Abstract
Bakgrunn
En fersk genome-wide forening studie har identifisert en ny genetisk variant rs7758229 i
SLC22A3
for kolorektal kreft mottakelighet i en japansk befolkning, men det er ukjent om dette nylig identifiserte varianten er assosiert med tykktarmskreft i andre populasjoner, inkludert den kinesiske befolkningen.
Metoder
Vi undersøkte sammenhengen mellom rs7758229 og tykktarmskreftrisiko blant 1,147 saker og 1,203 kontroller matchet etter alder og kjønn. Logistisk regresjonsmodell ble brukt for å vurdere de assosiasjoner.
Resultater
Ingen signifikant sammenheng ble funnet mellom rs7758229 og tykktarmskreft risiko (OR = 0,95, 95% CI = 0,84 til 1,09,
P
= 0,463). Lignende resultater ble observert i lagdeling av svulsten plassering (OR = 0,94, 95% CI = 0,80 til 1,11,
P
= 0,481 for tykktarmskreft, og OR = 0,96, 95% CI = 0,82 til 1,13,
P
= 0,621 for endetarmskreft).
Konklusjoner
Våre funn ikke støtter en sammenheng mellom rs7758229 i 6q26-Q27 og risiko for tykktarmskreft i en kinesisk befolkning.
Citation: Zhu L, Du M, Gu D, Ma L, Chu H, Tong N et al. (2013) genetisk variant rs7758229 i 6q26-Q27 er ikke forbundet med tykktarmskreft Risiko i en kinesisk befolkning. PLoS ONE 8 (3): e59256. doi: 10,1371 /journal.pone.0059256
Redaktør: Hengyi Rao, University of Pennsylvania, USA
mottatt: 21 september 2012; Godkjent: 12 februar 2013; Publisert: 12 mars 2013
Copyright: © 2013 Zhu et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne studien ble delvis støttet av National Natural Science Foundation of China (81201570, 81102089, og 81230068), National Natural Science Foundation i Jiangsu-provinsen (BK2010080 og BK2011773), Key Program for grunnforskning av Jiangsu Provincial Department of Education (11KJB330002), Qing Lan-prosjektet i Jiangsu Provincial Department of Education, og prosjekt finansiert av Priority Academic Program Utvikling av Jiangsu høgskolerådet (Public Health og forebyggende medisin). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
introduksjon til
tykktarms~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP er den ledende årsak til kreft dødsfall i de fleste land, som er forårsaket av en kombinasjon av genetiske og miljømessige risikofaktorer [1], [2], [3]. Tvillingstudier har vist at genetisk disposisjon står for ~35% av sykdom etiologi, hvorav de fleste er fortsatt uklart [4]. Siste utbredte tilgjengeligheten av high-throughput genomiske tilnærminger har gitt mulighet for å skanne genomene til et stort antall personer i genomassosiasjonsstudier (GWAS) raskt [5]. Flere GWAS har blitt gjennomført med tanke på å identifisere genetiske varianter som påvirker risikoen for kolorektal kreft [6]. Tidligere tre validering [7], [8], [9] studier i kinesisk klarte å gjenskape det meste av GWAS-identifisert loci, noe som tyder på at genetisk heterogenitet eksisterte mellom kaukasiere og asiater.
Nylig, Cui et al. gjennomført en GWAS i en japansk befolkning (4,809 kolorektal kreft tilfeller og 2,973 kontroller) og identifisert en ny locus rs7758229 i
SLC22A3
for distal tykktarmskreft [10]. Videre fant de kumulative effektene av rs7758229, kan andre genetiske og miljømessige faktorer øke tykktarmskreftrisiko. Men lite eller ingenting er kjent om hvorvidt effekten av dette locus eksisterer i andre asiatiske populasjoner. Her gjennomførte vi en uavhengig case-control studie for å vurdere sammenhengen mellom rs7758229 identifisert av Cui et al. og tykktarmskreftrisiko i en kinesisk befolkning.
Materialer og metoder
Study befolkningen
De pasienter med tykktarmskreft ble rekruttert fra september 2010 på First Affiliated Hospital og Nanjing First Hospital of Nanjing Medical University, som har blitt beskrevet i detalj tidligere [11]. Alle sakene ble histologisk bekreftet kolorektal adenokarsinom. Den patologisk stadium av tykktarmskreft ble klassifisert i Dukes A, B, C og D. Tumor klasse ble delt inn i lav, middels og høy. Kontrollpersonene ble tilfeldig valgt fra en pool av mer enn 25.000 kreftfrie individer på grunnlag av fysiske undersøkelser og frekvens-tilpasset tilfeller på alder og kjønn. Eksklusjonskriterier inkluderte ingen historie av kreft. Etter å ha signert informert samtykke, hvert fag donert 5 ml blod for genomisk DNA-ekstraksjon. Denne studien ble godkjent av institusjonelle gjennomgang styrene i Nanjing Medical University.
