Abstract
Gene uttrykket er regulert på transkripsjons og oversettings nivåer; dermed både transkripsjonsfaktorer (TFS) og microRNAs (miRNA) spiller roller i regulering av genekspresjon. Denne studien profilert forskjellig uttrykt mRNA og mirnas i mage kreft vev for å konstruere en TF og miRNA co-regulatoriske nettverk for å identifisere endrede gener i magekreft progresjon. Til sammen 70 tilfeller magekreft og sammenkoblede tilstøtende normalt vev ble utsatt for cDNA og miRNA microarray analyser. Vi fikk 887 oppregulert og 93 nedregulert gener og 41 nedregulert og 4 oppregulert mirnas i mage kreft vev. Bruke Transkripsjonell Regulatory Element Database, fikk vi 105 gener som er regulert av E2F familien av gener og bruker Targetscan, Miranda, miRDB og miRWalk verktøy, spådde vi potensielle rettet mot gener av disse 45 miRNAs. Vi bygde opp E2F relaterte TF og miRNA co-regulerende gen nettverk og identifisert 9 hub-gener. Videre har vi funnet at nivåene av E2F1, 2, 3, 4, 5, og 7 mRNA forbundet med gastrisk cancer celle invasjon kapasitet, og har forbundet med tumor differensiering. Disse dataene viste Overuttrykte E2F mRNA forbundet med magekreft progresjon
Citation. Zhang X, Ni Z, Duan Z, Xin Z, Wang H, Tan J et al. (2015) Overuttrykte E2F mRNA Associated med Gastric Cancer Progresjon Angitt med transkripsjonsfaktor og miRNA Co-Regulatory Network Analysis. PLoS ONE 10 (2): e0116979. doi: 10,1371 /journal.pone.0116979
mottatt: 30 september 2014; Godkjent: 17 desember 2014; Publisert: 03.02.2015
Copyright: © 2015 Zhang et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under vilkårene Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden blir kreditert
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer. Data har blitt avsatt til GEO database, under sjonsnummer GSE63089
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet delvis med tilskudd fra National Natural Science Foundation of China (# 81320108025 og # 81472662), Foundation i Jilin-provinsen vitenskap og teknologi Institutt (# 20130522013JH og # 20140414048GH) og Norman Bethune Program for Jilin University (# 2012219). Forfatterne takker også Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kina) for redigering og korrekturlesing dette manuskriptet. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP er fortsatt en av de mest betydelige helseproblemer i utviklingsland, som i Kina, selv om forekomsten er gradvis synkende i de vestlige landene. Totalt sett er magekreft regnskapet for fjerde innfalls og den andre av dødeligheten blant alle krefttilfeller i verden [1-3]. Magekreft risikofaktorer inkluderer Helicobacter pylori infeksjon, hyppig inntak av røkt mat, saltet fisk og kjøtt, og syltede grønnsaker, tobakksrøyk, fedme, eller kronisk gastritt. Disse risikofaktorene kan koordinere å manipulere genekspresjon eller mutasjon eller epigenetiske forandringer og til slutt føre til magekreft utvikling. Til dags dato har en stor mengde kunnskap akkumulert om de molekylære endringer forbundet med magekreft, som ARID1A, TP53 [4], PTGER4, PRKAA1, ZBTB20 [5] og PLCE1 [6]. Imidlertid gjenstår det underliggende mekanisme for forskjellige gener-mediert magekreft defineres. Dermed er det viktig å undersøke ytterligere molekylære patogenesen av magekreft med systematisk biologi tilnærming, som for eksempel bygging av forskjellig uttrykt gener-regulatoriske nettverk for å identifisere viktige genet sti eller signaliserer under magekreft utvikling eller progresjon.
