Abstract
regulator av G-protein signalering (RGS) pathway spiller en viktig rolle i signalise transduksjon, cellulære aktiviteter, og kreftutvikling. Vi antok at genetiske variasjoner i RGS genet familien kan være forbundet med responsen fra sen-stadium ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter i kjemoterapi eller kjemoradioterapi. Vi valgte 95 tagging enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i 17 RGS gener og genotypet dem i 598 sene stadier av NSCLC pasienter. Tretten SNPs var signifikant assosiert med total overlevelse. Blant dem, rs2749786 av
RGS12
var mest betydningsfulle. Stratifisert analyse av kjemoterapi eller chemoradiation videre identifiserte SNPs som var assosiert med total overlevelse i undergrupper. Rs2816312 av
RGS1 Hotell og rs6689169 av
RGS7
var mest betydningsfulle i kjemoterapi gruppe og kjemoradioterapi gruppe, henholdsvis. En betydelig kumulativ effekt ble observert når disse SNPs ble kombinert. Survival tre analyser identifisert mulige interaksjoner mellom rs944343, rs2816312, og rs1122794 i å påvirke overlevelse hos pasienter behandlet med kjemoterapi, mens genotypen av rs6429264 påvirket overlevelse i chemoradiation-behandlede pasienter. Så vidt vi vet, er dette den første studien som viser viktigheten av RGS genet familie i overlevelse av sene stadier av NSCLC
Citation. Dai J, Gu J, Lu C, Lin J, Stewart D, Chang D, et al. (2011) genetiske variasjoner i Regulator av G-protein Signale Gener er assosiert med overlevelse i sent stadium ikke-småcellet lungekreft. PLoS ONE seks (6): e21120. doi: 10,1371 /journal.pone.0021120
Redaktør: Lin Zhang, University of Pennsylvania, USA
mottatt: 4 mai 2011; Godkjent: 19 mai 2011; Publisert: 17 juni 2011
Copyright: © 2011 Dai et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Institutes of Health gir R01 CA111646, P50 CA070907, og R01 CA055769. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet. Ingen ekstra ekstern finansiering ble mottatt for denne studien
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Ikke-småcellet lungekreft (NSCLC ) er den ledende årsak til kreftdødelighet i verden [1]. Over 45% av NSCLC pasienter til stede med inoperabel sent stadium (stadium IIIA /B eller stadium IV) sykdom i USA [2]. En kombinert modalitet terapi er dagens standardbehandling for pasienter med stadium III NSCLC med god ytelse status (ytelse med 0 eller 1). Mange kliniske studier har vist at samtidig chemoradiation gir en betydelig overlevelse fordel over sekvensiell chemoradiation [3]. Selv samtidig kjemoradioterapi forbedrer overlevelsen av pasienter med lokalavansert sykdom betraktelig, de fleste av pasientene fortsatt dø innen 5 år på grunn av lokoregionalt eller fjerne sykdomsprogresjon [4]. Scenen IV pasienter er vanligvis tilbys palliativ kjemoterapi og støttebehandling [5]. Det er en stor variasjon i pasientenes respons på chemoradiation og clinicopathological variabler alene ikke gir tilfredsstillende veiledning for avgjørelsen av behandlingsstrategi. Anvendelsen av pharmacogenomics kan forbedre prediksjon av respons og hjelpe klinikere fastslå kreft behandlinger for enkelte NSCLC pasient i henhold til sin unike genetiske bakgrunn. Derfor, i denne studien ønsket vi å identifisere genetiske prediktorer for klinisk utfall av sent stadium NSCLC pasienter.
