Abstract
Magekreft er en av de mest dødelige typer kreft og dets forekomst varierer over hele verden, med Andes-regionen i Sør-Amerika viser høy forekomst. Vi evaluerte den genetiske strukturen av befolkningen fra Lima (Peru) og utført en case-control genetisk tilknytning studie for å teste bidraget av afrikansk, europeisk, eller indiansk herkomst å risikere for magekreft, kontrollere for effekten av ikke-genetiske faktorer . Et bredt sett av sosioøkonomiske, kosttilskudd, og klinikken informasjonen ble samlet inn for hver deltaker i studien og herkomst ble estimert basert på 103 opphav informative markører. Selv om den urbane befolkningen fra Lima er vanligvis betraktet som mestisen (dvs. blandet fra afrikanere, europeere og indianere), observerte vi en høy andel av indiansk herkomst (78,4% for de tilfellene og 74,6% for kontrollene) og en veldig lav afrikansk herkomst (mindre enn 5%). Vi er fast bestemt på at høyere indiansk enkelte herkomst er forbundet med magekreft, men sosioøkonomiske faktorer assosiert både med magekreft og indiansk etnisitet konto for denne foreningen. Derfor ikke den høye forekomsten av magekreft i Peru ikke ut til å være relatert til resistenslene vanlige i denne populasjonen. I stedet foreslår vår resultatet en dominerende rolle for etniske-forbundet sosioøkonomiske faktorer og forskjeller i tilgang til helsetjenester. Siden indianere er en forsømt gruppe i genomiske studier, foreslår vi at befolkningen fra Lima og andre store byer fra Vest-og Sør-Amerika med høy indiansk herkomst bakgrunn kan være praktiske mål for epidemiologiske studier fokusert på denne etniske gruppen.
Citation: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Sosioøkonomiske og ernæringsmessige faktorer Konto for Foreningen for magekreft med indianske Slekts i et latinamerikansk blandet befolkning. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200
Redaktør: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, USA
mottatt: 1 mars 2012; Godkjent: 18 juni 2012; Publisert: 3. august, 2012 |
Dette er en åpen-tilgang artikkelen, fri for all opphavsrett, og kan bli fritt reproduseres, distribueres, overføres, endres, bygd på, eller brukes av alle for ethvert lovlig formål. Arbeidet er gjort tilgjengelig under Creative Commons CC0 public domain engasjement
Finansiering:. Fogarty International Center og National Cancer Institute (5R01TW007894) finansiert denne studien. Studien og deltakerne også fått støtte og stipend fra følgende brasilianske etater: Brasiliansk National Research Council, Kunnskapsdepartementet, Helsedepartementet (PNPD-Saúde Program), og Minas Gerais State Reaearch Agency. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP er en av de mest dødelige typer kreft, sto for om lag 800 000 dødsfall per år, men forekomsten varierer betydelig over hele verden [1]. Den høyeste forekomsten av magekreft er observert i Øst-Asia, Øst-Europa, og Andes-regionen i Sør-Amerika. Faktisk, i den peruanske befolkningen, rangerer magekreft andre i forekomsten blant menn og tre blant kvinner (22,6 og 20 tilfeller per henholdsvis 100.000 menn og kvinner), som er den type kreft med høyest dødelighet. Relativt, er omtrent fem ganger høyere enn i USA forekomsten av magekreft i Peru og to ganger det som ble observert i Brasil [1].
Recavarren-Arce et al. og Correa foreslått en progresjon modell for utvikling av intestinal-type gastrisk adenokarsinom, som består av en overgang fra overfladisk gastritt til metaplasi til dysplasi og endelig, gastrisk adenokarsinom [2], [3]. En overflod av sosio-økonomiske, miljømessige og kosttilskudd faktorer modulere denne progresjon og den enkelte risiko for til slutt å utvikle magekreft. Kronisk infeksjon i magesekken av bakterien
Helicobacter pylori
som fører til kronisk inflammasjon er en viktig risikofaktor henføres [4], men mindre enn 2% av
H. pylori
bærere utvikle magekreft [5].
