Abstract
Bakgrunn
Samler bevis indikerer avvikende DNA metylering er involvert i mage tumorgenesen, noe som tyder på det kan være et nyttig klinisk biomarkør for sykdommen. Målet med denne studien var å konsolidere og oppsummere publiserte data på potensialet av metylering i magekreft (GC) risiko prediksjon, prognostication og prediksjon av behandlingsrespons.
Metoder
Relevante studier ble identifisert fra PubMed ved bruk av et systematisk søk tilnærming. Resultatene ble oppsummert av meta-analyse. Mantel-Haenszel odds ratio ble beregnet for hver metylering hendelse forutsatt at tilfeldig effekt modell.
Resultater
En gjennomgang av 589 hentet publikasjoner identifisert 415 relevante artikler, inkludert 143 case-kontrollstudier på genet metylering av 142 enkeltgener i GC kliniske prøver. Totalt 77 gener ble vesentlig forskjellig metylert mellom tumor og normal mage vev fra GC fag, hvorav data på 62 ble avledet fra enkeltstudier. Metylering av 15, 4 og 7 gener i normal gastrisk vev, plasma og serum henholdsvis var signifikant forskjellig i frekvens mellom GC og ikke-cancer fag. En prognostisk betydning ble rapportert i 18 gener og prediktiv betydning ble rapportert for
p16
metylering, selv om mange inkonsistente funnene ble også observert. Ingen skjevhet på grunn av analysen, bruk av fast vev eller CpG nettsider analysert ble oppdaget, men en liten bias mot publisering av positive funn ble observert.
Konklusjoner
DNA metylering er en lovende biomarkør for GC risiko prediksjon og forutsigelse. Videre fokuserte validering av kandidat metylering markører i uavhengige kohorter er nødvendig for å utvikle sin kliniske potensialet
Citation. Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Soong R (2012) Klinisk Potential av DNA Metylering i Gastric Cancer: A Meta-Analysis. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10,1371 /journal.pone.0036275
Redaktør: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu «, Italia
mottatt: 29 september 2011; Godkjent: 31 mars 2012; Publisert: 27 april 2012
Copyright: © 2012 Sapari et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av et stipend fra National Medical Research Council (NMRC /TCR /001/2007). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP (GC) er fortsatt en stor klinisk utfordring over hele verden på grunn av sin høye prevalensen, dårlig prognose og begrensede behandlingsmuligheter [1]. Selv om forekomsten av GC har gått ned i løpet av årene, fortsetter det å være den nest største årsaken til kreftdød og den fjerde vanligste kreftformen i verden. Mindre enn 25% av GC tilfellene er diagnostisert på et tidlig stadium, og 5-års overlevelse er bare 24% i USA og Europa [2]. Men overlevelsen fra GC bedres til over 60% hvis oppdages på et tidlig stadium [2], understreker betydningen av tidlig oppdagelse i denne krefttypen.
DNA metylering er en epigenetisk mekanisme transcriptional regulering, med et engasjement i kreft tilskrives upassende stanse av tumorsuppressorgener, eller tap av onkogen undertrykkelse [3]. Siden den første artikkelen av Fang
et al.
I 1996 beskriver DNA hypometylering av c-myc og c-Ha-ras i GC [4], har mer enn 550 studier blitt publisert på involvering av avvikende DNA metylering i utviklingen av GC. Som et resultat, har nærværet og funksjonelle konsekvenser av avvikende DNA-metylering av mer enn 100 gener i GC blitt rapportert [5] – [17]. Bevis på koblinger mellom avvikende DNA metylering til
H. pylori-infeksjon
[1], [18] – [22] og dens involvering i forstadier gastriske epitel-lesjoner og GC-progresjon [18], [19], [21], [23] – [25] blir også i økende grad dokumentert. Til sammen har disse resultatene indikerte avvikende DNA metylering har en betydelig rolle i magekreft utvikling og progresjon.