G-proteiner (guanin nukleotid-bindende proteiner) er viktige cellulære signaloverføringsmolekyler som kommer til uttrykk i alle menneskelige celler [ ,,,0],6], [7]. De aktiveres av G-protein-koblede reseptorer (GPCR), og dermed kan transdusere ekstracellulære signaler inn i det indre av en celle [8]. GPCR er en familie på sju transmembranreseptorer. Når GPCR traduce et signal inne i cellen, det ekstracellulære domene av GPCR bindes først til signalmolekyler, og deretter det intracellulære domenet av GPCR aktiverer en heterotrimeric G-protein. De heterotrimeric G protein fungerer som «molekylære brytere» og aktivere en kaskade av signalfaktorer og nedstrøms mål aktivisering [7]. Dette G protein-koblede biologiske prosessen krever finjustering gjennom molekyler som regulator av G-protein signalering (RGS) [9]. RGS proteiner er en stor familie av over 30 intracellulære proteiner [10], noe som kan ha en negativ modulere GPCRs signalveier [11], [12]. RGS er multifunksjonelle, GTPase-akselererende proteiner som fremmer GTP-hydrolyse av alfa-subenheten av heterotrimeric G-proteiner, og derved inaktivere den G-protein og hurtig utkobling av GPCR signalveier [11]. Alle RGS proteiner inneholder et RGS domene (også omtalt som «RGS-box»), som er nødvendig for deres aktiviteter [13], og disse RGS domenene formidler interaksjonen med andre signaliseringsproteiner, slik RGS proteiner for å tjene som signalerings stillas [8 ]. Feil på RGS proteiner har blitt rapportert å være relatert til patogenesen av mange vanlige humane sykdommer og legemiddelavhengighet [14], [15], [16], [17]. Flere RGS proteiner ble funnet uttrykt forskjellig i forskjellige faste og hematologiske maligniteter [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26] , [27], [28], [29], [30], [31], [32], [33], [34], [35], [36].
enkelt nukleotid (SNP) i RGS har vært forbundet med en rekke menneskelige sykdommer, noe som tyder på at genetisk variasjon i RGS reaksjonsveien kan spille en signifikant rolle i disse sykdommene «patogenesen [37], [38]. Nylig har RGS SNPs også blitt rapportert å spille viktige roller i lungekreft. For eksempel ble SNPs i
RGS17
på kromosom 6q23-25 forbundet med familiær lungekreft mottakelighet [39]. SNPs i
RGS2 Hotell og
RGS6
kan modulere risikoen for blære og lunge kreft [37], [40]. Enten genetiske varianter i RGS sti kan påvirke kliniske utfall hos pasienter med NSCLC er fortsatt ukjent. I denne studien har vi testet hypotesen om at genetiske varianter av RGS er assosiert med overlevelse av sene stadier av NSCLC pasienter som får kjemoterapi eller chemoradiation.
Resultater
Vi inkluderte 598 NSCLC pasientene i denne studien , med en gjennomsnittsalder på 59,7 år (tabell 1). Av de 598 pasientene, 456 var døde og 142 var i live. Vi fant ingen signifikant forskjell i alder (
P
= 0,884), etnisitet (
P
= 0,937), røykestatus (
P
= 0,860), og pakke-år av røyking (
P
= 0,926) mellom de to gruppene av pasienter (tab 1). Men observerte vi en signifikant forskjell i dødelighet status etter kjønn (
P
= 0,002), klinisk stadium (
P
= 0,004), og funksjonsstatus (
P
= 0,002) (tabell 1).