Gene ekspresjon blir regulert ved transkripsjons- og translasjonsnivåer. På transkripsjonsnivå, gen transkripsjonsfaktorer (TFS) spiller en viktig rolle i reguleringen av human genekspresjon, mens miRNA kan på post-transkripsjonsnivået regulere mRNA oversettelse og halveringstid. Nærmere bestemt, TFS er proteiner som binder seg til spesifikke DNA-sekvenser og derved styrer gentranskripsjon. Mirna er en klasse av naturlig forekommende små ikke-kodende RNA-er med 18 til 22 nukleotider i lengde og funksjonelt, kan miRNA post-transkripsjonelt taushet proteinekspresjon ved å binde seg til komplementære target-gentranskriptene, for derved å nedbryte disse messenger RNAer eller hemme dem fra å oversette til proteiner. Dermed kan både TFS og mirnas regulere gener på ulike stadier av genekspresjon og kan danne en feedback loop og et komplisert regulatorisk nettverk til tett kontroll genuttrykk. I denne forbindelse, kan studium av denne gennettverk viktig for å forstå celle homeostase og fysiologisk prosess, biologisk funksjon, og mekanisme av sykdommer. Hittil har en rekke studier vist genregulering av TFS og miRNA i magekreft, slik som nukleær faktor kappa B [7], FoxM1 [8], hypoksi-induserbar faktor 1 [9], og MIR-7 [10] , MIR-375 [11], MIR-125b, MIR-199A, MIR-100 [12]. Faktisk avvik miRNA eller TF uttrykk bidrar til menneskelig kreftutvikling [13]. Derfor, i denne studien undersøkte vi hvilken rolle de samlede miRNA og transkripsjonsfaktorer i regulering av genuttrykk i magekreft for tilknytning til magekreft progresjon. Vi først oppdaget differensial uttrykket av gener og miRNAs i mage kreft vevsprøver og analyserte dem bioinformatically å danne TF-miRNA regulatoriske nettverk å forholde uttrykk for E2F familie mRNA i magekreft. Vi deretter bekreftet E2F uttrykk for tilknytning til magekreft progresjon.
Materialer og metoder
Pasienter og vevsprøver
Denne studien ble godkjent av etikkomiteen av School of Basic Medical Sciences, Jilin universitet og hver pasient ble godkjent i en skriftlig informert samtykke skjema. Etter det, innrullert vi 70 mage kreftpasienter fra Jilin University (Changchun, Kina) mellom april 2012 og oktober 2014. Alle pasientene mottok noen pre-kirurgi behandling, som kjemoterapi eller strålebehandling. Både tumor og fjernt normale vev ble oppnådd fra betjeningsrommet og lagres i flytende nitrogen i løpet av 10 min.
RNA isolering og miRNA fremstilling
Total cellulær RNA ble isolert fra vevsprøver ved hjelp av Trizol reagens (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) og deretter ytterligere renset ved hjelp av en RNeasy Mini kit (Qiagen, Düsseldorf, Tyskland). RNA-konsentrasjonen ble deretter bestemt ved hjelp av Epoch Multi-volum spektrofotometer System (BioTek, Vermont, USA). Etter det ble miRNA isolert fra disse RNA prøver ved hjelp av Mirvana miRNA isolasjon Kit (Ambion, Austin, TX, USA).
Exon microarray analyse
I denne studien, vi først profilert genuttrykk mellom 45 magekreft og sammenkoblede tilstøtende prøver normalt vev ved hjelp av Affymatrix Gene Chip exon Arrays 1.0 ST (Affymatrix, CA, USA). Nærmere bestemt, 1 ug RNA-prøve ble reverstranskribert inn i cDNA og disse cDNA-prøvene ble deretter fordøyd i cDNA-fragmenter med endonukleaser og merket med DNA-merkingsreagens hjelp av DNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA). De merkede cDNA-templater ble anvendt som prober for å hybridisere til den Affymatrix Gene Chip ekson Arrays 1,0 ST i en tilstand med 45 ° C inkubasjon og rotasjon ved 60 rpm i 17 timer. Etter det ble arrays vasket og skannet med Gene Chip Scanner 3000 med Gene Chip kjøreprogramvare (GCOS).
miRNA microarray analyse
Vi har også profilert de forskjellig uttrykt mirnas i 15 magekreft og sammenkoblede tilstøtende normale vevsprøver ved hjelp Affymatrix Gene Chip mikroRNA matrise. I likhet med cDNA microarray forsøk ble miRNA prober ved hjelp av RNA Labeling Kit (Affymatrix, CA, USA) hybridisert til Affymatrix Gene Chip mikroRNA fylte ved 45 ° C og rotert ved 60 rpm i 17 timer. Etter det ble arrays skannet med GCOS.
