Abstract
Flere faktorer drive progresjonen fra sunne slimhinner mot sporadiske kolorektal karsinom og samler bevis knytter tarmbakterier med sykdom initiering og progresjon. Derfor er målet med denne studien var å gi en første høyoppløselig kart over colonic dysbiosis som er knyttet til menneskelig kolorektalcancer (CRC). For dette formål ble de microbiomes koloniserende tykktarm tumorvev og tilstøtende ikke-ondartet slimhinnen, sammenlignet med dyp rRNA-sekvensering. Resultatene viste slående forskjeller i mikrobiell kolonisering mønsteret mellom disse to områdene. Selv om interindividuell kolonisering i CRC pasienter var variabel, svulster konsekvent dannet en nisje for
Coriobacteria Hotell og andre foreslåtte probiotiske bakteriearter, mens potensielt patogene
enterobakterier
var underrepresentert i svulstvev. Som tarmfloraen er generelt stabil i voksen alder, disse funnene tyder på at CRC-forbundet fysiologiske og metabolske forandringer rekruttere tumor beite commensal-lignende bakterier. Disse mikrobene har dermed en åpenbar konkurransefordel i svulsten mikromiljøet og dermed synes å erstatte patogene bakterier som kan være innblandet i CRC etiologi. Denne første glimt av CRC mikrobiomer gir et viktig skritt på veien mot full forståelse av det dynamiske samspillet mellom tarm mikrobiell økologi og sporadisk CRC, som kan gi viktige fører mot nye mikrobiomer relaterte diagnostiske verktøy og terapeutiske intervensjoner
Citation.: Marchesi JR, Dutilh BE, Hall N, Peters WHM, Roelofs R, Boleij A, et al. (2011) Mot Human tykktarmskreft mikrobiomer. PLoS ONE 6 (5): e20447. doi: 10,1371 /journal.pone.0020447
Redaktør: Niyaz Ahmed, University of Hyderabad, India
mottatt: 18 februar 2011; Godkjent: 22 april 2011; Publisert: May 24, 2011
Copyright: © 2011 Marchesi et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. AB var støttet av den nederlandske Cancer Society (KWF; Prosjekt KUN 2006-3591). Nederlandsk Digestive Diseases Foundation (MDLS; prosjekt WO 10-53). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
den menneskelige tarmkanalen inneholder ca 10
14 bakterier, bestående av ~ 10
3 arter, som er avgjørende for fordøyelsen av mat, kontroll av intestinal epitel homeostase, intestinal utvikling og helse [1 ]. Motsatt vil en stor mengde bevis som støtter et forhold mellom smittestoffer og humane cancere [2], og antyder at visse slimhinner-assosiert bakteriearter spiller en viktig rolle i patogenesen av kolorektal kreft (CRC; [3], [4], [ ,,,0],5]. Videre kliniske sammenhenger mellom bakteriell infeksjon og CRC har blitt beskrevet i mange tiår, den mest fremtredende av som angår infeksjoner med
Streptococcus bovis product: [6], [7] og
Clostridium septicum
[8] imidlertid er co-forekomst av disse infeksjonene med CRC svært lav ( 1%).. fordi slike lav grad av opportunistiske patogener kan bare bli klinisk manifest i svekket pasienter Tilsvarende serologiske data har vist en økt eksponering til
S. bovis
antigener i scenen CRC pasienter tidlig uten kliniske tegn på bakteriell infeksjon [9]. Basert på dette, har det vært antydet at spesifikke tarmbakterier har et konkurransefortrinn i CRC mikromiljøet, mens opportunistiske infeksjoner forbli undertrykt av den aktive immunsystemet hos de fleste pasientene.