foreninger mellom SNPs og total overlevelse i sent stadium NSCLC
i alt 13 SNPs i 6 gener var signifikant assosiert med risiko for død på
P
0,05 (tabell 2). Blant dem, variantlene av fire SNPs, rs7549021 og rs1056515 av
RGS5
, rs944343 av
RGS3
, og rs2749786 av
RGS12
, var assosiert med redusert risiko for død med justert timer med 0,42 (95% KI, 0,22 til 0,83), 0,72 (95% KI, 0,54 til 0,97), 0,80 (95% KI, 0,67 til 0,95), og 0,58 (95% KI, 0,40 til 0,85), henholdsvis. Andre SNPs tillagt økt risiko for død. Alle SNPs i
RGS1
genet var i koblingsulikevekt (med r
2 0,8). Med liknende timer på en dominerende modellen
Den bootstrap re-sampling analyse var deretter utført for de 13 SNP’er til internt å bekrefte resultatene. Vi fant at bare 5 SNPs, rs944343 (
RGS3
), rs6678136 (
RGS4
), rs7549021 (
RGS5
), rs3820487 (
RGS5
) og rs2749786 (
RGS12
), hadde bootstrap
P
verdier 0,05 minst 70 ganger ut av 100 ganger (tabell 2). Den andre SNPs hadde bootstrap
P
verdier 0,05 mindre enn 50 ganger, noe som indikerer at disse SNPs var sannsynlig falske positive resultater
Foreninger mellom SNPs og risiko for død stratifisert etter behandling
Vi utførte en stratifisert analyse av behandlingsform, kjemoterapi eller chemoradiation (tabell 3 og 4). Ni SNPs var assosiert med total overlevelse hos pasienter som bare fikk kjemoterapi, fem av disse hadde bootstrap
P
verdier 0,05 minst 70 ganger ut av 100 ganger (Tabell 3). Blant disse fem SNPs, tre (rs2816312 [
RGS1
], rs10218752 [
RGS5
], og rs1122794 [
RGS11
]) var assosiert med økt risiko for død, med timer med 1,80 (95% KI, 1,32 til 2,45), 1,76 (95% KI, 1,06 til 2,90), og 1,37 (95% KI, 1,07 til 1,77), henholdsvis. På den annen side, rs944343 (
RGS3
) og rs1051013 (
RGS3
) var assosiert med en redusert risiko for død, med timer med 0,73 (95% KI, 0,57 til 0,94) og 0,77 (95% CI, 0,60 til 0,98), henholdsvis. I Kaplan-Meier analyser, fire av de fem betydelige SNPs (rs2816312 [
RGS1
], rs944343 [
RGS3
], rs1051013 [
RGS3
], og rs1122794 [
RGS11
]) var signifikant assosiert med endret median-overlevelsestid (MST) (log-rank
P
verdi. 0,05) (Tabell 3)
Det var åtte SNPs signifikant assosiert med overlevelse status hos pasienter som fikk chemoradiation, hvorav fem hadde bootstrap
P
verdier 0,05 mer enn 70 ganger ut av 100 ganger (tabell 4). Blant disse fem SNPs, tre (rs2344673 [
RGS5
], rs12127281 [
RGS5
], og rs6429264 [
RGS7
]) var assosiert med økt risiko for død, med timer med 1,86 (95% KI, 1,00 til 3,47), 1,83 (95% CI, 01.09 til 03.10), og 1,89 (95% KI, 1,06 til 3,38), henholdsvis; mens rs12757054 (
RGS7
) og rs6689169 (
RGS7
) var assosiert med en redusert risiko for død, med timer med 0,48 (95% KI, 0,26 til 0,86) og 0,47 (95% KI , 0,27 til 0,80), henholdsvis. To av disse 5 SNPs på
RGS7
(rs6429264 og rs6689169) var assosiert med endret MST for NSCLC pasienter (log-rank
P
= 0,0055 og 0,0441, henholdsvis) (Tabell 4).
kumulative effekten av ugunstige genotypene på overlevelse
Vi vurderes nærmere den kumulative effekten av ugunstige genotypene i noen av behandlingsgruppene ved hjelp av SNPs med bootstrap
P
verdier og 0,05 på minst 70 ganger av 100 ganger i hver gruppe (tabell 5). Det var betydelige gen-dose effekter hos pasienter som får begge behandlingene (tabell 5). Hos pasienter bare får kjemoterapi og tar lav risiko referansegruppe som referanse (0 ugunstige genotyper), middels risiko (1 eller 2 ugunstige genotyper) og høyrisikogrupper (3 eller 4 ugunstige genotyper) hadde 1,69 ganger (95% KI, 1,19 til 2,41;
P
= 0,004) og 2,52 ganger (95% KI, 1,71 til 3,71;
P
0,001) økt risiko for død, henholdsvis (
P
for trend 0,001). MST for middels risiko og høy risiko gruppene var 11,22 måneder og 8,19 måneder, sammenlignet til 18,22 måneder for lav-risiko referansegruppe (log-rank
P
verdi 0,0001). Lignende dose-respons trender ble observert hos pasienter som fikk chemoradiation (tabell 5 og figur 1).
