Abstract
Samler bevis har nylig støttet foreningen av bakteriell infeksjon med vekst og utvikling av kreft, spesielt i organer som er stadig utsatt for bakterier som for eksempel lunger, tykktarm, livmorhalskreft etc. Våre
i silico
studere på proteomet av
Chlamydia pneumoniae
antyder en enestående idé om etiologien av lungekreft og har avdekket at infeksjonen av
C
.
pneumoniae
er assosiert med lungekreft utvikling og vekst. Det er rimelig å anta at
C
.
pneumoniae
transporterer sine proteiner i verts intracellulære organeller under infeksjon, hvor de kan arbeide med vertscelle proteom. Den aktuelle studien ble utført for prediksjon av kjernefysiske målretting protein av
C
.
pneumoniae
i vertscellen ved hjelp av bioinformatikk prediktorer inkludert ExPASy pI /Mw verktøy, kjernefysiske lokalisering signal (NLS) mapper, balansert sub cellulær lokalisering prediktor (BaCeILo), og Hum-mPLoc 2.0. Vi spådde 47/1112 atom rettet mot proteiner av
C
.
pneumoniae
forbundet med flere mulige endringer i vertsreplikasjon og transkripsjon under intracellulær infeksjon. Disse kjernefysiske målretting proteiner kan henvise til konkurransedyktige interaksjoner av verten og
C
.
pneumoniae
proteiner med tilgjengeligheten av samme underlag og kan være involvert som etiologiske agenter i vekst og utvikling av lungekreft. Disse nye funnene forventes å få tilgang til bedre forståelse av lungekreft etiologi og identifisere molekylære mål for terapi
Citation. Khan S, Imran A, Khan AA, Abul Kalam M, Alshamsan A (2016) systembiologi tilnærminger for prediksjon av mulige rolle
Chlamydia pneumoniae
Proteiner i etiologien av lungekreft. PLoS ONE 11 (2): e0148530. doi: 10,1371 /journal.pone.0148530
Redaktør: Carl G. Maki, Rush University Medical Center, UNITED STATES
mottatt: 19 november 2015; Godkjent: 20 januar 2016; Publisert: 12 februar 2016
Copyright: © 2016 Khan et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet:. All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering:. Dette prosjektet ble finansiert av Forskningsgrupper grupper~~POS=HEADCOMP Program (Research Group antall RG-1436-027), deanship of Scientific Research, kong Saud universitet, Riyadh, Saudi-Arabia
konkurrerende interesser:.. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Lunger kreft er den vanligste dødsårsaken i verden [1]. I 2013, ifølge CA kreft rapporter, er lungekreft nest mest utbredt kreft i USA som det var anslagsvis 159,480 (118 080 menn og 110,110 kvinner) dødsfall av lungekreft og 228 190 (hann 87,260 og 72,220) nye tilfeller av lungekreft rapportert [ ,,,0],2]. Prosessen med karsinogenese av lungekreft er fortsatt ikke fullstendig forstått. Foruten å røyke, det er andre potensielle genetiske og miljømessige faktorer som eksponering for asbest og radon bestemte metaller, kull røyk, ulike hormoner, og luftforurensning samt genetisk inkompatibilitet og kroniske infeksjoner av bakterier og parasitter har vært koblet til lunge kreft inkludert
C
.
pneumoniae
, [3-6]. Den tvetydige sammenslutning av smittestoffer i etiologien av kreft har fokusert interesse av forskere i de senere år.
rolle
C
.
pneumoniae
som en smittsom kreftfremkallende i lungekreft har vært studert siden mer enn 10 år siden [7, 8]. Epidemiologiske foreninger indikerte at
C
.
pneumoniae
kan assosieres med vekst og utvikling av lungene celler carcinoma [9]. Ulike studier ble deretter utført for å analysere mulige sammenhengen mellom
C
.
pneumoniae
smitte og risiko for lungekreft, men resultatene har ikke vært konsekvent [10]. Det foreslås at
C
.
pneumoniae
virker som en kofaktor med andre årsaker til progresjon og utvikling av lungene caner [7, 8, 11, 12]. Det har blitt observert at titere av
C
.
pneumoniae
antistoff forhøyet hos lungekreftpasienter. Blant heks, pasienter med høye titre av anti-
C
.
pneumoniae
IgA antistoff har ti-tiden fare for adenokarsinomer og små cellekreft i lungene [9]. Denne muligheten er forbedret spesielt i mannlige røyker pasienter med kronisk infeksjon av
C
.
pneumoniae product: [11]. One more funn har vist en viktig forbindelse mellom forhøyet
Chlamydia Hsp-60
seropositive og sjansen for lungekreft, noe som kan tyde etiologisk rolle
C
.
pneumoniae
i vekst og utvikling av lungekreft [3].
