Abstract
Det er vanskelig å oppdage kreft i bukspyttkjertelen eller galle-tarmkanalen kreft på et tidlig stadium ved hjelp av dagens diagnostisk teknologi. Utnytte mikroRNA (miRNA) markører som er stabilt tilstede i perifert blod, rettet vi identifisere bukspyttkjertelen og galle-veis kreft hos pasienter. Med «3D-Gene», en svært følsom microarray, undersøkte vi omfattende miRNA uttrykk profiler i 571 serumprøver hentet fra friske pasienter, pasienter med bukspyttkjertel, galle-tarmkanalen, eller andre fordøyelseskreftformer, og pasienter med ikke-maligne unormalt i bukspyttkjertelen eller galleveier. Prøvene ble tilfeldig delt inn i opplæring og test kohorter, og kandidat miRNA markører ble uavhengig evaluert. Vi fant 81 mirnas for kreft i bukspyttkjertelen og 66 mirnas for galle-tarmkanalen kreft som viste statistisk forskjellig uttrykk sammenliknet med friske kontroller. Blant disse markørene, 55 mirnas var vanlig både i bukspyttkjertelen og galle-veiskreftprøver. Den tidligere rapportert MIR-125a-3p var en av de vanligste merkene; men det ble også uttrykt i andre typer av fordøyelses-tarmkanalen kreftformer, noe som tyder på at den ikke er spesifikk for krefttyper. For å diskriminere de pancreato galle kreft fra alle andre kliniske tilstander, inkludert friske kontroller, ikke-maligne unormalt, og andre typer kreft, har vi utviklet en diagnostisk indeks som bruker uttrykk profiler av de 10 mest betydningsfulle miRNAs. En kombinasjon av åtte mirnas (MIR-6075, MIR-4294, MIR-6880-5p, MIR-6799-5p, MIR-125a-3p, MIR-4530, MIR-6836-3p, og MIR-4476) oppnådde en følsomhet , spesifisitet, nøyaktighet og AUC på 80,3%, 97,6%, 91,6% og 0,953, henholdsvis. I motsetning til dette, CA19-9 og CEA ga følsomheten til 65,6% og 40,0%, spesifisiteter på 92,9% og 88,6%, og nøyaktigheter på 82,1% og 71,8%, henholdsvis, i det samme test kohort. Dette diagnostiske indeksen identifisert 18/21 operable bukspyttkjertel kreft og 38/48 operable galle-veis kreft i hele kullet. Våre resultater tyder på at vurderingen av disse miRNA markører er klinisk verdifullt å identifisere pasienter med pancreato galle kreft som kunne ha nytte av kirurgisk inngrep
Citation. Kojima M, Sudo H, Kawauchi J, Takizawa S, Kondou S , Nobumasa H, et al. (2015) mikroRNA Markører for påvisning av bukspyttkjertelen og galle-Tract Kreft. PLoS ONE 10 (2): e0118220. doi: 10,1371 /journal.pone.0118220
Academic Redaktør: Ajay Goel, Baylor University Medical Center, UNITED STATES
mottatt: 24 juli 2014; Godkjent: 11 januar 2015; Publisert: 23 februar 2015
Copyright: © 2015 Kojima et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All microarray data fra denne studien er i samsvar med minimum informasjon om en microarray Experiment (MIAME) og er offentlig tilgjengelig gjennom Gene Expression Omnibus (GEO) database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/) under sjonsnummer GSE59856
Finansiering:. HS, JK, ST, SK og HN var heltidsansatte i Toray Industries, Inc. på tidspunktet for undersøkelsen. Det er ingen begrensninger fra sponsorene på bruk eller spredning av dataene, eller innflytelse på resultatene eller konklusjoner. Sponsorene hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser. På tidspunktet for undersøkelsen, HS, JK, ST, SK og HN var heltidsansatte i Toray Industries, Inc., som tilbyr markedsmicroarray produkter som ble undersøkt i denne studien. Men dette betyr ikke endre forfatternes tilslutning til alle PLoS ONE politikk på deling av data og materialer.
