Abstract
Bakgrunn
Etter kreftdiagnose, behandling for pasienten er i stor grad avhengig av tumor opprinnelse, spesielt når en metastatisk svulst blir behandlet. Imidlertid kan tilfeller, for eksempel atypisk metastase, dårlig differensierte tumorer eller til og med et begrenset antall av tumorceller fører til utfordringer med å identifisere opprinnelsen. Videre vil ca. 3% til 5% av de totale faste tumorpasienter ikke å ha sin opprinnelse tumor identifisert i sin levetid. Den Theros CancerTYPE ID® er utformet for å identifisere svulsten opprinnelse med en objektiv, rask og standardisert prosedyre.
Metodikk og hovedfunnene
Dette er en blindet retrospektiv studie for å evaluere resultatene av Theros CancerTYPE ID® i en kinesisk befolkning. I alt ble 184 formalinfiksert parafin-embedded (FFPE) prøver av 23 kreft opprinnelse samlet inn fra vevet bank av Fudan University i Shanghai Cancer Center (FDUSCC). En standard tumorcelle-anrikningsprosessen ble anvendt, og prediksjon resultatene ble sammenlignet med referanse diagnose, som ble bekreftet av to erfarne patologer ved FDUSCC. Alle de 184 prøvene ble vellykket analysert, og ingen kreftprøver ble ekskludert på grunn av prøvekvaliteten. I alt ble 151 prøver gjettet riktig. Avtalen rente var 82,1%. En Pearson Chi-kvadrat test viser at det ikke er noen forskjell mellom denne studien og den forrige evalueringen test utført av bioTheranostics Inc. Ingen statistisk signifikant nedgang ble observert i enten metastase gruppe eller svulster med høye karakterer.
Konklusjoner
En tilsvarende resultat med tidligere arbeid ble oppnådd. Spesielt eksemplarer med en høy sannsynlighet score ( 0,85) har en høy sjanse (avtalen rate = 95%) av å være korrekt spådd. Det ble ikke observert ytelse forskjell mellom primære og metastatiske prøver, og ingen forskjell ble observert mellom tre tumor karakterer. Bruk av laser capture mikro-disseksjon (LCM) gjør Theros CancerTYPE ID® tilgjengelig for nesten alle kreftpasienter med ulike kreft statusene
Citation. Wu F, Huang D, Wang L, Xu Q, Liu F, Ye X, et al. (2012) 92-Gene Molecular Profilering i Identifikasjon av kreft Opprinnelse: En retrospektiv studie i kinesiske befolkningen og resultater innenfor ulike undergruppene. PLoS ONE 7 (6): e39320. doi: 10,1371 /journal.pone.0039320
Redaktør: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan
mottatt: 17 januar 2012; Godkjent: 23 mai 2012; Publisert: 22 juni 2012
Copyright: © 2012 Wu et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering for å rapportere
Konkurrerende interesser:. forfatterne har følgende interesse: FW, QX, FL, XY og XM er de ansatte i bioMérieux selskapet. Theros CancerTYPE ID markedsføres av bioMérieux. Det er ingen patenter eller andre produkter i utvikling for å fortolle. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer, som beskrevet på nettet i veiledningen for forfatterne.
Innledning
Om lag 10% til 15% av kreft pasienter er definert som metastatiske kreftpasienter når de først diagnostisert [1]. Informasjon om svulsten opprinnelse er verdifulle i behandling beslutninger. Den nøyaktig diagnose av det primære området tillater klinikere å bestemme stadium av kreft; kirurgi kan brukes i noen tilfeller, og ytterligere radio- og kjemoterapi eller sete-spesifikk terapi kan også være til fordel for pasientene. En retrospektiv studie med 879 pasienter viste en økning i overlevelse tid hos pasienter hvor det primære stedet ble identifisert [2]. Imidlertid kan utypisk metastaser eller dårlig differensierte svulster utfordringer i å identifisere svulsten opprinnelse.