Solid linje representerer lav risiko gruppe, bærer 0 ugunstige genotyper i kjemoterapi (A) og 0-1 ugunstige genotyper i kjemoradioterapi (B). Stiplet linje representerer middels risikogruppen, bærer 1-2 ugunstige genotyper i kjemoterapi (A) og 2-3 ugunstige genotyper i kjemoradioterapi (B). Prikket linje representerer høyrisikogruppen, bærer 3-4 ugunstige genotyper i kjemoterapi (A) og 4-5 ugunstige genotyper i kjemoradioterapi (B). N: Antall døde /Alive. MST. Median overlevelsestid
Høyere ordens gen-gen-interaksjoner
Resultatene fra STREE program analyse for samspillet av de 10 bootstrap-validert betydelige SNPs (den SNP’er som hadde bootstrap P-verdiene 0,05 minst 70% av tiden i tabellene 3 og 4) i lagdelt analyse ble presentert i figur 2. Overlevelses tre analyser resulterte i fire terminal noder i kjemoterapi-gruppen og to terminal noder i chemoradiation gruppen ( Figur 2A). I kjemoterapi gruppen, den første delingen var rs944343 (
RGS3
), og påfølgende splitt var rs2816312 (
RGS1
) og rs1122794 (
RGS11
). Forskjellige noder hadde ulike prosenter av død hendelsen. For å vurdere risiko knyttet til hvert av de terminale nodene, node 1 i kjemoterapi grenen ble tatt som referansegruppen, som består av personer med heterozygot og homozygot variant genotyper av rs944343 (
RGS3
) og homozygot villtypegenotype av rs1122794 (
RGS11
). Sammenlignet med referansegruppen, pasienter i terminalnodene i kjemoterapi gruppen hadde HRS spenner 1,49 til 2,92. Pasienter i node 1 hadde den lengste MST på 13,58 måneder. Den høyeste utsatte gruppen (node 3), som var sammensatt av pasienter som bærer homozygot villtypegenotype av rs944343 (
RGS3
) og variant-holdige genotyper av rs2816312 (
RGS1
) hadde en HR på 2,92 (95% KI, 1,92 til 4,44). De MSTS ble vist å være vesentlig annerledes i Kaplan-Meier overlevelsesanalyse (log-rank
P
verdi 0,0001) (figur 2B og tabell 6). I chemoradiation gruppen, det var bare en ekstra splittet. Sammenlignet med pasienter med homozygot villtypegenotype av rs6429264 (
RGS7
) (node 5), som hadde en MST fra 19.28 måneder, pasientene bærer varianten inneholder genotyper av rs6429264 (
RGS7
) viste en 1,89 ganger økt risiko for død (95% KI, 1,06 til 3,38), med en MST på 12,37 måneder (figur 2C og tabell 6)
(A) Survival tre analyser.; 0: homozygot villtype genotype; 1: heterozygot genotype; 2: homozygot variant genotype. (B) og (C) representerer overlevelseskurver i risikogruppen i kjemoterapi gruppe og kjemoradioterapi gruppe; N: Antall døde /Alive. MST. Median overlevelsestid
Diskusjoner
I denne studien fant vi at genetiske variasjoner i RGS gener ble assosiert med total overlevelse i sene stadier av NSCLC pasienter. Våre funn også forsterket betydningen av å vurdere den kumulative og samspilleffekter av genetiske variasjoner når forutsi kliniske utfall av pasienter med NSCLC.