C
.
pneumoniae
er en vanlig intracellulær respiratoriske patogener som krever regulering av vertscellen for deres overlevelse og vekst. Følgende mekanismer har blitt foreslått å belyse hvordan kronisk infeksjon av
C
.
pneumoniae
kunne styrke muligheten for lungekreft. En mulig mekanisme er formidlet gjennom generering av reaktive oksygenarter i løpet av inflammasjon, som kan bidra til DNA-skade [7]. Videre inflammasjon resulterer i celleskade og påfølgende reparasjon som kan øke frekvensen av celledeling. Multiplikasjon av celler vil øke risikoen for en mutasjon ved en fast hastighet på DNA-skade, som kan føre til kreft [13]. Samle bevis foreslår at immunologiske hendelser bidrar delvis i kreftfremkallende virkning av
C
.
pneumoniae
. Tidligere
in vitro
studier har faktisk vist at TNF-α, IL-1β, IL8, og superoxide oksygen radikaler utgitt av alveolære makrofager fra friske personer spiller en avgjørende rolle i lungevev og DNA-skade [14].
C
.
pneumoniae
er også effektivt induserer TNF-α, IL-1β, og IL-6 i verts monocyttiske celler som potensielt kan bidra i karsinogenese. I denne artikkelen prøver vi å forutsi atom målrettede proteiner av
C
.
pneumoniae
grunn av deres potensielle rolle i vertsceller regulering og engasjement i progresjon og utvikling av lungekreft.
Resultater
Valg av protein database
Vi valgte TW-183 stamme av
C
.
pneumoniae
da den inneholder flest (1112) av protein i fullstendig proteom- G /11222. Men resten av de fire stammer inkluderer AR39, LPCoLN, CWL029 og J138 har 1109, 1105, 1052 og 1069 proteiner, henholdsvis [15-18].
Prediksjon av kjernefysiske lokalisering signal
den cNLS Mapper spådd plasseringen av protein i cytoplasma, både kjerne og cytoplasma, delvis i kjernen, og lokalisert i kjernen med kutt av verdi 1-2, 3-5, 7-8, og 8-10, henholdsvis. Resultatene ble vist i Utfyllende data (S1 tabell).
Prediksjon av subcellulære lokalisering i eukaryote celleorgan
Resultatene fra BaCeILo vurdering av total protein av
C
.
pneumoniae
oppsummert i tabell 1. Resultatet viste at BaCeILo spådd total cytoplasma (515), mitokondrie (183), kjernekraft (98) og sekretoriske (318) proteiner.
Tippe av subcellulære lokalisering i humane celleorgan
resultatene fra Hum-mPLoc 2.0 viser i tabell 1 og sammenlignet med resultatet av BaCeILo. Resultatet viste at Hum-mPLoc 2,0 spådd total cytoplasma (250), mitokondrie (196), kjernekraft (292) plasmamembran 94, endoplasmatisk retikulum 63, Golgi-apparatet 05, peroksisomer 11, micro 01, lysosome 11, extracell 179, sentrosomen 05 , cytoskjelettet 01 og ukjente (04) proteiner.
synkronisering av BaCeILo spådd proteiner med Hum-mPLoc 2,0 prediktor
synkroniserings~~POS=TRUNC resultatene viste at blant de BaCeILo spådd total cytoplasma (515), mitokondrie ( 183), atom (98) og sekretoriske (318) proteiner, ikke alle følger de samme prediksjon resultatene etter Hum-mPLoc 2.0 (tabell 2). Når disse BaCeILo proteiner ytterligere sammenlignet med Hum-mPLoc 2,0 resultater, ble bare 47 proteiner funnet i samsvar med BaCeILo resultater og viste kjernefysiske lokalisering gjennom
i silico
prediksjon av begge dataverktøy.
disse 47 vertsatom målrettet proteiner vist i tabell 3 og ordnet i henhold til deres grenseverdi NLS. Økning av grenseverdi på monopartite NLS er forbundet med redusert atom målretting, mens den omvendte mønster er observert med todelte NLS-verdier, hvor den høye verdien cutoff forbedrer andelen av protein målretting til kjernen, bortsett fra grenseverdi 8 (Tabell 3). S1 tabell gir detaljer om antatte proteinene målrette til kjernen under
i silico
analyse.
