Abstract
Bakgrunn
Fransk Polynesia har en av de høyeste forekomst av skjoldbruskkjertelkreft over hele verden. Relasjoner med de atmosfæriske prøvesprengningene av atomvåpen og andre miljø, biologiske eller atferdsmessige faktorer har allerede blitt rapportert, men genetisk disposisjon har ennå ikke undersøkt. Vi vurderte bidraget av polymorfismer ved den 9q22.33 og 14q13.3 loci identifisert ved GWAS, og inne i DNA-reparasjon genet
ATM
, til risikoen for differensiert tyreoideacancer (DTC) i 177 saker og 275 avstemt kontroller fra den innfødte befolkningen.
hovedfunnene
For de GWAS SNP rs965513 nærheten
FOXE1
, en forening ble funnet mellom genotyper G /A og A /A, og risiko av DTC. En multiplikativ effekt av allel A ble også notert. Et overskudd risiko ble også observert hos personer som bærer to lange alleler av poly-alanine kanalen ekspansjon i
FOXE1
, mens ingen sammenheng ble observert med rs1867277 faller i promoter regionen av genet. I kontrast til GWAS SNP rs944289 (
NKX2-1
) viste ingen signifikant sammenheng. Selv om missense substitusjon D1853N (rs1801516) i
ATM
var sjelden i befolkningen, bærere av den mindreårige allelet (A) viste også en økt risiko. Sammenhengene mellom disse fem polymorfismer og risikoen for DTC var ikke betinget av kroppsoverflaten, body mass index, etnisitet eller kosttilskudd jod inntak. Men et samspill ble dokumentert mellom skjoldbruskstråledose og rs944289.
Betydningen
En klar sammenheng ikke kunne opprettes mellom den høye forekomsten i Fransk Polynesia, og de studerte polymorfismer, involvert i mottakelighet for DTC i andre populasjoner. Viktig variasjon i allelfrekvenser ble observert i den polynesiske befolkningen i forhold til de europeiske befolkninger. For
FOXE1
rs965513, retningen i hevd og effektstørrelse var lik den som ble observert i andre populasjoner, mens det for
ATM
rs1801516 ble mindre allelet assosiert med økt risiko i den polynesiske befolkning og med en redusert risiko i den europeiske befolkningen
Citation. Maillard S, Damiola F, Clero E, Pertesi M, Robinot N, Rachédi F et al. (2015) Felles Varianter på 9q22.33, 14q13.3 og
ATM
Loci og Fare for differensiert skjoldbruskkjertelen i fransk polynesiske befolkningen. PLoS ONE 10 (4): e0123700. doi: 10,1371 /journal.pone.0123700
Academic Redaktør: Zhengdong Zhang, Nanjing Medical University, Kina
mottatt: 29 april 2014; Godkjent: 06.03.2015; Publisert: 07.04.2015
Copyright: © 2015 Maillard et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering: Denne studien ble støttet av Agence Nationale pour la Recherche (ANR), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), den Direction Générale de la Sante, Agence Française de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’Environnement et du travail (Anses), CHILDTHYR EEC program, og Fondation de France. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
forekomsten av differensiert skjoldbruskkjertelen (DTC) i Fransk Polynesia, og særlig blant kvinner, er en av de høyeste i verden (37,4 per 100 000) [1].
det har vært hypotese at gjentatt eksponering for ioniserende stråling kan spille en viktig rolle i den spesielt høye forekomsten av DTC i dette området. Faktisk ble totalt 41 atmosfæriske prøvesprengningene av atomvåpen utført over Mururoa og Fangataufa atoller, mellom 1966 og 1974Martin 2007. En økt risiko for DTC, hovedsakelig av papillær type ble allerede observert blant de overlevende fra de to bombene i Hiroshima og Nagasaki i 1945 [2-5], blant personer som er utsatt etter Tsjernobyl-ulykken [6-9], og også hos pasienter behandlet med strålebehandling [10-12]. For å evaluere virkningen av atomvåpen tester nedfall, vi nylig gjennomført en stor populasjonsbasert case-control studie i Fransk Polynesia. Den eksterne og interne stråling ble evaluert for 602 innfødte polynesiere, alle under 15 år i 1974 [13]. Den gjennomsnittlige dose fikk til skjoldbruskkjertelen var svært lav, men DTC risiko ble vist å øke litt med det [14].