Mønsteret av svulst DNA metylering kan være nyttig for kreftrisiko screening, prognostication og behandling prediksjon [3], [ ,,,0],26] – [30]. Sammenlignet med somatisk mutasjon, har DNA metylering et høyere antall avvikende endringer per kreftcelle [31]. Dessuten oppstår avvikende DNA-metylering tidlig i tumorgenesen av mange krefttyper [28], noe som gjør den spesielt nyttig for risiko forutsigelse. Den tekniske tiltrekning av DNA-metylering, er at det er kjemisk stabilt og kan påvises med en meget høy følsomhet av opp til 1:1000 molekyler [19]. Flere rapporter har også vist at kreftspesifikke, metylert DNA kan finnes i biologiske væsker, noe som tyder på det kan være en nyttig markør for ikke-invasiv diagnostisering [28], [32], [33].
betydningen av tidlig oppdagelse å forbedre GC overlevelse utfall og lovende bevis for DNA metylering som biomarkører er motivasjonen for denne studien. Til tross for økende bevis for den kliniske potensialet av DNA metylering, kan mange inkonsekvente resultater sees på tvers av studier. Derfor ble denne studien gjennomført for å konsolidere informasjon om det kliniske potensialet av metylering i GC ved hjelp av en meta-analyse, og å foreslå hvilken kandidat metylering hendelser fortjener videre evaluering som klinisk relevante biomarkører for sykdommen.
Materialer og metoder
Identifisering og valgbarhet studier
En systematisk litteratursøk i PubMed for artikler publisert opptil 27 oktober 2011 ble utført ved hjelp av «» magekreft «oG» metylering «» som søke betingelser. Ingen restriksjoner ble brukt under søk i PubMed og de resulterende studiene ble manuelt kuratert i henhold til deres relevans i forhold til GC DNA metylering. Disse inkluderte studier av GC i de områdene av hypermethylation og hypometylering /demetylering av globale og mål-spesifikke regioner. Tittelen og abstrakt av avisene som er identifisert i det første søket ble vurdert for hensiktsmessigheten til målene med dette papiret. Alle potensielt relevante artikler ble deretter undersøkt i detalj og flere relevante studier ble identifisert fra sitatene i disse artiklene. Siden fokus for denne utredningen var på menneskelige genet metylering, studier som analyserte metylering av
H. pylori Hotell og
Epstein-Barr
virus (EBV) genomer i GC progresjon ble ikke vurdert.
Studier utvalg og data merknad
Meta-analyser oppsummerer frekvensene i tumor og normal mage vev ble begrenset til data fra case-control studier som rapporterte hyppigheten av metylering av individuelle gener i respektive grupper. Data fra anmeldelser og meta-analyser av de samme studiene ble ikke vurdert. Informasjon på første forfatter, utgivelsesår, gen (er) analysert, størrelse på studiepopulasjonen, hyppighet av denaturert saker og kontroller, metoder som benyttes for DNA metylering analyse og prøvetype ble registrert for hver undersøkelse (tabell S1, S2). Andre relevante detaljer som type skade,
H. pylori
status, Lauren klassifisering og CpG island methylator fenotype (CIMP) status ble også spilt inn der det er tilgjengelig. Kliniske tilfeller ble gruppert i åtte kategorier, nemlig (1) normal slimhinne fra ikke-kreft fag, (2) søker normal slimhinne fra tilfeller med tumor, (3) kronisk gastritt, (4) intestinal metaplasi, (5) dysplastisk adenom, ( 6) adenokarsinom, (7) tidlig GC og (8) avansert GC. På grunn av det lave antallet studier tilgjengelig, ble kliniske tilfeller ikke videre klassifisert i
H. pylori
positive /negative saker eller tarm /diffuse typen GC og ikke-kreft fag ble ikke videre klassifisert i matchede /uovertruffen kontroller. Av samme grunn ble subgruppeanalyse basert på de ulike stadier av forstadier til kreft lesjoner ikke utført. For konsistens, ble et enkelt gen navn basert på HUGO nomenklatur tildelt gener med flere betegnelser.