Mikromatrise dataanalyse
Den rå microarray data ble analysert ved hjelp Limma algoritme for å identifisere differensielt uttrykte gener og mirnas og deretter analysert ved hjelp av lineære modeller og empiriske Bayes metoder. En
t
-test og Bonferronikorreksjon ble brukt for å vurdere den statistiske betydningen av hvert differensial uttrykk. Gener og miRNA ble ansett for å være vesentlig forskjellig uttrykt hvis
p
-verdier 0,05 og genekspresjon viste minst 1,5-ganger endringer mellom kreft og deres normale vev. Qubic (Kvalitativ BI-Clustering) program ble benyttet til å klynge-analysere forskjellig uttrykt gener. Den grunnleggende ideen om algoritmen er å finne alle undergrupper av gener med liknende uttrykk mønstre blant noen undergrupper av kreft vev, og dermed gener involvert i hvert slikt mønster kan muligens brukes som signaturer for kreft sub-typing eller iscenesettelse. For vår bi-cluster analyse har vi benyttet følgende parametere: r = 1, q = 0,06, c = 0,95, o = 100, f = 1 [14,15]. Database for kommentarer, visualisering og integrert Discovery (DAVID) og Kyoto Encyclopedia of gener og genomer (KEGG) verktøy ble brukt for funksjonell analyse og sti klassifisering av disse ulike gener.
QRT-PCR
totalt cellulært RNA fra kreft og normal mage vev ble omvendt transkribert til cDNA ved hjelp av en
st cDNA synthsis Kit (Takara, Dalian, Kina) i henhold til produsentens anbefalinger. Ekspresjon av E2F1, E2F2, og E2F4) mRNA ble analysert i 10 magekreft og sammenkoblet tilstøtende normale vevsprøver ved q-PCR ved anvendelse av SYBR Premiks Ex Taq (Takara) og β-aktin ble benyttet som en intern kontroll. Primerne er oppført i tabell 1. De qPCR data ble for kvantifisert ved hjelp av 2
ΔΔCt metoder.
Bygging av TF-miRNA co-regulatoriske nettverk
Etter microarray dataanalyse, fikk vi TFS og de latente målgener som er regulert av E2F familien gjennom søking av Transkripsjonell Regulatory Element Database (TRED). Dessuten ble de mirnas rettet mot E2F familien bestemt avhør fire mål prediksjon databaser, dvs. Targetscan, Miranda, miRDB, og miRWalk database [16-18]. Vi kombinerte disse differensial uttrykte gener og mirnas å konstruere denne TF-miRNA co-regulatoriske nettverk relatert til E2F familien ved hjelp Cytoscape programvare. I TF-miRNA co-regulatoriske nettverk, vi definert node som en hub gen eller miRNA når det direkte knyttet til mer enn to totalt noder i nettverket.
Analyse av E2F familie mRNA for tilknytning til klinikken patologiske egenskaper fra mage kreftpasienter
Bruke mottakeren opererer karakteristiske (ROC) kurver, analyserte vi forskjellig uttrykt gener som er regulert av E2F mRNA mellom magekreft og paret tilstøtende normalt vev genet. Vi valgte og skilte de beste matchet gener for tilknytning til klinikken patologiske egenskaper ved hjelp av binær logistisk regresjonsanalyse.
