Abstract
Vi gjennomførte en meta-analyse for å utforske relasjonene mellom P14
ARF genet metylering og clinicopathological funksjoner av tykktarmskreft (CRC). Databaser, inkludert Pubmed, Embase og Cochrane Library ble søkt og til slutt ble totalt 18 kvalifiserte forskere som omfatter 1988 CRC pasienter valgt. Kombinerte odds ratio (ORS) med 95% konfidensintervall (95% CIS) ble evaluert under en fast effekt modell for fravær av heterogenitet. Det ble ikke observert signifikante assosiasjoner mellom P14
ARF genet metylering og svulst plassering (OR = 2,35, 95% KI: 1,55 til 3,55,
P
= 0,001), mikro ustabilitet (MSI) status (OR = 3,28, 95% CI: 02.12 til 05.07,
P
0,0001). Men det var ingen signifikante assosiasjoner mellom P14
ARF genet metylering og tumorstadium, tumor differensiering. Vi konkluderte med at P14
ARF genet metylering kan være signifikant assosiert med svulst plassering, og MSI status for CRC
Citation. Zhou Z, Zhang H, Lai J, Diao D, Li W, Dang C, et al. (2016) Forholdet mellom P14
ARF Gene Metylering og Clinicopathological Funksjoner av tykktarmskreft: A Meta-Analysis. PLoS ONE 11 (3): e0152050. doi: 10,1371 /journal.pone.0152050
Redaktør: Bing-Hua Jiang, Thomas Jefferson University, USA
mottatt: 07.10.2015; Godkjent: 08.03.2016; Publisert: 21 mars 2016
Copyright: © 2016 Zhou et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet:. All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
finansiering:.. forfatterne har ingen støtte eller finansiering for å rapportere
konkurrerende interesser:. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
tykktarms~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP (CRC) er fortsatt en av de vanligste kreftformene over hele verden, med rundt 1,3 millioner nye tilfeller og 700.000 dødsfall hvert år [1]. Det er velkjent at genetiske og epigenetiske forandringer både spiller viktige roller i utviklingen av CRC [2, 3]. Som en av de viktigste epigenetiske forandringer, har DNA-metylering blitt bemerket i karsinogenese av mange humane kreftformer, inkludert CRC [4-8]. Mange tidligere studier har avdekket at avvikende metylering av P14
ARF genet er involvert i utviklingen av CRC [9-11].
De endringer av P53 /MDM2 /P14
ARF sti alltid oppstå under CRC progresjon. P14
ARF, gjennom sin effekt på MDM2 nivåer, øker etterhvert konsentrasjonen av p53-proteinet, et annet viktig tumor suppressor som er viktig for regulering av celledeling og apoptose. Ved å beskytte p53 protein, P14
ARF hjelper å forebygge tumordannelse. Derfor har vi grunn til å tro at stanse av P14
ARF genet er en mulig måte å deregulere cellesykluskontroll ved å forstyrre den p53 veien. Det har nylig blitt vist at hypermethylation av P14
ARF genet er omfattende påvist i primær CRC, noe som førte til tap av p14
ARF mRNA og protein uttrykk [12-14]. Men forholdet mellom P14
ARF genet metylering og clinicopathological funksjonene CRC fortsatt kontroversielt. Dessuten kan epigenetiske markører som p14
ARF genet metylering brukes til mer nøyaktig klassifisere undergrupper av CRC pasienter. Derfor gjennomførte vi en meta-analyse for å kvantifisere sammenhenger mellom P14
ARF genet metylering og clinicopathological funksjoner i CRC.
