Abstract
Bakgrunn
15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase (15 PGDH) er en stoffskifte antagonist av COX-2, kata nedbrytningen av betennelse mediator prostaglandin E2 (PGE
2) og andre prostanoider. Nyere studier har etablert den 15-PGDH genet som tykktarmskreft lyddemper.
Metoder
Vi evaluerte 15-PDGH som tykktarmskreft mottakelighet locus i en tretrinns design. Vi først genotypede 102 single-nukleotid polymorfismer (SNPs) i 15-PGDH genet, som spenner -50 kb opp og ned-stream av koding regionen, i 464 tykktarm kreft-tilfeller og 393 befolkningskontroll. Vi genotypede de samme SNPs, og også analysert uttrykket nivåer av 15-PGDH i tykktarm vev fra 69 uavhengige pasienter som kolon vev og sammenkoblede germline DNA-prøvene var tilgjengelige. I den siste fasen tre, genotypet vi de 9 mest lovende SNPs fra trinn 1 og 2 i en uavhengig utvalg av 525 tilfeller og 816 kontroller (stadium 3).
Resultater
I de to første stadier, tre SNPs (rs1365611, rs6844282 og rs2332897) var statistisk signifikant (p 0,05) i kombinert analyse av sammenheng med risikoen for tykktarmskreft og til forening med 15-PGDH uttrykk, etter justering for multippel testing. For en ekstra SNP, rs2555639, viste T-allelet økt kreftrisiko og redusert 15-PGDH uttrykk, men bare savnet statistisk signifikans (p-justert = 0,063). I fase tre, rs2555639 alene viste tegn til forening med en odds ratio (TT i forhold til CC) på 1,50 (95% KI = 01.05 til 02.15, p = 0,026).
Konklusjoner
data tyder på at rs2555639 T-allelet er assosiert med økt risiko for tykktarmskreft, og at bærere av denne risikoen allelet utstillingen redusert uttrykk av 15-PGDH i tykktarmen
Citation. Thompson CL, Fink SP, Lutterbaugh JD , Elston RC, Veigl ML, Markowitz SD, et al. (2013) genetisk variasjon i 15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase og tykktarmskreft følsomhet. PLoS ONE 8 (5): e64122. doi: 10,1371 /journal.pone.0064122
Redaktør: Xiao-Ping Miao, MOE Key Laboratory for miljø og helse, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology, Kina
mottatt: 16 januar 2013; Godkjent: 10 april 2013; Publisert: May 22, 2013
Copyright: © 2013 Thompson et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Cancer Institute (tilskudd K07 CA136758 til CLT, R01 CA136726 til LL) og saken Comprehensive Cancer Center (P30 CA043703). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Tykktarmskreft kreft~~POS=HEADCOMP er sluttresultatet av en flertrinns prosess av genetiske og epigenetiske forandringer som resulterer i aktivering av onkogene veier, samt inaktivering av tumor suppressor trasé [1]. En viktig hendelse i løpet av progresjon av kreft i tykktarmen er opp-regulering av cyklooksygenase-2 (COX-2) onkogenet [2], [3], [4], [5]. COX-2 katalyserer omdannelsen av arachidonsyre til PGH
2, som er et mellomprodukt substrat for en rekke bioaktive prostaglandiner, deriblant PGE
2 [6], [7], det dominerende prostaglandin funnet i tykktarmskreft vev [8]. Flere linjer av bevis tyder på at den økte produksjon av PGE
2 medierer den oncogene effekt av COX-2 [7], [9], [10], [11].
15-Hydroxyprostaglandin dehydrogenase ( 15-PGDH) er det hastighetsbegrensende enzym i nedbrytningen av prostaglandiner, inkludert PGE
2, og direkte motvirker den COX-2 onkogen pathway av prostaglandin produksjon [12]. 15-PGDH er sterkt uttrykt i normal tykktarmsslimhinne, er regulert gjennom TGF-β tumor suppressor vei, og undergår tap av ekspresjon i tykktarmskreft [13], [14]. Vi har tidligere vist at tumor suppressor funksjon av 15-PGDH, finne at re-uttrykk for 15-PGDH i en tykktarmskreft cellelinje blokker tumorvekst etter injeksjon i atymiske mus, og det slo ut murine 15-PGDH resulterer i en økt utvikling av tykktarmssvulster [13], [15]. Videre, i humane studier har vi funnet en betydelig 12-ganger forskjell i nivåene av rektal 15-PGDH blant personer med lavest til høyest 15-PGDH transkripsjonsnivåer, og at lave nivåer av rektal 15-PGDH var assosiert med øket kolorektal adenom (en forløper til tykktarmskreft) tilbakefall [16].
