Abstract
Bakgrunn
Vi har tidligere identifisert et panel av gener assosiert med utfallet av eggstokkreft. Hensikten med denne studien var å vurdere om varianter i disse genene korrelert med kreftrisiko eggstokkreft.
Metoder og funn
Kvinner med og uten invasiv kreft i eggstokkene (749 tilfeller, 1,041 kontroller) var genotypet på 136 enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) innen 13 kandidatgener. Risiko ble beregnet for hver SNP og for generelle avvik innenfor hvert gen. På gen-nivå, variasjon innenfor
MSL1 plakater (hann-spesifikk dødelig-en homolog) var assosiert med risiko for serøs kreft (p = 0,03); haplotyper innenfor
PRPF31 plakater (PRP31 pre-mRNA prosessering faktor 31 homolog) var assosiert med risiko for invasiv sykdom (p = 0,03).
MSL1
rs7211770 var assosiert med redusert risiko for serøs sykdom (OR 0,81, 95% KI 0,66 til 0,98; p = 0,03). SNPs i
MFSD7
,
BTN3A3
,
ZNF200
,
PTPRS
, og
CCND1A
ble omvendt assosiert med risiko (p 0,05), og det var økt risiko på
HEXIM1
rs1053578 (p = 0,04, OR 1,40, 95% KI 1,02 til 1,91).
Konklusjoner
Tumor studier kan avsløre nye gener verdig oppfølging for kreft mottakelighet. Her fant vi at arvet markører i genet som koder MSL1, en del av et kompleks som modifiserer histon H4, kan redusere risikoen for invasiv serøs eggstokkreft
Citation. Peedicayil A, Vierkant RA, Hartmann LC, Fridley BL, Frede ZS, Hvit KL, et al. (2010) risiko for eggstokkreft og Arvet Varianter i Relapse knyttet gener. PLoS ONE 5 (1): e8884. doi: 10,1371 /journal.pone.0008884
Redaktør: Alfons Navarro, Universitetet i Barcelona, Spania
mottatt: 5 oktober 2009; Godkjent: 16 desember 2009; Publisert: 27 januar 2010
Copyright: © 2010 Peedicayil et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Cancer Institute [R01 CA122443, R01 CA88868], den Ovarian Cancer Research Fund, og Fred C. og Katherine B. Andersen Foundation. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
på verdensbasis er det ca 125.000 dødsfall hvert år på grunn av kreft i eggstokkene [1]; økt forståelse for forhold knyttet til utfallet og etiologi bør redusere byrden av denne sykdommen. Vi har tidligere rapportert resultatene av tumor mRNA-ekspresjon studier som foreslått at endrede ekspresjon av et bestemt sett av gener som forutsagt respons på kjemoterapi hos kvinner med fremskreden fase høy grad av epitelial eggstokkreft [2]. Disse genene inkludert
SF3A3
,
MFSD7 plakater (tidligere kjent som
FLJ22269
),
ID4
,
BTN3A3
,
OSGIN2 product: (tidligere kjent som
C8orf1
),
FARP1
,
PRKCH
,
C15orf15
,
ZNF200
,
MSL1 plakater (tidligere kjent som
LOC339287
),
HEXIM1 plakater (tidligere kjent som
HIS1
),
PTPRS
,
CC2D1A product: (tidligere kjent som
FLJ20241
), og
PRPF31
. Expression nivåer skilte seg blant svulster fra kvinner med ulik utfall; nemlig, i kombinasjon, ekspresjon av disse genene predikert tidlig anfall ( 21 måneder). etter optimal operasjon og platina-paclitaxel kjemoterapi med en nøyaktighet på 86% og positiv prediktiv verdi på 95% [3], [2]
etiologien for ovarian cancer er kjent for å være komplisert og, i det minste delvis, omfatter arvet resistensfaktorer. Mutasjoner i
BRCA1
,
BRCA2
,
MLH1
, og
MSH2
utgjør om lag 50% av familiær eggstokkreft [4], [5] , og resterende tilfellene med en familie historie er sannsynligvis på grunn av kombinasjoner av flere alleler overdragelse lav til moderat penetrant mottakelighet [6], [7] som varianter i
BNC2 product: [8] og muligens
TP53 product: [9],
CDKN2A product: [10],
CDKN1B product: [10], og
AURKA product: [11]. Som et supplement til genom-wide søk, en nyttig tilnærming for identifikasjon av ekstra lav risiko alleler er studiet av svært informative arvet varianter i kandidatgener identifisert fra tumor uttrykk studier. For å vurdere om variasjon i gener med ulike uttrykk nivåer av utfallet påvirket risikoen for eggstokkreft, gjennomførte vi en case-control analyse av arvet varianter i genene i prognosemodell nevnt ovenfor [2] samt i
HTRA1
(som koder for serin protease HtrA1) som vi har vist er nedregulert i et flertall av ovarietumorer [12], [13] og har en sentral rolle i apoptose [13]. Som den første undersøkelsen av germline variasjon i denne romanen sett av gener (tabell 1), rettet vi mer generelt belyse deres rolle i epitelovarialcancer kreftfremkallende prosesser.