Materialer og metoder
Søkestrategi
Elektronisk databaser, PubMed, Cochrane Library og Embase ble søkt manuelt for å finne de relevante undersøkelser publisert før 1. mai 2015. begrepene vi brukte under søket var: «P14», «P14
ARF», «DNA metylering «,» hypermethylation «,» metylering «,» kolon «,» rektum «,» kolorektal «,» cancer «, og» carcinoma «. For å få noen flere potensielle undersøkelser, vi også sjekket referanser i hver artikkel. Alle forfatternavn og tilhørighet ble oppmerksomt skjermet for å unngå gjentatte data
Utvalgskriteriene
For å identifisere kvalifiserte forskere, brukte vi et sett av inklusjonskriteriene. (1) Histopatologisk informasjon om CRC pasienter bekreftet av patologen gjennomgang; (2) Metylering analyse av p14
ARF-genet ble utført i primær tumorvev etter operasjon, ikke i normal kolon mukosa, serum, og perifer blodleukocytt av CRC pasienter; (3) data med hensyn til forholdet mellom P14
ARF genet metylering og clinicopathological funksjonene CRC pasienter ble gitt, noe som bidrar til å estimere de samlede ORS og 95% CIS; (4) Den nyeste eller mest omfattende data var vårt valg når duplikasjoner ble publisert. (5) Den milten bøyning ble brukt som det anatomiske grense for å definere proksimale og distale CRC; og (6) mikro ustabilitet (MSI) status ble vurdert ved å undersøke fem uavhengige genomiske nettsteder, inkludert to mononukleotid gjentatte mikro (BAT25 og BAT26) og tre dinucleotide gjenta mikro (D2S123, D5S346 og D17S250) som anbefalt av National Cancer Institute Workshop. MSI var positivt hvis to eller flere av markørene viste ustabilitet. Når en eller ingen av markørene viste ustabilitet, MSI var negativ [15]. To forfattere (ZJZ og HZ) utførte dette søket arbeidet separat og divergens ble løst ved diskusjon med en annen forfatter (JGL).
Data utvinning
Når kvalifiserte studier ble identifisert, vi hentet nødvendige data i henhold til disse følgende elementer: for det første forfatternavn, utgivelsesår, geografisk beliggenhet, antall pasienter, demografiske trekk, clinicopathological funksjoner, gjenkjenning metoden for metylering, antall P14
ARF genet denaturert pasienter og det totale antall pasienter i saken og kontroll grupper.
Kvalitetsvurdering
kvalitetsvurdering av de utvalgte studiene ble utført på grunnlag av Newcastle-Ottawa Scale (NOS) kriterier [16]. NOS score ble oppnådd basert på tre elementer: utvalg, sammenlignbarhet, og utfallet, og en poengsum på 6 betyr høy kvalitet.
Statistisk analyse
Den meta-analyse og grafikk ble oppnådd ved bruk av R programvareversjon 3.2.0 med «meta» pakken. Et fast eller tilfeldig effekt-modell ble brukt til å beregne de samlede ORS og 95% CIS. Heterogenitet mellom inkluderte studiene ble oppdaget ved hjelp av Cochran Q-statistikken og
Jeg
2
test, og en
p
0,05 eller et resultat 50% antyder betydelig heterogenitet. I dette tilfelle ble den tilfeldige effekter modellen som er valgt; ellers, ble den faste effekter modellen [17]. Publikasjonsskjevhet ble grafisk testet av trakt tomter og videre statistisk vurdert av Peters test [18]. Trim og fylle metoden ble brukt til å justere den kombinerte ORS og 95% CI’er når publikasjonsskjevhet eksisterte. For å utforske påvirkning av hver enkelt studie på det totale anslaget ble sensitivitetsanalyse utført av pooling de resterende studier etter eksklusive hver enkelt studie.
Resultater
En totalt 101 relevante studier ble identifisert for første gjennomgang bruker den beskrevne søkemetode. De titler og sammendrag av alle studier ble screenet og 36 var i utgangspunktet ekskludert i henhold til inklusjonskriteriene. Deretter den fulle teksten til de resterende studiene ble nøye lest, og 47 studier ble ekskludert med ulike årsaker. Derfor, 18 studier ble til slutt tatt med i meta-analyser [9, 11, 14, 19-33]. Prosessen med studien valget er vist i figur 1. De grunnleggende egenskapene til 18 inkluderte studiene ekstraheres og oppsummert i tabell 1. I alt 1988 CRC pasienter som var involvert i den meta-analyse. Disse 18 studiene ble publisert 2000-2014 og var av god kvalitet, med en gjennomsnittlig NOS score på 6,3 (5-7). Tabell 2 viser et sammendrag av våre metaanalyseresultater. Den faste effekter modellen ble brukt i denne studien for fraværet av betydelig heterogenitet
MSP, metylering spesifikke PCR.; BGS, sulfitt genomisk sekvensering; BSSCP, sulfitt single-strand konformasjon poly-morphism; REP, restriksjonsenzymrelaterte PCR.