Disse funnene bedt oss om å undersøke om arvelig genetisk variasjon på 15-PGDH locus ville forklare den brede befolkning variasjonen i nivåene av colon 15-PGDH, og vil også bli assosiert med risiko for å utvikle tykktarmskreft. Vi evaluerte foreningen med tykktarmskreft risiko for SNP markører spenner -50 kB oppstrøms til ~40 kB nedstrøms av 15-PGDH genet kodende region i en populasjonsbasert case-control studie i to etapper. Vi testet de samme SNPs for sine assosiasjoner til uttrykk nivåer av 15-PGDH i kolon vev i en egen pasientpopulasjon.
Materialer og Metoder
Studiedesign
Vi ansatt en tre trinns studie design for dette prosjektet. I den første fasen, undersøkte vi alle kjente SNPs i 15-PGDH genet, som strekker seg over 50 kb oppstrøms til 40 kb nedstrøms, for assosiasjon med risiko for tykktarmskreft i en populasjonsbasert case-control studie. I det andre trinn, evaluerte vi foreningen av disse samme SNPs med 15-PGDH-ekspresjon i colonic epithelial vevet fra en selvstendig prøve av pasienter. Vi brukte en meta-analyse tilnærming til å kombinere resultatene fra trinn 1 og 2 for å identifisere de mest lovende SNPs for å gå videre til scenen 3. I fase 3, genotypet vi disse topp SNPs i en andre prøve av tykktarmskreftpasienter og befolkning kontrollerer for validering.
pasientgrupper
for foreningen analyse av 15-PGDH SNPs med risikoen for tykktarmskreft, ble hendelsen tilfeller identifisert fra delstaten Kentucky Surveillance, Epidemiology og sluttresultatet ( seer) registret. Kontrollene ble rekruttert gjennom tilfeldige sifret oppringings og venn henvisninger. Rekruttering av denne studiepopulasjonen ble beskrevet mer i detalj tidligere, [17]. Totalt denne studiepopulasjonen er ca 94% kaukasisk [17]. For å minimere effekten av befolkningen stratifisering og å øke homogenitet, begrenset vi våre analyser til bare individer egenrapportering som kaukasiere. For oppdagelsen sett (trinn 1), ble fagene rekruttert fra februar 2003 til desember 2005 og omfattet 464 tilfeller og 393 kontroller egenrapportering som kaukasisk. Replikering sett (brukes i trinn 3) inkludert 525 kaukasiske tilfeller og 816 kaukasiske kontroller rekruttert fra januar 2006 til juni 2010. Alle deltakere gitt skriftlig informert samtykke, gjennomført en omfattende risikofaktor spørreskjema og donerte en blodprøve. Fullblod ble sendt til forskningslaboratoriet ved Case Western Reserve University natten og behandlet umiddelbart. DNA ble isolert fra buffy coats separert fra fullblod samlet i standard ETDA rør.
For å studere effekten av SNPs på vev genekspresjon (trinn 2), normal kolon vevssnitt ble samlet inn fra 69 kaukasiske pasienter rekruttert ved Universitetet sykehus sak Medical Center (UHCMC). Alle deltakerne gitt informert samtykke. RNA og DNA fra vevsprøver ble fremstilt ved ekstraksjon med guanidin isotiocyanat som tidligere beskrevet [18]. Totalt cellulært RNA og genomisk DNA ble separert ved ultrasentrifugering av ekstraktet gjennom en pute cesium. Begge studiene ble godkjent av UHCMC Institutional Review Board.
Genotyping
Vi inkluderte alle kjente SNPs fra 50 kb oppstrøms til 40 kb nedstrøms av 15-PGDH som på tidspunktet for oppstart av vår studie var oppført som Illumina Golden Gate validert, og som ABI TAQMAN analyser var tilgjengelig. ABI TaqMan kjemi ble ansatt for å genotype disse prøvene i henhold til produsentens protokoll. Nærmere bestemt, ble 2 pl aliquoter inneholdende 5-10 ng DNA overført fra 96-brønners plater reservoar til 384-brønners analyseplater for hver enkelt vesen genotypet. Flere 384-brønners plater ble generert; DNA’et ble tørket ned, platene deretter forseglet og frosset inntil analyse. En 5 mL delmengde av Master Mix, Probe Primeren ble robot tilsatt til hver brønn i en 384-brønners plate belagt med tidligere DNA. PCR [40 Cycles] ble utført på en ABI GeneAmp PCR System 9700 Dual Leder Instrument og endepunkt leser ble utført ved hjelp av ABI 7900 Sequence Detection System (SDS). Siden TaqMan kjemi er et PCR-basert prosedyre, ble alle analyse mikser forberedt på en amplicon fritt rom for å unngå forurensning.