Meta-analyse
Metaanalyser ble utført ved hjelp omtale Manager 5 (The Cochrane Collaboration, København, Danmark). Mantel-Haenszel odds ratio (ORS) ble beregnet for hvert gen ved å bruke tilfeldig effekt modell. Homogenitet blant studier for det samme genet ble vurdert på grunnlag av χ
2 test ved bruk av Cochran Q statistikken. Det jeg
2 statistikken, som måler graden av samsvar mellom studiene, ble også vurdert. Den 95% konfidensintervall av odds ratio ble brukt til å evaluere forskjeller mellom gruppene. Hvis konfidensintervallene ikke overlapper de to odds ratio signifikant forskjellig på 10% nivå (siden 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Trakt tomter samt Begg tester ble brukt for å se etter publikasjonsskjevhet [34]. Publikasjonsskjevhet ble betraktet som signifikant når p-verdien var. 0,1 [35]
Resultater
Studie egenskaper
Artikkelen utvelgelsesprosessen som brukes i denne studien er oppsummert i Figur 1. totalt 559 studier ble identifisert fra PubMed, og ytterligere 30 undersøkelser ble ytterligere identifisert fra sitering av de første hentede publikasjoner. Basert på hensiktsmessigheten av tittelen og abstrakt til studiemålene, ble 415 papers valgt for ytterligere detaljert evaluering. Av disse ble 190 ikke case-kontrollstudier, 22 anmeldelser, 4 kommentarer og en meta-analyse ekskludert fra kasus-kontroll meta-analyser. Andre kasus-kontrollstudier ble også ekskludert, som de var studier av ikke-proteinkodende gener (f.eks metylering av mikro-RNA gener), presentasjon av data var ikke egnet (f.eks data på individuelle CpG områder, og demetylering eller hypometylering only) eller frekvens data manglet. I alt ble 143 kasus-kontrollstudier rapporterer metylering frekvensen av 142 enkeltgener ansett for meta-analyser. Dataene fra noen studier ble brukt i mer enn en meta-analyse, som de inneholdt data på flere prøve typen sammenligninger vurderes i denne studien.
data fra noen studier ble anvendt i flere meta-analyser, som de rapportert på mer enn en case-control-analyse vurdert.
gener differensielt denaturert mellom tumor og normal mage vev fra mage kreft fag
totalt 106 kasus-kontrollstudier rapportering på frekvensen av metylering i 122 gener i kreft og normal vevsprøver fra GC fag ble identifisert for meta-analyse (tabell S1). Metylering av 77 av de 122 genene var signifikant forskjellig mellom prøvene (tabell 1), av hvilke data for 62 ble avledet fra en enkelt undersøkelse bare. Metylering var signifikant høyere i svulst i 70 gener, og i normalt vev i 7 gener.
gener differensielt denaturert i normal mage vev fra GC og ikke-kreft fag
Twenty case- kontroll studier som sammenligner hyppigheten av metylering i 34 gener mellom normale vevsprøver fra GC og ikke-kreft fag ble identifisert for meta-analyse (tabell S2). Av disse, metylering i 15-genene var signifikant forskjellig, av hvilke dataene fra 11 gener ble utledet fra en enkelt undersøkelse bare (tabell 2). For alle 15 gener, metylering var høyere i normalt vev fra GC sammenlignet med ikke-kreft fag. Vurderer metylering hendelser undersøkt i mer enn én studie, 4 (
p16
,
CDH1
,
DAPK
,
CHFR
) ble funnet å være signifikant forskjellig .
gener differensielt denaturert i ikke-vevsprøver fra GC og ikke-kreft fag
totalt 26 studier som rapporterer om metylering i 29 gener i andre enn gastrisk vev kliniske prøver, herunder helt blod, plasma, serum, gastrisk vaskinger peritonealvæske og avføringsprøver fra GC-fag ble identifisert. Av disse 13 studier som undersøker metylering av totalt 14 gener i enten serum, avførings eller plasmaprøver var av en case-control design og dermed egnet for meta-analyse (tabell S2). Betydelig forskjellige metylering frekvensene ble observert i 4 gener i plasmaprøver, 7 gener i serumprøver og 0 i feces (tabell 2).
p15
var et vanlig gen identifisert i studier av plasma og serum, slik at det er 10 unike gener helt vesentlig forskjellige i frekvens metylering i blodprøver. Metylering i bare to gener (
CDH1, p16
) ble undersøkt i flere enn ett studium, og begge var signifikant forskjellig i frekvens i prøvene fra GC og ikke-kreft pasienter i meta-analyse.
metylering som en prognostisk og prediktiv markør for GC
i alt 28 studier ble identifisert som undersøkte genet metylering i 40 gener i forhold til overlevelse utfallet av GC fag (Tabell 3). Av de 40 genene studert, bare fem ble undersøkt i flere studier. Meta-analyser kan ikke utføres på denne serien av studiene skyldes uregelmessige rapportering av hazard ratio. En signifikant sammenheng med overlevelse ble rapportert for metylering i 18 av de 40 (45%) gener, selv om inkonsekvens i funn av signifikante forskjeller ble observert for alle genet undersøkt i flere studier.