Tidligere publikasjoner har gitt mekanistisk bevis for involvering av tarmbakterier i utvikling av CRC, som omfatter i), produksjon av DNA-ødeleggende superoksidradikaler, ii) produksjon av genotoxins, iii) T-hjelpercelle-avhengig induksjon av celle-proliferasjon, iv) Toll-lignende reseptor-mediert induksjon av pro-kreftfremkallende trasé [10] – [14]. Til tross for denne enorme mengde indisier, men ingen kliniske data har hittil vært tilgjengelig for direkte vise forskjellige bakteriekoloniserings mønstre i CRC pasienter. Faktisk er den molekylære natur av komplekset intestinal fellesskap var stort sett uutforsket før det øyeblikk Eckburg og medarbeidere [15] avslørte tilstedeværelsen av ~400 bakteriearter ved sekvensering av prokaryotiske ribosomale RNA gensekvensene fra flere colonic slimhinne områder og avføring av friske personer . Videre undersøkelser viste høy intra-individuell variasjon av tarm microbiomes i den menneskelige befolkningen, mens den mikrobielle kolonisering av slimhinnen i voksne individer er relativt stabil i hele tykktarmen [16] – [18]. Basert på de siste observasjonene vi en hypotese om at den dyptgående analyse av et relativt lite antall sammenkoblede vevsprøver på /av-svulst fra CRC pasienter kunne avsløre bakteriearter som kan være innblandet i CRC etiologi. For å oppnå dette målet, brukte vi dypt pyrosekvensering av bakteriell rRNA å sammenligne CRC tumor microbiomes som for tilstøtende ikke-ondartet slimhinner over seks pasienter. Dataene gitt den første høyoppløselig bilde av den menneskelige CRC mikrobiomer og viste at CRC er forbundet med ganske dramatiske endringer i tilhenger tarmfloraen.
Materialer og metoder
pasientmateriale
Seks pasienter (merket A-F, tabell 1) gjennomgikk resections for primær kolon adenokarsinom ved Radboud University Nijmegen Medical Centre. Etter reseksjon ble colonic prøvene grundig skylt med sterilt vann, hvoretter prøver ble undersøkt av en patolog onkologisk. Sykdommen ble iscenesatt i henhold til Tumor-Node-metastaser (TNM) klassifikasjon [19]. Fra hver colonic prøven, ble biopsier tatt fra svulsten nettstedet ( «on-tumor», A
on-F
på) og fra tilstøtende ikke-ondartet vev ( «off-tumor», A
off -F
av) på luminal siden av kolon veggen (avstand ca 5-10 cm). Vevsprøver ble avbrutt ved mekaniske skjærkrefter, hvoretter det samlede DNA ble ekstrahert ved hjelp av AllPrep DNA /RNA-kit (Qiagen). Alle prøver ble lagret ved -80 ° C inntil bruk.
Etikk erklæringen
Forskningen ble gjennomført i henhold til de prinsipper som er nedfelt i Helsinkideklarasjonen. Studien ble godkjent av av Medical Etisk komité distriktet Arnhem-Nijmegen (Nederland); pasienter forutsatt skriftlig informert samtykke til uttak av prøver og påfølgende analyse når det er nødvendig.
denaturering Gradient Gel elektroforese (DGGE) og Ribosomalt intergeniske Spacer Analysis (RISA)
Ved hjelp av total DNA fra 12 colonic biopsier som en mal, ble bakterie 16S rRNA gener forsterket av en nestet tilnærming [20] med grunning parene 27F /1492r [21] og L1401r /968f-GC [22], [23] i to påfølgende PCR reaksjoner (tabell S1) . DGGE ble utført på de resulterende PCR-blanding som tidligere beskrevet [24]. Det bør bemerkes at synlige bånd (se figur 1) representerer bakterielle arter som har en overflod av minst 1-10% av den totale fellesskap, mens lave tallrike arter ikke vil resultere i en detekterbar båndene til denne tilnærmingen. For å bekrefte DGGE data, ble bakterie ribosomale intergeniske avstands regioner forsterket med primere 1406f og 23Sr bruker samme DNA som templat (tabell S1 [24]). RISA ble utført som beskrevet tidligere [23].
Et indre fragment (bps ~450) av den bakterielle 16S rRNA-genet ble amplifisert fra tykktarm vev-ekstraherte DNA ved et bredt spekter PCR metode hvoretter disse blandinger fragment ble brukt til DGGE. Pasientens egenskaper kan finnes i tabell 1;
av
, ikke-ondartet vev;
, svulstvev.
FLX 454 titan pyrosekvensering
I det andre trinnet i nestet PCR tilnærming, forsterket vi V1-V3 region av bakterie 16S rRNA-genet ved hjelp av primerpar tagget med 12 forskjellige Metagenome identifikasjon (MID) tags (Tabell S1). 454 sekvensering ble utført ved University of Liverpool avanserte Genomics Facility. Sekvenser er tilgjengelig på forespørsel.
