Abstract
Mål
TP53BP1 genet kan være involvert i utviklingen av kreft gjennom å forstyrre DNA reparasjon. Men studier som undersøker sammenhengen mellom TP53BP1 Glu353Asp (rs560191) polymorfisme og kreft ga motstridende og uklare resultater. For å realisere disse tvetydige funn, ble en meta-analyse utført for å vurdere sammenhengen mellom TP53BP1 Glu353Asp (rs560191) polymorfisme og faren for kreft.
Metoder
Vi gjennomførte et søk av alle Norsk rapporterer om studier for sammenhengen mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og faren for kreft ved bruk av Medline, Cochrane Library, EMBASE, Web of Science, Google (lærd), og ble identifisert manuelt og on-line hjelp CBMDisc alle kinesiske rapporter , Chongqing VIP database, og CNKI database. De strenge utvalgskriterier og eksklusjonskriterier ble bestemt, og odds ratio (ORS) med 95% konfidensintervall (CIS) ble brukt for å vurdere styrken av assosiasjoner. Den faste eller tilfeldige effekt modellen ble valgt basert på heterogenitet test blant studier. Publikasjonsskjevhet ble beregnet ved hjelp av trakt plott og Egger er regresjon test.
Resultater
I alt syv studier ble inkludert i metaanalysen inkludert 3.213 tilfeller og 3,849 kontroller. Resultatene indikerte at Glu353Asp (rs560191) polymorfisme i TP53BP1 genet hadde ingen sammenheng med kreftrisiko for alle genetiske modeller. I subgruppeanalyse, resultatene antydet at Glu353Asp polymorfisme ikke var assosiert med risiko for kreft i henhold til etnisitet, krefttype, genotyping metode, justert med kontroll eller ikke, HWE og kvalitetspoeng.
Konklusjoner
Denne meta-analysen antydet at Glu353Asp (rs560191) polymorfisme i TP53BP1 genet ikke var assosiert med risiko for kreft
Citation. Liu L, Jiao J, Wang Y, Zhang D, Wu J, Huang D (2014) Mangel på Forbund TP53BP1 Glu353Asp Polymorphism med risikoen for kreft: en systematisk oversikt og meta-analyse. PLoS ONE 9 (3): e90931. doi: 10,1371 /journal.pone.0090931
Editor: William B. Coleman, University of North Carolina School of Medicine, USA
mottatt: 27 desember 2013; Godkjent: 04.02.2014; Publisert: 06.03.2014
Copyright: © 2014 Liu et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Forfatterne har ingen støtte eller finansiering for å rapportere
konkurrerende interesser:.. forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Det ble rapportert at det var om lag 12,7 millioner nye krefttilfeller og 7,6 millioner kreftdødsfall gjennom hele verden i 2008 [1]. Imidlertid etiologien av kreft er fortsatt ukjent og sykdomsmodifiserende behandlinger er begrenset. I tillegg, siden involvering av cytokiner i kreft ble antatt, var det mange kandidatgener nærmer i å utforme en case-control forening studie av enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) inkludert p53-bindende protein 1 (TP53BP1).
TP53BP1 genet har spilt en viktig rolle i både DNA-reparasjon og cellesykluskontroll og formidler også DNA skade sjekkpunkt gjennom samarbeid med skade sensorer og signal transdusere [2]. Den TP53BP1 inneholder to BRCA1 C-terminal (BRCT) domener, som er avgjørende for tumor suppressor funksjoner [3]. Den SNP’er for TP53BP1 gen kan spille en viktig rolle i etiologien av kreft på grunn av en direkte rolle TP53BP1 i den cellulære respons på DNA-skade. Tidligere undersøkelser har avdekket at ingen sammenheng mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) SNPs og kreftrisiko [4] – [9], men Kiyohara et al. rapportert at Glu /Glu genotype av TP53BP1 Asp353Glu var assosiert med en redusert risiko for lungekreft [10]. Så resultater fra studier om sammenheng mellom Asp353Glu (rs560191) polymorfisme i TP53BP1 genet og risiko for kreft er i konflikt.
