Abstract
I tykktarmskreft (CRC), påvirker en arvelig følsomhet risiko ca 35% av pasientene, mens høy penetrans germline mutasjoner står for 6% av tilfellene. En betydelig del av sporadiske tumorer kunne forklares ved den coinheritance av flere lav-penetrans varianter, hvorav noen er felles. Vi vurderte mottakelighet for CRC gitt av genetiske varianter på
TGFBR1
locus. Vi analyserte 14 polymorfismer og allel-spesifikke uttrykk (ASE) i
TGFBR1
i 1025 individer fra den spanske befolkningen. En case-control studie ble gjennomført med 504 kontroller og 521 pasienter med sporadisk CRC. Fjorten polymorfismer ligger på
TGFBR1
locus ble genotypet med
iPLEX Gold product: (
MassARRAY-Sequenom
) teknologi. Beskrivende analyser av polymorfismer og haplotyper og assosiasjonsstudier ble utført med SNPator Arbeidspakke. Ingen relevante foreninger ble påvist mellom enkelt polymorfismer eller haplotyper og risiko for CRC.
TGFBR1 * 9A /6A
polymorfisme ble brukt til ASE analyse. Heterozygote individer ble analysert for ASE ved fragmentanalyse ved anvendelse av cDNA fra normalt vev. Det relative nivå av allelisk ekspresjon ble ekstrapolert fra en standardkurve. verdi cutoff ble beregnet med Youden-indeksen. ASE ble funnet i 25,4% av pasientene og 16,4% i kontrollgruppen. Tatt i betraktning både bimodale og kontinuerlige typer distribusjon, ble ingen signifikante forskjeller mellom ASE verdier av pasienter og kontroller identifisert. Interessant, en kombinert analyse av polymorfismer og ASE for foreningen med CRC forekomst avslørte at ASE-positive individer som bærer en av de mest vanlige haplotyper (H2: 20,7%) viste en bemerkelsesverdig følsomhet for CRC (RR: 5,25; 95% CI: 2,547 -5,250; p 0,001) med en synergi faktor på 3,7. I vår studie, 54,1% av sporadiske CRC tilfellene var knyttet til coinheritance av H2 haplotype og
TGFBR1
ASE. Disse resultatene støtter hypotesen om at alleliske arkitektur kreftgener, snarere enn individuelle polymorfismer, definerer mer presist CRC risiko
Citation. Martinez-Canto A, Castillejo A, Mata-Balaguer T, Castillejo MI, Hernandez -Illan E, Irles E, et al. (2012)
TGFBR1
Intralocus epistatisk Interaksjon som en risikofaktor for tykktarmskreft. PLoS ONE 7 (1): e30812. doi: 10,1371 /journal.pone.0030812
Redaktør: Aedín C. Culhane, Harvard School of Public Health, USA
mottatt: 20 september 2011; Godkjent: 21 desember 2011; Publisert: 23 januar 2012
Copyright: © 2012 Martinez-Canto et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne handlingen har vært støttet delvis med tilskudd fra Generalitat Valenciana i Spania (AP140 /08) og Biomedical Research Foundation fra Hospital de Elche, Spania (FIBElx0902). AM-C, CE, og CG er mottakere av stipend fra Fundación Juan Peran-Pikolinos; Fundacion Carolina-BBVA og Conselleria de Educación (Generalitat Valenciana), har henholdsvis. Ingen ekstra ekstern finansiering mottatt for denne studien. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
tykktarms~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP (CRC) rammer mer enn én million mennesker over hele verden hvert år, og er blitt den mest utbredte typen av kreft i utviklede land [1]. De bakenforliggende årsakene til barnekonvensjonen er kombinasjoner av miljømessige og genetiske faktorer i ulike proporsjoner. En betydelig del av sporadisk tumorer kunne forklares ved den coinheritance av flere lav-penetrans varianter, hvorav noen er felles. Arvet mottakelighet ligger til grunn ~35% av variansen i CRC risiko, mens høy penetrans germline mutasjoner står for 6% av tilfellene [2]
Vanlige genetiske varianter på flere loci involvert i den transformerende vekstfaktor beta. (TGF-beta) supersignalveien har blitt identifisert som lav penetrans varianter som påvirker CRC utvikling, når en objektiv tilnærming brukes, for eksempel et genom-wide forening (GWA) analyse [2].
