Abstract
Kromosomavvik gi klinisk nytte i diagnostikk og behandling av hematologisk kreftsykdom, og kan være forutsigbare for malign transformasjon hos personer uten tilsynelatende klinisk presentasjon av hematologisk kreft. I et forsøk på å bekrefte tidligere rapporter om en assosiasjon mellom klonal mosaicism og hendelsen hematologisk kreft, søkte vi anomDetectBAF algoritme for å ringe kromosomavvik i genotype data fra tidligere gjennomførte Genome Wide Association Studies (GWAS). Genotypene ble opprinnelig hentet fra DNA avledet fra perifert blod fra 12,176 deltakere i konsernet Helse elektronisk pasientjournal og Genomics studie (dukke) og kvinner Health Initiative (WHI). Vi oppdaget klonal mosaicism i 169 individer (1,4%) og store klonale mosaikk hendelser ( 2 MB) i 117 (1,0%) personer. Selv om bare 9,5% av klonal mosaikk bærere hadde en hendelse diagnose av hematologisk kreft (myelomatose, myelodysplastisk syndrom, lymfom eller leukemi), bærere hadde en 5,5 ganger økt risiko (95% CI: 03.03 til 09.03, p-verdi = 7,5 × 10
-11) for å utvikle disse kreftformer senere. Bærere av store mosaikk anomalier viste særlig uttalt risiko for senere leukemi (HR = 19,2, 95% KI: 8,9 til 41,6, p-verdi = 7,3 × 10
-14). Dermed uavhengig bekrefter vi sammenhengen mellom påvisbare klonal mosaicism og hematologisk kreft funnet tidligere i to nye publikasjoner
Citation. Schick UM, McDavid A, Crane PK, Weston N, Ehrlich K, Newton KM, et al. (2013) Bekreftelse av Rapportert Association of Klonal kromosom Mosaikk med en økt risiko for Incident Hematologiske kreft. PLoS ONE 8 (3): e59823. doi: 10,1371 /journal.pone.0059823
Redaktør: Jose Angel Martinez Climent, Universitetet i Navarra, Senter for anvendt medisinsk forskning, Spania
mottatt: 23. mars 2012; Godkjent: 21 februar 2013; Publisert: 22 mars 2013
Copyright: © 2013 Schick et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Den innledende ADPR ble finansiert av U01AG06781 og den første ACT studien er også finansiert av U01AG06781. Den dukker Studien ble finansiert av National Institutes of Health (NIH) award HG004610, AG06781 (Group Health Cooperative). Genotyping av dukke prøvene ble finansiert av tilskuddet U01HG004438. WHI Programmet er finansiert av National Heart, Lung, and Blood Institute, NIH, US Department of Health and Human Services gjennom kontrakter N01WH22110, 24152, 32100-2, 32105-6, 32108-9, 32111-13, 32115, 32118 -32119, 32122, 42107-26, 42129-32, og 44221. forfatterne takker WHI etterforskere og ansatte for deres engasjement, og deltagerne for å gjøre programmet mulig. En fullstendig liste over WHI etterforskere finner du på: https://www.whiscience.org/publications/WHI_investigators_shortlist.pdf. WHI Gecco kolorektal kreft Studien ble finansiert av U01CKA137088 og R01CKA059045. Forfatterne ønsker å erkjenne støtte fra GARNET Collaborative Research Group. Finansiering støtte for WHI-GARNET ble gitt gjennom NHGRI Genomics og randomiserte studier Network (GARNET) (Grant Number U01 HG005152). Bistand med fenotype harmonisering og genotype renhold, samt med generell studiekompetanse koordinering, ble gitt av GARNET Coordinating Senter (U01 HG005157). Finansiering støtte for genotyping, som ble utført ved Broad Institute of MIT og Harvard, ble levert av NIH gener, miljø og Health Initiative [GEI] (U01 HG004424). Ytterligere støtte for forfatterens UMS ble gitt av stipend R25CA094880 fra National Cancer Institute. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
kromosomalt mosaicism er tilstedeværelsen av forskjeller i kromosomalt innhold av celler innenfor samme individ, avledet fra en enkelt zygote [1]. Tidspunktet for mutasjons hendelsen i utvikling påvirker både omfang og typer mosaikk celler (somatiske og /eller Germinal) [2]. En tidlig postzygotic mutasjon kan resultere i kromosomalt mosaicism i somatiske celler, germinalceller, eller av og til begge celletyper [2], mens hendelser som oppstår senere i livet har en tendens til å være begrenset til en spesiell celle avstamning [3]. Kromosom mosaicism bidrar til inter-individuell mangfold og er en etablert årsak til hypo- av huden [4], spontane aborter [5] – [7], fødselsdefekter [8], kognitive mangler og hjernens utvikling [9], [10] og ulike kreftformer [11] – [13] inkludert hematologiske kreftformer [3], [14], [15]
Hematologiske kreft er en heterogen gruppe av neoplastiske tilstander som påvirker blodet eller bloddannende vev.. Observasjonsdata antyder at omtrent halvparten av pasienter med hematologiske kreftformer havnen klonale kromosomfeil [15], som ofte faller på karakteristiske steder i hele genomet [3], [15] – [18]. Spesielt, kromosom Aneuploidy slik 20q-, 13q-, 11q-, 17p-, 12+ og 8+ er ofte observert i berørte personer [3], [15]. Klinisk, er identifisering av kromosomavvik viktig i hematologisk onkologi for diagnose, prognose, behandling og oppfølging [19], [20].