Likevel ble ikke noen nøyaktig relasjon funnet mellom atom rettet mot protein og molekylvekt, men den økte molekylvekt øket konsekvent sin atom målretting bortsett fra ett område av molekylvekt 60-80 kDa, den høyeste molekylvekt proteiner (mer enn 80 kDa). det ble observert mest målrettede proteiner til kjernen til vertscellen (tabell 4)
i tillegg fikk verdien av isoelektrisk punkt (pI) ikke viser noen konstant mønster for mitokondrie målretting (tabell 5).
mønstre av
C
.
pneumoniae
protein targeting i vertscellekjernen med ulike parameter vises i figur 1, mens alle proteiner målretting av
C
.
pneumoniae
i vertsceller komponenter med ulike parametere illustrerer i figur 2. supplerende data gir detaljer om proteiner spådd å målrette kjernen av vertscellen under vår analyse (S1 tabell).
Diskusjoner
epidemiologiske rapporter har grunnlagt flere veldefinerte potensielle faktorer for vekst og utvikling av kreft som arv, alder, bruk av tobakk, kosthold, inflammasjon og kroniske infeksjoner med patogener. Infeksjon er årsaken til omtrent 16% av alle ondartede sykdommer i verden [19]. Et antall bakterier har vist evne til å endre mange veier og molekyler i vertsceller for deres intracellulære overlevelse i verten. Tanken på at en infeksjon av bakterier kan fremme til kreftutvikling ser bort i utgangspunktet. Men studier i begynnelsen av 1990 etablert
C
.
pneumoniae
som et forårsakende middel med forskjellige lungekreft, noe som resulterer i en ny orientering av den vitenskapelige fokus mot mønstre av bakteriell forbindelse med kreft (5, 6).
C
.
pneumoniae
bakterielle stammer effektor molekyler kan endre den indre miljø av vertscellen gjennom produksjon av kronisk betennelse, hemning av tumor suppressor mekanismer, induksjon av immunosuppresjon, og transformasjon av celler ved overføring av onkogener [7, 13, 14 , 20-22]. Proteinene av
C
.
pneumoniae
vil bli eksisterte i vertscellen under kroniske infeksjoner og visse proteiner kan migrere til de mange organeller i vertscellen, slik som kjernen, endoplasmatiske retikulum, Golgi-apparatet, mitokondrier etc. Proteins gå inn i verts kjerner har mange skadevirkninger som kan hemme eller fremme visse viktige biologiske aktiviteter som fører til utvikling av kreft.
subcellulære protein targeting kan bli spådd av ulike verktøy, som fungerer på ulike prinsipper og ulike parametere. Disse parametrene inkludert sammensatte motivene gjennom den kunstige nevrale-feed-forward nettverk, ulike bindende sporene importin α, enkel Hidden Markov modell, identitet /justering søk, lineære motiver og deres rolle i cellesignalisering og regulering, støtte vektor maskin (SVM), og funksjonell domene informasjon sammen med sekvensiell evolusjon informasjon [23-28]. Vi spådd sub cellulære proteiner målgruppe ved hjelp cNLS adresser BaCeILo og Hum-mPLoc 2,0 prediktorer for å oppnå mer nøyaktige og konsistente resultater.
Nuclear lokaliseringssignaler (NLSs) er svært kritisk for å sikre selektiv transport av proteiner inn kjernen [29]. Den cNLS Mapper verktøy lokaliserer riktig atomlokaliseringssignaler (NLSs) spesielt til importin α /β sti ved å forutsi NLS score. Den beregnede NLSs er delt inn i to klasser, monopartite (en grunnleggende klase) og todelte (2 basis cluster) NLSs, i henhold til eksistensen av klyngen av rike basiske aminosyrerester. Videre er resultatet av NLS evaluert med fire klasser av profiler med spesifiserte kuttet av verdier. Høyere verdier av NLS scorer vise flere NLS aktiviteter. Proteiner med cut off-verdi til 8-10 ble forutsagt som lokalisert til kjernen, 8-10 som delvis i kjernen, 3-5 som både i kjernen og cytoplasma, og 1-2 som særlig i cytoplasma. Proteinene av
C
.