MSI, mikro ustabilitet.
Våre resultater viste at P14
ARF genet i prøver fra kvinnelige pasienter var mer sannsynlig å bli metylert enn de fra mannlige pasienter (menn kontra kvinner: OR = 0,71, 95% KI: 0,53 til 0,95,
p
= 0,021) (figur 2A). Alder ble også vurdert i denne analysen. På grunn av de ulike stiler av variablene som brukes i enkelte studier, utfører vi tre separate meta-analyser, blant disse to viste ingen signifikant sammenheng mellom alder og P14
ARF metylering i CRC pasienter, mens den andre viste det motsatte resultat (S1 Fig ). Forholdet mellom P14
ARF-genet metylering og tumorstadium ble også undersøkt i dette studiet, og hverken TNM eller Dukes stadium var signifikant assosiert med P14
ARF gen metylering (I A B vs. C D: OR = 1,28, 95% KI: 0,80 til 2,05,
p
= 0,299, henholdsvis) (figur 2B og 2C). Som for CRC svulst beliggenhet, våre resultater viste at klassifiseringen av proksimale vs. distal var signifikant korrelert med P14
ARF genet metylering (OR = 2,35, 95% KI: 1,55 til 3,55,
p
= 0,001) (figur 2D). Så, vi videre undersøkt om P14
ARF genet metylering var relatert med CRC tumor differensiering, og ingen betydning ble funnet (brønn eller moderat kontra dårlig eller andre: OR = 0,97, 95% KI: 0,61 til 1,54,
p
= 0,900) (figur 2E). I tillegg ble MSI-positive pasienter funnet å ha en høyere muligheten for P14
ARF genet metylering enn MSI negative (MSI positive vs MSI negative: OR = 3,28, 95% KI: 02.12 til 05.07,
p
= 0,0001) (figur 2F). Men vi fant ingen bevis for noen signifikant sammenheng mellom P14
ARF genet metylering og TP53 mutasjonsstatus (TP53-mutasjon vs. TP53 vill: OR = 0,72, 95% KI: 0,45 til 1,14,
p
= 0,157) (fig 2G)
(A) kjønn (menn kontra kvinner.); (B) TNM trinn (I IV); (C) Dukes trinn (A og B sammenlignet med C (D) Sted (proksimal vs. Distal); (E) tumor differensiering; (F) MSI status; (G) TP53 mutasjonsstatus. OR, odds ratio; KI, konfidensintervall; CRC, tykktarmskreft
trakt tomter ble brukt til å utforske publikasjonsskjevhet, og som viste i figur 3, alle tomter var symmetrisk, noe som indikerer ingen vesentlige skjevheter. Peters test ytterligere bekreftet symmetrien trakt tomter for kvalifiserte studier om kjønn med en
p
= 0,35. Sensitivitetsanalyser viste at å utelate enkeltstudier ved Lind GE og Zheng S betydelig påvirket sammenslåtte ORS og SUS for sammenhengen mellom P14
ARF genet metylering og kjønn, noe som resulterte i en økning i de samlede ORS fra 0,71 (95% CI: 0.53- 0,95) til 0,75 (95% KI: 0,55 til 1,02) og 0,76 (95% KI: 0,56 til 1,04), henholdsvis (figur 4A). Ved å utelate Zheng S studie om forholdet mellom alder og P14
ARF metylering, fant vi at de samlede ORS redusert fra 3,38 (95% KI: 0,76 til 6,0) til 2,46 (-0.73-5.64) (S1E fig). Tilsvarende er en nedgang fra 0,72 (95% KI: 0,45 til 1,14) 0,57 (95% KI: 0,34 til 0,96) ble vist da Iacopetta B studie om forholdet mellom TP53 mutasjonsstatus og P14
