Som med enhver annen form for behandling, Mesoterapi kan ha bivirkninger. Noen milde og forbigående bivirkninger som kan oppstå etter en Mesoterapi økt inkludere hevelse, blåmerker og smerter eller kløe på injeksjonsstedet. Disse vanligvis avta i løpet av noen timer til et par dager. En forbindelse som forårsaker en slik svelling når de injiseres er forbindelsen lecitin. Noen mesotherapists anbefaler homøopatisk legemiddel arnica å redusere hevelse. Men handlingen er ikke vitenskapelig bevist. Oftere, er pasienter rådes til å ha på deg løstsittende klær, og for å unngå trening for opptil to eller tre dager etter en Mesoterapi behandling.
Andre bivirkninger på injeksjonsstedet kan omfatte arrdannelse, pigmentering, eller sår dannelse. Noen ganger kan pasienter føler en liten klump under injeksjonsstedet, som reduserer eller forsvinner etter et par uker. Når det brukes ikke-sterile injeksjonsteknikker, kan infeksjoner forekommer, hvorav noen kan være potensielt alvorlig. De fleste av disse infeksjonene har blitt rapportert fra enkelte søramerikanske land, hvor ulisensierte enkeltpersoner administrere Mesoterapi behandlinger. Det er derfor å foretrekke å motta mesotherapy fra en bord-sertifisert lege som praktiserer god infeksjonskontroll.
Mesoterapi pasienter kan ha lokale eller systemiske allergiske reaksjoner på noen av forbindelsene som injiseres. Disse kan variere fra mild til potensielt livstruende. Utdannede klinikere vet hvordan å gjenkjenne slike reaksjoner, og kan raskt gi hensiktsmessig behandling. Dette er en annen grunn er det tilrådelig å gå til anerkjente Mesoterapi klinikker. Det finnes enkelte rapporter om uvanlige hudsykdommer, inkludert psoriasis, i den vitenskapelige litteraturen. Noen av disse er knyttet til blanding av forbindelser som kan samhandle med hverandre.
Det er uklart hva som skjer med fettet som er oppløst i Mesoterapi behandlinger for cellulitt og lokalisert fett fjerning . Mens Mesoterapi talsmenn hevder dette fettet brytes ned og skilles ut, slike krav være vitenskapelig bevist.