Abstract
kreft narkotika Ruxolitinib er en potent Janus kinase inhibitor godkjent for behandling av myeloproliferative neoplasmer. I tillegg har Ruxolitinib svak hemmende aktivitet mot et panel av andre kinaser, inkludert Src-kinase. Det er ingen strukturell informasjon fra Ruxolitinib binding til en hvilken som helst kinase. I denne artikkelen, bestemt vi krystallstrukturen av c-Src kinase domene i komplekset av Ruxolitinib med en oppløsning på 2,26 Å. C-Src kinase domene vedtar DFG-aktiv konformasjon på Ruxolitinib binding, noe som indikerer Ruxolitinib er en type I-inhibitor for c-Src. Ruxolitinib danner to hydrogenbindinger med Met341, en vann-mediert hydrogenbinding med Thr338, og en rekke av van der Waals kontakter med c-Src. Ruxolitinib ble deretter forankret til den ligand-bindende lomme av en tidligere løst JAK1 struktur. Fra dokking resultat Ruxolitinib binder også JAK1 som en type I-inhibitor, med flere interaksjoner og en høyere form komplementaritet med den ligand-bindende lomme av JAK1 sammenlignet med c-Src. Siden Ruxolitinib er en forholdsvis liten inhibitor og det er betydelig hulrom mellom Ruxolitinib og c-Src ligand-bindende lomme, foreslår vi å modifisere Ruxolitinib for å utvikle mer potente inhibitorer til c-Src
relasjon:. Duan Y, Chen L, Chen Y, Fan Xg (2014) c-Src binder seg til kreftmedisinen Ruxolitinib med en aktiv eksteriør. PLoS ONE ni (9): e106225. doi: 10,1371 /journal.pone.0106225
Redaktør: Wenqing Xu, University of Washington, USA
mottatt: May 11, 2014; Godkjent: 28 juli 2014; Publisert: 08.09.2014
Copyright: © 2014 Duan et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet:. Den forfatterne bekrefter at alle data som underbygger funnene er fullt tilgjengelig uten restriksjoner. Atomic koordinater og struktur faktorer har blitt deponert hos Protein Databank www.rcsb.org med deponeringsnummer 4U5J
Finansiering:. Dette arbeidet er støttet med tilskudd fra National Natural Science Foundation of China (YC, prosjektnummer 81272971 og 81372904) og National Institutes of Health (NIH) (LC, 5R01GM064642). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Proteinkinaser katalyserer overføringen av en fosforyl-gruppe fra adenosintrifosfat (ATP) til serin, treonin eller tyrosin rester av dets substrat-proteiner [1]. Slike modifikasjoner posttranslational tjener som en mekanisme for å modulere enzymatisk aktivitet eller molekylære interaksjoner av substrat-proteiner som svar på endogene og eksogene signaler [1]. Fosforylering spiller en avgjørende rolle i signaloverføring og regulerer en rekke cellulære prosesser, inkludert celle adhesjon, invasjon, spredning, overlevelse og angiogenese [2]. Over-ekspresjon eller mutasjoner av proteinkinaser kan føre til en rekke humane sykdommer, slik som kreft og autoimmunitet. Proteinkinaser er terapeutiske mål for behandling av sykdommer hos mennesker [3]. En prototypiske eksempel Imatinib, mål BCR-Abl, en konstitutivt aktiv form av Abl kinase som fører til kronisk myelogen leukemi (KML), og er svært vellykket i behandlingen av denne sykdommen [4].