Les behandling og samfunnet mangfold
Alle delvis 16S rRNA gensekvenser ble behandlet i første omgang med Pyro-rørledningen på Ribosomalt databaseprosjekt (RDP, [25] ; Slipp 10) for å trimme og fjerne primere fra de delvise ribotags og begrense sekvenser til 400 bp og = 500 bp, sekvenser ble behandlet med pre.cluster kommando som minimerer feil introdusert av pyrosekvensering plattform [26]. Dette trinnet gitt datasett for analyse (tabell S2) med lese lengde histogrammet vist i Figur S2
A
. Dataene fra alle prøvene ble behandlet ved hjelp MOTHUR [27] for å generere indekser av mangfold, vakuum, kurver (figur S2
B
) og til å gjennomføre Libshuff analyse av prøven likhet. MOTHUR ble kjørt ved hjelp av beregnings fasilitetene på Advanced Research Computing @ Cardiff (ARCCA) Division, Cardiff University. Sammenligninger av bibliotekene fra en person ble utført ved hjelp av RDP bibliotek sammenligne verktøy. Analyse av ribotags ble også utført ved anvendelse av MEGAN [28] for hvilken innmatingen var den csv utgangen fra RDP s klassifikator rørledning (ved hjelp av standardinnstillinger og et konfidensnivå på 50%). Sammenligningen verktøyet ble valgt og leser normaliseres mellom prøver og Bonferronikorreksjon som brukes til å fremheve forskjeller mellom prøvene. En justering uavhengig analyse av datoen ble også foretatt ved bruk av 5-merer og frekvens landskapet distribusjon (fLAND) analyse [29] – [31]. Den generasjonen av de 5-merer ble utført ved hjelp av en skreddersydd PERL script (skrevet av BED, tilgjengelig på forespørsel) og PCA analysen ble foretatt i MATLAB på ARCCA ble fLAND analyse utført ved hjelp av programvaren fLAND
konsistens. analyse
Skjevheter i microbiota mellom on-tumor og off-tumor prøver over pasientene ble oppsummert for å identifisere taxa som enten var konsekvent beriket eller konsekvent utarmet i de to nisjer. All pyrosekvensering leser ble først kartlagt til SILVA omfattende database med justert, kvalitet sjekket 16S /18S rRNA sekvenser 300 nt (versjon SSUParc_100 [32]) ved hjelp BLAT v34 med standard parametere og cutoffs [33]. Vi antok at hver lese- var avledet fra en annen mikroorganisme, og at samplings av leser representerte den taksonomiske fordelingen i tarmfloraen. For hver prøve ble hver lese tilordnet til sin mest lignende sekvens i databasen SILVA, og en oppsummering av de taksonomiske kommentarer til de oppdagede databasesekvensene ble generert. Hver taksonomisk clade ble vurdert for å bestemme hvorvidt det viste en høyere fraksjon av lyder i off-tumor eller på tumorprøver for hver pasient, og en konsistens poengsum ble beregnet ved telling «1» dersom clade var høyere off-tumor, » -1 «hvis clade var høyere på svulsten, og» 0 «hvis brøkdel av lyder på og utenfor tumor var identisk (f.eks hvis clade ikke ble målt i denne pasient). Til slutt ble disse score summeres, noe som gir en samlet konsistens poengsum mellom -6 og +6 som gjenspeiler hvor konsekvent den klade ble beriket eller oppbrukt på tvers av alle pasienter. Merk at hver sekvens i SILVA databasen har to taksonomiske merknader, dvs. EMBL og RDP.
Resultater
DGGE fingerprinting
Som et første lete, profiler av bakterielle 16S rRNA gener ble samlet ved hjelp av DGGE for tumor og samsvarende tilstøtende ikke-maligne (off-tumor) mucosa fra 6 CRC-pasienter (tabell 1). Som vist i figur 1, de mikrobielle samfunn av tumorvev og tilstøtende «off-tumor» slimhinne var påfallende forskjellige og lignende resultater ble oppnådd når RISA fingeravtrykk ble påført på de samme prøvene (Figur S1). Spesielt dette resultatet kraftig kontrast til de tidligere observasjoner at colonic mucosal microbiota er nesten identisk nabo steder i friske personer [15], [16], [34] – [36]. Inspirert av denne slående observasjon, vi neste rettet for en mikrobiomer sekvensering tilnærming for å kartlegge mikrobiomer endringer på en høy oppløsning i stedet for sekvensering av individuelle sært band som bare representerer de tallrike artene i et visst utvalg.
