Abstract
Mål
Plasma mirnas representerer potensielle minimalt invasive biomarkører for å overvåke og forutsi utfall fra kjemoterapi. Det primære målet med denne studien-bestående av pasienter med tilbakevendende, platina-resistent eggstokkreft-var å identifisere endringer i sirkulerende miRNA konsentrasjoner forbundet med decitabine fulgt av karboplatin cellegiftbehandling. Et sekundært mål var å knytte klinisk respons til endringer i sirkulerende miRNA konsentrasjon.
Metoder
Vi målte miRNA konsentrasjoner i plasmaprøver fra 14 pasienter med platinum-resistent, tilbakevendende eggstokkreft registrert i en fase II klinisk forsøk som ble behandlet med en lav dose av hypomethylating middel (HMA) decitabine i 5 dager etterfulgt av karboplatin på dag 8. det primære endepunktet var å bestemme kjemoterapi-assosierte forandringer i plasma miRNA konsentrasjoner. Det sekundære endepunkt var å korrelere miRNA endringer med klinisk respons målt som progresjonsfri overlevelse (PFS).
Resultater
Sytti-åtte miRNA plasmakonsentrasjon ble målt ved baseline (før behandling) og på slutten av den første syklus av behandlingen (dag 29). Av disse 10 mirnas (MIR-193a-5p, MIR-375, MIR-339-3p, MIR-340-5p, MIR-532-3p, MIR-133a-3p, MIR-25-3p, MIR-10a 5p, MIR-616-5p, og MIR-148b-5p) vises fold endringer i konsentrasjonen varierer fra -2,9 til 4 (p 0,05), i tilbakevendende platina resistente eggstokkreft kreftpasienter, som var knyttet til respons på decitabine fulgt av carboplatin kjemoterapi. Videre ble lavere konsentrasjoner av MIR-148b-5p etter dette kjemoterapi forbundet (P 0,05). Med PFS
Konklusjoner
Dette er den første rapporten demonstrerer endret sirkulerende miRNA Konsentrasjoner etter en kombinasjonen platina pluss HMA kjemoterapi regiment. I tillegg ble sirkulert MIR-148b-5p konsentrasjoner forbundet med PFS og kan representere en ny biomarkør av terapeutisk respons, med kjemoterapi, hos kvinner med tilbakevendende, multiresistent eggstokkreft
Citation. Benson EA , Skaar TC, Liu Y, Nephew KP, Matei D (2015) Carboplatin med Decitabine Therapy, i Vendende Platinum Resistant Eggstokkreft, Endrer Sirkulasjons mirnas Konsentrasjoner: en pilotstudie. PLoS ONE 10 (10): e0141279. doi: 10,1371 /journal.pone.0141279
Redaktør: Ratna B. Ray, Saint Louis University, USA
mottatt: 27 august 2015; Godkjent: 05.10.2015; Publisert: 20 oktober 2015
Copyright: © 2015 Benson et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering: Dette arbeidet ble delvis finansiert av National Cancer Institute Award CA133877-01 (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), National Institute of General. Medical Sciences 5T32GM008425-19 (EAB) og Indiana University Simon Cancer Center Cancer Center Support Grant P30 CA082709-15 støtte Bioinformatikk kjernen. Forfatterne takker Eisai Limited (Tokyo, Japan) for å gi decitabine, Mrs. Amber Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning og Jessica Roy for koordinering av kliniske aktiviteter. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:. Dr. Matei rapporterer tilskudd fra NCI, andre fra Eisai, under gjennomføringen av studere; personlige avgifter fra Astra Zenecca, tilskudd fra US Department of Veterans Affairs, tilskudd fra V Foundation, og tilskudd fra NCI, utenfor det innleverte arbeid. Dr. Benson melder tilskudd fra National Institute of Health, NIGMS, som gjennomførte studien. Dr. Nephew rapporterer NCI og V fundament tilskudd. De andre forfatterne har ingen relevant interessekonflikt. Eisai Limited (Tokyo, Japan) gitt decitabine for denne studien. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til PLoS ONE politikk på deling av data og materialer
Innledning
Hvert år blir over 200 000 kvinner diagnostisert med eggstokkreft over hele verden.; mer enn 21 000 av disse er amerikanske. Omtrent 15 000 amerikanske kvinner dør av ovarialcancer (EOC) hvert år; av de forskjellige typer av kreft i eggstokkene, i høy grad serøs eggstokkreft den mest vanlige (HGSOC) [1, 2]. For HGSOC identifikasjon, er et veletablert serum biomarkør kreft antigen 125 (CA-125). Selv om CA-125 identifiserer de sent stadium primær og residiverende sykdom og i stor grad korrelerer med sykdomsbyrde, CA-125, i form av sensitivitet og spesifisitet, er ikke prediktiv av risikoen for tilbakefall eller kjemoterapeutiske respons [2, 3]. Generelt er EOC biomarkører nødvendig, og sirkulerende mirnas, som har forbindelse med sykdom utfall [4], kan representere en ny kilde til klinisk informative eggstokkreft biomarkører.