Fordi av en høy grad av sekvenskonservering i kinasedomenet, er det ikke overraskende at de fleste kinaseinhibitorer tendens til å ha begrenset mål spesifisitet. Off-target effekter kan være fordelaktig i noen tilfeller, men kan føre til bivirkninger i andre tilfeller. Hver kinase inhibitor har en unik og svært uforutsigbare mål spekteret [5]. Forstå mekanismen bak målet spesifisitet er et viktig mål som ville øke bruken av eksisterende kinase hemmere og nytte prosessen utviklet inhibitorer. For eksempel ble den strukturelle informasjonen fra Imatinib bindende kinase ikke bare undersøkt i kompleks med sitt tiltenkte mål kinase Abl [6], men også undersøkt i kompleks med andre kinaser, herunder c-Src, Lek, p38 [7] – [9] . Disse studiene i stor grad hjelpe oss å forstå grunnlaget for kinase hemming, selektivitet, og potensielle off-target effekter. I tillegg er disse studiene gir en strukturell stillas for utvikling av nye kinase inhibitorer av forskjellige kinaser
Proteinkinasehemmere er vanligvis delt i tre undergrupper:. Type I, type II og type III inhibitorer. Type I-inhibitorer oppta lommen hovedsakelig fylt av ATP, og en katalytisk viktig Asp-Phe-Gly (DFG) motivet holdes i aktiv konformasjon (referert til som DFG-i konformasjon). Et typisk eksempel på en type I kinase inhibitor er andre generasjon BCR-ABL-hemmer, Dasatinib. Type II-inhibitorer, så som imatinib, okkupere den ATP-bindende lomme og en ytterligere region, og det DFG motivet roteres ~180 ° i forhold til den aktive konformasjon (referert til som DFG-out konformasjonen) [10] – [12 ]. Type III-hemmere binde regulatoriske domener utenfor ATP-bindende lomme, og modulere kinase aktivitet i en allosterisk måte. På grunn av at aminosyrene utenfor det ATP-bindende lomme er mindre konservert i forhold til de i lommen, er det foreslått at det kan være lettere å oppnå kinase selektivitet med type II eller type III inhibitorer.
En enkelt residuum innenfor ATP-området av proteinkinaser, betegnet gatekeeperen, spiller en viktig rolle ved dannelse av spesifisitet lommen, og styrer følsomhet for en rekke av lavmolekylære inhibitorer. Gatekeeper rest varierer mellom ulike proteinkinaser. Noen kinaser har en liten rest (f.eks Thr, Ala eller Gly) ved denne posisjonen, og kan lett rettet av strukturelt forskjellige klasser av inhibitorer. Andre kinaser har en større rest (f.eks Phe) ved denne posisjonen, og er mer motstandsdyktig [13]. Mutasjon av gatekeeperen rest er en vanlig mekanisme for resistens mot kinaseinhibitorer. For eksempel, substitusjon av BCR-Abl gatekeeper Thr-315 til Ile har ført til motstand mot Imatinib [14] -. [16]
Ruxolitinib er en potent Janus kinase inhibitor for behandling av myeloproliferative neoplasmer (Delenumre ) [17]. Det har potent hemmende aktivitet mot JAK1 (IC
50 = 3,3 nM) og JAK2 (IC
50 = 2,8 nM), moderat aktivitet mot TYK2 (IC
50 = 19 nM) og svak aktivitet mot JAK3 ( IC
50 = 428 nM) og et panel av andre kinaser, inkludert Src kinase [18], [19]. JAK2 mutasjoner og aktivering spiller en fundamental rolle i etiologien av menneskelige Delenumre. For eksempel, omtrent halvparten av pasientene med Delenumre bære en forsterkning-av-funksjon mutasjon i genet JAK2 (JAK2 V617F) [17], [18]. Ruxolitinib hemmer feilregulert JAK2 signalveien, og viste betydelige fordeler i kliniske studier. I 2011 ble Ruxolitinib godkjent for behandling av middels eller høy risiko myelofibrose [20].