Innledning
Kreft i bukspyttkjertelen er en av de mest dødelige kreftformer. De fleste bukspyttkjertel kreft ikke følge noen spesielle kliniske symptomer i tidlig stadium, tillater kreft til fremgang usett. I tillegg tvetydige radiologiske bilder av til kreft og betennelsestilstander i bukspyttkjertelen forhindre bukspyttkjertel kreft fra å bli korrekt identifisert. Videre er anatomisk lokalisering av bukspyttkjertelen, dypt i en retroperitoneale rom omgitt av mange andre organer, hindrer oppkjøp av en biopsi. Alle disse faktorene hindre tidlig deteksjon av kreft i bukspyttkjertelen. The American Cancer Association anslår at 40.000 mennesker vil dø av kreft i bukspyttkjertelen i 2014 i USA [1]. De fem-års overlevelse for pasienter med eksokrin kreft i bukspyttkjertelen er anslått til 14% for stadium IA, men det synker til 1% for stadium IV [1]. Fordi den mest lovende behandling for kreft i bukspyttkjertelen er kirurgisk reseksjon, detektering av kreft i bukspyttkjertelen ved kirurgisk reseserbare trinn er avgjørende for å forbedre overlevelse av pasienter med kreft i bukspyttkjertelen. Fra dette synspunkt, er viktig screening av de tidlige stadiene av bukspyttkjertelen eller galle-tarmkanalen kreft.
Som en diagnostisk screeningmetode for kreft i bukspyttkjertelen, er ultralyd en av de mest utbredte tester utført. Imidlertid har denne bildeanalyse sin vanskeligheter med å skille ikke-ondartet vev fra ondartet vev [2]. I tillegg har mange tumorassosierte antigener blitt studert i forbindelse med kreft i bukspyttkjertelen. Den mest validert og klinisk nyttig biomarkør er karbohydrat antigen (CA) 19-9; imidlertid CA19-9 kjent for å være oppregulert i andre inflammatoriske tilstander, og den lave positiv prediktiv verdi gjør det en dårlig biomarkør for screening, begrense sin nåværende bruk for det meste til den post-kirurgisk overvåking av kommet bukspyttkjertel kreft [3, 4 ]. I dag er det ingen effektiv metode for å oppdage tidlig, kirurgisk resektable bukspyttkjertel kreft med diagnostisk nøyaktighet tilstrekkelig.
Nylig microRNAs (mirnas) har blitt rapportert som potensielle biomarkører for ulike typer kreft. Ved hjelp av plasmaprøver fra 50 kreftpasienter og ti friske kontrollpersoner, samt chemo-resistente pankreatiske cellelinjer, Ali
et al
. antydet at serum MIR-21 og andre mirnas kunne forutsi aggressiviteten for kreft i bukspyttkjertelen [5]. Ganepola
et al
. undersøkt et dusin av plasmaprøver hver fra pasienter med og uten kreft i bukspyttkjertelen, og konkluderte med at tre mirnas, MIR-642b, MIR-885-5p, og MIR-22, var mer enn 90% sensitiv og spesifikk i diagnostisering av kreft i bukspyttkjertelen [6]. Tilsvarende undersøkes Li gruppe 20 eller mindre serumprøver som hver fra pasienter med kreft i bukspyttkjertelen og kontroll, respektivt, som biomarkører kohort, og fant at multiple mirnas inkludert MIR-1290 var anvendbare i tidlig påvisning av kreft i bukspyttkjertelen [7]. Mer nylig har forskere analysert mer enn 100 blodprøver hver fra bukspyttkjertelkreft pasienter og kontroller, og noen fant MIR-155, MIR-181a, MIR-181b og MIR-196a [8], og andre fant MIR-20a, speil 21, MIR-24, MIR-25, MIR-99a, MIR-185, og MIR-191 [9] for blod miRNA markører. Det skal bemerkes at hver av de foregående studier antydet forskjellige sirkulerende miRNA markører for kreft i bukspyttkjertelen. Avvikene fra tidligere studier kan tilskrives ulike empiriske faktorer som inkluderer blodprøven typer (PBMC, plasma eller serum), ulike sporingsteknologien (PCR, microarray eller sequencer) og heterogenitet av prøve kohorter. Spesielt, tilstrekkelig størrelse og mangfold av prøve kohorter er kritiske i biomarkør forskning, ikke bare for målgruppen, men også for kontrollgruppen.
