasienter som ble innrullert i EURTAC prøving og skjermet med LDT samt undergruppe av pasienter som ble bestemt på å være mutasjonspositive av
EGFR
PCR-test. Nonparametric log-rank test ble utført for å vurdere PFS mellom pasienter som ble randomisert til kjemoterapi eller erlotinib. Hazard ratio (kjemoterapi vs. erlotinib) i forhold til PFS ble også beregnet. Best samlet respons var best respons registrert fra starten av behandlingen til sykdomsprogresjon og BORR (Best total responsrate) ble oppsummert med 95% konfidensintervall ifølge Pearson-Clopper metoder basert på etterforskere vurdering for hver behandling arm.
analytisk ytelsesstatistikker
For analytisk ytelse, ble utført en avtale analyse mellom
EGFR
PCR testresultatet og LDT test. Mutasjon deteksjon av ekson 19 strykninger og L858R mutasjoner ble analysert samlet. Separat,
EGFR
PCR testen ble også sammenlignet med Sanger-sekvensering og MPP av en CLIA-sertifisert laboratorium. For avtalen analyser, ble den positive prosent avtalen (PPA), negative prosent avtalen (NPA), og samlet prosent avtalen (OPA) med sine tilsvarende 95% konfidensintervall (CIS) beregnet. I tillegg analyserer 3-veis hjelp MPP som andre referansemetode ble utført for å løse uoverensstemmelsen resultater.
Mutation testmetoder
EGFR PCR-test.
EGFR
PCR test (Cobas
EGFR
Mutation test, Roche Molecular Systems, Inc, Branchburg, NJ, USA) er en CE-IVD merket multiplex allel-spesifikk PCR-basert analyse designet for å oppdage 41 mutasjoner i eksoner 18, 19, 20 og 21 i FFPET prøver av human NSCLC. [28]-DNA ble isolert ved hjelp av Cobas DNA Prøvepreparering sett (Roche Molecular Systems, Branchburg, NJ). [29] Et minimum av 150 ng genomisk DNA er nødvendig for PCR-amplifikasjon, som typisk kan isoleres fra en enkelt 5 mikrometer FFPET delen.
EGFR
PCR test programvareversjonen som brukes i denne studien var designet for å oppdage 29 slettinger i ekson 19 og 2 L858R varianter i ekson 21. Macrodissection anbefales bare dersom svulsten innholdet er mindre enn 10%; laser capture mikrodisseksjon er ikke nødvendig.
EGFR
PCR testen ble utført i henhold til produsentens pakningsvedlegg og resultatene ble automatisk analysert og rapportert. Deteksjonsgrensen er validert til 5% mutante alleler. Arbeidsflyten fra DNA til resultatrapportering kan utføres på en 8 timers periode. [27]
LDT.
Pasienter i EURTAC studien ble undersøkt ved hjelp av en kombinasjon av metoder utviklet av Laboratorium for onkologi, ICO-Hospital tyskerne Trias Pujol, Barcelona, Spania. [11] kort sagt, EGFR aktiverende mutasjoner i eksoner 19 og 21 ble først identifisert av Sanger-sekvensering og bekreftet av fragment lengde analyse for ekson 19 slettinger (FAM-merket primer i en ABI prism 3130 DNA Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) og av Taqman-analyse for exon 21 (L858R) mutasjon. Alle vevsprøver ble fra den opprinnelige biopsi tatt før noen behandling og før randomiseringen. Testing ble foretatt på ≥ 2mm
2 fra vev oppnådd fra en til tre lysbilder av 4-mikron vevssnitt som ble underkastet laser-fangst mikrodisseksjon å anrike for tilstedeværelse av tumorceller. DNA ble ekstrahert ved anvendelse av en standard laboratorie-protokoll og testet på et enkelt sted i Spania i Laboratory of Oncology for
EGFR
aktive mutasjoner i ekson 19 og 21 ved hjelp av en tidligere beskrevet metode. Den gjennomsnittlige behandlingstiden var ca 5 dager. [26]
Toveis Sanger-sekvensering.
Alle prøvene testet av
EGFR
PCR test ble også testet av Sanger-sekvensering ved hjelp av DNA fra FFPET prøver utarbeidet av Cobas DNA Sample Preparation Kit og sekvensert med 2 × toveis Sanger-sekvensering av en CLIA-sertifisert laboratorium (SeqWright, Houston, TX, USA) ved en godkjent protokoll. Gjenta Sanger-sekvensering ble utført for å sammenligne deteksjon av
EGFR
mutasjoner fra tilstøtende deler av vev å minimere virkningen av vev heterogenitet brukes til
EGFR
PCR test i forhold til de opprinnelige LDT resultater. Også sekvense protokoller variere fra laboratorium i form av prosent svulst innhold /prøve som krever macrodissection. DNA isolert med Cobas DNA Sample Preparation Kit og brukes for sekvense nødvendig ≥10% svulst innhold. Gjennomsnittlig behandlingstid for resultatene var 7 dager. Den estimerte deteksjonsgrense er ca 20% mutante alleler. [30]
Massivt parallell pyrosekvensering (MPP).