Men radioaktivt nedfall kan forklare bare en liten del av den høye forekomsten. Andre risikofaktorer som en familiehistorie med skjoldbruskkjertelen, menstruasjons og reproduktive faktorer, vekt og kroppsmasseindeks (BMI), kroppsoverflate (BSA), kosttilskudd jod inntak eller kosttilskudd forbruket har også blitt undersøkt i den samme studien og har vist for å modifisere risikoen for DTC [15-20]. Genetiske faktorer kan også bidra til DTC mottakelighet, men de har aldri blitt vurdert i denne populasjonen.
Begge
NKX2-1 product: (
NK2 homeobox en
, også kalt
TTF1
for
Thyroid transkripsjonsfaktor 1
) og
FOXE1 (gaffelhode faktor E1
, også kalt
TTF2
for
Thyroid transkripsjonsfaktor 2)
koder skjoldbrusk-spesifikke transkripsjonsfaktorer. De spiller en avgjørende rolle i utviklingen av skjoldbruskkjertelen og deres uttrykk er endret i skjoldbruskkjertelen svulster [21-24]. I 2009, et genom-wide forening studie (GWAS) rapporterte bidraget av to SNPs nærheten
NKX2-1 Hotell og
FOXE1 anbefale til risikoen for å utvikle DTC i islandske og europeiske befolkninger [25] . Den første SNP, rs944289, ligger 337 kb oppstrøms for
NKX2-1
genet og ble beskrevet å øke risikoen for DTC [25-26]. Den andre SNP, rs965513, ligger i en intergeniske region, 57 kb oppstrøms for
FOXE1
genet. Det har vært knyttet til mange endokrine og metabolske sykdommer [27], til forandringer i konsentrasjonen av skjoldbruskkjertelhormoner [25], og til en økt risiko for DTC [25-26,28]. Rs965513 har blitt rapportert som en sterk genetisk faktor for både sporadisk og radio-indusert papillær skjoldbruskkjertelkreft (PTC) [29]. Ligger innenfor 5 utranslaterte område (UTR) av
FOXE1
, har de SNP rs1867277 blitt rapportert som en risikofaktor for DTC og har blitt foreslått som årsaks SNP [28,30]. Det har også vært foreslått at mindre allel A kunne modulere en transkripsjonsregulering sti av
FOXE1
genet, ved å rekruttere USF1 /USF2 transkripsjonsfaktorer [31]. Deretter assosiasjon mellom poly-alanine ekspansjon innen transkripsjonsfaktor FOXE1 (rs71369530) ble rapportert og transkripsjons analyser har også foreslått en funksjonell implikasjon av denne multi-allelisk polymorfisme. Faktisk Carré et
al
. observerte forskjellige aktiviteter og forskjellige forbindelser av risikoen for skjoldbrusk lidelse i henhold til antallet repetisjoner alanin [31]. Denne variabelen lengde polymorfisme ble funnet i tett koblingsulikevekt med rs1867277 og kan være ansvarlig for den sterke tilknytningen som ofte observeres mellom
FOXE1 Hotell og papillær thyroideakarsinom (PTC) [32].
ATM product: (
Ataxia-Telangiectasia mutert
) genet er involvert i reparasjon av DNA dobbelttrådbrudd. Mutasjoner i dette gen har vært knyttet til ataxia telangiectasia og andre lidelser, spesielt karakterisert ved stråling følsomhet og kreft predisposisjon [33]. Variasjoner i dette genet ble rapportert å spille en rolle i hormon-kreft [34-35]. En sammenheng mellom missense substitusjon D1853N (rs1801516) og en redusert risiko for PTC ble også rapportert for både sporadisk og stråleindusert skjoldbruskkjertelkreft [36]. Nylig viste vi også at denne kodingen SNP i
ATM
bidrar til risikoen for PTC i hviterussiske barn eksponert for ioniserende stråling fra Tsjernobyl kjernekraftverk ulykke [37].