Helicobacter pylori
mangfold påvirker også risikoen for verten magekreft, og nærværet av bakterie virulens faktor cag + er en av de mest relevante risikofaktorer. Selv om dette virulens faktor har en frekvens på -60% i europeiske og amerikanske befolkninger, det oppnår mer enn 90% i den peruanske befolkningen [6]. Også, mens indianar individer fra isolerte bestander er infisert av det meste innfødte stammer som ligner asiatiske stammer, på grunn av pleistocen asiatisk opprinnelse av indianere, personer som lever i mellomstore og store bysentra, selv om de kan ha en dominerende indiansk herkomst, er infisert av hovedsakelig europeiske eller hybrid stammer brakt til Amerika etter det 15. århundre. Disse stammene hadde i stor grad erstattet mindre virulente eller sprek innfødte stammer [7], [8].
Fattigdom korrelerer også med adenokarsinom i ventrikkel [9] og samtidig forhøyet forbruk av bearbeidet eller røkt mat og salt er risikofaktorer, hyppige inntak av frisk frukt og grønnsaker er beskyttende [10], [11], [12], [13]. Menneskelig genetisk mangfold er også relevant [14]. De observerte forskjeller i forekomsten av magekreft over hele verden kan være på grunn av miljømessige faktorer eller av tilstedeværelsen av mottakelighet genetiske varianter som er mer hyppig i bestander med høy forekomst av sykdommen, men identifikasjon og diskriminering av disse faktorene er utfordrende. Selv om vanlig resistens genetiske varianter har blitt identifisert i europeiske og kinesiske populasjoner av genom-wide og kandidat-gen assosiasjonsstudier i gener som
plce product: [15],
IL1B product: [14],
IL8 product: [16], [17], [18],
IL1RN product: [19], og
PTGS2 product: [20], disse variantene utgjør en liten del av genetisk variasjon forbundet med sporadiske magekreft.
Peru, med sin høye forekomsten av magekreft, har den største indianerbefolkningen i Sør-Amerika [21] og store byer som Lima er befolket av mennesker som er klassifisert som mestizo ( dvs. personer med blanding av afrikanere, europeere og indianere). Hvis det er en menneskelig genetisk basis for den høye forekomsten av magekreft i Andes-regionen, forventer vi at blandet befolkning fra Lima til havn genetiske varianter som står for denne høye forekomsten, og hvis disse variantene var mer vanlig i indiansk genetisk bakgrunn av denne populasjonen, ville det være mulig å bruke genom-wide strategi blanding kartlegging for å oppdage disse variantene. Blanding kartleggingsstudier har nylig bidratt til å identifisere varianter assosiert med prostatakreft [22] i afrikansk-amerikanske befolkninger, men denne tilnærmingen er ennå ikke fullt ut brukes til latinamerikanske eller latino /Hispanic amerikanske befolkninger. I denne sammenheng målene i denne case-control genetisk tilknytning studien er: (i) å vurdere den etniske sammensetningen og tilhørende genetisk struktur av pasienter som går på store sykehus i Lima; (Ii) for å teste om individuell indiansk, europeiske og afrikanske ancestries er risikofaktorer for magekreft, kontrollere for effekten av ikke-genetiske faktorer (dvs. sosioøkonomiske, nærings-, og klinisk). Sosioøkonomiske, kosttilskudd, og kliniske opplysninger ble samlet for hver deltaker i studien og herkomst ble estimert basert på 103 Tre-informativ markører (AIMS). Vi er fast bestemt på at høyere indiansk enkelte herkomst er forbundet med magekreft, men at sosioøkonomiske faktorer forbundet både med magekreft og etnisitet konto for denne foreningen. Til tross for den høye forekomsten av magekreft blant peruanere med overveiende indiansk herkomst, har våre resultater ikke peke på en klar genetisk grunnlag for dette avviket i forekomsten. Snarere, foreslår de en dominerende rolle for etniske-forbundet sosioøkonomiske og menneskelige økologiske faktorer og ulikheter i tilgangen til helsetjenester.
Resultater
Vi rekrutterte personer deltar Gastroenterology Divisjoner og foreskrevet for en endoskopi i tre store sykehus i Lima (tabell S1). Tilfellene var voksne henvist til endoskopi og hvis biopsier ble bekreftet positiv for magekreft ved histopatologiske analyser. Kontrollgruppen bestod av personer med biopsier var negative for magekreft. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) ble inkludert som kontroller på antagelsen om at denne type metaplasi ikke øker risikoen for å utvikle magekreft [23], [24], [25].