Økt innsats har blitt gjort for å spore opprinnelsen til en svulst ved hjelp av ulike ferdigheter og teknologier. I noen tilfeller vil en erfaren patolog vet svaret ved å undersøke hematoxylin og eosin-farget (H E) lysbilder. Immunhistokjemi (IHC) er en rutinemessig test i patologi avdeling og vil noen ganger gi nyttig informasjon på proteinnivå.
Men selv med en voksende panel av antistoffer, er det fortsatt ikke mulig å få en overbevisende konklusjon med IHC selvstendig, og denne diagnosen kan være vanskeligere i høyverdig svulster. En meta-analyse av fire studier viste at IHC korrekt identifisert svulsten opprinnelsen til 66% av prøvene [3]. Noen DNA-tester, inkludert tap av heterozygositet (LOH) analyse, mikroanalyse og onkogen mutasjon analyse, kan brukes til å vise klonal opprinnelse malignitet. Med utviklingen av diagnostiske kriterier, verktøy og teknologi har de fleste av de primære kreft lesjoner endelig kunne identifiseres etter en rekke tidkrevende prosedyrer. Imidlertid vil ca 3% til 5% av de totale solid svulst pasienter ikke være i stand til å ha sine svulst opprinnelse nøyaktig diagnostisert før behandlingen starter eller i løpet av livet [4], [5].
Nylig forskjellig molekyl analyser for ekspresjon profilering av mRNA eller miRNA ble utviklet for å identifisere den primære området [6], [7], [8], [9] med mikromatriser eller real-time PCR-teknologi. Flere kritiske mRNA eller mirnas ble profilert i metastatisk området av svulster, og resultatene indikerte mulige primære området. Validerings resultater for disse molekylære analyser ble publisert, og suksessraten var ca 75,6% til 89%.
Theros CancerTYPE ID® er en real-time PCR-basert test som kan brukes til å identifisere opprinnelsen til metastatisk kreft og bestemme den patologiske form av en fast tumor. Totalt 92 gener, inkludert fem referanse og 87 tumor-spesifikke gener, ble påvist i FFPE- prøver fra lysbilder.
1
st versjon av Theros CancerTYPE ID® er designet og testet i 2006 [6 ]. Totalt 578 kreftprøver ble valgt til å utvikle en omfattende database. En mulighet resultatet ble gitt etter prøven som et mål på hvor lignende den testede prøve var 32 tumor opprinnelse og histologiske subtyper i referansedatabasen. Valideringsresultatene viste en 87% suksessrate på klassifisering av 32 krefttyper og innen 119 FFPE-prøver. Ytterligere validering ble demonstrert i identifisering av prøver fra 20 selve koppen pasienter i minst 2 måneder tidligere enn deres latente primære anerkjennelse, og de fleste av disse prøvene var fra dårlig differensierte svulster. Denne studien viste at 15 av de 20 prøvene ble nøyaktig klassifisert og samsvarer med de latente primære områder senere identifisert [10].
Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) ble senere utviklet. Referanse svulst databasen ble utvidet til 2,206 prøver, og den tilhørende algoritme ble endret for å gjøre det mulig for prediksjon av 30 hovedtumortyper og 54 histologiske subtyper. Enda viktigere, en svulst berikelse metode, laser fange mikro disseksjon (LCM), ble anvendt. Denne tilsetning gjør teknologien som gjelder når begrenset tumorceller er tilgjengelige. I et eget testsett med 187 FFPE- tumorprøver som representerer 28 av de 30 viktigste krefttyper, Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) viste en samlet sensitivitet på 83% [11].
I denne studien har vi som mål å evaluere ytelsen til Theros CancerType ID® (versjon 2) i kinesiske befolkningen. Vi gjennomførte en blindet retrospektiv studie hvor 184 FFPE-prøver fra FDUSCC ble valgt, ble real-time PCR utføres i Shanghai, og de genererte rådata ble analysert ved bioTheranostics i San Diego. Forslaget resultater ble generert av bioTheranostics. Analysen ytelse innen flere undergrupper, inkludert ulike teknologier og tumor egenskaper, ble sammenlignet.