TGF -beta er en av de mest potente hemmere av proliferasjon av epitelceller. Unormalt i denne signalveien er nesten universell i kreftceller og formidles gjennom en rekke mekanismer [3]. TGF-beta-reseptor type I (kodet av
TGFBR1
genet) er en formidler av TGF-beta veksthemmende signaler og har vært målrettet i flere studier av kreft mottakelighet og progresjon, med ofte uharmoniske resultater [4 ] – [7]
Nylig, et fenomen som kalles «allel-spesifikke uttrykk» (ASE) ble beskrevet.; ASE oppstår i germline på
TGFBR1
genet i 10% -20% av CRC pasienter og genererer en økt risiko for CRC (odds ratio [OR]: 8,7; 95% konfidensintervall [CI]: 2.6- 29,1), selv om den underliggende genetiske årsaken til denne transkripsjonen variasjon forblir ukjent [8]. Mer nylig ble motsatte resultater rapportert, ved at ASE av
TGFBR1
ble observert som en sjelden hendelse og ingen økt mottakelighet for CRC kunne påvises [9] -. [14]
Det er for tiden akseptert at det er en direkte sammenheng mellom en genetisk disposisjon for kreft og antall risiko alleler som bæres av et individ [15]. Bevis for denne antagelsen kommer fra flere studier hvor forfatterne analysert av en kombinasjon av et lite antall resistens alleler i forskjellige loci [2]. 2% av befolkningen med høyest risiko, som utførte flere lavrisiko-alleler, hadde en økning i CRC på ca firedoblet sammenlignet med personer med en median befolkning risiko [15].
I denne studien, vi forsøkte å kartlegge genetisk mottakelighet interaksjoner for CRC på
TGFBR1
locus. Våre resultater viser at individer som bærer en kombinasjon av en spesiell haplotype og ASE ha en vesentlig økt risiko for CRC (relativ risiko [RR]: 5,25; 95% CI: 2,547 til 5,250; p 0,001), selv om ingen av disse faktorene hadde signifikant effekt på CRC følsomhet når analysert individuelt.
Metoder
Mål
arbeids~~POS=TRUNC hypotesen vi testet i denne studien var at detaljert intralocus allelet arkitektur
TGFBR1
mer presist spår genetisk mottakelighet for CRC enn gjøre individuelle single-nukleotid polymorfismer (SNPs). Vi forsøkte å kartlegge genetisk mottakelighet interaksjoner på
TGFBR1 locus Hotell som påvirker CRC, definert ved 14 polymorfismer og
TGFBR1
ASE, i en case-control studie.
Deltakere
Pasienter med sporadisk CRC.
Personer med sporadisk CRC (n = 521) som ble operert med kurativ intensjon ble inkludert i denne studien. Pasienter med familiær adenomatøs polypose eller Lynch syndrom ble ekskludert. Pasienter med mistanke om Lynch syndrom (svulster diagnostisert tidligere enn 50 år, med mikro ustabilitet) ble også ekskludert. Median alder for de inkluderte pasientene ved diagnose var 67 år (spredning 23-93 år). De kliniske og patologiske kjennetegn ved CRC pasienter er gitt i detalj i tabell 1.
Pasient biologiske prøver og klinisk og patologisk informasjon ble hentet fra biobank på Elche universitetssykehus og Castellon Provincial Hospital (Spania ).
Controls.
Controls (n = 504) med ingen personlig historie av kreft og med diagnoser som antas å være relatert til sykdom av interesse (f.eks benbrudd, multiple traumer, blod glukose uregelmessigheter, vaskulære og hjerte sykdommer, komplikasjoner forbundet med nyresvikt) ble valgt fra Elche universitetssykehus Biobank (Spania). Deres median alder var 72 år (spredning 23-98 år).
Beskrivelse av prosedyrer og undersøkelser foretatt
DNA /RNA-ekstraksjon og cDNA syntese.
DNA og RNA var ekstraheres fra de perifere blodleukocytter til kontrollene og fra normal-vises i kolon mukosa av CRC pasientene. DNA /RNA-ekstraksjon og cDNA syntese ble utført som beskrevet tidligere [16].
Polymorphism utvalg.