Resultater
Demografisk, reproduktive, livsstil, og tumor kjennetegn ved 749 epitel invasive eggstokkkreftpasienter og kontroller 1,041 er beskrevet i tabell 2. Generelt ble det observert de forventede fordelinger av risikofaktorer; en større andel av pasienter enn kontroller hadde aldri brukt p-piller (p 0,001), hadde brukt hormonbehandling (p 0,001), var førstegangsgravide (p = 0,01), og hadde en første eller andre grad familiehistorie med kreft i eggstokkene (p 0,05.
MSL1
gen-nivå hovedkomponenter (oppsummert kombinasjoner av genotyper basert på to SNPs) var assosiert med risiko for invasiv serøs sykdom (p = 0,03). På en av de to SNP i dette genet, rs7211440 (R «> 2 = 0,53 med rs17678694, figur S1), transport av den mindre allelet ble forbundet med redusert risiko for både invasiv og invasiv serøs sykdom (OR 0,85, 95% KI 0,72 til 1,00, p = 0,05, OR 0,81, 95% KI 0,66 til 0,98, p = 0,03, henholdsvis tabell 4), tyder dette SNP som den primære driveren av
MSL1
«s gen-nivå serøs forening .
PRPF31
haplotyper (sammenhengende serie av alleler basert på åtte SNPs) var assosiert med risiko for invasiv sykdom (p = 0,03). Som haplotype analyse kan avsløre skjulte foreninger, vi nærmere undersøkt tjueseks vanlige haplotyper innenfor
PRPF31 plakater (tabell S2). Sammenlignet med den vanligste haplotype 11111111 (store lene i det hele tatt
PRPF31
SNPs), de haplotype 10101111 (mindre alleler på intronic tagging enkeltnukleotidpolymorfi (tagSNPs) rs12985735 og rs254272) overdro redusert risiko for invasiv kreft i eggstokkene (OR 0,22, 95% KI 0,06 til 0,82, p = 0,02). Disse to SNPs ble bare beskjedent korrelert (r
2 = 0,23, figur S1), og heller ikke var uavhengig assosiert med risiko (rs12985735 per allel OR 1,13, 95% KI 0,98 til 1,30, p = 0,10; rs254272 per allel OR 1,05 , 95% KI 0,89 til 1,25, p = 0,56), noe som tyder på at en ungenotyped variant i umiddelbar nærhet til
PRPF31
haplotype kan bidra til foreningen. Som to andre
PRPF31
haplotyper ble assosiert med eggstokkreft risiko ved p 0,10 (00111101 ELLER 2,81, 95% KI 0,85 til 9,22, p = 0,09; 10101101 ELLER 2,86, 95% KI 0,94 til 8,71, p = 0,06), andre varianter i genet kan også bidra til den observerte globale haplotype foreningen.