Her undersøkte vi uttrykket profiler av omfattende serum mirnas fra den største kohorter av pasienter noen gang forsøkt: 100 pasienter med kreft i bukspyttkjertelen, 98 pasienter med galle-tarmkanalen kreft, 150 friske kontrollpasienter, 21 pasienter med ikke-maligne unormalt i bukspyttkjertelen eller galleveier, og 202 pasienter med andre typer kreft. En svært følsom microarray tillater den samtidige analyse av mer enn 2500 mirnas som nylig ble oppdatert i miRBase (slipp 20), og serumprøver fra pasienter med forskjellige kliniske tilstander tillater oss å evaluere et bredt spekter av diagnostisk spesifisitet i deteksjon av pancreato -biliary kreft.
Ved å kombinere åtte miRNA markører, var vi i stand til å oppdage pasienter med pancreato galle kreft blant dem som var friske, hadde ikke-maligne unormalt eller hadde andre typer kreft, med en diagnostisk nøyaktighet på 91,6% og AUC for 0,953.
Metoder
Etikk uttalelse
Denne forskning på mennesker ble godkjent av National Cancer Center Hospital East Institutional Review Board (2010-096) og av menneske vevsprøver etiske komité for R 0,01 ble ansett som statistisk signifikant. For FFPE analyse, siden bare åtte mirnas som ble forhåndsvalgte ble analysert, Bonferronikorreksjon ble ikke brukt til p-verdi. For å få robuste biomarkører, bare mirnas som viste en signalverdi på 2
6 i mer enn 50% i begge kliniske gruppe som sammenlignes ble valgt ut for videre analyse. Ved hjelp av disse mirnas, ble en Fisher lineær diskriminant analyse utført, og den resulterende diagnostisk sensitivitet, spesifisitet og nøyaktighet ble beregnet for hver miRNA markør eller kombinasjon av markører miRNA.
Når uttrykkene for multiple mirnas ble anvendt i algoritmen utvikling de diskriminantfunksjoner ble opprettet med Fisher lineær diskriminant analyse. De resulterende verdiene av diskriminantfunksjoner ble kalt som diagnostiske indekser. Kliniske prøver som viste indeksert stillingen via 0 ble klassifisert til pancreato galle kreft, og prøver som viste den indekserte resultatet etter 0 ble klassifisert til ikke-pancreato galle kreft (eller andre kliniske tilstander). Som en annen statistisk verktøy for å analysere biomarkører «diagnostisk ytelse, Receiver Operating Characteristic (ROC) analyse og dens arealet under kurven (AUC) verdiene ble også brukt.
Alle beregningene ble utført ved hjelp av R versjon 3.0.2 (R Foundation for Statistisk Computing, https://www.R-project.org), MASS pakke versjon 7,3 til 30 [11] og bee sverm pakke versjon 0.1.6 [12].
Resultater
Kliniske kjennetegn ved de friske kontrollpersoner og pasienter med kreft i bukspyttkjertelen, galle-tarmkanalen kreft, andre typer kreft, eller godartede forandringer i pancreato-galleveier
det som kjennetegner 150 friske kontrollpersoner, 100 bukspyttkjertelcancerpasienter, 98 galle-tarmkanalen kreftpasienter, 21 pasienter med ikke-maligne abnormaliteter i disse organer, og 202 pasienter med andre typer kreft er presentert i Tabell 1A-E. Median alder for de friske kontroller var litt mindre (62 år) enn for pasienter med kreft i bukspyttkjertelen (68 år) eller med galle-veiskreft (67 år). I tillegg ble den friske kontrollgruppen klart dominert av menn (91%), mens pasienter med kreft var mindre så (64% menn for både bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft grupper).