pneumoniae
indikerer mellommann avskåret verdi ble inkludert i en bestemt utvalg av avskåret verdi i protein liste som en avskåret verdi 7,5 eller høyere ble rundet opp til 8 mens 7,4 eller lavere ble rundet ned til 7. cNLS mapper ble brukt til å beregne NLS aktivitet i stedet for NLS sekvens fordi NLS sekvenser er ikke strenge nok [26]. Imidlertid må man huske på at NLS profiler av cNLS mapper ble produsert av kjernefysiske import analyser ved hjelp av data fra gjær. Derfor kan prediksjon av NLS for andre arter ikke være så nøyaktig som i gjær selv om importin α /β svei eukaryoter er sterkt konservert. Fersk studie identifisert en ny bakterieprotein SINC som er rettet mot kjernefysisk konvolutt i den infiserte og ikke-infiserte nabovertscelle med potensial til å endre atom konvolutt funksjoner. Disse evnene til
C
.
psittaci
bakterier kan fremme prosessen med destruktiv patogenesen [30].
BaCelLo er en beregnings prediktor brukt i vår studie for subcellulære lokalisering av proteiner i eukaryoter. Dyr, planter og sopp prediktorer ble implementert i BaCelLo; derfor har vi brukt dyr bestemt prediktor. Den er basert på ulike SVMer for prediksjon av atomvåpen, cytoplasma, mitokondrie, sekretorisk og chloroplast rettet mot proteiner [24]. BaCelLo spår subcellulære målretting basert på restsekvens informasjon og evolusjonær informasjon inkludert i justerings profiler innenfor N og C Termini og hele proteinsekvens.
Prediction of subcellulære lokalisering av proteiner i menneske er en mer utfordrende oppgave. En annen subcellulære lokalisering prediksjon verktøyet Hum-mPLoc 2.0 ble brukt til å håndtere atom målretting av protein i menneskelig system. Den Hum-mPLoc 2,0 verktøyet anslår proteiner målretting på grunnlag av domene og sekvensiell utvikling informasjon. Den prediktor beregner 14 subcellulære steder, inkludert kjernen, cytoplasma, mitokondrie, plasma membran, endoplasmatisk retikulum, extracell, Golgi-apparatet, cytoskjelettet, endosom, lysosome, peroksisomer, micro, synapse, og centriole. Selv om komparative resultatene av BaCeILo og Hum-mPLoc 2.0 ble vist liten forskjell i subcellulære lokalisering av
C
.
pneumoniae
proteiner i vertsorganeller, kan det liten forskjell i resultatene av BaCeILo og Hum-mPLoc 2,0 skyldes eksistensen av ulike data i sine respektive datasett som brukes under prediksjon. Derfor kan de små variasjoner i resultatene innhentet fra ulike verktøy være tilsvarende begrunnet.
I denne studien presenterer vi en systematisk beregnings prediksjon av
C
.
pneumoniae
proteiner ved hjelp av en annen fungerende prediktorer: NLS mapper, BaCeILo, og Hum-mPLoc 2.0 som fungerer på ulike datasett. Prediksjon av BaCeILo basert på dyr datasett, mens Hum-mPLoc 2,0 jobbet på menneskelige spesifikke datasett som omfatter 3,681 humane proteiner klassifisert i 14 ulike menneskelige under cellulære steder. Derfor resultatene ble ytterligere innskrenke og gransket etter bruk av menneskelig datasettet bestemt prediktor. Det har blitt rapportert at mange proteiner kan lokalisere i kjernen i fravær av NLS [24, 31]. Videre proteiner mindre enn 40kD kan fritt diffuse til Nucleus [32]. Ifølge våre prediksjoner, liten variasjon i resultatene forventet på grunn av bruk av ulike verktøy. Derfor er disse resultatene av
i silico
prediksjon kreve ytterligere eksperimentell verifikasjon før noen endelig konklusjon. Videre har vi fokusert på de potensielle effektene av disse kjerne rettet mot proteiner i tumorigenesis og utvikling av kreft.
DNA replikasjon og DNA-bindende proteiner
genomisk ustabilitet er en avgjørende faktor i kreft. Ikke desto mindre forblir mekanismene for sin vekst og utvikling ikke fullt ut forstått. Et ofte uttalt forutsetning er at uregelmessigheter i translesion DNA syntese eller utsatt for feil fenotyper i DNA replikasjon delta i genomisk DNA ustabilitet og er fremtredende årsaken til utvikling av kreft. Slike, feilaktige DNA replikering mekanismer har vært innblandet som en etiologisk faktor i mange kreftformer [33-35].
