Abstract
Mål
For å utforske sammenslutning av en funksjonell germline variant i 3′ UTR av
KRAS
med livmorkreftrisiko, samt sammenslutning av mikroRNA (miRNA) signaturer og
KRAS
-variant med kliniske egenskaper og overlevelses utfall i to prospektive RTOG livmorkreft prøvelser.
Metoder /Materialer
foreningen av
KRAS
-variant med livmorkreft ble evaluert av case-control-analyse av 467 kvinner med type 1 eller 2 livmorkreft og 582 alder-matchet kontroller. miRNA og DNA ble isolert for uttrykk profilering og genotyping fra vevsprøver av 46 kvinner med type 1 livmorkreft registrert i RTOG prøvelser 9708 og 9905. miRNA uttrykk nivåer og
KRAS-
variant genotype ble korrelert med pasient- og kreftegenskaper , og overlevelses utfall ble evaluert av variant allel type.
Resultater
KRAS
-variant var ikke signifikant assosiert med generell risiko for endometriekreft (14% kontroller og 17% type 1-kreft), selv om det var anriket med type 2 livmorkreft (24%, p = 0,2). I den kombinerte analysen av RTOG 9708/9905, miRNA uttrykket varierte med alder, tilstedeværelse av lymphovascular invasjon og
KRAS
-variant status. Totalt overlevelse på 3 år for pasienter med variant og villtype-alleler var 100% og 77% (HR 0,3, p = 0,24), henholdsvis favoriserer variant.
Konklusjoner
KRAS-
variant kan være en genetisk markør for risiko for type 2 livmorkreft. I tillegg vises svulst miRNA uttrykket å bli assosiert med pasientens alder, lymphovascular invasjon og
KRAS-
variant, støtter hypotesen om at endret tumorbiologi kan måles ved miRNA uttrykket, og at
KRAS-
variant sannsynlige konsekvenser livmortumorbiologi
Citation:. Lee LJ, Ratner E, Uduman M, Winter K, Boeke M, Greven KM, et al. (2014)
KRAS-
Variant og miRNA uttrykk i RTOG livmorkreft Clinical Trials 9708 og 9905. PLoS ONE 9 (4): e94167. doi: 10,1371 /journal.pone.0094167
Redaktør: Shannon M. Hawkins, Baylor College of Medicine, USA
mottatt: 02.12.2013; Godkjent: 12 mars 2014; Publisert: 14 april 2014
Copyright: © 2014 Lee et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble støttet av NCI-NIH stipend 5R01CA098346. Denne forskningen ble også støttet av strålebehandling Oncology Group /American College of Radiology (RTOG /ACR) Fellowship Program og RTOG gir U10 CA21661 og CCOP stipend U10 CA37422 fra National Cancer Institute (NCI) og ved NCI-NIH stipend 5R01CA098346. JW ble støttet av R01 CA131301-04, CA-157749-01A15 og 5R01CA131301-05. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser. Dr. Weidhaas og Dr. Slack oppdaget KRAS-varianten, som er patentert av Yale University. Dette patentet er kalt «Genetisk lesjon assosiert med kreft», og antallet er 8.221.980. Det har blitt lisensiert til et selskap, Mira Dx, som Dr. Slack og Dr. Weidhaas medgrunnlegger. Verken Dr. Slack eller Dr. Weidhaas er ansatt eller betalt av Mira Dx, men opptre som ubetalte vitenskapelige rådgivere. Dette endrer ikke forfatternes tilslutning til PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Den kliniske og biologiske heterogenitet av livmorkreft har blitt godt anerkjent siden beskrivelsen av to store undergrupper ved Bokhman i 1983 [1]. Type 1 livmorkreft, den endometrioid subtype, er assosiert med uhindret østrogeneksponering, kronisk anovulasjon, nulliparity og fedme. Type 2 livmorkreft inkluderer de mindre vanlige ikke-endometrioid subtyper av livmor papillær serøs og klarcellet karsinom. Type 2 kreft er ofte sett hos eldre kvinner, oppstår i atrofisk endometrium, og er ikke østrogen responsive. De to-lags klassifisering av livmorkreft basert på kliniske og patologiske faktorer er også støttet på et molekylært nivå. Videre molekylær klassifisering har nylig blitt lagt frem av utgivelsen av The Cancer Genome Atlas [2]. Tap av tumor suppressor
PTEN
er rapportert hos 30-50% av type 1-kreft [3] – [5], men er sjelden observert i serøs eller klare celle subtyper [6]. Proto-onkogen HER2 /neu, en trans-membran vekstfaktor-reseptor, er ofte forsterket eller over-uttrykt ved type 2-kreft [7], [8]. Genuttrykk ved mikromatriser analyse har også bekreftet tilstedeværelsen av forskjellige endometriekreft subtyper [9]. Andre karakteristiske molekylære forandringer inkluderer mikro ustabilitet [10] og mutasjon av
beta-
catenin [11] i endometrioid endometrial carcinoma, og tap av E-cadherin uttrykk og p53 mutasjoner i serøs kreft [5]. Tumor ervervede mutasjoner i
KRAS
har blitt identifisert i 15-30% av type 1 livmorkreft, men blir sjelden observert (0-5%) ved type 2-kreft [12]. Forekomsten av tumor ervervet
KRAS
mutasjoner har vært variabelt forbundet med scene, klasse og overlevelse i livmorkreft [13] – [16].
