Søvnapné er ikke noe å bli tatt lett på, og er noe som vil forsvinne av seg selv med tiden. Søvnapné er faktisk klassifisert som en «progressiv sykdom», og dette betyr at akkurat som diabetes, kreft og hjertesykdom det blir verre med tiden. Det er mye diskusjon i det medisinske miljøet om effekten som søvnapné har på andre medisinske tilstander. Ikke desto mindre, det er en klar sammenheng mellom søvnapné og et antall fysiske tilstander, inkludert hypertensjon, hjertesvikt, hjerteinfarkt, diabetes, nyresvikt, pulmonær hypertensjon og hjerneslag. Mer og mer forskning er å se på hvorfor de ovennevnte vilkår er knyttet til problemer utbrudd i de øvre luftveiene til mennesker med søvnapné. Selvfølgelig er det velkjent at det å være overvektig, tobakksrøyking og overdrevent alkoholforbruk bidra til søvnapné og i sin tur føre til en større sjanse for å utvikle høyt blodtrykk og hjertesykdom. Hva er ikke klart, men det er derfor mange mennesker som ikke har noen av disse elementene i sin livsstil fortsatt få søvnapné. Når puste stopp under en søvnapné episode blodet har høyere nivåer av karbondioksid og lavere oksygennivå. Følgelig tar forskjellige både kjemiske og fysiske hendelser sted i legemet, og dermed øker risikoen for andre problemer bli sett. Hos personer med søvnapné som også er overvektige leger har funnet høye nivåer av immunfaktorer som kalles interleukin 6 (IL-6) og tumor nekrose faktor-alfa (TNF-alfa). Høye nivåer av begge disse faktorene kan føre til alvorlige betennelser i kroppen som kan føre til celleskade, spesielt i arteriene. I en bestemt studie ble det vist at personer med forhøyede nivåer av tumornekrosefaktor-alfa hadde kortpustethet, overdreven tretthet og et svakt hjerte-pumping handling. Men det må sies at til dags dato har blitt etablert noen klar årsakssammenheng mellom obstruktiv søvnapné og hjerte disease.Many studier har blitt gjort for å undersøke søvnapné og høyt blodtrykk og en forbindelse har blitt funnet mellom de to. For å gi et eksempel, en studie gjort i 2000 fulgt pasienter for fire år, og rapporterte at jo større antall søvnapné episoder de opplevde i det første året desto større er risikoen for å utvikle høyt blodtrykk ved den tredje eller fjerde år. Selv i de som snorket eller som opplevde bare mild søvnapné var det en liten, men likevel høyere enn normalt forbindelse med hypertensjon. I det siste forbindelsen mellom hypertensjon og søvnapné ble antatt å være sterkt forbundet med fedme. Men nyere studier peker på det faktum hypertensjon er sett spesielt hos personer som har søvnapné uavhengig av hva vekten er. Blodtrykket påvirker søvnapné rett og slett fordi den stiger og faller markert i løpet av gjentatte søvnapné episoder. Disse endringene er også knyttet til endringer i form av plutselige støt som forekommer i det sympatiske nervesystemet. Dette systemet styrer ufrivillige muskelbevegelser og særlig de i blodårer og hjerte. Det er nå antatt at ettersom tiden går av disse endringene kan spille en viktig rolle i utviklingen av permanente langsiktige hypertensjon.