Statistisk analyse
ROC kurve og binær logistisk regresjonsanalyse ble brukt for ulikt uttrykte gener som er regulert av E2F mRNA mellom magekreft og sammenkoblede tilstøtende normalt vev. Enveis ANOVA ble anvendt for å knytte mellom E2F familie og grad av tumorcelle-invasjon. GraphPad Prism programvare 6 ble utført for å oppnå ROC-kurve og beregning av sensitivitet, spesifisitet og arealet under kurven (AUC). SPSS 18,0 programmet ble brukt for Enveis ANOVA og binær logistisk regresjonsanalyse. En p-verdi 0,05 ble ansett for å være statistisk signifikant
Resultater
Påvisning av forskjellig uttrykt gener og mirnas mellom magekreft og deres tilsvarende normalt vev
Vi først utført. den Affymatrix Exon Arrays analyse for å detektere differensielt uttrykte gener mellom magekreft og paret tilstøtende normalt vev i 45 pasienter (pasientdata er vist i S1 tabell). GEO datasett fra NCBI sjonsnummer med denne studien var GSE63089. Ved hjelp av 1,5 fold endringer som cut-off-verdi, identifiserte vi 887 oppregulert og 93 nedregulert gener (S2 Table). Funksjonell analyse viste at disse differensial genene hovedsakelig dannet genet reaksjonsveier, for eksempel cellesykluskontroll, p53 signalveien, kreft vei, ekstracellulære matriks-reseptor-interaksjon, celleadhesjon, glykolyse /glukoneogenese, og cytokin-reseptor-interaksjon (fig. 1). E2F-familiemedlemmer spille en viktig rolle under cellesyklus G1 /S overgang i celler og genekspresjon av E2F1, 2, 3, 4, 5 og 7 ble alle funnet å være overekspresjon (p 0,01) i magekreft i denne studien
A, Gene ontologi analyse.; B, KEGG analyse.
Neste, vi også utført Affymatrix Gene Chip mikroRNA rekke analyse i 15 tilfeller av magekreft og sammenkoblede tilstøtende normalt vev (pasientenes data er vist i S1 tabell). GEO datasett fra NCBI sjonsnummer med denne studien var GSE63121. Vi fant 41 nedregulert og 4 oppregulert mirnas (S3 Table). Fig. 2 illustrerte bi-klynger klyngeanalyse av de 45 differensial mirnas i magekreft vs. normalt vev. Funksjonelt kan disse differensielt uttrykte mirnas regulere forskjellige genet veier, som for eksempel transkripsjon aktivator-aktivitet, DNA-bindende, transkripsjonsfaktor-aktivitet, etter transkripsjonell regulering av genekspresjon, og G1 /S overgang av mitotiske cellesyklus.
Hver rad representerer en miRNA og hver kolonne representerer en prøve. «C» kolonner nederst representerer kreftvev, mens «N» representerer normale vev. Red står for høy uttrykk i kreft sammenlignet med normalt vev, mens grønt for lav uttrykk i kreft i forhold til normalt vev.
Building-up og analyse av E2F familierelaterte TF-miRNA co regulerende nettverk
for å vise familierelaterte TF-miRNA co-regulatoriske nettverk E2F, benyttet vi TRED å spørre TF og latente målgener regulert av E2F familien og deretter valgt forskjellig uttrykt TFS og latente målgener i mage kreft vev. Vi fant totalt 105 TFS og latente målgener som muligens kunne være regulert av E2F familien i magekreft (5 nedregulert og 100 oppregulert gener, se S4 tabell), som kan danne et 105 genet nettverket etter bi- klynger klyngeanalyse (fig. 3) Den DAVID analysen viste disse 105 genene er de fleste cellesyklusrelaterte gener (fig. 4).
hver rad representerer en miRNA og hver kolonne representerer en prøve. «C» kolonner nederst representerer kreftvev, mens «N» representerer normale vev. Red står for høy uttrykk i kreft sammenlignet med normalt vev, mens grønt for lav uttrykk i kreft sammenlignet med normalt vev
A, Gene ontologi analyse.; B, KEGG analyse.
Deretter benyttet vi nettbaserte verktøy Targetscan, Miranda, miRDB og miRWalk database for å forutsi potensielle målgruppe gener av disse 45 miRNA og deretter fusjonert disse rettet mot gener med disse 105 differensielt uttrykte gener. Vi fant 7 nedregulert og 2 oppregulert mirnas (S3 Table). Etter det, bygde vi opp E2F relaterte TF-miRNA regulatoriske nettverk (Fig. 5).