Utenfor de to gen-nivå forbundet gener (
MSL1 Hotell og
PRPF31
) , et lite antall av SNP i seks andre gener ble knyttet på enkelt-SNP nivå (p 0,05, tabell 4) inkludert tre SNP’er assosiert med redusert risiko for både invasiv og invasiv serøs sykdom (i
CC2DIA
,
MFSD7
, og
ZNF200
). Den sterkeste SNP-nivå foreningen ble observert ved ikke-synonyme rs2305777 (T801M) i NF-kB aktivere disse
CC2D1A plakater (invasiv OR 0,84, 95% 0,72 til 0,99, p = 0,03; serøs invasiv OR 0,76 , 95% KI 0,62 til 0,99 p = 0,005). Basert på sekvenskonservering tvers av arter [14], er dette SNP anslått til å være forholdsvis undamaging til protein funksjon. Fordi dette SNP ikke var korrelert med andre genotypet SNPs (r
2 0,12, figur S1) og ikke tagge andre vanlige HapMap SNPs på r
2 0.9, kan sekvense være nødvendig for å avklare betydningen av denne SNP assosiasjon. Tilsvarende
MFSD7
rs6840253 var assosiert med en reduksjon av eggstokkreft risiko (invasiv OR 0,81, 95% KI 0,66 til 1,0, p = 0,05; serøs invasiv OR 0,76, 95% KI 0,58 til 0,98, p = 0,03 ), som var
ZNF200
rs186493 (invasiv OR 0,83, 95% 0,71 til 0,82, p = 0,02; invasiv serøs OR 0,82, 95% KI 0,68 til 0,98, p = 0,03). Begge er promoter-regionen SNPs (innen 5 kb 5 «oppstrøms) og uavhengig av andre HapMap SNPs på r
2 0,9. Fordi hver er korrelert på r
2 . 0.6 med andre genotypet SNPs, ekstra genotyping av beskjedent korrelerte SNPs kan hjelpe belyse disse assosiasjonene
Tre SNPs ble forbundet bare med redusert risiko for invasiv serøs sykdom (i
PTPRS Hotell og
BTN3A3
), og en SNP assosiert med økt risiko for invasiv serøs sykdom (i
HEXIM1
). Således, mens resultatene var som regel lik i begge tilfelle grupper, ofte større statistisk signifikans av resultatene blant kvinner med serøs sykdom, til tross for redusert effekt på grunn av en 40% mindre utvalgsstørrelse, tyder på at subtype analyse viste heterogenitet ved histologi.
SNPs som var tankevekkende bare i serøs sykdom inkludert to svært korrelert
PTPRS
intron 9 SNPs (r
2 = 0,99; rs886936 OR 0,85, 95% KI 0,72 til 1,00, p = 0,05; rs11878779 OR 0,79, 95% KI 0,66 til 0,95, p = 0,01). Interessant nok har disse og tre andre høyt korrelerte intron 9 SNP’er (figur S1) var uavhengig av hverandre i HapMap ved r
2 0.9, som tjener som et eksempel på ikke-overførbare koblingsulikevekt (LD) på tvers av populasjonene. Den eneste SNP med mindre alleler forbundet med økt risiko var de potensielle
HEXIM1
promoter region SNP rs1053578 (serøs OR 1,40, 95% KI 1,02 til 1,91, p = 0,04) som var uavhengig av andre genotypet SNPs på r
2 0,04 og av andre HapMap SNPs på r
2 0,9.
BTN3A3
«s antatte promoter region SNP rs12206812 var assosiert med redusert risiko for serøs invasiv sykdom (OR 0,63, 95% KI 0,44 til 0,90, p = 0,01); Men vi mistenker genotype eller genetisk kartfeil på grunn av svikt i WGA DNA og uavhengighet med alle andre genotypede
BTN3A3
SNPs (r
2 = 0; Figur S1). Ingen gen-nivå eller SNP-nivå foreninger på p 0,05 ble observert for
SF3A3
,
ID4
,
OSGIN2
,
HTRA1
, eller
C15orf15
.