To nyere populasjonsbaserte studier har identifisert en sammenheng mellom klonal kromosom mosaicism ( duplikasjoner, slettinger og kopiere nøytral tap av heterozygositet) påvist i genom-wide SNP array-data og hendelsen hematologiske kreftformer [3], [15]. Ansette anomali påvisningsmetoden beskrevet tidligere av Laurie et al. [3], utførte vi en uavhengig gransking som søker å kvantifisere sammenhengen mellom påvisbare kromosom mosaicism og hematologiske kreftformer i prøver genotypet gjennom elektronisk pasientjournal og Genomics (dukke) nettverk og kvinner Health Initiative (WHI). Påvisbare mosaicism identifisert under denne metoden krever en relativt høy andel av celler med samme unormal karyotype (anslått til 5-10% unormale celler [3]), så vi understreke i teksten at vår studie er begrenset til bare mosaicism vi er i stand til å detektere. Dette arbeidet finner sammenheng mellom påvisbare klonal mosaicism og hendelsen hematologisk kreft, i samsvar med tidligere studier.
Resultater
Vår studie befolkning på 12,176 individer av hovedsakelig europeisk avstamning hadde tidligere blitt genotypet ved WHI og det dukke opp nettverk for bruk i kasus-kontrollstudier av demens, hoftebrudd, kolorektal kreft, og metabolske og kardiovaskulære utfall (tabell 1). DNA-prøver ble ekstrahert fra blodprøver tatt ved eller nær til baseline for den primære studier og ble genotypet på en Illumina plattform. Deltaker alder ved baseline varierte fra 50-89 år, med en gjennomsnittsalder på tvers av studier av 69 år (Tabell 1, Figur S1). Kvalifiserte deltakere for å ha høy kvalitet genotype samtaler og være fri for hematologisk kreft ved baseline blant andre kriterier, se metoder. Flertallet av pasientene (60%) hadde over et tiår med oppfølging, med alle kvalifiserte deltakere som har minst ett års oppfølging.
Autosomal klonal kromosom mosaicism ble påvist hos 1,4% ( n = 169) av de 12,176 personer genotypede gjennom dukke opp og WHI-studier. Mosaikk var hyppigere blant 229 personer med en kvalifiserende hendelse hematologisk kreft (definisjonen i tabell S1 i File S1), med 7,0% av tilfellene huse en påviselig mosaikk anomali. Frekvens av mosaikk uregelmessigheter ble observert å øke med alderen på prøvetaking, fra 0,9% for personer under 60 år ved studiestart til 2,7% for personer over en alder av 79 (figur S2). Det kan også være forslag til en sammenheng mellom alder av samlingen og anomali lengde (figur S3).
De fleste oppdaget mosaikk hendelsene var stor (median size = 9,4 megabases, MB). Av de mosaikk anomalier oppdaget i forsøkspersonene, 8,0% av anomalier var gevinster, 41,5% tap, og 50,5% kopi nøytral tap av heterozygositet (CN LOH) (tabell 2). Median lengder av avvik var 1,8 Mb for mosaikk tap, 30,3 Mb for nøytrale hendelser og 37,8 Mb for mosaikk gevinster. Oppsummering kjennetegn ved den beregnede kopien endring (gevinst, tap, CN LOH), kromosomal type (acrocentric, metasenter), kromosomal plassering og fordeling av mosaikk til ikke-mosaikk uregelmessigheter er plottet i figur 1 A, B, C, D, henholdsvis.