Vi dermed søkt å undersøke bidraget av genetiske variasjoner på
NKX2-1
,
FOXE1 Hotell og
ATM
loci til risikoen for DTC i den polynesiske befolkningen, som er geografisk isolert og hvor innbyggerne ble gjentatte ganger utsatt for ioniserende stråling i løpet av prøvesprengninger.
Resultater
genotyper distribusjon dannet Hardy-Weinberg likevekt (HWE) for begge tilfeller og kontroller, for alle de undersøkte SNPs , bortsett fra
NKX2-1
SNP rs944289 (tabell 1). The Minor allelfrekvens (MAF) i tilfeller og kontroller er også gitt for hver SNP i tabell 1.
En tre ganger økt risiko for å utvikle DTC ble funnet for fag som bærer A /A genotype for GWAS SNP rs965513 nærheten
FOXE1
, sammenlignet med G /G genotype (OR = 3,32, p = 0,02 under co-dominerende modellen) (tabell 2). For
FOXE1
lengde polymorfisme, en fire ganger økt risiko for å utvikle DTC ble observert for bærere av L /L genotype, sammenlignet med S /S genotype (OR = 4.16, p = 0,04 under co -dominant modell). Det ble ikke funnet med de andre foreslåtte funksjonelle SNP ligger i promoter-regionen i
FOXE1 plakater (rs1867277), i motsetning rapportert av andre i andre populasjoner.
ATM
missense substitusjon D1853N (rs1801516) var mye sjeldnere i den polynesiske befolkningen enn i de europeiske populasjoner (MAF = 0,02). Likevel ble et overskudd risiko for DTC oppdaget for bærere av den mindreårige allelet (A) (OR = 3,13, p = 0,02).
Til slutt, ingen sammenheng ble funnet i den polynesiske befolkningen for GWAS SNP rs944289 nærheten
NKX2-1
i forhold til kontroller, DTC tilfellene hadde en høyere BMI (OR = 2,50, 95% CI = 1,66 til 3,75, p 0,001). og en høyere BSA (OR = 2,70, 95% CI = 1,78 til 4,08, p 0,001). Med hensyn til utredning for å prøvesprengninger, gjorde tilfeller ikke får skjoldbruskstråledose høyere enn 2,0 mGy før fylte 15 oftere enn kontrollene (OR = 1,24, 95% CI = 0,71 til 2,17, p = 0,4). Forholdet mellom de fem testede polymorfismer og risikoen for DTC var ikke betinget av BMI, BSA, etnisitet eller kosttilskudd jod inntak (tabell 3). Til tross for det lave antallet undersøkte fagene, ble en signifikant interaksjon dokumentert mellom skjoldbruskstråledose og
NKX2-1
rs944289 når de vurderer T /T genotype (p = 0,04). Derfor blant personer som fikk to mGy eller mindre til skjoldbruskkjertelen under prøvesprengninger, er risikoen for DTC var lik hos pasienter med T /T genotype til andre (OR = 0,99, 95% KI 0,52 til 1,88), mens blant personer som fikk mer enn 2 mGy, fag med T /T genotype hadde en mye høyere risiko enn andre (OR = 6,13, 95% KI 1,21 til 31,3). Tilsvarende vil en skjoldbrusk stråledose 2mGy hadde ingen signifikant effekt på pasienter med C /C eller C /T genotype (OR = 1,12, 95% KI 0,63 til 2,00), men var forbundet med en økt risiko i T /T homozygote individer (OR = 6,94, 95% KI 1,31 til 37,0).