Det er ingen strukturell informasjon fra Ruxolitinib binding til noen kinase. I denne artikkelen undersøker vi strukturelle grunnlaget for Ruxolitinib binding til en kinase, ved hjelp av c-Src kinase domene som en prototypiske system. Ved å bestemme strukturen av en Ruxolitinib komplekse på 2,26 en løsning, viste vi at c-Src kinase domene vedtar DFG-aktiv konformasjon. Ruxolitinib danner to hydrogenbindinger med Met341, en vann-mediert hydrogenbinding med Thr338, og en rekke av van der Waals kontakter med c-Src. Vi deretter forankret Ruxolitinib inn i den ligand-bindende lomme av en tidligere løst JAK1 struktur. Fra vår dokking resultat, Ruxolitinib binder også JAK1 som en type I-inhibitor, med flere interaksjoner og høyere form komplementaritet med den ligand-bindende lomme av JAK1 enn den for c-Src. Siden det er betydelig hulrom mellom Ruxolitinib og c-Src ligand-bindende lomme, er det godt mulig å modifisere Ruxolitinib for å utvikle mer potente inhibitorer til c-Src.
Måter
Protein Expression og rensing
kylling c-Src (restene 251-533) ble fremstilt som tidligere beskrevet [21]. I korte trekk, ble proteinet uttrykt med en 6 x His-merket i Escherichia coli BL21DE3-celler, i nærvær av det YopH fosfatase. Proteinet ble først renset ved hjelp av Ni-NTA perler. 6 × His-tag ble deretter fjernet ved TEV cleavage. Etter spalting ble anionbytterkromatografi og størrelse-eksklusjonskromatografi anvendes for ytterligere å rense proteinet. Protein i 50 mM Tris (pH 8,0), 100 mM NaCl, 5% glycerol, ble 1 mM DTT konsentrert til 10 mg /ml og flash-frosset for lagring ved -80 ° C.
Krystallisering
c-Src /ruxolitinib krystaller ble oppnådd ved 18 ° C med hengende dråpe damp diffusjon metoden. C-Src /ruxolitinib komplekset ble blandet i en oppløsning av 170 mM c-SRC, 2000 uM ruxolitinib, 10% DMSO, 50 mM Tris (pH 8,0), 100 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM DTT. Reservoaret Oppløsningen inneholdt 0,1 M MES (pH 6,4), 2% glycerol, 8% PEG 4000, 50 mM natriumacetat, 10 mM MgCl2. Krystaller ble cryoprotected i reservoaret løsning pluss 20% glyserol og 2000 mikrometer ruxolitinib. Crystal tilhører romgruppen P1 med celledimensjoner av
en
= 42,107 Å,
b
= 63,228 Å,
c
= 73,989 Å, α = 79,27 °, β = 89,27 °, γ = 90,29 °.
datainnsamling og struktur Bestemmelse
data ble samlet inn ved Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF), beamline BL17U, og Advanced Light Source (Lawrence Berkeley National Laboratory) beamlines 5.0.2 og 8.2.1. Data ble redusert ved bruk HKL2000 [22]. Strukturbestemmelse ble utført som beskrevet tidligere [23], [24]. Innledende fase bestemmelse ble utført ved molekylær erstatning med Phaser fra CCP4 pakken [25], ved hjelp av kjetting En av et tidligere løst c-Src struktur (PDB kode 2SRC) [26] som søke modell. Strukturen ble raffinert ved hjelp Phenix.refine og Kvakk fra Phenix pakken [27]. Statistikken på den krystallografiske analyser er presentert i Tabell 1. Grafiske fremstillinger av strukturen ble tilberedt med PyMol (DeLano Scientific, San Francisco, California). Koordinatene og strukturelle faktorer har blitt deponert i Protein Data Bank med tiltredelse kode 4U5J.