NSCLC pasienter blir stort sett behandlet med platina-basert kjemoterapi, ofte i kombinasjon med strålebehandling. Den platinabasert kjemoterapi kan være knyttet til en rekke cellulære veier, slik som DNA-skade /reparasjon, cellesykluskontroll, og apoptose trasé [41]. Imidlertid har det ikke vært noen studie rapporterer at RGS er involvert i platinumbasert kjemoterapi relatert trasé.
NSCLC celler kan invadere nærliggende vev og metastaserer til ikke-sammenhengende organer og vev, prosesser som kan tilskrives endrede cellulære signal trasé [42], [43]. Onkogen transformasjon er ofte et direkte resultat av mutasjoner av signaliseringsmolekyler som utgjør disse banene. I denne studien ble 5 SNPs assosiert med den totale risikoen for død med bootstrap
P
verdier 0,05 minst 90 ganger ut av 100 ganger. Tre av disse 5 SNPs, rs6678136 (
RGS4
), rs3820487 (
RGS5
) og rs2749786 (
RGS12
) tillagt vesentlig forskjellig MST i Kaplan-Meier kurve (tabell 4 ). Tidligere studier har rapportert at
RGS4
genuttrykk ble assosiert med invasjon av flere kreft [36], [44]. I tillegg RGS4 protein virker som en inhibitor av epithelial og endotelial celle tubulogenesis ved å regulere mitogenaktiverte proteinkinaser og vaskulær endotelial vekstfaktor-signalering, for derved å hemme celleproliferasjon, migrering og invasjon [45]. Xiao
et A.I.
rapportert at flere SNPs i kombinasjon i
RGS5
kan gi risiko for hypertensjon i kinesiske befolkningen [46].
RGS5
ble rapportert å være en viktig modulator av svulst pericyte modning og spiller en sentral rolle i tumor neovascularization [9].
RGS5
knockout mus viste større tumorbelastning og tidligere død som kan være forårsaket av pericyte modning og vaskulær normalisering [33]. RGS5 har også blitt identifisert som et bredt uttrykt tumorantigen i flere typer kreft [47]. RGS12 er en stor RGS protein med flere funksjonelle domener som PDZ, PTB (fosfor-tyrosin binding) og Rap bindende områder [48]. PDZ domenet RGS12 samhandler med en GPCR, CXCR2, og bidrar dermed til GAP virkningen av RGS12 på CXCR2-mediert G-protein-signaler [49]. Derfor er det sannsynlig at biologisk RGS4, RGS5, og RGS12 er forbundet med lungekreft overlevelse. Funksjonene til de betydelige SNPs på disse genene er ikke klart siden de mest sannsynlig tagging SNPs. Fremtidige studier er nødvendig for å finne årsaks SNPs.