Valg av SNPs var basert på deres tilknytning til forekomsten av
TGFBR1
ASE, som beskrevet av Valle et al. [8]. I alt 14 polymorfismer som strekker seg langs 71 kb på
TGFBR1 locus
ble genotypet. Seks SNP’er var intragenic, fem ble plassert oppstrøms fra genet, og tre var plassert nedstrøms fra genet (figur S1). De SNPs rs7034716 og rs6478974 er beskrevet som tagSNPs i denne regionen, ifølge HapMap database (Data Rel27 Fase II + III).
SNP genotyping.
MassARRAY Designer programvare (Sequenom) ble brukt å konstruere PCR-analyse og iPLEX enkelt-base forlengelse primere for den multipleksfordelte analyse. iPLEX Gold analysen MassARRAY (Sequenom) er en primer extension prosess som er utformet for å oppdage sekvens forskjeller på single-nucleotide nivå. Allel spesifikke forskjeller i massen mellom forlengelse produkter blir oppdaget av MALDI-TOF /MS.
Analyse av
TGFBR1
9A /6A polymorfisme.
Vi har tidligere rapportert genotyping av det polymorfe repetitive trinucleotide 9A /6A i
TGFBR1
ekson 1 (rs11466445) hos pasienter med sporadisk CRC og kontroller [16].
ASE analyse.
brukt cDNA fra alle de heterozygote 9A /6A enkeltpersoner til å analysere ASE av
TGFBR1
. For å kvantifisere ASE, brukte vi en ni-punkts standardkurve konstruert med fortynninger av cDNA fra 9A og 6A homozygote individer fortynninger: 9:1, 08:02, 07:03, 06:04, 05:05, 04:06, 03:07, 02:08 og 01:09). En standardkurve (Pearsons korrelasjonskoeffisient 0,98) ble anvendt for å interpolere den relative ASE for hvert individ. Hver cDNA-prøve ble testet i tre eksemplarer. cDNA prøvene fra tre heterozygote individer ble også brukt som kalibratorer gjennom alle de kvantitative ASE eksperimenter for å evaluere og korrigere for potensiell interexperimental variasjon. verdi cutoff ble beregnet med en mottaker drifts kurve analyse, for å anslå sensitivitet og spesifisitet av de ulike cutoff poeng, og for å velge den beste verdi for Youden-indeksen.
Etikk
Skriftlig informert samtykke for inkludering i den respektive Biobank ble oppnådd fra hver deltakende individ. Studien ble godkjent av etikkomiteer i Elche og Castellon Sykehus.
Statistiske metoder
Beskrivende analyser av polymorfismer og haplotyper ble utført med den genetiske statistisk plattform SNPator [17]. Før de enkelte polymorfismer ble analysert, ble Hardy-Weinberg likevekt bekreftet for kontrollgruppen. Den SNPator plattformen bruker FASE program for haplotype estimering. Dette programmet implementerer en Bayesiansk statistisk metode for å rekonstruere haplotyper fra befolkningen genotype data.
Multivariate ubetinget logis regresjonsmodeller antar dominant, recessiv, tilsetningsstoff, eller codominant måter arv ble brukt for å vurdere de assosiasjoner mellom polymorfismer eller haplotyper og . CRC
Vi har utforsket de potensielle effektene av endring etter kjønn, alder (under vs over median alder 67 år), tumor plassering (proksimale vs distal), og tumorstadium (i og II vs III og IV ) i den tilsvarende lagdelt analyse.
A χ
2-test ble anvendt for å evaluere forskjellene i variantbærefrekvenser mellom pasienter gruppen og kontrollgruppen og for å analysere noen forbindelse mellom SNP’er og den kliniske og patologiske faktorer. Armitage trend test ble brukt til å beregne p for trender i additiv modell av arv. Alle p-verdiene var tosidig og p 0,05 ble betraktet som signifikant. Resultatene er uttrykt som ORS og 95% CIS. Strømmen ble bestemt ved bruk av online statistisk programvare (https://www.stat.ubc.ca/~rollin/stats/ssize/caco.html). Bonferroni metode for å korrigere for multiple tester ble inkludert i analysen for å sikre at den totale tillit til koeffisienten ble opprettholdt. En parametriske Mann-Whitney U-test ble anvendt for ASE analyse når fordelingen ble ansett kontinuerlig. RR, synergi faktor, og befolkningen kan tilskrives risikoen prosent (PAR%) ble beregnet i den kombinerte analysen av haplotyper og ASE.