microRNAs (mirnas) er korte RNA forskjellig uttrykt i mange sykdomstilstander, inkludert kreft. De endrer målet proteinsyntese ved å regulere post-transkripsjonell genekspresjon [5-7]. mirnas slippes ut i plasma av vev og svulster [6, 8]. mirnas er relativt varmestabile i både fullblod og plasma [9, 10]. Sirkulasjons mirnas har vært forbundet med tidlig oppdagelse og prognose for EOC [11, 12] og kan forutsi behandlingsrespons.
Først linjer EOC behandlinger utnytte platinabasert kjemoterapi. Disse kjemoterapier har vist seg å endre seg, i vev, miRNA uttrykk [13-16]. I denne studien ble plasma miRNA konsentrasjoner målt fra en tidligere gjennomført klinisk fase II studie [17]. I denne studien ble 17 pasienter med platinum motstandsdyktig tilbakevendende eggstokkreft testet for effekt og toleranse av et kombinasjonsregime med lav dose decitabine (5-aza-2′-deoxycytidine, en DNA metyltransferase hemmer) og karboplatin. Hovedmålet med den kliniske studien var å teste hypotesen om at behandling med decitabine ville resensitize ovarietumorer til karboplatin. Rettssaken var basert på tidligere prekliniske studier som indikerer at reversering av DNA hypermethylation induserer gjen uttrykk for tumor suppressor og differensierings forbundet gener som ville gjenopprette følsomheten til platina [18]. Resultatene av studien viste en lengre progresjonsfri overlevelse (PFS av ~ 10 måneder) og en lovende hastighet på objektiv responsrate på 35% [17]. Å dra nytte av de klinisk kommenterte plasmaprøver samlet inn for denne rettssaken, vi fast bestemt svar på decitabine fulgt av carboplatin kjemoterapi endringer i sirkulerende mirnas konsentrasjoner. Sekundært ble miRNA endringer assosiert med klinisk respons.
Metoder
Pasient befolkningen
åpen fase II kliniske studier og responsrater ble tidligere beskrevet av Matei et al [17 ]. Kort fortalt hadde alle pasientene platina motstandsdyktig EOC og alle unntatt én pasient hadde målbar sykdom som er definert av Response evalueringskriterier i solide tumorer (RECIST). Pasienten med ikke-målbar sykdom hadde en CA-125 er større enn to ganger den øvre normalgrense og ascites. Alle pasientene i denne studien var eldre enn 18 år, hadde mer enn 3 måneder levealder, og hadde en Eastern Cooperative Gruppe performance status på 0 eller 1. Pasientene kunne ha fått ubegrenset antall tidligere cytotoksiske behandlinger; Men de ble ekskludert hvis de hadde en tidligere historie med hjernemetastaser, en allergi mot karboplatin, ukontrollerte medisinske problemer, eller grad 2 eller høyere nevropati. Alle pasienter signert informert samtykke, og protokollen ble godkjent av Indiana University Institutional Review Board.
Behandling plan
Hver kjemoterapisyklus varte i 4 uker, og besto av decitabine (Eisai, Tokyo, Japan) gis intravenøst ved 10 mg /m
2 daglig i 5 dager; etterfulgt av, karboplatin (Bristol Meyers Squibb, New York, New York), gitt intravenøst ved en AUC5 på dag 8 [17]. I tillegg ble PEG-filgastrim (Amgen, Thousand Oaks, CA) gitt på dag 9 for å forhindre forlenget myelosuppresjon. Behandlingen fortsatte inntil sykdomsprogresjon eller ikke tolererbare bivirkninger.
