Abstract
DOC-2 /DAB2 interaktiv protein (DAB2IP ) er en roman identifisert tumor suppressor gen som hemmer cellevekst og forenkler celle apoptose. En genetisk variant i
DAB2IP
genet ble rapportert å være assosiert med en økt risiko for aggressiv prostatakreft nylig. Siden DAB2IP innebærer utvikling av lungekreft og lavt uttrykk for DAB2IP er observert i lungekreft, vi hypotese at variasjonene i
DAB2IP
genet kan øke genetisk disposisjon for lungekreft. I en case-control studie av 1056 lunge krefttilfeller og 1056 kjønn og alder frekvens matchet kreftfrie kontroller, undersøkte vi sammenhengen mellom to vanlige polymorfismer i
DAB2IP
genet (-1420T G, rs7042542; 97906C A, rs1571801) og risikoen for lungekreft. Vi fant ut at sammenlignet med 97906CC genotyper, bærere av variant genotyper (97906AC + AA) hadde en betydelig økt risiko for lungekreft (justert odds ratio [OR] = 1,33, 95% CI = 1,04 til 1,70,
P
= 0,023) og antall variant (risiko) allel jobbet i en dose-respons måte (
P
trend = 0,0158). Ytterligere fordeling analyse viste at risikoen foreningen var mer uttalt hos pasienter yngre enn 60 år gamle, menn, ikke-røykere, ikke-drikkere, overvekt grupper og i de med familien kreft historie i første eller andre-graders slektninger, og 97906A interaksjon med overvekt på risikoen for lungekreft. Vi fant ytterligere antall risiko alleler (97906A allelet) ble negativt korrelert med tidlig diagnostisering alder av lungekreft i (
P
= 0,003) mannlige pasienter. Men ingen signifikant sammenheng ble observert på -1420T G polymorfisme. Våre data antyder at 97906A variant genotyper er assosiert med øket risiko og tidlig innsettende lungecancer, spesielt hos menn
relasjon:. Yang L, Li Y, X Ling Liu L, Liu B, Xu K , et al. (2011) En felles genetisk variant (97906C A) av DAB2IP /AIP1 er assosiert med økt risiko og tidlig debut av lungekreft i kinesiske menn. PLoS ONE 6 (10): e26944. doi: 10,1371 /journal.pone.0026944
Redaktør: John D. Minna, Univesity of Texas Southwestern Medical Center i Dallas, USA
mottatt: 16 mars 2011; Godkjent: 06.10.2011; Publisert: 26 oktober 2011
Copyright: © 2011 Yang et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble delvis støttet av National Natural vitenskapelige grunnlag Kina gir 30872178, 81072366 (Dr. J. Lu) og 30872142 (Dr. W. Ji), Guangdong Provincial vitenskapelige stipend~~POS=HEADCOMP 8251018201000005 og Guangdong Provincial High Level Eksperter Grants 2010-79 ( Dr. J. Lu). I tillegg fikk ingen ytterligere ekstern finansiering for denne studien. Alle organer hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
introduksjon til
Lungekreft er den vanligste typen av kreft og nummer én dødsårsaken blant krefttyper i verden [1]. I USA ble det anslått at det ville være 222,520 nye lungekreft forekomst og 157,300 lungekreftdødsfall i 2010 [1]. Data fra den nasjonale død undersøkelse og kreft registrering av Kina fastlandet viste også at lungekreft var den ledende dødsårsaken i de fleste byer i Kina [2]. I Guangzhou, forekomsten av lungekreft var 61,18 /10
5 hos menn, og 32.56 /10
5 hos kvinner i 2004, tilsvarende, med en dødelighet på 59,37 /10
5 hos menn, og 27,82 /10
5 hos kvinner [2]. Alle disse indikerte at byrdene av lungekreft er alvorlig over hele verden, spesielt hos menn.