Resultater
Det var ingen statistisk signifikant forskjell i gjennomsnittsalder eller sex fordeling av pasienter og kontroller
TGFBR1 polymorfismer og CRC
i alt 782 personer (405 pasienter og 377 kontroller) ble genotypet for de 13 SNPs. Mengden og /eller kvaliteten av DNA av de gjenværende individer var utilstrekkelig for analyse med iPlex teknologi. Kvalitetskontroll for genotyping ble vurdert av real-time PCR med TaqMan prober for allel diskriminering i 0,7% av genotyper identifisert av iPLEX teknologi. Genotyping av det polymorfe repetitive trinucleotide 9A /6A i
TGFBR1
ekson 1 (rs11466445) ble vurdert i alle pasienter og kontroller ble inkludert i studien.
allele og genotypefrekvensene er vist i tabell S1 og S2, henholdsvis. Alle polymorfismer som er inkludert i denne studien hadde et mindre allel frekvens (MAF) høyere enn 8% (tabellene S1 og S2). Genotypen distribusjon i kontroll befolkningen ikke avviker vesentlig fra det som var forventet for en populasjon i Hardy-Weinberg likevekt (
P
0,25). De allele frekvenser fant var lik de rapportert i HapMap database (https://hapmap.org) og NCBI dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/).
Association studier av enkelt SNPs med CRC forekomsten viste signifikante resultater for SNPs rs7034716, rs10739778 og rs334365, med ORS av 1,36 til 1,42 (tabell 2). En stratifisert analyse viste en signifikant sammenheng mellom den mindreårige allel og en CRC diagnose i yngre alder ( 67 år) for de SNPs rs7033283, 7034462, 7034867, 12686783, 11466445, og rs928180 (Tabell 3). Ingen annen signifikant sammenheng ble funnet da analysen ble stratifisert etter kjønn, tumor sted, eller scene.
En koblingsulikevekt (LD) studie viste et generelt høyt nivå på sammenhengen mellom polymorfismer analysert . Koblingen verdier for mer enn 80% av parene av SNPs resulterte i D « 0,8. De identifiserte tagSNPs for denne regionen inkluderte SNPs rs7034462, rs7034867 og rs928180, alle med MAF. 10% (tabell S3)
En haplotype analyse viste tilstedeværelse av 17 og 27 forskjellige haplotyper i kontrollene og pasienter hhv. Bare seks av disse haplotyper (H1, H2, H3, H4, H5, og H13) hadde en frekvens som er høyere enn 1% i kontrollene; disse ble valgt for assosiasjonsstudier. Beskrivelser av haplotyper og deres frekvenser er gitt i tabell S4 og S5, henholdsvis.
Noen signifikant sammenheng mellom haplotyper og CRC ble funnet i stratifisert analyse. For personer i alderen over 67 år, ble H2 og H5 haplotyper assosiert med en økning og en reduksjon i CRC, henholdsvis. Personer i alderen under 67 år og bærer H1 haplotype hadde en lavere risiko for CRC. Til slutt, mannlige individer som bærer H4 haplotype hadde en lavere risiko for CRC (tabell 4).
TGFBR1
ASE
En ASE analyse ble utført på informativ enkeltpersoner for rs11466445 polymorfisme: 9A /6A heterozygote individer (71 pasienter og 67 kontroller, n = 138). Den relative
TGFBR1
uttrykk beregnes ut fra en standardkurve ble plottet (figur 1). Median ASE forholdet var noe høyere for CRC pasienter enn for kontrollene (henholdsvis 0,896 ± 0,317 vs 0,862 ± 0,155,).
TGFBR1
allel forhold hos pasienter med sporadisk CRC (panel A) og kontroller (panel B). ASE-negative området er representert ved farget rektangel mellom cutoff-verdier (0,78 og 1,27). Gjennomsnitt og standardavvik er vist for hver prøve.
For analyse i hvilken ASE ble ansett for å ha en bimodal type fordeling, ble individer anses som positive for tilstedeværelse av ASE hvis de demonstrerte en allelisk uttrykk ratio 0,78 eller 1,27. Disse cutoff-verdier samsvarer 9A /6A allel proporsjoner 44:56 og 56:44, henholdsvis (følsomhet: 0,295; spesifisitet: 0,836; Youden indeks: 0,131; Tabell S6). I de positive pasienter, ble det observert en konsistent relativ overekspresjon av * 6A allelet (
P
= 0,045).