For eksempel DNA polymerase beta protein er involvert i omtrentlig 30% alle menneskelige svulster rapportert hittil på grunn av mutasjoner [33, 34]. Bakterie DNA polymerase III subenhet beta har en homolog av eukaryote prolifererende cell nuclear antigen (PCNA). PCNA er identifisert som en molekylær markør for celleformering i løpet av replikasjonen [36, 37]. I vår studie fant vi kjernefysiske lokalisering av DNA polymerase III subenhet beta protein. PCNA ble karakterisert som en potensiell antigen som er uttrykt i løpet av fasen av DNA-syntese i cellesyklus, og som er involvert i karsinogenese [38]. Derfor, i løpet av infeksjonen, den mulige eksistensen av to homologe proteiner i samme celle med enestående enzymatiske virkning endrer den relative aktivitet av vert protein. Som DNA-polymerase III subenhet beta er en DNA-replikasjon tilkoblet proteiner, uregelmessighet i DNA-replikasjon kan også fungere som en faktor for vekst og utvikling av kreft.
En annen anstand protein dnaJ en homolog av HSP40 er også forutsett som kjernefysiske mål som kan endre aktiviteten til HSP40 og involvert i kreftutvikling [39, 40]. I tillegg er visse DNA-replikasjon og bindende proteiner også forutsett som nukleære målrettet mot proteiner som DNA gyrase-underenhet A, enkelttrådet DNA-bindende protein (SSB), og primosomal protein, som også kan være involvert i utvikling av kreft.
genekspresjon assosiert proteiner
translasjonell regulering er en viktig prosess i progresjon og utvikling av kreft. Den håndterer både generelle uttrykk for proteinsyntesen og den spesifikke oversettelse av selektive mRNA som kan støtte ulike onkogene egenskaper, inkludert celle transformasjon, tumorcelleoverlevelse, invasjon, metastaser, og angiogenese. Atom målretting av disse genuttrykk proteiner innebærer sine potensielle roller i vekst og utvikling av lungekreft. Følgelig er endringen i genekspresjonen forbundet med vekst og utvikling av kreft ved feilregulering av mange kritiske gener. Dysregulering kan lede aktivering av proto-onkogener og undertrykkelse av anti-onkogener [41].
Resultatene fra vår studie viser at DNA-rettet RNA polymerase β og P «subenheter av
C
.
pneumoniae
er målrettet for å være vert for cellekjernen. Dette er konsistent med andre rapporter som viste en forandring i nivået av genekspresjon i mange verter, inkludert mennesker og andre eukaryoter, som en virkning av bakterielle RNA-polymerase. For eksempel kan ulike menneskelige gener transkriberes gjennom involvering bakteriell transkripsjon regulatorer ved hjelp av
E
.
coli
DNA-rettet RNA polymerase II [42, 43]. De anslåtte transkripsjons-assosierte proteiner kan bindes effektivt å være vert for DNA og dermed hindre den bindende affiniteten til verten transkripsjon regulatorer og til slutt deregulere genekspresjon [42]. Selv om det har blitt bekreftet at
C
.
pneumoniae
er assosiert med endring av verts genuttrykk [21], sitt engasjement i progresjon og utvikling av lungekreft hos mennesker krever videre eksperimentell vurdering. Vårt resultat omfatter viktige funn som kan bidra til dette nye feltet.
DNA skade og reparasjon proteiner
Forrige studie viste at
C
.
pneumoniae
har evnen til å indusere DNA-skade via induksjon av reaktive oksygenarter (ROS) [13]. Våre funn har vist atom målretting av DNA-skade proteiner inkludert eksonuklease V subenhet RecB, ribonuklease R, exodeoxyribonuclease VII liten subenhet, og exodeoxyribonuclease VII stor subenhet. Videre er det funnet at DNA-mismatch reparasjon er nødvendig for å øke kvaliteten til replikasjon i de fleste av de organismer som bakterier, gjær og mennesker etc. muts har blitt identifisert som et protein av ABC ATPase-superfamilien, som er involvert i uparet og mispaired baser i dobbelttrådet DNA som initierer mismatch reparasjon. Mutasjon i muts kan være en mulig årsak til vekst og utvikling av kreft [44, 45]. Vi spådde kjernefysiske lokalisering av DNA mismatch repair proteiner muts og MutL under analysen. Endring i mismatch reparasjon proteiner kan assosieres med ulike typer kreft hos mennesker, inkludert lunge.