KRAS
mutasjoner har også blitt påvist i endometriehyperplasi, og kan representere en tidlig hendelse i tumorigenesis for type 1 livmorkreft.
Mens adjuvant behandling for type 2 livmorkreft ofte innebærer kjemoterapi, rollen av kombinert kjemoterapi og strålebehandling (RT) for høy risiko og avansert stadium type 1 kreftformer er mer kontroversielt. Kvinner med type 1 livmor kreft med patologiske risikofaktorer som dyp myometriets invasjon, høy svulst klasse, cervical invasjon og /eller bekken-begrenset extrauterine spredning har en 15-30% risiko for tilbakefall til tross for adjuvant bekken strålebehandling (RT) [17]. Strålebehandling Oncology Group (RTOG) gjennomført to prospektive, multi-institusjonelle studier (9708 og 9905) som ble utformet for å evaluere gjennomførbarhet og effekt av samtidig kjemoterapi og postoperativ RT for kvinner med International Federation of gynekologi og fødselshjelp (FIGO) Stages IC-IIIC, høy risiko, skriver en livmorkreft. Gitt de rapporterte responsrate på 30-35% med kjemoterapi alene, ble disse forsøkene utført for å vurdere sikkerhet og overlevelse utfall for en kombinert modalitet tilnærming for høy risiko og avansert stadium livmorkreft. RTOG 9905, den randomiserte sammenligning av adjuvant kjemoradioterapi versus RT alene, ble stengt tidlig på grunn av dårlig opptjening og dermed overlevelse, endepunktet ble ikke analysert. Ikke desto mindre, vev ble samlet inn for utforskning av nye biomarkører og kliniske korrelasjoner.
microRNAs (mirnas) er en klasse av små ikke-kodende RNA som hemme genekspresjon av nedstrøms mål ved binding av komplementære områder i 3 «utranslaterte regioner (UTR) av messenger RNA. Som globale genet regulatorer, mirnas fungere som en ny klasse av onkogener eller tumor suppressors avhengig av mobilnettet sammenheng. Endringer i miRNA uttrykk nivåer har vært innblandet i onkogenese samt tumorbiologi i praktisk talt alt kreft [18]. Tydelig miRNA uttrykk signaturer er også beskrevet for type 1 og type 2 livmorkreft [19], som støtter deres evne til å reflektere iboende tumorbiologi. I tillegg arvet varianter i miRNA bindingsseter i onkogener har vist seg å forutsi risikoen for kreft, tumorbiologi og endret miRNA signaturer [20].