Vi brukte en validert sett av 103 mål [26] for å estimere indiansk, europeisk og indiansk individuell herkomst for hver av de 241 mage krefttilfeller og 300 kontroller rekruttert til denne studien. Oppdragsgiver Component Analysis (PCA, figur 1) av de enkelte genotyper for våre peruanske prøver (inkludert 296 indianere) og for europeiske, afrikanske og meksikanske personer fra HapMap-III viser at målene som brukes diskriminere mellom afrikansk, europeisk, og peruanske Native American foreldrepopulasjoner, og at de blandet meksikanere (bosatt i Los Angeles) og peruanske mage tilfeller og kontroller deltar Lima sykehus plassert mellom europeere og indianere. Videre peruanske mage tilfeller og kontroller er relativt nærmere de peruanske indianar foreldrepopulasjoner. Selv om den urbane befolkningen fra Lima er regnet som mestisen (dvs. vanligvis blandet), studerte gruppene her viste en svært høy indiansk herkomst (78,4% for de tilfellene og 74,6% for kontrollene, Box i figur 1), med en lav afrikansk herkomst (mindre enn 5%, figur S1). Interessant, det er en positiv sammenheng mellom indiansk herkomst og magekreft (logistisk regresjon, OR = 3,69, 95% CI av OR: 1,34 til 10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), og dermed en negativ assosiasjon med europeisk opphav .
(boks). Hver enkelt ble genotypet for 103 opphav informative markører validert av Yaeger et al. (2008). Vi representerer de første (horisontale) og andre (vertikale) hovedkomponenter, som fanger henholdsvis 35,3% og 7,7% av den totale varians. HapMap personer: YRI: joruba fra Nigeria, LWK: Luhya fra Kenya, ASW: Afroamerikansk fra Southwest USA, MKK: Maasai fra Kenya, CEU: Utah innbyggere med europeisk opphav, TSI: Toscani fra Italia, MEX: meksikansk herkomst bosatt i Los Angeles. Peruanske Native Americans: Shimaa (SHI) og Ashaninkas (ASH) fra Matsiguenga etnisk gruppe, og personer fra Puno i Andesfjellene (PU). Boksen i figuren viser tettheten tomten og midler (vertikale linjer) av indiansk herkomst i mage krefttilfeller (gul) og kontroller (brun).
Som forventet, variabler som er fullmakter for fattigdom (lav utdanning, hjem kvalitetsegenskaper som for eksempel bruk av lav kvalitet materialer, mangel på gode apparater, og dårlige sanitære forhold) var assosiert med magekreft (tabell 1). Også noen fordøyelsesrelaterte symptomer som svie (p 0,0001), kvalme (p 0,0001), oppkast (p 0,0001), og tyngde (p 0,0001) var hyppigere i tilfeller enn i kontroller, men disse symptomene er sannsynligvis en konsekvens av sykdommen (tabell 1). Variabelen alder ble normalt ikke distribuert (p 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), medianer (og avvik interkvartilt) for kontroller og tilfeller 61 (standardavvik (SD): 21) var og 65 (SD: 25) år henholdsvis ( p = 0,042, Mann-Whitney test); Derfor ble denne variabelen betraktet som kovariat i ytterligere logistisk regresjonsanalyse.
Vi syntetiserte bredt sett av ikke-genetiske variabler oppsamlet i kasser og styrer ved hjelp av en multivariat analyse faktor, for å redusere dimensjonalitet disse 43 ikke-genetiske variabler ved å fange sammenhengen mellom dem (tabell 1 og tabell S2). Interessant er den første faktor (16,38% av den totale varians) dominert av sosioøkonomiske variabler, men inneholder et undersett av korrelerte ernæringsmessige variabler, høyere verdier av den faktor som svarer til rike betingelser. Den andre faktoren (5,95% av totale varians) omfatter undergrupper av sosioøkonomiske og ernæringsmessige variabler, så vel som plager, så som smerte. Den tredje faktor (5,26% av det totale varians) er dominert av fordøyelses-relaterte symptomer. Vi brukte de enkelte koordinater for hver av disse tre faktorene til syntetisk representere det opprinnelige settet med 43 variable. Både den første «sosioøkonomiske» faktor og den andre faktoren er forbundet med magekreft (OR = 0,68, p = 0,0002 og OR = 0,7, p = 0,0008, henholdsvis) og også med etnisk (p = 0,02 og p = 0,00003 respektivt, der høyere verdier for faktoren tilsvarer bedre sosioøkonomiske forhold). Den tredje «fordøyelsessymptomer» faktor er assosiert med magekreft (OR = 2.16, p 0,0001).