Prøver med gyldige
EGFR
PCR testresultater med tilstrekkelig DNA gjenværende fra den innledende ekstraksjon ble testet av en MPP metode (454 GS Titanium, 454 Life Sciences, Branford, CT, USA) ved en CLIA-sertifisert laboratorium (SeqWright, Houston, TX, USA) ved en godkjent protokoll. [31] Dette metoden er en 5-7 dagers prosess som involverer fragment generasjon, pooling, ligering, emulsjon PCR, forsterkning og massivt parallell pyrosekvensering med manuell dataanalyse. Den estimerte deteksjonsgrense for analysen er 1,25% mutante alleler. [27] Den MPP-metoden ble anvendt for å demonstrere ytelsen til EGFR PCR-test til en mer følsom metode og som en dommer for uoverensstemmende tilfeller observert mellom LDT eller repetisjons Sanger-sekvensering. For å bevare pasientens personvern i forbindelse med testede kliniske prøver, ble rå MPP sekvense resultatene anonymisert og presentert i tabell S1.
Resultater
Prøve demografi
487 (47%) fra 1,044 eksemplarer screenet for EURTAC rettssaken bruker LDTs var tilgjengelige for testing ved hjelp av
EGFR
PCR-test. Strømmen av prøvene gjennom studiet er vist i Figur 1. Pasient demografi og baseline tumor egenskaper for alle pasienter ved LDT status er vist i tabell 1. Det var ingen signifikante forskjeller mellom undergrupper av pasienter testet og pasienter ikke testet av
EGFR
PCR-test (p 0,05) for hver LDT status (mutasjon påvises, mutasjon ikke oppdaget) med unntak av landet til screening klinikken
Kliniske utfall for pasienter basert på EGFR PCR testresultatene.
av de 174 pasientene som deltok i EURTAC rettssaken, prøver fra 134 (77%) av pasientene var tilgjengelige for testing ved hjelp av
EGFR
PCR-test. Justert for 11 pasienter med ugyldige
EGFR
PCR testresultater og 7 pasienter med et resultat på
EGFR
mutasjon ikke oppdages, totalt 116 (67%) pasienter ble mutasjon detektert av
EGFR
PCR test og evaluert for klinisk utfall analyse (57 pasienter i kjemoterapi armen og 59 i erelotinib arm). Kliniske utfall (PFS, borr, og OS) er presentert i tabell 2. Blant
EGFR
PCR test positive pasienter, de som ble behandlet med erlotinib hadde en signifikant forlenget PFS sammenlignet med pasienter behandlet med kjemoterapi (p-verdi 0,0001, log-rank test); median PFS var 10,4 måneder (95% KI: 8,0 til 13,8 måneder) og 5,4 måneder (95% KI: 4,4 til 6,8 måneder) for pasienter behandlet med erlotinib eller kjemoterapi, henholdsvis (figur 2). HR-basert på Cox modellen ble redusert med 66% (HR 0,34; [95% KI: 0,21 til 0,54]) for pasienter i erlotinib versus kjemoterapi arm. Ett år etter randomisering, en høyere andel av pasientene i erlotinib sammenlignet med kjemoterapi arm var event-free (45% [95% KI: 32% til 59% mot 6% [95% KI: 0% til 15%], henholdsvis)
BORR var høyere hos pasienter i erlotinib armen (59,3% [95% KI: 45,7% til 71,9%].) sammenlignet med kjemoterapi armen (14,0% [95% KI: 6,3% til 25,8%]). Pasienter i erlotinib arm var mye mer sannsynlig å svare på behandling enn pasienter i kjemoterapi arm (odds ratio på 8,93, [95% KI: 3,59 til 22,19])
Det var ingen signifikant forskjell i OS mellom. behandlingsarmene (25,8 måneder i erlotinib armen (95% KI: 16,1 til 30,0) og 20,8 måneder i kjemoterapi armen (95% KI: 17,3 til 29,4) (log-rank test p-verdi = 0,5381))
PFS, borr og OS resultater for
EGFR
PCR test positive pasienter var ikke signifikant forskjellig fra de som ble oppnådd hos alle pasienter registrert i EURTAC rettssaken som tyder på at
EGFR
PCR test positive pasienter er representative for alle EURTAC inkluderte pasienter.