Dette nettverket inneholder 105 differensielt uttrykte gener og 9 forskjellig uttrykt miRNAs. Blå sirkler er forskjellig uttrykt gener og de røde diamanter er forskjellig uttrykt miRNAs. De gule rhombuses er TFS og sin størrelse representerer antall målgener. Retningen på pilen er fra kilden til målet.
Etter det, analyserte vi dette E2F relaterte TF-miRNA regulatoriske nettverk og funnet ut at E2F1, E2F2 og E2F4 i E2F familien spiller en viktig rolle i denne TF og miRNA co-regulatoriske nettverk. Tre over-regulert mRNA (E2F1, E2F2 og E2F4) fra forskjellig uttrykt mRNA ble validert med real-time PCR (RT-PCR). Resultatene viste at E2F1, E2F2 og E2F4 ble overregulated i ventrikkelkreftstudien prøvene sammenlignet med normale prøver. RT-PCR resultater og microarray data er konsistente (p 0,05, figur 6.). I tillegg har vi identifisert 9 hub-gener fra E2F relaterte TF-miRNA regulatoriske nettverk, som kan være co-regulert av TFS (Fig. 7). Den DAVID analyse av disse 9 hub gener og funksjoner er vist i Tabell 2.
Gene ekspresjon ble analysert i 10 sammenkoblede gastrisk kreft og normalt vev og i forhold til mikroarray resultater. Kolonnene i figuren representerer log-transformeres median fold endringer (kreft /kontroll) i uttrykket over ti prøver (p 0,05).
Circles er hub gener som co-regulert av TFS og mirnas , mens de røde diamanter er forskjellig uttrykt miRNAs. De gule rhombuses er TFS og sin størrelse representerer antall målgener. Retningen på pilen er fra kilden til målet.
Association of E2F familien mRNA nivåer med klinikken patologiske egenskaper fra mage kreftpasienter
Vi videre analysert uttrykk for E2F mRNA og deretter knyttet dem med klinikken patologiske egenskaper fra mage kreftpasienter. ROC-kurver Analysen viste at E2F1, 2, 3, 4, 5 og 7 kan være de latente mål for å skille magekreft vev, og de normale (Fig. 8). Kombinasjon av flere E2F-familien mRNAer kan ytterligere forbedre spesifisitet og sensitivitet av deres skille mellom magekreft og normale vev etter regresjon av binære logistisk analyse (Fig. 8). Videre har vi funnet nivå av E2F1, 2, 3, 4, 5, og 7 mRNA forbundet med dybden av magekreft invasjon (fig. 9). Vi fant også at E2F uttrykket har forbundet med tumor differensiering (Fig. 10)
AUC, området under ROC kurve.; Alt tyder på at kombinasjonen av E2F1, E2F2, E2F3, E2F4, E2F5, og E2F7.
Microarray data fra 45 magekrefttilfeller ble brukt til å analysere sammenhengen mellom E2F familie og magekreft invasjon. Magekreft invasjonen ble henvist til International Union mot Kreft (UICC) TNM staging system. T1, Tumor infiltrerer lamina propria, muskularis slimhinner, eller submucosa; T2, invaderer Tumor muscularispropria; T3, Tumor penetrerer subserosal bindevev uten invasjon av visceral peritoneum eller tilstøtende strukturer; T4, invaderer Tumor serosa (viscerale peritoneum) eller andre objekter.