Vurderer en enkelt studie kan mangle kraft til å gi en pålitelig konklusjon, vi utførte en meta-analyse på disse kvalifiserte studier for å undersøke den nøyaktige forholdet mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og faren for kreft, noe som ville ha en mye større mulighet til å nå rimelig sterke konklusjoner.
Metoder
Valg av kvalifiserte Studies
Vi søkte Medline (US National Library of Medicine, Bethesda, MD), Embase, Cochrane Library, kinesisk Biological Medicine, China National Knowledge Infrastruktur, Wang Fang data og Chongqing VIP database (Sist søket ble oppdatert desember 20, 2013) bruker begrepene «p53-bindende protein en eller TP53BP1 eller 53BP1», «Asp353Glu eller rs560191 eller D353E», «kreft eller tunor eller carcinoma» og «polymorfisme, variant eller mutasjon». Utvalget ble gjort uten restriksjoner på språk, men vi bare inkluderte publiserte artikler som er skrevet på engelsk eller kinesisk. Vi brukte PubMed alternativet «Relaterte artikler» for hver studie for å hente flere potensielt relevante artikler. Referanselister ble sjekket og forskere ble kontaktet for ytterligere litteratur
utvalgskriterier
Studier ble valgt hvis de oppfylte følgende kriterier: (1). Assosiasjon studie med en case-control eller kohort design; (2) studien undersøkte sammenhengen mellom TP53BP1 (rs560191) polymorfisme og risiko for kreft; . (3) i tilfelle av flere publikasjoner fra samme studiegruppen, ble den mest komplette og siste resultatene brukes
Eksklusjonskriterier
eksklusjonskriterier ble definert som: 1) sammendrag anmeldelser og dyrestudier; 2) ubrukelig data rapportert, genotype nummeret eller frekvensen ikke inkludert; og 3) studie uten tilstrekkelige data for meta-analyse. Hvis mer enn én studie ble publisert av de samme forfatterne som bruker samme sak serien, var bare den siste studien eller studiet med den største størrelsen av prøver som inngår i vår meta-analyse.
Data Extraction
To lesere (Lei Liu og Jinghua Jiao) uavhengig gransket studier på sammenhengen mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og risiko for kreft. Når avvik ble dukket opp, ble alle etterforskere rekruttert til å vurdere dataene. Følgende informasjon ble samlet: Først forfatter, publiserings år, beliggenhet, etnisitet, utvalgsstørrelser av pasienter og kontroller, studiedesign og genotype tall
Anmelderne utviklet en kvalitetsvurdering skala (tabell 1), som ble endret. fra tidligere studier [11] – [13], for å vurdere kvaliteten på utvalgte studier
gjennomgang og analyse ble ledet til å gjennomføre ved PRISMA regnskapet for foretrukne rapportering av systematisk oversikt og meta-analyse. [14].
Statistical Analysis
Odds ratio (ORS) med 95% konfidensintervall (cIS) for genotyper og alleler ble brukt for å vurdere styrken på sammenhengen mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og risikoen for kreft. ORS ble utført for allel kontraster, additiv genetisk modell, samt recessive genetiske modell og dominant genetisk modell, henholdsvis. Heterogenitet ble undersøkt med
I
2
statistikk tolkes som andelen av totale variasjonen bidratt med mellom-studie variasjon. Vi målte også effekten av heterogenitet ved hjelp av et kvantitativt mål,
I
2
= 100% x (Q-D-f) /Q. Hvis det var en statistisk forskjell i forhold til heterogenitet (P 0,10,
I
2 50%
), ville den tilfeldige effekter modellen brukes til å anslå de samlede ORS [15], [16] . Ellers ble de samlede ORS anslått av fast effekt-modell [17]. Sensitivitetsanalyse ble utført ved å slette en enkelt studie hver gang for å undersøke påvirkning av individuelle datasett på de samlede ORS. Den mulige publikasjonsskjevhet ble vurdert med trakt plott og Egger test. En asymmetrisk tomten antyder en mulig publikasjonsskjevhet og P verdien av Egger test mindre enn 0,05 ble ansett som representativ for statistisk signifikant publikasjonsskjevhet [18]. Alle statistiske tester ble utført med RevMan versjon 5.0 (omtale sjef, København: Nordisk Cochrane Centre, The Cochrane Collaboration, 2010) og omfattende meta-analyse programvare versjon 2.0 (biostatens, Englewood Cliffs, I.N.J., USA).