Alle 100 bukspyttkjertelen kreftpasienter hadde bukspyttkjertel duktalt adenokarsinom. Twenty-en ut av 100 pasienter med kreft i bukspyttkjertelen gikk kirurgisk reseksjon (1 ypStage jeg, en ypStage IIB, 17 pStage II, en cStage III og en cStage IV). Alle andre pasienter med kreft i bukspyttkjertelen som ikke gjennomgår kirurgisk reseksjon ble klassifisert som cStage III eller IV. På den annen side, ble galle-veiskrefttilfeller klassifisert bare ved operable og umanøvrerbar tilfeller, på grunn av den komplekse TNM staging system og tydelige biologiske identiteter på tvers av ulike primære områder (intrahepatisk gallegang, ekstrahepatiske galle duct, galleblæren, etc.) innen galleveiene.
Sammenligning av kreft i bukspyttkjertelen eller galle-tarmkanalen kreft med friske kontroll
Ved hjelp av trening kohorten ble pasienter med kreft i bukspyttkjertelen statistisk sammenlignet med friske kontrollpersoner, og 120 mirnas viste et potensial for å skille de to kliniske grupper med Bonferroni-korrigerte p-verdi på mindre enn 0,01 ved Students t-test. Ut av de 120 mirnas valgt i trening kohorten ble 81 mirnas statistisk validert i testen kohort (p 0,01). Blant disse 40 mirnas var oppregulert og 41 mirnas ble nedregulert i bukspyttkjertelkreft. Listen over disse utvalgte miRNAs, deres p-verdier, uttrykket nivåer og diagnose ytelse ble gitt i S1 tabell. Fig. 1A viser uttrykk signaler fra Mir-125a-3p og MIR-6893-5p som viste de minste p-verdier i forhold til kreft i bukspyttkjertelen pasienter og friske kontrollpersoner i opplæringen årsklasse, og ble også validert i testen kohort.
feil~~POS=TRUNC Linjene indikerer standardfeilen. P-verdiene ble Bonferroni-korrigert.
Det beste markør, MIR-125a-3p, var i stand til å gjenkjenne 30 av 33 (90,9%) bukspyttkjertel kreft i testen kohort. I motsetning til dette brukte blod biomarkører for kreft i bukspyttkjertelen, CEA og CA19-9, detektert 52 (52,0%) eller 77 (77,0%), henholdsvis ut av 100 bukspyttkjertel kreft i hele kullet. Totalt 40 av 81 validerte miRNA markør kandidater for bukspyttkjertelkreft viste følsomhet høyere enn for CA19-9 i testen kohort (S1 tabell).
På samme måte, vi utført en komparativ analyse av pasienter med galle-tarmkanalen kreft og de friske kontrollpersoner. Ett hundre tjuefire mirnas viste statistisk signifikans (p 0,01) i opplæringen årsklasse, og ut av disse 124 miRNAs, ble 66 mirnas validert i testen kohort (S1 tabell). Blant disse 30 mirnas var oppregulert og 36 mirnas ble nedregulert i galle-tarmkanalen kreft. Ekspresjons-signaler fra Mir-125a-3p og MIR-6893-5p som viste de minste p-verdiene sammenlignet med galleveiene-kreft og frisk kontroll i trenings kullet og også ble validert i test kullet ble vist i fig. 1B. Igjen, den beste markøren for å påvise galle-tarmkanalen kreft var MIR-125a-3p, og var i stand til å gjenkjenne 32 av 33 (97,0%) i testen kohort. I motsetning til dette, CEA og CA19-9 detektert 30 (30,6%) og 62 (63,3%), henholdsvis ut av 98 galle-tarmkanalen kreft i hele kullet. Total, 61 av 66 validerte miRNA markør kandidater for galleveiene-kreft, viste følsomhet høyere enn den for CA19-9 (57,1%) i test kohort (S1 tabell).