Fem studier rapporterte sammenhenger mellom overlevelse i GC personer som fikk en spesiell cellegiftbehandling og metylering av 10 gener inkludert
TMS1
,
DAPK
,
LOX
,
MGMT
og
CHFR product: [36] – [40]. I alle 5 studier, personer med metylering hadde et dårligere overlevelse enn de uten metylering. En studie undersøkte overlevelse forskjeller mellom pasienter behandlet med og uten kjemoterapi i henhold til
p16
metylering status [41]. I denne studien, fag uten
p16
metylering som fikk kjemoterapi hadde en bedre overlevelse enn de som ikke gjorde det, mens for pasienter med
p16
metylering, var det ingen signifikant forskjell i henhold til behandling status.
Effekt av analytisk variasjon og publikasjonsskjevhet
i løpet av annotering av studiene ble betydelig heterogenitet observert i mange studieparametere, inkludert analysene brukes, CpG nettsider avhørt, stadier av sykdommen undersøkt, og prøvetyper som brukes (for eksempel fersk, frossen eller parafin-embedded tissue). Tolv forskjellige analyser ble anvendt for evaluering av metylering, med metylering-spesifikke PCR (MSP) er den mest vanlige. For å undersøke påvirkning av metylering analyse på studieresultater, data fra metylering spesifikk PCR og kvantitativ metylering spesifikke PCR (f.eks Methylight) analyse ble sammenlignet for genet oftest undersøkt i studier som sammenligner metylering mellom mage tumor og normalt vev (
MLH1
, 13 case-kontrollstudier). Det var ingen statistisk forskjell (
P
0,05) i 95% konfidensintervall av metylering frekvenser rapportert ved bruk av de to analysene (figur S1). Ingen signifikante forskjeller i henhold til prøvetype (frossen vs. parafin-embedded tissue), stadium av sykdommen, eller CpG nettsider avhørt ble også observert i disse studiene (resultater ikke vist).
For å teste for publikasjonsskjevhet, data fra de samme 13 studier på
MLH1
metylering nevnt ovenfor ble også undersøkt. En trend mot positiv rapportering ble observert i trakten plott (figur S2) og Begg test analyse. Imidlertid bør disse resultatene tolkes med forsiktighet, da de fleste studiene var av liten utvalgsstørrelse, og et minimum av 20 studier er vanligvis anbefales for en pålitelig analyse av publikasjonsskjevhet [42].
Diskusjoner
Tallrike studier har implisert avvikende DNA-metylering på mange gener i forskjellige prøver og modeller av mage tumorgenesen [1], [5] – [10], [12] – [14], [16], [18] – [22] , [24], [43]. Denne implikasjonen har i sin tur gitt opphav til den oppfatningen at metylering kan være en nyttig biomarkør for å forbedre den kliniske behandlingen av GC [11], [15], [32], [44], [45]. Hittil har imidlertid dette potensialet ikke blitt realisert, antagelig på grunn av mangel på relevante bevis for å støtte testing av metylering i klinikken.
I denne studien en omfattende gjennomgang av alle publikasjoner om frekvensene og foreninger av metylering i magekreft kliniske prøver ble utført for å samle informasjon i felten. Metaanalyser ble gjennomført der det er mulig å få en objektiv konsensus fra flere ganger undersøkt hendelser. Fra analysen ble lister generert av gener vesentlig forskjellig metylert mellom tumor og normal prøve vev fra GC fag (tabell 1), og normalt vev og /eller blod fra GC og ikke-kreft fag (tabell 2), hver med metylering hendelser annotert for sin styrke i hevd og hyppigheten av analysen. Funn fra studier på den prognostiske og prediktive betydning av metylering hendelsene ble også anmeldt (tabell 3). Disse listene og utfyllende data (tabell S1, S2) skal gi nyttig informasjon for å bedre vurdere den kliniske potensialet i de respektive hendelser, og prioritere videre arbeid.