P
verdi på mindre enn 0,05 for enhver test ble ansett for å være statistisk signifikant.
Resultater
Studier inkluderings Kjennetegn
Som vist i figur 1 , totalt syv studier ble inkludert i denne meta-analysen inkludert 3.213 saker og 3,849 kontroller [4] – [10]. Studiene identifisert og deres viktigste kjennetegnene ble oppsummert i Tabell 1 og Tabell 2. Genotype fordeling av seks studier polymorfisme seg ikke fra Hardy-Weinberg likevekt med i kontrollgruppene (alle var større enn 0,05, tabell 3).
kvantitative data Synthesis
som vist i tabell 4, meta-analyse av de samlede studiene viste at det ikke var noen sammenheng mellom Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og risiko for kreft i henhold til alle fem genetiske modeller i totalpopulasjonen (OR = 0,98, 95% CI = 0.86-1.11 for G versus A ELLER = 0,95, 95% CI = 0.71-1.28 for GG versus AA, OR = 0,99, 95% CI = 0,86 til 1,13 for GG versus AG, OR = 0,97, 95% CI = 0,77 til 1,23 for recessive modell, OR = 0,96; 95% CI = 0,87 til 1,07 for dominerende modellen) (figur 2 og 3). I subgruppeanalyse i henhold til etnisitet, krefttype, justert med kontroll eller ikke, genotyping metoder, HWE og kvalitetspoeng, resultatene antydet at Asp353Glu (rs560191) polymorfisme ikke var assosiert med risiko for kreft. Det var ingen signifikant publikasjonsskjevhet i henhold til Begg og Egger tester. (Begg, p = 0,21; Egger, p = 0,64) og trakt plott (figur 4)
Figur 2.B. Forest tomt på sammenhengen mellom kreft og Glu353Asp (rs560191) mutasjon i totalpopulasjonen (GG vs AA). Figur 2.c. Forest tomt på sammenhengen mellom kreft og Glu353Asp (rs560191) mutasjon i totalpopulasjonen (GG vs AG).
Figur 3.B. Forest tomt på sammenhengen mellom kreft og Glu353Asp (rs560191) mutasjon i totalpopulasjonen (GG + AG vs AA).
Sensitivity Analysis
Ifølge sensitivitetsanalyse, resultatene viste oss at det var ingen vesentlig endring av våre estimater etter uttrekk av enkeltstudier, noe som indikerer at resultatene var stabil (data ikke vist).
Diskusjoner
Det er vel kjent at SNPs kan bidra til en persons mottakelighet for kreft og TP53BP1 er en viktig komponent i den cellulære svar på DNA-skade [19]. Therfore kan SNP’er av TP53BP1 spiller en viktig rolle i etiologien av kreft. Konklusjonen som TP53BP1 genet spilt en viktig rolle i DNA-reparasjon har blitt godt undersøkt, men den funksjonelle relevansen av TP53BP1 genet polymorfisme har ikke blitt rapportert. Det er mulig at sekvensen variasjon i promoter og koding regionen TP53BP1 kan påvirke transkripsjon og nedstrøms biologisk funksjon [4], [5].
Så langt vi kjenner til, noen forskere som tar sikte på rollen Asp353Glu (rs560191) polymorfisme i kreftrisiko er utført, men resultatene er kontroversielt. For å vurdere om sammenhengen mellom Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og kreftrisiko, utførte vi denne meta-analysen.