Diskusjoner
Kunnskap om genetikk av eggstokkreft er i en rask tilstand av utvidelse. Som den mest dødelige gynekologisk kreft, kan funn av arvelige faktorer knyttet til etiologi og utfall bistå i utviklingen av viktige målrettet prediksjon og terapeutiske strategier. Nyere arbeider har avklart rollene til langvarige kandidat SNPs i progesteron reseptor, retinoblastom, p53, og cellesyklusgener [10], og aktivert genom-wide assosiasjonsstudier [8]. Analyse av svært informative varianter i selektive sett med nye gener utfyller disse kandidat SNP og genomassosiasjonsstudier, og gir bedre dekning i høyt prioriterte områder basert på kjent tumorbiologi [16]. Her har vi valgt nye kandidatgener basert på tidligere bevis på deres tilknytning tid til tilbakefall av kreft i eggstokkene, og vi valgte omfattende sett med varianter [2], [13]. Vårt primære Resultatet er at variasjon i
MSL1
var knyttet til risikoen for serøs invasiv eggstokkreft; spesielt, mindre alleler på rs7211440 korrelert med redusert risiko (OR 0,81, 95% KI 0,66 til 0,98, p = 0,03). Tidligere ble økt uttrykk av MSL1 korrelert med tidligere tid til tilbakefall [2]; ytterligere kontroll av den prognostiske modell og replikering av den etiologiske foreningen er garantert.
MSL1
koder en av fem proteiner som danner høyt konservert MSL kompleks med enzymatiske egenskapene som en histon acetyltransferase (HAT ) [17]. Luer modifisere en rekke histon domener gjennom acetylering, som, sammen med andre coactivators, regulerer histon og kromatin aktivering og påvirker genekspresjon [18]. MSL-komplekset spesifikt acetylates lysinrest 16 på histon H4 (H4-Lys16), som spiller en avgjørende rolle i å regulere kromatin folding og lyddemping av genekspresjon [19], [20], [17]. Knock-out modeller viser at fravær av MSL-komplekset fører til funksjonsfeil i S-fasen av cellesyklusen, noe som fører til feil i DNA-replikasjon [17]. I tillegg tap av monoacetylation av H4-Lys16 og avvikende fungering på H4 er kjennetegn for kreftceller. Våre data tyder på at arvelig variasjon i
MSL1
kan påvirke risikoen for invasiv serøs eggstokkreft og er i samsvar med funn som uregelmessige H4 modifikasjoner kan føre til feil i kromatin folding og genekspresjon og er utbredt i kreft fenotyper [21]. Med suggererende SNPs i gener for p53 og CDKN2A [10], [9], som også regulerer histone modifikasjon, bevis for en rolle arvelige risikofaktorer knyttet til histoner akkumuleres.
Sterke av dette arbeidet omfatter bruk av to case-control studie populasjoner (fra Mayo Clinic og Duke University), avansert SNP utvalg teknikker (for eksempel høyt nivå av nødvendig sammenheng mellom alleler, inkludering av antatte funksjonelle SNPs, og valg av flere tagSNPs i store LD binger), og utmerket genotyping kvalitet. Vår vurdering av risiko for serøs invasiv sykdom foreslått en grad av genetisk heterogenitet ved histologisk subtype; Vi foreslår imidlertid forsiktighet i tolkningen av resultatene (spesielt enkelt-SNP resultater i fravær av gen-nivå betydning) på grunn av det relativt store antall tester utført. Vi merker oss også at ingen resultater er statistisk signifikant etter justering for multippel testing med en konservativ Bonferroni korreksjon. Dermed er replikering av våre resultater garantert å bekrefte disse foreningene. Veier for framtidig forskning som strekker seg fra dette uttrykket baserte kandidat genet arbeidet omfatte analyse av andre histone regulatoriske gener og detaljert vurdering av funksjonelle mekanismer. Mer overhengende, vil undersøkelse av lovende SNPs innenfor
MSL1
blant et større sett av serøse invasive pasienter og kontroller og ekstra fin-skala kartlegging [16] bistå i avklaring av betydningen av disse genene til eggstokkreft mottakelighet. Dette bør i sin tur informere oversettelse av slike funn til den kliniske behandlingen av kvinner med økt risiko for eggstokkreft.