Bestående 77% (101/132) av saken -Control analyser (figur 1), den største gruppen av studier vurdering var de sammenlikne frekvensen for metylering i tumor og normal gastrisk vev fra GC fag. Gjennomgangen identifiserte 77 viktige genet metylering hendelser, bekrefter ved meta-analyse på samme tid signifikant forskjellig metylering av en rekke gener ofte innblandet i tumorgenesen, inkludert
MLH1
,
p16
, og
CHFR Hotell og
RUNX3 plakater (tabell 1). Disse hendelsene representerer nyttige verktøy for bedre forståelse mage tumorgenesen og potensielt identifisere nye terapeutiske strategier [3], [28]. Fra perspektivet av risikomarkører Men disse hendelsene bare betraktes som et første utvalg av kandidater til å teste videre i mer klinisk relevante analyser, som hendelsene på egenhånd bare identifisere mage tumorprøver som allerede er histologisk diagnostiserbare.
fra studier som sammenlignet metylering nivåer i normalt vev, plasma og serum fra GC og ikke-cancer fag, 15, 4 og 7 (tabell 2) signifikant forskjellige gen metylering hendelser henholdsvis ble identifisert. Gener med både etablerte roller (for eksempel
p16
,
CDH1
,
DAPK
,
RUNX3
,
p15
) og mindre -kjent roller (for eksempel
BX161496
,
SULF1
,
RPRM
) i tumorgenesen ble identifisert. En rekke hendelser var felles mellom studier på normalt vev og blod, for eksempel metylering på
p16
,
CDH1
,
DAPK
. Disse hendelsene er klinisk lovende, ettersom de viser diskriminerende evner for å estimere GC risiko fra prøver som kan oppnås i dagens rutinemessig praksis, for eksempel under endoskopisk screening (vev), eller befolkning eller klinisk screening (blod).
hypotesen om at genet Slå av metylering kan også bestemme alvorlighetsgraden av sykdommen [27] har også bedt om en rekke undersøkelser av genet metylering assosiasjoner til overlevelse i GC. I denne gjennomgangen ble 28 studier som rapporterer om sammenhengen mellom overlevelse av GC fag og metylering 40 gener også identifisert. Til støtte for den hypotese, ble en rekke signifikant sammenheng mellom metylering og dårlig overlevelse registrert, i første rekke ved tumorsuppressorgener (tabell 3). Sammenhenger mellom metylering og bedre overlevelse ble også rapportert om fire gener (
PTGS2
,
MINT31
,
MLH1
,
MAL
), antagelig reflekterer at undertrykkelse av onkogen aktivitet av genet metylering kan også forekomme. Men en betydelig mangel på selvstudium og replikering av foreninger for de fleste av genene studert (tabell 3) fremhever behov for ytterligere undersøkelser på dette aspektet av metylering i GC.
Data fra fem studier på pasienter som får kjemoterapi også har foreslått at DNA metylering på
CHFR
,
DAPK
,
TMS1
kan være nyttige prediktorer for respons på kjemoterapi [36] – [40]. Men fra utformingen av disse analysene, er det vanskelig å fastslå om overlevelses forskjellene var på grunn av iboende prognostiske forskjeller eller var en funksjon av en behandling interaksjon, eller begge deler. I en studie av en annen utforming, Mitsuno
et al.
Rapportert at pasienter med p16 metylering fått en overlevelsesgevinst fra kjemoterapi, mens de uten metylering gjorde ikke [41]. Dette resultatet tyder på at p16 metylering kan være en nyttig markør for å forutsi respons på kjemoterapi, og gir bevis for en behandling interaksjon. Men denne studien bare undersøkt 56 fag i en retrospektiv analyse, og mye arbeid lenger er nødvendig for å bekrefte disse funnene.
Funnene i denne studien fremheve et lovende potensial for DNA metylering i GC risiko prediksjon, prognostication og prediksjon av behandlingsrespons. Men mange spørsmål som er relevante for klinisk implementering forbli uadressert av studiene. Metodisk studiene mangelfullt definere optimale metoder for analyse, på grunn av sin store variasjon i analyser, PCR primere og prober, PCR-forhold, og terskler for positivitet brukt. De fleste studier (102/143, 71%) har vært basert på metylering-spesifikk PCR, for hvilken den ikke-kvantitativ analyse på vanskeligheter til kvalitetskontroll og standardisering. Med metylering en dynamisk hendelse, protokoller for prøvetaking er også behov for avklaring, både med hensyn til regionen eller stedet for prøvetaking, og tidspunkt for prøvetaking. Avstanden fra normalt vev fra svulsten [46], og tidspunktet for prøvetaking [21], [22] har alle blitt dokumentert å ha betydelig innvirkning metylering nivåer.