A) BAF og LRR beregninger for mosaikk anomalier av anslått kopi endring fra disomic tilstand (rød = tap, mørk blå = gevinst, oransje = kopiere nøytral tap av heterozygositet. B) BAF og LRR beregninger for mosaikk anomalier etter sted (mørk blå = interstitiell, turkis = p terminal, rosa = q terminal eller rød = hele kromosom). C) BAF og LRR beregninger for mosaikk anomalier etter type kromosom (grønn sirkel = acrocentric, lilla kryss = Metasenter). D) BAF og LRR beregninger for mosaikk (rød) og ikke-mosaikk (svart) anomalier.
Hele kromosommosaikkuregelmessigheter ble oppdaget på kromosomer 8 (1 CN LOH, to gain), 12 (2 gain), 13 (1 CN LOH), 14 (1 CN LOH), 15 (3 gain), 17 (1 CN LOH), 19 (en forsterkning) og 22 (1 CN LOH). Hele kromosom mosaikk anomalier representerte bare 6,5% av oppdaget uregelmessigheter, mens de fleste oppdaget mosaikk avvik var enten interstitiell (60,0%) eller terminal (33,5%). Alle mosaikk begivenheter vises grafisk ved kromosom i figur 2 og ytterligere informasjon om oppdagede mosaikk anomalier er gitt i tabell S2 S3 i File S1.
Den røde boksen rundt ideogram representerer regionen av interesse for tomten ligger nedenfor. Kromosom 21 er utelatt på grunn av fravær av detekterte mosaikkuregelmessigheter på kromosomet. (Merk: tomter ikke er tegnet i målestokk)
recurrently slettet regioner inkludert 2p, 4Q, 13q, VED BETJENING 17Q og 20Q, som ofte overlappet med gener som tidligere har vært forbundet med hematologisk kreft (figur 2. ). På 2p det er en minimal slettet region av 751 kilobaser (Kb) som blir observert i 4 individer. Denne regionen lapper med de fleste av de
DNMT3A,
et gen som vanligvis mutert i T-celle lymfom og myeloid leukemi [21]. Tap av 148 Kb på 4Q, som inneholder
TET2
genet, ble observert i 6 individer. Tap av funksjon mutasjoner av
TET2
genet er recurrently observert i myelodysplasi, myeloproliferative sykdommer og akutt myelogen leukemi [22]. Av de 6 personer med kopi tap i
TET2
genet region, to av disse personene hadde en hendelse hematologisk kreftsykdom (1 myelodysplastisk syndrom en myelomatose). Sletting av 13q ble observert hos 7 personer med en minimal slettet regionen 714 Kb som inneholder
DLEU7
genet, som er tenkt å spille en rolle som en tumor suppressor i kronisk lymfatisk leukemi [23]. Mosaikk sletting av
DLEU7
ble observert 2 leukemi tilfeller, en non-Hodgkin lymfom saken og 4 personer uten hematologisk kreft. Mosaikk slettinger av 1 MB VED BETJENING 17Q ble observert i fem hematologiske kreftfrie individer. Den recurrently slettede området på VED BETJENING 17Q overlapper med
NF1
, som er korrelert med økt risiko for pediatrisk leukemi [24]. Til slutt ble det gjentatte ganger slettet regionen 129 Kb på 20Q observert hos 8 individer. Ingen kandidat gener som er involvert i hematologisk malignitet ble plassert i minimal slettet regionen 20Q.
I alt 229 tilfeller av hendelsen hematologisk kreft ble observert i 12,176 deltakere som ikke har spilt hematologisk kreft før innmelding eller innen 1 års registrering. Av de 229 tilfellene var det 51 leukemi, 6 Hodgkin lymfom, 120 non-Hodgkin lymfom, 46 multippelt myelom, og 6 myelodysplastisk syndrom tilfeller. Hematologisk kreft tilfeller hadde lignende egenskaper til enkeltpersoner uten påvist hematologisk kreft, men tilfeller tendens til å være eldre ved studiestart baseline og tendens til å ha kortere studie oppfølging (tabell 3). Ved hjelp av Cox proporsjonal hazard modeller, vurdert vi risikoen for hendelsen hematologisk kreft forbundet med transport av en mosaikk anomali å være 5,5 (95% KI: 03.03 til 09.03, p-verdi = 7,5 × 10
-11) etter justering for alder ved studiestart inntak og studiekohorten. Vurderer eneste andre enn leukemi hendelsen hematologiske kreftformer, ble risikoestimater assosiert med mosaikk anomalier dempes (HR = 3,2, 95% KI: 01.05 til 06.08, p-verdi = 0,003). Fare for leukemi forbundet med en mosaikk anomali var høyere enn risikoen for andre hematologisk kreft med 9 av 51 leukemi tilfeller med en identifisert avvik versus 7 av 177 andre hematologisk kreft tilfeller med en identifisert avvik (p-verdi = 0,002).