Materialer og Metoder
Studiedesign
Dette er en blindet retrospektiv studie for å evaluere ytelsen av Theros CancerTYPE ID® i kinesiske befolkningen. FFPE- prøver av 23 kreft opprinnelse ble valgt ut fra FDUSCC. Klinisk historie og H E lysbilder ble bekreftet av minst 2 erfarne patologer. Tumorceller ble dissekert fra FFPE- lysbilder ved skraping eller LCM. Etter over natten spaltning med proteinase K, ble en standard protokoll anvendt for å isolere og omvendt transkriberer RNA. En 92-genet Taqman real-time PCR panel ble deretter anvendt for hver prøve. PCR-data ble samlet inn og sendt til CLIA lab på bioTheranostics Inc. for analyse. Dataene ble generert ved anvendelse av en tidligere beskrevet fremgangsmåte uten å vite hvilken som helst av de klinisk informasjon, med unntak av kjønn og organ sted hvor vev ble erholdt [6], [11].
I alt 184 prøver av 23 tumorhovedtyper ble valgt for dette studium, og disse prøver er beskrevet i tabell 1. disse prøver ble delt i 2 grupper for analyse i henhold til vanskeligheten med klinisk vurdering og praksis: 139 prøver av 17 tumortyper ble klassifisert i grupper i hvilken primære stedet (n = 102, 73,4%) og metastase hotellet (n = 37, 26,6%) ble identifisert. De resterende 45 prøver av 6 tumortyper, inkludert sarkom, nevroendokrin, mesothelioma, hud, melanom og lymfom kreft, kan oppstå i mange deler av kroppen eller i flere organer; Derfor er det ikke lett å nøyaktig bestemme det primære stedet eller opprinnelsen av tumoren. For eksempel kan lymfom finnes på begge sider av membranen når diagnostisert, og den eksakte opprinnelse kunne ikke fastslås. I tillegg er disse 6 typer svulster er ikke i rapporten fra Theros CancerTYPE ID®. Vi bestemte oss for å sammenligne disse 45 prøvene separat for sine primære og metastatiske svulster. Pasient kliniske egenskaper er vist i tabell 2.
Pasienter og vevsprøver
I alt 184 tumorprøver ble innhentet fra vevet bank av FDUSCC. Tumortyper som ikke var i Theros CancerType ID® diagnoseliste ble ikke inkludert, og FFPE- blokker før 2008 ble heller ikke inkludert i denne studien. Diagnoser ble gjort basert på nødvendig medisinsk historie vurdering, fysisk evaluering, bildebehandling prosedyrer og full patologisk opparbeidelse, inkludert H E farging. Alle saker ble anmeldt og diagnostisert med minst to patologer.
For hver prøve, minimum 300 tumorceller bør innhentes etter disseksjon. Ingen andre spesielle inklusjonskriterier som vekt, tumor representasjon og minimal nekrose rate, var nødvendig på grunn av disseksjon teknologien som brukes.
FFPE lysbilder og tumorceller berikelse
Prøver ble dyppet i parafin med en standard protokoll FFPE og lagres i vevet bredden av FDUSCC. H E lysbilder for hver svulst blokk ble undersøkt for å bekrefte eksistensen av tumorceller. Prøver med en stor svulst område og høy kreftceller innhold uten nekrose er forberedt for manuell disseksjon. Andre prøver med store forstyrrende områder, slik som normale celler, nekrotiske områder, fibrocytt og lymfocytt infiltrasjoner, eller med lav tumor representasjon og multiple diskrete tumorceller i mikroskop ble merket i LCM [12]. FFPE- blokker ble utarbeidet for hver behandling som tre ufargede 10 mikrometer glass (for skrape) eller membran lysbilder (for LCM) og en H E-farget lysbilde. Videre behandling inkludert deparaffinization, sirkle rundt svulsten (bare for skrape) eller flekker (bare for LCM) og proteinase K-fordøyelse over natten.
Til sammen tumorcellene av 127 prøver ble dissekert av LCM, og de resterende 57 prøvene ble skrapt.