Den observerte sammenhengen mellom indiansk herkomst og magekreft kan skyldes effekten av konfunderende sosioøkonomiske eller ernæringsmessige variabler assosiert med både magekreft og opphav. Det er velkjent at høy indiansk eller afrikansk herkomst er forbundet med fattigdom i mange bestander i Amerika (se også [27]). Konsekvent, observerte vi at indiansk herkomst er knyttet til variabler som er indikatorer på fattigdom (hvorav mange ble også forbundet med magekreft) samt deres syntetiske «sosioøkonomiske» første faktoren av multivariat analyse (tabell 1). Når vi kontrollerte for alle kovariatene (dvs. de tre faktorene i multivariat analyse og alder), sammenhengen mellom magekreft og indiansk herkomst ikke vedvare (OR = 1,28, 95% CI av OR: 0,37 til 4,47, p = 0.69). På samme måte når vi separat kontrollert for effekten av sosioøkonomiske forhold (den første faktoren av multivariat analyse) eller alder, sammenhengen mellom magekreft og indiansk herkomst heller ikke vedvare (OR = 2,58, 95% CI av OR: 0,83 -8,07 for faktor 1 og OR = 1,01, 95% CI av OR:. 0,99 til 1,02 for alder)
Diskusjoner
Vi utførte en case-control studie i urbane blandet befolkning fra Lima (Peru) og funnet ut at indiansk enkelte herkomst er forbundet med magekreft. Men dette synes foreningen først og fremst å være på grunn av foreningen av sosioøkonomiske variabler både med magekreft og med indiansk herkomst. Konsekvent, selv om foreningen av opphav med magekreft er signifikant (p = 0,011), avstamning forklarer kun 1,6% av variansen i sykdomsstatus. Når ikke-genetiske kovariater inngår, deres felles effekt med opphav forklarer 22,3% av variasjonen i sykdomsstatus. Derfor er den høye forekomsten av mage kreft i Peru [1], [28] ser ikke ut til å være på grunn av tilstedeværelsen av felles resistens genetiske varianter hyppigere i indiansk populasjoner, men snarere til en kombinasjon av sosioøkonomiske faktorer tilstede i denne populasjonen . Men videre studier med større utvalgsstørrelser for å utforske denne observasjonen, siden strømmen til å påvise opphav genetiske effekter var begrenset i denne studien. Dette resultatet er i tråd med den relative nedgangen i magekreft forekomst i USA i løpet av de siste tiårene, på grunn av forbedring av sosioøkonomiske forhold [29].
Nøyaktighet av avstamning estimater avhenger av flere forhold. Den første er antallet og arten av markører brukt for å anslå blanding. De 103 AIMS brukt i denne studien inneholde nok informasjon til å produsere akseptable tilsetningen anslår [26], [30]. Galanter et al. Det er også vist at et panel av mer enn 88 tar sikte inneholder tilstrekkelig informasjon til å beregne individuell blanding med nøyaktighet [31]. Et annet gjennomgående metodisk problem i estimering blanding er vanskeligheten i å bruke data fra de mest representative foreldre afrikanske, europeiske og indianar bestander av blandet gruppe. I dette tilfellet har vi inkludert som fullmektig for foreldrepopulasjoner europeiske og afrikanske personer fra HapMap prosjektet, og et sett med peruanske indianere fra Andesfjellene i Peru og nabo østlige områder. Mens dette valget kanskje ikke optimal, de 103 SNPs brukt, blir mål, reduseres dette problemet fordi deres frekvenser er svært forskjellige blant de foreldre etniske grupper og svært homogen i dem [26]. Dermed blir bruken av markører med disse egenskapene gjør våre resultater robuste til valg av suboptimale foreldrepopulasjoner. Tredje, ulike metoder for å anslå individuelle blanding kan gi litt ulike resultater selv starter ut fra den samme datasettet. For å teste robustheten av våre admixture resultater i forhold til tilsetningsstoffer estimeringsmetoder, reanalysert vi data ved hjelp av alternative maksimal sannsynlighet tilnærminger foreslått av Tang et al. [32] og implementert i programvare Frappe, og fremgangsmåten ved Alexander et al. implementert i programvare Blanding v. 1.2 [33]. De tre metodene produsert høyt korrelert resultater (figur S2) og det samme mønsteret av foreningen med magekreft (data ikke vist).