Den første eksempel på en funksjonell miRNA bindingssete mutasjon er en variant allel i 3′-UTR av
KRAS plakater (rs61764370), til en germline mutasjon funnet forstyrre
la-7
binding, øke
KRAS
uttrykk [21] og forutsi kreftrisiko [21] – [24]. Denne mutasjonen har i tillegg vært assosiert med endret gen og miRNA ekspresjon i tumorer [21] – [23], [25]. Interessant,
KRAS-
variant spår eggstokkreft risiko hos postmenopausale kvinner [22], trippel negativ brystkreft hos kvinner før menopausen [22], og aggressiv brystkreft tumorbiologi hos postmenopausale kvinner med en historien om hormonbehandling [26], noe som tyder på at det er en sannsynlig effekt av østrogen på tumorassosiert funksjon av
KRAS-
variant. I tillegg vises det
KRAS-
variant for å forutsi kreft biologi i alle krefttilfeller hittil studert, inkludert de som det ikke ser ut til å forutsi økt risiko [27] -. [28]
Formålet med denne studien var mangfoldige: 1) for å finne ut om
KRAS-
variant er forbundet med risiko for endometriekreft; 2) å vurdere sammenslutning av miRNA uttrykket signaturer med kliniske funksjoner i vevsprøver fra RTOG 9708 og 9905; og 3) å avgjøre om
KRAS
-variant er forbundet med livmorkreft biologi ved å evaluere både klinisk og miRNA uttrykket foreninger i de samme studiene.
Materialer og metoder
kasus-kontrolldata
fagene av case-control studie ble Connecticut innbyggere diagnostisert med primær endometriekreft mellom oktober 2004 og september 2008. Studier ansatte i Rapid saken Konstatering arm av Yale Cancer Center besøkte Connecticut generelle sykehus å avgjøre saken valgbarhet og identifiserende informasjon. Kontrollene ble identifisert ved tilfeldig oppringing. Blodprøver eller spytt prøvene ble samlet inn fra disse forsøkspersonene. Fra innsamlede prøver, ble DNA isolert ved hjelp av Magna ren nukleinsyre kit (Roche Diagnostics, Indianapolis, IN) for buffy-coat blodceller, og Oragene kit (DNA Genotek Inc, Canada) for spyttprøver. Nærværet av
KRAS
-variant ble påvist ved anvendelse av en TaqMan PCR-analyse for å identifisere den villtype (T) eller variant (G) ved hjelp av allel allel-spesifikke prober, slik som tidligere beskrevet [21]. På grunn av den mindreårige allelfrekvenser, ble den heterozygot (TG) og homozygot (GG) former kombineres for analyse for å sammenligne med villtype-allelet (TT).
Etikk erklæringen for Case-kontrolldata
Denne protokollen ble godkjent av Yale menneskerettighets~~POS=TRUNC Investigations Committee og State of Connecticut Department of Public Health Menneskelig Investigation Committee. Visse data som brukes i denne studien er hentet fra Connecticut Tumor registret i Connecticut Department of Public Health.
RTOG 9708 og 9905
RTOG 9708 var en enarmet fase II studie av adjuvant RT i kombinasjon med cisplatin og paclitaxel kjemoterapi, hvor pasientene var 45 pasienter med type i FIGO 1988 Stage IC-IIIC endometrioid adenokarsinom i livmoren. Etterfølgeren rettssaken, RTOG 9905, var en randomisert to-arm fase III-studie av adjuvant RT med eller uten den samme kjemoterapi, som inkluderte 42 pasienter. Alle pasienter som deltok i de to studiene startet adjuvant strålebehandling innen 8 uker etter operasjonen (total abdominal hysterektomi og bilateral salpingo-ooforektomi). Kvalifiserte pasienter hadde grad 2 eller 3 adenokarsinom med mer enn 50% myometriets invasjon, cervical stromal engasjement eller bekken-begrenset ekstrauterin sykdom og /eller positiv peritoneal cytologi. Pasienter med ikke-endometriod histologi, som papillær serøs eller klar celle, ble ekskludert fra disse studiene.
Adjuvant behandling inkludert bekken RT til en dose på 45 til 50,4 Gy etterfulgt av vaginal brachyterapi. Cisplatin (50 mg /m2) ble levert samtidig på dag 1 og 28. Etter gjennomføringen av RT, fikk pasientene 4 sykler med hjelpestoff cisplatin (50 mg /m
2) og paclitaxel (160-175 mg /m
2) gitt hver 4. uke. Pasientene ble sett i oppfølgingen hver 4. måned i 2 år, deretter hver 6. måned for ett år og deretter årlig. En celleprøve og brystet X-ray ble utført hvert år.