Atten pasienter (25,4%) og 11 kontroller (16,4%) var positive for ASE, og viser ingen signifikant sammenheng med kreftrisiko (OR: 1,697; 95% CI: 0,74 til 3,87;
P
= 0,213). I stratifisert analyse av CRC, ASE ble oftere funnet hos personer med tidlig stadium svulster. (
P
= 0,016; Tabell S7)
Ingen signifikant sammenheng ble funnet når ASE ble ansett som en kontinuerlig variabel (
P
= 0,179)
Kombinert analyse av TGFBR1 ASE og haplotyper
Vi fant en svært signifikant sammenheng mellom den nest vanligste haplotype H2 (pasienter. 24.07 %, kontroller: 20,72%), ASE (pasienter: 25,4%; kontroller: 16,4%), og CRC forekomst. Personer som bærer H2 haplotype med ASE viste en høy risiko for CRC (
P
0,0001, tabell 5). Når H2 og ASE ble betraktet som uavhengige faktorer, frekvensene observert i pasienter signifikant forskjellig fra de forventede frekvenser (
P
= 0,013), men ikke gjør det i kontrollene (
P
P
= 0,213) og 1,123 (95 % KI: 0,98 til 1,28;
P
= 0,095), henholdsvis. Som en konsekvens av den forventede kombinert RR for ASE og H2 var 1,42, mens den observerte RR var 5.250 (95% KI: 2,55 til 5,25;
P
0,0001). Den resulterende synergi faktor var 3,7 og befolkningen kan tilskrives risikoen var 54,1% (tabell 6).
Diskusjoner
Ifølge våre resultater, kombinert analyse av flere genetiske faktorer assosiert med kreft mottakelighet, med ubetydelig individuelle vekter, kan avsløre en mer presis intralocus allel arkitektur enn det individuelle analyser, og definere bestemte undergrupper av personer med viktige nivåer av risiko for CRC.
i dagens arbeid, har vi presentert bevis for at enkeltpersoner som bærer spesifikke
TGFBR1
H2 haplotype og
TGFBR1
ASE har en høy relativ risiko for CRC (RR = 5,250; 95% KI: 2,55 til 5,25), mens den enkelte risiko knyttet til hvert av disse faktorene er ubetydelige. En betydelig synergistisk forhold ble identifisert i den kombinerte analysen, å gi støtte til hypotesen om at den alleliske arkitekturen av kreftgener kan mer presist å definere kreftrisiko. Den beregnede PAR% var 54,1%, noe som indikerer at mer enn halvparten av sporadisk CRC i vår befolkning skyldtes kombinasjonen av H2 og Åse genetiske faktorer på
TGFBR1 locus
. Videre uavhengige studier med større prøver er nødvendig for å bekrefte disse resultatene.
Det er i dag akseptert at effekten av de vanligste lav penetrans alleler er egentlig uavhengig og besittelse av et økt antall risiko alleler er assosiert med en økt kreftrisiko, i samsvar med en polygenic modell av sykdom mottakelighet [15].
Våre resultater tyder på at intralocus epistatisk interaksjoner mellom vanlige varianter av CRC resistensfaktorer kan eksistere. Direkte eksperimentelle bevis for eksistensen av mekanismer for slik intralocus epistatisk interaksjoner har blitt rapportert tidligere [18].
Beskjedne genuttrykk endringer kan ha betydelige biologiske konsekvenser, som sett i
APC
genet, hvor 50% konstitusjonelle reduksjon i ekspresjon av en allel kan føre til utvikling av familiær adenomatøs polypose [19].
ASE er et utbredt fenomen som påvirker ekspresjonen av 20% av humane gener. De alleliske forskjeller er arvelig i en autosomal måte og ikke er trykt [20], [21]. Definere ASE vil hjelpe oss å sette pris på omfanget av funksjonelt viktige regulatoriske endringer, samt å fokusere på kandidat haplotyper som er forbundet med variabelt uttrykt alleler, slik detaljert molekylær karakterisering av spesifikke polymorfismer [20].