Diskusjoner
i dette arbeidet, vurdert vi forholdet mellom fem antatte eller anerkjent genetisk mottakelighet markører for DTC i Fransk Polynesia, der skjoldbruskkjertelen forekomsten er blant de høyeste i verden [1]. Så vidt vi vet, dette var første gang at en slik studie på genetisk mottakelighet for kreft ble gjennomført i befolkningen i denne franske oversjøiske territoriet, som er unik særlig på grunn av en gjentatt eksponering for atomvåpentester og en relativ geografisk isolasjon.
på grunn av sin svært lav MAF i kontroller (2%), kraften i vår studie for beviser en sammenheng mellom
ATM
SNP rs1801516, og DTC kunne nå 80% bare for en OR på 3,5 eller høyere. For de andre testede SNPs, MAF i kontrollene var ca 20% (fra 15% til 27%, tabell 1), og vår studie hadde en effekt på 80% for beviser en forening hvis OR er omtrent 1,7. Derfor vår studie hadde en tilstrekkelig effekt (80%) for beviser gen-miljø interaksjoner bare for en faktor på ca. 3 eller høyere, i den beste situasjonen (miljøfaktor frekvens = 50%, hoved- eller for miljøfaktor = 2, MAF = 20%, hoved OR per mindre allel = 1,5).
foreningen vi observert mellom
FOXE1
eller
ATM Hotell og DTC risiko i polynesiske befolkningen er ikke overraskende gitt at fokuserte vi på polymorfismer som hadde vært tidligere funnet å være assosiert med DTC i andre populasjoner i flere studier. Likevel kan vi ikke utelukke muligheten for falske positive resultater. Faktisk, p-verdiene av våre positive resultater varierte 0,01 til 0,04, og ikke forbli betydelig når man korrigerer for flere (n = 5) tester bruker Bonferoni korreksjon. Dessverre, våre resultater kan ikke sammenlignes med andre oppnådd i genetisk like bestander, fordi så vidt vi vet den SNPs vi undersøkte hadde ikke vært så langt opp i DTC i andre Stillehavsøyer populasjoner.
Interessant, vi gjorde ikke replikere foreningen med GWAS SNP rs944289 på
NKX2-1
locus på kromosom 14q13.3, som rapportert av andre i islandske og europeiske befolkninger, men ble observert en signifikant interaksjon mellom skjoldbruskstråledose før fylte 15 og homozygoter for denne polymorfisme (p = 0,04). Imidlertid bør det bemerkes at fordelingen av de rs944289 genotyper avvek fra HWE i begge tilfelle og kontrollgrupper. Derfor bør dette resultatet på samhandling tolkes med forsiktighet. Avvik fra HWE kan tyde på enten en sampling bias, mistyping av genotyper, eller falske genet foreninger på grunn av befolkningslagdeling. Vi utelukket en teknisk genotyping problem fordi den samme HRM sonde og protokollen ble brukt i andre studier på ulike populasjoner og Hwe proporsjoner ble respektert i dem ([37], Lesueur
et al
., Upubliserte data). Dessuten har vi re-sekvensert en undergruppe av de polynesiske prøver å bekrefte genotyper. En annen mulig forklaring kan være en skjevhet på grunn av dårlig kvalitet på noen DNA-prøver. Faktisk, i vår studie, ble 68% av DNA-prøver preparert fra bukkal pensel børster og 32% fra Oragene kits. DNA-prøver fremstilt av Oragene kits er vanligvis mindre nedbrutt enn de som fremstilles fra kinnpensel børster. Vi dermed re-analysert SNP rs944289 vurderer kun personer med DNA-prøver fremstilt fra Oragene kits. I denne undergruppen består av 145 personer, genotypen distribusjon dannet HWE.
Vi kan også hypotese at avvik fra HWE kommer fra eksistensen av undergrupper i den polynesiske befolkningen, med høy forekomst av homogami og slektskap. Faktisk består Fransk Polynesia 118 viktigste øyer, hvorav 76 er bebodd. Til tross for den nylige forbedring av flyselskaper, franske polynesierne forbli relativt isolert fra hverandre og en spesiell strukturering av befolkningen kan ikke utelukkes, med mulige genetiske konsekvenser. Men dette avvik ble ikke observert med de andre fire undersøkte polymorfismer.
Blant alle de lykkes genotypede deltakerne i studien, vi observerte MAFs lik 0,32 for saker og 0,27 for kontroller for SNP rs944289. Sammenlignet med frekvens rapportert i NCBI dbSNP database (MAF
NCBI = 0,43) og det som er rapportert i andre studier [25-26], frekvensen i polynesiske individer var klart lavere.