Vi har ikke funnet en sinificant sammenheng mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme og kreftrisiko i samlet befolkning, men forskjellig etnisitet, studiedesign, genotyping metoder og krefttype vil være ansvarlig for negtive konklusjoner. Vi perfomed subgruppe analyse basert på disse faktorene. Men resluts viste oss at Asp353Glu (rs560191) polymorfisme ikke var assosiert med risiko for kreft i henhold til etnisitet, krefttype, studier med matchende eller ikke, genotyping metoder, HWE og studere resultatet. Det kan være fordi bare én studie [10] rapporterte at Asp353Glu polymorfisme var assosiert med risiko for kreft. Derfor er ytterligere studier for å bekrefte resultatene.
Noen studier tyder på at TP53BP1 Varianter kan ha beskyttende effekt på plateepitelkarsinom i hode og hals (SCCHN) risiko, men slike effekter var begrenset til TP53 Arg72Pro variant allelet /haplotype bærere [5], [8]. Som begrunnelse for få studier ble perfomed og det var mange meta-analyse knyttet på TP53 Arg72Pro polymorfisme og kreftrisiko [20], [21], vi kunne ikke bruke meta-analyse for å analysere forholdet mellom TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme kombinert med TP53 genet polymorfisme og kreft. I tillegg Rudd et al. [22] og Truong et al. [23] fant at Asp353Glu (rs560191) polymorfisme var assosiert med risiko for lungekreft, men denne foreningen ble ikke funnet i studien [24] av Brooks JD et al. I tillegg, fordi mangel på tilstrekkelige data fra disse tre studiene, kunne vi ikke inkludere disse studiene i denne meta-analysen. Det kan være en annen årsak til negtive konklusjon i denne meta-analysen.
Den meta-analyse av Timofeeva et al. [25] viste ikke en signifikant sammenheng mellom rs560191 polymorfisme og risikoen for lungekreft. Det kom til samme konklusjon med vår studie. Men det var bare opptatt av risikoen for lungekreft. I vår meta-analyse, ble sammenhengen mellom rs560191 polymorfisme og andre krefttyper, inkludert livmorhalskreft, brystkreft og plateepitelkarsinom i hode og hals også analysert.
Det er flere begrensninger i denne meta-analyse som bør vurderes. Først er kreft en multi-faktoriell sykdom inkludert komplekse interaksjoner fra miljømessig eksponering for genet faktorer. I denne meta-analysen, hadde vi ikke tilstrekkelige data for å utføre en evaluering av slike interaksjoner for den uavhengige rollen TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) polymorfisme i kreftutvikling. For det andre, bare sju studier ble inkludert i denne meta-analysen. Dermed er flere studier for å identifisere denne tilknytningen mer omfattende. Tredje, studie av Naidu et al. [4] som viser genotypen fordelinger av kontrollpopulasjon som ikke var i HWE ble inkludert i denne meta-analyse. Forth, vi vurdere ikke publisert i andre språk enn engelsk /kinesisk eller data presenteres i abstrahert skjema språk studier; således kan publikasjon og eventuelle skjevheter språkforekomme.
Som konklusjon, denne meta-analyse antydet at polymorfisme i TP53BP1 Asp353Glu (rs560191) genet ikke kunne anses som en genetisk risiko for kreft. På samme tid, bør dette resultatet tolkes med forsiktighet. For å bekrefte dette resultatet, er store case-kontrollstudier med detaljert individuell informasjon som er nødvendig.
Hjelpemiddel Informasjon
Sjekkliste S1.
PRISMA 2009 Sjekkliste
doi:. 10,1371 /journal.pone.0090931.s001 plakater (DOC)
Takk
Takk til Jingpu Shi, Ph.D, professor ved Institutt for klinisk epidemiologi og Evidence Medicine i First Affiliated Hospital of China Medical University. Takket være redaktører og anonyme lesere.