ASE representerer fenotypiske effekten av ukjente genetiske variasjoner, og kan innebære en eller flere lokale eller fjerne faktorer som kan virke inn
cis
eller
trans
. Videre kan kumulative effekter, epistasis, genotype-miljø interaksjoner, og pleiotropi står for den komplekse genetiske arkitekturen bak disse transkripsjons variasjoner [22]. Plausibel heterogenitet i regulatoriske forhold, forskjeller i utvalgte kohorter av CRC pasienter, og forskjeller i metodiske tilnærminger kan være ansvarlig for de tilsynelatende incongruent resultatene publisert for
TGFBR1
ASE [8] -. [14]
ASE er blitt målt ved hjelp av flere forfattere ved beregning av doseforholdet (cDNA /gDNA) [8], [10] – [12]. Det er imidlertid erkjent at denne metoden kan medføre tilfeldige iboende problemer med kvantitativ genotyping [9]. Vi bestemte at ASE bør vurderes i forhold til den hypotetiske 01:01 forholdet av alleliske dose snarere enn ved å sammenligne cDNA og gDNA doser i en enkelt prøve. Den relative kvantifisering av ekspresjonen av hvert allel ved ekstrapolering fra en standardkurve kan gi mer presise resultater [9], [23]. En ekstra mulig konfunderende faktor for ASE vurderingen kan være RNA kilde brukes. Lymfoblastoide cellelinjer er blitt anvendt i mange studier [9] – [11]. Imidlertid kan transformerte lymfoblaster gjennomgå endringer i mRNA-nivåer sammenliknet med den opprinnelige perifer blodlymfocytt prøven på grunn av biologisk støy og
in vitro
artefakter (nivåene av Epstein-Barr-virus som brukes til å transformere celler, ATP-nivåer, etc.), eller til og med ekstreme klonale effekter kan kompromittere en ASE analyse. Av disse grunner, bruk av bulk-transformerte celler eller
ex vivo
celler anbefales for ASE analyser [22]. Alle tidligere rapportert
TGFBR1
ASE studier brukes SNPs som genetiske markører [8] – [14]. Snapshot [8], [9], [11] og pyrosekvensering [10], [12] – [14] teknologier har blitt brukt til å analysere SNPs, og har generert avvik i publisert
TGFBR1
ASE resultater. Vi har valgt en innsetting /sletting polymorfisme (rs11466445) forbundet med ASE fenomenet [8] og undersøkt den med kapillær elektroforese fragmentanalyse, som er den mest hensiktsmessige metode for analyse av denne type polymorfisme.
er klar over begrensningene i denne studien. Prøvestørrelsen anvendt i denne studien mulig for oss å detektere resistensfaktorer med en mindre allel frekvens på 8% med RR≥2 eller ≤0.5, og med 80% effekt i de rå sammenslutninger av enkle faktorer. Derfor signifikante assosiasjoner vi funnet for SNPs og haplotyper var underpowered. Videre gjorde størrelsen på denne studien prøven ikke tillate oss å påvise effekten av sjeldne alleler. Imidlertid vår hensikt var å analysere effektene av en kombinasjon av vanlige genetiske faktorer. Sensitiviteten for å påvise genetisk mottakelighet er lavere når befolkningen blir stratifisert. Derfor er risikoen detektert i den kombinerte analysen av ASE og H2 haplotype basert på den tilgjengelige prøvestørrelse er tydelig seg svak. Spesifisitet og sensitivitet for at foreningen var 95% og 25%, henholdsvis.
De forventede frekvenser for H2 /ASE, da de ble ansett som uavhengige faktorer, var signifikant forskjellig fra de observerte frekvensene i pasientene (
P
= 0,013), men ikke i kontrollene (
P
0,05;. Tabell S8), noe som tyder på at denne kombinasjonen av faktorer kan ha en skadelig effekt
tilstedeværelsen av en haplotype forbundet med ASE antyder en
cis
reguleringsmekanisme underliggende ASE. Polymorfismer i genet promoter, enhancer, transkripsjonsfaktorbindingsseter, spleisesteder, RNA-stabilitet elementer, eller antisense-RNA kan være involvert i den underliggende mekanistiske dysfunksjon [24].
epistatisk interaksjoner er vanskelige å oppdage med mindre deres marginale effekter er betydelige. Det er også en statistisk straff gitt av stor-skala multippel testing, noe som kan gjøre identifiseringen av slike interaksjoner svært problematisk. Derfor er ytterligere undersøkelser ved hjelp av større prøver som kreves for å sikre avgjørende resultater.