av de 16 hematologisk kreft tilfeller med målbart mosaicism, ni av tilfellene ble diagnostisert med leukemi. Frekvens av mosaicism blant leukemi diagnostisert tilfeller var 17,6%, noe som er betydelig høyere enn det som ble observert for andre hematologiske kreftformer (3,9%) og mye høyere enn prisene observert i putatively hematologisk kreft-fri prøve (1,3%). Vurderer bare leukemi som resultat, hazard ratio forbundet med en mosaikk anomali var 19,2 etter justering for alder ved inntak og kohort (95% KI: 8,9 til 41,6, p-verdi = 7,3 × 10
-14). Sammenhengen mellom store mosaikk avvik og hendelser hematologiske utfall enn leukemi er mye svekket, om det holder i det hele tatt (HR = 2,7, 95% KI: 0,98 til 7,2, p-verdi = 0,056). For alle hematologiske kreftformer og spesielt for leukemi, sannsynligheten for gjenværende udiagnostisert skilte mellom mosaikk og ikke-mosaikk bærere (figur 3A og amp; henholdsvis B,).
Diskusjoner
Vi bekrefte Sammenhengen mellom kromosom mosaicism påvises i blod leukocytter DNA og en diagnose av hematologisk kreft i det følgende tiåret. En tidligere rapport fra Laurie et al. [3] beregnet risikoen for hematologisk malignitet forbundet med en mosaikk anomali til å være 10 ganger større enn risikoen oppleves av individer uten et detektert avvik. Ved hjelp av en befolkning med betydelig flere hematologisk kreft-tilfeller, vårt anslag på en 5,4 ganger økt risiko er bekreftende for en sterk sammenheng mellom mosaikk anomalier og hematologisk kreft. Jacobs et al. [15] rapporterte en estimert 35 ganger økt risiko for påfølgende leukemi diagnose i forbindelse med transport av et stort påviselig mosaikk anomali ( 2 Mb). Vi fant risikoen for leukemi i forbindelse med en stor mosaikk anomali å være 19,2 ganger høyere enn risikoen for ikke-mosaikk individer. Selv om våre risikoestimater er noe mindre sammenlignet med tidligere funn, disse resultatene gir sterk, uavhengig bekreftelse av de rapporterte resultatene (tabell 4). Likheter mellom oppdagede mosaikk avvik og tilbakevendende uregelmessigheter tidligere observert i hematologisk kreft (slettinger som involverer regionene 2p-, 4q-, 13q-, 17q- og 20q-) gi ekstra støtte for foreningen.
I vår analyse av middelaldrende til eldre voksne (gjennomsnittlig 69 år, range 50-89), vi observerte økende frekvens av påvisbare mosaicism med økende alder. Dette resultatet bekrefter funn av de to tidligere GWAS-baserte mosaicism studier [3], [15] som rapporterer at hyppigheten av mosaikk hendelser er lave hos personer yngre enn 50 år (0,23 til 0,5%), men stiger ca 2-3% i enkeltpersoner i deres midten av 70-tallet. Disse observasjonene kan være knyttet til aldersrelatert somatisk mutasjon opphopning eller synker i effektiviteten av DNA-reparasjonsmekanismer [25].
Vår bekreftelse studien omfatter så mange hendelsen hematologisk kreft tilfeller som de to tidligere studier kombinert (229 tilfeller vs . 105 [3] og 115 tilfeller [15]). Sammenhengen mellom påvist kromosom mosaicism og hematologisk kreft vi observerer er både betydelig statistisk og betydelig i omfang, noe som tyder på dette funnet er robust på tvers av studier. Men i denne og andre studier av krefttype med den sterkeste foreningen har vært leukemi, med foreningen blant de andre hematologiske kreft svakere, hvis det finnes i det hele tatt. Vurdering av ytterligere ikke-leukemi hematologiske kreftformer i et godt drevet sammenligning ville bidra til å avklare eksistensen og omfanget av en ikke-leukemi forening. Ytterligere karakterisering av sammenhengen mellom andre somatiske endringer, inkludert balanserte transversions og trans som ikke kan oppdages ved hjelp av denne metoden kan være en nyttig utvidelse av dette arbeidet.