peruanske personer født i landet har mer indiansk herkomst i gjennomsnitt enn gjør innbyggerne i stor bysentra (tabell 1). I en case-control studie, kan tilfeller ofte inkluderer personer med mer indiansk herkomst fordi de er henvist fra små landskapet helsestasjoner til store urbane sykehus for å få bedre helsetjenester. Dette henvisningsmønster har mindre effekt på kontroller, og kan derfor skape en falsk sammenslutning av indiansk herkomst med sykdom. Men vi registrerte steder av fødsel for alle deltagerne, og dermed kontrollert dette potensialet confounding faktor: når vi inkluderte fødested (Lima vs. landsbygd) som en kovariat i logistisk regresjon, foreningen av indiansk herkomst med magekreft vedvarte, men på et lavere signifikans (p = 0,05 g p = 0,011). Vi konkluderer med at sammenhengen mellom magekreft og opphav er ikke et produkt av henvisninger av landskapet personer med høy indiansk herkomst til våre studie sykehus. Dette resultatet understreker viktigheten av å samle føde og oppholds data for genetiske assosiasjonsstudier med sykdommer i Latin-Amerika, og andre områder hvor de fleste europeiske koloniseringen og blanding skjedde i byer, og mer stedegne individer dominerer i distriktene, for eksempel i Melanesia og Sør-Afrika .
i denne studien inkluderte vi som styrer personer med intestinal metaplasi (n = 46), forutsatt at dette ikke øker risikoen for å utvikle magekreft [23], [24], [25]. Imidlertid er denne forutsetningen ikke universelt akseptert [34]. Når vi alternativt anta tre ordens kategorier av sykdomsrisiko (dvs. individer uten intestinal metaplasi, med intestinal metaplasi, og med magekreft), denne progresjon, vurderes av en ordenslogistisk regresjon er også forbundet med indiansk herkomst (OR = 2,83, 95 % CI av OR: 1,10 til 7,29, p = 0,031), men igjen, denne tilknytningen ikke vedvare når kontrollert for alle kovariabler (faktor 1, 2, og 3 og alder) (OR = 1,08, 95% CI av ELLER : 0,35 til 3,34, p = 0,897). Dermed trenger våre resultater ikke avhengig av inkludering av intestinal metaplasi individer som kontroller.
Et problem i vår eksperimentelle design er at kontrollene ble valgt som symptomatiske personer som deltar på en gastroenterologi service, gjennomgår en endoskopi, og de fleste av dem med en gastrisk lesjon: 6 med histologisk normal mageslimhinnen, 248 med gastritt, og 46 med metaplasi. Det kan hevdes at den optimale kontrollen vil bestå kun av personer med normal mageslimhinnen. Imidlertid, bare gjennom en endoskopi er det mulig å nøyaktig fastslå fravær av gastriske lesjoner, og utfører en endoskopi for forskningsformål, ikke motivert av gastriske relaterte symptomer er ikke lenger etisk forsvarlig. På den annen side, ved hjelp som styrer individer fra den generelle befolkningen som ikke gjennomendoskopi er ikke nødvendigvis et bedre valg siden denne strategien ville ha inkludert som kontroller personer med uoppdaget gastritt [35] og andre lignende lesjoner. Derfor tror vi at våre kontroller er det bedre operative valg for denne studien, fordi de er individer som deltar på de samme gastroenterologi tjenester som tilfellene, og siden de har gjennomgått en endoskopi, vi nøyaktig vite status for sine mageslimhinnen. Også i Latin-Amerika er det en betydelig grad av befolkningen stratifisering på grunn av sosioøkonomiske nivå og herkomst, som er korrelert i store bysentra i Latin-Amerika (i tillegg til denne undersøkelsen, se Avena et al. 2012 [30] for eksempel i Buenos Aires og Campbell et al. 2012 [27]). Ved å velge kontroller blant deltagere på samme sykehus enn tilfeller vi redusere denne annen potensiell kilde til befolkningen lagdeling mellom saker og kontroller
I denne studien rapporterer vi en overraskende høy indiansk herkomst ( 74%). Begge kontroller og saker som deltar offentlige sykehus fra nå kosmopolitiske byen Lima, den nasjonale hovedstaden som også var hovedstad spanjolen Visekongedømmet Peru for fem århundrer og derfor, i sentrum av spanjolen kolonimakt. Store byer i Ecuador, Peru, Bolivia, og Northern Argentina vertspopulasjoner som vanlig kulturell identifikasjon som
mestizo
sannsynlig ignorerer deres store indianske genetisk bakgrunn. Disse urbane befolkningen er ofte befolket av innvandrere fra landsbygda. Våre resultater tyder på at store byer i Vest-og Sør-Amerika vert millioner av individer av hovedsakelig indianske genetisk bakgrunn. Moderne internasjonale Sør-til-Nord vandringer fra søramerikanske byer fra Andes-regionen er også spre genetisk bakgrunn av indianere over hele verden, og det er forventet at nesten en million USA innvandrere kommer fra Andes land [36] har høye nivåer av Native American bakgrunn. Det ville ikke være overraskende om disse populasjonene, klassifisert som «Hispano /Latino» i USA, hadde mer indianske opphav enn amerikanske individer klassifisert som indiansk.