De polymorfisme valgt for studier av multifaktorielle genetiske assosiasjoner til sykdommer, som den forrige, er av avgjørende betydning. Den høye LD vist ved settet av polymorfismer som brukes i dette arbeidet mulig for oss å dissekere polymorfismer som definerte de subhaplotypes som er sterkere knyttet til sykdommen. En submaksimal LD effekt kan skjule potensielt nyttig informasjon som vil bli savnet i de genetiske epidemiologiske studier der forhåndsdefinerte tagSNPs brukes. På dette punktet, er det viktig å merke seg at mønstre av LD kan variere betydelig mellom populasjoner [25].
Alle vanlige SNPs identifisert oppdatert med GWA skanner gi beskjedne kreftrisiko og flertallet av resistens alleler har ORS av 1,5. Videre er det i de rapporterte GWA studiene, ble bare 12% av SNP med MAFs av 5% -10% merket, noe som indikerer at disse strategiene ikke er optimalt utformet for å identifisere lavfrekvent varianter i denne serien av MAFs, hvorav noen kan ha sterkere effekter [2]. Femti prosent av
TGFBR1
intralocus polymorfismer (7/14) som brukes i denne studien hadde MAFs varierer fra 8% til 10%, slik at påvisning av nye risikofaktorer.
haplotype-basert tilnærminger kan ha større makt enn single-locus analyser når SNPs er i sterk LD med risiko
locus
. Nye data-mining tilnærminger brukes til å overvinne eventuelle komplikasjoner som oppstår i genetiske studier fra et stort antall haplotyper, og tilbyr mer innsikt i de genetiske risikofaktorer knyttet til komplekse sykdommer [26].
Til tross for de begrensningene som er beskrevet ovenfor foreslår våre resultater betydningen av
TGFBR1
i genetisk mottakelighet for såkalte «sporadisk» CRC. Disse resultatene har også et bevis for eksistensen av intralocus epistatisk interaksjoner mellom vanlige varianter assosiert med CRC mottakelighet. Derfor er en detaljert kart av genetiske interaksjoner kreves for mer nøyaktig risikovurdering, noe som bør gi kreft forebyggende strategier for å være målrettet, og i økende grad påvirke kreftbehandling.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Plassering av de analyserte polymorfismer på
TGFBR1 locus
. Tretten SNPs og et innførings sletting polymorfisme (rs11466445) på
TGFBR1 locus
ble genotypet. Seks polymorfismer var intragenic, fem ble plassert oppstrøms fra genet, og tre var nedstrøms fra genet
doi:. 10,1371 /journal.pone.0030812.s001 plakater (TIF)
Tabell S1.
Alleliske frekvensene til
TGFBR1
polymorfismer av gruppen. (CRC: tykktarmskreft; C: kontroller).
Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s002 plakater (DOC)
Tabell S2.
Genotypiske frekvensene til
TGFBR1
polymorfismer av gruppen. (CRC: tykktarmskreft; C: kontroller).
Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s003 plakater (DOC)
tabell S3.
koblingsulikevekt mellom de analyserte polymorfismer på
TGFBR1
locus (D «verdi).
doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s004 plakater (DOC)
Tabell S4.
Definisjon av
TGFBR1
haplotyper funnet i denne studien.
doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s005 plakater (DOC)
Tabell S5.
Frekvenser av
TGFBR1
haplotyper i pasienter og kontroller grupper. (CRC: tykktarmskreft; C: kontroller).
Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s006 plakater (DOC)
Tabell S6.
Mottaker opererer kurve analyse for å fastslå cutoff-verdier for
TGFBR1
ASE. (CRC: tykktarmskreft; C: kontroller, ASE: allel-spesifikke uttrykk; YI: Youden-registeret).
Doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s007 plakater (DOC)
Tabell S7.
Association mellom
TGFBR1
ASE og CRC: råolje og stratifiserte analyser. . (CRC: tykktarmskreft; C: kontroller, ASE: allel-spesifikk uttrykk, OR: odds ratio; KI: konfidensintervall)
doi: 10,1371 /journal.pone.0030812.s008 plakater (DOC)
Tabell S8.
Observert og forventet frekvens av
TGFBR1
H2 haplotype og
TGFBR1
ASE hos pasienter og kontroller.
doi:. 10,1371 /journal.pone.0030812.s009 plakater (DOC)
Takk
Vi vil gjerne takke alle personer som deltok i studien