Epidemiologiske studier har vist at de etiologiske faktorer av lungekreft er fra miljø, inkludert røyking, yrkesmessig eksponering for polysykliske aromatiske hydrokarboner, asbest, metaller og sveiserøyk, luftforurensning, og underernæring eller dietter [3]. Imidlertid kan bare en liten del av individer som utsettes for farlige miljøfaktorer utviklet lungekreft sykdom, noe som antyder at andre enn miljø faktorer, slik som verten (f.eks, kroniske lungesykdommer) eller genetiske faktorer (for eksempel genet variasjon) kan predisponere individer for å utvikle lungekreft [4]. Nylig ble en meta-analyse inkludert resultater fra 41 studier rapporterte at lungekreft familiens historie var en risikofaktor for lungekreft [5]. Dette viste at den genetisk faktor spiller en rolle i utviklingen av human lungekreft.
DAB2IP
, den kodende genet av DOC-2 /DAB2IP protein, også kjent som apoptose signal- regulere kinase 1-veksel protein-1 (AIP1), er et nytt medlem av RAS aktivering GTPase- genfamilien. DAB2IP, aktiverer ikke bare direkte TNF-a indusert ASK1-JNK-celle signalisering apoptotiske og inhiberer TNF-a indusert NF-kB IKK- cellevekst signalisering [6] – [8], det undertrykker også den fosfatidylinositol 3-kinase (PI3K) -Akt pathway og således fører til celle apoptose [9] og negativt regulere RAS-mediert celleoverlevelse signal via interaksjon med DAB2 [10]. Videre undersøkelse avslørte også en funksjon av DAB2IP ved modulering av epitelial-til-mesenchymale overgang og kreft metastase [11]. På grunn av avvikende metylering i
DAB2IP
promoter-regionen, lav uttrykk for DAB2IP ble funnet i flere typer kreft, inkludert lungekreft, og økt nivå av DAB2IP kan undertrykke kreft vekst [12] – [17]. DAB2IP knockout mus viste at mangel på DAB2IP protein kan sterkt forsterke epiteliale cellemigrasjon og inflammatorisk angiogenese [18]. Alle dataene tyder på at
DAB2IP
kan fungere som en tumor suppressor genet.
DAB2IP
genet finner på kromosom 9q33.1-33.3. Det er høy polymorfe, 1457 polymorfismer og to vanlige ulike transkripsjoner har blitt rapportert i dette genet. Nylig, en studie rapporterte at en genetisk polymorfisme (rs1571801) i intron 1 av
DAB2IP
genet ble signifikant assosiert med økt risiko for aggressiv prostatakreft både i afrikansk-amerikanske og europeiske befolkningen [19]. Fordi de fleste av lungekreftpasienter er hanner og DAB2IP mangel ble også grunnlagt i lungekreft [15], er det sannsynlig at den genetiske variasjonen i
DAB2IP
gen kan bidra til å øke risikoen for lungekreft som det gjorde i prostatakreft. Variasjoner i promotoren av dette genet kan påvirke gen-funksjoner. Tatt disse sammen, vi antatt at disse genetiske variasjoner i
DAB2IP
genet og deres mulige interaksjoner med miljøfaktorer er forbundet med risiko for lungekreft.
I denne sykehusbasert case-control studie inkludert 1056 lungekreftpasienter og 1056 kjønn og alder frekvens-matchet genetiske urelaterte kreftfrie kontroller, genotypet vi to vanlige polymorfismer i
DAB2IP
genet (-1420T G, rs7042542, i promoter regionen, 97906C A, rs1571801, i intron 1) og undersøkt deres tilknytning til risikoen for lungekreft.
Resultater
emner demografi
de distribusjoner av demografiske variabler og risikofaktorer i 1056 saker og 1056 kreftfrie kontroller er blitt beskrevet andre steder [20] og disse variabler ble ytterligere justert for den multivariate logistisk regresjonsmodell for å kontrollere mulig forvirrende av de viktigste virkninger av den undersøkte SNP og brukt i den senere lagdeling og gene- miljø interaksjon analyse. I tillegg til de 1056 tilfellene var det 683 (64,7%) tilfeller av cantoneses, 90 (8,5%) teocheweses, 198 (18,8%) hakkases og 85 (8,0%) frå andre provinser. av de 1056 kontrollene, var det 700 (66,2%) cantoneses, 81 (7,7%) teocheweses, 195 (18,5%) hakkases og 80 (7,6%) frå andre provinser. Forskjellen i distribusjoner av sub-nasjon mellom saker og kontroller var ikke statistisk signifikant (
P
= 0,8538), og dette ble brukt i senere og gen-miljø interaksjoner stratifisering analyse (tabell 1).