Vi har også funnet at, til tross for tilsynelatende histologiske forskjeller, ble en rekke mirnas valgt som markører, ikke bare for kreft i bukspyttkjertelen, men også for galleveiene-kreft; av de 81 mirnas valgt som markør kandidater for kreft i bukspyttkjertelen, ble 55 (67,9%) også valgt som markør kandidater til galle-tarmkanalen kreft. I kontrast, når mirnas som kunne diskriminerer kreft i bukspyttkjertelen fra galle-tarmkanalen kreft ble søkt, ingen nådde statistisk signifikans. Den miRNA som viste den minste Bonferroni-korrigert p-verdi (0.071) i sammenligning av bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft var MIR-1227-5p; imidlertid at miRNA ble valgt som en markør for kreft i bukspyttkjertelen begge (rangert 78) og for galleveiene-kreft (rangert 46) (S1 tabell). Disse resultatene førte oss til å konkludere med at differensiering av kreft i bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft ved serum mirnas ville bli vanskelig.
Denne sterke overlapping i miRNA uttrykket profiler mellom kreft i bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft ledet oss mistenker at disse miRNA markører ble påvirket av gulsott, en vanlig klinisk tilstand i løpet av bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen. Derfor undersøkte vi en gulsott markør, blod D-bilirubin, i pancreato gallekreftpasienter. Åttien av 100 bukspyttkjertelen kreftpasienter og 78 av 98 galle-veiskreftpasienter hadde blod D-bilirubin under grenseverdi på 0,8 mg /dL, og medianverdien av blod D-bilirubin konsentrasjonen var 0,2 mg /dL både for bukspyttkjertel og galleveier kreftpasienter, noe som tyder på at et flertall av disse pasientene var ikke-gulsott. Videre har ingen av de 55 miRNA markører som overlappet i kreft i bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft var korrelert med D-bilirubin nivå (høyeste Pearsons korrelasjon var -0,37). Resultatene bekreftet at de vanlige mirnas valgt ovenfor ikke var sannsynlig en markør for gulsott, men en markør for pancreato gallekreft.
Basert på disse observasjonene vi derfor besluttet å forfølge de markører som samtidig vil oppdage både bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft.
Sammenligning av pancreato galle kreft med ikke-maligne unormalt, eller med andre typer kreft
Det ideelle pancreato galle kreft biomarkør skal bevise sin spesifisitet ikke bare mot sunt kontroll, men også mot ikke-maligne sykdomstilstander så vel som andre typer kreft. For å teste denne oppgaven, sammenlignet vi 198 pancreato gallekreftpasienter med 21 pasienter som hadde noen forandringer i enten bukspyttkjertelen eller galleveier, men ingen spor av malignitet (tabell 1D). Vi antok at innhentet mirnas i denne sammenligningen skulle ha representert markører for kreft, spesielt i pancreato galle organer. Trettini mirnas viste signifikant forskjellige uttrykk (p 0,01) i disse to gruppene i opplæringen årsklasse, og ut av disse 39 miRNAs, ble 4 mirnas validert i testen kohort. Disse 4 mirnas (MIR-6826-5p, MIR-6757-5p, MIR-3131 og MIR-1343-3p) var unik og har ikke blitt identifisert i våre tidligere analyser av pancreato galle kreft i kontrast med friske kontrollgruppen (S1 Table ). Medianen ekspresjonsnivåene i pancreato galle kreft gruppe og de ikke-maligne abnormitet gruppe ble presentert i fig. 2A. Den beste markør, MIR-6826-5p, korrekt identifisert ikke bare 77,3% pancreato galle kreft, men også identifisert 85,7% ikke-ondartede forandringer som negativ kontroll i test kohort. I kontrast, CEA og CA19-9 identifisert korrekt 41,4% og 70,2% pancreato galle kreft, og 81,0% og 81,0% ikke-maligne unormalt, henholdsvis i hele kullet.