for de 7 tilfellene der
EGFR
PCR testresultatet ble mutasjon ikke oppdages og avvik med LDT, to tilfeller løses i favør av LDT av MPP, tre saker løses i favør av
EGFR
PCR test og en prøve var ugyldig for både Sanger og MPP og den andre var i avtale mellom
EGFR
PCR test og Sanger, men ikke MPP (tabell S2). Anecdotally, 6 av de 7 pasienter ble behandlet med erlotinib og bare én pasient oppnådd større enn eller lik median PFS basert på LDT eller
EGFR
PCR-test.
Sammenligning av EGFR PCR test og LDT resultater
Blant 432 prøver med gyldige resultater fra både
EGFR
PCR test og LDT, PPA, Norsk Folkehjelp og OPA var 94,2% (146/155, KI: 89,3%, 96,9 %), 97,5% (270/277, Cl: 94,9%, 98,8%) og 96,3% (416/432, Cl: 94,1%, 97,7%), henholdsvis (tabell 3). Dermed var det et høyt samsvar mellom den opprinnelige LDT og
EGFR
PCR testresultater. Blant seksten prøver med uharmoniske resultater,
EGFR
PCR testresultatet ble bekreftet av MPP i 68,8% (11/16) tilfeller (tabell S3).
Sammenligning av EGFR PCR testresultater med Sanger-sekvense
av 487 prøver testet ved hjelp av
EGFR
PCR test og Sanger-sekvensering, 406 ga gyldige resultater av begge metoder (38 var ugyldige av begge metoder, fem var ugyldig av
EGFR
PCR test og 38 ble ugyldig av Sanger-sekvensering). PPA, Norsk Folkehjelp og OPA for
EGFR
PCR test sammenlignet med Sanger-sekvensering var 96,6% (112/116, KI: 91,7%, 98,7%), 88,3% (256/290, KI: 84,1%, 91,5 %), og 90,6% (368/406, Cl: 87,4%, 93,1%, tabell 4), respektivt. Blant 38 uharmoniske resultater mellom de sakene
EGFR
PCR test og Sanger-sekvensering, avtalt MPP med
EGFR
PCR test resultat i 30 (78,9%) (tabell S4). Sanger-sekvensering oppdaget en L858R ikke oppdaget av MPP og klarte ikke å påvise 22 ekson 19 slettinger og 7 L858R mutasjoner bekreftet av MPP. Fire MPP resultatene var ugyldig, og de resterende fire resultatene avtalt med Sanger. Utvalget av prosent mutante alleler av tilfellene savnet av Sanger var 3% til 60%, med flere prøver (n = 16) under den estimerte deteksjonsgrensen for Sanger.
Diskusjoner
Denne studien støtter muligheten for å utføre en retrospektiv klinisk validering av en ledsager diagnostisk fra prospektive, terapeutiske kliniske studier.
EGFR
PCR testresultatene var svært konkordant ( 96%) med LDT resultatene brukes til å velge pasienter for EURTAC rettssaken. Som en konsekvens, PFS og BORR av undergruppe av pasienter med
EGFR
mutasjoner detektert med
EGFR
PCR test var sammenlignbare med full kohort av pasientene som deltok i EURTAC rettssaken, og dermed validere bruk av
EGFR
PCR-test for å velge pasienter for behandling med anti
EGFR
TKI som erlotinib. Median PFS overlevelse var 9,7 versus 10,4 måneder for erlotinib gruppen og 5,2 versus 5,4 måneder for LDTs og
EGFR
PCR test, henholdsvis. Den BORR var 58% mot 59,3% måneder for erlotinib gruppen og 15% versus 14,0% for de LDTs og
EGFR
PCR test, henholdsvis. Blant de 16 uharmoniske eksemplarer mellom
EGFR
PCR test og LDTs, avtalt en tredje mutasjon testmetode med
EGFR
PCR test resultat i 11 tilfeller. Av syv saker som ble mutasjon oppdaget av
EGFR
PCR test og mutasjon som ikke oppdages av LDT, 5 ble bekreftet av MPP. Disse pasientene kan ha potensielt dratt nytte av anti-
EGFR
TKI terapi.