de distribusjoner av
DAB2IP
genotyper og risikoen for lungekreft
de distribusjoner av de to SNPs genotyper blant kontrollene og saker, og de justerte odds ratio assosiert med lungekreft er oppsummert i tabell 2. Begge genotypefrekvensene i kontroll befolkningen var i samsvar med de spådde i henhold Hardy-Weinberg likevekt (
P
= 0,454 for -1420T G;
P
= 0,113 for 97906C EN). Genetisk koblingsulikevekt mellom -1420T G locus og 97906C Et locus skjedde ikke som LD-analyse i kontrollene som er vist (D «= 0,015 og r
2 = 0,001), noe som tyder på hver av dem kan ha en selvstendig effekt på risikoen for . lungekreft
Som vist i tabell 2, allelfrekvens av 97906C var en SNP vist signifikante forskjeller mellom de tilfeller og kontrollene (
P
= 0.0381). Multivariat logistisk regresjonsanalyse viste at etter justering for konfunderende faktorer, sammenlignet med CC genotyper, CA hadde en signifikant økt risiko for lungekreft (justert odds ratio [eller] = 1,31, 95% CI = 1,01 til 1,68;
P
= 0,0436), AA homozygot hadde en ikke-signifikant økt risiko for lungekreft (justert OR = 1,90; 95% CI = 0,80 til 4,53;
P
= 0,1438) på grunn av sin sjeldne frekvens, men det var en betydelig trend for et allel dose effekt på risikoen for lungekreft (
P
trend = 0,0158). Under co-dominerende modellen av arv, bærere av A-allelet (dvs. CA /AA genotyper) hadde en 0,33 ganger økt risiko for lungekreft (95% CI = 1,04 til 1,70;
P
= 0,023 ). Men for -1420T G SNP, genotypen og allelfrekvenser var ikke signifikant forskjellig mellom de tilfeller og kontrollene (
P
= 0.5263 og 0.4549 henholdsvis). Konsekvent, var det ingen signifikant sammenheng mellom denne SNP og risiko for lungekreft
Stratifisering analyse av
DAB2IP
97906C . A genotyper og risikoen for lungekreft
Vi evaluert videre foreninger av 97906CA /AA variant genotyper med lungekreft risiko stratifisert etter utvalgte variabler. Som vist i tabell 3 sammenlignet med den vanlige vill-type homozygot genotype, den skadelige genotyper 97906CA /AA var mer uttalt i hanner (juster OR = 1,42, 95% CI = 1,06 til 1,89), i yngre individer (juster OR = 1,51 , 95% CI = 01.06 til 02.14), hos ikke-røykere (justere OR = 1,43, 95% CI = 1,00 til 2,10), i nondrinkers (justere OR = 1,45, 95% CI = 1,10 til 1,92), hos overvektige grupper ( juster eller = 2,33, 95% CI = 01.30 til 04.16) og i de med familien kreft historie i første eller andre-graders slektninger (justere OR = 2,55, 95% CI = 01.04 til 06.25). Mens ingen signifikant sammenheng mellom -1420T ble G polymorfisme og risiko for lungekreft funnet i noen av undergruppene (data ikke vist)
Videre har vi vurdert mulige interaksjoner (eller effekt modifikasjoner. ) mellom polymorfisme og alder, kjønn, røyking, drikking, familiehistorie med kreft, og BMI-grupper på kreftrisiko. Mens montering multiplikative modeller, bare fant vi at 97906A varianten genotyper samhandlet med BMI på å øke kreftrisiko (interaksjon test
P
= 0,0348). Vi videre analysert mulige interaksjoner med flerfaktordimensjoner Reduction (MDR) programvare, og fant ut at det var interaksjoner av 97906A variant genotyper, BMI og røyking på økt kreftrisiko (interaksjon test
P
= 0,0003). Disse resultatene antyder en mulighet for interaksjon mellom 97906A variant genotyper og overvekt på risikoen for lungekreft.