RNA ekstraksjon fra plasma
mirnas ble hentet fra plasma etter en tidligere utgitt protokoll [9]. I korthet, ble plasmaprøver tint på is til ~ 4 ° C, og sentrifugert ved 1500 RCF, 4 ° C i 10 minutter. Femti ul plasma ble ekstrahert etter Qiagen miRNeasy plasma-protokollen (Qiagen, Valencia, CA). Etter Qiazol lysetrinnet, elegans C. MIR-39 miRNA (cel-MIR-39) ble tilsatt (5 mL av 5 nM lager) som en intern kontroll for utvinning effektivitet og normalisering. I tillegg 0,3 mL av en aksje (0,8 mikrogram /mL) bakteriofag M2 RNA ble lagt per 200 mL Qiazol buffer for å øke miRNA avkastning. mirnas ble eluert fra rensekolonnen to ganger i 30 mL RNase /DNase fritt vann (totalt 60 ul) og lagret ved -80 ° C.
Statistisk analyse
I denne pilotstudien primær resultatet var analysen av forskjellen i plasma miRNA konsentrasjoner mellom før- og etter kjemoterapi behandling. Alle verdier ble normalisert til cel-MIR-39 tilsatt i kontroll. Statistisk signifikans (p-verdi) i de sammenligninger av gruppene ble bestemt ved paret t-test. I tabell 1, grunnlinjen sammenligning var to tailed T-test. De heatmaps ble gjennomført i Partek programvare ved hjelp av Delta C
T (DDC
T) verdier. Følgende parametre ble anvendt for heatmap: nei målestokk; avstanden vektor = Spearman rank korrelasjon; og clustering = gjennomsnittet. Av notatet, en er ingen fold-endring, mens to er en dobling av ganger endring.
Kaplan Meier kurve
progresjonsfri overlevelse (PFS) analyse ble utført med «survival» pakke i R. Prøver ble delt inn i 2 grupper av medianverdien av de «-Delta delta CT» verdier. Den log-rank test ble utført i R for å vurdere sammenhengen mellom miRNA konsentrasjon (høy vs lav) med tid til progresjon, og p-verdi mindre enn 0,05 ble betraktet som signifikant. Kaplan-Meier-kurver ble brukt til å visuelt undersøke den kumulative sannsynligheten for gjenværende progresjonsfri over tid for miRNA undergrupper.
Resultater
Plasma utvalgs
Kort, fullblod ble oppsamlet i EDTA inneholdende rør, og deretter sentrifugert for å plasma. Prøvene anvendt for mikroRNA analyse ble samlet opp ved to tidspunkter: i utgangspunktet (før starten av den første behandlingssyklus); og på dag 29 etter behandlingsstart (poste den første syklusen med kjemoterapi, fig 1). Prøver fra 14 av de 17 pasienter var tilgjengelige for dette miRNA analyse. De resterende 3 Prøvene ble ikke analysert på grunn av manglende plasma. Prøvene ble analysert etter den første syklusen for å tillate tidlig miRNA analyse, noe som kan gi bevis mot deres fremtidige bruk tidlig i kliniske beslutninger.
Fjorten platina resistente kreftpasienter på eggstokkene ble behandlet med decitabine /carboplatin i en fase II klinisk studie. For det første kjemoterapi syklus ble decitabine gitt daglig i 5 dager; etterfulgt av karboplatin er gitt på dag 8. miRNA analyse brukes plasmaprøver tatt ved baseline (før starten av syklusen en behandling) og på dag 29 (før starten av andre syklus).
miRNA utvalg og konsentrasjonen
Ninety-tre mirnas ble pekes ut i de 28 prøvene (14 baseline og 14 etter behandling). For å velge mirnas, real-time qPCR miRNA OpenArrays (Life Technologies, Carlsbad, California), som måler 756 mirnas, ble brukt til å analysere en samlet baseline prøve (14 prøver) versus en samlet dag 29 prøve (14 etter behandling prøver). RNA ble ekstrahert fra hver enkelt prøve og slått sammen. De mirnas som var lett kvantifiserbare og med den største forskjellen mellom grunnlinjen og dag 29 ble valgt ut for videre analyse av enkeltprøver. De 93 mirnas utvalgte ble analysert av en tilpasset real-time PCR Taqman miRNA low density array (TLDA) (Life Technologies). For endelige analysen, av de opprinnelige 93 mirnas, 78 hadde akseptable qPCR kurver. Plasmaprøver ble analysert ved hver av de to tidspunkter (grunnlinjen og dag 29; 14 pasienter hver), og det samme TLDA kortet ble benyttet for begge prøvene. Data er uttrykt som relative konsentrasjoner basert på C
T-verdier som har blitt normalisert til
C
.