ARF metylering ble utelatt ( fig 4G)
(A) kjønn (menn kontra kvinner.); (B) TNM trinn (I IV); (C) Dukes trinn (A og B sammenlignet med C (D) Sted (proksimal vs. Distal); (E) tumor differensiering; (F) MSI status; (G) TP53 mutasjonsstatus. MSI, mikro ustabilitet
(A) kjønn (menn kontra kvinner); (B) TNM trinn (I IV); (C) Dukes trinn (A og B sammenlignet med C (D) Sted (proksimal vs. Distal); (E) tumor differensiering; (F) MSI status; (G) TP53 mutasjonsstatus. MSI, mikro ustabilitet
Diskusjoner
I vår studie utforsket vi enten P14
ARF genet metylering var forbundet med noen clinicopathological funksjonene CRC pasienter gjennom 18 inkluderte studiene. at P14
ARF genet metylering var relatert med kjønnet på CRC pasienter (fig 2A) Resultater avslørt. Selv om ingen signifikant heterogenitet eksisterte mellom alle studier (
Jeg
2 = 25,5%,
p
= 0,209), anslaget var ikke robust i den videre leave-one-out analyse. De utelatte Lind GE og Zheng S studier bidratt vesentlig til denne forskjellen i mannlige og kvinnelige. Så det var vanskelig å konkludere med at P14
ARF metylering er assosiert med kjønn i CRC pasienter. Det er så kontroversielt at flere studier er nødvendig for å ytterligere utforske den. I mellomtiden, proksimale CRC svulster ble også funnet å ha en høyere muligheten for P14
ARF genet metylering enn distal de (Fig 2D). Disse funnene at P14
ARF genet metylering er mer sannsynlig å bli utstilt i proksimale CRC er i tråd med tidligere studier [14, 25, 27]. Dette epigenetisk endring mønsteret kan supplere methylator fenotype for CRC, selv støtter hypotesen om at distinkte anatomiske subtype av CRC eksisterer [34-36]. Selv om noen tidligere studier hypotese om at kreft i proksimale og distale colon var ulike svulster fordi de skilte seg i genetiske endringer, embryologic opprinnelse, og biologisk identitet [37, 38], når det kommer til spørsmålet om hvorfor P14
ARF en tendens til å bli metylert innen proksimale CRC, dype forskere som fokuserer på mekanismen er sjeldne. Flere relaterte studier er nødvendig for å bringe det frem i lyset.
I mangel av enhetlig stil av variable, vi utforsket forholdet mellom alder og P14
ARF metylering i CRC pasienter i tre separate analyser. Selv om vi observert at P14
ARF metylering var mer sannsynlig hemmet i eldre CRC pasienter i en meta-analyse, kan vi ikke trekke denne konklusjonen lett i sensitivitetsanalysen. Zheng S studie bidratt betydelig til denne forskjellen, mens alle andre studier ikke. Når det ble fjernet, kunne forskjellen ikke observeres noe mer. Det er godt etablert at alder er en av risikofaktorer for kolorektal kreftutvikling. Men, er P14
ARF mer sannsynlig å bli metylert hos eldre CRC pasienter? Det er vanskelig å si. Kanskje vil vi gjøre flere forskere om dette problemet.