FLX 454 titan pyrosekvensering
for å definere kolon svulsten mikrobiomer på et dypt nivå, vi forsterket og sekvensert V1-V3-regionen i de bakterielle 16S rRNA gener (tabell S1), noe som resulterte i totalt 193,880 ribotags av lengde 401- 500 bp. Dataene viste høy dekning verdier ( 88%) og vakuum, kurver indikerte tilfredsstillende prøvetaking av samfunnene på 90% identitet (Figur S2
B
; Tabell S2). Libshuff analyse indikerte at alle både på og utenfor tumor samfunnene var signifikant forskjellig (p 0,0001) fra hverandre (tabell S3). Viktigere, både alignment-avhengige og uavhengige metoder støttet observasjon av disse endrede tumor microbiomes (Figur 2, Figur S2
C Hotell og
D
; Tabell S3). Videre, mens DGGE og RISA viste kun mindre forskjeller for pasient D, subtil, men signifikant forskjeller kan identifiseres ved den dype sekvense tilnærming. Dette eksemplifiserer helt klart et bedre oppløsningen som kan oppnås med den siste teknologien. Dataene viste en generell tendens i flere bacteroidetes og mindre firmicutes fra i svulstvev i forhold til matchende off-tumor slimhinnen (Figur S3). Imidlertid, som kunne forventes de observerte skift mikrobiomer viste en høy grad av variabilitet blant pasientene (figur S3A-F) og i visse tilfeller var selv i motsetning til den generelle tendens (fig S3
G
). Selv
S. bovis
eller
C. septicum
infeksjoner har en kjent klinisk sammenheng med CRC, bare svært få sekvenser tilordnet rRNA av disse to artene, og ingen pålitelig kolonisering av CRC vev ble observert. Dette kan forklares ved det faktum at slike opportunistiske patogener er hovedsakelig til stede i den forbigående adenom fasen av CRC [37].
454 sekvenseringsdata ble normalisert i MEGAN (Huson et al., 2009) og analysert via RDP pyropipeline klassifiseringsverktøyet (Cole et al. 2009) for å generere en cSV-fil av taksonomisk overflod. Denne filen ble brukt som input for MEGAN å visualisere hvor familier forskjeller mellom ikke-ondartet vev (
av
-tumor) og CRC vev (
-tumor) samfunn er til stede. En høyoppløselig bilde av dette figur for «zoom-in» formål kan lastes ned fra Figur S2
E
.
Konsistens analyse
For å finne den mest imperative mikrobiomer endringer under dannelsen av CRC, ble konsistens på tvers av pasientene beregnes for hver taxon individuelt ved å gi den en score på «-1» hvis det normaliserte antall sekvens leser av at taxon i svulstvev var høyere enn i matchende off-tumor slimhinner, «1» dersom taxon var mer rik på sunne slimhinner og «0» hvis det ble ikke påvist i det hele tatt i denne pasienten. Summere disse score over pasienter resulterte i konsistens poengsum -6 til 6 for hver taxon (tabell 2 og S4, Figur S4
A Hotell og
B
). Det bør bemerkes at noen sekvenser er bedre kommentert av EMBL enn ved RDP, og
vice versa plakater (se figur S4C), så vi rapportere både snarere enn fortrinnsvis tillitsfulle noen av disse taksonomiske merknader. Denne tilnærmingen viste at CRC vev ble konsekvent forbundet med overrepresentasjon av underklasse av
Coriobacteridae
, spesielt slektene
Slackia Hotell og
Collinsella
, som kan betraktes som gut commensals. På den annen side, medlemmer av
Enterobacteriaceae
, slik som
Citrobacter
,
Shigella
,
Cronobacter
,
Kluyvera
,
Serratia Hotell og
Salmonella
spp. (score mellom 4 og 6, Tabell 2, Figur S4
A Hotell og
B
) var underrepresentert i CRC vev. Selv om disse funnene var konsistente, den relative overflod av disse taksa varierte betydelig mellom av og på tumor mucosa fra de undersøkte pasientene som vist i figur 3.
relative fordeling av valgte CRC over /under representert taksa ble beregnet som fraksjons merket sekvenser av det totale antall står i den bestemte prøven. Konsistens poengsum for angitte taxon (se tabell 2) er gitt i parentes, og gjenspeiler hvor konsekvent clades ble beriket over pasienter A-F; grønne linjene viser fraksjonen i
av
-tumor og røde linjene viser brøkdel av dette taxon
-tumor.