Det gjenstår også spørsmål om påvisning av karyotypic avvik fra blod-avledet DNA. Langsgående genotyping studier eller komparativ genomisk hybridisering kunne utforske banen klonal ekspansjon blant personer med mosaikk anomalier. Det ville være interessant å finne ut om disse baner skiller mellom pasienter som utviklet klinisk diagnostisert kreft og de som ikke gjorde det. I personer med antatt mosaicism, ville det også være av interesse å teste andre vev for tilstedeværelse av mosaikk anomali. Selv om vi formodning at bona fide mosaicism ville være typisk begrenset til leukocytter, studier har hittil ikke vært i stand til å teste denne hypotesen som de har manglet tilgang til andre vev fra berørte personer.
I sammendraget, vår studie gir bekreftelse av den Laurie et al. [3], og Jacobs et al. [15] studier. Disse tre studiene en rapport en betydelig risiko for hematologisk kreft forbundet med påviste mosaikk uregelmessigheter i blodet, men mekanismene bak denne foreningen er uklare. Selv tumorigenesis er ofte ledsaget av kromosom ustabilitet og endring av kromosom kopiantall, forblir de molekylære mekanismene som er ansvarlig for kromosom mosaicism og relasjonene mellom kromosom mosaicism og hematologiske kreft dårlig forstått. Tumor suppressor-proteiner og gener som kontrollerer riktig sentrosomen formasjon, mitotisk sjekkpunkt signalisering, og bevegelse av duplisert kromosomer kan være involvert i begge fenomener [26]. I barndommen leukemi, kromosomavvik og preleukemic kloner ser ut til å oppstå prenatalt, noe som tyder på at sekundær genetiske hendelser som oppstår etter fødselen er nødvendig for utvikling av sykdommen [14]. Hos voksne hematologiske kreftformer, er det mulig at flere sykdomsfremkallende (genetiske og miljømessige) hendelser over tid, sammen med en opphopning av somatiske mutasjoner, fremmer tumorigenesis, og til slutt forekomsten av åpenbar sykdom. Videre studier er berettiget å identifisere og karakterisere mekanismene bak denne foreningen.
Materialer og metoder
dukke Study Befolkning
dukke opp prøven ble rekruttert fra konsernet Health Cooperative (GHC) helse vedlikehold organisasjon i Seattle-Puget Sound området. Deltakerne i studien meldt inn enten ved University of Washington /gruppe Health Cooperative Alzheimers sykdom pasientregister (ADPR) [27] eller den voksne Endringer i Thought studie (ACT) [28]. Både ADPR og ACT ble opprinnelig foreslått å studere demens. Den ADPR var en hendelse tilfelle finne studie av demens som begynte i 1986 både demonstrere gjennomførbarheten av registre for forskning og søke markører for Alzheimers sykdom og relaterte demens. ACT studien startet i 1994 som en planlagt etterfølger til ADPR. ACT studien i utgangspunktet påmeldt 2,581 fagene primært europeisk avstamming uten demens blant personer over 64 år. Overvekt av individer av europeisk avstamning er en funksjon av befolkningen i Puget Sound regionen, snarere enn et utvalgskriterium. ACT har siden utviklet seg til et samfunn basert kohortstudie av ca 2000 kognitivt intakte individer gjennom kontinuerlig registrering. Et sett med 2357 ubeslektede deltakere i alderen 50-89 år ble genotypet ved bruk av DNA dannet fra perifere blodprøver som en del av det dukke opp prosjektet, og disse individene var inkludert i denne studien. Begge sakene og kontroller fra demens studien ble inkludert i studien befolkningen (tabell S4 i File S1, Table S5 i File S1).
Kliniske oppfølgingsdata, i form av omfattende klinisk medisin, laboratorium og apotek poster, er tilgjengelig for alle ACT og ADPR deltakere, med en median på 6,1 år med elektronisk pasientjournal oppfølging etter studie innmelding. Emner samtykket til genotyping som en del av den dukke opp studier og godkjenning for disse spesielle analyse ble hentet fra konsernet Health Cooperative Institutional Review Board.