For å sikre datakvalitet, hver SDS filen ble individuelt vurdert før dataene ble eksportert for å sikre baseline er riktig innstilt. I 384-brønn assay layout, ble den siste kolonnen av platen som er reservert for vann emnene for å sikre at ingen forurensning oppstått under platekledning. DNA-prøver, enten fra Coriell eller fra vår egen database, med kjente genotyper for SNPs blir avhørt i denne studien ble inkludert på hver analyse plate for å tjene som positive kontroller og å identifisere de 3 genotyper. Fire replikate prøver ble tatt med i oppdagelsen prøven (fase 1) og tykktarm vev uttrykk prøve (fase 2), som ble genotypet på samme tid, og 29 replikate prøver ble tatt med i validerings prøven (fase 3) for å bekrefte nøyaktig genotyping i studien. Genotype samsvar av replika og kontrollprøvene ble bekreftet. Hvis 100% samstemmighet ikke ble observert, ble de primære datafilene gjennomgått og typisk analysen ble gjentatt. Den samlede takst var 94,6% (detaljer i tabell S1).
Kvantitativ Real-Time PCR Måling av 15-PGDH
Integritet isolert total RNA ble kontrollert ved hjelp av en Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, California) og konsentrasjoner ble bestemt ved hjelp av et ND-1000 spektrofotometer (Nanodrop, Wilmington, DE). Alle revers transkripsjon kvantitative real-time PCR-analyser ble utført i henhold til MIQE retningslinjer [19]. cDNA ble syntetisert fra 1 pg inngangs RNA ved bruk av AMV revers transkriptase (Roche, Indianapolis, IN) ved å følge produsentens anbefalte protokoll. Real-time PCR måling av 15-PGDH ble utført ved hjelp av menneskelig hydrolyse Probe /Primer satt Hs00168359_m1 (HPGD, NM_000860) fra Applied Biosystems (Foster City, CA). En 25 ul reaksjonsblanding inneholdt 1 pl (40 ng) av cDNA templat og en 1:20 fortynning av en enkelt primer /probe angitt i 1X Supermix (Bio-Rad, CA) og ble kjørt på en CFX96 optisk modul (Biorad, Hercules , CA). Termisk sykling forhold for alle analysene var 95 ° C i 4 minutter, etterfulgt av 50 sykluser av 95 ° C i 15 sekunder og 60 ° C i 1 min. Cytokeratin 20 (KRT20), en markør for colonic epithelial cellemasse, ble benyttet som referanse genet for normalisering og ble amplifisert ved bruk av det humane KRT20 (NM_019010) hydrolyse primer /probe kit Hs00300643_m1 fra Applied Biosystems å følge de samme reaksjonsbetingelser som ovenfor. KRT20 ble valgt fordi det er en spesifikk markør for colonic epithelial masse [7], [15], [16], så vel som å ha ensartet ekspresjon av mikromatriseanalyse i 16 normale tykktarm vevsbiopsier og colonic krypten epitel-celler isolert fra en ekstra 5 normale biopsiprøver (Markowitz, upubliserte data). For hver revers transkripsjon reaksjon, ble 15-PGDH og KRT20 kvantifisering syklus (Cq
15-PGDH og Cq
KRT20) verdier fastsettes som gjennomsnittet verdier hentet fra tre uavhengige real-time PCR reaksjoner. Det generelle nivået av 15-PGDH RNA ble bestemt som forholdet mellom 15-PGDH: KRT20 = 2 exp (Cq
15-PGDH-Cq
KRT20). RNA som ikke hadde gjennomgått den reverse transkriptase trinnet, så vel som en vannprøve som ble ført gjennom den reverse transkriptase trinnet ble anvendt som negative kontroller, og var negative for alle analyser utført.