I lagdelte analyser, 5 SNPs i kjemoterapi gruppe og en annen 5 i chemoradiation gruppen var forbundet med risikoen for død med bootstrap
P
verdier 0,05 minst 70 ganger ut av 100 ganger. De genotyper av fire SNPs: rs2816312 (
RGS1
), rs944343 (
RGS3
), rs1051013 (
RGS3
), og rs1122794 (
RGS11
) ble funnet å være signifikant assosiert med MST i kjemoterapi gruppe. Den mest betydningsfulle var rs944343 (Log-rank
P
= 0,0009), som var en merking SNP ligger på 3 «flankerende område av
RGS3
. Økt RGS3 uttrykk er blitt anvendt som en diagnostisk markør for mykt vev sarkom og er forbundet med resistens mot kjemoterapi i brystkreft [50], [51]. I tillegg har RGS3 blitt rapportert til å modulere gliom cellemobilitet [36]. De andre verts gener av SNPs i kjemoterapi gruppe,
RGS1
, og
RGS11
, har også vært forbundet med etiologi og prognose av kreft. Rangel
et al
. rapporterte at RGS1 kan være en prognostisk markør i melanom progresjon og dens uttrykk var assosiert med overlevelse for melanom pasienter [20]. Martinez-Cardus,
et al
. rapportert at RGS11 uttrykk var signifikant assosiert med resistens mot platina ved kolorektalkreft [52]. Disse studiene støtter rollen RGS1, RGS3, og RGS11 i lungekreft prognose. Det var bare to SNPs i chemoradiation gruppe, rs6429264 og rs6689169, vesentlig knyttet til MST (log-rank
P
= 0,0055 og 0,0441, henholdsvis). begge er tagging SNP og ligger i
RGS7
. Flere studier har vist at tumor nekrose faktor-α, en større betennelse cytokin som spiller en viktig rolle i mange humane kreftformer, hurtig kan aktivere ekspresjonsnivået av RGS7 [53], [54]. Mekanismene som disse genotypene bestemmer deres fenotyper og påvirke utfallet av NSCLC er ikke klart. Videre studier er garantert å identifisere årsaks varianter og de biologiske mekanismene bak våre observert foreninger.
Vi observerte også kumulative effekten av RGS SNPs på overlevelse av sene stadier av NSCLC pasienter. I tillegg brukte vi overlevelse treet analyse for å identifisere samspill mellom disse SNPs. Disse gen-gen-interaksjoner resulterte i fire terminal noder med ulik risiko for død i kjemoterapi-eneste gruppen og to terminal noder med ulik risiko for død chemoradiation gruppen. Den kumulative effekter analyse og overlevelse treet analyse kan tillate oss å identifisere kraftigere prognostiske eller prediktive markører og signaturer basert på kombinasjonen av hver enkelt pasients genetiske variasjoner. Det bør bemerkes at disse typer analyser var utforskende, og resultatene må være godkjent i uavhengige studier.
Det er noen sterke sider til vår studie. Først, er vår nåværende sti basert tilnærming en logisk forlengelse av kandidaten genet tilnærming og unngår kravet om mye større utvalg av genom-wide forening studie. For det andre har vi samlet en relativ stor bestand av NSCLC pasienter fra samme institusjon. De ensartet standard operasjonsprosedyrer i kreft identifikasjon, patologisk iscenesettelse, og selv strategi besluttsomhet for kreftbehandling gjort våre funn mer omfattende og gjeldende for fremtidige kliniske studier. For det tredje har vi gjennomført intern statistisk validering av en bootstrap resampling prosedyre for å minimere falske funn. Fjerde, har vi utført utforsk gen-gen interaksjonsanalyse for å etablere en ny kombinasjon av SNPs å forutsi utfallet av NSCLC pasienter for deres behandling, noe som kan hjelpe klinikere med å bestemme optimal personlig behandling og kvaliteten på omsorg for å overleve.
Så langt vi kjenner til, er dette den første studien undersøkte sammenslutning av genetiske variasjoner i RGS familie med overlevelse for NSCLC. Våre resultater er gitt ikke bare SNP basert analyse, men også en mer omfattende sti-tilnærming i det kliniske resultatet prediksjon for NSCLC pasienter som gjennomgikk kjemoterapi eller chemoradiation. Future uavhengig validering i større befolkning og detaljerte funksjonelle analyser er nødvendig før disse funnene kan oversettes til klinikkene.
Metoder
Etikk erklæringen
Alle pasientene undertegnet en skriftlig informert samtykke og denne studien er gjennomgått og godkjent av Institutional Review Board (IRB) fra MD Anderson.