I tillegg P14
ARF genet metylering var mer sannsynlig å være til stede i tumorer som utviser mikro ustabilitet enn de ikke gjorde det, i samsvar med tidligere studier [29, 30 , 39]. Mesteparten av CRC trolig havn en defekt i DNA mismatch reparasjon (MMR) system [40, 41], noe som tyder på en sammenheng mellom MMR-mangel og avvikende metylering i CRC. DNA-metyltransferase er kjent for å bindes mer effektivt til DNA-substrater som inneholder feilaktige baser enn til normal DNA [42, 43], noe som øker muligheten for at det fortrinnsvis methylates på følgende feilaktige steder. En annen mulig mekanisme er at utvidelsen av mikro kan endre den lokale kromatinstruktur slik at området blir utsatt for hypermethylation [44]. På den annen side har tidligere undersøkelser vist at TP53-genet var sterkt beslektet med MSI [45-47]. Men dette forholdet ble ikke bestemt og mekanismer var heller ikke klar. Enten P14
ARF metylering innflytelse fortsatt status for MSI av CRC pasienter gjennom sin funksjon på p53 uttrykk for å bli regnet ut.
Vi har også undersøkt sammenhengen mellom P14
ARF genet metylering og TNM og Dukes stadium av CRC. Selv om studien av Dominguez G og kolleger viste at tidlig stadium svulster hadde en høyere P14
ARF genet metylering enn sent stadium seg [11], gjorde vi ikke motta lignende fenomen i denne studien. Videre vurderte vi om P14
ARF genet metylering var relatert med tumor differensiering, og det negative resultatet var bestå med de fleste studier [9, 14, 25]. Selv om P14
ARF genet metylering noen gang har blitt vist å være fortrinnsvis utstilt i CRC inneha villtypen TP53 [32, 39], ble ingen slik signifikant sammenheng funnet i vår studie da utelate Iacopetta B studie i sensitivitetsanalysen. Mer detaljerte undersøkelser bør gjennomføres for å bekrefte disse usikkerhetene.
Alle trakt tomter ikke viser noen åpenbar asymmetri (fig 3). Dessuten ble Peters test som brukes til å bekrefte symmetrien i trakten tomt for kvalifiserte studier om kjønn med en
p
= 0,35, noe som ytterligere viste fravær av publikasjonsskjevhet. Andre trakt tomter ble ikke statistisk undersøkt fordi når det var færre studier kraften i testen var for lavt til å skille mulighet real asymmetri [48].
For å utføre denne meta-analysen mer vitenskapelig, et omfattende søk ble anvendt metode og godt definerte utvalgskriteriene for å få kvalifiserte studier. Med tanke på påvirkning av heterogenitet mellom studiene, Cochran Q-statistikken og
Jeg
2
test ble brukt til å velge en fast eller tilfeldig effekt-modell. For å redusere forspenningen, ble publikasjon skjevhet også estimert ved trakt plott og sensitivitetsanalyse ble også utført for å evaluere innvirkningen av hver enkelt studie på den totale anslaget.
imidlertid begrensninger bør også bemerkes i denne meta -analyse. For det første, muligheten for informasjon og utvalgsskjevheter kan ikke unngås helt fordi alle de inkluderte studiene var retrospektiv. Dernest, vi klarte å få detaljert informasjon om metylering locus for manglende data, som hindret oss fra subgruppeanalyse for mer nøyaktige estimater. Til slutt, noen inkluderte studier ikke godt forhåndsdefinere inklusjonskriteriene for pasienter som kan ha påvirket våre resultater.
Alt i alt viser vår meta-analyse som P14
ARF genet metylering kan være signifikant assosiert med svulst plassering og MSI status for CRC, og kan supplere methylator fenotype av CRC-pasienter.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 PRISMA sjekkliste. . PRISMA 2009 Sjekkliste
doi: 10,1371 /journal.pone.0152050.s001 plakater (DOC)
S1 Fig. Forholdet mellom alder og P14
ARF genet metylering i CRC pasienter product: (A) (B) (C) Forest tomter i tre meta-analyser.; (D) trakt tomter; (E) Følsomhetsanalyse
doi:. 10,1371 /journal.pone.0152050.s002 plakater (TIF)
Takk
Vi takker alle forfattere av inkluderte studiene i denne meta analyse. Vi takker også nettstedet (https://www.r-project.org/), som ga den frie R programvare, og Guido Schwarzer, som ga den «meta» pakken.
