Abstract
De lovende resultatene av anaplastisk lymfom kinase (ALK) hemmere har endret betydningen av ALK fusjoner i flere typer kreft. Disse fusjoner er ikke lenger bare forsknings mål eller diagnostiske markører, men de blir nå direkte knyttet til den terapeutiske fordel for pasientene. Men de fleste tilgjengelige tumorvev i kliniske sammenhenger er formalinfiksert og parafininnebygd (FFPE), og dette vesentlig begrenser detaljerte genetiske studier i mange kliniske tilfeller. Selv om de siste tekniske forbedringer har lov til analyse av noen kjente mutasjoner i FFPE- vev, identifisere ukjente fusjonsgener ved hjelp av bare FFPE- vev er fortsatt vanskelig. Vi utviklet en 5′-rask forsterkning av cDNA ender-basert system optimalisert for FFPE- vev og evaluert dette systemet på en lungekreft vev med
ALK
omorganisering og uten de 2 kjente ALK fusjoner EML4-ALK og KIF5B-ALK . Med dette systemet med hell identifiserte vi en roman ALK fusion, KLC1-ALK. Resultatet ble bekreftet ved revers transkripsjon-polymerasekjedereaksjon, og fluorescens
in situ hybridisering
. Deretter, syntetiserte vi den antatte full-lengde cDNA av
KLC1-ALK
og demonstrerte den trans potensialet av fusjons kinase med analyser ved anvendelse av mus 3T3-celler. Så langt vi kjenner til, er KLC1-ALK den første romanen onkogene fusjon identifiseres ved hjelp av bare FFPE- vev. Dette funnet vil utvide den potensielle verdien av arkiv FFPE- vev og gi ytterligere biologiske og kliniske innsikt i ALK-positive lungekreft
Citation. Togashi Y, Soda M, Sakata S, Sugawara E, Hatano S, Asaka R , et al. (2012) KLC1-ALK: A Novel Fusion i Lung Cancer identifisert ved hjelp av en formalinfiksert parafin-Embedded Tissue Only. PLoS ONE 7 (2): e31323. doi: 10,1371 /journal.pone.0031323
Redaktør: Anthony W.I. Lo, det kinesiske universitetet i Hong Kong, Hong Kong
mottatt: 17 oktober 2011; Godkjent: 05.01.2012; Publisert: 8. februar 2012