Den store variasjonen i gener og paneler undersøkt mellom studier , kombinert med en mangel på validering i uavhengige serier og karakterisering av testytelsesegenskaper, gjør det også vanskelig å definere en klinisk relevant test. Variasjon i avhør av ofte funksjonelt forskjellige CpG nettsider [47] – [49] mellom studier av det samme genet gir ytterligere komplikasjoner. Dessuten, alle genet metylering hendelser undersøkt i flere studier og betydelig forbundet med GC (inkludert
p16
,
DAPK
,
CHFR
,
MLH1
,
RUNX3
) har vært innblandet som risikomarkører mange andre krefttyper [26], [27], [50], reiser spørsmål om tolkning av sin oppdagelse i asymptomatiske individer.
av videre vurdering er co-variates analyser som vil bli analysert med metylering. Metylering har vært forbundet med mange demografiske, kliniske og molekylære funksjoner, blant annet alder, kjønn, røyking, intestinal metaplasi, vert genetikk, og
H. pylori Hotell og Epstein Barr virus status [1], [24]. I tillegg til direkte assosiasjoner, har mange studier også rapportert å endre interaksjoner mellom mange av disse funksjonene, og metylering på GC risiko [51]. Metylering hendelsene også kan knyttes og samhandle med hverandre [50], presentere en utfordring å definere en optimal panel av metylering markører også. En CpG øy methylator fenotypen (CIMP), bestående av distinkte subtyper av GC med koordinerte metylering mønstre, er blitt beskrevet [52] – [55], men bevisene for CIMP i GC er ikke overbevisende som for kolorektal kreft [56 ], [57].
Som konklusjon viser resultatene av denne undersøkelse sammenfatte et lovende verdi for DNA-metylering å fare prediksjon, prognostisering og forutsigelse av respons på kjemoterapi av GC. Men betydelige metodiske og validerings spørsmål gjenstår å løses for å gi data som vil gjøre denne informasjonen til å bli vurdert for klinikken. Dette inkluderer analyse av større selvstendig prøve serien, bruk av standardiserte metoder, justering for co-variates i multivariat analyse, større definisjon av utfallet endepunkter og justering for effekten av behandlingstiltak. Realisering av potensialet av DNA metylering til GC kliniske behandlingen venter sitt vedtak.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Forest-plot av denaturert studier som sammenligner
MLH1
metylering mellom tumor og normalt vev fra GC fag i henhold til bruk av metylering spesifikk PCR og kvantitativ metylering spesifikke PCR.
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001 plakater (TIF)
Figur S2.
Trakt tomt på alle 13 studier av
MLH1
metylering i tumor og normal mage vev fra GC fag å vurdere publikasjonsskjevhet. Den vertikale linjen viser den samlede anslag over den samlede OR og skrånende linjene representerer 95% konfidensintervall
doi:. 10,1371 /journal.pone.0036275.s002 plakater (TIF)
Tabell S1.
Liste over denaturert gener og deres komponent studier for å sammenligne forskjeller mellom tumor og normal mage vev fra mage kreft fag. Meta-analyse oddsratioet (OR) og 95% konfidensintervall ble beregnet for alle denaturert gener analysert. Rød og fet skrifter ble brukt til å indikere signifikante forskjeller mellom gruppene. BS-SSCP: bisulfitt enkelt-trådet konformasjon polymorfisme; Bseq: bisulfite sekvensering; COBRA: kombinert bisulfite restriksjonsanalyse; DPHLC: denaturering High Performance Liquid Chromatography; FFPE: formalinfiksert parafin innebygd; HRM: høy oppløsning smelter; MSP: metylering-spesifikke polymerase-kjedereaksjon; PCR: polymerase kjedereaksjon; QMSP. Kvantitativ metylering spesifikke polymerase chain reaction
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003 plakater (XLS)
Tabell S2.
Liste over denaturert gener og deres komponent studier for å sammenligne forskjeller i normalt vev, plasma og serum mellom magekreft og ikke-kreft fag. Meta-analyse oddsratioet (OR) og 95% konfidensintervall ble beregnet for alle denaturert gener analysert. Rød og fet skrifter ble brukt til å indikere signifikante forskjeller mellom gruppene. COBRA: kombinert bisulfite restriksjonsanalyse; MSP: metylering-spesifikke polymerase-kjedereaksjon; QMSP. Kvantitativ metylering spesifikke polymerase chain reaction
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004 plakater (XLS)
Takk
Vi takker Barry Iacopetta og Chee- Seng Ku for deres bidrag til utarbeidelsen av manuskriptet.