WHI Study Befolkning
The Women Health Initiative (WHI) er en stor kohortstudie med hovedfokus på kardiovaskulær sykdom og brystkreft, men med sekundære utfall som inkluderer flere avgjøres hematologiske kreftformer [29]. WHI deltakere med Illumina GWAS data var tilgjengelige fra tre separate case-control GWAS studier innen WHI: en studie av tykktarmskreft (Gecco, Peters, PI), en studie av hoftebrudd (Hip Fracture, Jackson, PI), og en studie av hormonbehandling og kardiovaskulær sykdom /metabolske utfall (GARNET, Reiner, PI). WHI-godkjenning ble oppnådd for inkludering av disse prøvene i denne studien. Totalt ble 9,819 tidligere genotypet WHI deltakerne hovedsakelig europeisk avstamming inkludert i analysen. Igjen, avstamning var ikke et utvalgskriterium, men snarere er knyttet til de underliggende befolkningen demografi. WHI deltakerne var kvinner, i alderen 50-79 år ved innmelding, samtykket til forskning på aldersrelaterte helseproblemer, med et gjennomsnitt på 12 år oppfølging etter rekruttering. Vi observerte ingen sammenheng mellom saksstatus og enten oppdages uregelmessigheter eller påfølgende hematologisk kreft, og derfor tatt med alle kvalifiserte tilfeller og kontroller i våre analyser (Tabell S4 i File S1).
Klassifisering av Kliniske resultater av interesse og relevante kovariater
Den primære kliniske utfall av interesse i denne studien var hematologiske kreftformer, inkludert leukemi, lymfom, myelodysplastisk syndrom og myelomatose. Kliniske utfall innenfor dukke opp prøven ble konstatert gjennom elektronisk pasientjournal rapportering av International Classification of Diseases, niende revisjon (ICD-9) koder 200.0-208.9, 238,6, 238.72-238.75 og 238.79 (tabell S1 i File S1). ICD-9 diagnose klassifisering for hematologiske kreftformer er innhentet fra Washington State Kreftregisteret definisjoner [30] med lege klassifisering av myelodysplastisk syndrom ICD-9-koding.
pådømt kliniske resultater i løpet av WHI oppfølging inkludert leukemi, Hodgkins og non-Hodgkin lymfom og myelomatose. Konstatering av kliniske utfall skjedde i henhold til tidligere beskrevet WHI metoder [29]. Kort fortalt ble hematologiske kreft utfall konstatert ved selvrapportering på årlig eller annethvert år oppfølging med deltakerne, med påfølgende lege pådømmelse basert på medisinske poster og patologi rapporter for å bekrefte hematologiske krefttilfeller og tildele en International Classification of Disease for Oncology, 3
rd edition kode når det passer. Med unntak av myelomatose, selvrapportert historie hematologisk kreft før WHI innmelding var tilgjengelig for deltakerne.
Vi vurderte deltakerne til å være putatively hematologisk kreft-fri ved baseline hvis de rapporterte ingen historie med en hematologisk kreft ved inntak, og hadde ingen hematologiske kreftdiagnose i løpet av første studieår oppfølging. Deltakerne rapporterer en krefthistorie, tidlig diagnose, mangler historie, eller mindre enn et år med oppfølging ble ekskludert fra alle analysene og emne teller.
Genotyping og kvalitetskontroll
dukke opp prøvene var genotypede på Illumina Menneskelig 660W-Quadv1_A matrise ved Senter for arvelige sykdommer Forskning ved Johns Hopkins University. WHI prøver ble genotypet på følgende Illumina plattformer: HumanOmni1_Quad_v1_0_B, Human HapMap 550K og HUMAN CYTOSNP-12 ved Broad Institute of MIT og Harvard, og translasjonell Genomics Research Institute (tabell 1). B-allelfrekvens (BAF) og log R ratio (LRR) beregninger ble beregnet ved hjelp av Illumina BeadStudio programvare.