Diskusjoner
Det mest slående observasjon fra vår nåværende studien var dramatisk annerledes microbiomes i CRC vev og tilstøtende ikke-ondartet slimhinnene i 5 av de 6 undersøkte pasientene. Til vår overraskelse, men vi fant ingen konsekvent overrepresentasjon av potensielle patogene bakterier i CRC vev. I kontrast overrepresentert arter berørte medlemmer av slektene
Coriobacteridae
,
Roseburia
,
Fusobacterium Hotell og
Faecalibacterium
, som er generelt ansett som gut commensals med pro-biotiske funksjoner. Dette tyder på at de observerte mikrobielle skift er forårsaket av ganske dramatiske fysiologiske og metabolske endringer som følge av colon carcinogenesis seg selv [38] – [40], og at disse artene kan betraktes som CRC passasjerer. Faktisk siste metabolomics studier viste ekstremt endrede næringsforhold i CRC svulstens mikromiljø sammenlignet med ikke-ondartet slimhinnen [41]. Den mest markante og konsistente funn gjaldt en drastisk reduksjon i glukose og pyruvat og en økning i laktat (lav pH), aminosyrer, lipider og fettsyrer. Den variasjon mellom pasientene i mikrobiomer endringer kan muligens reflektere intraindividuelle variasjon i CRC svulsten mikromiljøet [42], noe som resulterer i fortrinnsrett rekruttering av ulike klasser av tarm arter. Spesielt, redusert antall
Collinsella
spp. og
Roseburia
spp. er tidligere funnet hos eldre personer med ikke-steroide antiinflammatoriske legemidler sammenlignet med ikke-brukere (NSAID [43];. som tyder på at disse bakteriene trenger inflammatoriske nisjer å optimalt kolonisere tarmveggen Interessant, slektene
Roseburia
,
Fusobacterium
og
Faecalibacterium
, som er moderat anriket på tumorer tilhører den store butyrat fremstilling av tarmbakterier. butyrat er antatt å være beskyttende mot CRC ved å indusere en p21-avhengig cellesyklus-stans noe som resulterer i en økt apoptose rate av kreftfremkallende celler [44]. effektene av smørsyre er imidlertid fremdeles under debatt som svulst hemming kan for eksempel være begrenset til de tidlige fasene av kreftutvikling. markert, har det vist seg at
Faecalibacterium prausnitzii
utskiller anti-inflammatoriske faktorer som blokkerer NF-kB-aktivering og IL-8-produksjon i en eksperimentell dyremodell for Crohns sykdom [45]. Videre pasienter med inflammatorisk tarmsykdom, som har økt risiko for CRC, har vært forbundet med lavere antall
F. prausnitzii
i intestinal populasjonen [46]. Til slutt,
Slackia
spp. Det er kjent å omdanne diett isoflavoner til mer potente antioksidanter [47] som er i stand til å indusere apoptotisk baner i tumorceller [48]. Dermed i lys av våre nåværende data, kan vi trekke den konklusjon at CRC mikrofortrinnsvis kolonisert av tarmbakterier med anti-tumorigen og anti-kreftfremkallende egenskaper, som dermed kan hindre rask progresjon av denne sykdommen. Men man kunne også hevde at for eksempel smørsyre gir en ekstra energikilde for kreftceller, mens dempe betennelsesreaksjon stopper det medfødte immunsystemet fra å angripe den begynnende svulst. Dermed både svulst undertrykke eller tumor fremme scenarier kan være mulige utfall av differensial kolonisering av CRC vev og videre, detaljerte undersøkelser, vil være nødvendig for å belyse dette spørsmålet.