Molecular Docking og strukturell analyse
Molecular docking ble gjennomført ved hjelp Molsoft ICM-Pro [28 ]. Ruxolitinib var forankret i det ligandbindende lommen JAK1 (pdb kode: 3EYG) [29]. Volum av ligand-bindende lomme er beregnet ved hjelp POCASA [30]. Diagrammer av protein-ligand-interaksjoner ble generert ved hjelp av LIGPLOT [31].
kinasebestemmelser
c-Src (fortynnet i 50 mM Tris pH 7,5, 0,1 mM EGTA, 0,1% β-merkaptoetanol, 1 mg /ml BSA) ble analysert mot KVEKIGEGTYGVVYK i et sluttvolum på 25,5 ul inneholdende 50 mM Tris pH 7,5, 0,1 mM EGTA, 0,3 mM KVEKIGEGTYGVVYK, 10 mM magnesiumacetat og 0,05 mM [33P-γ-ATP] (50-1000 cpm /pmol) og inkubert i 30 minutter ved romtemperatur. Analyser ble stoppet ved tilsetning av 5 ul 0,5 M (3%) ortofosforsyre, høstes på P81 Unifilter plater med en vaskebuffer på 50 mM fosforsyre, og tørkes i luft. De tørre Unifilter Platene ble deretter forseglet ved tilsetning av MicroScint O og ble tellet i Packard Topcount NXT-scintillasjons-teller.
Resultater og diskusjon
Ruxolitinib binding til det ATP-bindende lomme av c-Src
for å se hvordan kreftmedisinen Ruxolitinib samhandler med en kinase, vi fast bestemt på X-ray struktur av c-Src i kompleks med Ruxolitinib til en oppløsning på 2,26 å. Statistikken for datainnsamling og modell raffinement er oppført i tabell 1. Hver asymmetrisk enhet inneholder to molekyler av c-Src. Det er veldefinert elektrontettheten for Ruxolitinib både c-Src molekyler, som ser ut til å være bundet med full belegg (figur S1). Strukturen av c-Src er sammensatt av en bi-fliker arkitektur (N-lapp og C-lapp) som er typisk for protein-tyrosin-kinaser. ATP-bindingssetet av c-Src-kinase befinner seg ved folding kløften mellom de N- og C-terminale fliker, omgitt av hengselregionen, P-sløyfe, Helix vekselstrøm, og aktivering sløyfe (figur 1A). En del av aktiverings sløyfe (aminosyrene 412-423) viser ingen elektrontetthet, noe som indikerer denne regionen er fleksibel. Derfor denne regionen ikke er inkludert i PDB.
(A) Samlet struktur av c-Src /Ruxolitinib kompleks. (B) pyrrolopyrimidinforbindelser ringene danne to hydrogenbindinger med hovedkjedeatomene i Met341. (C) Ruxolitinib danner en vann-formidlet interaksjon med Src-gatekeeper rest Thr338.
Ruxolitinib binder i det ATP-bindende hulrom av c-Src, med entydig elektrontetthet som ble observert for inhibitor (fig S1) . Det er orientert slik at pyrrolopyrimidinforbindelser ringene peke mot hengsel-regionen, cyklopentanringen peker mot den C-lapp, mens propannitril gruppe peker mot P-sløyfe (figur 1A). Pyrrolopyrimidinforbindelser ringene danne to hydrogenbindinger med hovedkjedeatomene av Met341 (figur 1B), samt en vann-formidlet interaksjon med Src gatekeeper rest Thr338 (figur 1C). I tillegg til de hydrogenbindinger, Ruxolitinib danner også en del av van der Waals kontakter med c-Src (figur S2).