Standard kvalitetskontroll ble gjennomført for å eliminere prøver av usikker identitet eller DNA kvalitet [31]. Vi screenet for sex uharmoniske prøver ved hjelp av beregninger av X-kromosomet heterozygositet og utilsiktede duplikater (genotyping kontroller og prøver dupliseres på tvers av studier) gjennom en global estimat av andelen identitet ved statlig [32]. Vi ekskluderte prøver fra analyse hvis genotype ringeprisene var mindre enn 98%, eller hvis BAF standardavvik av ikke-anomale autosomal kromosomene skredet 0,06. I alt ble 723 prøver ekskludert fra analysen. Av de ekskluderte prøvene, ble 23 prøver ekskludert for høy ikke-avvik BAF standardavvik på autosomal kromosomene, 610 for utilsiktede duplikater, 86 for lav genotyping takst, og 4 for kjønns mismatch. De fleste av de utilsiktede duplikater skyldes betydelig overlapping mellom kohorter genotypet i WHI.
Anomaly Detection og kvalitetskontroll
kromosomavvik ble påvist gjennom «anomDetectBAF» metoden og alle kvalitetskontroll ble utført ved hjelp av «anomIdentifyLowQuality» metoden fra GWASTools pakken versjon 1.2.1 tilgjengelig for R-versjon 2.15 via Bioconductor depotet [33]. En detaljert beskrivelse av disse metodene kan bli funnet i Laurie et al. [3].
«anomDetectBAF» metoden kan påvise kopi gevinst og tap for segmenter av lengde større enn 50 kb i Illumina høy tetthet SNP genotyping data, samt mosaikk CN LOH. I korte trekk, er avhengig av «anomDetectBAF» gjenkjenning metoden på sirkel binære segmentering [34] for å segmentere kromosomer basert på endrings-poeng i forhold allel intensitet (B-allelet frekvens; BAF). På hvert kromosom, er heterozygote og mangler SNPs genotyper identifisert, og BAF ved disse loci blir transformert (TBAF:. Sqrt (min (BAF, 1-BAF, abs (BAF-median BAF))) Anomale segmentene er kalt basert på avvik fra ikke-avvikende utgangs. Dette innebærer at endringspunktene estimerte ha usikkerheter som er avhengig av tettheten av SNP som omgir den uregelmessighet som er heterozygote i den enkelte av spørsmålet. En konservativ beregning av endepunkt usikkerheten vil være av størrelsesorden 10- 50 kilobaser typisk. Bare uregelmessigheter på autosomer ble inkludert i analysene på grunn av den iboende kopitall forskjell mellom menn og kvinner.
Etter anomali deteksjon, kvalitetskontroll rørledningen beskrevet i Laurie et al. [3] ble benyttet for å filtrere falske positive anomalier. kvalitets~~POS=TRUNC kontrollen~~POS=HEADCOMP rørledningen brukes både bioinformatiske metoder og manuell gjennomgang, som består av visuell screening av påviste avvik gjennom LRR og BAF tomter, for å identifisere falske positive og feil segmenterte anomalier. Anomalier ble screenet med «anomIdentifyLowQuality» ved hjelp av de foreslåtte parametere for BAF anomalier (sd.thresh = 0,1, sng.seg.thresh = 0,0008, auto.seg.thresh = 0,0001). Lav kvalitet BAF anomalier var de som hadde høy varians (BAF eller LRR standardavvik overstiger 0,1) eller ble sterkt segmentert (antall segmenter /antall kvalifiserte SNP 0,0001 for en autosome). Lav kvalitet prøvene ble ansett som kvalifisert og ble ekskludert fra analysen. Ved hjelp av manuell vurdering, tilstøtende anomalier ( 300 prober mellom anomalier) med liknende LRR verdier ble fusjonert og stoppunkter av feil segmenterte anomalier ble justert. Anomalies spenner over cent ble screenet med manuell gjennomgang med de kriterier som BAF anomalier har minst 500 prober på hver side av cent og stoppunkter ble justert etter behov fra kromosomer sviktende passformen kriteriene for centspennende anomali. Anomalier ble pålagt å ha minst 50 BAF kvalifisert sonder som skal inkluderes i studien. Manuell anmeldelsen ble gjennomført på alle avvik større enn 2 Mb og alle avvik klassifisert som mosaikk.
Vi klassifisert anomalier som konstituerende (potensielt kimcellelinje CNV) og mosaikk (ervervet somatisk) basert på observasjon at konstituerende anomalier primært faller innenfor den 3N (trisomic) plass [3]. For å definere mosaikk anomalier, vi plottet per emne-kromosom LRR avvik (median (avvik LRR) – median (nonanomalous LRR)) vs. BAF median absolutt avvik (MAD, Median