Materialer og metoder
deltagerne
Fag deltatt i to pågående kasus-kontrollstudier av ovarialcancer initiert i januar 2000 ved Mayo Clinic (Rochester, MN) og mai 1999 ved Duke University (Durham, NC). Detaljer i studiedesign er blitt beskrevet i mer detalj et annet sted [22] – [24]. Kort fortalt ble totalt 749 kvinner med histologisk bekreftet ved invasiv epitelial eggstokkreft og 1,041 kontroller uten eggstokkreft og uten bilateral ooforektomi rekruttert fra de to studiesteder (tabell 2, stedsspesifikke egenskaper er gitt i tabell S3). At Mayo Clinic, eggstokkreft tilfeller (pasienter) var over 20 år med histologisk bekreftet hendelsen epitelial eggstokkreft og inkludert i studien innen ett år etter diagnose. Alle saker sett i gynekologiske eller medisinsk onkologi enheter som levde i de seks-state regionen som definerer den primære tjenesten befolkning på Mayo Clinic (Minnesota, Iowa, Wisconsin, Illinois, North Dakota og Sør-Dakota) ble invitert til å delta. Kontrollene ble rekruttert fra blant kvinner sett på generelle medisinske undersøkelser og frekvens-tilpasset pasienter på alder og bostedsregion (dvs. stat, fylke). Ved Duke University, pasientene var kvinner med histologisk bekreftet primær ovarialcancer, mellom 20 og 74 år, og identifisert innen en 48-fylke regionen med North Carolina Central Kreftregisteret. Kontrollene ble identifisert ved hjelp av listeassistert tilfeldig oppringing og frekvens tilpasset pasienter på rase, alder og bostedsfylke. Ingen utelukkelser basert på etnisitet ble gjort. Søkere gitt skriftlig informert samtykke, og protokoller ble godkjent av Mayo Clinic og Duke University Institutional Review Board.
Data og Biospecimen Collection
Informasjon om potensielle risikofaktorer ble samlet inn gjennom i-person intervjuer på begge sider med lignende spørreskjemaer. DNA ble ekstrahert fra 10 til 15 ml friskt venøst blod ved hjelp av Gentra AutoPure LS Purgene utsal metodikk (Gentra, Minneapolis, MN). DNA fra Duke University deltakerne ble overført til Mayo Clinic for hel-genom forsterkning (WGA) med Repli-G-protokollen (Qiagen Inc, Valencia CA) som vi har vist gitt svært reproduserbare resultater [25]. DNA-konsentrasjoner ble justert til 50 ng /mL før genotyping og verifisert ved hjelp av PicoGreen dsDNA Kvantitering kit (Molecular Probes, Inc., Eugene OR). Prøvene ble bar-kodet for å sikre nøyaktig og pålitelig prosessering.
SNP Utvalg
Vi identifiserte tagSNPs innen fem kb av hver kandidat gen ved hjelp av algoritmen av ldSelect [26] til bin parvis korrelert SNPs på r
2≥0.90 med mindre allel frekvens (MAF) ≥0.05 i HapMap CEU befolkningen (Utah innbyggere med aner fra Nord- og Vest-Europa) [27]. HapMap data ble brukt fordi, i november 2007, var de mer informativ for disse genene enn data fra Perlegen Sciences [28], Seattle SNPs (https://pga.mbt.washington.edu), og NIEHS SNPs (http: //www.egp.gs.washingon.edu). En tagSNP per bin ble valgt hvis mindre enn ti SNPs var i en LD bin, og to tagSNPs per bin ble valgt i LD binger med ti eller flere SNPs. Blant tagSNPs, ble SNP’er valgt for å maksimal Illumina SNP score (et mål på forutsagte genotyping suksess) og deretter MAF.