Alder ved utbruddet av lungekreft og varianter av
DAB2IP
Fordi en tidlig alder ved utbruddet av kreft er en funksjon av genetisk disposisjon for sykdommen, vi analysert sammenhengen mellom debutalder for lungekreftpasienter og genotyper av
DAB2IP
, viste A Pearson korrelasjonsanalyse som debutalder sunket betraktelig som antall risiko alleler økt hos menn (r = -0,11,
P
= 0,0026), men ikke hos kvinner (r = -0,06,
P
= 0,2923). Vi har videre tilordnet de 746 mannlige pasienter til en av tre grupper på grunnlag av antall risiko alleler, og fant at den alder utbruddet (gjennomsnitt ± SD) var 61,1 ± 11,7 år på 610 pasienter med null risiko allelet (dvs. CC genotyper), var det signifikant lavere hos 124 pasienter med en risiko allel (CA genotyper) (58,8 ± 11,2); og det ble ytterligere redusert i 12 pasienter med to risiko alleler (AA genotyper) (55,4 ± 9,5). Bærere av 97906CA eller AA genotyper var 2,3 år eller 5,7 år yngre enn for CC genotyper. (ANOVA test
P
= 0,0386) (Fig. 1). Vi utførte videre Cox regresjonsanalyse med og uten justering for kjønn, alder, røyk status, drikke status og BMI, og funnet ut at den genetiske varianten 97906A (97906CA og AA) av
DAB2IP
var en selvstendig faktor for tidlig utbruddet av lungekreftpasienter (
P
= 0,033,
P
ad = 0,031)
Association mellom 97906C . En genotype og
DAB2IP
mRNA-nivåer
Som vist i figur 2A, er mRNA-nivåene av
DAB2IP
i 32 lungekreft vev var signifikant lavere enn de tilstøtende normale vev (
P
0,001). Imidlertid er forskjellene i DAB2IP mRNA-ekspresjon hos 97906C A genotyper var ikke signifikant i verken tumorvev (
P =
0,188) og heller ikke normale vev (
P =
0,165), som vist i figur 2B og 2C. Det foreslås at SNP 97906C . Kan en ikke ha noen vesentlig effekt på dette genet uttrykk
A, Relative mRNA nivåer av
DAB2IP
uttrykk i lungekreft vev sammenlignet med sine tilstøtende normale lungevev ; B, relativ mRNA nivået av
DAB2IP
uttrykk ved 97906C En genotype i lungekreft vev. C, relativ mRNA nivået av
DAB2IP
uttrykk ved 97906C En genotype i normalt vev. Ingen signifikant sammenheng ble observert mellom 97906C En genotype og
DAB2IP
mRNA nivåer verken i kreft vev eller i normalt vev Kolonner, mener fra tre uavhengige forsøk; barer, SD; og Student t test ble brukt for å teste forskjeller i uttrykket nivåer av ulike konstruksjoner
Påvisning av DAB2IP /MLL fusjonsgenet
I genotyping analyse av 97906C . Noen genotyper i de 82 lungekreft vev og deres tilstøtende normalt vev, fant vi at kreftvevet 19 tilfeller var bærere av CA, 2 tilfeller var AA, av de tilstøtende normalt vev 17 tilfeller var bærere av CA og ett tilfelle var AA. Vi amplifisert fragment av DAB2IP /MLL-fusjonsgenet med PCR-metoden som von Bergh AR er beskrevet for alle disse 82 lungekreft vev og deres tilstøtende normale vev. Men vi klarte å oppdage
AB2IP /MLL
fusjonsgenet.
Diskusjoner
I denne lungekreft case-kontrollstudie i sørlige kinesiske befolkningen, vi undersøkt sammenhengen mellom to vanlige varianter av
DAB2IP
og risikoen for lungekreft med en forholdsvis stor prøvestørrelse på 1056 lungekreftpasienter og 1056 kreft-frie kontroller. Signifikant sammenheng ble observert mellom 97906C En polymorfisme og risikoen for lungekreft. De 97906A varianten genotyper ble funnet å være assosiert med økt risiko, spesielt i undergruppene fag yngre enn 60 år, menn, som aldri har røykt, aldri drikker, overweighter eller obesities, og de med familie kreft historie. Videre ble det økte antall risiko alleler assosiert med mer tidlig debutalder for lungekreft. Men for polymorfisme -1420T G, ble ingen bevis funnet for noen sammenheng mellom denne SNP og risikoen for lungekreft. Så langt vi kjenner til, er dette den første genotypen foreningen studie av
DAB2IP
SNPs og risikoen for lungekreft.