Diskusjoner
I denne studien benyttet vi en cut-off verdi på 1,5 ganger endring i profilert forskjellig uttrykt mRNA og mirnas i mage kreft vev, som er konsistent med det meste av tidligere studie av cDNA eller miRNA mikromatriser [19]. Disse forskjellig uttrykt mRNA og mirnas i mage kreft vev var hovedsakelig knyttet til cellesyklusprogresjon, spesielt E2F familien. Til dags dato, medlemmer av E2F-proteiner omfatter E2F1- E2F8 og blant dem, E2F1, 2, 3, 4, 5, og 7-proteiner var alle betydelig overuttrykt i magekreft i denne studien. Derfor spådde vi at E2F familien har viktige tilsynsfunksjoner i magekreft. Dermed konstruerte vi dette E2F relaterte TF-miRNA co-regulatoriske nettverk for magekreft basert på våre microarray profilering data. Dette nettverket inneholder 105 TFS og deres regulerte latente målgener (5 nedregulert og 100 oppregulert gener) som er relatert til E2F familie og 9 differensial mirnas (7 nedregulert og to oppregulert mirnas) (Fig. 5) . Med andre ord, kunne E2F familie av gener virker på følgende 105 gener og 9 mirnas for å regulere cellesyklusutvikling av magekreft. Ja, vi fant at målgener reguleres av E2F1 og E2F4 dukket mengder differensial uttrykk i magekreft, noe som indikerer at E2F1 og E2F4 er svært sannsynlig å besette en viktig del i veksten av magekreft. Videre mirnas forskjellig uttrykt i magekreft var i stand til å regulere uttrykk for E2F1, E2F2, E2F5 og E2F7, noe som indikerer at mirnas-endret uttrykk for E2Fs proteiner er viktige faktorer i magekreft utvikling eller progresjon.
Ja, E2F familiemedlemmer spille en viktig rolle under cellesyklus G1 /S overgang i celler og deres endrede ekspresjon bidro et antall humane sykdommer, inkludert kreft [20]. For eksempel, i løpet av magekreft vekst og progresjon, vil kreftcellene fremme tumorcelle-proliferasjon, men hemme apoptose. På gennivå, transkripsjonsfaktoren E2F familie av gener som spiller en betydelig rolle i regulering av cellesyklusprosessen ved å fremme riktig ekspresjon av gener som er nødvendige for DNA-syntese ved G1 /S faseovergang. E2F-aktivitet i seg selv er kontrollert av retinoblastom protein (RB) og lommen proteiner p107 og p130. Til dags dato, er medlemmer i E2F-proteiner er E2F1-E2F8, inkludert transkripsjonsfaktorer aktivert E2F1-3a, som i hovedsak regulerer cellesyklusen overgang fra G0 til S-fasen, og transkripsjonsfaktorer hemmet E2F3b-E2F8, som er uttrykt i hvilende celler eller differensierte og forhindre cellesyklusprogresjon [21]. Tidligere studier har vist at endret uttrykk av E2F genet familien var nært knyttet til vekst av brystkreft [22], eggstokkreft [23], blærekreft [24], tykktarmskreft og bukspyttkjertelkreft [25]. I magekreft, tidligere studier viste at E2F ble unormalt uttrykt og E2F uttrykk regulert av mirnas var assosiert med cellesyklusprogresjon og apoptose undertrykkelse i magekreftceller til å undertrykke TGFB tumor suppressor vei [26]. E2F genmutasjon er også en av årsakene til tidlig magekreft forekomst [27]. Vår nåværende data er støttet dette funnet.
Men foruten E2F familie, TP53, BRCA1 og STAT3 også spille en viktig rolle i denne TF og miRNA co-regulatoriske nettverk (Fig. 5). For eksempel, TP53is en av de mest studerte gener og spiller en rolle i regulering av apoptose, genomisk stabilitet, og angiogenese [28]. En tidligere studie viste at
p53
mutasjon direkte knyttet til utvikling av magekreft [4] og en annen studie viste at restaurering av p53 aktivitet indusert følsomheten av magekreft til kjemoterapi [29]. BRCA1 er mottakelighet genet av brystkreft og regulerer celle apoptose og reparasjoner DNA-skade. BRCA1 spiller en rolle i regulering DNA reparasjon aktivitet og
BRCA1
mutasjon bidratt til utvikling av brystkreft, eggstokkreft [30], bukspyttkjertelkreft [31], og magekreft [32]. Mistet uttrykk for BRCA1 protein ble assosiert med dårlig overlevelse av magekreftpasienter [33]. Vår nåværende studie viste at BRCA1 mRNA ble forbundet med magekreft differensiering. Videre er STAT3 en transkripsjonsfaktor som aktiveres som respons på vekstfaktorer og cytokin, og bidrar til regulering av celle proliferasjon, apoptose, og motilitet i celler. Tidligere studier har vist at STAT3 var en viktig regulerende faktor [34] i magekreft utvikling og at STAT3 aktivering fremmet svulst celle overlevelse og migrasjon [35]. En tidligere studie benyttet STAT3 inhibitor å behandle magekreft og viste effekt [36].