elegans
miRNA (5 mL av 5 nM) tilsatt i plasma som en intern kontroll.
Pasient egenskaper
Fjorten av de opprinnelige 17 pasienter i den overordnede rettssaken hadde plasma prøver tilgjengelig for miRNA analyse. Sykdomsstatus ble vurdert ved hjelp RECIST og CA-125 kriterier hver 2 sykluser med kjemoterapi. Kjemoterapi ble avviklet med innspilling av en utålelig toksisitet eller sykdomsprogresjon. Sykdomsprogresjon i pasienter før 6 sykluser (n = 8) kjemoterapi ble ansett som ikke-respondere; og sykdomsprogresjon etter 6 sykluser (n = 6) av kjemoterapi ble ansett som respondere. Av de reagerer, forble en pasient uten progressiv sykdom for ~ 17 måneder. Hver pasient fullført antall sykluser med kjemoterapi vist i figur 2. respondere og non-respondere er atskilt av den røde linjen.
pasientenes er nummerert og bestilte basert på antall mottatte sykluser med kjemoterapi. Pasientene ble atskilt med en rød linje for å skille kjemoterapi respondere og non-respondere. Respondere forble fri for sykdomsprogresjon i minst 6 sykluser (n = 6); og ikke-respondere forble fri for sykdomsprogresjon mindre enn 6 sykluser (n = 8). Hver syklus var 28 dager lang.
Sirkulasjons mirnas endring i respons på kjemoterapi
Det primære endepunktet i studien var å fastslå endringer i sirkulerende mirnas følgende decitabine /carboplatin kjemoterapi. Før kjemoterapi (baseline) og før starten av syklusen 2 (dag 29), ble plasmakonsentrasjon sammenlignet for 78 miRNAs. Alle 78 miRNA ble visualisert ved hjelp av en Spearman rangert heatmap (figur 3; samme pasientidentifikasjonsnumre som i figur 2). I heatmap pasienter hadde en tendens til å diskriminere, etter kjemoterapi, i grupper. Tre forskjellige pasientgrupper ble visualisert: konsernet 1 (pasient # 1, # 3, # 4, # 7, # 10 og # 11); gruppe 2 (pasienter # 8, # 13 og # 14); og gruppe 3 (pasienter # 2, # 5, # 6, og # 12). Grupperinger var basert på sammenligning av innen pasient likheter i de relative endringer i miRNA konsentrasjoner. For eksempel, gruppe 3, pasient # 12 hadde økt, med behandling, totalt miRNA konsentrasjoner i forhold til andre pasienter i konsernet. Pasient # 12 er mirnas konsentrasjoner endret seg i de samme relative proporsjoner som de som er registrert for pasient # 6. Dermed pasient # 12 og # 6 ble likeledes gruppert. Som disse visualisert grupperinger foreslår, kan dette kjemoterapi indusere tydelige endringer i sirkulerende miRNA konsentrasjoner i subpopulasjoner.
Pasientene er nummerert (venstre side av figur 3) i henhold til konvensjonen etablert, se fig 2. Pasienter gruppert visuelt basert på clustering (røde tall = gruppe 1, grønne tall = gruppe 2 og blå tall = gruppe 3). Den clustering var basert på likhet mellom endringene i miRNA konsentrasjoner mellom baseline (DC
T baseline) og etter cellegiftbehandling (DC
T behandling). Blå = reduserte konsentrasjoner etter kjemoterapi, Rød = økte konsentrasjoner etter behandling.