Studier befolkning og innsamling av epidemiologiske og kliniske data
totalt 598 pasienter med sent stadium NSCLC, inkludert turer IIIA, IIIB (tørr), IIIB (Wet), og IV, rekruttert mellom 1995 og 2007 fra en epidemiologisk lungekreft studie utført ved University of Texas MD Anderson Cancer Center. Ingen av dem hadde tidligere blitt behandlet ved kirurgi kjemoterapi og /eller radioterapi før registrering i studien. Alle deltakerne hadde fullført en risikofaktor spørreskjema som samlet inn data om demografiske karakteristika, tobakksbruk historie, yrkesmessige og miljømessige eksponeringer, tidligere medisinsk historie, og noen historie av kreft i førstegradsslektninger, og også hadde donert en 40-ml blodprøve for genotyping. Vi hentet den kliniske opplysninger fra pasientenes medisinske poster av sine komorbide tilstander, tumor størrelse, klinisk stadium, patologisk stadium, histologisk type, svulst klasse, behandling typen, tumor tilbakefall, overlevelse og tumorprogresjon for alle analysene. Median oppfølgingstid var 11,8 måneder.
SNP utvalg og genotyping
En omfattende panel av kreftrelaterte gener inkludert RGS genet familie ble identifisert og klassifisert i hver enkelt vei i henhold til deres store rapportert funksjoner. I genet listen, sytten gener i RGS familien (
RGS 1-5
,
7-14
,
16
,
18
,
20
, og
22
) ble valgt for dette panelet. Den nærmere fremgangsmåten for å samle den panel av gener og SNPs ble rapportert tidligere [55]. Genomisk DNA ble ekstrahert fra de perifere blod lymfocytter til pasienters blodprøver, og alle de genotyping arbeid ble utført i henhold til standardprotokollen leveres av Illumina Inc. Da resultatene av genotyping ble automatisk generert av Illumina s BeadStudio programvare. Til slutt ble 95 SNPs i RGS sti valgt og hell genotypede hos disse pasientene, som vist i tabell S1 i saksdokumenter.
Statistisk analyse
STATA statistisk programvare (StataCorp LP, College Station , TX) versjon 10.2 ble benyttet for analyse av hazard ratio (HRS),
P
verdier, median overlevelsestid (MST),
P
verdier for log-rank test og Kaplan-Meier overlevelse estimat. χ
2 test (for kategoriske variabler) og Student
t
-test (for kontinuerlige variabler) ble brukt for å vurdere forskjeller i variabler mellom døde og levende pasienter. For hver SNP, ble risikoen for død som en hazard ratio (HR) og 95% konfidensintervall (KI) beregnet med Cox regresjonsmodell. I tillegg ble multivariate justering brukes til å kontrollere for mulige konfunderende faktorer (alder, kjønn, etnisitet, røykestatus og pakke-år, funksjonsnivå, klinisk stadium, og behandling). For hver SNP, ble den genetiske fordeling vurdert av tre genetiske modeller (dominant, recessiv, og additiv), og modellen med den minste
P
verdi ble valgt som den beste sittende modell [56]. For å validere resultatene ble bootstap resampling metoden som brukes. For hver bootstrap prøve trukket fra det opprinnelige datasettet, ble 100 bootstrap prøver generert. Vi fikk den
P
verdi for hver SNP blant de dominerende, recessiv, og additive modeller. Den kumulative effekten av ulike genotyper ble beregnet ved å summere opp de enkelte virkningene av betydelige SNPs, er at SNPs som viste signifikant sammenheng i enkelt SNP analyser og hadde også en bootstrap
P
verdi 0,05 minst 70 ganger. Vi brukte Cox regresjon modell for å beregne timer og 95% CIS. Kaplan-Meier metoden og log-rank test ble brukt for å estimere deres effekt på overlevelse varighet for disse SNPs. Til slutt ble STREE program (https://masal.med.yale.edu/stree/) som brukes til å utføre overlevelse tre analyse for de høyere-ordens-gen-gen-interaksjoner av SNP. For disse analysene vi kun tatt SNPs som hadde blitt validert internt av bootstrapping. En tosidig
P
0,05 ble ansett som statistisk signifikant
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1..
NPs i RGS veien.
doi: 10,1371 /journal.pone.0021120.s001 plakater (DOC)