RNA utvinning og Pre-forsterkning
Etter proteinase K (Life Technologies, Inc.) behandling over natten (16-20 timer), RNA ekstraksjon ble utført med en Zymo RNA Utvinning Kit (ZYMO forskning) i henhold til anbefalt protokollen. Deretter ble 10 pl av renset RNA behandlet med DNAse (Life Technologies, Inc.) for å eliminere genom DNA-kontaminering i PCR-prosessen. Etter revers transkripsjon av poly-T og tilfeldige heksamerprimere, ble en pre-forsterkning skritt utført med en ABI pre-AMP kit (Life Technologies, Inc.).
TaqMan PCR-analyse
Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) er en Taqman-basert real-time PCR-analyse som oppdager uttrykket nivået av 92 gener og skiller 30 krefttyper. Innenfor disse 92 gener, er 5 referanse gener med stabil ekspresjon på tvers av det brede spekteret av vev som brukes til å skalere og QC. De gjenværende 87 gener ble uttrykt i flere svulster. Omtrent 80% av disse genene har funksjonell annotering, inkludert DNA-bindende transkripsjonsfaktorer, cellemembran proteiner og flere godt karakterisert tumor markører [6].
Analysen ble behandlet med prefabrikkerte ABI 384 plater. Fire prøver ble påført på hver plate 384. For å kontrollere kvaliteten av eksperimenter, en negativ kontroll og en positiv kontroll anvendes sammen med hvert sett av eksperimenter. Den negative kontrollen erstatter den virkelige prøven med H
2o, og den positive kontrollen er en universell menneskelig RNA kjøpt fra Stratagene, ble Inc. Primer parene og MGB TaqMan prober konstruert for å produsere et fragment på mindre enn 80 bps og syntetisert av Sangon Biotech (Shanghai). Alikvoteringsprosessen av pre-amplifiserte prøver ble utført i en 10 ul volum i en prefabrikkert 384 plate. Amplifikasjoner ble utført med en ABI 7900HT RT-PCR-system med følgende betingelser: 50 ° C i 2 minutter, 95 ° C i 10 minutter, og 45 sykluser med 95 ° C i 15 sekunder og 60 ° C i 1 minutt. Rådata ble generert med standardinnstillingene.
Data Analysis
Rådata ble identifisert med biopsi nettstedet og kjønn og sendt til bioTheranostics, Inc. uten noen annen klinisk informasjon. Med KNN (K nærmeste nabo) algoritme, ble ekspresjonsprofiler av prøvene sammenlignet med en forhåndsetablert database. En standard rapporten ble generert for hver prøve og sendt tilbake. Rapporten inkluderte en forutsigelse resultat med en sannsynlighet resultatet indikerer likheten av de testede prøvene i de profilering dataene i databasen. Standard-rapporter og klinisk diagnose ble sammenlignet for å beregne avtalen hastighet. Statistikk mellom flere undergrupper, slik som høy og lav RNA kvalitet, LCM og skraping, primære stedet og metastase området, godt og dårlig differensiering, ble også beskrevet for å demonstrere ytelsen til Thero CancerType ID®. Ytelsen til Thero CancerType ID® versjon 1 og versjon 2 ble også sammenlignet og beskrevet.
Resultater
analyseytelse
De 184 prøvene var sammensatt av 23 krefttyper innenfor Theros CancerTYPE ID® arbeidsliste. Vi beregnet frekvensen av enighet mellom referanse diagnose og resultater Theros CancerTYPE ID® prediksjon (Tabell 3). En avtale sats på 82,1% (151/184) ble oppnådd for alle prøvene. Videre prøvene fra binyrene, bryst, bakterie celle, GIST, intestinal, lever, lymfom, prostata og skjoldbruskkjertelkreft var 100% riktig klassifisert. Prøvene fra nevroendokrine, nyre, lunge, hud, galleblæren, melanom og kreft i urinblæren viste en avtale hastighet høyere enn 80%. For hver type kreft, vi beregnet sensitivitet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi (PPV) og negativ prediktiv verdi (NPV) med følgende formler:
Følsomhet: evnen til å forutse sanne positive = sant positive /total observerte positive
spesifisitet:.. evnen til å forutsi sanne negativer = true negativer /totale observerte negative
PPV: brøkdel av sanne positive blant de prediktive positive = sanne positive /totalt antall av forventet positive
NPV:.. brøkdel av sanne negative blant prediktive negativer = true negativer /totalt antall predikerte negativer
Gjennomsnittlig Reference Gene Ct (ARG Ct) Verdi og Probability Score
I denne studien ble RNA hentet fra FFPE glir enten ved skraping eller LCM. Disse fremgangsmåter resulterer vanligvis i ugunstig RNA kvantitet og integritet. På grunn av knapphet på disse prøvene, kan vi ikke kontrollere RNA kvalitet etter at den ble hentet. Etter real-time PCR blir utført, blir gjennomsnittsverdien av Ct 5 referanse gener brukes som en indikasjon på RNA kvalitet. Lav RNA mengde eller integritet vil føre til en høyere Ct, noe som indikerer en ikke-optimal tilstand av RNA materialer.