Skjoldbrusk bestemt transkripsjonsfaktor FOXE1 spiller en stor rolle i morphogenesis av skjoldbruskkjertelen og i reguleringen av skjoldbruskkjertelen differensiert tilstand vedlikehold [22,38]. DNA sekvens variasjoner innenfor
FOXE1
genet har gjentatte ganger blitt assosiert med mottagelighet for DTC, men disse variasjonene har vært så langt stort sett studert i islandsk, europeiske og japanske populasjoner. I den polynesiske befolkningen, MAF av GWAS SNP rs965513 (0,21) var lik i kontrollene til den observerte MAF i europeiske befolkninger [27], som er middels til MAF observert i den islandske befolkningen (MAF = 0,34) [26] og MAF observert i den japanske populasjon (MAF = 0,057) [27]. I Fransk Polynesia, A /A genotype ble også assosiert med en betydelig økt risiko for å utvikle DTC og størrelsen effekten av dette SNP var lik det som ble observert andre steder, som bekrefter at rs965513 representerer en robust mottakelighet markør for DTC.
lengde polymorfisme rs71369530 skyldes en utvidelse av et poly-alanin strekk i FOXE1 protein med konsekvenser på dens aktivitet [31-32]. Selv om hyppigheten av korte alleler (S) i tilfeller var lik frekvensen funnet i franske tilfeller av Carré
et al
. (0,17 vs. 0,20), MAF i kontrollene var nesten halvparten av den MAF som finnes i de franske kontrollene i samme studien (0,15 vs. 0,35) [31]. I den polynesiske befolkningen, fant vi en svært økt DTC risiko forbundet med L /L genotype. Ingen signifikant interaksjon med andre DTC risikofaktorer ble etablert her. Som intergeniske GWAS SNP rs965513, lengden polymorfi rs71369530 innenfor
FOXE1
representerer en mottakelighet markør for DTC og forsterker hypotesen om at
FOXE1
er DTC mottakelighet genet på locus 9q22.33.
SNP rs1867277 i 5’UTR av
FOXE1
er også foreslått som det kausale SNP er involvert i mottakelighet for DTC, fordi det har vært relatert til en modulering av transkripsjonsregulering av genet [28,30]. Interessant i vår studie, ble ingen tilknytning til DTC funnet. Dette resultatet er ganske viktig fordi det fremhever verdien av å drive foreningen studier i ulike populasjoner når du utfører fin-kartlegging for å identifisere årsaks varianter. Faktisk, i de tidligere publiserte studier, rs1867277 og rs71369530 syntes å være sterkt korrelert, og det var vanskelig å skille involvering av de respektive polymorfismer. I den polynesiske befolkningen, de to polymorfismer var tydelig ikke i sterkt koblingsulikevekt. I Fransk Polynesia, MAF av rs1867277 var bestemt av den polynesiske befolkningen (0,19 kontroller versus 0,39 i europeere [28], og 0,40 på spansk kontroller [30]).
Som for
NKX2-1
rs944289 og
FOXE1
rs1867277, MAF av
ATM D1853N plakater (rs1801516) skilte seg ganske mye fra MAF observert i andre populasjoner (MAF
kaukasiere = 0,19 og MAF
polynesierne = 0,02). Uansett så er mindre allel (A) var signifikant assosiert med økt risiko for DTC blant polynesiere fagene (OR = 3,13, 95% CI = 01.17 til 08.31). Dette resultatet var spennende siden en moderat nedgang i risikoen knyttet til A-allelet (OR = 0,69, 95% CI = 0,45 til 0,86, p-verdi = 0,03 i 255 Tsjernobyl stråling-indusert eller sporadiske PTC tilfeller og 596 kontroller, alt fra kaukasisk opprinnelse [36], samt i en case-control studie samplet fra barn som bor i området er forurenset av nedfall fra Tsjernobyl-kraftverket ulykke [37]. effekten av rs1801516 og dens rolle i modulering av ioniserende stråling effekt har lenge vært diskutert, og resultatene er fortsatt i konflikt. en sammenslutning av de mindre allel (A) ble funnet med radio-følsomhet i brystkreftpasienter [39] og dette resultatet ble støttet av en studie som viser økt radio-følsomheten humane fibroblaster bærer allel A [40]. i motsetning ble en beskyttende rolle allel A funnet på de negative bivirkninger av strålebehandling [41].