En studie fant intron1 genetisk variant 97906A i
DAB2IP
var forbundet med en økt risiko for aggressiv prostatakreft [19]. På grunn av den kritiske rollen DAB2IP i etiologien av lungekreft, her fant vi at 97906C En SNP ble også assosiert med økt risiko for lungekreft hos menn; Det tyder på at 97906A Varianter kan spille en viktig rolle i etiologiske av lungekreft. Vi hadde utført bioinformatikk «analyse med Vista verktøy (https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml) ved å sammenligne genomiske strukturer av
DAB2IP
gen blant menneske (GeneID: 153090) og mus ( GeneID: 69601), rotte (GeneID: 192126), hund (GeneID: 491356), ku (GeneID: 541268), fant vi at 97906C Et locus lokaliserer i evolusjonært konserverte regioner (ECR-enheter) som ikke endret seg gjennom evolusjonen og servert som funksjonelle cis-virkende elementer [21]. Vi videre analysert mulige genetisk statistiske lignende SNPs til 97906C A i en 5 Mb region på kromosom 9 via HapMap SNP database (release # 36, https://www.hapmap.org/, november 9, 2009) genotypet i CHB trios med ssSNPer web-grensesnitt (https://gump.qimr.edu.au/general/daleN/ssSNPer/). Ina regionen fra 123228424 bp oppstrøms til 123728423 bp nedstrøms 97906C A, også fant vi en intron 1 polymorfismer rs1984038 som var 3184 bp oppstrøms 97906C A var i helt LD (D «= 1,00, r
2 = 1,00) med 97906C A [22], og det ble også hører til ECR-enheter. Men vi verken funnet noen signifikant effekt av 97906C En SNP på mRNA uttrykk for DAB2IP genet i lungekreft vev og deres tilstøtende normalt vev; og vi klarte ikke å registrere mulige virkningen av SNP på DAB2IP /MLL fusjonsgenet i kreftvevet. Tar disse bevisene sammen, det demonstrert at 97906C A er en fredet genetisk markør
I lagdel analyse, fant vi at variant genotyper (97906CA + 97906AA) var mer uttalt hos menn, yngre, som aldri har røykt,. nondrinkers, overvekt grupper og de med familie historie av kreft. Strenge miljøfaktorer som røyking er risikoen for lungekreft og gen-miljø interaksjoner er godt kjent involvert i etiologien av lungekreft [23], men her fant vi at 97906A variant kan påvirke utviklingen av lungekreft mest på grunn av stedegne arvet effekt. Som vist, 97906C A er mer betydelig i unge individer, i røykere og i nondrinkers. Stadig de med familiehistorie med kreft i noen første- eller andre – grad slektninger ble mer tendens til å utvikle lungekreft på grunn av den genetiske bakgrunnen høy 97906A frekvens. I tillegg observerte vi konsekvent bevis for en statistisk signifikant interaksjon mellom 97906A og overvekt. Vi skulle androgener kan fungere som et mellomledd for den nære sammenhengen mellom androgener og fedme [24] og androgener, funksjon på uttrykk for DAB2IP ved å undertrykke EZH2 uttrykk [25]. Videre studier er nødvendig for å avsløre mekanismen som akkumulerte studier har bekreftet at overvekt øker risikoen for kreft hos mennesker, inkludert lungekreft [26].