Disse 184 testede prøvene har et bredt spekter av gjennomsnittlige referanse gen Ct-verdiene, 21,7 til 36,3 (figur 1). Den Kolmogorov-Smirnov test viste at disse ARG Ct-verdier ble normalfordelt (
P
= 0,2). Gjennomsnittlig og median var 27.34 og 27.36 henholdsvis. I alt 29 prøver viste ARG Ct-verdier i området på 21,7 til 25, og 26 av dem var fullstendig forutsagt (89,7%). For området fra 25 til 30, 107 til 132 (81,1%) ble prøver på riktig måte forutses. For prøvene som har en høyere ARG Ct ( 30), ble 18 av 23 prøver (78,3%) på riktig måte forutses. En Pearson Chi-kvadrat test viste ingen signifikant forskjell mellom disse 3 gruppene (
P
= 0,484).
Et histogram over antall prøver versus gjennomsnittlig referanse gener Ct verdien viser en normalfordeling. Det er muligens på grunn av beskaffenheten av prøven kvalitet (både kvantitet og integritet) fra LCM. Også denne normalfordeling støtter synspunktet at ARG Ct verdien er en god indikator for prøvekvalitet.
Sannsynligheten score er en indikator for klassifisering sikkerhet. I vår test, poengsummen varierte 0,28 til 0,96 (figur 2). I alt 121 av 184 prøver (65,8%) viste en sannsynlighet scorer høyere enn 0,85, hvorav bare kreft opprinnelsen til 6 prøver ble feilklassifisert. Avtalen rente var 95% (115/121). De resterende 63 prøvene hadde en sannsynlighet scorer mindre enn 0,85, hvorav 27 prøver ble feilklassifisert. Avtalen hastighet er mye lavere (57,1%, 36/63).
Et histogram over antall sampler versus sannsynlighet resultatet viser et sterkt forspent fordeling. De fleste av prøvene som ble testet har en sannsynlighet scorer høyere enn 0,85 og fikk en veldig stor grad av enighet rate (95%).
Sannsynligheten poengsum for alle prøvene har en sammenheng nær 0 (-0,003 ) med ARG Ct verdi. En t-test viste ingen forskjell i ARG Ct verdi mellom riktig klassifisert og feilklassifisert gruppe (
P
= 0,953). Imidlertid viser sannsynligheten poengsum en betydelig forskjell mellom riktig og feil grupper (
P
= 1.794E-7).
Ytelse Sammenligning av primære og metastaser Side
Som tidligere beskrevet, med unntak av seks krefttyper (hud, sarkom, melanom, mesothelioma, nevroendokrine og lymfom), ble 139 prøver representert med 17 krefttyper. Av disse 102 (73,4%) var den primære tumor, og 37 var metastaser (26,6%). Klassifiseringen nøyaktighet for det primære stedet og metastase stedet var 86,3% (n = 102) og 73,0% (n = 37), henholdsvis.
For metastase gruppe, vi evaluert biopsi nettstedet og prediksjon resultat. To prøver delte samme tumortype etikett. Begge prøvene var gastro esophageal svulster spredning til eggstokken og ble spådd som eggstokkreft. I tillegg ble tumorceller for begge prøvene ble isolert ved LCM. Denne feilklassifisering kan muligens være forårsaket av tekniske feil i LCM. Etter å ha fjernet disse 2 prøvene, avtalen rate av metastaser gruppen var 77,1%.