DFG motivet lokalisert i den N-terminale ende av aktiverings løkke, og dens konformasjon spiller en sentral rolle i kinase-aktivitet [32]. DFG-i og DFG-out conformations representerer to ekstreme tilstander av et kontinuum av muligheter [32]. Mellomliggende tilstander er observert i enkelte tilfeller [26]. Tre forskjellige konformasjoner av kinase domener av Src-familie kinaser: en DFG-i aktiv konformasjon, en DFG-mellom inaktive konformasjon, og en DFG-out inaktive konformasjon [32]. I det DFG-i-konformasjon (figur 2A og 2B, pdbs 3LCK og 3DQW), aspartat de sidekjede flater inn i ATP-bindingssetet, og fenylalanin sidekjede flater inn proteinet. I DFG-out konformasjon (Figur 2E, PDB 2OIQ), er ryggraden i DFG motivet snudd, den aspartat sdie kjeden vender bort fra ATP-bindingssetet, mens fenylalanin sidekjeden opptar ATP-bindingssetet. For eksempel, den kinase-domenet av c-Src fatter DFG-out konformasjon ved binding til Imatinib [33]. I DFG-mellom konformasjon (figur 2D, PDB 2SRC) fatter DFG-motivet en konformasjon mellom de ovennevnte to konformasjoner. Vi sammenlignet DFG-motiv konformasjon i Src /Ruxolitinib kompleks med disse tre konformasjoner. Angivelig, på Ruxolitinib bindende, er c-Src kinase domene holdes i DFG-in konformasjon (figur 2C)
(A) aktiv Lek DFG-i konformasjon. (PDB: 3LCK); (B) aktiv c-Src T338I DFG-i konformasjon (PDB: 3DQW); (C) aktiv c-Src DFG-i konformasjon i Src /Ruxolitinib kompleks (dette arbeidet); (D) inaktive c-Src i Src /CDK konformasjon, DFG-mellom (PDB: 2SRC); (E) inaktive c-Src DFG-out konformasjon i Src /Imatinib kompleks (PDB: 2OIQ).
kinase domene av c-Src vedtar ulike konformasjoner ved binding av forskjellige hemmere. I c-Src /Imatinib kompleks, opptar Imatinib ikke bare ATP-bindingssetet, men også strekker seg utover DFG motiv og inntar en ekstra regionen. DFG Motivet er i DFG-out konformasjon (figur 3A). I c-Src /Ruxolitinib kompleks, Ruxolitinib opptar kun ATP-bindingssetet, og c-Src vedtar en DFG-in konformasjon. P-sløyfe beveger seg nærmere den C-lapp, som fører til en strammere ATP-bindingssetet. Dette kan være på grunn av en indusert-fit mekanisme (figur 3B). Basert på disse observasjonene, er Imatinib en type II inhibitor for c-Src mens Ruxolitinib er en type I-inhibitor for c-Src.
(A) Pocket innkvartering av Imatinib i c-Src /Imatinib kompleks (pdb : 2OIQ). C-Src struktur er vist i tegneserie, farget i magenta. Imatinib er vist i sfære. (B) Pocket innkvartering av Ruxolitinib i c-Src /Ruxolitinib kompleks (dette arbeidet). C-Src struktur er vist i tegneserie, farget i gult. Ruxolitinib er vist i sfære.
De fleste kinase hemmere er ATP-konkurransedyktig og tilhører type I hemmere. ATP-bindende lomme er konservert blant medlemmer av kinase-familien. I tillegg til det ATP-bindende lomme, binder type II-inhibitor en mindre konservert ekstra lomme. Type II inhibitor virker ved å indusere en konformasjon endring slik at kinase er ikke lenger i stand til å fungere. Det foreslås at type II inhibitor kan oppnå bedre selektivitet. Likevel, biologisk effekt, spesielt klinisk effekt, vil være den ultimate dommer.