Statistiske analyser
for kvalitetskontroll, ble hver SNP testet for avvik fra Hardy-Weinberg likevekt (HWE) i kontroll befolkningen via en chi-kvadrat test av forskjell fra forventning. SNPs som viste tegn til avvik fra HWE (p 0,05) ble ekskludert fra videre analyser
Odds ratio (OR) og 95% konfidensintervall (KI) for tykktarmskreft ble vurdert gjennom en logistisk regresjon kontrollerer for alder. og kjønn. I den logistiske regresjoner ble allelet mer vanlig i tilfeller (sammenlignet med kontroller) vurdert risikoen allelet. For hver SNP, ble individer kodet som 0, 1 eller 2, som representerer antall risiko alleler på dette stedet. De odds ratio ble beregnet for å ha en risiko allel og for å ha to risiko alleler, sammenlignet med ingen risiko alleler. Den samlede p-verdi ble beregnet for den p-verdi på trenden for risiko pr rekke risiko alleler (additiv modell)
forskjell i gjennomsnittlig 15-PGDH vev uttrykk for hver av de tre mulige genotyper for hvert SNP ble evaluert ved anvendelse av en enveis ANOVA med to frihetsgrader. Gitt at vi skulle teste vår
a priori
hypotese om at risikoen allelet er assosiert med redusert 15-PGDH uttrykk, rapporterte vi ensidige p-verdier. Når risikoen allelet viste høyere ekspresjon, ble en p-verdi på en tilordnet.
For å kunne bestemme hvilken SNP’er viste den mest bevis på begge assosiasjon med 15-PGDH ekspresjon og risikoen for tykktarmskreft, brukte vi Fisher metode for å kombinere p-verdier [20] fra oppdagelsen SNP foreningen og uttrykk analyser. Fisher-metoden gjør det mulig å kombinere de p-verdier, spesielt i multi-trinns analyse, for å trekke lignende slutning ved hjelp av forskjellige statistikker beregnes fra de samme prøvene. Hver av statistikken kombinerte tester et annet aspekt av den biologiske hypotese som undersøkes. Strøm kan forbedres ved å kombinere de p-verdiene for de forskjellige testene. For å møte flere testing, vi deretter utnyttet den falske funnraten (FDR) metode for Benjamini og Hochberg [21] til de kombinerte p-verdier.
De 9 topp SNPs identifiserte ble deretter evaluert for tilknytning til tykktarmskreftrisiko i replikering stilles inn med de samme statistiske metoder som oppdagelsen sett. Vi kombinerte resultatene fra første og andre case-kontrollprøver ved hjelp av en tilfeldig effekt modell. Alle statistikker bortsett fra meta-analysen ble beregnet ved hjelp av SAS 9.2 og p-verdier 0,05 ble ansett som statistisk signifikant
Resultater
SNP-Colon Cancer Association Discovery
Cases. i fase 1 var mer sannsynlig å være mann, og var i gjennomsnitt eldre enn kontrollene (tabell 1). Av de 102 SNPs evaluert i oppdagelsen befolkningen, 25 var enten monomorfe eller hadde en MAF 5% i vår befolkning. Av de resterende, to ble funnet å være ute av HWE, og en måtte ringe hastighet 80%. Disse 28 SNPs ble ekskludert fra alle videre analyser. Blant de resterende 75 SNPs, ble åtte signifikant assosiert med tykktarmskreft risiko i den logistiske regresjonsmodellen på p 0,05 (justert for multiple testing) nivå (tabell S1): rs1365611, p 0,0001; rs6844282, p 0,0001; rs2332897, p 0,0001; rs10520282, p = 0,0035; rs1426936, p = 0,012; rs34299544, p = 0,024; rs2555639, p = 0,038; og rs5007089, p = 0,046. Alle resultater er gitt i tabell S1, og fem av disse som møtte kriteriene for inkludering i replikasettet (basert på resultater i både risiko foreningen og tykktarmen vev genekspresjon eksperiment, se også nedenfor) er beskrevet i Tabell 2.
Association med 15-PGDH Expression
Det samme komplett sett av 102 SNPs ble evaluert for tilknytning til vev uttrykk nivåer av 15-PDGH i et uavhengig sett med 69 pasienter (komplette resultater i tabell S2). Av disse pasientene, 38 (55%) var menn og 31 (45%) var kvinner. Gjennomsnittsalderen var 70,1 (SD = 13,8), og aldersspredningen var 18-94. Av de 102 genotypede SNPs, to mislykkede QC og 14 var monomorfe. Disse ble ekskludert fra videre analyser. Av de resterende 84 SNPs, ble fire statistisk signifikant korrelert med uttrykk nivåer på p 0,05 (tabell S2). Detaljerte uttrykk resultatene er gitt for de samme 9 SNPs valgt for validering (se også nedenfor) i tabell 3.