I klinisk praksis, mange ukjente primære kreft ble først identifisert i lymfeknuter. I de fleste av disse tilfellene var det begrenset tumorceller og høy forurensing fra lymfocytter. I vårt datasett, ble 19 vevsprøver hentet fra lymfeknuter. Den samlede nøyaktigheten var 68,4% (n = 19).
Ifølge Fishers eksakte test, resultatene for primære stedet, metastaser stedet og lymfeknutemetastaseprøver var ikke signifikant forskjellig (86,3%, 73,0% og 68,4% ;
P
= 0,060)
En enveis ANOVA test i gjennomsnitt referanse genet Ct verdier og sannsynlighet score viste ingen signifikant forskjell mellom primær område, metastaser og lymfeknutemetastase grupper (ARG Ct.
P
= 0,726;. sannsynlighet poengsum
P
= 0,996)
Ytelse Sammenligning av LCM og Skraping
i alt 127 av 184 eksemplarer ble dissekert ved LCM for å berike tumorcellene i seksjonene, og de resterende 57 prøver ble skrapet. Avtalen satsen er 91,2% (52/57) for skraping gruppen og 78,0% (99/127) for LCM-gruppen, og denne nedgangen i LCM gruppen er statistisk signifikant (
P
= 0,03).
i tillegg er den ARG Ct verdien av LCM gruppen redusert betraktelig ved 2,48 (t-test
P
= 3.75E-11) i forhold til skrapende gruppe (gjennomsnittlig forskjell). Generelt er de LCM prøvene har en lavere sannsynlighet 0,05 score enn skrape prøver, og denne forskjellen er også statistisk signifikant (t-test
P
= 0,045).
Tumor Grad og analyseytelse
i løpet av de 184 prøvene, 90 har svulst grade informasjon (48,9%, 90/184) i sine patologiske rapporter. I alt 12 ble godt differensiert (lav karakter eller klasse I), 28 ble moderat differensiert (middels grad eller klasse II) og 50 var dårlig differensiert eller udifferensiert (høy grad eller grad III).
Avtalen hastighet er 83,3% (10/12) i klasse i-gruppen, 75% (21/28) av klasse II og 76% (38/50) av klasse III (tabell 4). Men ytelsen forskjellene er ikke statistisk signifikant (Fishers eksakte test
P
= 0,884). ANOVA-testen viste også at både sannsynligheten poengsum og ARG Ct verdien var ikke signifikant forskjellig mellom de tre gruppene (
P
= 0,298 for ARG Ct;
P
= 0,096 for sannsynlighet score) .
Ytelse sammenlignet med tidligere Study
i en tidligere studie av Ma et al., den Theros CancerTYPE ID® assay (versjon 1) ble evaluert ved å teste 119 FFPE- tumorprøver. Den samlede nøyaktigheten var 82% innen 32 tumortyper fra 26 kreft opprinnelse.
I forhold til Thero CancerType ID® (Versjon 1), Thero CancerType ID® (versjon 2) ble utviklet senere. Referanse svulst databasen ble utvidet til 2,206 prøver, og den tilhørende algoritme ble justert for å muliggjøre prediksjon av en modifisert liste over 30 hovedtumortyper og 54 histologiske subtyper. I testsettet av 187 FFPE-tumorprøver som representerer 28 av de 30 hovedkrefttyper, den Thero CancerType ID® (versjon 2) viste en sensitivitet på 83% i tidligere validering i en amerikansk befolkning [11].
for å kunne sammenligne resultatene av forrige test sett Ma et al., med våre data generert av Theros CancerTYPE ID® assay (versjon 2), tidligere krefttyper av CancerType ID (versjon 1) ble justert for å oppnå en tilsvarende svulst typelisten. Noen tumor subtyper fra samme opphav, for eksempel lunge-småcellet karsinom, lunge skvamøs, lunge stor-celle og adenokarsinom, ble kombinert sammen. Mens noen andre tumortyper som ikke hadde blitt testet, slik som hjernetumor og meningioma, ble fjernet. Til slutt fikk vi en liste over 18 vanlige hovedtumortyper testet for begge studiene. Også analyse ytelsen har blitt sammenlignet som vist i tabell 5.