FARP1 plakater (307 kb) og
PRKCH plakater (229 kb) som kreves over 100 tagSNPs hver og ble ekskludert fra studien for kostnadseffektivitet. For de resterende gener (tabell 1), 117 tagSNPs og 19 antatte funksjonelle SNPs (innen 10 kb oppstrøms, 5 «UTR, 3» UTR, eller ikke-synonyme fra Ensembl versjon 34 med europeisk-amerikansk MAF≥0.05 og Illumina SNP poengsum ≥0.6) ble valgt. Dermed ble totalt 136 SNPs i disse 13 kandidat gener genotypet.
Genotyping
Som en del av en større studie, genotyping av 2176 DNA-prøver (897 genomisk, 1279 WGA, og 129 duplikater ) fra 2,047 unike deltagerne ble utført ved Mayo Clinic sammen med 65 laboratoriekontroller. Vi brukte Illumina Golden BeadArray analyse og BeadStudio programvare for automatisert clustering og ringer etter en standard protokoll [29]. Av 2,047 deltakere genotypet, 44 prøver (2,1%) feilet (takst 90%), og 213 deltakere (10,4%) ble funnet å være kvalifisert eller har border sykdom og ble ekskludert; dermed 1790 deltakere (inkludert 749 pasienter med invasiv sykdom og 1,041 kontroller) ble analysert her. I alt 1.152 SNPs for en rekke prosjekter ble forsøkt; 25 mislyktes SNPs inkludert 15 (1,3%) med takst 90%, ni (0,8%) med dårlig clustering, og en ( 0,1%) med uløste replikere eller mendelsk feil i genomisk DNA. Vi vurderte avganger fra Hardy Weinberg likevekt (HWE) i selvrapporterte hvite, ikke-spanske kontroller med en Pearson godhet-of-fit test eller, i tilfelle av SNPs med en MAF 5%, en Fisher eksakt test, og vi ekskludert SNPs med MAF 0,01 (N = 64, 5,6%) eller HWE p-verdi 0,0001 (N = 11, 1,0%), forlater 1,052 SNPs for analyse. For WGA DNA, ytterligere 20 SNP (1,7%) ble ekskludert på grunn av en eller flere av de ovennevnte kriterier. Blant de 13 kandidatgener studert, ble 134 av 136 SNPs hell genotypet i genomisk prøver, og alle, men seks av disse ble også genotypede hell i WGA prøver (Tabell S4).
statistiske metoder
Utdeling av demografiske og kliniske variabler ble sammenlignet mellom pasienter og kontroller ved hjelp av chi-kvadrat tester eller t-tester, og estimater av parvis LD mellom SNPs ble oppnådd ved hjelp Haploview programvare, versjon 4.1 [30]. Genetisk forening analyser (beskrevet nedenfor) ble justert for studiested, alder, kroppsmasseindeks, hormonbehandling, oral contraceptive bruk, antall levendefødte, alder ved første levende fødsel, og befolkningsstruktur hovedkomponenter som sto for muligheten for befolkningen lagdeling ved hjelp av en metode lik den som er tidligere beskrevet [31]. Befolkningsstruktur viktigste komponentene ble opprettet ved hjelp av 2517 SNPs fra denne og tidligere genotyping paneler [23]; spredningsplott matriser av selvrapportert rase indikerte at de første fire befolkningsstruktur hovedkomponenter rimelig tilnærmes raseforskjeller på tvers av individer og ble derfor inkludert som kovariater i alle modeller (figur S2).