Deretter endringer i konsentrasjonene av enkelte sirkulerende mirnas ble evaluert etter cellegiftbehandling. Etter decitabine /karboplatin behandling som vist i tabell 1 (enkelte pasients miRNA forandringer er vist i figur S1), to microRNAs redusert i konsentrasjon. MIR-193a-5p og MIR-375 hadde respektive brette endringer -1,7 og -2,0 (p 0,05). I tillegg folden endringen økte 1,9 (P 0,05). For MIR-339-3p
Når det reagert gruppen ble analysert, 4 mirnas, MIR-339-3p, MIR-340-5p, MIR-133a og MIR-10a, økte med en fold range 01.09 til 04.01 (tabell 1; S2 fig). Undergruppen av ikke-respondere hadde tre mink mirnas, MIR-375, og MIR-25-3p, MIR-148b-5p. MIR-148b-5p hadde størst nedgang (p 0,05) i miRNA konsentrasjon (Tabell 1; S3 figur).
For å finne ut om enkelte mirnas var assosiert med behandlingsrespons, vi sammenlignet hos respondere med ikke-respondere på konsentrasjoner etter behandling av sirkulerende mirnas (fig 2). Tre mirnas, MIR-616, og MIR-532-3p, MIR-148b-5p, ble økt i respondere (tabell 1; S4 fig). Av disse miRNA, MIR-148b-5p økning (3,2 ganger) i respondere var i overensstemmelse med subgruppeanalyse, nevnt ovenfor, avslører sin nedgang i konsentrasjon (2,86) hos ikke-respondere.
Nedre MIR-148b- 5p konsentrasjoner spådd verre progresjonsfri overlevelse
Deretter en Kaplan Meier PFS analyse ble brukt for å vurdere om noen av endringene i miRNA konsentrasjoner spådd behandlingsrespons. For å gjøre mer aktuelt for klinisk setting, ble pasienter som progrediert under første syklus (4 pasienter) fjernet fra analysen. For disse pasientene, ville progresjon holdes ved hjelp av standard diagnostikk, og en prediktiv biomarkør ville være unødvendig. Som vist i figur 4 av Kaplan Meier-analysen, lavere (p = 0,015) MIR-148b-5p-konsentrasjon på dag 29 i forbindelse med sykdomsprogresjon. Baseline MIR-148b-5p konsentrasjonen var lav (figur 4, innfelt); og hos ikke-respondere, redusert MIR-148-5p fokus i stor grad etter en måneds behandling.
For Kaplan Meier progresjonsfri overlevelse kurve, ble pasientprøver delt inn i 2 grupper av medianverdien av » -Delta delta CT «verdier (etterbehandling verdi trekkes fra baseline verdi). Den log-rank test var mellom plasma miRNA konsentrasjon (høy [rød linje] vs. lav [svart linje]) med tid til frafall, og p-verdi mindre enn 0,05 ble betraktet som signifikant. Den innfelt plotter rå C
T-verdier av alle pasientprøver for MIR-148-5p, stiplede linjer-ikke-respondere, heltrukne linjer-respondere.
Diskusjoner
vår studie har flere viktige funn. Først decitabine /carboplatin kjemoterapi induserte endringer i sirkulerende miRNA konsentrasjoner hos pasienter med platinum-resistent tilbakevendende eggstokkreft. For det andre, subgruppeanalyse viste mirnas endret tydelig i nonresponders vs respondere. Tredje, MIR-148-5p spår mulig klinisk utfall.
Gjennomgående i alle pasientprøver, dette kjemoterapi induserte endringer i tre sirkulerende mirnas MIR-375, MIR-339, og MIR-193a. Av disse miRNA har MIR-193a tidligere blitt undersøkt i menneskelig EOC. MIR-193a er en tumor suppressor, og overekspresjon av MIR-193a i humane EOC celler fører til økt apoptose [19]. Den sirkulerende konsentrasjon av MIR-193a, i vår studie, redusert (-1,7 ganger) etter kjemoterapi behandling. Forholdet mellom sirkulerende og tumor MIR-193a kan garanterer videre studier. Endringer i sirkulerende mirnas felles for alle pasienter kan være en markør for kjemoterapi etterlevelse og doserespons.
De observerte endringene i sirkulerende miRNA konsentrasjoner hos pasienter med residiverende ovarialcancer som deltok i denne studien er lik tidligere rapporterte kjemoterapi-indusert endringer i sirkulerende miRNA hos pasienter med melanom. I denne innstillingen, sirkulerende mirnas spådd respons narkotika dose dacarbazine og interferon-alfa-2b [20]. miRNA fold endringer sammenlignet gunstig vår studie er -2 til 4 fold endringer. De fold endringer observert i vår studie synes rimelig og i samsvar med de som er registrert av andre.