For å sammenligne den generelle ytelsen til Thero CancerType ID® (versjon 2) utført i amerikanske befolkningen med vår studie i kinesiske befolkningen, 5 viktigste krefttyper som ikke ble testet i denne studien ble fjernet for å få en tilsvarende 23 krefttyper i 171 prøver.
den samlede avtalen satsen er 84,8% (89/105) for den første testen sett Thero CancerType ID ® (versjon 1) og 84,6% (121/143) i vår studie. En Pearson Chi-kvadrat test viser ingen signifikant forskjell (
P
= 0,975). (Tabell 5).
Sammenligningen mellom testsettet av 187 prøver og denne studien viste en avtale rate på 83,6% (143/171) versus 82,1% (151/184). Ingen signifikant forskjell ble funnet (
P
= 0,697). (Tabell 6).
Diskusjoner
For å finne opprinnelsen til en svulst, klinikere bør gjennomgå den medisinske historie, utføre forsiktig fysisk undersøkelse, utføre ulike typer endoscopies og bruke flere bilde enheter, for eksempel mammografi, CT, MR eller PET. IHC er også en aktuell standard vare i svulst diagnose. Men selv med en voksende panel av antistoffer, er suksessraten for svulst opprinnelse besluttsomhet ikke helt tilfredsstillende. En meta-analyse viste at en omfattende IHC workup korrekt identifisert den primære stedet for 66% av alle metastatisk prøver [3]. Genekspresjon profilering har vært brukt for tumor klassifisering i mange studier [6] – [9], [13]. Men i klinisk praksis, vil leger møter alle typer tumorprøver fra lymfeknutemetastase til primær kreft, fra tynn nål biopsi til kirurgi reseksjon, fra godt differensiert til dårlig differensierte svulster og med en rekke RNA kvantitet og integritet. En molekylær profilering assay som kan brukes på alle typer av prøver er nødvendig. Dessuten, på grunn av kompleksiteten og kvantitativ arten av slik teknologi, bør anvendes en standard prøve inkludering trinn og prøvebehandlingsprosess for å oppnå en sammenlignbar og reproduserbar ytelse resultat.
I denne studien, vi har evaluert utførelsen av den Theros CancerTYPE ID®, en real-time PCR-baserte 92-gen mRNA expression profilering panel, med 184 FFPE- vevsprøver fra kinesiske pasienter. Denne studien er utført blindt og uavhengig i en utenfor lab, bioTheranostics Inc., bruker lagrede prøvene i vevet bank av FDUSCC. Denne studien viste at CTID analysen kan utføres nøye utenfor CLIA lab i USA med ulike prøver tatt fra kinesiske befolkningen og viser sammenlignbare resultater. I tillegg prøvde også vi å utforske effekten av flere eksempler på undergrupper.
Publisert genekspresjon baserte CUP analyser ofte har noen sample inklusjonskriteriene på tumor representasjon, minimum nekrose og total RNA kvalitet. . For eksempel, i et verk av Rosenfeld et al, de fleste prøver inkludert ( 90%) hadde minst 50% tumor i tverrsnittsarealet, og 5 ug av total-RNA som var nødvendig [9]. . I arbeidet med Monzon et al, ble en visuell undersøkelse av patologer nødvendig, og minst 60% tumor fremstilling og mindre enn 20% nekrose ble inkludert [7], [8]. I forrige evalueringen av Theros CancerTYPE ID® av Ma et al., Gjennomsnittlig svulst innholdet i alle prøvene var ca 65% [6].
Med anvendelse av LCM, Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) er i stand til å behandle prøver med disseminerte tumorceller, slik som lymfeknutemetastase. I våre data, selv om en ytelse nedgang er observert i LCM-gruppen, det viste fortsatt en 78% enighet rate.