i konklusjonen, bekreftet vi bidraget fra
FOXE1
og
ATM
gener i etiologien av DTC i Fransk Polynesia. Relevansen av intergeniske SNP rs965513 på kromosom 9q22.33 og poly-alanine kanalen polymorfisme rs71369530 i
FOXE1
som robuste følsomhet markører for DTC ble dokumentert i denne studien. Rollen til missense substitusjon D1853N i DNA-reparasjon genet
ATM
i befolkningen utsatt for stråling er fortsatt under debatt, ettersom resultatene i den polynesiske befolkningen ikke er i samsvar med de tidligere beskrevne assosiasjoner mellom
ATM
koding SNP og en redusert risiko for DTC.
Selv om studert polynesiske befolkningen viste noen genetiske særtrekk, i form av allelfrekvenser, forening eller interaksjon, vi ikke funnet noen store genetiske faktoren sannsynlig å forklare den høye forekomsten observert i territoriet. Tidligere studier i denne populasjonen rapportert den viktige rollen antropomorfe, miljø- og atferdsmessige faktorer som risikofaktorer for DTC. Alle disse resultatene tyder på en kumulativ effekt. Videre hypoteser vi at noen av disse risikofaktorene kan samhandle, på den måte observert mellom skjoldbruskstråledose og
ATM
missense substitusjon D1853N. Endelig kan man ikke utelukke at andre sekvens DNA variasjon som epigenetiske endringer kan oppstå etter eksponering for enkelte miljøfaktorer som ioniserende stråling som kan føre til utvikling av DTC.
Fag, Materiale og metode
Study befolkningen
studien ble gjennomført på en undergruppe av fag fra et populasjonsbasert case-control studie utført i Fransk Polynesia for å vurdere risikofaktorer for DTC potensielt involvert i denne populasjonen [18].
Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle deltakerne. Studien ble gjennomført med skriftlig samtykke fra Etisk komité av Fransk Polynesia og den franske «Kommisjonen Nationale de l’Informa famile» (loven), som tidligere hadde godkjent kontakt prosedyren og samtykkeskjema, og inkludert muligheten for å kontakte sin lege. Alle deltakerne var store ( = 18y) på tidspunktet for intervjuet. Alle dokumenter, inklusive samtykkeerklæringer og spørreskjemaer, er bevart i et sikret skap i lokalene til 1018-INSERM Unit U1018.
Seks hundre og to fag delta i den innledende case-kontrollstudie (karakteristikker av deltakerne var detaljert i Clero
et al
, 2012 [18] og sammenfattet i tabell 4). Alle forsøkspersonene ble født i og beboere i Fransk Polynesia. Saker ble diagnostisert for thyroideakarsinom mellom 1979 og 2004. Blant dem, 177 presenterte histologi av papillær thyroideakarsinom og 52 histologi av follikkelutvikling thyroideakarsinom. Kontrollene var friske individer, valgt fra den innfødte befolkningen og matchet med tilfeller, ifølge fødselsdato og kjønn. Valg av kontrollene ble direkte utføres fra register av fødsler, som dekker hele landet. Fullstendig var mulig på grunn av den lille størrelsen av den lokale befolkningen (264 736 innbyggere i 2007). Det gir oss muligheten til å ta kontakt med nesten alle mulige kontroller, selv bare med navn, dato eller bosted. Fem hundre og tjue deltakere hadde to foreldre av polynesisk opprinnelse og 82 av dem hadde en polynesisk forelder og en ikke-polynesiske forelder (
i
.
e
. Av asiatisk, europeisk eller annen etnisk opprinnelse ).