I konklusjonen, viste vi at i det urbane blandet befolkning fra Lima, er indiansk individuell aner forbundet med magekreft, men dette kan forklares ved sammenslutning av sosioøkonomiske variabler med både magekreft og indiansk herkomst. Til tross for den høye forekomsten av magekreft i den peruanske befolkningen med en svært høy indiansk herkomst, viser vår resultatet at dette epidemiologisk observasjonen ikke er avhengig av en genetisk basis, noe som tyder på en dominerende rolle for sosioøkonomiske faktorer og ulikheter i tilgangen til helsetjenester. Vi rapporterer en overraskende høy indiansk herkomst ( 74%) hos personer som deltar på sykehus fra nå kosmopolitiske byen Lima. Siden indianere er en forsømt gruppe i genomiske studier, foreslår vi at befolkningen fra Lima og andre store byer i Vest-og Sør-Amerika kan være praktiske mål av epidemiologiske studier fokusert på indianar populasjoner. Pursuit of denne avenue av forskning i senere større studier vil begynne å lukke gapet [37] i genetiske studier og deres potensielle fordeler mellom europeiske enkeltpersoner og de fra andre generelt mindre godt tjent populasjoner.
Materialer og metoder
fag
for denne studien vi opprinnelig rekruttert 576 personer deltar Gastroenterology divisjoner av følgende tre sykehusene i Lima, mellom 2006 og 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (både statlig styrt), og kreft-spesialisert Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Hver deltaker besvarte et spørreskjema til posten alder, kjønn, fødested og bosted, og andre sosioøkonomiske, nærings-, og klinisk informasjon (tabell 1). Tilfellene var voksne henvist til endoskopi og hvis biopsier ble bekreftet positiv for magekreft ved histopatologisk analyse. Kontrollgruppen ble også sammensatt av voksne individer henvist til endoskopi, men hvis biopsier viste negativt for magekreft. Personer med premaligne lesjoner som dysplasi (n = 3) eller med tilstedeværelse av mage svulster enn magekreft (n = 16) ble ekskludert fra studien. Personer med intestinal metaplasi (n = 46) ble inkludert som kontroller (se diskusjon). Det endelige antall individer anses å teste i foreningen studien var 241 magekrefttilfeller og 300 kontroller.
Vi har også samlet inn prøver fra 296 indianske personer som ble brukt som foreldrepopulasjoner å anslå avstamning av mage krefttilfeller og kontroller. Disse inkluderer 23 bønder fra Pichacani (Puno), som tilhører den dominerende andinske Quechua etnisk gruppe, samt 87 Shimaa og 186 Ashaninka fra Matsiguenga etnisk gruppe, avgjøres mellom Andesfjellene og Amazonas-regionen. For alle magekrefttilfeller og kontroller og for indianere, hentet vi genomisk DNA ved hjelp av fenol-chlorophorm beskrevet av Sambrook et al. med modifikasjoner, eller Gentra Puregene blod kit (Qiagen, USA) [38]. Denne undersøkelsen ble godkjent av IRBs av Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, Hospital Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo og Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Alle deltakerne i studien forutsatt skriftlig informert samtykke.