Etikk erklæringen for RTOG 9708 og 9908
Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle pasienter før innmelding. De kliniske utfall og toksikologiske data for RTOG 9708 har tidligere blitt publisert [17], [29]. RTOG 9905 ble avsluttet tidlig på grunn av dårlig opptjening og oppfølging ble avviklet etter minst 12 måneders oppfølging for hver enkelt pasient.
Isolering av DNA og RNA og testing av
KRAS
-variant og mirnas
vevsprøver fra parafininnstøpte formalinfikserte blokker ble microdissected etter identifisering av områder med tilstrekkelig tumor cellularity av en patolog. Tumorsnitt ble de-paraffinized hjelp Xylen og DNA ble isolert for genotyping av
KRAS
-variant som beskrevet ovenfor. Total RNA ble isolert fra parafininnstøpte vevsprøver ved hjelp av Ambion gjenopprette alle kit (Life Technologies, Grand Island, New York) i henhold til produsentens instruksjoner. miRNA ble kjørt på ABI Taqman TLDA plattform. Prøvene ble genotypet for
KRAS-
variant. Dataene var i Hardy-Weinberg likevekt.
Statistical Analysis
Statistisk analyse ble utført ved hjelp av statistisk programvare JMP, v. 8.0.1 (SAS Institute, Cary, NC). For case-control-analyse, ble forekomsten av varianten allel (TG /GG) i forhold til tilfeller med endometriekreft og befolkningskontroll bruker nøyaktig Fisher test. Klinisk, patologiske og behandling kjennetegn ved pasientene i de RTOG studiene ble sammenlignet med allel type (villtype vs. variant) ved hjelp av en t-test eller Fisher eksakt test. Aktuarielle beregningene av sykdomsfri overlevelse (DFS) og total overlevelse (OS) ble beregnet ved hjelp av Kaplan-Meier metoden. Den samlede forekomsten metoden ble brukt til å estimere utbredelsen av lokal-regional svikt (LRF) og fjern svikt (DF). OS ble beregnet fra tidspunktet for randomisering til død uansett årsak. DFS ble definert som intervallet fra datoen for randomisering til utvikling av fjernmetastaser, lokal-regional svikt eller død uavhengig av årsak. LRF ble definert som primær tilbakefall eller progresjon, vaginal tilbakefall og /eller nodal tilbakefall eller progresjon. DF ble definert som fjernmetastaser og /eller para-aorta svikt. Univariat analyse ble utført ved hjelp av Cox-modeller. Estimert prevalens for variant allel ble brukt til styrkeberegning. En type 1 feil (α) på mindre enn 0,05 ble ansett som statistisk signifikant.
For miRNA uttrykket data, ble utført alle pre-prosessering og statistisk analyse i den statistiske programmeringsmiljøet R, ved hjelp av tilpassede funksjonene og Bioconductor limma pakke. Hver prøve ble normalisert hver for seg ved hjelp av de åtte endogene kontroll RNA, og deretter intensitetene ble skalert på tvers av prøvene for å ha lignende fordelinger. Statistisk signifikante endringer i miRNA uttrykket mellom prøver gruppert etter alder, rase, tilstedeværelse av lymphovascular plass invasjon, DFS og
KRAS
-variant status ble bestemt med limma med p 0,05 justert av en Bonferroni korreksjon, og et absolutt fold -Rent ≥2. Hierarkisk clustering var basert på Euklidsk avstand metrisk og Ward link.
Resultater
KRAS
-variant og livmorkreft risiko
I case-control studie for å vurdere rollen til
KRAS-
variant forutsi livmorkreftrisiko, ble allel data innhentet for 583 befolknings kontroller, 430 pasienter med type 1 livmorkreft og 37 pasienter med type 2 kreft. Forekomsten av varianten allel var 13,9% blant kontroller og 16,5% for pasienter med livmorkreft (p = 0,29). Som vist i tabell 1, er utbredelsen av varianten først høyere hos pasienter med type 2 livmorkreft av ikke-endometrioid histologi (24,3%) sammenlignet med type 1 endometrial kreft (16,7%) eller populasjons kontroller (13,9%). Men ingen av forskjellene nådde statistisk signifikans sannsynlig på grunn av det lille antallet type 2-kreft i denne studien.