Alle deltakerne i studien ble intervjuet. Epidemiologiske og antropologisk informasjon ble samlet inn, blant annet høyde, vekt, etnisk opprinnelse foreldre, og kostvaner. En detaljert beregning av stråledoser som mottas på ulike alderstrinn under atmosfæriske prøvesprengninger har blitt gjennomført [13], basert på de radioaktive nedfall data publisert av Frankrike på slutten av hvert år med tester, på
131I og
137Cs teller i fersk melk og av total g-aktivitet og
137Cs i grønnsaker og fisk, og på meteorologiske data 21 dager før og syv dager etter hver test. Estimering av vannstanden i sisterner før hver test, størrelsen på cisterner og informasjon for vind og regn ble også anvendt. For hver studie deltaker, den totale thyroid dose var summen av skjoldbrusk doser rekonstruert for hver test, tar hensyn til alder, kilde til drikkevann og data samlet inn i dietten spørreskjemaet. Den individuelle forbruk av hver matvare ved en gitt alder ble utledet fra informasjon om forbruk i barndommen innhentet i intervjuet, ved hjelp av aldersspesifikke skaleringsfaktorer. Dose rekonstruksjon ble gjennomført uten kjennskap til saken eller kontroll status i faget.
Fire hundre og femti to deltakere (177 tilfeller og 275 kontroller) ga sitt samtykke til biologisk prøvetaking og genetiske analyser. For 307 av dem ble buccalceller samplet ved hjelp av Epicentre Bioteknologi MasterAmp kinnpensel børster (Madison, WI, USA), og for de 145 andre, ble en spyttprøve samlet ved hjelp av en DNA Genotek Oragene DNA samling kit (Ottawa, Canada). Genomisk DNA (gDNA) ble hentet fra disse prøvene med et Qiagen Autopure LS (Courtaboeuf. Frankrike). Den gDNA ble deretter kvantifisert med Life Technologies Picogreen (Saint-Aubin, Frankrike).
Genotyping
For SNP rs965516 og rs1867277, 10 ng gDNA ble analysert ved hjelp av en bestemt TaqMan Pre-designet SNP genotyping analyse~~POS=TRUNC (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Fluorescensavlesninger og dataanalyser ble utført med ABI PRISM 7900HT Sequence detection system. For rs944289 og rs1801516, ble 25 ng gDNA analysert ved hjelp av høy oppløsning Smelte kurve (HRM), med en spesifikk probe. Noen representative prøver ble gjen sekvensert ved fargestoff-terminator for å bekrefte genotypen [42]. Fluorescensavlesninger og data analyser ble gjort med Idaho Technology LightScanner Inc. Hi-Res Melting System.
Lengden polymorfisme rs71369530 i
FOXE1
skyldes et variabelt antall alanin gjentas. Tretti nanogram gDNA ble forsterket av PCR med fluorescently end-merket fremover primere (5′-6-FAM eller 5′-HEX), ved å bruke KAPA 2G Fast Hotstart READYMIX (KAPA Biosystems, Woburn, MA, USA) i en 10 mL -sluttreaksjonsvolum (0,5 mM MgCl
2, 5% DMSO, 0,25 pM primere). Det fluorescens-merkede PCR-produkt ble lastet på en ABI 3730 kapillær sequencer og analysert som en variabel lengde fragment polymorfisme hjelp GenScan størrelse standard ROX-500 som interne størrelse standarder. Data ble samlet inn og visualisert med Genotyper programvare v3.7. For å bestemme antall repetisjoner som tilsvarer hvert allel identifisert i genotyping analysen, PCR-produktene fra 6 homozygote individer var Sanger sekvensert.
Sekvensene til alle PCR-primere, HRM sonder, TaqMan prober, og alle PCR betingelser er tilgjengelige fra forfatterne på forespørsel.
andelen vellykket genotypet DNA-prøvene var 95,1% for rs944289 (nær
NKX2-1
), 90,3% for rs965513 (nær
FOXE1
), 79,4% for rs1867277 (5’UTR av
FOXE1
), 93,6% for rs71369530 (poly-alanine ekspansjon i
FOXE1
) og 98,5% for rs1801516 (
ATM
), henholdsvis. Rå genotyping data er tilgjengelige i S1 tabell.