En annen bemerkelsesverdig observasjon gjaldt redusert nærvær av medlemmer
Enterobacteriaceae
, slik som
Citrobacter
,
Shigella
,
Cronobacter
,
Kluyvera
,
Serratia
og
Salmonella
spp. i tumorvev av de undersøkte pasientene CRC. Disse dataene kan tyde på at disse bakteriene er en del av den indre mikrobiomer av CRC pasienter, men utkonkurrert av de ovennevnte kommensale lignende bakterier ved sykdomsprogresjon. Selv om vi innser at i fravær av et stort referansedatabase for slimhinne microbiomes fra friske individer er det vanskelig å trekke konklusjoner om denne observasjonen, vil vi gjerne benytte anledningen til å kort gjennomgang hvorfor Enterobacterial intestinal kolonisering kan være assosiert med økt risiko for CRC. Først metagenomic beholdninger av menneskets tarm mikrobiomer viste at
Salmonella
,
Citrobacter
, og
Cronobacter
var blant de lave rikelig tarm arter eller var selv helt fraværende hos friske individer [15], [49], som er helt i linje med deres patogene karakter [50]. Derimot har denne bakterielle familien var påviselig stede i ikke-maligne tykktarmsslimhinnen prøver fra CRC pasienter [36], mens Shen og kolleger nylig viste at
Shigella
spp vises en økt overflod i den indre (ikke-ondartet) mikrobiomer av adenom pasienter [51]. Viktigere, har potensialet for enterobakterier å initiere CRC allerede blitt vist for
Citrobacter
arter i en dyremodell [52], og det er antatt at dette øker følsomheten for CRC er forårsaket av en asymptomatiske, men kronisk, inflammatorisk respons i kolon mukosa [53]. I tillegg flere Enterobacterial stammer produserer DNA-skade genotoxins [54] og kan dermed bidra aktivt i opphopning av mutasjoner som preger adenom-karsinom sekvens [55]. I denne sammenheng kan våre data videre foreslå at ved CRC progresjon, svulsten mikromiljøet endringer på en slik måte at enterobakterier erstattes av commensal lignende arter eller bakterier med forslag probiotiske egenskaper som har økt tilgang til og /eller kan mer effektivt fôr i den endrede svulstens mikromiljø. Forsvinningen av CRC-kjøring patogene bakterier fra avansert CRC svulstvev kan være analogt til det som er blitt rapportert for
Helicobacter pylori
under magekreft progresjon [56].
Til sammen gir vår studie en viktig første glimt av CRC-assosiert mikrobiomer og indikerer en svært dynamisk forhold mellom tarmbakterier og utviklings svulster. Likevel, mange åpne spørsmål må tas opp i fremtidige studier, inkludert dyp mikrobiomer analyse av utvidet grupper av tumorprøver fra forskjellige sykdomsstadier, inkludert adenomer og biopsier fra et stort sett av ikke-kreftpasienter å tjene som referansedatabase. Videre, for diagnostiske formål vil det være viktig å undersøke hvordan den lokale tumorassosierte mikrobiomer skift er knyttet til den fekale bakterieflora sammensetningen [57]. En mer detaljert analyse av CRC (meta) genomer og bakterie transcriptomes er nødvendig for å finne de genene som forårsaker differensial kolonisering i svulsten mikromiljøet og for å bedre definere høyrisiko mikrobielle populasjoner. Deretter bør høy risiko og lav risiko bakteriepopulasjoner valideres i (dyr) modeller for sporadisk CRC, og mekanismer for bakteriell innblanding i CRC må raknet i mer detalj. Alt-i-alt, setter dette på dagsorden for en ny spennende epoke i kolorektal kreft forskning, integrere mikrobiologi og mikrobiell økologi med tumorbiologi. Dette vil føre oss mot en økt forståelse av drivkreftene for CRC, samt nye mikrobiomer relaterte diagnoseverktøy og terapeutiske intervensjoner.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
RISA fingerprinting av CRC vev og ikke-ondartet tilstøtende slimhinnen. Den intergeniske spacer regionen mellom 16S og 23S rRNA gener ble forsterket med konservert primerpar (Tabell S1) og analysert ved hjelp av en Agilent Bioanalyser. Pasientens egenskaper kan finnes i tabell 1; av, ikke-ondartet vev; på, svulstvev
doi:. 10,1371 /journal.pone.0020447.s001 product: (PDF)
Figur S2.
En
, Les lengder per prøve, med X
av og X
på kommer fra off-tumor og på tumorprøver Emne X, ble data hentet fra de leste lengder etterbehandling via RDP pyropipeline.
B
, Rarefraction kurver for hver prøve, er prøven nøkkelen det samme som anvendelse for figur S1. Disse kurvene ble generert ved hjelp MOTHUR, avskåret verdier vises.