Foreninger med kreftrisiko eggstokkreft ble vurdert ved hjelp av logistisk regresjon av SNPs, gen-nivå hovedkomponenter, og gen-nivå haplotypes. For SNPs, ble odds ratio (OR) og 95% konfidensintervall (KI) beregnet separat for heterozygote og homozygote mindre allel genotyper, ved hjelp av homozygot store allelet genotype som referent gruppen. Vi inkluderte åtte SNPs med HWE 0,05 (tabell S4) på grunn av akseptable genotype klase tomter, det store antall tester (Bonferroni korrigert p-value≤3.7 × 10
-4), og ingen forutsetning av HWE for single-SNP analyse. Formelle genotypiske tester av foreningen ble utført forutsatt et ordens (log-additiv) effekt ved hjelp av enkle tester for trend. Innenfor hvert gen, anvendte vi en prinsipal komponent analyse for å skape ortogonale lineære kombinasjoner av de SNP mindre allel telle variabler (inklusive genotyper Beregnet ved hjelp av MACH programvarepakken [32]) for å tilveiebringe en alternativ og tilsvarende representasjon av samlingen av SNP som en helhet . Den resulterende minste undergruppe av gen-nivå prinsipielle komponenter som utgjorde minst 90% av SNP variabilitet ble inkludert i regresjonsmodeller, og genspesifikke forbindelser ble evaluert ved hjelp av et multiplum frihetsgrad sannsynlighetsforhold test. Gene-sentriske haplotype-basert forening analyser ble utført ved bruk av bakre sannsynlighetene for alle mulige haplotyper for en person (unntatt SNPs med HWE p-verdi 0,05), betinget av de observerte genotyper. Forventningen-maksimering algoritme ble brukt til å estimere haplotyper [33] og skape haplotype design variabler som varierer fra 0 til 2. På grunn av unøyaktighet involvert i lavfrekvente haplotyper, ekskluderte vi haplotyper med en estimert frekvens på mindre enn ti. Vurdering av risiko blant vanlige haplotyper testet samtidige effekten av alle haplotyper kombinert i logistisk regresjon; individuelle haplotype assosiasjoner anvendt den mest vanlige haplotype som referanse. Alle statistiske tester var tosidig, og med mindre annet er angitt, ble utført med SAS programvare (SAS Institute, Inc., Cary, NC).
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
koblingsulikevekt plott. Gener med gen-nivå eller SNP-nivå p 0,05 vises; Haploview 4,1 basert på selvrapporterte hvit-ikke-spanske kontroller (Barrett et al., 2005); r2 = 0 = hvit og r2 = 1 = svart; Tallene representerer r2 * 100.
doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s001 plakater (1,04 MB DOC)
Figur S2.
Matrix av scatterplots for fire befolkningsstruktur viktigste komponentene av selvrapportert rase. Befolkningsstruktur rektor komponenter analyse basert på 1.981 deltakere og 2517 SNPs inkludert kalkulatoriske genotyper; for hver spredningsplott, tilsvarer vertikale aksen til den komponenten som er oppført i diagonalt element til venstre på plottet, og den horisontale akse svarer til den komponenten som er oppført i diagonal under grafen; Resultatene tyder på at den første komponent differensiert hvit ikke-spanske og svart ikke-spanske fra andre prøver, mens den fjerde komponenten bidratt til ytterligere å differensiere asiatisk fra andre prøver; disse fire befolkningsstruktur viktigste komponentene ble brukt som kovariater i foreningen testing
doi:. 10,1371 /journal.pone.0008884.s002 plakater (0,30 MB DOC)
Tabell S1.
SNPs og risiko for eggstokkreft, OR (95% CI)
doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s003 plakater (0,43 MB DOC)
Tabell S2.
haplotype resultater for PRPF31 (global p-verdi = 0,03)
Doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s004 plakater (0,12 MB DOC)
tabell S3.
Kjennetegn på deltagerne ved studiested
doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s005 plakater (0,14 MB DOC)
Tabell S4.
SNP og genotype informasjon
doi: 10,1371 /journal.pone.0008884.s006 plakater (0,56 MB DOC)
Takk
Vi takker Ms. Karin Goodman og Ms . Ashley Pitzer for faget rekruttering, Ms Michele Schmidt og Mr. Sebastian Armasu for å få hjelp med statistiske analyser, og Ms Katelyn Goodman for å få hjelp med manuskriptet forberedelser.