Feilstolpene indikere standard feil . P-verdiene ble Bonferroni-korrigert.
Videre, for å undersøke organ-spesifisiteten av serum miRNA markører i ondartet miljø, totalt 202 serumprøver oppnådd fra pasienter med tykktarm, mage, spiserør , og lever kreft (tabell 1E) ble analysert, og satt som en annen kontroll mot pancreato galle kreft. Denne komparative analysen valgt 193 mirnas i opplæringen årsklasse, og blant dem, ble 120 mirnas validert i testen kohort. Ut av 120 validerte miRNAs, har 26 mirnas blitt identifisert i forrige analyse av pancreato gallekreft med friske kontrollgruppen (S1 Table), har 4 mirnas blitt identifisert i analysen av pancreato galle kreft med ikke-maligne forandringer (Fig. 2A ), og resten av 90 mirnas var unik. Uttrykket av 4 mirnas (MIR-6880-5p, MIR-6075, MIR-4294, MIR-187-5p) som var signifikant forskjellig mellom pancreato galle kreft og andre typer kreft ble presentert i Fig. 2B. Disse fire mirnas er også identifisert i vår forrige analyse av pancreato gallekreft med friske kontrollgruppen (S1 Table), noe som tyder på at de er svært spesifikke markører for pancreato galle kreft. Når det gjelder diagnostisk ytelse, MIR-6880-5p korrekt identifisert ikke bare 66,7% pancreato gallekreft, men også 85,7% andre krefttyper som negativ kontroll i test kohort. I kontrast, CEA og CA19-9 korrekt identifisert 41,4% og 70,2% pancreato galle kreft, som nevnt ovenfor, og 82,0% og 84,4% andre krefttyper i hele kullet.
Den komparative analyser så langt foreslått at de resulterende miRNA markører for pancreato galle kreft vil i stor grad påvirkes av kliniske kjennetegn ved kontroll befolkningen. Fig. 3 viser hvordan de betydelige nivåer av miRNA markører som ble innhentet så langt ble fordelt avhengig av hvilke typer kontrollpopulasjoner som brukes.
De absolutte verdier av eksponentene for p-verdier på en logg
10 skala ble plottet; derfor mirnas som lå i ytterligere utenfor er mer statistisk signifikant. De ti miRNA brukes i diagnostiske indeksene ble spesifisert.
Sammenligning av pancreato galle kreft med alle andre kliniske grupper som kontroll som inkluderte friske individer og pasienter med andre typer kreft eller ikke-maligne forandringer i pancreato galle organer
for å få mer robuste og universelle markører som kan identifisere pancreato gallekreftpasienter fra klinisk heterogen befolkning, den antatte-kontroll: frisk person, pasienter med ikke-maligne unormalt, og pasienter med andre krefttyper, ble alle sammen, og sammenlignet med pancrato gallekreftpasienter etter diskriminant analyse. Analysen identifiserte 143 mirnas som viste dette uttrykket i trening kohort. Blant dem var 98 mirnas statistisk validert i testen kohort. Ninety-en ut av de 98 godkjente mirnas var allerede identifisert i tidligere analyser av pancreato gallekreft enten med sunn kontroll, med ikke-maligne unormalt, eller med andre typer kreft. De 10 mirnas som viste de minste Bonferroni-korrigert p-verdier er oppført i tabell 2. Alle 10 markører ble tidligere valgt som markører for deteksjon av kreft i bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen kreft mot friske kontrollpersoner (S1 Table). Den beste miRNA markør for påvisning pancreato galle kreft blant andre kliniske tilstander