Statistiske analyser
Selv om dette case-control studie ble matchet ett, blir hvert tilfelle tilpasses en til to kontroller på alder og kjønn, var vi ikke i stand til å bruke betinget regresjonsanalyse fordi DNA ikke ble oppsamlet i alle tilfeller og kontrollene, og dette ville lede til en eliminere flere lag på grunn av manglende DNA enten for tilfellet, eller for hver av kontrollene. Sammenhengen mellom disse fem polymorfismer og risikoen for DTC ble vurdert ved hjelp av flere logistikk regressions, stratifisert etter alder og kjønn, og forutsatt at co-dominant, dominant og recessiv genetiske modeller av arv [43-44]. Crude analyser og analyser justert for BMI, BSA, etnisitet og stråledose ble gjennomført. Tester for samhandling ble utført for å avgjøre om de antatte sammenslutninger av SNPs med risikoen for å utvikle DTC ble endret av parametere som BSA, BMI, etnisitet, stråledose, og kosttilskudd jod inntak [43]. Alle statistiske analyser ble gjort med SAS-programvare, versjon 9.3 (SAS Institute Inc, NC, USA).
Aldersfordeling av deltagerne, på tidspunktet for skjoldbrusk kreft diagnose eller tilsvarende alder for kontroller, ble varierte fra 10 til 62 og ble delt inn i syv homogene klasser, som så ble brukt sammen med kjønn å stratifisere sakene og kontroller for statistiske analyser. To grupper ble utformet for etnisk opprinnelse: de personer med to polynesiske foreldre og andre. For BMI, BSA og kosttilskudd jod inntak, medianer av fordelinger blant de kvinnelige genotypede kontrollene (25,7 kg /m
2, 1,8 m
2, 132,2 mikrogram /dag, henholdsvis) og medianer av fordelinger blant den mannlige genotypede kontroller (30,1 kg /m
2, 2,1 m
2, 146,9 mikrogram /dag, henholdsvis) ble brukt som grenser til å lage to grupper blant deltakerne i vår undersøkelse. Til slutt, enkeltpersoner ble også gruppert i to sett for stråledose til skjoldbruskkjertelen før fylte 15, avhengig av om dosen var under eller over median dose beregnet blant de genotypede kontroller (0,37 mGy).
genotypefrekvensene og Minor allelfrekvenser (MAFs) ble beregnet i tilfeller og i kontroller. De ble deretter evaluert for avgang fra Hardy-Weinberg likevekt ved hjelp av en χ
2 test (se tabell 1). G /G genotype for rs965513, rs1867277, og rs1801516, og C /C genotype for rs944289 ble ansett doms, fordi de var de hyppigste genotypene i den polynesiske befolkningen. For
FOXE1
poly-alanine strekning polymorfisme, ble de forskjellige allel størrelser kodet i to kategorier: korte og lange alleler. De korte alleler (S) inkludert alleler som koder for en strekning av 12-14 alaniner, mens de lange alleler (L) består disse alleler som koder for en strekning av 16-19 alaniner (tabell 5). Fordi de korte alleler var mer vanlig i den undersøkte befolkningen, S /S genotype var mønsteret valgt til å være referanse.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Table. Genotyping data innhentet for de 5 testet polymorfismer
doi:. 10,1371 /journal.pone.0123700.s001 plakater (XLSX)
bekreftelser
Forfatterne takker John Paoaafaite og Joseph Teuri , som kontaktet og intervjuet saker og kontroller for studien. Til slutt, de takker også P. Morales, J. Iltis, P. Giraud, P. Didiergeorge, M. BRISARD, G. Soubiran, B. Caillou, P. DUPIRE, J. Ienfa, G. de Clermont, N. Cerf, B. Oddo, M. Bambridge, C. Baron, A. Mouchard-Rachet, O. Simonet, D. Lamarque, J. Vabret, J. Delacre, MP Darquier, og J. Leninger, for deres hjelp i samlingen av sakene eller i organiseringen av case-control studie.