Interessant nok har vi også funnet at 97906A variant genotyper var assosiert med en tidlig utbruddet alder av lungekreft hos mannlige pasienter i et allel dose-effekt måte. DAB2IP kan være knyttet til patogenesen av lungekreft som studium har vist at i prostata kreft DAB2IP påvirket reparasjon effektiviteten av DNA-dobbeltstrengbrudd forårsaket av medisinsk eksponering for ioniserende stråling som er en risikofaktor for lungekreft [27]. Dermed våre funn viste 97906C . En polymorfisme kan være en konservert genetisk markør for å forutsi risikoen for lungekreft og videre tidlig debut av lungekreft hos menn
Siden denne studien var et sykehusbasert case- control studie, begrenset til kinesiske Han befolkning, kan det ha noen begrensninger. Men genotype frekvensfordelinger (dvs. -1420G, 97906A alleler var 0,103, 0,072, henholdsvis) i kontrollpersonene i vår studie var lik de rapportert for kinesiske befolkningen inkludert i HapMap database (dvs. -1420G, 97906A alleler var 0.114 , 0,067, respektivt). Videre genotypefrekvensene blant kontrollene kunne passe Hardy-Weinbergs lov foreslo også tilfeldigheten av faget valg. Von Bergh AR et al. rapportert at ekson 2 av
DAB2IP
genet ble smeltet sammen med
MLL
genet i en akutt myelogen leukemi pasient. Men vi klarte å observere
DAB2IP /MLL
fusjonsgenet i 82 tilfeller av lungekreft vev og deres tilstøtende normalt vev, enn si den mulige effekten av 97906C En polymorfisme på
DAB2IP /MLL
fusjonsgenet. På grunn av teknologiske begrensninger, har vi ikke ennå utføre andre funksjonell analyse for å finne ut om 97906C Et locus er i en intronic forsterker eller en spleising-relaterte område. I denne sammenheng studie, oppnådde vi en 80,2% studie makt for å oppdage råolje OR på 1,35 for de 97906CA + AA genotyper (som forekom med en frekvens på 13,6% i kontrollgruppen) sammenlignet med 97906CC genotype. Derfor ser det ut til å være at de 97906CA + AA genotyper forbundet med en økt risiko for lungekreft er usannsynlig å ha blitt oppnådd ved en tilfeldighet.
I konklusjonen, i dette sykehusbasert case-control studie av lungekreft , fant vi at 97906A genetiske varianter av
DAB2IP
genet ble forbundet med tidlig debut alder og en økt risiko for lungekreft hos menn, særlig i undergruppene fag yngre enn 60 år, mannlig, aldri drikker, obesities , og de med familie kreft historie. Så langt vi kjenner til, er dette den første studien av 97906A genetiske varianter i
DAB2IP
genet og lungekreft mottakelighet. Større, helst populasjonsbasert kasus-kontrollstudier, samt veldesignede mekanistiske studier, er garantert å validere våre funn.
Materialer og metoder
Studie fag og prøvetaking
Studie emner av 1056 lungekreftpasienter og 1056 kreftfrie kontroller ble rekruttert som tidligere beskrevet [20]. Kort fortalt, alt histopathologically bekreftet pasienter med primær lungekreft ble fortløpende rekruttert på urbane sykehus og ved forstaden Guangzhou byen fra mars 2007 til mars 2009. De som har andre lungesvulster, eller primære svulster øvre tracheal deli ble ekskludert. 1056 kreftfrie kontroller som var frekvens tilpasset sakene på alder (± 1 år) og kjønn ble valgt tilfeldig fra ca 10 000 personer som deltok i de sunne checkup programmene i samfunnet helsestasjoner gjennomført i Guangzhou. Alle fag var genetisk urelaterte etniske Han-kinesere og var fra Guangzhou og omkringliggende områder i Sør-Kina. Ingen hadde blodoverføringer i siste 6 måneder. Et enkelt spørreskjema ble brukt til å samle inn data om demografiske karakteristika, inkludert røykestatus, alkoholbruk og andre faktorer, inkludert kjønn, alder, BMI med signerte samtykkeerklæring både i saker og kontroller. Informasjonen om sub-etniske (dvs. kantonesisk, Teochewese, Hakkas, og Han etniske fra andre provinser utenfor Guangdong) ble også samlet inn under intervjuer. Alle deltakere rekruttert i vår studie hadde signert en samtykkeerklæring før spørreskjemaet intervjuet og vår studie ble godkjent av Institutional Review styrene i Guangzhou Medical University.