Sammenligning av bindende lommer i Src og JAK
Ruxolitinib er en Janus kinase inhibitor, med rapporterte IC
50-verdier på 2,8 nM for JAK2, 3,3 nM for JAK1, 19 nM for TYK2, og 428 nM for JAK3 [18]. Lck, en Src-familie kinase, inhiberes av Ruxolitinib med en rapportert IC
50 verdi på 3,6 pM [19]. Ved hjelp av kinase analyser, fant vi at Ruxolitinib hemmet c-Src med en IC
50 av 2,92 pM (tabell S1). Derfor er Src kinaser inhiberes ved Ruxolitinib til en mye mindre grad enn JAK-kinaser. Den sekvensidentitet mellom Src og Jak-familie kinaser er ~34% i kinasedomenet (figur 4A Møtte 341 av c-Src, resten danner to hydrogenbindinger med Ruxolitinib, erstattes med leucine i JAK familien (figur 4A)
Den bevarte DFG motivet er uthevet i blå boks.; Gatekeeper resten er uthevet i rød boks; Resten tilsvarer Met341 i c-Src er uthevet i lilla boksen; flere ekstra strekninger av aminosyrer er uthevet i grønn boks
Vi deretter lagt vår struktur med en JAK1 struktur (PDB: 3EYG). [29]. Begge kinase domener dele en lignende ordnede strukturen med en RMSD av 2,92 Å. P-løkke av JAK1 er nærmere den C-lobe, som fører til en strammere lomme, sammenlignet med C-Src (figur 5A). Vi så brukt POCASA [30] for å analysere de ligand-bindende lommer av c-Src (vår struktur) og JAK1 (PDB-kode: 3EYG). JAK1 har en mindre lomme med et volum på 311 Å
3, mens c-Src har en større lomme med en anslått volum på 450 Å
3 (figur 5B 5C).
( A) c-Src kinase domene (dette arbeidet) er overlagret med JAK1 kinase domene (PDB: 3EYG) med Ca atomer av kinase domene som referanse. c-Src er vist gult, mens JAK1 er vist i magenta. (B) Forut c-Src ligand-bindende lommen vises i grå prikker. (C) Forut JAK1 ligand-bindende lommen vises i grå prikker. Ligandbindende lommen er beregnet med POCASA [30]
For bedre å forstå hvordan Ruxolitinib skiller disse kinase familier, dokket vi Ruxolitinib i et tidligere løst JAK1 struktur (PDB: 3EYG). [29]. Forankrings Resultatet viser at Ruxolitinib opptar bare den ATP-bindingssetet, og det DFG motivet holdes i DFG-i aktiv konformasjon (figur 6A), noe som tyder på at Ruxolitinib er også en type I-inhibitor for JAK1. Dette er i overensstemmelse med tidligere funn ved hjelp av konkurransebindingsanalyser [5]. Ruxolitinib er orientert slik at pyrrolopyrimidinforbindelser ringene peke mot hengsel-regionen. I stedet for å danne to hydrogenbindinger med Met341 i c-Src, pyrrolopyrimidinforbindelser ringer danne to hydrogenbindinger med hovedkjede atomer av Glu957 og Leu959 (figur 6B). En stor forskjell mellom Ruxolitinib binding til c-Src og JAK1 ligger på orienteringen av cyklopentanringen. Det peker mot til C-lapp i c-Src /Ruxolitinib komplisert, mens peker mot N-lapp når binding til JAK1 (figur 6B). En annen bemerkelsesverdig forskjell er at propannitril gruppe Ruxolitinib gjør kontakter med JAK1, mens det ikke samhandler med c-Src (Figur S3).
(A) Ruxolitinib var forankret i det ligandbindende lommen JAK1 ( PDB: 3EYG). JAK1 kinase domenet er vist på tegnefilm, og farget i magenta. Ruxilitinib er vist i sfære. (B) Foruthydrogenbindinger mellom Ruxolitinib og JAK1 hengsel region. Basert på docking resultat, pyrrolopyrimidinforbindelser ringer av Ruxolitinib skjema to hydrogenbindinger med JAK1 Glu957 og Leu959. (C) Shape komplementaritet mellom Ruxolitinib og JAK1 ligandbindende lommen. (D) Form komplementaritet mellom Ruxolitinib og c-Src ligand-bindende lomme. Den spådd ligand-bindende lommen vises i grått mesh.