Genotyping
Genomisk DNA ble isolert fra perifert blod lymfocytter. I denne studien ble rs7758229 genotypet med TaqMan analysen (Applied Biosystems). Sekvensene av primer og sonde for hver SNP er tilgjengelig på forespørsel. Genomisk DNA fra 50 ng og 0,5 x mix (Takara Bio, JPN) ble anvendt for hver reaksjon og amplifisering ble utført under følgende betingelser: 50 ° C i 2 min, 95 ° C i 10 minutter etterfulgt av 45 sykluser med 95 ° C i 15 sekunder og 60 ° C i 1 min. Vi vurderte genotype datakvalitet ved å skrive 10% blindet replikere prøver; den samstemmighet var 100,0%.
Statistiske analyser
Hardy-Weinberg likevekt av kontrollorganenes genotypen distribusjoner ble testet av en godhet-of-fit chi-kvadrat test. Ubetinget univariate og multivariate logistisk regresjon ble utført for å oppnå rått og justert odds ratio (ORS) for risiko for tykktarmskreft og deres 95% konfidensintervall (CIS). En
P
verdi 0,05 ble ansett som statistisk signifikant, og alle statistiske tester var tosidig. Statistiske analyser ble gjort ved hjelp av SAS programvare, slipper 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
Resultater
Totalt 1,147 kolorektal kreft tilfeller og 1,203 kontrollpersoner ble inkludert i denne studien (tabell 1). Gjennomsnittsalderen var 60,1 år for saker og 59,9 år for kontroller. Tilfellene var mer sannsynlig å ha familiemedlemmer med kreft enn kontrollene (21,2% versus 10,6%,
P
0,001). De observerte rs7758229 genotypefrekvensene blant kontrollpersonene var i overensstemmelse med Hardy-Weinberg likevekt (
P
= 0,778). Som vist i tabell 2, er de frekvenser av GG, GT og TT-genotyper var 58,3%, 35,6% og 6,1% henholdsvis, av de tilfellene, og 56,4%, 37,6% og 6,0% henholdsvis blant kontrollene. Videre rs7758229 T allelfrekvens var 0,248 blant sakene og 0,238 blant kontrollene, og forskjellen var ikke statistisk signifikant (OR = 0,95, 95% CI = 0,84 til 1,09,
P
= 0,463). Vi utførte en lagdeling analyse ifølge svulst plassering (tykktarm og endetarm) for å undersøke sammenhengen mellom rs7758229 og tykktarmskreft. Tilsvarende rs7758229 T allele var ikke forbundet med risiko for tykktarmskreft eller endetarmskreft, sammenlignet med G-allelet (OR = 0,94, 95% CI = 0,80 til 1,11,
P
= 0,481 for tykktarmskreft, og OR = 0,96, 95% CI = 0,82 til 1,13,
P
= 0,621 for endetarmskreft).
Diskusjoner
i denne studien, vi fant ingen statistisk signifikant sammenheng mellom rs7758229 i
SLC22A3 Hotell og tykktarmskreft risiko, og ingen sammenheng med risiko for svulst plassering.
Vår manglende evne til å replikere resultatene av Cui et al. [10] kan skyldes flere grunner. For det første kan en svak og utilstrekkelig effekt forklare våre inkonsistente resultater. Men denne studien hadde rimelig strøm ( 75%) for å oppdage en OR på 1,28 per eksemplar av T-allelet, som hadde blitt rapportert tidligere av Cui et al. [10]. For det andre, rekrutterte vi kolorektal kreft-tilfeller fra sykehus og utvalgte kontroller fra bestander som ikke kan godt representere hele befolkningen og kan føre til potensiell bias i utvalget. For det tredje er det biologisk tenkes at den samme følsomheten variant for kolorektal kreft kan være innblandet på tvers av ulike populasjoner. Derfor kan de avvikende funn være relatert til genetiske og /eller miljø modifikatorer som varierer i frekvens mellom de kinesiske populasjoner og de japanske populasjoner. Til slutt, Cui et al, rapporterte at rs7758229 hadde en mer signifikant sammenheng med risiko for distal tykktarmskreft (
P
= 7,92 × 10
-9) enn kolorektalcancer (
P
= 1.31 × 10
-5) [10], noe som tyder på at deres karsinom har ulike patologiske mekanismer for kreftutvikling som involverer ulike genetiske og epigenetiske defekter [12].
i konklusjonen, bekreftet vår studie at rs7758229 i 6q26 -q27 kan ikke bidra til risikoen for kolorektal kreft i en kinesisk befolkning. Derfor ytterligere andre loci og storskala GWAS av tykktarmskreft i den kinesiske befolkningen forventer.
