Abstract
Flere kopitall-endret regioner (CNAS) har blitt identifisert i genomet til livmorhalskreft, spesielt, presiseringer av 3. kvartal og 5p. Men bidraget fra kopinummer endringer til livmorhalskreftutvikling er uavklart fordi genom-wide det eksisterer en mangel på sammenheng mellom kopitall endringer og genekspresjon. I denne studien har vi undersøkt om CNAs i cellelinjer Calo, CaSki, HeLa, og Siha ble forbundet med endringer i genuttrykk. I gjennomsnitt 19,2% av cellen linjer genomer hadde CNAs. Imidlertid er bare 2,4% består minimal tilbakevendende regioner (MRRs) er felles for alle cellelinjer. Mens 3Q hadde begrenset vanlige gevinster (13%), ble 5p helt duplisert recurrently. Genome-wide, bare 15,6% av genene som ligger i CNAs endret genuttrykk; i motsetning til satsen i MRRs var opp til 3 ganger denne. Chr 5p ble bekreftet helt forsterket av fisk; men ble maksimalt 33,5% av de undersøkte genene i 5p deregulert. I 3Q, denne prisen var 13,4%. Selv i 3q26, som hadde 5 MRRs og 38,7% recurrently fått SNPs, prisen var bare 15,1%. Interessant, var opp til 19% av deregulerte gener i 5p og 73% i 3q26 nedregulert, noe som tyder på flere faktorer var involvert i genet undertrykkelse. De deregulerte gener i 3. kvartal og 5p skjedde i klynger, noe som tyder på lokale kromatin faktorer kan også påvirke genekspresjon. I regioner forsterkede diskontinuerlig, økt downregulated gener jevnt etter hvert som antall av amplifiserte SNP økt (p 0,01, Spearmans korrelasjon). Derfor kan delvis genamplifikasjon fungere i stanse genekspresjon. Andre gener i 1Q, 3Q og 5p kunne være involvert i livmorhalskreftutvikling, spesielt i apoptose. Disse inkluderer
PARP1
i 1Q,
TNFSF10 Hotell og
ECT2
i 3Q
og CLPTM1L
,
AHRR
,
PDCD6
, og
DAP
i 5p. Totalt sett, genuttrykk og kopi-nummer profiler avsløre andre enn genet dosering faktorer, som epigenetiske eller kromatin domener, kan påvirke genuttrykket i løpet av de helt forsterkede genomsegmenter
Citation. Vazquez-Mena O, Medina-Martinez jeg , Juárez-Torres E, Barrón V, Espinosa A, Villegas-Sepulveda N et al. (2012) Amplified gener kan overuttrykt, Uendret eller nedregulert i livmorhalskreft cellelinjer. PLoS ONE 7 (3): e32667. doi: 10,1371 /journal.pone.0032667
Redaktør: Alessandro Marcello, International Centre for genteknologi og bioteknologi, Italia
mottatt: 05.09.2011; Godkjent: 30 januar 2012; Publisert: 7 mars 2012