Videre mirnas (MIR-125a-5p, MIR-331-3p, MIR-17, MIR-150, MIR-155 , MIR-27b, MIR-31, MIR-92a og MIR-509-5p), som forskjellig uttrykt i magekreft, ble funnet å regulere uttrykk for E2F1, E2F2, E2F5 og E2F7 i denne studien (S3 tabell). Tidligere studier har vist at Mir-125a-5p uttrykket var forbundet med magekreftutvikling ved å målrette av E2F3 [37]. MiRNA-331-3p rettet direkte E2F1 og indusert vekst arrest av menneskelige mage kreftceller [38]. Videre ekspresjon av MIR-155 var i stand til å blokkere TGF-β1-mediert aktivering av Rb og i sin tur å redusere overflod av inhiberende pRB-E2F1 kompleks og løft G0 /G1 rest [39]. MiR-17 familie klynger er fremstår som viktige modulatorer av TGF-βtumor suppressor signale i magekreft, gjennom regulering av p21, E2F1-3 og E2F5 mål genekspresjon [40-42]. I tillegg ble MIR-150, MIR-31, og MIR-92a også vist nært knyttet til magekreft [43-46]. Selv om det har vært noen rapportert om MIR-509-5p relatert til magekreft, MIR-509-5p sluttet MDM2 /p53 feedback loop og regulerer veksten av kreft celler [47]. Disse studiene var i samsvar med våre nåværende resultater.
I tillegg kan det regulatoriske forhold mellom TF-gener og miRNA-TF har synergieffekter. Basert på vår nyetablerte E2F relaterte TF-miRNA co-regulatoriske nettverk, identifiserte vi 9 hub-gener som hovedsakelig involverer i cellesyklus og kromosom organisasjon (Fig. 7). Tatt alle data sammen, vår nåværende studien indikerer at magekreft utvikling og progresjon er involvert flere gener og videre studier vil fokusere på disse genene som nye mål for kontroll av magekreft.
Men vår nåværende studie bare gitt en foreløpige data og ytterligere bekreftelse studier er nødvendig for å verifisere våre data på ex vivo og in vitro. Dette systematisk tilnærming kan hjelpe oss til å utforske kreft patogenesen og gi det teoretiske grunnlaget for å søke ny strategi for behandling av magekreft i fremtiden.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. Kjennetegn på pasienter
doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s001 plakater (DOC)
S2 Table. . Oppsummering av 980 differensielt uttrykte gener i mage kreft vev i forhold til de fjerne normalt vev
genuttrykk nivåer i mage kreft vev kontra de fjerne normalt vev var minst 1,5 ganger annerledes med en p-verdi. 0,05
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s002 plakater (XLSX)
S3 Table. . Oversikt over 45 forskjellig uttrykt mirnas i mage kreft vev i forhold til de fjerne normalt vev
Nivåer av miRNA uttrykket i mage kreft vev kontra de fjerne normalt vev var minst 1,5 ganger annerledes med en p-verdi 0,05.
doi: 10,1371 /journal.pone.0116979.s003 plakater (XLSX)
S4 Table. Oppsummering av 105 differensielt uttrykte gener i TFS-regulatoriske nettverk i mage kreft vev
doi:. 10,1371 /journal.pone.0116979.s004 plakater (docx)
Takk
Vi takker Medjaden Bioscience Limited (Hong Kong, Kina) for redigering og korrekturlesing dette manuskriptet.