Mirna Expression i RTOG 9708 og 9905
miRNA uttrykk mønstre ble evaluert fra vevsprøver fra pasienter inkludert i RTOG 9708 og 9905 og testet for tilknytning til kliniske og patologiske egenskaper. Vi fant ingen signifikante forskjeller i miRNA uttrykk mellom prøvene fra de to forsøkene (data ikke vist), således prøvene ble kombinert for etterfølgende analyse. miRNA uttrykk mønstre skilte mellom svulster med lymphovascular invasjon (LVI) kontra de uten. Forskjellig uttrykt mirnas (p-verdi 0,05 og fold-endring 2) inkludert MIR-194, MIR-192, MIR-203, MIR-345, MIR-30e-3p, MIR-210 og MIR-301 (tabell S1, figur 1), som alle ble overuttrykt i svulster med LVI til stede. Tilsvarende var det forskjeller i miRNA uttrykk basert på pasientens alder: svulster hos eldre kvinner (≥51 år) viste overekspresjon av MIR-20b, MIR-10a, og MIR-187 og underexpression av MIR-432 og la 7d (tabell S2 Figur 2) sammenlignet med svulster i yngre kvinner (. 51 år)
Gule representerer pasienter med LVI, og blå representerer pasienter uten LVI
Gule representerer pasienter yngre enn. 51 år gammel, og blå representerer pasienter lik eller eldre enn 51 år.
Kliniske foreninger under
KRAS
-variant i Trials RTOG 9708 og 9905
allel data var tilgjengelig for 46 av 87 evaluerbare pasienter (53%) som deltok i RTOG 9708 og 9905. tilgjengeligheten av allelet data var lik for de to forsøkene, som inkluderte 22 pasienter (49%) fra 9708 og 24 pasienter ( 57%) fra 9905. utbredelsen av
KRAS
-variant var 22% totalt, og var 18% (n = 4) og 25% (n = 6) fra 9708 og 9905, henholdsvis.
KRAS-
varianten ble funnet i bare 1 av 11 (10%) kvinner yngre enn 51 år på tidspunktet for livmorkreftdiagnose, og i 9 av 35 (28%) kvinner som var eldre, selv om disse prevalensrater ikke var statistisk forskjellige (p = 0,41), sannsynligvis på grunn av liten utvalgsstørrelse.
median oppfølgingstid for pasienter med allel data i den kombinerte analysen var 29,3 måneder (min-max, 6.8-124.1 måneder). Pasientkarakteristika, blant annet alder, ECOG funksjonsstatus, og rase, var ikke signifikant forskjellig mellom kvinner med og uten
KRAS-
variant (tabell 2). 1988 FIGO stadium distribusjon, histologi, dybde av myometriets invasjon større enn 50%, og tilstedeværelsen av LVI var også lik mellom gruppene.
3-års OS priser var 100% for
KRAS-
variant pasienter og 77% (95% konfidensintervall [CI]: 58% -87%) for de ikke-variant pasienter (hazard ratio [HR] = 0,3, 95% KI: 0,04 til 2,29, p = 0,24). Et av de 10 pasienter (10%) med en
KRAS-
variant hadde LRF og 2 (20%) hadde DF sammenlignet med 7 (19%) og 13 (36%), henholdsvis, hos pasienter med ikke- -variant allel. HRS for LRF og DF var 0,45 (95% KI: 0,05 til 3,65, p = 0,45) og 0,44 (95% KI: 0,10 til 1,97, p = 0,28) for variant bærere. Disse trendene var ikke signifikant, kanskje fordi studien makt var bare 14-41% for å påvise en signifikant forskjell i de kliniske endepunktene på grunn av liten utvalgsstørrelse og begrenset oppfølging.
Mirna Expression og
KRAS
-variant i RTOG 9708 og 9905
Fordi
KRAS-
variant har tidligere vist seg å være assosiert med endret genet samt miRNA uttrykket i tumorer, vi evaluert miRNA underskrifter fra svulster med og uten
KRAS-
variant. Videre, gitt at miRNA signaturer skilte mellom svulster basert på pasientens alder (skjæringspunkt 51 år), og at de fleste pasienter med
KRAS-
variant var postmenopausal, evaluert vi disse forskjellene bare i svulster fra pasienter som er eldre enn 51 år. Vi fant signifikante forskjeller i miRNA signaturer mellom svulster fra pasienter med
KRAS-
variant og de uten
KRAS-
variant. Disse inkluderte lavere uttrykk for MIR-181b, MIR-324-3p og MIR-518b i
KRAS-
variant pasientenes svulster (tabell 3, figur 3).