SNP utvalg
Vi brukte TSSW program ( https://www.softberry.ru/berry.phtml) for å forutsi promoter region og funnet at 4000 bp 5′-oppstrømsområdet av
DAB2IP
gen er potensial promoter-regionen. Basert på HapMap database (HapMap data Rel 27 PhaseII + III, Feb 09 på NCBI B36 montering, dbSNP B126), fant vi at det var ni vanlige SNPs (dvs., med mindre allelfrekvens ≥5%) innen arrangøren regionen
DAB2IP
genet i kinesiske Han Beijing befolkningen. Vi har videre valgt tagSNPs basert på parvis LD-analyse (R «> 2 terskel = 0,8) med Haploview 4,2 programvare, og fant at polymorfismen rs7042542 (-1420T G) var en tagSNP som representerer den genetiske informasjonen til annen SNPs (Figur S1). I tillegg tilsette rs1571801 (97906C A) SNP innenfor intronet en av
DAB2IP
genet som var blitt rapportert å være signifikant assosiert med øket risiko for aggressiv prostatakreft som to GWAS studier vist [19], vi genotypet dette to SNPs (-1420T G, og 97906C A) i vår studie (figur S2)
Genotyping analyse
Genomisk DNA ble ekstrahert fra en ml av en leukocytt celle pellet som. ble oppnådd fra buffy coat ved sentrifugering av 5 ml perifert blod, ved hjelp av DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Valencia, A) i henhold til produsentens instruksjoner. DNA renhet og konsentrasjon ble bestemt ved måling av spektrofotometrisk absorbans ved 260 nm og 280 nm.
to SNP ble genotypet ved hjelp av polymerase-kjedereaksjon-rflp (PCR-RFLP) -metoden. For -1420T G, et 132 bp PCR-produktet ble amplifisert fra genomisk DNA ved å bruke spesifikke primere: 5′-CTCCTGACCT CAGGTGATC C-3 «(fremover), 5′-TGGTGGGGAGGACAAAGATGCATCTGA-3′ (revers). PCR ble utført i 25 ul reaksjonssystemer. Etter innledende denaturering ved 94 ° C i 5 minutter, var det 35 sykluser ved 94 ° C i 30 s, 61 ° C i 30 s, og 72 ° C i 60 s, og deretter en avsluttende forlengelsestrinn på 72 ° C i 7 min. De amplifiserte fragmenter ble spaltet med MlyI (New England Biolabs) over natt ved 37 ° C, og produktene ble separert på 3,5% agarosegel. Den -1420GG genotype produsert 2 bånd (112 og 20 bp), mens den -1420TT genotype produserte et enkelt bånd (132 bp), og de viste alle heterozygoter 3 bånd (132, 112 og 20 bp) (figur S1). For 97906C A, ble en 98 bp PCR produkt forsterket fra genomisk DNA ved hjelp av spesifikke primere: 5»-AAACAGGCATAAGG TTTTAAGT-3 «(fremover), 5′-AATTTGACTTCCAAGTTGTC-3» (bakover). Spaltet med Tsp5091 (New England Biolabs) over natt ved 65 ° C, den 97906AA genotype produsert 2 bånd (52 og 46 bp), 97906CC genotype produserte et enkelt bånd (98 bp), og de heterozygoter viste alle 3 bånd (98, 52 og 46 bp) (figur S2).
resultatene ble evaluert av to forskere uavhengig som var blindet for fagenes pasient eller kontroll status. Vi har valgt tilfeldig 10% prøver for hver av de 2 SNPs til å utføre gjentatte analyser, og resultatene var 100% konkordant. For hvert mål genotype av PCR produktene ble renset og bekreftet ved direkte sekvensering (figur S3).