EGFR
PCR test hadde en rekke tekniske fordeler over LDT brukes i EURTAC rettssaken. Den LDT nødvendig laser capture mikrodisseksjon av flere vevssnitt og involvert 3 separate analyser med en median behandlingstid på 4,5 dager. Til sammenligning
EGFR
PCR-test som kreves macrodissection bare hvis tumoren innholdet var mindre enn 10% og kan utføres på en dag med en enkelt 5 mikrometer delen. Videre
EGFR
PCR-testen er et kommersielt tilgjengelig kit-baserte analysen som gir en automatisert resultat, i stedet for en manuell prosess gjenstand for fortolkning og som kan utføres ved en hvilken som helst kvalifisert kliniske laboratorium.
mer enn 80% av prøvene som ble testet i denne undersøkelsen var små biopsiprøver. Den samlede ugyldig sats for Sanger-sekvensering var 15,6% (76/487) sammenlignet med
EGFR
PCR-analyse på 9% (43/487). Men den ugyldige rate for undergruppe av prøvene stammer fra resected prøvene var 0% (0/109) sannsynligvis på grunn av tilstrekkelig vev tilgjengelighet. Således analysen er ekstremt robust da utføres på resekterte vevsprøver og har en ca 90% suksessrate på biopsiprøver, som ofte er den eneste tumorprøve tilgjengelig for testing i NSCLC.
Sanger-sekvensering har blitt mye brukt for å oppdage
EGFR
mutasjoner. [30], [32] i likhet med de overordnede ugyldige priser, for den 134
EGFR
mutasjon oppdages LDT prøver innrullert i EURTAC rettssaken, Sanger-sekvensering hadde en høyere ugyldig sats (15,7%) sammenlignet med 8,2% for
EGFR
PCR-test. Det var også 30-mutasjonen ikke oppdages resultater for Sanger-sekvensering (22,4%) og 7 mutasjon ikke oppdaget resultater for
EGFR
PCR test (5,2%). Med 21 ugyldige resultater og 30 mutasjons ikke oppdages resultater, ville Sanger-sekvensering er feilklassifisert 38% av pasientene som deltok i EURTAC rettssaken. Liknende ugyldige prisene har blitt rapportert i tre andre studier, hvilket antyder at denne metoden har begrensninger når det påføres på DNA fra FFPET prøver. [33], [34], [35] I tillegg har Sanger-sekvensering vist dårlig følsomhet i prøver som inneholdt mindre enn 20-25% mutante alleler. [35], [36], [37] Når vi sammenlignet avtalen mellom gyldige resultater for
EGFR
PCR test med Sanger-sekvensering (n = 406), var det 38 uharmoniske tilfeller av som 30 ble bekreftet av MPP. Twenty-ni av de 30 tilfellene resulterte i mutasjon påvises status av
EGFR
PCR test og ville gjøre disse pasientene kvalifisert for anti-
EGFR
terapi. Dårlig følsomheten Sanger-sekvensering forklarer dermed den relativt lave NPA sammenlignet med
EGFR
PCR test observert i denne studien.
Gitt viktigheten av
EGFR
mutasjonstesting i å velge spesifikke terapier for livstruende kreft som avansert NSCLC, robuste og nøyaktige analyser med rask behandlingstid er å foretrekke. Nyere kvalitetssikring studier for å fastslå mutasjon status for en standard panel av svulster har vist at ulike kliniske laboratorier ikke korrekt identifisere mutasjonsstatus av 100% av panelmedlemmene, selv når de bruker de samme eller lignende testmetoder. [38 ], [39] for analyser som involverer mutasjon analyse av tumorprøver, viktige faktorer som bidrar til analyse ytelsen omfatter analytisk standardisering, validering av reagenser og metodikk, laboratorieerfaring, og riktig involvering av patologen.
i konklusjonen er resultatene av denne studien tyder på at Cobas
EGFR
mutasjon test er en svært robust og svært nøyaktig følges diagnostisk analyse for å velge pasienter for behandling med anti
EGFR
behandlinger som erlotinib.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Notering av MPP Resultat
doi:. 10,1371 /journal.pone.0089518.s001 product: (PDF)
Tabell S2.
Outcome fra prøver avvik mellom Cobas EGFR PCR test og LDT som ble inkludert i den kliniske studien (Cobas MND /LDT MD)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0089518.s002 plakater (PDF)
Tabell S3.
avtalen resultater mellom uharmoniske EGFR PCR og LDT tester
Doi. 10,1371 /journal.pone.0089518.s003 product: (PDF)
Tabell S4.
MPP skyldes oppløsning analyse av uharmoniske eksemplarer mellom EGFR PCR test og Sanger-sekvense
doi:. 10,1371 /journal.pone.0089518.s004 product: (PDF)
Takk
Vi ønsker å takke Patrick O’Donnell og Karen Yu for deres bidrag til denne studien.