Tre informative markører (AIMS) og genotyping
For å estimere etnisitet for hver av forsøkspersonene, vi genotypet 106 SNPs som er informativ for afrikanske, europeisk og indiansk herkomst [26]. Den genotyping ble utført ved Biomedical Genomisk Center of the Children Hospital Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), ved hjelp av Sequenom iPLEX plattform (San Diego, California, USA). I korthet er den basert på en allel-spesifikk primer-forlengelse, etterfulgt av separering av alternative alleler ved massespektrometri. Den genotyping involverte fire multipleksede analyser, tre inneholder 26 SNPs og ett med 28 SNPs. Før genotyping, DNA-prøver gjennomgikk en Kvalitetskontroll (QC) prosedyre som besto av: (1) et ikke-allelisk kvantitativ-PCR-analyse som måler mengden av PCR-amplifiserbart DNA og (2) et endepunkt avlesningen fra en Taqman SNP genotyping analyse (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA) som, i tillegg til å gi en andre vurdering av evnen av PCR for å amplifisere hver prøve, er en følsom indikator for sample-til-sample krysskontaminering. Etter at vi fjernet SNPs rs30125 og rs888861, som viste en takst 95%, gjennomsnittlig takst for SNPs var 99,7%. Av de 106 markører, 104 robust generert ringeprisene for minst 95% av prøvene, men for SNP rs2592888 det ikke er noen genotyper offentlig tilgjengelig for Hapmap populasjoner og SNP ble ekskludert fra videre analyser. Derfor brukte vi genotyper for 103 SNPs å anslå blanding (se tabell S3 for en komplett liste, med sine allelfrekvenser i studiepopulasjoner).
Slekts anslår
Vi beregnet individuell herkomst bruker følgende tre foreldregrupper sammensatt av ubeslektede individer: (1) vestafrikanske Yoruba fra Nigeria (YRI – 118 personer fra HapMap II /III-prosjektet); (2) Utah personer med europeisk opphav tilgjengelig på
Centre d’Etude du Polymorphisme Humain-
CEPH samling (CEU – 60 personer fra HapMap II-prosjektet) og (3) 296 peruanske indianere samlet inn av vår gruppe . Genotypene for afrikanere og europeere ble hentet fra offentlige HapMap databasen [39], mens indianere ble genotypet for denne studien.
Vi beregnet den enkelte opphav og sin 90% troverdighet intervall ved hjelp av metoden implementert i program Struktur 2.3.3 [40], [41]. Den passer en bayesiansk sannsynlighetsmodell av befolkningsstruktur og blanding ved hjelp av en Markov Chain Monte Carlo (MCMC) prosedyre, estimering bidrag K foreldrepopulasjoner til genomene til enkeltpersoner fra blandet befolkning. Vi antok at HapMap YRI og CEU og våre indianar prøvene var representative for foreldrepopulasjoner, og at magekrefttilfellene og kontroller fra Lima ble blandet individer. For dette datasettet, hver Structure løp hadde 50.000 brenne-i trinn fulgt av 250.000 MCMC trinn, og ble gjentatt tre ganger for å tillate sjekke for robustheten av resultatene. Denne lengden av kjøringen og kontrollprosedyren utelukke uønsket mangel på konvergens av Markov Chains, som skjer når prosedyren ikke ordentlig utforske løpet av modellparametere. Alle forsøk ble utført forutsatt tre klynger (K = 3), lambda ble satt til 1,0, og a parametere ble estimert for hver av de tre klynger, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 og vi bruker ikke a priori informasjon om enkeltpersoner fra foreldrepopulasjoner for å bistå clustering (USEPOPINFO = 0).
Statistisk analyse
å representere den genetiske strukturen i våre prøver i sammenheng med foreldrenes befolkningen mangfold, vi utførte prinsipal komponent analyse (PCA) av individuelle genotyper (figur 1), som er implementert i programvare Adegenet og Ade4 for R miljø [42], [43]. Vi har også brukt Ade4 å bruke en gruppering metode som er basert på PCA todimensjonal representasjon av enkeltpersoner og deres befolkning Tyngdepunktet, designe bi-dimensjonale ellipser av spredning. I tillegg til kjønn, alder og selvrapportert etnisitet, ble et bredt sett av sosioøkonomiske, ernæringsmessige, og klinisk informasjon som er samlet blant annet sivil status, fødested, utdanningsnivå, husholdnings forhold, matvaner, hyppighet av inntak av frukt, grønnsaker, kjøtt og fjærkre, infusjoner, samt gastriske-relaterte symptomer. Denne informasjonen ble organisert i binær, ordinal, eller kategoriske variabler, som beskrevet i tabell S4). Vi ekskluderte variabler som hadde mer enn 10% manglende data, og en endelig sett av 43 variabler ble inkludert i senere analyser.