Gule representerer pasienter uten
KRAS-
variant og blå pasienter med
KRAS-
variant.
Diskusjoner
Denne studien representerer den første analysen i foreningen av
KRAS-
variant med livmorkreft. Selv om
KRAS
-variant var ikke en prediktor for generell risiko for endometriekreft, det ble beriket hos pasienter med type 2-kreft, med en prevalens på 24,3%. I tillegg, i to prospektive RTOG livmorkreft studier ble miRNA signaturer samt
KRAS-
variant forbundet med distinkte kliniske funksjoner. miRNA signaturer var annerledes mellom svulster med eller uten LVI, mellom svulster i pre- versus postmenopausale pasienter, og mellom
KRAS-
variant pasienter og ikke-variant pasienter. Selv RTOG 9708 og 9905 ble ikke drevet å påvise statistisk signifikante assosiasjoner mellom
KRAS
-variant og utfall, var trenden at
KRAS-
variant var forbundet med bedre resultat, selv om bekreftelse av denne hypotesen krever testing i en større studie med mer statistisk styrke.
Selv om foreningen av miRNA uttrykk og endrede kliniske funksjoner i en svulst har blitt godt dokumentert, kan det virke overraskende at
KRAS
-variant, en bakterie-linje, ikke-proteinkodende sekvens mutasjon som forstyrrer miRNA bindende, spår endret miRNA signaturer i en svulst og endrer også prognose. Men foreningen av
KRAS-
variant med endrede miRNA signaturer er funnet i hver svulst der det har blitt analysert, inkludert lungekreft [21], melanom [10], hode og nakke kreft [30 ] og trippel negativ brystkreft [23].
foreningen av
KRAS-
variant med prognose over tumortyper har også vært mye rapportert. I en kohort av 344 pasienter med hode- og halskreft, selv om en tilknytning til kreftrisiko ikke ble observert, variant bærere hadde et dårligere klinisk resultat justert for alder og stadium (HR 1,6, 95% KI 1,0-2,5) [30], med lavere overlevelse mest uttalt blant pasienter med munnhule kreft i forhold til svelget og strupehodet nettsteder. Flere studier har funnet at
KRAS
-variant spår endret respons på cetuximab hos pasienter med metastatisk kolorektalcancer [28], [31]. I eggstokkreft, spår
KRAS-
variant dårlig resultat på grunn av platinamotstands [23]. Platinum motstand ble også funnet hos pasienter som fikk kjemoterapi alene for metastatisk hode og nakke kreft (Chung, innsendt). Platina motstand er spesielt interessant i forbindelse med de RTOG forsøkene ble undersøkt i dette studiet, hvor en andel av pasientene som fikk cisplatin levert samtidig med stråling og i kombinasjon med paclitaxel. Man kan hypotese at tillegg av stråling til platina agenter kan overvinne den tilhørende motstand, en hypotese som er til vurdering i flere RTOG studier.
Blant
KRAS
-variant positive og negative svulster i denne studien, 3 mirnas ble uttrykt forskjellig, blant annet MIR-181b, MIR-324 og MIR-518b. I pre-kliniske studier har MIR-181b vist seg å fremme celle spredning og redusere apoptose i livmorhalskreftceller [32], megle tumorigenesis gjennom STAT3 [33], og indusere gemcitabin resistens i kreft i bukspyttkjertelen celler [34]. I menneskelige bakterie celle svulster, oppregulering av MIR-518b ble assosiert med en cisplatin-resistent fenotype [35]. Disse studiene kan forklare de forbedrede resultatene sett i vårt arbeid som favoriserte de
KRAS
-variant pasienter, som
KRAS-
variant svulster hadde lavere uttrykk nivåer av MIR-518b. I en studie av nasofaryngeal karsinom, ble nedregulering av MIR-324 forbundet med radioresistance [36]. I vår studie,
KRAS-
variant svulster hadde lavere nivåer av MIR-324, selv om det var ingen klar radioresistance som disse pasientene hadde bedret priser av lokal-regional kontroll.