Konklusjon
Vi har foreslått en ny og integrerende
i silico
tilnærming for å identifisere mistenkelige rolle av
C
.
pneumoniae
proteiner i vekst og utvikling av lungekreft hos mennesker. Resultatene av
i silico
prediksjon avslørte 47 kandidater proteiner. Ut av dette, kan forskjellige proteiner har potensial til å utløse kreftvekst via endring i replikasjon, transkripsjon og DNA-skade reparasjonsmekanismen. Det er bekreftet at ulike proteiner av
C
.
pneumoniae
kan målrette ulike organeller inkludert kjernen og andre deler av vertsceller, som kan være en etiologisk årsak til lungekreft. Våre prediksjonsdata vist mer nøyaktighet av beregnings forutsigelse på grunn av bruk av forskjellig verktøy prediksjon basert på ulike datasett, noe som kan tyde på at atom rettet mot proteiner av
C
.
pneumoniae
kan være potensielle mål for lungekreft ledelse. Derfor kan resultatet av dette
i silico
studien åpner ny vei for lungekreft forskning. Selv om onkogene potensial og betydelig bidrag til denne atom målrettet protein av
C
.
pneumoniae
i vekst og utvikling av kreft ble foreslått av vår kunnskap og beregningsorientert analyse, bekreftende roller og spesifisitet av disse antatte proteinene i kreftutvikling prosessen krever videre eksperimentell validering.
Materialer og metoder
Valg av protein database
C
.
pneumoniae
er en obligat intracellulær gram negative patogen, infiserer mennesker og mistenkelig involvert som en agens for lungekreft [5, 46]. Proteomet av
C
.
pneumoniae
TW-183 ble lastet ned fra Uniprot database. Fem proteom av ulike stammer av
C
.
pneumoniae
var tilgjengelig [15-18]. Proteomet av TW-183 stamme av
C
.
pneumoniae
ble analysert for prediksjon av kjernelokaliseringssignal og menneskecelle subcellulære lokalisering ved hjelp av ulike dataverktøy.
Prediksjon av kjernefysiske lokalisering signal
cNLS mapper verktøy for eukaryote celler ble brukt for prediksjon av kjernefysiske lokalisering signal i TW-183 protein av
C
.
pneumoniae product: [23]. Den komplette sekvens av hvert
C
.
pneumoniae
protein ble brukt for prediksjon av monopartite og todelte NLS sekvens.
Prediksjon av subcellulære lokalisering i eukaryote celleorgan
Den balanserte subcellulære lokalisering prediktor (BaCeILo) ble brukt å forutsi subcellulære lokalisering av TW-183 protein av
C
.
pneumoniae
i eukaryote cellekamre. BaCelLo har basert på tre konkrete prediktorer for eukaryote rikene inkludert dyr, planter og sopp [24]. BaCeILo spår fem klasser av sub cellulær lokalisering inkludert kjernekraft, mitokondrie, cytoplasma, sekretorisk og kloroplast. Vi var ferdig prediksjon med dyr bestemt prediktor bruker proteiner av TW-183 stamme av
C
.
pneumoniae
.
Prediksjon av subcellulære lokalisering i humane celleorganeller
Videre humant protein subcellulære lokalisering Hum-mPLoc 2,0 (Hum-mPLoc 2.0) prediktor ble brukt til å forutsi subcellulære lokalisering av TW-183 av
C
.
pneumoniae
proteiner i cellekjernen og andre celleorganeller i menneskelig [25]. Hum-mPLoc 2,0 forutsi de fjorten klasser av subcellulære lokalisering som inkluderer kjernen, cytoplasma, mitokondrie, endoplasmatisk retikulum, centriole, cytoskjelettet, endosom, extracell, Golgi-apparatet, lysosome, micro, peroksisomer, plasma membran, og synapse.
synkronisering av BaCeILo spådd proteiner med Hum-mPLoc 2,0 prediktor
Videre synkronisering ble utført for forutsigelse av kjernefysisk rettet mot protein i menneskelig hjelp Hum-mPLoc 2.0. Resultatene av BaCelLo ble brukt til å innskrenke sub cellulær lokalisering av
C
.
pneumoniae
proteiner.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. S1 tabell gir detaljer informasjon om antatte proteinene rettet mot kjernen av vertsceller
doi:. 10,1371 /journal.pone.0148530.s001 plakater (DOC)
Takk
Dette prosjektet ble finansiert av Forskningsgrupper grupper~~POS=HEADCOMP Program (Research Group antall RG-1436-027), deanship of Scientific Research, kong Saud universitet, Riyadh, Saudi-Arabia.