Ved å kombinere p-verdier fra uttrykk og foreningen resultater ved hjelp av Fisher metode, den ni mest statistisk signifikante SNP’er (tabell 2), ble utvalgt for validering ved å teste for tilknytning til tykktarmskreft i en uavhengig replikasjon sett av kasser og kontroller. Av disse topp 9 mest betydelige SNPs, 3 (rs1365611, rs6844282 og rs2332897) forble signifikant etter justering for multippel testing (tabell 3) (rs1365611 p = 0,038, rs6844282 p = 0,038 og rs2332897 p = 0,032), og en mer hadde en multippel testing justert p-verdi på i overkant av 0,05 (rs2555639, p = 0,063).
Validering Association
i fase 3 validering prøven, tilfellene var mer sannsynlig å være mann og var eldre, på gjennomsnitt enn kontrollene, som i fase 1 (tabell 1). Toppen 9 SNP’er, basert på de kombinerte p-verdiene som viser tegn for assosiasjon med kolonkreft og /eller 15-PGDH ekspresjon i tykktarmen, ble valgt ut for validering i den uavhengige sett av 525 tykktarmskreftpasienter og 816 kontroller. Av disse SNPs, rs2555639 viste statistisk signifikant bevis for assosiasjon med tykktarmskreft risiko ved p. 0,05 nivå (via en logistisk regresjonsanalyse) (tabell 4)
Ved å kombinere data fra case-control oppdagelse og validerings populasjoner, våre data tyder på at det å ha to kopier av T allelet av rs2555639 overfører anslagsvis 58% (95% KI: 19% -109%, p = 0,0015) økning i odds for tykktarmskreft sammenlignet med personer med to eksemplarer av C-allelet (tabell 5). Videre er rs2555639 T-allelet også assosiert med redusert uttrykk nivåer av 15-PGDH tumor suppressor gen (tabell 3, p = 0,012),
Diskusjoner
Her presenterer vi bevis i foreningen mellom T allel av 15-PGDH rs2555639 SNP og risikoen for tykktarmskreft i en iscenesatt studiedesign. Dette allel ble også assosiert med redusert 15-PGDH ekspresjon i tykktarmen vev i en uavhengig pasientpopulasjon. Dette SNP kartene 17,74 Kb oppstrøms for 5 «UTR av den 15-PGDH-genet, i det antatte regulerende område av genet (fig. 1). Vår studie understreker dermed betydningen av å vurdere genetisk variasjon i promotorområdene ved vurdering av sammenslutningen av arvelig variasjon med predisposisjon for sykdom.
Mens rs2555639 var den eneste SNP som var signifikant assosiert med risiko for tykktarmskreft i hver av de funn og validering setter uavhengig, flere andre SNPs hadde svært signifikant sammenheng med risiko ved kombinasjon av data fra de funn og valideringsprøver (tabell 5), inkludert rs1365611 (OR = 1,73, 95% KI: 1,26 til 2,37, p = 0,0008 ), rs6844282 (OR = 1,42, 95% KI: 1,10 til 1,83, p = 0,0078), og rs2332897 (OR = 1,74, 95% KI: 1,27 til 2,38, p = 0,0006). Oppdagelsen og replikering sett viser imidlertid tegn på heterogenitet (tabell 5), og disse 3 SNPs var ikke signifikant i valideringen prøven. Videre studier med et større utvalg vil være nødvendig før noen endelige konklusjoner kan nås om foreningen av disse tre ekstra SNPs med risikoen for tykktarmskreft.
SNP rs2555639 faller inn i en ekstremt liten LD blokk, med dårlig korrelasjoner med nabo SNPs. Dette kan forklare hvorfor ingen andre SNPs i tagging panelet vi testet var signifikant assosiert med sykdomsrisiko (fig. 2). For samme grunn, ville rs2555639 være usannsynlig å ha blitt oppdaget i tidligere genom-wide assosiasjonsstudier (GWAS) som avhengig av valg av paneler av tagging SNPs, og fant ikke statistisk signifikant sammenheng i 15-PGDH region [22] [23], [24].
LD tomt på alle SNPs valgt for replikering i alle kaukasiske prøver. Verdier innenfor boksene er korrelasjoner (R
2).