Men det er tekniske problemer ved bruk av LCM. På grunn av de sterkt spredte tumorceller og lav tumor representasjon i enkelte prøver, den lave mengden av RNA, forurensning med omliggende celler, slik som fibrocytt, lymfocytter eller nekrotiske områder, og RNA-degradering under beising og disseksjon, kan QRT-PCR-resultater endres .
i våre data, lav integritet og mengde RNA påvirket ikke klassifiseringsresultatene. Vi har observert en reduksjon i følsomheten med en økning i ARG Ct verdi, men denne forskjellen var ikke statistisk signifikant. I tillegg ble det ingen forskjeller i ARG Ct funnet mellom riktig klassifisert og feilklassifisert gruppe.
Forurensning ble også funnet i minst 2 prøver. Begge disse prøvene er gastro esophageal kreftmetastaser til eggstokken. Prøvene ble tatt fra den metastaserende området, og begge ble forutsagt som kreft i eggstokkene. Vurderer disse tekniske problemer, synes en nedgang i klassifiseringen ytelse fra 91% i skrapt prøvene til 78% i LCM prøver uunngåelig.
I klinisk praksis, metastaser ofte øke etterspørselen etter primærtumor opprinnelse skal identifiseres raskt og nøyaktig. Men mange tidligere studier hadde allerede beskrevet forandring i morfologien, IHC og mRNA-profil. Denne endringen vil resultere i en reduksjon i klassifiserings nøyaktighet ved patologer eller molekyl tester på grunnlag av genekspresjonsprofiler. I vår data, primære svulster viste den høyeste følsomhet, med en avtale rate på 86,3%. Alle de 37 metastatiske svulster viste en 73% enighet rate. For noen pasienter, er den eneste metastase området identifisert lymfeknute. Vi har også beregnet avtalen frekvensen av de 19 lymfeknute metastaseprøver og fikk 68,4% sensitivitet. Imidlertid er denne nedgangen ikke signifikant (
P
= 0,06).
metastase gruppen hadde flere LCM prøver. Det er vanskelig å avgjøre om ytelsen Nedgangen er i hovedsak forårsaket av metastaserelaterte uttrykk profilendringer eller forurensning under LCM. I tillegg er den begrensede prøvestørrelsen innenfor den metastase gruppe bestående resultatet mindre overbevisende.
Tumor karakter kan også endre morfologien og uttrykket profil. Dårlig differensierte svulster er noen ganger vanskelig å identifisere og vil føre til feildiagnostisering. Men i våre data, de 50 klasse III tumorprøver hadde en 76% enighet rate, og ytelse forskjeller mellom de tre karakterene var ikke statistisk signifikant (p = 0,884).
Tidligere to valideringer hadde blitt utført ved hjelp av prøver som svulsten opprinnelse var allerede identifisert i amerikanske befolkningen. Vår studie viste den generelle ytelsen til Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) i kinesiske befolkningen er sammenlignbare med tidligere test av Theros CancerTYPE ID® (Versjon 1) [6] og misliker test av Theros CancerTYPE ID® (versjon 2) i amerikanske befolkningen [11]. Imidlertid er ytelsen for noen typer kreft, så som endometrial og eggstokk-kreft, var redusert i den kinesiske befolkningen. Svulster som lungekreft og tarm kreft viste en økning i ytelse i disse valideringstester. Men på grunn av de begrensede prøver av hver tumortype og histologi type, er det vanskelig å bekrefte hvorvidt denne ytelse forskjell var forårsaket av et ekspresjonsprofilen forskjell mellom forskjellige populasjoner eller histologisk typen testet.
Selv om et totalt 184 prøver ble inkludert i studien, for visse typer svulst med små prøver, har analysen vært i stand til å oppnå tilstrekkelig statistisk styrke. Slik som adrenal kreft, ble bare to prøvene testet. Tilleggs studie med forstørret sample size for visse typer svulst i gjerning nødvendig i fremtiden.
Konklusjon
Vi har evaluert resultatene av Theros CancerTYPE ID® i 184 kinesiske vevsprøver av 23 typer. Assayet ble utført blindt og uavhengig av hverandre.