DAB2IP
mRNA uttrykk analyse
Vi utførte QRT-PCR for å avgjøre om den 97906C A hadde en effekt på
DAB2IP
genuttrykk
in vivo
. 32 tumorvev og deres tilstøtende normalt vev ble samlet fra pasienter som ikke fikk kjemoterapi og /eller strålebehandling før gikk komplett kirurgisk fjerning av en primær lungekreft. Alle tumorprøver ble histologisk bekreftet og genotyper av disse prøvene var alle sekvensering bekreftet. Total RNA ble ekstrahert ved hjelp av Trizol reagens (Invitrogen, Inc.). En porsjon av total RNA (1 pg) ble så revers transkribert til komplementære DNA ved å bruke oligo primeren og SuperscriptII (Invitrogen). Relative mRNA-ekspresjonsnivåene av
DAB2IP
og en intern referanse gen
p-aktin
ble påvist på ABI Prism 7500 sekvens deteksjonssystem (Applied Biosystems) basert på SYBR-grønn-metoden. Primere som brukes for
DAB2IP
var 5’CTG AGC GGG ATA AGT GGA TGG -3 «(fremover) og 5’AAA CAT TGT CCG TCT TGA GCT T -3» (bakover) og for
p-aktin
var 5′-GGC GGC ACC ACC ATG TAC CCT-3 «og 5» AGG GGC CGG ACT CGT CAT ACT-3 «. Fremgangsmåte for 2
At ble anvendt for å demonstrere nivået av
DAB2IP
genets ekspresjon (figur 2). Alle analyser ble utført på en blindet måte med laboratorie personer uvitende om genotyping data. Hver analyse ble gjort i tre eksemplarer.
Påvisning av
DAB2IP /MLL
fusjonsgenet
Fordi von Bergh AR et al. rapportert at ekson 2 av
DAB2IP
genet ble smeltet sammen med intron 9 av
MLL
genet i en akutt myeloid leukemi pasient og dermed mistet sin funksjon, vi utført PCR for å påvise mulig effekt av 97906C En polymorfisme på å gjøre
DAB2IP /MLL
fusjonsgenet. Genomisk DNA ble ekstrahert fra 82 lungekreft vev og deres tilstøtende normale vev ble oppsamlet i løpet av kirurgisk inngrep i den første, andre og tumor sykehusene i Guangzhou Medical College (Guangzhou, Kina) og lagret i -80 ° C kjøleskap. Vi amplifisert fragment av DAB2IP /MLL-fusjonsgenet med PCR-metoder som von Bergh AR beskrevet [28]. Den fremre primer var i nærheten av exon 2 av
DAB2IP
gen (5′- CATCTGATGCCGAGGCTGAA-3 «), og den reverse primeren var i exon 10 av
MLL
gen (5′-GTCCACTCTG ATCCTGTGGACT -3 «). PCR-produktene vil være 700-900 bp lengde. De amplifiserte fragmentene ble klonet med TOPO TA-kloningssettet (Invitrogen, Carlsbad, CA) for å rense og øke mengden, og ble ytterligere sekvensert ved kommersielt selskap av Invitrogen med Applied Biosystems ABI 3730-DNA-analysator.
Statistisk analyse
de chi-kvadrat tester ble brukt for å vurdere forskjeller i fordelingen av sub-nasjon mellom saker og kontroller, samt allelet og genotyper. Hardy-Weinberg likevekt (HWE) ble testet av en godhet-of-fit chi-kvadrat test for å sammenligne de forventede genotypefrekvensene med observerte genotypefrekvensene i kreftfrie kontroller. Sammenhengen mellom case-control status og hver SNP, målt med odds ratio (OR) og den tilsvarende 95% konfidensintervall [29], ble beregnet ved hjelp av en ubetinget logistisk regresjonsmodell, med og uten justering for alder, kjønn, røykestatus , alkoholbruk, BMI. Logistisk regresjonsmodell ble også brukt til trenden test. I lagdel analyse, vurdert vi den viktigste effekten av
DAB2IP
i hver undergruppe og samspillet mellom
DAB2IP
polymorfismer og valgte variablene på kreftrisiko ved å montere en multiplikativ samspill med ubetinget logistisk regresjonsmodell ; Multifaktor dimensjoner Reduction (MDR) programmet ble brukt til å validere mulig interaksjon [30]. Den 2LD programmet og PROC allel statistisk prosedyre i SAS /Genetics (SAS Institute Inc., Cary, NC) ble programvare som brukes til å oppdage LD av de to SNPs. Pearson korrelasjon analyser, ANOVA tester og Cox regresjonsanalyse ble brukt for å analysere debutalder i lungekreftpasienter ved
DAB2IP
genotyper. Alle statistiske tester ble 2-sidig og P 0,05 ble ansett som statistisk signifikant
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1..