Det er en høy form komplementaritet mellom Ruxolitinib og JAK1 ATP-bindende lommen (figur 6C), som fører til flere kontakter med rester rundt lomme enn den for c-Src (figur S3). I c-Src /Ruxolitinib kompleks, det er en betydelig hulrom som grenser til Ruxolitinib i den ligand-bindende lomme, særlig mellom Ruxolitinib og Helix αC av c-Src (figur 6D). Interaksjoner og høyere form komplementaritet kan være grunnen til at Ruxolitinib er en mer potent inhibitor av JAK-kinaser enn for Src kinaser.
Ruxolitiib er en forholdsvis liten-inhibitor med en molekylvekt på 306,37 g /mol. Tilsetning av ytterligere grupper til Ruxolitinib kan føre til oppdagelse av nye forbindelser som er mer potente inhibitorer av c-Src. For eksempel legge noen kjemiske grupper for å fylle hulrommet mellom Ruxolitinib og Helix αC av c-Src kan forbedre nye forbindelsen affinitet med Src kinaser. Imidlertid, på grunn av økningen i volum ligand, den nye forbindelsen ville sannsynligvis vil være for stor til å fylle den JAK ligand-bindende lomme, derfor kunne være en dårlig inhibitor for JAK-kinaser.
Konklusjoner
i denne artikkelen presenterer vi en krystallstruktur av Ruxolitinib bundet til kinase domene av c-Src. Selv om Ruxolitinib ikke er en potent inhibitor for c-Src, viser krystall-strukturen som c-Src kinase domene er holdt i det DFG-i aktiv konformasjon som er karakteristisk for type I-inhibitor. I tillegg er forankret vi Ruxolitinib inn i den ligand-bindende lomme av en tidligere løst JAK1 struktur. Fra vår docking resultat, Ruxolitinib binder også JAK1 som en type I-inhibitor. Sammenlignet med sin binding til c-Src, har Ruxolitinib flere interaksjoner og en høyere form komplementaritet med JAK1 ligand-bindende lomme, noe som kan være den viktigste grunnen til at Ruxolitinib er en mye mer potent inhibitor mot JAK kinaser enn Src kinaser. I vår strukturell analyse, la vi merke til at det er betydelig hulrom mellom Ruxolitinib og c-Src ligand-bindende lomme, noe som tyder på at endring Ruxolitinib kan føre til utvikling av potente c-Src-hemmere.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Fo-Fc utelate kartet Ruxolitinib i c-Src /Ruxolitinib kompleks. Elektrontettheten er profilert på 2σ og legges oppå med den endelige modellen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106225.s001 plakater (TIFF)
Figur S2.
Skjematisk diagram av ptotein-ligand interaksjoner i c-Src /Ruxolitinib kompleks. Hydrogenbindinger, er angitt med stiplede linjer mellom de involverte atomer, mens hydrofobe kontakter er representert av en bue med eiker. Diagrammet ble generert av LIGPLOT [31] (Supplementary Reference)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106225.s002 plakater (TIFF)
Figur S3.
Skjematisk diagram av ptotein-ligand interaksjoner i JAK1 /Ruxolitinib docking resultat. Hydrogenbindinger, er angitt med stiplede linjer mellom de involverte atomer, mens hydrofobe kontakter er representert av en bue med eiker. Diagrammet ble generert av LIGPLOT [31] (Supplementary Reference)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106225.s003 plakater (TIFF)
Tabell S1.
Kinase analyser viser at Ruxolitinib hemmet c-Src med en IC50 på 2,93 um
doi:. 10,1371 /journal.pone.0106225.s004 plakater (docx)
Takk
Vi takker Xiao Lei, Kaori Noridomi, og Shuxing Li for eksperimentell assistanse og diskusjon. Vi takker Chao Zhang for å gi c-Src ekspresjonsvektor. Vi takker Meng Xia og Stephanie Chu for hjelp med redigering. Vi takker ALS BCSB medarbeidere Corie Ralston og Kevin Royal for å få hjelp med datainnsamling. Vi takker SSRF BL17U ansatte for å få hjelp med datainnsamling. Vi takker International Centre for Kinase Profiling for hjelp med kinase analysen.