Subgruppeanalyser avdekket forskjeller i miRNA konsentrasjoner mellom ikke-respondere og respondere. Disse forskjellene i mirnas kan være en markør for spesifisitet for en undergruppe. I undergruppen analyse av ikke-respondere, nedsatt cellegift to ekstra mirnas, miR25-3p, og miR148b-5p. Som tyder på at disse kan være spesifikke for en ikke-responder.
MIR-148b-5p spår mulige kliniske resultater. Den sirkulerende MIR-148b-5p konsentrasjonen var 3,2 ganger høyere i vår studie etter decitabine /carboplatin kjemoterapi hos pasienter med lengre PFS: Mir-148b-5p redusert hos pasienter med kortere PFS. Sirkulasjons MIR-148b-5p har ikke blitt rapportert tidligere; skjønt, har intracellulær MIR-148-5p undersøkt. MIR-148b-5p er overexpressed i eggstokkreft vev; men overekspresjon ikke er assosiert med histologiske subtyper [21]. Andre studier har vist at endringer i intracellulær MIR-148 (også kalt MIR-148a, og MIR-148a-5p) uttrykk, som ligger på kromosom 7, er assosiert med eggstokkreft utfall [22-27]. Så vidt vi vet, er dette den første studien som viser at MIR-148b, som ligger på kromosom 12, er assosiert med kliniske utfall etter behandling med noen kjemoterapi.
Vår studie har et par sterke sider. Den første styrke var et godt-beskrevne pasientgruppen. Denne studien fokuserer på decitabine /carboplatin kjemoterapi induserte endringer i sirkulerende miRNA fokusert på tilbakevendende eggstokkreft. Mange andre studier har blitt tilbakevist, for eksempel ved enten heterogene kreftpasientpopulasjon eller flere behandlinger i forbindelse med kjemoterapi. For eksempel, å måle sirkulerende mirnas som biomarkører for neoadjuvant kjemoterapi i brystkreft, en studien inkluderte kirurgi og en meget heterogen populasjon, og den andre også inkludert kirurgi [28, 29]. Resultatene av studiene var ikke i overensstemmelse med hverandre. I studien med kjemoterapi etterfulgt av kirurgi, brette endringer i sirkulerende miRNA varierte fra 1,5 til 4. I den andre studien som inkluderte pasienter med mange ulike stadier av brystkreft, fagene hadde miRNA fold endringer fra 1 til 15 000 [28] . I tillegg fra disse studiene, sirkulerende miRNA endringer indusert av kjemoterapi var vanskelig å skille fra endringer forårsaket av kirurgi. En annen styrke med vår studie var tidspunktet for prøvetaking. Våre studier Prøver ble oppsamlet tidlig i behandlingsregimet i forhold til de nevnte studier. Vår studie evaluert endringer i sirkulerende miRNA etter en syklus av kjemoterapi; disse andre studier analysert endringer i sirkulerende mirnas etter 4 sykler med behandling. Vi foreslår at evaluering av sirkulerende mirnas etter bare en syklus muliggjør tidlig klinisk beslutningstaking. En viktig tidlig avgjørelse er om å videreføre dagens kjemoterapi eller bytte til en annen diett. Denne beslutningen er spesielt viktig for pasienter med tilbakevendende eggstokkreft, som progresjon av sykdommen kan være rask.
Et sekundært problem er hensiktsmessig utnyttelse av heatmap. Vår heatmap visuelt identifisert grupper av pasienter med forskjeller i miRNA konsentrasjoner. Selv beskrivende, heatmap høydepunkter sirkulerende mirnas er mange og potensielt endret av kjemoterapi. Sirkulasjons mirnas i kombinasjon kan være en biomarkør for kjemoterapi respons verdt å utforske i fremtidige studier.