For et globalt perspektiv av hvilken den differensial miRNA uttrykk som finnes i vår svulster kan representere, brukte vi MIR System, som kombinerer 7 algoritmer og 2 validerte databaser for å identifisere potensielle genet mål for mirnas og deres funksjon, så vel som sti-analyse ved bruk KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes og genomer) [37]. Målgenene av MIR-181b inkluderer
MAP3K3 plakater (mitogen-aktivert protein kinase 3, topp hit),
ESR1 plakater (østrogen reseptor 1, en validert mål), og
KRAS
, mens de for MIR-518b inkluderer
CTNNBIP1 plakater (β-catenin samspill protein) og
MAP3K7IP3 plakater (mitogen-aktivert protein kinase 7 samspill protein 3). For pathway analyse av de anrikede målgener, differensiell ekspresjon av de mirnas er nevnt ovenfor, ble forbundet med langtidspotensiering, baner i kreft, og livmorkreft, så vel som de følgende signalveier: TGF-β, ErbB, MAPK, og Wnt . Wnt /β-catenin signalveien har vist seg å være dysregulerte i 10-45% av livmorkreft og er intimt regulert av østrogen og progesteron [38]. I tillegg er KRAS en viktig mediator oppstrøms av MAPK-reaksjonsveien, og overekspresjon kan føre til økt aktivering av RAF /MEK /MAPK-reaksjonsveien, og således fremme tumorigenesis. Tidligere arbeid har vist at MAPK pathway er aktivert i trippel negativ brystkreft med
KRAS
-variant, og er assosiert med lavere østrogen signaliserer [24]. Disse resultatene og andre tyder på at rollen til
KRAS
-variant i kreftrisiko og biologi kan være avhengig av hormonelle miljø som menopausal status, en pågående tema for studien.
Vi har også utført pathway analyse for de 10 forskjellig uttrykt mirnas for svulster med og uten lymphovascular invasjon. Av interesse, forutsagte måter med fokal adhesjon, regulering av aktin cytoskjelettet, gap junction og adherens knutepunkt var toppen treff av KEGG, samt Wnt, MAPK, TGF-β, og ErbB signalveier.
mens vår studie var begrenset av lite utvalg av de RTOG prøvelser vi utnyttet, som ga utilstrekkelig statistisk styrke for oss å utvikle solide konklusjoner om den potensielle rolle
KRAS-
variant i å forutsi risiko for endometriekreft eller utfall , kunne vi se en potensiell foreningen gjennom endret miRNA uttrykket i svulster. I tillegg var vi i stand til prospektivt samle vevsprøver i en samarbeidsgruppe innstilling og utføre en translasjonell forskning studie, som har produsert foreløpige data verdt validering i større kohorter. Disse funnene støtter videre hypotesen om at det er målbare måter å vurdere heterogenitet av livmorkreft som kan gi viktig prognostisk informasjon i fremtiden for å gjøre det mulig utøvere til mer hensiktsmessig og individuelt direkte pasientbehandling.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Association mellom miRNA uttrykk og lymphovascular invasjon
doi:. 10,1371 /journal.pone.0094167.s001 plakater (docx)
Tabell S2.
Association mellom miRNA uttrykk og alder
doi:. 10,1371 /journal.pone.0094167.s002 plakater (docx)
Takk
Samarbeidet av 28 Connecticut sykehus, inkludert Charlotte Hungerford Hospital, Bridgeport Hospital, Danbury Hospital, Hartford Hospital, Middlesex Hospital, New Britain General Hospital, Bradley Memorial Hospital, Yale /New Haven Hospital, St. Francis Hospital and Medical Center, St. Marys Hospital, Hospital of St. Raphael St. Vincent Medical Center, Stamford Hospital, William W. Backus Hospital, Windham Hospital, Eastern Connecticut Health Network, Griffin Hospital, Bristol Hospital, Johnson Memorial Hospital, Day Kimball Hospital, Greenwich Hospital, Lawrence og Memorial Hospital, Milford Hospital, New Milford Hospital, Norwalk Hospital, Midstate Medical Center, John Dempsey Hospital og Waterbury Hospital, i slik at pasienten er takknemlig erkjent. Vi vil gjerne takke Barbara Silver og Corinne Doll for kritisk lesning av dette manuskriptet.