På samme måte tidligere kandidat genet studier av foreningen av den 15-PGDH SNPs med tykktarmskreft risiko også mislyktes i å oppdage rs2555639. Disse tidligere studier identifisert to SNPs i PGDH – rs2612656 og rs8752 – som individuelt viser signifikant sammenheng med tykktarmskreft [25]. Men ingen ble kopiert i en valideringsstudie [26]. Begge disse to tidligere studier begrenset regionen undersøkt til enten hoveddelen av 15-PGDH-genet eller til bare 5 kb flankerende genomisk sekvens [25], [26]. Dermed ingen av disse studiene ville ha oppdaget foreningen av rs2555639 med tykktarmskreft risiko. En annen tidligere studie evaluert assosiasjonen av bare to ikke-synonyme koding SNPs i 15-PGDH med kolon adenom risiko [27]. Vi gjorde ikke vurdere sammenslutning av disse SNPs med risiko for tykktarmskreft i vår studie på grunn av deres lave mindre allelfrekvenser (3% og 1%, henholdsvis).
En begrensning av vår studie er at vi bare evaluert foreningen av 15-PGDH locus SNPs med tykktarmskreftrisiko blant personer egenrapportering som kaukasiske, som er hovedsakelig av europeisk herkomst. Dermed kan vi ikke vurdere om foreningen av rs2555639 med både tykktarmskreft og 15-PGDH uttrykk holder i andre raser. I tillegg er utelukket vi SNP’er med en mindre allel frekvens mindre enn 5%. Dette, i kombinasjon med vår relativt lite funn utvalgsstørrelse, kan ha begrenset vår evne til å oppdage noen tilknytning til enten sjeldne 15-PGDH varianter eller mer vanlige varianter med svært lave effekter. En annen potensiell begrensning er at begge våre stadium 1 og stadium 3 prøver ble trukket fra staten Kentucky befolkningen. Validering av våre resultater i andre uavhengige, ikke-Kentuckian populasjoner er dermed garantert.
Den viktige rollen av COX-2 og arakidonsyre veien i utviklingen av tykktarmskreft er godt etablert, som er rollen til 15 -PGDH som en metabolsk suppressor av COX-2 sti og en tykktarmskreft suppressor genet [4], [5]. I denne studien har vi vist bevis for arvet variasjoner i 15-PGDH genet i potensielt regulere 15-PGDH uttrykk nivåer i tykktarmen samt overdragelse mottakelighet for tykktarmskreft. Vi har identifisert en enkelt SNP, rs2555639, 17,74 kb oppstrøms for 5 «UTR av den 15-PGDH-genet, som er forbundet både med lavere kolon 15-PGDH ekspresjon og med øket risiko for tykktarmskreft. Denne studien illustrerer fordelen av å kombinere tester av SNP sammen med vev 15-PGDH uttrykk og med sykdomsrisiko, da dette kombinert tilnærming har tillatt oss å identifisere 15-PGDH rs2555639 T-allelet som en potensielt funksjonell og romanen tykktarmskreft mottakelighet variant i en 3-trinns studien til tross for den beskjedne utvalgsstørrelser til både oppdagelse og replikering kasus-kontrollsett. Vi skal påpeke at vi brukte α = 0,05 som cut-off for å erklære replikering betydning i valideringsfasen uten ytterligere justering for multippel testing. Selv om validerings SNPs ble valgt basert på den kombinerte bevis fra trinn 1 og 2 for deres tilknytning til både risikoen for tykktarmskreft og uttrykk 15-PGDH vev, må man vise forsiktighet ved tolkningen våre replikering resultater. Likevel bør våre resultater stimulere videre studier for å validere rs25556399 variant som disponerer for tykktarmskreft i andre uavhengige populasjoner, samt til å undersøke andre SNP varianter i 15-PGDH locus i utvikling av tykktarmskreft.
støtte Informasjon
Tabell S1.
Komplett SNP-Colon Cancer Association Resultater i Discovery Befolknings. Distribusjon (N (%)) av homozygot større allel, heterozygot og homozygot mindre allel, og OR av homozygot risiko (definert som mer vanlig i saker sammenlignet med kontroller) vs. homozygot henvisning
doi:. 10,1371 /journal.pone. 0064122.s001 product: (DOCX)
Tabell S2.
Komplett SNP-Expression Resultater i vevsprøve Befolkning
doi:. 10,1371 /journal.pone.0064122.s002 plakater (docx)