Vi innså begrensningene i vår studie, inkludert den lille utvalgsstørrelsen. Men til tross for lite antall pasienter som ble analysert, var vi fortsatt i stand til å oppdage forskjeller i kjemoterapi-indusert forandringer i sirkulerende miRNAs. Vi erkjenner at disse spesifikke miRNA endringene kan være begrenset til dette regimet, som ikke er en standard behandling for eggstokkreft kreftpasienter, og at pasientene hadde tidligere fått en rekke forskjellige behandlingsregimer før denne rettssaken. Til slutt denne studien inkluderte en eneste gang punkt, en vanlig begrensning av disse typer studier, og resultatene tyder på at et tidsforløp analyse kan være berettiget i fremtidige studier av kjemoterapi induserte endringer i sirkulerende mirnas.
I konklusjonen , vår studie viser at en carboplatin og decitabine kjemoterapi induserer endringer i sirkulerende mirnas konsentrasjoner som kan være prediktorer for klinisk respons på denne kuren. Våre resultater indikerer videre at sirkulerende mirnas kanskje ikke direkte reflekterer svulsten miRNA uttrykket. Disse studiene tyder på at fremtidige studier fokusert på å identifisere sirkulerende mirnas prediktiv kjemoterapi respons er garantert.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Fig. MIR-148-5p og MIR-25-3p ΔΔ C
T forandringer hos pasienter 1-14
ΔΔ C
T endring for betydelig endret mirnas basert på p 0.05 fra «alle fag behandling /baseline» kolonnen i tabell 1 er vist for den enkelte pasient (notert på x-aksen). Røde søyler-nonresponders (pasienter 1-8); blå søylene-respondere (pasienter 9-14)
Doi. 10,1371 /journal.pone.0141279.s001 plakater (TIF)
S2 Fig. MIR-340-5p, MIR-133a-3p, og MIR-10a-5p ΔΔ C
T forandringer hos pasienter ΔΔ C 1-14.
T endring for vesentlig endret fra «Treatment sammenligning in responsive fag «kolonne i tabell 1 er vist for individuelle pasienter (oppført på x-aksen). MIR-339-3p, som i betydelig grad endret allerede vist i S1 Fig røde søyler-nonresponders (pasienter 1-8); blå søylene-respondere (pasienter 9-14)
Doi. 10,1371 /journal.pone.0141279.s002 plakater (TIF)
S3 Fig. MIR-148b-5p og MIR-25-3p ΔΔ C
T forandringer hos pasienter 1-14 ΔΔ C.
T endring for vesentlig endret fra «Treatment sammenligning non-responsive fagene» kolonnen i Tabell 1 er vist for den enkelte pasient (notert på x-aksen). MIR-375 (ikke vist), som i betydelig grad endret allerede vist i S1 Fig røde søyler-nonresponders (pasienter 1-8); blå søylene-respondere (pasienter 9-14)
Doi. 10,1371 /journal.pone.0141279.s003 plakater (TIF)
S4 Fig. MIR-616-5p, og MIR-532-3p ΔΔ C
T forandringer hos pasienter 1-14 ΔΔ C.
T endring for vesentlig endret fra «Treatment sammenligning i responsive fagene» kolonnen i Tabell 1 er vist for den enkelte pasient (notert på x-aksen). MIR-148b-5p (ikke vist), som i betydelig grad endret allerede vist i S2 Fig røde søyler-nonresponders (pasienter 1-8); blå søylene-respondere (pasienter 9-14)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s004 plakater (TIF)
S1 fil. Data brukt til å lage figur 4 og tabell 1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s005 plakater (XLSX)
S2 fil. Data brukes til å lage figur 3 og S1-S4 figurene
doi:. 10,1371 /journal.pone.0141279.s006 plakater (CSV)
S3 fil. Data brukes til å lage innfelt i figur 4.
doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s007 plakater (XLSX)
S4 fil. Data brukes til å lage Fiken 2 og 4.
doi: 10,1371 /journal.pone.0141279.s008 plakater (XLSX)
Takk
Dette arbeidet ble delvis finansiert av National Cancer Institute Award CA133877-01 (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), National Institute of General Medical Sciences 5T32GM008425-19 (EAB) og Indiana University Simon Cancer Center Cancer Center Support Grant P30 CA082709-15 støtte for Bioinformatikk kjerne. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet. Forfatterne takker Eisai Limited (Tokyo, Japan) for å gi decitabine, Mrs. Amber Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning og Jessica Roy for koordinering av kliniske aktiviteter.