var MIR-6075, som ble rangert som nummer fire blant de markørene for å oppdage kreft i bukspyttkjertelen og syttende blant markører for å påvise galle-tarmkanalen kreft (S1 Table) mot friske kontroller . MIR-6075 viste en følsomhet, en spesifisitet, og en nøyaktighet på 63,6%, 93,5% og 83,2%, henholdsvis (fig. 4A). Tilsvarende den nest beste markør for påvisning pancreato gallekreft mot de andre kliniske tilstander var MIR-4294, som ble rangert syvende blant markører for påvisning av kreft i bukspyttkjertelen og fire blant markører for å påvise galle-tarmkanalen kreft (S1 tabell). Det viste seg at MIR-125a-3p, som var den beste markør for å påvise både i bukspyttkjertelen og galle-tarmkanalen cancere mot friske kontroller, også oppførte seg på samme måte for kolon, mage, lever, og esophageal kreftformer (fig. 4B), som resulterer i en nedgang i sin rang femte når kontrollene inkluderte pasienter med ikke-maligne misdannelser og andre krefttyper (S1 Tabell og tabell 2). Dette resultatet indikerer at Mir-125a-3p var ikke en markør som er spesifikk for pancreato galle kreft, men ble i stedet en som er effektiv for et bredt spekter av krefttyper.
En diagnostisk miRNA indeks som differensiert pancreato galle kreft fra alle andre kliniske tilstander, inkludert friske kontroller og pasienter med andre typer kreft eller ikke-maligne unormalt i pancreato galle organer
Ifølge opplysninger ovenfor, ett serum miRNA oppnådde påvisning av bukspyttkjertelen og galle-veis kreft med 80% nøyaktighet. Vi forsøkte å oppnå høyere diskriminant ytelse ved å kombinere flere betydelige miRNAs. Den 10 mirnas (MIR-6075, MIR-4294, MIR-6880-5p, MIR-6799-5p, MIR-125a-3p, MIR-4530, MIR-6836-3p, MIR-4634, MIR-7114-5p, og MIR-4476) oppført i Tabell 2 ble valgt som potensielle markører i opplæringen årsklasse, og deres uttrykk signaler ble brukt i utviklingen av diagnostiske indekser. Ved hjelp av Fisher lineære diskriminant analyse ble alle 1,023 kombinasjoner som inneholdt ett eller flere av de 10 mirnas beregnet og validert i testen kohort. Mirna kombinasjoner som viste best nøyaktighet med hvert nummer av miRNAs brukes (1-10) i denne algoritmen er oppført i tabell 3, og deres diskriminantfunksjoner er gitt i S2 tabell. Det viste seg at det å bruke kun én beste miRNA, MIR-6075, ga en nøyaktighet på 84,7% i deteksjon av pancreato galle kreft i test-kullet; imidlertid økt nøyaktighet når antall mirnas brukes i algoritmen økt, og den nådde et maksimum på 91,6% når fire mirnas, MIR-6075, MIR-6799-5p, MIR-125a-3p og MIR-6836-3p, ble brukt. Denne kombinasjonen ga også en sensitivitet på 81,8% og en spesifisitet på 96,8%. Discriminant funksjon komponert av disse fire mirnas er: 1,20 x MIR-6075 til 0,93 x MIR-6799-5p-0,22 x MIR-125a-3p + 0,71 x MIR-6836-3p-8,55 (S2 tabell), og den resulterende diskriminering av hver kliniske prøver er vist i fig. 5. Den samme grad av nøyaktighet ble opprettholdt når antallet mirnas som brukes i algoritmen ble øket opp til åtte, og det deretter begynte å avta når mirnas rangert niende (nøyaktighet 90,0%) og tiende (nøyaktighet 88,9%) ble tilsatt. Ved siden av nøyaktighet oppnås ved Fishers lineær diskriminerende analyse, ROC-analyse ga litt forskjellige resultater (tabell 3);
